“然后他们来到比尔古，既是为了目睹各个城垛所遭受的巨大破坏，也是为了瞻仰如此赫赫有名而又英勇无畏的大团长本人。”在他的有生之年，拉·瓦莱特成了一个传奇。他成了骑士美德的化身。
当援军进入比尔古的时候，映入他们眼帘的是一幅触目惊心的景象。最后一战中轻易击败敌军的胜者现在认识到了为了使这个岛获救，人们所付出的代价有多么惨重。比尔古和森格莱阿经过三个月的围攻后仍然硝烟弥漫，残垣断壁满目。两地没有一栋完好无损的房屋，而且在一些地段，城墙上的缺口是如此之大，让人难以相信土耳其士兵竟然没能从这里攻入并压制住守军。几乎所有的男人、女人和儿童的身上都有残酷的围城战留下的痕迹。伤残病号在瓦砾堆中艰难地挪动身体，他们仿佛立起的死尸，又好似在嘲笑这些生机勃勃的健壮士兵为何来得如此之晚。
四处都有人把土耳其人攻击的地点，以及他们认识的人捐躯的位置指给新来的援军看。“胡安·德·拉·塞尔达在这里倒下了……”“那里是一群马耳他游泳者动身突围地方……”“这里就是大团长的侄子在攻城塔前被砍倒的地方……”比尔古城前方的区域仍在震动不已，地面上时不时突然出现裂坑，这是因为之前挖掘的地道顶棚坍塌了。当看到卡斯蒂利亚堡垒区在那个命运未卜的早晨被炸出的巨大缺口时，他们就如韦尔托告诉我们的那样，“心里充满了难以言说的剧痛”。
圣约翰骑士团的小王国就这样躺在废墟中奄奄一息。悲痛不已的马耳他人可能会后悔为了外来的基督教骑士团抛头颅洒热血！苦涩不已的农夫看着被糟蹋的田地捶胸顿足，他们可能会想到即使像图尔古特这样的海盗的袭掠也不会造成这么大的破坏。然而，他们投身于一场“圣战”，为拯救欧洲贡献自己的力量这一伟业将使他们永垂不朽。当他们埋葬死去的亲友时，他们会记起活下来的人还必须承担日常的罪业，而逝者已纯洁无瑕地升入天堂。
援军将自己所有能分出的补给都尽可能地拨给了这两座损失惨重的城堡。他们将布料和绷带运上岸作医护之用。他们的水手推动着酒桶下船好让守军恢复元气。即使在这个时候，当阿斯卡尼奥·德·拉·科尔纳的士兵们在为击败穆斯塔法而欢庆时，他们也看得出在他们到达之前守军的胜利已经唾手可得。曝尸山野的土耳其人（现在被草草地埋进普通的坟墓里）、毁弃的火炮，还有马尔萨地区一片狼藉的营帐，这一切都不言自明。仓皇逃离马耳他的并非一支即将获得胜利的军队。那是一支早已被击败的军队。
有可能就是在围城战结束之后的最初几天里，一些夜里围坐在篝火旁的士兵开始为后来一首闻名于地中海的歌谣填词：
金城马耳他，银城马耳他，稀世玄铁铸就的马耳他。
我们永远无法征服你！
不，即使你薄脆如南瓜，
即使保护你的只有一层洋葱皮！
从她的城堡里传来一个声音回应道：
正是我摧毁了土耳其舰队——
还有那所有来自君士坦丁堡和加拉太的勇士！
现在一切都结束了。骑士团的大旗飘扬在未被敌军征服的两个海岬上以及牺牲自己成全友军的圣艾尔摩堡的废墟上。现在到了大团长和他的秘书以及议事会盘点降临到他们身上的不幸之事的时候了。他们感恩天主赐予胜利，但是他们深知为了胜利付出的代价何其惨痛。骑士团有将近250名骑士丧生，活下来的那些人差不多不是重伤就是余生残废。西班牙和其他外国士兵以及马耳他居民中有7000人在马耳他岛保卫战中丧生。原来将近9000人的守军中，现在只有600人能拿起武器听候大团长的调遣。穆斯塔法曾经推测再有几周时间马耳他岛就会不可避免地落入他的手中，他是正确的。
“苏莱曼一世的军队，”W.H.普雷斯科特写道，“在他悠久而辉煌的统治期内，还从未遭遇过像马耳他围攻战失败这样耻辱性的逆转。不用说大费周章的海军备战，巨大的人力损耗……”巴尔比估计在围城战期间土耳其人损失了30000人。韦尔托在查遍所有记录之后，同意了这个数字。布瓦热兰则更保守地倾向于25000人。冯·汉默在他的《奥斯曼帝国史》（History of the Ottoman Empire）中推算土耳其军队的原有数量（排除水手、加莱船奴隶和编外人员后）为31000人——其中回到君士坦丁堡的最多不过10000人。
