在返程前往西西里的途中，堂加西亚的加莱船绕道向南，从大港湾的口部近处经过。他们看见土耳其人的军旗在圣艾尔摩堡的废墟上飘荡，听到科拉迪诺山和比尔古周围山坡上的大炮仍在雷鸣般轰响。为了向土耳其人示威，以及向守军传达援军近在咫尺的信号，堂加西亚下令这些舰船向圣安杰洛堡和骑士团的旗帜鸣炮致礼。“于是当我们的舰队到了我们能够清楚看见他们的地方，每艘加莱船都鸣炮三次……”
守军的欢喜无以复加。这是围城战伊始他们看到的第一批基督徒舰队。舰队在大港湾的现身足以说明一切，甚至那些曾经怀疑援军消息真假的人现在都变得信心满满。这些加莱船能够出现在大港湾口部海域的事实就证明土耳其舰队已经斗志全无。
急于尽快展开反击的拉·瓦莱特在焦灼地等待着，希望至少部分援军能够在夜里与比尔古守军取得联系。然而什么都没有发生。车轮的轱辘声和索具的嘎吱声告诉他土耳其人正在成功地将他们的火炮从比尔古周边的阵地撤出。大团长曾希望夺取这些火炮以补偿围城战中己方的损失。
穆斯塔法的部队正在登船。马尔萨的军营被毁弃。停泊在马尔萨什洛克的船只开始向北驶去，准备与驶离马萨姆谢特湾的皮雅利的主力舰队会合。设置在圣艾尔摩和希贝拉斯山上的火炮也被拆卸并运到船上。部队开始从科拉迪诺山以及包围两个海岬的阵地上撤离。战壕也被遗弃。只有攻城塔和一些过于沉重无法迅速移动的火炮被留了下来。一片废墟的圣艾尔摩堡被留存给了寂静和回忆，占领这个星形城堡是土耳其人在这次战役中唯一的一场胜利。整个夜里，马尔萨地区以及该地区与马萨姆谢特湾之间的狭窄区域灯火通明，显示出苏丹的军队正在撤退。
与此同时，援军由梅利哈湾向内陆开拔并与姆迪纳的守军取得了联系。在阿斯卡尼奥·德·拉·科尔纳的指挥下，这些部队在马耳他岛东部的一块高地设立了营地，这片陡峭的高地位于纳沙尔村的旁边。由于没有发觉敌军已经开始撤退，德·拉·科尔纳决心守住这块高地而避免被诱入低地与土耳其人野战。天一亮他就能弄清楚敌军的意图。在那之前他明智地决定约束住自己的人马。他的副手，阿尔瓦雷斯·德·桑德（Alvarez de Sandé），则更为冲动鲁莽，按捺不住要率领自己的手下对土耳其人发动一场夜袭。德·拉·科尔纳的小心谨慎在这一天占了上风，于是援军静待着天明之后的事态发展。
随着第一缕阳光洒遍全岛，比尔古和森格莱阿的守军望向面前一片焦土和弹坑遍地的山坡，发现上面早已空空如也。曾飘扬在战壕里和炮位上的星月大旗也失去了踪影。山丘上再没有成群的近卫军准备投入冲锋作战。拉·瓦莱特下令打开城门。
这是数月以来的第一次，骑士和士兵们，男人、女人和孩子们从城镇里平安无事地走了出来。尽管或由于遍体鳞伤和缺衣少食而虚弱不堪，或为火焰所灼伤，或被地道引爆和炮轰震得耳聋眼花，他们还是冲出城堡，拥入荒芜的无人区，如同熬过漫长严冬后迈入春日田野一般。他们在土耳其人遗弃的阵地上四处搜寻，从这里捡起一把火绳枪，从那里捡起一个头盔，这里有皮甲上衣，那里有大马士革制造的匕首。从毁弃的炮位里他们发现了几门火炮。从未埋葬的死尸身上他们寻到了珠宝钱包、制作精良的武器和镶嵌宝石的衣扣胸针。
