据史料记载，杨光先，字长公，徽州府歙县人氏。他的先祖杨升原为钱塘人，洪武二十九年（1396年）中乡试，后任徽州府学，从此世代定居于徽州，“遂为歙人”。杨升有一个儿子，名杨宁，字彦谧，明宣德五年（1430年）进士，官至礼部尚书，后调南京刑部尚书。这是杨氏家族中官当得最大的一个，相当于正部长级。由于他的战功，子孙世袭新安卫副千户，传至杨光先已六代。
杨光先早年在家乡的生活，史料记载并不多。我曾多方查找，所获甚少。前不久去歙县在当地朋友帮助下，于县城斗山街找到一处杨家大院。大院已破败，当地人也不知此院主人为谁，只知原是一处官宦人家的住宅。但查《歙县志》，上有杨光先为“府城斗山街人”的记载，而斗山街在明清时是当地富商达官聚住区，而该街只有一处杨家大院，由此推断，此处应为杨光先的祖居无疑。至于杨光先是否在这里居住过，以及他早年在歙县的生活状况则资料不详。如今，我们只能在杨光先自述中找到一些零星的记述。据他自己说，他自幼性格不好(原话为“生性下劣”，“气质粗暴，毫无雍容敬谨之风，纯是鲁莽灭裂之气。与人言事，无论兵刑礼乐，上下尊卑，必高声怒目，如斗似争”)，因此父亲告诫他，像你这种性格，如果做官，必遭杀身之祸。虽然父亲每天督促他读书，希望改变他的气质，但未能如愿。后来竟连科举考试也不让他参加，以绝其仕途。后来，他主动让出世袭职位，由其弟光弼承袭。用他的话说则是：“守父教也。”不过，这只是他个人的说法。因为就在他放弃世袭职位后，并未守父教，老实待在家里，而是“孑身入京师”，似乎另有所图，并不甘心就此碌碌一生。
杨光先入京，时为崇祯九年（1636年）。他一进京便参劾权贵，“舁棺自随”，一举成名。在他成名后，有人称他为“奇男子”，把他比作黄山始信峰，称“先生之奇始信于后世”；当然，也有人说他是小人、骗子，所作所为不过是沽名钓誉，借敢言直谏以博取高名。至于杨光先的动机究竟是什么，一时很难定论。但他出头参劾温体仁和陈启新，倒也顺应了当时的舆情。因为无论温体仁还是陈启新，都不是什么好人。温大学士把持朝政，奸庸误国，而陈启新也根本不是什么人才。他得到提拔后尸位素餐，什么事也不干，整天乘着破车，驾着老马，故作俭朴之状以迎合皇帝的心意。因此，杨光先的行动立刻得到朝野和士林的盛赞和追捧。特别是，在他参劾温体仁之后不到数十天，温体仁便倒台了，陈启新几年后也被追查，吓得逃之夭夭。虽然温、陈的垮台，其功劳不能直接记到杨光先的头上，但他从此声名雀起。崇祯十六年（1643年），即杨光先流放辽西六年后，明朝政权已江河日下，朝廷急需人才，有人向皇帝推荐杨光先。皇帝问：“是那个抬棺材的杨光先吗？”推荐人回答：“是。”崇祯说赶紧把他召回来，授大将军，但为时已晚。还没等杨光先回来，北京已经陷落，崇祯皇帝也吊死于景山之上了。
崇祯十七年（1644年），岁次甲申。这一年，清军入关，定都北京，因此纪年表上亦称顺治元年。改朝换代，大乱大变。这期间，一个小小的杨光先自然不值得关注。从顺治元年至十六年（1659年），整整十几年时间里，杨光先在做些什么？史料鲜有记载，只有德国人魏特所著的《汤若望传》中稍有提及。汤若望是西方著名的传教士，也是顺治十七年（1660年）教案中最主要的当事人。杨光先把他视为“主要仇敌”。魏特站在传教士的立场上，当然对杨光先没有丝毫好感。在他的笔下，杨光先是一个性格充满黑暗、诡诈、嫉妒和刻毒的老头儿。他说：“他(杨光先)做了一生诬蔑陷害，与毁灭洁白无过失的人们的事体。”他还说，受他陷害冤死的人有“百名以上”。他的打击目标主要是那些富有阶级，以至于那些人不得不花钱消灾。杨光先就是通过这样的无赖举动，赚了一份可观的家私。“满人战胜之后，他(指杨光先)又返回南京，照旧做他那诬蔑讹诈的事业，有一次几乎丧失了自己的脑袋。但是，他乘机逃亡北京，而在北京便获得了一位亲王的宠幸。这样，他便算有了资格，可以出入朝中，奔走于各衙门之间了。”
从以上文字看，明政权崩溃后，杨光先曾去过南京。他去南京干什么？崇祯十七年（1644年），南京是明朝陪都，曾建立过短暂的福王政权，持续了一年之久。杨光先去南京是否为了投效福王政权？不得而知；而他有一次差点丢了脑袋，事出何因？也未说明。之后，杨光先又逃往北京，时在何年？又如何获得宠幸，如何出入朝中的？均语焉不详。但是，有一点几乎可以认定，杨光先结束流放后，并没闲着。他一直在四处活动，这再次说明他是一个不甘寂寞之人。当然，对于魏特的说法也有专家提出质疑。历史学家陈占山教授就认为，魏特的说法“因无他籍旁证，此说不可全信”。
准确地说，杨光先重新回到公众视野中应在顺治十七年（1660年）前后。这期间，他再次引起注意，是因为进京上疏，反对西教。明亡之后，杨光先重新回到京城已是七十老翁，但他好斗的性格依然未改。这一次，他是与西方传教士较上了劲，一门心思，死缠烂打。在他余生不到十年的时间里，这几乎成了他的全部生活重心。当然，杨光先这么做并非一时兴起，而是蓄势已久。
