时值4月，沧海波平，舰队驶离君士坦丁堡，不慌不忙地直下爱琴海。皮雅利无意过快穿越广阔的地中海中部，他希望舰队能在5月抵达，因为那时海上风平浪静，安全更有保障。
焦灼地等待着的拉·瓦莱特很快就得到了舰队出动的消息。通过君士坦丁堡当地的商人、渔人以及看见舰队路过的商船，他对派来对付他的军队有了大致的了解。他听说了在舰队离开港口的时候一些大帆船被拖曳在加莱船后面；也听说了在一场风暴中，一些船被吹向沙滩，其中的一艘带着1000人沉到了海底，另外一艘连着几门火炮以及8000桶火药也沉没了。这些损失丝毫没有影响舰队不可阻挡的前进之势，这多少让他了解了这支正前往马耳他的队伍的规模之大。苏丹召集起来对付他的舰船和部队规模很有可能超出了这位大团长最悲观的估计。
历史学家在土耳其军队的规模到底有多大这个问题上看法不同，但即使是最保守的估计也不少于3万人，而大多数当代编年史家的估计为4万人。这些数字指的都是训练有素的战斗人员，还不包括水手、奴隶，或其他为如此庞大的军队提供后勤补给的编外人员。6300余名近卫军（Janissaries）[1]构成了作战队伍的中坚，他们个个都是从奥斯曼帝国军队里层层选拔出来的精英和神枪手。这一时期的近卫军总人数约为4万，他们在土耳其算是最精锐的部队，因此，我们有理由推测被派往马耳他的这些人是精英中的精英。
大约9000名来自安纳托利亚[2]、卡拉曼尼亚（Karamania）[3]和罗马尼亚的西帕希（Spahis）[4]构成了军队的主体。另外有4000名非正规军[5]，他们是一支由宗教狂热者组成的特殊部队，被训练成了届时冲向城墙缺口的敢死队。军队的主要人员是4000名志愿兵和5000名应征兵。大量的希腊叛教者、黎凡特人和犹太人也乘着他们自己的船只或特许船跟随着舰队。这些人以及其他的随军人员紧随大舰队之后，就如同企图分得些残羹冷炙的豺狼尾随于捕猎中的狮子一样。
除了搭载这些部队以外，舰队还运载着8万发炮弹，1.5万公担[6]（150英担）用于火炮和围城武器的火药，以及2.5万公担用于火枪和小型武器的火药。入侵军队为围攻做好了充分准备，尽管苏丹的间谍说这场围攻“只需几天就能大功告成”。另外港口的军需官也没有忘记军队将要宿营地区的地形，准备了一袋袋的羊毛、棉布、绳索、帐篷和许多马匹以供西帕希使用，还从商人那里采购了船帆和给养。他们知道在马耳他“军队既不会找到任何房屋作为住所，也不会找到耕地或木材”。
行驶在舰队前列的是统帅们的两艘桨帆船。穆斯塔法的旗舰是苏莱曼赠予的私人礼物。这艘船原本被设计为苏丹本人的主舰，由无花果木打造而成，名为“苏丹娜”号（Sultana），拥有二十五排桨位。其桨手为两百名土耳其自由民，而非加莱船奴隶。船长是一个远近闻名的海盗，曾在巴巴罗萨手下服役并且在整个东部地中海以“岛间苏莱曼”的绰号让人生畏。
皮雅利作为舰队司令也不甘落后于穆斯塔法帕夏。他的旗舰是一艘拥有三十四排桨位的加莱船，“博斯普鲁斯海峡上所能见到的最大最美丽的船”。在精雕细琢的镀金艉楼上，由纯丝绸织锦做成的天篷遮挡着地中海上的太阳。在舰队司令的船尾之上立着土耳其大帝的私人旗帜——一块银箔方形牌匾，边长10英尺，顶端附着新月和拖曳着马鬃的金球。这表示苏莱曼大帝就在船上，由他的近卫军代表。苏丹本人也是一名荣誉近卫军，拥有列兵的礼仪性头衔。据传“当苏莱曼来到近卫军队列之前领取他作为列兵的薪水时，他习惯性地从阿迦手里接过一杯果汁并祝辞‘我们将在红苹果见面’”。这里的“红苹果”意为“永恒之城”。[7]在这支正摇摇晃晃地驶在风平浪静的海面上的庞大舰队里，很多人注定会在红苹果见面，但永远不会再次见到君士坦丁堡的宣礼塔和翠柏。
与此同时，大团长拉·瓦莱特也完成了他的备战工作。所有位于比尔古和森格莱阿的城墙之外的建筑都被夷平，这样狙击手便没有了藏身之处。骑士团的七艘桨帆船有两艘向北驶向了墨西拿，剩余的五艘中有三艘被安置在了圣安杰洛堡后方的护城河上，两艘（“圣加百列”号和“库罗纳”号）被凿沉在比尔古外部的水域里，将来还可以再被打捞出来。
农民们被勒令带上所有牲畜以及所有能上缴的蔬菜和春季作物来到比尔古和姆迪纳的高墙之内，这样入侵者将一无所获。瓦莱特确信比尔古将在进攻中首当其冲，为了防止这个城堡变得拥堵不堪，他下令将大部分不能作战的人迁入姆迪纳避难。类似的命令也被发往戈佐岛，一旦入侵开始乡民将前往岛上要塞避难。