一些骑士和军士立刻骑马跑遍了马尔萨，并上了希贝拉斯山。从那夺去数千性命的焦干山头上，他们向马萨姆谢特湾望去。第一批土耳其舰船已经在航行中，在上下翻飞的船桨驱动下穿过狭窄的港湾口部，经过圣艾尔摩堡的废墟。骑士们策马冲下海岬的尖端，穿过城墙缺口处，年迈的德·瓜拉斯和无畏的米兰达就是在那里英勇牺牲的。在垮塌的城墙上，阳光和海风早已净化了充满死亡气息的空气，他们在那里升起了圣约翰骑士团的白十字旗。随着它在微风中猎猎作响，土耳其舰船开始离开港湾。信使被派回比尔古，请求将轻型火炮尽快运到圣艾尔摩堡。
在9月8日这一天——距土耳其舰队第一次出现在马耳他已近四个月——这支庞大的入侵部队开始撤退了。从第一轮大炮开始从希贝拉斯山和圣艾尔摩堡上向他们猛轰那一刻起，他们竭尽全力地逃离。他们的舰船，缠结着杂草以及漫长夏日里肆无忌惮生长出来的海生生物，由于日晒和海水盐蚀而褪色，且满载着伤员，与5月初那支意气风发地航行在伊奥尼亚海上的船队截然不同。
9月8日不仅是解围的一天，而且是圣母玛利亚的诞生日。拉·瓦莱特及时提醒他的追随者们和岛民们，拯救他们的正是天主，而不是凡人。圣劳伦斯修道院教堂的钟声响彻比尔古全城。
我不相信有史以来还有哪种音乐对于人类来说是如此甜美动听。这是三个月以来的头一回，我们听到的钟声不是召集我们拿起武器抵抗敌军。那个早晨，当他们敲响钟声的时候，恰好是我们已经习惯于听到钟声拿起武器的那个时刻。于是我们更加庄重地感谢我主，感谢他神佑的母亲，感谢他们对我们的厚爱。
狭窄街道上防御敌军炮火的石墙还没来得及拆除，马耳他人就从被毁坏的房屋里和残垣断壁中拥上街头，与骑士和士兵们一道向胜利女神献上一首《赞美颂》（Te Deum）。战争的狂暴使得岛上浓烟四起，废墟遍地，时不时就有一段破碎的城墙发出剧痛般的叹息声倒下。街道里散落着炸开的炮弹和金属碎片以及蜥炮发射出的巨型石弹。在小小的修道院教堂里，人们看到装有施洗者约翰手臂的银制圣骨匣在冷暗中发出的微光。曾有一刻甚至那些大十字勋章骑士都不禁怀疑拉·瓦莱特在比尔古死守不退的决定是否正确，现在他们认识到大团长有多么明智。每个岗位都被坚守到了最后。在圣艾尔摩堡、比尔古和森格莱阿捐躯的人，并没有白白牺牲掉。
也就是在这个时候，当围城战的幸存者正在为他们的胜利感恩时，穆斯塔法帕夏意识到他在援军数量上被严重误导了。从被派去侦察敌军位置的西帕希那里，还有看到过援军抵达的船长那里，他了解到只有28艘船来过这个岛，而登岸部队的人数只有8000人，可能还更少。他害怕苏丹会迁怒于他，同时对辜负他的舰队和其司令愤愤不平，于是下令立刻停止撤退。
皮雅利则更急于带着他的宝贝舰队在冬季暴风雨来临前穿过伊奥尼亚海和爱琴海，于是站在了穆斯塔法的对立面。两位指挥官之间长久以来的公开敌意再一次爆发出火花。穆斯塔法很快就指出苏丹无法容忍失败。整个围城战中陆军为了确保胜利做了所有力所能及的事，但是舰队付出了与陆军同样的努力吗？他要求已经登船的部队立即上岸，而皮雅利带领他的舰队航行了七英里来到圣保罗湾的海岸边。总司令意欲决一死战。
拉·瓦莱特设置在希贝拉斯山和圣艾尔摩堡上的岗哨匆忙向大团长报告土耳其军队在下船。他们的船只全部离开了大港湾并沿着海岸向北航行，但是部队正在海岸上重组。一名信使立刻前去告知阿斯卡尼奥·德·拉·科尔纳，穆斯塔法很明显改变了主意并准备打野战。同时，其他的骑兵则被派去沿着海岸跟踪土耳其舰队。