西方传教士早在明嘉靖年间就来到了中国澳门，但直到万历年间才进入中国的京城。最早来到中国京城的传教士是意大利人利玛窦。他曾两次进入北京，第二次才算留了下来。尽管他第二次进京并不顺利，一路上跋山涉水，费尽周折，中途还一度遭受拘押，在天津关了将近半年。但有幸的是，在他进京之后却受到了朝廷的礼遇。先是被安排住进了官方招待外国使节的四夷馆，后来又获准在宣武门内建造一座教堂，即今天北京的天主教南堂。有种说法，利玛窦在京期间曾受到万历皇帝的召见，但对此有人表示否定，认为皇帝从来没有召见过他，包括和他一起进京的西班牙传教士庞迪我。据说有一次，利玛窦和各国使臣一道进宫准备接受召见，但不知何因，皇帝并没有露面，最后众人只好失望地对着皇帝的龙椅行礼了事。尽管对于传教士，皇帝似乎没有给予足够的重视，不过对他们赠送的自鸣钟、钢琴和地图倒是颇感兴趣。这可能也是利玛窦获得皇帝好感的原因之一。在他死后，皇帝还赐予利氏一块墓地，以供其安葬。
西方传教士进入中国，并非一帆风顺，而是颇费周章。为了在中国立足，他们往往是以先进的科技文化为手段，来达到传教的目的。在经历了文艺复兴之后，西方的科技文化有了长足的飞跃。由传教士带入中国的先进天文学、兵工学、数学、地理学、医学和西洋绘画、音乐等等，打开了国人的眼界，具有很大吸引力。在利玛窦来华之前，中国人并不知道世界上有五大洲。利玛窦印行的《山海舆地全图》，首次让中国人接触到了近代地理学知识。他用铜铁制造天球仪和地球仪，讲解地球的位置和各星球的轨道，让人耳目一新。与利玛窦一起来京的西班牙传教士庞迪我还奉朝廷之命，帮助修改历法，并绘制了四大洲地图。这在一定程度上丰富了中国的科学文化，促进了中西方科技文化的交流。尤其是在天文历法方面，西方传教士所掌握的新的科技文化知识受到中国官方的极大重视。许多传教士，包括汤若望、南怀仁等之所以受到重用，都与精通天文历法有关。
中国是一个农业社会，历朝历代都对历法的修订十分重视。所谓历法，国之大典。因为历法不仅与农业密切相关，而且与天道、天象乃至国运不可分割。明代实行的《大统历》推验天象，屡屡出错，多年来修历的呼声不绝于耳。传教士进入中国后，他们带来的欧洲天文学方法经过推验显然更为先进。因此，崇祯二年（1629年），礼部奏请开局修历，得到批准。在礼部侍郎徐光启的主持下，设局于北京宣武门内，先后聘请多名传教士入局修历。这是过去从未有过的。在这些传教士中，最著名的一个就是汤若望。
徐光启是明末官场开放派的代表。他一向主张向西方学习，并对西方科技具有浓厚的兴趣，他早年跟随利玛窦学习多年，并受洗加入天主教，教名保禄。作为崇祯朝的礼部尚书和文渊阁大学士，他身居高位，但从历史上看，他在中外交流和科技上的贡献却远大于他的官职。他不仅翻译和整理过《几何原本》(前6卷)《泰西水法》《测量法义》《勾股义》等十多部西方科技著作，而且还编撰一部享誉中外的《农政全书》。该书具有很高的价值，与《齐民要术》等书一起并列为中国古代“四大农书”。在修历方面，徐光启也功不可没。他大胆聘用西方传教士，以西法为基础，对旧历进行全面改造，历时六年完成《崇祯历书》一百三十五卷。该书卷帙浩繁，工程浩大，不仅系统全面地译介和引进西方天文学体系，而且采用新的理念、新的计算方法和新的观察测量手段。如，它在计算方法上采用了几何体系，相较于中国传统的数学体系有了质的提升；它还采用了西方较为精确的天文数据和通行的度量单位，这也是一种新的尝试。虽然在成书前一年，徐光启已经去世，但经他审定的部分高达一百零五卷，占总卷数的百分之七十以上，其功劳显而易见。
从明末的情况看，西方传教士的传教活动已逐步打开局面，并卓有成效。尤其是利玛窦等人通过结交朝廷高官，巩固了自身的地位。在他之后，汤若望等人也受到朝廷的礼遇，并与部分政府高官保持了良好的交往。有学者统计，明末士大夫中秀才以上入教的有三百多人，其中一品官员十四人，进士十人，举人七人；另有皇室成员一百四十人，太监四十人。至于普通民众则人数更多。早在万历三十八年（1610年），利玛窦去世时，北京的天主教徒已达四百多人，而全国的教徒人数则达两千人之众。
虽然如此，但反教的风波从未停止，激烈的文化冲突也不断发生。在利玛窦去世六年后，礼部侍郎沈榷，连续三次上疏，发起了对传教士的激烈攻击。他以“散布异端邪说，反对儒学经典”“宣扬天主，而不承认皇上的权威”“秘密结社，图谋不轨”等罪名向朝廷提出指控。这些罪名都上纲上线，大得可怕，任何一条都足以置对手于死地。更可笑的是，他还把信徒手划十字，视为发动叛乱的暗号加以揭露。尽管这些指控证据并不充分，但还是受到了保守势力的强烈呼应。南昌三百多名秀才签署了一份请愿书，请求皇帝禁止传教，驱除异端。这股风潮来势凶猛，而此时朝中东林党正在失势，而阉党魏忠贤为了打击东林人士，也与沈榷结成同盟。面对这一局面，徐光启也无能为力。此时他官阶尚低，仅为翰林院检讨。虽然上疏为天主教辩解，但人微言轻。万历四十四年（1616年）七月，皇帝下令禁教，逮捕或驱逐教会人士，史称南京教案。
