从骑士团抵达马耳他岛到拉·瓦莱特成为大团长的二十七年间，马耳他岛有了很大改变。然而，改变的程度仍未达到瓦莱特作为一名战士和厉行纪律者所奉行的标准。
拉·瓦莱特深信马耳他岛有朝一日必然会遭到围攻，因此他着手改善岛上的现有防御设施，同时兴建全新的工事。
从骑士团进驻马耳他岛的那一刻起，德·利勒·亚当便开始扩建圣安杰洛堡——这一要塞俯瞰着大港湾南部并且保护着比尔古渔村。他同时强化了旧首府姆迪纳的城墙。然而，除此之外他就无所作为了。因为，作为罗德岛上的最后一任大团长，他始终无法忘怀那个郁郁葱葱的小岛上的美好生活，特别是那些桃树、无花果树和葡萄树。他的夙愿便是有朝一日能在欧洲基督教教友的帮助下，重返骑士团从前的家园。岁月流逝，这些梦想也付诸东流。然而，即使是拉·瓦莱特本人对于将马耳他作为骑士团基地也不是很满意。他曾经建议将的黎波里作为总部，但是这座城池在1551年的沦陷让他的希望成了泡影。
1552年，当胡安·德·奥迈德斯（Juan d’Omedes）是大团长的时候，利奥·斯特罗齐（Leo Strozzi），一位颇有声望的指挥官，考察了马耳他的防御状况并指出了若干地点的缺陷。大团长和议事会随即指派了一个委员会报告具体细节并准备防御改善计划。首要且最明显的防御弱点就是大港湾主入口处的北面毫无防备。因此，骑士团决定在这一位置上，也就是遍布岩石的希贝拉斯山的海岬尽头（现今瓦莱塔的位置）筑起一座堡垒。同时，在森格莱阿（或者叫作伊斯拉）海岬的末端兴建另外一座堡垒。后面这座星状堡垒由西班牙工程师佩德罗·帕尔多（Pedro Pardo）设计，俯瞰着大港湾的南部并与圣安杰洛堡形成交叉火力封锁住船坞海汊（骑士团舰队的停泊处）的入口。这座名为圣米迦勒堡（Fort St Michael）的要塞迅速修建完毕。
希贝拉斯山尽头的堡垒则是一项更为困难的工程。那里已经有一座瞭望塔和一个礼拜堂，而且很多个世纪以前此处还有一座塔楼和一个灯塔。马耳他语里“希贝-拉斯”的字面意思为“海角上的光”，很有可能从腓尼基时代起在那个地方就有某种类型的灯塔。古迦太基商人在那个时代就已经在使用大港湾了，也正是他们赋予了这个岛“马尔勒斯”（Maleth）的名字，意为“避风港”。该名字后来又被希腊人转变成“墨利忒”（Melita），意为“蜜地”，这便是马耳他岛名字的由来。
在希贝拉斯山上老瞭望塔的位置，另一座星形堡垒于1552年由帕尔多督造而成。这座名为圣艾尔摩（St Elmo）的新堡垒不仅俯瞰大港湾的入口，还居高临下控制着希贝拉斯山北部另外一个重要港湾马萨姆谢特的入口。圣艾尔摩堡面积不大，呈四角星形，由用沙子和石灰岩建成的高墙围绕着。由于堡垒筑于坚固的岩石之上，攻击者不可能通过挖掘地基的形式破坏它。不幸的是，由于堡垒是匆匆建成的，采用的石料并非上等材质，而且，也没有时间在城墙内建造甬道和胸墙以保护守卫者躲避敌军对城墙内部的狂轰滥炸。不过，堡垒四周挖掘了很深的壕沟，在陆地上面向希贝拉斯山的一侧还兴建了外崖，或者称之为三角堡。这种类型的防御工事目的是为守军提供一个阻止敌军前进的坚固据点，并尽可能地坚持一段时间直到守军只能撤入要塞继续防守。在海上朝北一侧设有二线防御工事，一个骑士塔，高于城垛，可以使用火炮或枪支控制周围区域。
圣艾尔摩堡的弱点在于，由于建立在海岬的尖端，它处于相对较低的位置。从希贝拉斯山的山坡上，敌军可以用火炮居高临下地压制这座堡垒。圣艾尔摩堡的防线总长大约有800米。
在决定建造圣艾尔摩堡的那一年，骑士团得到了很明显的预警，大规模的攻击行动迫在眉睫，理应有所防备。图尔古特在马萨姆谢特湾登陆，并大摇大摆地向比尔古和圣安杰洛堡开拔，希贝拉斯山上和马尔萨（Marsa，大港湾尽头处的低洼地）都发生了战斗。图尔古特在意识到敌方力量太强后，重新登船并驶向北边的戈佐岛。他彻底摧毁了这个小岛，并且把大部分居民掠为奴隶。
这次袭击暴露了马萨姆谢特湾的弱点，也使得圣艾尔摩堡的建造工作加速。然而，直到拉·瓦莱特成为大团长的时候，堡垒的一个主要缺陷才被根除。在面向马萨姆谢特的一侧，也就是敌军很容易接近骑士塔和堡垒的地方，另一个三角堡用泥土和柴捆草草地建了起来。骑士团自有其难处，建起这个小三角堡所用的泥土和木材不得不从西西里岛上的帕萨罗角（Cape Passaro）海运过来。骑士塔和三角堡均与堡垒主体相连，前者由吊桥连接而后者由狭窄的固定桥连接。三角堡几乎是在土耳其大舰队抵达的同时才完成建造的。
