持续不断的战斗难得出现了一周之久的间歇。虽然对比尔古和森格莱阿的炮击并未停止，但土耳其军队再没有对卡斯蒂利亚区和圣米迦勒堡摇摇欲坠的堡垒发动进攻。然后，9月1日，穆斯塔法和皮雅利发动了又一次大规模进攻。
战事被拖入下半年这一事实，再加上粮草不足和弹药匮乏的问题让他们抓狂到决心孤注一掷，来弥补他们的所有损失。但是现在，在炮弹炸出的瓦砾堆上冲锋的部队已不是当初来马耳他“拯救自己灵魂”的那批人了。守军的漫长抵抗，还有己方的惨重损失都已消磨了他们的士气。疫病除了使他们虚弱不堪，还极大地削减了他们的人数——远远超过了死于骑士团的枪炮和刀剑的人数。
在那个炎热的夏季，岛上围绕着大港湾的整个地区如同一间大型停尸房一样发出阵阵恶臭。土耳其人对基本卫生原则的忽视导致了他们自身的毁灭。痢疾、伤寒和热病从6月起就肆虐于军中并且在随后的几周里继续恶化。至于待在被打烂的工事里的守军为什么没有像敌军那样饱受折磨，这一点可以归功于骑士团的主要副业——医院骑士的事业。尽管他们只会进行很简单的手术，而且在很多方面茫然无知，但是他们至少懂得卫生学的基本原理。在医院里，无论贫富，无论是骑士还是普通士兵，在正常条件下都要使用银制盘子进食，以保证“医院里的得体行为和病人的清洁状况”。即使在围城期间，骑士团仍然试图用正确的方法照料病人。毫无疑问，守军借此从大肆屠戮敌军的病魔手中攫取了相对的自由。
持续了9月1日一整天的攻击又如同之前所有的进攻一样以失败告终。自从穆斯塔法攻取姆迪纳的计划失败后，进攻者的火力每下降一分，守军士气就同比例上涨一分，天天如此。土耳其人、近卫军、非正规军、阿尔及利亚人和图尔古特的海盗们全都意气消沉。他们说道：“让我们主宰马耳他不是安拉的意愿。”但假如他们知道发生在援军身上的事的话，他们很有可能会重拾勇气并再次占据上风。
堂加西亚的舰队在向西驶往利诺萨岛海域上的集结点的途中直接撞上了一阵狂风。马耳他岛与西西里岛之间的狭窄海域以风云无常而臭名昭著。当一股强劲的西北风，一路扫过身后所有的地中海风浪区，刮到这片海域时，数小时之内就可以催生出一道凶险的巨浪。在这一年的夏秋之交，堂加西亚的舰队很不幸运地撞进了马耳他海峡上这样一场典型的狂风里。散布在凶险海岸（Terrible Bank）、利诺萨岛和西西里西海岸附近的埃加迪安群岛（Aegadean Islands）[1]之间的船只被迫四散逃命。加莱船在惊涛骇浪里俯仰前行，竭力驶回陆地附近的背风处。船桨被拍碎，帆索被撕坏，装备也丢失了不少。
当舰队的大部分船只重新集结在法维尼亚纳岛［Favignana，与西西里岛西海岸上的马尔萨拉（Marsala）相对］[2]附近的海域上时，这些船的状况根本无法直接返程利诺萨岛。不仅许多船遭受了很大程度的损毁，而且它们搭载的部队也饱受晕船之苦而无法上岸与马耳他的敌军作战。结果直到9月4日舰队才做好了重新起航的准备。这一回舰队安全到达了利诺萨岛，而且堂加西亚·德·托莱多发现拉·瓦莱特的信在等着他。在信里，大团长解释了土耳其人在整个马耳他岛南部的部署安排，并告知总督马尔萨什洛克和马萨姆谢特湾的两处港口都被土耳其舰队占据。他向总督建议最适宜登陆的两处地点是岛北部的海湾姆贾尔和梅利哈（Mellieha）。这两处地点均有方便部队上岸的沙滩，而且它们的锚地都能相对保护舰队不受风浪侵害。
舰队离开利诺萨岛后分为两部分驶向马耳他，先锋部队由西班牙人堂卡多纳指挥，而总督大人坐镇指挥主力部队。在他们驶近马耳他的时候坏天气再次袭来。大部分船在夜里都无法看到堂卡多纳的舰队，于是向北驶去并在西西里南端的波扎洛（Pozzalo）渔村附近的海域下锚。同时，前锋部队勉力冲出越来越恶劣的天气，戈佐岛遥遥可见。现在轮到皮雅利的船队遵守战争的游戏规则（无论何种）来饿虎扑食了，然而，此次大围攻中令人费解的现象之一出现了，土耳其人没有做出丝毫举动去攻击基督徒舰队的前锋。我们只能猜测是皮雅利手下的船长们因为不喜欢恶劣的天气，全都离开戈佐岛的巡逻岗位回到马萨姆谢特的温柔乡了。