南京教案发生不是偶然的。在这之前，民间已发生大小教案五十余起。这一方面说明，西教在明末传播迅速，另一方面也说明信教和反教的矛盾在不断积累，最终不可避免地爆发出来。
南京教案发生后，天主教受到了一定的打击，但传教活动并未停止，而且传教士的境遇也没有想象的那么糟，部分传教士甚至继续受到朝廷的礼遇。这也可以看出，明朝廷对洋教的态度还是比较宽松的。到了崇祯年间，情况进一步好转。此时，徐光启升任礼部尚书，授东阁大学士，入参机务，受到重用。在他主持历局期间，先后起用传教士龙华民、邓玉函入局修历。邓玉函死后，他又奏请朝廷，聘用汤若望、罗雅谷到局任事。传教士的影响进一步扩大，而汤若望也正是从这时起逐步脱颖而出。此后他名望日高，成为与利玛窦齐名的明末清初最著名的传教士，向有“利汤”之称。
汤若望出生于德国一个贵族家庭，早年受过良好的教育，天资聪颖，知识广博，这为他日后来中国传教提供了便利。
明天启二年（1622年），汤若望受耶稣教会的派遣进入中国。这一年他刚入而立之年。不久，汤若望来到北京，以其数理天算等方面的知识引起朝中人士的关注，此后他被徐光启引入历局。明亡清兴，他继续主持历局工作多年，对明末清初的历法修撰作出重要贡献。正因为如此，他在明末和清初都受到朝廷重视，而在清朝初年，他受到的恩宠更是史无前例。这也是他后来遭到杨光先和保守派猛烈攻击的原因之一。
公元1644年，即明崇祯十七年、清顺治元年，北京经历了一个极为动荡和混乱的时期。三月，李自成大军围攻北京，传教士一片恐慌，开始陆续撤离，只有汤若望一人仍留守城中。北京传教会会长龙华民在撤离前曾劝说汤若望一块儿离开，但汤若望没有听从。他想尽自己的职责保护教堂和教友。事实上，他真的做到了。面对闯兵烧杀奸淫，不少教民纷纷躲进教堂避难，尤其是一些女教友在他的保护下躲过了一场劫难。对于这些农民起义军，汤若望显然没有好感，他称他们为“强盗”。据他在回忆中说，他曾被带至匪首处，罪名是有人告发教会藏有大量财宝，这是“强盗们”最感兴趣的东西。所幸的是，告发者并未得逞，那个号称“二王爷”的闯兵首领并没有为难他。他称呼汤若望为“大法师”，并把他带入内室，以茶酒款待。从二王爷那里回来后，他的安全便有了保证。一个月后，清军攻入北京，起义军仓皇败退。临走前，他们奉命四下放火，打算烧掉全城。但在大火弥漫之中，唯有天主教堂没有着火，尽管“匪兵”曾七次向教堂投掷火把，但这些火把都自行熄灭了。汤若望把这一奇迹归功于信仰的力量。因为他一直都在向天主祈祷，他还把一些圣牌、圣像投到了房上，以求天主的庇佑。
五月一日，清军进入了这个他们曾经多次围困而无法得手的北京。明朝的文武百官和百姓在饱受起义军的祸害之后，不仅没有进行任何抵抗，而且还有不少人出城五里以外跪迎清军。现在，这些明朝的敌人竟像解放者一样受到了欢迎。清军统帅多尔衮入城时，人们更是山呼万岁。
然而，对汤若望来说，麻烦并未过去。满族军队刚进城不久便下达了一道命令，要求所有的北城居民必须在三日之内限期迁出，这当然也包括耶稣教会的教士。
汤若望请求得到恩免。因为一来教堂无法搬走；二来教堂内有许多圣书、圣像以及供研究之用的仪器设备，数量甚大，其中仅欧洲书籍就有三千卷，三天之内根本无法搬迁；此外，汤若望还保存了一大批印制历书的刻板，这些刻板一经移动必致损坏。他来到内阁举行会议的大殿外，向新政府求情。此时大殿前已跪满了人，汤若望也在人群中跪了下来，等待呈递禀帖。不过，人群很快就被驱散了，卫兵们用皮鞭和棍棒抽打他们，把他们从大殿前赶走，只有汤若望被留了下来。之后，一个姓范的大臣走到他的面前，接过他的禀帖，看过之后向他询问了一些情况，然后便让他回去，第二天再来听候批复。
据《汤若望传》记载，他回去不久，便有两个满族官员前来核实情况，发现汤若望所禀俱实。第二天，批复便下来了。一个官员当面向他宣读了公文，不仅准许他继续留住北城，而且还以皇帝的谕令，要求八旗各部谨遵此命，不得滋扰。汤若望拿到公文，如获至宝。当即回到住所，这时糟糕的情况正在发生：一些满人已经占据了教堂，正在进行布置。他们俨然主人，一见汤若望就把他往外赶。可当汤若望亮出上谕时，他们才一个个目瞪口呆，被迫离去。此后，汤若望把那道公文悬于教堂门前，这如同一把上方宝剑，从此无人再敢骚扰了。
