由于汉官不给力，杨光先颇感失望，但他很快就与回回科官员建立了盟友关系。据清人彭孙贻《客舍偶闻》云，杨光先与吴明炫为同郡人，两人相善。明炫自谓知历，每次交谈，历数汤若望新法之误，杨光先闻之大喜。他正愁找不到懂历法的人为他提供炮弹，现在有了吴明炫这个“知历”之人，自然是求之不得。
吴明炫，又名吴明烜，后者因避康熙名讳而改。有史料把明炫、明烜误认为兄弟二人，实则不确。吴明炫曾任回回科秋官正，康熙历案发生后，他一度重回钦天监任监副。可以肯定的是，在康熙历案中，他是一个举足轻重之人。有人甚至推测，杨光先一系列反对西洋历法的文章，在策划、撰写和润色上可能都与他有过商量，并得到过他的帮助。这种可能并不排除。
在吴明炫的支持下，经过一番精心准备，杨光先终于再次出手，向西教发起了新一轮的攻势。一场惊天大狱从天而降，不仅震惊了全国，而且震惊了整个西方基督教世界。由于此案因历法而起，又被称作康熙历案。
康熙历案，起于康熙三年（1664年）七月，至康熙四年（1665年）三月结案，前后八个月。与以往不同的是，该案一是立案快，二是审判规格高，三是处罚严厉。
康熙三年（1664年）七月二十六日，杨光先具疏题参，状告汤若望等人图谋不轨，传妖书以惑天下，请依律正法。状告当天，堂司官便收下状子。八月初五日，密旨下部，谕礼部、吏部会审。次日，汤若望等传教士便到案受审。从立案过程看，前后不到十天，可见立案之速。
从审判过程看，此案先是礼部、吏部会审，之后刑部再审，再之后三法司复审，最后由亲王、辅政大臣、大学士、六部九卿和八旗都统等组成的御前会议进行终审。审判的程序十分繁复而漫长，而且经历了诉讼上的一切例行手续，并由最高的御前会议裁定。其规格之高，称得上是所谓的“一等大狱”。
从判决结果看，汤若望和七名钦天监官员处凌迟，五人斩首。与此同时，天主教被宣布非法，在京传教士一律充军，各省传教士则押送广州，驱除出境。这个判决可以说极其严厉，对西教堪称是一次毁灭性的打击。
出现这样结果也许让人意外。从顺治十七年（1644年）五月到康熙三年（1664年）七月，前后四年有余，杨光先使出浑身解数，上蹿下跳，试图扳倒汤若望，均告无果，可在康熙三年（1664年）七月，仅用半年时间便达到了目的。其实，说意外也意外，说不意外也不意外。中国是一个官本位社会，尤其是皇权统治时期，君临天下，一言九鼎，任何纷争，包括学术纷争，最终水落石出都取决于高层的态度。杨光先的胜利同样如此。
顺治十八年（1645年），福临病薨，其子玄烨继位，年号康熙。康熙皇帝继位时年仅八岁，由四大辅臣佐政。顺治死后，汤若望顿失奥援，而四大辅臣中保守势力占据上风。其中鳌拜和苏克萨哈都仇视西教，提倡复古。尤其是苏克萨哈，在德国人魏特的笔下，他“是最恶劣种类的基督教仇视者”。此时，恩格德，那个因擅改荣亲王葬期被流放的前礼部尚书也回到京城。朝中形势大变。杨光先也许正是瞅准了这个时机，兴起了大狱。
八月初六日，审判开始。到案的有汤若望、南怀仁、利类思、安文思等传教士和李祖白、潘尽孝、许之渐、许保禄等汉人。李祖白，即前边提到的《天学传概》一书的作者；许之渐，即许青屿，是为《天学传概》作序的翰林御史；而作为太监，许保禄的罪名则是帮助散发《天学传概》一书。杨光先的指控主要集中在三点：一是谋叛本国。在《时宪历》封面上竟书“依西洋新法”，暗窃正朔之权，以尊西洋。二是妖书惑众。声称天主上帝，开辟乾坤，污我国人乃邪教之子孙。三是邪教布党京省。散布圣牌、圣像、十字架，以及教义等宣传品阴谋叛乱，并在澳门等地建立巢穴，“逆形已成，厝火可虑”。审判之初，主要围绕谋反展开，但这些指控，证据并不充分。