不过要记住的是所有这些数字是基于土耳其人或基督徒的记录得出的，而没有任何现存数据表明阿尔及利亚人、埃及人或是图尔古特的巴巴里海盗的伤亡人数。如果接受土耳其人损失的最小数字——20000人——的话，那么远征军的全部损失很可能约为30000人。这还没有将马耳他岛与北非海岸之间由于西西里舰队的攻击而损失的船只和兵力计算在内。
这是奥斯曼帝国试图突入西地中海的最后一次大规模行动。在随后的几个世纪中，他们偶尔也会尝试渗透到马耳他防线的背后，但不过是怯懦的小打小闹而已。正是因为在此次大围攻中他们的陆军被击败，而且他们的舰队被证明是低效无能的，土耳其势力的向西扩张第一次被遏止。其海军的妄自尊大在1571年的勒班陀之战中受到了毁灭性的最终一击：由马耳他桨帆船支援的基督教联军舰队，摧毁了奥斯曼帝国舰队的绝大部分。
马耳他得救而苏丹被打败的信息由船只、骑手和烽火传遍了整个欧洲。从巴勒莫到罗马、巴黎，甚至伦敦，各个礼拜堂和大教堂都响起了钟声。尽管教皇作为骑士团的保护人自然会下令在罗马举行庆祝活动，但是尤为重要的是，信奉新教的英格兰也没有忘记这次胜利。马修·帕克（Matthew Parker），坎特伯雷大主教，（毫无疑问是在与伊丽莎白女王商量之后）指定在此次战事结束后的六周内，每周进行三次感恩仪式。原先被称作“无名小岛”和“软砂岩石岛”的马耳他，现在以“英雄之岛”和“信仰之堡垒”闻名于世。
富饶肥沃的罗德岛曾让维利耶·德·利勒·亚当甚至拉·瓦莱特念兹在兹，但是现在重返罗德岛的想法已经全然消失。再也无人讨论要将骑士团的基地和总部迁移到地中海的其他地区了。苏丹的大举进攻无形之中成功地打消了这种念头。这次进攻清楚无误地向欧洲和地中海地区的所有势力证明了，拱卫着内海贸易路线的马耳他的战略地位有多么重要。再也不会有欧洲的统治者认为马耳他无足轻重了。
至于西西里总督堂加西亚·德·托莱多，“当他从锡拉库萨的要塞尖堡上望见土耳其舰队经过并驶向外海时，无须信使来报便知道援军解围并获得了可喜的胜利”。几天之后，他于9月14日再度南行，又带来了4000人马保卫这座岛以防土耳其人卷土重来（虽然可能性不大）。大团长以平常的礼仪接待了总督大人，并没有提及骑士团和全岛在总督漫长的拖延中损失了大多数人马一事。拉·瓦莱特在比尔古的废墟之中为总督一行举行晚宴，但没有足够的食物和酒来招待尊贵的客人。于是堂加西亚和舰队的其他船长为这个场合提供了必需品，而“戈佐岛的总督也送来很多新鲜的食物”。
总督大人说自己在南行的路上经过了土耳其舰队的尾部，所有敌船正驶往同一方向——东面的君士坦丁堡，鉴于己方舰队规模无法与敌方相抗衡，他只能放弃攻击。对此大团长可能讽刺地一笑置之，并没有发表任何评论。随后他领着总督大人巡视全岛及其防御状况。他们一起察看了土耳其人的战壕并走过森格莱阿崩碎的海基城墙。他们在希贝拉斯山炎热的山坡上纵马驰骋，直达远端那孤零零的城堡。总督大人从拉·瓦莱特那里直接知道了自己儿子的死讯。现在不是大团长责备他，或是质问他在漫长夏季里的拖延行为的时候。
数日之后堂加西亚返回了西西里。而拉·瓦莱特，注视着他那严重受损的防御设施、烧成一片白地的荒瘠小岛、被大幅削弱的守军，以及境遇悲惨的岛民，只能沉思起摆在眼前的如山般的任务。当他向上帝感恩获得拯救的同时，他也在为将来做打算。他在梦想着能拥有一系列坚不可摧的要塞，以及能够长久存在的城市。