汤若望无疑是幸运的，无论是被他称作“强盗”的闯王军队，还是满族的新政权，都没有为难他。然而，他当时并不知道，更大的幸运还在等待着他。
有一种说法是，汤若望与新政府建立起良好的关系，始于他的主动报效。为了报答清政府的保护之恩，他向多尔衮进呈了修历建议，并受到多尔衮的重用。而另外一种说法则是，多尔衮主动找到他，请他出山帮助修历。不论哪种说法正确，都与修历有关。
历法的重要性不言而喻，一个新朝的建立能否与天象合一，则是长治久安的标志。满人入关前有自己的历书，但他们的历书科学程度不高，错误较多。建都北京后，钦天监的官员们为了向新政府示好，忙不迭地向摄政王多尔衮进呈改制的明朝历书，但摄政王对此很不满意。因为这部历书舛错百出，既不能上合天象，亦不能下应地事。后来，他听说欧洲人汤若望做过较好的历书，便下令把他找来。
钦天监的官员们当然不想去找汤若望，故意拖延此事。明崇祯年间，钦天监推算不合天行，日食失验，皇帝一怒之下，“欲罪台官”，差点把钦天监的官员给办了。后来，徐光启奏请设局修历，引进西人，钦天监中的旧员逐渐受到冷落，自然是对汤若望等传教士心怀不满。尽管他们拒不执行多尔衮的指令，可是汤若望还是被找来了。当内廷的差官把他领进宫时，他并不知道召他所为何事，及至见到摄政王多尔衮本人后，方知是为了修历之事。于是，他们进行了亲切交谈，这次会面是他们友好交往的开始。汤若望决定进呈新修的历书，并报效新朝。
汤若望进呈的新修历书是在《崇祯历书》基础上修订的。该书由徐光启和李天经先后主编完成，是明代修历的重要成果，全书一百三十五卷。虽然此书早在崇祯七年（1634年）业已完成，但直到崇祯十六年（1643年）才颁诏通行天下，造成这个结果的原因是保守派的反对，他们认为历书采用西法，不合祖制，致使崇祯帝首鼠两端，犹豫不决，迟迟未予颁行。等到决定颁行时，大明江山气数已尽，因此这本历书并没有真正用过。不过，对于《崇祯历书》，汤若望是再熟悉不过了。因为他曾亲自参与修订，深知这部历书的得失所在。虽然它在某些方面，参用西法，具有新的突破，但由于保守思想的影响，并未真正打破《大统历》的系统框架。在某些方面，甚至不得不削足适履，以迎合旧制，以至于一些先进的西方理念和技术并未运用到位，推验多误。汤若望在向多尔衮进呈这部历书时，也把此书的优劣详细作了报告，并建议在此基础上进一步修订。他还把自己用新法推验出来的本年度八月初一的日食时间和图像进呈，请求派员测验。多尔衮听了很高兴，他把钦天监官员送呈的历书也交与汤若望过目，并请他做出专业评判。第二天，经过检查，汤若望找出该历书存在的七大错误，并当面向进呈该历书的钦天监官员们一一指出，令他们无言以对，深感颜面无光。
七月，朝廷批准汤若望的想法，准其在明历基础上修订新法。这部新法摄政王亲自定名为“时宪历”，“以称朝廷宪天乂民至意”。八月初一，日食来临之际，摄政王派大学士冯铨等官员同赴观象台测验，结果回回科误差一小时，而大统历所标日食图像竟有一半差错，只有汤若望的新法，时间、图像均与实际一一契合。这是一次有力的证明。德国人魏特把这称之为一个“为全国所知晓的胜利”。冯铨与同去的官员无不惊叹。他们上奏朝廷，对汤若望高度赞誉。皇帝也下诏褒奖，谕云：“旧法岁久自差，非官生推算有误，新法既密合天行，监局宜学习勿怠玩。”这是对汤若望的新法天算的充分肯定。
满人敬天畏天，对天算人才充满敬意。在他们看来，深谙天象之人也能通晓尘世的一切，而历法的良善也关系到社稷的千秋万代。因此，汤若望的地位得到确立，并受到清王室的尊崇。在准确预测日食三个月后，朝廷还决定授予汤若望钦天监监正一职。朝旨云：汤若望掌钦天监监印，该监所有人员和事务悉听调遣。
钦天监是观察天象，推算节气，制定历法的官方机构，监正为最高长官。对于这项任命，汤若望一再推辞。因为他的主要任务是传教而非其他，故而不想把过多的精力耗费于官场。可是，朝廷并不准许。有人甚至善意地提醒他，不要一再坚辞，因为这样很可能会被误解为他仍然效忠于前朝。汤若望只好接受了任命，成为第一个由西方人出任的掌管国家历法的最高官员，而从一个受聘的外籍专家到朝廷命官，这无疑是一个根本的转变。
顺治二年（1645年）十一月，经过数次修订，在汤若望主持下，修编完成了《时宪历》一百卷，由清政府批准实行，而汤若望修历有功，朝廷特加太常寺卿衔，以资褒奖。此后他不断获封。先是受封通政使司通政史(正二品，服俸加二级)，后又诰封为光禄大夫，恩赏其祖先三代一品封典。应该说，这是汤若望最辉煌最荣耀的时期。
然而，谁也想不到的是，进入康熙朝后，仅仅几年时间，他便从天上跌落地下。一桩因历法而起的大案使他锒铛入狱，险些人头落地，而这桩大案的发起者就是杨光先。