建造这些新防御工事，连同改善现有工事所需的资金，都由骑士团的金库拨出。而拉·瓦莱特走马上任的时候骑士团的财政状况不是很好，同时骑士团上下的士气也不高。经年累月的流亡生活，加之比对马耳他岛和罗德岛之后的精神幻灭，都是这种状况的诱因。雪上加霜的是，1551年，也就是在大团长胡安·奥迈德斯的任期内，的黎波里陷落，这更是让骑士团的士气一落千丈。大团长把的黎波里总督、大元帅德·瓦利耶（de Vallier）认作丟城失地的替罪羊。结果德·瓦利耶一返回马耳他便被囚禁了起来。
拉·瓦莱特一上任就释放了德·瓦利耶元帅，这件事意义重大。两年后，拉·瓦莱特任命他为拉尔戈（Largo）地区的行政长官，这是骑士团里职责最为重要的职位之一。瓦莱特深知的黎波里的陷落并不是德·瓦利耶元帅的过错。他自己曾经是的黎波里总督，试图改善其防御却徒劳无功。的黎波里的陷落很大一部分原因要归咎于大团长胡安·奥迈德斯，他不仅对手下总督的警告毫不在意，而且也没有提供必要的人力物力来确保的黎波里的安全。
意识到加强马耳他的防御需要花很大一笔钱，瓦莱特立即着手恢复骑士团的财务状况。历史学家布瓦热兰（Boisgelin）记述道：
在［瓦莱特的］管理下骑士团恢复了其最初的威信，之前在德意志的部分省份和威尼斯共和国骑士团的威信都受到了很大损害。他收回本应收归骑士团金库的收入的努力也同样获得了成功，这些收入已经很长时间没有上缴了。
1551年那一年是骑士团事业的最低点：的黎波里陷落，罗德岛收复无望，骑士们士气低落。到了1565年，瓦莱特彻底转变了这一状态。作为一个纪律严明的管理者，他对各种违法乱纪采取零容忍的态度，包括私下决斗、在各自会馆之外另觅新居，以及喝酒赌博等由于历任大团长管理不严而在骑士团队伍里滋生的恶行。“于言行处见英雄”，正因如此，他要求手下骑士做到的他自己都身体力行。他对遵守宗教信条一丝不苟，同时也是骑士团这么多年来最出色的将军和舰队司令。
除了建造新的防御工事外，骑士团也强化了比尔古（骑士团的基地）原有的防御设施。原本在一片狭窄低地上的小渔村在三十年后面目一新。狭窄的街道被扩建以容纳各大语区的会馆。满是从罗德岛带来的圣物的骑士们教堂成了骑士们生活的中心。兵工厂、印刷厂以及医院也随之兴建起来。小礼拜堂有如雨后春笋般在马耳他渔民的平顶阿拉伯式房屋之间涌现。圣安杰洛堡建起了一个大谷仓。在要塞所处的坚硬岩石之上骑士团还开凿了隧洞，作为加莱船奴隶的住所。
圣安杰洛堡本身由一道狭窄的壕沟与比尔古分隔开来，并且设有两层火炮平台用以控制大港湾的入口。比尔古由一条连绵不断的防线围起来，防线总长约达三公里。在防御工事朝南，或者说是面向陆地的地方建起了高高的护城墙，以及两座棱堡和护城墙两端的半棱堡。在这强大的防御工事之外，坚硬的岩石之上还开辟出了一条大壕沟。
到了1564年深秋，瓦莱特确信一场针对他的岛的进攻马上就会开始。他在君士坦丁堡有自己的间谍，大多数是威尼斯商人。从他们那里他了解到苏丹的船坞和兵工厂的活动如火如荼。10月，苏丹的国务会议刚一结束，春季行动的准备工作便已开始，大舰队将驶向马耳他。如此规模的行动不可能瞒过外国商人，很快情报便被藏在商人的货物清单和文件中传递回马耳他（由柠檬汁做成的隐形墨水将对大团长至关重要的信息藏在“字里行间”）。
拉·瓦莱特现在可以确定如此大规模的海上入侵行动只能是针对马耳他的。尽管当年的航海季节已经过去，他还是立刻派遣船只向北驶往西西里通知总督堂加西亚·德·托莱多（Don Garcia de Toledo）。这一消息迅速传遍整个欧洲，抵达尚在各自庄园或在君主宫廷的骑士团骑士耳中。通过快船和汗流浃背的骑手，信息被传达给圣约翰骑士团尚未归队的弟兄：“春季之前到骑士团本部报到。苏丹意欲围攻马耳他。”
有一件事拉·瓦莱特不知道，那就是苏丹也有自己的间谍。“两个叛教的工程师，一个是斯拉夫人，另外一个是希腊人”伪装成渔民探访了马耳他。他们“观察了每一门火炮，并且测量了每一座炮台；之后安全地回到了金角湾，并向苏丹保证马耳他几天之内就能拿下……”
