比尔古的情况与森格莱阿一样糟糕。尽管比尔古和圣安杰洛堡建得很坚固，但它们已经承受了将近两个月的连续炮击。从6月23日圣艾尔摩堡陷落的那天起，土耳其炮台的大部分投射量就集中在它们身上。城墙内几乎所有的房屋都毁于炮火，而城墙本身也在崩塌。穆斯塔法在卡斯蒂利亚棱堡区下方引爆的地道造成的缺口之大，以至于再多人力都无法修补。“缺口处还有城堡本身看起来都处于火海之中。打斗的混乱、武器的嘈杂、士兵的呼喊、伤者的呻吟构成的景象让人惊心动魄、魂丧神夺。”
在小瓦莱特对土耳其攻城塔的绝望一击之后，大团长亲自上阵诱其入彀。为了应对燃烧弹的攻击，攻城塔上披着大量浸过水的皮革。它距离城墙如此之近以至于顶部平台上的近卫军狙击手开始射杀比尔古城内的守军。拉·瓦莱特命令一组马耳他工兵在面向攻城塔的城墙底部打穿一个洞。一门大炮被推到这个位置，以便当工兵从里侧打通城墙时这门大炮可以向攻城器械开火。同时大团长站在危险地带的显眼之处——屡受重创的卡斯蒂利亚棱堡区。“他不顾其他人的担心，把自己的安危置之度外……”在万事俱备的那一刻，他下令工兵敲掉洞口的外部石块。
攻城塔里高高在上的土耳其人将其注意力全部集中在他们目力所及的那部分比尔古，没能观察到城墙下方正在发生的事。突然之间，随着一声巨响，尘土飞扬，他们脚下出现一个狭窄的开口，黑洞洞的炮口从中探出来。几秒钟内，奴隶和工人还不及将攻城塔推到安全之处，大炮就开火了。一位木匠向大团长指出攻城塔的弱点在于其下段，拉·瓦莱特采取了他的建议，下令大炮用链弹开火。链弹由通过铁链系在一起的两个大型球弹或半球弹组成。在脱膛而出的那一瞬间，链弹以抛物线的轨迹高速旋转，如同一把巨大的镰刀。骑士和他们的炮手能非常娴熟地使用这种炮弹。在海上作战中链弹是一种制式武器，用于割断敌人的桅杆和索具。
城墙上的洞口开启不过几分钟，这门大炮就完成了任务。攻城塔开始摇晃坍塌，每一发炮弹都击中要害，最后使攻城塔的主要支撑断折。在近距离内，旋转的链弹切开、击碎并捣烂了木质结构。号叫着撤离攻城塔跑向安全地带的土耳其人被城墙上的火枪手撂倒，高塔顶层的近卫军开始逃跑，从歪斜倾倒的庞然大物上向地面跳去。最后，随着一声震耳欲聋的巨响——同时从塔里掉落出士兵、兵器、弹药、水罐和燃烧弹，攻城塔倒塌了，许多塔内人员被埋在了废墟里。守军中爆发出一阵欢呼。大炮被推回城堡内，马耳他工兵立即开始修复城墙。
在比尔古的战斗打得如火如荼之际，穆斯塔法再次进攻森格莱阿。他对“一件地狱杀器”寄予厚望，希望用这件武器将圣米迦勒堡炸出缺口。
这件大杀器由他手下的一位工程师发明，形如巨桶，包箍着层层铁圈，装满了火药、铁链、钉子和所有种类的葡萄弹，一条长长的导火线贯穿其中……
在一次凶猛的正面进攻的掩护下，一群土耳其士兵设法将这件杀器拖到受了重创的城墙上并让其滚落到集结在远处的骑士和士兵们中间。然后，在预先安排好的信号下，土耳其人全部撤离并等待着爆炸。他们聚集在护城壕沟的远端，静候地狱杀器将城墙炸出缺口的那一刻。
接下来发生的事可谓应验了那句老话：“搬起石头砸自己的脚。”土耳其炸弹的导火线烧得太慢了，炸弹周围的骑士和士兵们立刻开始将其推回到城墙上。当导火线嘶嘶冒火时，长桶形炸弹已经被推到城墙顶部。片刻之后，它落进了护城壕沟里，弹跳翻滚着，然后猛然炸开，正好在等待进攻的土耳其士兵面前炸开。火药的巨大威力，更不用说里面装填的弹片，在土耳其人的队列里造成了浩劫。还未等长官下令，守军就敏锐地意识到要抓住时机，从被毁的城墙斜坡上俯冲下去痛击敌军。土耳其人立刻作鸟兽散。
对于守军来说开场惨淡的一天竟以一场胜仗告终。巨型攻城塔的残余七零八落地散布在卡斯蒂利亚棱堡区外，且燃起了大火。攻城器械以及穆斯塔法的“地狱杀器“的失败给穆斯林部队的士气带来巨大打击。他们的长官向穆斯塔法报告说，随着日子一天天过去，他们越来越难以指挥士兵们去进攻。病患数量也在不断增长。除了痢疾和热病之外，岛上随时都有暴发瘟疫的可能。在骄阳之下，白天气温一直在80～90华氏度徘徊，从科拉迪诺到卡尔卡拉海汊，成百上千的尸体在腐烂发臭。