杨光先是明末清初反西教的急先锋。有人总结他一生干过两件大事，一是劾权贵，一是尊圣学。前者是指他崇祯十年（1637年）抬棺弹劾温体仁和陈启新，后者便是指他反教排教，发起康熙四年（1665年）的历法大案。两者相比，无论持续时间长短，还是影响大小，前者都无法与后者相比。有人鼓吹说：“先生之奇，不在于劾权贵，而在于尊圣学。”称他参劾西教的奏疏是“生民以来，圣圣相传”，“诚古今来不再见之鸿文，真足与天地并垂不朽”，比汉宋以来的儒学经典“功高百蓗”，“甚至不在孟子下矣”。简直把他捧上了天。
那么，杨光先究竟做了什么，竟受到如此追捧？
事情得从顺治十六年（1659年）说起。此时杨光先已经重新来到北京。如果说，在他来京之前经过了一段消沉，那么，从顺治十六年（1659年）起，他的知名度陡然增高，原因就在于从这段时间起，他开始着手他的所谓“尊圣学”的事业，并于康熙四年（1665年）掀起了一场轰动全国、震惊世界的排教大案。
杨光先反对西教由来已久。这从他的文章中可以明显看到。不过，他的排教活动在明末似乎并不突出，史料记载也不多，直到顺治末年才迅速升级。其口诛笔伐，风云一时，俨然成了反西教的头面人物。
从现有的资料看，杨光先的一系列讨伐“檄文”，包括一些奏章呈文，约二十篇，也大多写于顺治末年和康熙初年。后来这些文章汇辑成册，定名为《不得已》。何为不得已？按杨氏的说法，就是“士大夫者，要主持世道也”。如何主持世道？就是要“正三纲，守四维”。如今洋教盛行，而我举世学者，竟无人敢于纠正。邪教之力，如此之大!照此下去，“三光晦，五伦绝矣”，“此而可已，孰不可已”!这就是他的所谓“不得已也”。也就是说，面对西教猖獗，他不能再沉默了，也不能不站出来说话了。
杨光先的反击开始了。从顺治十六年（1659年）起，他先后写了《辟邪论》《距西集》《摘谬十论》等数篇文章，向天主教发起猛烈的攻击。他在文章中声称，西人耶稣会，非中土圣人之教，“实西域七十二种旁门之下，九十六种邪魔之一”，公然宣称万国均为邪教后裔，这是要灭我中华祖先，其所谓天主、亚当、夏娃等纯系无稽之谈。圣母玛利亚生子耶稣，非婚受孕，居然童身未坏，岂不荒谬至极？男女媾精，万物化生，人之常道也。世间惟禽兽知母而不知父，可耶稣邪教竟有如此荒诞不经之说！他还指责耶稣是“叛国渠魁”，事败正法，钉于十字架上，本是大快人心，可其邪心不死，居然三日复生，这不是愚弄信徒，胡说八道吗？他还把当时著名的传教士和中国信徒，如南怀仁、安文思、潘进孝、许之渐、许谦等人，逐一点名，痛加批判。
在火力对准天主教的“荒唐教义”和“歪理邪说”的同时，他还从历法入手，对汤若望等传教士毫不留情，大加挞伐，指控他们“假以修历为名，阴行邪教。延至今日，逆谋渐张”。他还责骂徐光启为“邪臣”，因为就是他违反海禁之令，把汤若望等举荐于朝，才使他们有了今天的地位。为了引起官方警觉，他还从国家安全的角度大声疾呼，指出惑众妖书公开刊行，邪教徒分布各省咽喉，结交士大夫为羽翼，煽动诱骗小人为爪牙，受蒙蔽者越来越多，像水从高处流下，可“朝廷不知其故，群工畏势不言，养虎卧内，识者以为忧”。他还把天主教比作白莲教，诬其暗中结社，图谋不轨，说教徒张贴十字架极有可能是一种妖术，而使用望远镜明为观察天文，实则十分可疑。
杨光先的这些文章极有煽动性。为了扩大影响，他把《辟邪论》《距西集》印行五千册，四处散发。其所产生的效果，用他的话说是“朝野多谬许之”。也就是说，大多数人都表示赞许。后来，他的《不得已》印行时，有人称杨“实为本朝第一有识有胆人”，赞其书“正人心，息邪说”，“持论锐利”，实为“第一有关名教、有功圣学、有济民生之书”。据史料记载，此书印行后，西人以重金购之，每部二百金，“悉为焚毁，欲灭其迹”。至雍、乾年间“传本已鲜”，极为珍贵，由此也可见影响之大。
当然，对于杨光先来说，这些声讨只是开始。或者说，只是一种战前的热身，为了从思想舆论上先声夺人。到了顺治十七年（1660年），他的正面强攻开始了。
这一年的五月和十二月，他先后两次上疏，弹劾汤若望等传教士。第一次上疏，史料不存，难窥其貌，而第二次上疏，其文稿以《正国体呈稿》为题收入《不得已》集。该疏从历法入手，控告汤若望两大罪状。其一是暗窃正朔，盗窃名器。原来，汤若望完成《时宪历》一百卷进呈朝廷时，首页写了“依西洋新法”字样。在杨光先看来，大清之官，修大清之历，历面上怎么能写“依西洋新法”？这是不尊皇上，而把西洋奉为正朔。对此，他早在五月第一次上疏时，就纠弹过此事，可汤若望置若罔闻，不知检举改正，以赎不臣之罪，而是坚持不改，“是藉大清之历，以张大其西洋”，“罪不容诛矣”。
其二，新法推闰有误。其中特别提到将立春提前一天，“是不应立春之日而立春，应立春之日而不立春”。每年立春，皇上都要进行迎春大典，这是何等重要的大事!现在新法居然弄错日期，淆乱盛典，其“亵天帝而慢天子，莫此为甚焉”，这是该杀之罪!