拉·瓦莱特很清楚此时的一场败仗仍有可能使他丢掉这个岛。穆斯塔法的军队数量要比德·拉·科尔纳的多，而一场胜利则会重振土耳其人的士气。一旦此事发生，那么穆斯塔法很可能会决定在岛上过冬并且通过饥饿战术拿下骑士团的城堡。拉·瓦莱特还深知如果援军的命运以灾难告终，那么将不会再有任何来自西西里的援助。
阿斯卡尼奥·德·拉·科尔纳在收到大团长的警报后立刻将他所有的部队都部署在纳沙尔的高地上。从那里他可以观察到土耳其军队从马萨姆谢特湾的顶端出发，沿着陆地向他直趋而来。穆斯塔法派上岸的人马大约有9000人。朝海上望去德·拉·科尔纳看到土耳其舰队沿着海岸缓缓上行。从岛的北部返回的信使报告说第一批船只开始在圣保罗湾下锚。看起来穆斯塔法希望向北推进，消灭援军，然后带着这场归功于自己的胜利与皮雅利的舰队会合。德·拉·科尔纳决定在有利的位置等候着。他不想被敌军引诱下高地而后在平原上进行决战。然而，他没有考虑到刚刚到达的圣约翰骑士们和他自己的部队可是火气正旺呢。
鲁莽冲动的骑士们已经在西西里压抑得太久，根本就听不进去要小心谨慎之类的话。
“敌人就在那里！”他们喊道，“远处还冒着烟的废墟就是我们的兄弟殉教的地方！”
不等命令下达，他们就开始从山脊疾驰而下，德·桑德带领的部队立刻紧随其后。看到利用旺盛的士气（且受益于他们的冲劲）会比试图让他们撤回来更好，阿斯卡尼奥·德·拉·科尔纳下达了发动总攻的命令。在西面山坡上观察和等待的姆迪纳守军及马耳他民兵也随之跟进。当援军的主力冲向敌军的先头部队时，来自姆迪纳的部队则转而穿过平原准备从侧面攻击敌军。
穆斯塔法帕夏让他的部队在登船后又再次下船的决定是个大错。在岛上经历了数月的劳而无功之后，惨重损失的土耳其人士气低落，根本无意与生龙活虎的援军一较高下。登船之后，他们原以为马耳他岛这片致命的土地已被他们抛之身后，现在只能带着极大的不情愿遵从帕夏的新命令。看到这些生力军从纳沙尔高地上向他们猛扑而来的时候，很多人肝胆俱裂，转身而逃。其他人则踌躇不前。骑士们和西班牙部队对阵容不整的土耳其人先头部队予以迎头痛击。
当然穆斯塔法的部下里不乏血勇之人。一小队人马设法夺取了山脊上最高点的一个小瞭望塔，然后向基督徒猛烈开火。围绕着这座瞭望塔双方展开了主要战斗。土耳其人决心守住这座塔以便己方部队安全通过，而基督徒也同样下定决心夺取它并转而侧袭敌军。最后，一队西班牙步兵直面敌军的密集火力，成功地攻上山丘并且一举拿下瞭望塔。“……于是在那一天，他们不留活口，用敌人的血染红了自己的剑。”
被基督徒从瞭望塔里驱赶出来的土耳其人无法保护己方的侧翼，现在不得不全面撤退。他们如潮水般涌过姆迪纳和纳沙尔之间的山谷并向海边逃去。在向东北方延伸至圣保罗湾的狭长而又肥沃的平原上现在是一片慌乱。骑兵和西帕希仓皇留下一路尘烟。当数以千计的残兵败将推推搡搡、跌跌撞撞地逃向大海时，整个夏季无人打理和浇灌的干旱土地颤抖着、摇晃着。
此时，穆斯塔法帕夏如同在围城过程中一样表现出无与伦比的勇气。无论他作为指挥官犯下了何等错误，没有人可以质疑他的勇气。他一整天中始终位于战斗最核心的地方。在战斗的初期阶段他一直待在先锋部队里。但是现在最初的进攻已经转变为溃退，他便将自己置身于后卫部队中。他胯下的坐骑被击中了两次。有一次他几乎丢掉了性命。直到近卫军发起决死冲锋才使他们的主帅免于被俘或被杀。