拉·瓦莱特可能判断敌人会从东南面展开攻击，因为马尔萨什洛克宽阔的港湾在整个夏季对于苏丹的舰队来说是良好的避风处。然而，他也深知还有一个更好的抛锚地，那就是圣艾尔摩堡北边的马萨姆谢特。可以预见到土耳其舰队司令企图以风卷残云之势直驱这个安全的入口，尤其是考虑到图尔古特和其他土耳其海盗在过去都有利用马萨姆谢特湾的传统。因此圣艾尔摩堡，这个新修建且尚未经过实战检验的堡垒，可能将承受第一次猛攻。无论土耳其舰队是从大港湾还是马萨姆谢特湾着手攻击，圣艾尔摩堡都会是第一道阻挡，守卫它是重中之重。
路易吉·布罗利亚（Luigi Broglia），一个来自皮埃蒙特的七旬老将是这个重要位置的统御官。尽管这位老将尽人皆知的勇气让瓦莱特敬佩，但是瓦莱特还是觉得有必要选派一个年轻一些的人来进行辅佐。他任命了西班牙骑士胡安·德·瓜拉斯（Juan de Guaras）作为支援队伍的头领以及防卫的副指挥官。城堡的正规防卫力量只有6名骑士和600名士兵。瓦莱特又增派了200名西班牙步兵，由堂胡安·德·拉·塞尔达（Don Juan de la Cerda）指挥（这支西班牙部队是于5月13日才由西西里抵达的，西西里总督原来承诺过的1000名援军最后只来了这些人）。另外还有来自七大语区的46名骑士作为志愿者也来到圣艾尔摩堡加强防卫。
至于姆迪纳和戈佐岛上的城堡，大团长也尽其所能地加强防卫。他将骑士团大部分的马匹和骑兵送往姆迪纳。尽管议事会上有人建议放弃这两处地点，将所有有生力量集中于大港湾区的重要据点，瓦莱特仍然因为两地所具有的袭扰价值而坚持保存其防御力量。如果土耳其人如瓦莱特所期将大本营设在马耳他岛南部，那么维持骑士团与马耳他岛北部、戈佐岛乃至西西里岛的联系将至为重要。
到了5月中旬，入侵看起来已是剑拔弩张的时候，耶路撒冷圣约翰骑士团的第46任大团长召集了所有同袍。这是他最后的机会在大会上向所有兄弟讲话了。他比谁都清楚，很多兄弟自此之后就永远不会再听到他讲话了。
即将打响的战役是两种信仰之间的对决。异教徒的大军对我们的岛虎视眈眈。我们是基督千挑万选出的战士，如果天主需要我们杀身成仁，此时此刻便再好不过。那么，我的兄弟们，让我们不再犹豫，走向圣坛。在那里我们将重申誓言，以圣礼重铸信仰，以信仰视死如归。诚既勇兮又以武，终刚强兮不可凌！
比尔古的街道上因为疏散已是空空荡荡，唯有甲胄之声回响，那是全副武装的人们在向修道院教堂列队进发。时值春季，暖风和煦，碧波无浪，马耳他岛上的蜜蜂正忙于花间采蜜。阳光如黄油一般融在砂岩房屋和城垛上。爱奥尼亚海上，浩浩荡荡的土耳其舰队平波缓进，距此地已不到三百英里。
骑士们斗志昂扬地离开了教堂。“在他们分享生命的面包那一刻，所有的人性之弱均已不见，他们之间的所有分歧和敌意业已烟消云散。”
土耳其舰队中同样洋溢着志在必得的气氛。战士们在检视兵器铠甲，战马在畜栏里振鬃长嘶，奴隶如同织梭般躬身划桨。丝织天篷下的指挥官们端坐于席，吃着特拉比松（Trebizond）的甜葡萄，品着果汁冰糕，好不怡然自得。无论是在清晨、正午还是日落紫海的夜间，毛拉（mullah）们的声音都在劝诫着忠实的信徒。“啊，真正的信徒们，当我们与异教徒狭路相逢的时候，不要把后背留给敌人。无论是谁，如果背敌而逃，都将招致真主的怒火，他将在地狱中永无宁日。”同样的，他们也真诚地相信上天为殉教者留有一个美好的归宿。
[1] 也被译为加尼沙里军团、土耳其新军或苏丹亲兵。
[2] 大体上相当于现今土耳其共和国的亚洲部分。
[3] 即旧时卡拉曼公国的区域。卡拉曼公国是位于安纳托利亚高原的一个土库曼小公国，后为穆罕默德二世所灭。
[4] 该名字来自波斯语中的“sepah”，意为“军队”。西帕希为奥斯曼土耳其帝国的军事封建地主骑兵（也就是依赖地产维护，而不支薪的部队），其地位相当于欧洲的骑士，不过与欧洲骑士有所不同的是他们的土地不可世袭。
[5] 原文为Iayalars，又作Bashi-bazouk，在土耳其语里意为“群龙无首”或是“散兵游勇”。
[6] 计量单位，1公担相当于100公斤。
[7] Red Apple和Eternal city都指罗马。