最后，他总结说：“总之，西洋之学，左道之学也。其所著之书，所行之事，靡不悖理叛道”，而天主教人之狼子野心，“谋夺他国，是其天性”。如今他们呼朋引类，外集广澳，内外沟连，不可不防。如果任其“党与炽盛”，“不几养虎自贻患哉”!
但是，这两次上疏均未达到目的。第一次是“不得上达”，第二次则是“礼部未准”。究其原因，乃与汤若望此时恩宠未减，地位稳固不无关系。
汤若望从顺治朝到康熙初年，不仅深得皇父摄政王多尔衮的信任，而且与孝庄皇太后及小皇帝福临本人都关系亲密。汤若望学识丰厚，对于天文、地理、制造、火器和医学都有相当的研究，这使清皇室对他尊重有加。有一次，皇太后生病，派人来咨询汤若望。汤若望当时并不知道病人是谁，但听了来者讲述，知病情不重，乃取铜牌一枚让来人带回让病人佩戴，不久太后病愈，后来太后一直戴着这枚铜牌，以为佑护。还有一次，顺治帝的皇后患病，也被汤若望治好。这些都使皇太后对汤若望心生崇敬，并尊其为义父，而顺治帝也尊称汤为玛法，即满语祖父。顺治临朝后，对汤若望更是礼遇有加。除了加官晋爵，恩赏不断，还经常召汤进宫，或亲临馆舍，与之交谈。顺治帝是一个勤学的皇帝，由于年幼娇养失学，临朝后发愤苦读，五更起读，至晚不辍，前后九年，几曾呕血。在与汤若望的交往中，他经常向汤若望请教天文、历法等方面的问题，并征询有关军国大事方面的意见，双方来往密切。考虑到汤年事已高，顺治不仅免除他君臣跪拜之礼，还专门为他备下一个舒适的软椅，而汤若望每每进出宫廷也“有如家人父子”一般。汤若望一度还想劝说顺治皈依天主教，但未能成功。
这些礼遇和厚待，除了个人之间的感情和信赖之外，也与清初宽容的宗教政策不无关系。满族信奉萨满教，但入关以后，对汉人的佛、道、儒三教并不排斥，允许其与萨满教并存。历史学家陈垣先生说，清初顺治、康熙对天主教并不认可。顺治帝看过天主教书籍后大不以为然，认为荒唐悠谬之说，无逾此书。康熙也说过此类的话，但这并未妨碍他们对天主教采取宽容的态度。
由于受到清皇室的礼遇，汤若望在清初的地位一直受到重视，他的意见甚至对皇帝本人也有影响。杨光先在文章和奏疏中多次说到“邪教之力如此重哉”，以至于“举世学人，不敢一加纠正”，“事关万古纲常，愤无一人请讨”，他要“不惜齑粉”“忿不顾身”云云。这些话虽有夸大成分，但也并非凭空所指，从中亦可见汤若望的影响之大。
顺治十六年（1659年）的两次参劾虽然失败了，但杨光生并未罢手，一边四处活动，积极准备，一边等待时机。这期间，他又一口气写了多篇排教文章。从收入《不得已》的文章篇目看，有《与许青屿侍御书》《选择议》和《孽镜》等。这些文章与他前期写的文章一脉相承。在《与许青屿侍御书》中，他对《天学传概》一书全面批判，声罪致讨。《传概》是一本宣扬天主教教义的书，由传教士利类思和安文思所著，后经李祖白润色，并以他的名义印行出版。李祖白，字然真，系天主教徒，教名约翰，官至钦天监监副(一说为钦天监夏官正)，是当时公认的中国最有才华的天算学家。书中提出天主上帝，开辟乾坤，天下万国尽是德亚国（古犹太国）之子孙，这引起杨光先极大愤慨。他认为，如果耶稣为天主，那么在他出生之前，即中国汉哀帝以前则为无天之世界吗？而我中华祖先尧、舜又被置于何地？我大清之天下来自于三皇五帝之正统，如今竟成了“邪教之苗裔”？这不是“谋叛本国，明从他国”吗？至于皈依西教，不得供奉祖宗牌位，更是非圣之文，毁我周孔礼教。“如此妖书，罪在不赦。”杨光先对此非常气愤，文中多次出现“祖白之胆何大也”“祖白之头可斩也”之类的激愤之词。
《传概》刊行时，书前有一篇许青屿做的序言，对天主教大加赞赏。许青屿是顺治朝进士，官至御史，为清初名臣。由于许青屿名气很大，“此序出未二月，业已传遍长安”。杨光先对此极为不满。他在文中公开向许叫板，指责他身为圣门贤达，天子谏臣，居然对于这样的妖书，不发竖眦裂，掷书于地，反倒为之作序，这是不尊孔孟，得罪名教，必遭后世唾骂，而先生之名也将累于一序。后来，康熙四年（1665年）排教案发生时，许青屿因此序受到牵连，不过有后世学者考证，《传概》之序系伪作，并非出自许青屿手笔。这已是另外的话题。