随着己方军队的先头部队撤到圣保罗湾附近，穆斯塔法和后卫部队在圣保罗湾以南、临近萨利纳（Salina）小海湾的平地上设置了阵地。穆斯塔法观察到追兵的队形变得混乱起来，马耳他民兵和西班牙步兵已经落后于马上的骑士很长一段路。他迅速布置了一组近卫军火绳枪手。一声令下之后，他们对扑面而来的杂乱阵容猛烈开火。在这一刹那基督徒的进攻戛然而止并被粉碎。带领进攻的阿尔瓦雷斯·德·桑德因为胯下的战马被击中而被抛向地面，很多骑士也同时落马，其中有几人受了伤。根据巴尔比的记载，有四人因为“盔甲的极度闷热”而中风发作最后丧了命。穆斯塔法的行动取得了他想要的效果。当他的人马开始登上在圣保罗海湾等候他们的船只时，是这一行动阻止了骑士们的前进势头。
阿尔及尔总督哈桑受命掩护登船行动的最后阶段，他将一队队火枪手布置在俯瞰着海湾的小山头上。当骑士和士兵们重整旗鼓再次冲过来的时候，迎击他们的是枪林弹雨。他们的推进再次受阻而土耳其军队又赢得了一点时间。
此时，宽度不足一英里的海湾入口处的景象颇为壮观。蓝色的浅水里布满了密密麻麻的船只，船桨在水面上下舞动以驱动小船疏散败军。在狭长的岩石小岛赛尔穆内特（Selmunett）周围的海域上——此处亦是传奇的圣保罗沉船之地——战船正在焦虑地来回巡逻。土耳其人盯着北方，唯恐一支来自西西里的基督徒舰队突然杀出。其他舰船和货船则群集在距此向北一英里处的梅利哈湾。如此规模的舰队和如此庞大的陆军居然会溃逃，仍然让人难以置信。如同撤退行动中总会发生的一样，水手们责备着士兵们，而后者反过来怨恨着前者。
基督徒的大部队现在已经追上了穆斯塔法的后卫。哈桑的火枪手再也无法阻止对方的攻势。他们被无情地逐入海中，海湾周围的所有山坡和岩石陆架都成了血腥的肉搏战场所。在很多地方，浅蓝色的海水只有数英尺深，却呈现一幅可怕的景象——翻底的小船、翻滚在水中的尸体，以及在用斧头、剑和弯刀互相劈砍的战士。阵阵枪声从岸上的基督徒队伍中，从小船上的火枪手中传来。数以百计的人在这场最后的战斗里丧生。
9月8日晚上，围城战结束了。从梅利哈和圣保罗湾出发，苏莱曼苏丹的舰队与来自马尔萨什洛克的最后一批货船和运输船会合了。当时吹在海上的是一股西北风，舰队鼓起风帆，驶向希腊、摩里亚、爱琴海和君士坦丁堡。他们身后留下的是一个满目疮痍的小岛，以及比尔古与森格莱阿周围山坡上堆积如山的死尸。他们最后一次作战的地点，闭塞的圣保罗小海湾里，也填满了尸体。“那两三天后海湾的水里仍然厚厚地叠着的敌人尸体——大概有三千多具，那里发出的恶臭使人无法靠近。”
穆斯塔法随着最后一批士兵登上了船。仍由哈桑手下英勇的火枪手保护着的帕夏此刻回望着小岛。他看得见圣保罗湾后方光秃秃的瓦迪阿山（Wardia），以及远处纳沙尔山坡上的银色闪光，还有屹立于无法征服的高地上的姆迪纳城……他看不到躲在其他山丘和山脊后面的灰暗的森格莱阿和比尔古——也看不到圣艾尔摩堡支离破碎的城墙。
巴尔比在日记的开头这样写道：
1565这一年，骑士团正处于勇敢和虔诚的大团长让·德·拉·瓦莱特的精心治理之下，却横遭苏莱曼苏丹的大军进攻，因为苏丹感到骑士团的船队在陆上和海上均给他造成了极大伤害，让他颜面尽失；我主为之欣喜。
现在，四个月之后，苏丹麾下几乎不可战胜的舰队和大军都被击败了。马耳他和耶路撒冷圣约翰骑士团生存了下来。然而，胜利的代价是高昂的。