甚至弹药和补给也开始不足。派往南方的的黎波里的船只要么返回得很晚，要么干脆就没有回来。穆斯塔法不知道的是，从西西里出发的基督徒桨帆船和海盗船正驶向马耳他南面并干扰他的补给线。在这一点上，正如在许多其他方面，土耳其舰队和舰队司令的疏忽职守拖了围城工作的后腿。
现在已经是8月的第三周，马耳他仍没有被拿下。再过几周穆斯塔法和皮雅利就有必要考虑地中海的天气条件了。他们离君士坦丁堡有将近一千英里的海路。随着秋季到来肯定会吹起西洛可风，而这股热风会进一步扰乱他们与非洲的交通线。如果马耳他到9月中旬仍未被攻陷的话，那这支军队要么撤退，要么在岛上过冬。穆斯塔法判断在未来三周内仍然无法攻下比尔古和森格莱阿，于是倾向于在马耳他过冬。无论解决己方的补给问题有多么困难，他深知被包围的两处守军的食物储藏和补给也不可能无限期地让其撑下去。假如没有援军来救，马耳他的守军肯定会在春季之前就落入自己的手中。
这回又是舰队司令皮雅利让穆斯塔法的如意算盘落了空。舰队司令坚持认为舰队及其安全要比任何事都重要。他无意让他的舰队冒险在马耳他过冬。对于苏丹的舰队来说马萨姆谢特湾可能在夏天是一个适合的锚地，但是在冬天就不一定了。除此之外，此处也没有任何修理或维护的设施。一旦发现冬季来临的迹象，他和他的舰队就会离开。如果穆斯塔法决定将军队驻扎在马耳他的话，那就是他自己的事和责任。
长久以来郁积在两大主帅之间的敌意爆发了。只有图尔古特——在他活着的时候——还能凭借他的巨大声望弥合总司令和舰队司令之间的裂痕。分散指挥权是苏莱曼苏丹自己定下的人事安排，现在暴露了其内在弱点。
但是，如果说土耳其指挥官和他们的部队正垂头丧气的话，那么对于两处守军来说“世界末日似乎来临了”。他们的城墙和要塞的状况与圣艾尔摩堡最后时刻的差不了多少。街道上横躺着没有被掩埋的尸体，因为连续不断的攻击之下根本没有时间也没有人手来进行掩埋工作。女人、儿童的尸体就躺在骑士、士兵和水手的尸体旁。也没有足够的人手去照顾医院里的伤员。马耳他妇女现在证明她们是防守力量中的一大支柱。她们不仅承担起照顾病人和为守军提供伙食的任务，还搬运弹药和修复城堡。当土耳其人打过来的时候，她们与士兵们一道登城防守。数个世纪以来，这个贫瘠小岛上饱受巴巴里海盗袭掠威胁的艰苦生活，孕育出这样一个坚忍不拔、吃苦耐劳的民族。
在马耳他北面150英里之外的墨西拿，援军的准备工作渐入佳境。堂加西亚·德·托莱多最后终于下定决心不让马耳他不屈不挠的英雄事迹使自己相形见绌，于是竭尽全力地履行他对拉·瓦莱特的承诺。“8月底之前我将率领大约24艘加莱船和最多14000人的部队前来增援。”
每天都有骑士团的骑士从他们在欧洲北部的庄园跋涉而来。支持对马耳他采取不干涉政策的那派人早就名誉扫地。很显然，从每份送达墨西拿的报告来看，拉·瓦莱特——不论他对自己的杰出前任维利耶·德·利勒·亚当的前车之鉴怎么看——都无意与土耳其人谈判。即使那些对于骑士团来说没有多少用处的人，那些因骑士团的倨傲作风和严格的贵族选拔制度而不喜欢骑士团的人，也不得不对其肃然起敬。
自从土耳其的精英部队和苏丹舰队的全部力量跨海而来已经过去了三个多月。圣约翰骑士团仅以几百名骑士指挥着不到9000人，坚守了整个漫长夏季。
这场英勇的保卫战唤起了整个欧洲的钦佩之情。即使是那位伟大的新教女王，英格兰的伊丽莎白一世——其国家仅由奥利弗·斯塔基爵士和两名绅士冒险者“约翰·伊万·史密斯先生和爱德华·斯坦利先生”代表着——也被这场围城战感动了。这场战役使人们回忆起中世纪骑士的辉煌往日。作为一个精明的统治者，伊丽莎白女王不会不在意这一小岛如果被占领将发生什么。“……如果土耳其人，”她写道，“在马耳他岛上胜出的话，那么我们无法确定，对于基督教世界而言接踵而来的会是何种危险。”