《与许青屿侍御书》系杨光先这期间所写的一篇重头文章，而同一时期所写的《孽镜》和《选择议》也值得一提。《孽镜》主要火力集中在攻击西洋新法上。比如，他嘲笑新法把大地说成一圆球，上下四方布列国土，虚悬于太空之内。照此说法，地球上边的人和地球下边的人岂不要脚对脚了吗？这样的荒唐之说竟然也能骗人，因此他要像高悬照妖镜那样，以照出“新法之妄”。不过，从今天看来，由于对近代科学缺乏了解，加之思想上的对抗，此文东拼西凑，词不达意，多处暴露了杨光先的无知和可笑。
至于《选择议》则是拿荣亲王的葬期说事，认为阴阳五行之理，相克相化，用对了凶可化吉，用错了则吉反变凶。荣亲王之命属火，以水为杀，应选二木生旺之月，避水克火，“此化难生恩之法也”。可现在所选的葬期犯了三杀：月犯生杀，日犯党杀，时犯伏吟，四柱无一吉者，不知依何书何理而选？幸好用在葬数月之王(按，《清世祖实录》称荣亲王生下四月而薨，所以杨文称之为“数月之王”)，若用之宦庶之家，“其凶祸不可言矣”!这篇文章篇幅不长，言辞也不激烈，看似无足轻重，实则却成了后来扳倒汤若望等传教士的重磅利器。这是后话。
从顺治十七年（1660年）至康熙三年（1664年），前后四年有余。这期间，杨光先虽然没有上疏，但对西教展开的持续猛烈的思想舆论攻势从未停止。他不是一个人在战斗，在他的背后支持他的有朝廷高官、太监、士绅阶层以及钦天监中反对汤若望的势力。这股力量十分强大。他们彼此呼应，不断地制造事端。顺治元年（1644年），任命汤若望为钦天监监正的谕旨下达后，竟被礼部扣压不发。直到第二年，顺治皇帝发现汤若望的奏疏中没有署上监正的头衔，经查发现是礼部从中作梗，立即予以严斥，礼部这才不得不办。对于皇上的谕旨居然也敢阳奉阴违，抗旨不发，原因就在于礼部尚书恩格德从中作祟。
恩格德是一个痛恨西教之人，而钦天监直属礼部管辖。恩格德对汤若望的任命从一开始就不赞成。汤若望到任后，公正严厉，对礼部并不言听计从，这使恩格德十分不快，不久又因荣亲王葬期之事双方撕破了脸，闹到了最高层。这事的起因是礼部误用时辰（将辰时误用午时）从而导致荣亲王未能在吉时下葬，这就犯了大忌。荣亲王是顺治第四子，生下三月(一说四月)而薨，连名字都没来得及起。不过，这个早夭的皇子来头却不小，他的母亲就是顺治帝的爱妃，死后追封为孝献端敬皇后。说起孝献端敬皇后，一般人可能会感到陌生，但一提到董鄂妃，知道的人就多了。她是顺治帝最宠爱的妃子，民间有许多关于她的传说。其中一个说法是，她原是江南名妓董小宛，但这个说法并无根据。《清史稿.后妃传》中说：“孝献皇后董鄂氏，内大臣鄂硕女，年十八入侍。”这可能是一个比较靠谱的说法。顺治帝对董鄂妃的宠爱，史料中有很多记载。说她初封贤妃，一个月后晋皇贵妃，顺治帝还为她的晋封大赦天下，死后追封为皇后。所谓“眷之特厚，宠冠后宫”，毫不夸张。董鄂妃死后，顺帝痛不欲生，差点自杀，后来传说顺治出家也与此有关，可见对她是一片痴情。
董鄂妃生下的唯一一个儿子就是荣亲王，虽然产下数月便死去，但为了安慰自己的爱妃，顺治帝仍追封这个不幸的王子为和硕荣亲王。亲王加“荣”字极为高贵，在清代十二等封爵中列为头等，有清一代也只有两位亲王获此殊荣，而这个早夭的荣亲王就是其中之一。不仅如此，顺治帝还下令为其建造了一处规模宏大的亲王园寝。这一切，当然都是看在他娘的面子上。
然而，就是这么一个顺治皇帝如此看重的事，葬期却被搞错了。按《汤若望传》中的说法，搞错葬期的是恩格德，他擅改下葬时刻，并谎称这是根据钦天监选定的时间。这件事的后果相当严重，因为按照风水学的说法，死者在吉时下葬，关系到子孙永享荣华富贵，兴旺发达，反之则会灾祸无穷。
可怕的是，这个说法似乎得到了验证。因为荣亲王下葬不久，董鄂妃便一病不起，驾鹤西去。更糟糕的是，四个月后顺治帝也随之病薨。这种不吉利的事情相继发生，随着误用葬期的事被揭发出来，事情的性质便变得极为严重。恩格德为了逃脱责罚，把责任一股脑儿地推给了钦天监，声称是他们误报了时辰。这一来，作为钦天监监正的汤若望不得不站出来澄清事实了。他具折奏明朝廷，指出错误的葬时并非由钦天监所误报，而是由礼部所擅改。这一来，作为礼部尚书的恩格德便难脱干系，朝旨处死。汤若望出于好心，向皇上求恩，恩格德方获恩赦，免除死刑，革职充军。与恩格德一起遭受处罚的还有礼部一干人员，如郎中吕朝允、笔帖式额勒穆等。