堂加西亚返回西西里，而且看起来很不情愿在得到其他船只的消息前继续向马耳他前进，这一行为再次让骑士们对堂加西亚的意图顿生疑窦。只有当他们极其强烈地要求立即行动时，堂加西亚才下令舰队起锚驶向马耳他。甚至在最后一刻，他天性里的犹疑不决似乎就要原形毕露了。韦尔托神父在他编著的骑士团史中重复了围城时人们对堂加西亚的指控：
但是总督大人的行为再一次让人们怀疑他是否打算利用他的建议（拉·瓦莱特提供的信息：姆贾尔和梅利哈将会是登陆的好地点）；他没有进入戈佐岛与马耳他岛之间的海峡，而是在马耳他的西海岸附近逡巡不前，并且让从马萨姆谢特湾驶出的土耳其护卫舰发现了他的踪影。看起来他更愿意碰上一些突发状况以便有理由离开这个是非之地重返西西里港口，而不是试图登陆马耳他岛。
到了9月6日的晚上，堂加西亚才重新聚集起舰队，悄无声息地穿过戈佐岛的海峡并来到了马耳他岛东北部的梅利哈海湾。9月7日的早晨，期待已久但又姗姗来迟的援军终于开始如潮水般涌上滩头。他们将武器和弹药高举过头顶走过浅滩，而满载西班牙士兵的小船则直接冲上岸。
这一消息几乎是同时传到了穆斯塔法帕夏和拉·瓦莱特的耳朵里的。对于一方来说这个消息让人沮丧不已，而对另一方来说这意味着长久以来的严峻考验终于快到了尽头。然而，等待如此之久的拉·瓦莱特坚信援军的数量会超过其实际。援军的准确数量在各方记载中从8000人（最少的估计）到12000人不等。无论如何，假如土耳其人的士气仍旧高昂的话，援军的实力就不足以完成其被赋予的任务。当拉·瓦莱特得知援军的准确数量之后，他想出了一招高明的骗术。一名一直以来被囚在圣安杰洛堡地道里的穆斯林奴隶被下令释放。这个奴隶被告知，重获自由是因为大团长的仁慈。人们还告诉他16000名基督徒战士在西西里总督的率领下已经在岛的北部登岸，所以土耳其总司令再怎么围城也是徒劳。无论他是否相信这个故事（或者他被灌输了错觉以为自己是在守军没有察觉的时候逃脱出来的），事实是这个奴隶安全抵达了土耳其人的军营。他受到一些军官的审问，然后被带到穆斯塔法面前，一遍又一遍地重复着自己知道的信息：骑士们喜气洋洋，他们预计围城战到了收尾的时刻，因为16000名士兵已在梅利哈海湾登陆。这个消息让穆斯塔法黯然神伤，围城战的整个过程已经让他心灰意冷，而且他还注意到手下的部队已经处于哗变的边缘，于是他下令立刻从马耳他岛撤退。
土耳其领导层在整场战役中的低效无能，尤其是对整支舰队的低劣指挥让人费解。皮雅利拥有地中海上迄今为止最强大的舰队，而28艘加莱船就已经是西西里总督为援军部队东拼西凑而得的所有成果了。（实际上，堂加西亚有充分的理由担心自己可能面临人船两失的后果。）然而，土耳其舰队司令虽然有三倍之多的舰船供他驱策，却从未试图干扰援军登陆。不管遵循什么战术准则，皮雅利都早该在海上攻击援军并将他们送入海底鱼腹——尤其是当有人还在再三犹豫是否上岛的时候。但是皮雅利和与他亲近的海军指挥官们都一门心思认定基督徒的舰队将试图闯入马尔萨什洛克或者是马萨姆谢特湾。于是，他们将自己的舰船留在这两个海湾里并且用铁链和木桩封锁了入口。他们似乎都没有注意到姆贾尔或是梅利哈海湾用于卸载登陆部队绰绰有余——只要援军舰队不用在这些开敞的锚地耽搁太久。正是皮雅利的畏首畏尾，加上他妄尊自大地对马耳他的地理天气条件视而不见，从一开始就使得土耳其人深受其害。堂加西亚无意在梅利哈等待。他的部队全部登岸后他就打算立刻返航墨西拿，那里还有4000人的援军在等待登船。
[1] 地中海上的多山小岛群，位于西西里岛西岸近海12公里处。
[2] 埃加迪安群岛中的最大的一个岛。