应该说，在这件事上汤若望并无过错，他出来说明情况也是不得已而为之。钦天监机构下设四科：一是历科(原名时宪科)，二是天文科，三是漏刻科，四是回回科。其中历科最为重要，其职责是掌管天算天象与编定历书等事务。该科之下又分三组，其中一组就是专为祭祀等活动选定吉日的。荣亲王在错误的时间下葬，汤若望如不禀明事实，不仅钦天监负有责任，而且他的属下也难逃追究。可是，他这样一来，便把恩格德和一班礼部大员彻底得罪了。
除了礼部不满汤若望外，钦天监内部也对汤若望任职十分抵触。在清代以前，钦天监一直是大统历和回回历的天下。大统历明初由开国元勋刘基(字伯温)进呈，名为《戊申大统历》，修于元时，有明一代一直沿用。传教士们习惯地称它为中国历法。回回历产生于环地中海地区，由穆斯林天文学家创立。早在元代就进入中国，在中国历法史上占据重要地位。元明两代，朝廷设有回回司天监，为官方天文机构之一。明洪武年末期，回回司天监撤销，并入钦天监，在监下设回回历科。该科成员均由回民历学家担任，采取世袭制，职名为回回历士，而在钦天监内部则实行大统历、回回历双轨制，一直沿袭至明末清初。
明朝成化以后，大统历推验屡误，随着修历呼声不断增高，徐光启引用西人修历，大统历逐渐衰落。不过，回回历由于自身独特的体系并未被取代。清初，汤若望出任钦天监监正时，仍保留了回回科的设置，并且允许他们按照自己的方法进行观测，并定期向朝廷呈报结果。
不过，好景不长。顺治三年（1646年），汤若望下令禁止回回科进呈推验结果，这引起了回回科的恐慌。在这之前，由于推验屡误，回回历法的信誉已大幅下降，他们在监局的世袭地位也受到威胁。面对这样的局面，他们当然心有不甘，开始联合监局内的保守力量，包括天文科、漏刻科的部分反西教人士，处心积虑制造难题，并以一些极为幼稚和恶劣的理由攻击西方的天算科学，试图搞倒汤若望。虽然他们得到了礼部部分官员的暗中支持，但都没有成功。不过，这些“捣乱分子”(汤若望语)也的确制造了不少麻烦。汤若望不得不花费大量精力来对付他们。有一次，他们状告汤若望出任钦天监监正不合法，因为没有找到关于他任命的谕旨。内阁会议对于这样的指控当然要进行审理。在审理过程中，汤若望被带到院子的太阳下暴晒，竟致患了头疾，三日未愈。好在这份谕旨后来从文档中找了出来，那些告他的人才没有得逞。对于这些接二连三的捣乱，汤若望不胜其烦，在高层的支持下，他决定把那些“捣乱分子”一一革除，并对监局内的人员进行了调整补充。一些受到汤若望信赖的（其中大部分为基督教信徒）
走上了各级岗位。除此之外，汤若望还革除陋习，整顿秩序，清除监内的无用人员，对傲慢无理的满族官员加以责罚，从而逐步站稳脚跟，使钦天监的工作按照自己的意志运转起来。
顺治十四年（1657年）四月，原回回科秋官正吴明炫上书弹劾汤若望，鸣冤叫屈。他说臣祖上来自西域，自隋便被“授为日官”，专司历法天象，每年推算，定期呈报，是为定例。可顺治三年（1646年），本监掌印汤若望废除回回科进呈定例，但臣发现汤若望新法所推七政，存在谬误，事关象占，“不敢不据实上闻”。最后，他强烈要求恢复回回科，“以存绝学”。朝廷受理此案后，派人验证，结果发现吴明炫指摘新法谬误，所告与事实不符，被判“诈不以实”，险些丢掉性命。
这是一次失败的尝试。吴明炫碰得头破血流，而回回天算家的阵营也受到严重挫败。此后，他们表面上消停下来，没有发起公开的进攻，但暗中仍在积蓄力量，伺机反扑。就在这期间，杨光先来到京城，他们一拍即合。杨光先攻击西教甚力，虽“好高论大言，稍通历法”，但天算艰深，非其所长。为了扳倒汤若望，他曾试图寻求“羲和旧官”，即钦天监中的汉人官员的帮助，但并未得到响应。杨光先对此很不满，他曾在文章中指责这些人“尽叛其家学而拜仇人作父”。所谓“家学”，即大统历，而“拜仇人作父”，则是说他们投靠了汤若望。他还用“反摇尾于贼跖，以吠其生身之祖考”来挖苦讥讽他们。