此后的审判又进入历法层面。由于天文学是一门专门的学问，不仅杨光先本人一知半解，那些审判官们也全是外行。面对一群外行，再好的争辩也无异于对牛弹琴。于是，传教士们提出你们控告新法虚妄谬误，那么，康熙四年（1665年）1月1 6日，恰逢日食。当时，西法、大统和回回三派都已进行推算，并将结果呈报礼部。谁对谁错，只要拿出来验证一下即可见出分晓。主审官员批准了这一提议。结果在众目睽睽之下，只有新法完全正确，而大统和回回均存误差。这一来，主审官们大为尴尬。此后，传教士们又提出要验证春分时刻，他们再也不敢接受。为此，杨光先辩解说：“日食准否事小，谋夺他国事大。”他还说：“宁可中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。”这就偷换了概念，把学术之争引入了政治斗争范畴。接下去，为了保证审判有效地进行，他们开始在汤若望进呈二百年历、错用荣亲王葬期等事上大做文章。这些本属枝节问题，但却可以随心所欲借题发挥，乱扣帽子。
这样的审判对于传教士们简直就是一种折磨。作为首犯的汤若望，此时已是七十三岁高龄，加之不久前身患重病，“他的肢体麻痹瘫痪，甚至口舌结塞，而右手不能运用”，完全成了一个半残废之人。在审判中，他只能依靠他的学生南怀仁为他抗辩。南怀仁出生于比利时贝当城，十八岁时受洗加入天主教，精通天文、数学。三十四岁来到中国，先是在西安传教，后被汤若望召至北京，供职于钦天监。他是汤若望之后最著名的传教士和天算学家。康熙二十一年（1682年），他受到朝廷重用，官至钦天监监正，累加工部侍郎，是传教士中任职最高的官员。不过，当时他只是一名普通的传教士。由于他并非朝廷命官，因此在审判中，他与利类思、安文思和许保禄被系上九条锁链。这九条锁链三条系颈项，三条系臂腕，三条系腿足。这是重犯才上的刑具。由于南怀仁是四人中最年轻的，因此系他的锁链也最重。汤若望与李祖白等人，由于是朝廷命官，开始还受到优待，未上刑具，可等到案子转至刑部时，这种优待也取消了，就连重病在身、行动不便的汤若望也被毫不留情地系上九条锁链。
旷日持久的审判使病情不断加重的汤若望苦不堪言，但他坚持不认罪，不断为自己申辩，但他的抗辩毫无作用。因为审判过程只是一个形式，而结果早在审判开始前便已预设。据《汤若望传》说，为了赢得这场审判，杨光先和他的党羽们大肆贿赂，整个官司中花费白银四十万两，而回教徒贡献的宝珠就有十八颗之多。这种说法究竟有多少根据，不得而知。但最后的结果却是他们希望看到的。
康熙四年（1665年）三月，先后有二百余人参加的御前会议做出了最后的判决。对于历法之争，判词完全一边倒地站在了杨光先一边。最可笑的是判词中有“所摘十谬，杨光先、汤若望各言己是，历法深微，难以分别”之语，既然是“难以分别”，又如何做出判决？其实，这也不难，只要在判词中采信杨光先的一面之词，而对汤若望一方的辩解只字不提，便可达到目的。因为对于那些复杂艰深的历法术语，也没有多少人能弄明白，包括那些审判官在内。真正让人明白的罪状只有两条：一是汤若望进二百年历，“俱大不合”。因为天佑皇上历祚无疆，难道我们皇帝的江山只有二百年吗？显然这是用心不良。二是，汤若望选择荣亲王葬期，“不用正五行，反用《洪范》五行，山向年月，俱犯忌杀，事犯重大”，而且后果极为严重，导致皇贵妃和皇上先后薨逝，这是存心要毁我大清，实属大逆不道。
杨光先等人的策略收到了效果。其实，前一条罪状完全是欲加之罪，何患无辞，而葬期一案早在顺治朝就有定论。可在恩格德的运作下，如今完全翻了过来，不再是礼部误用时辰，而是钦天监“不用正五行，反用《洪范》五行”导致的恶果。这样一来，责任便完全落到钦天监的头上。在审判中，南怀仁极力为汤若望辩护，他说即便这个错误是钦天监造成的，也不能归咎于汤若望和其他受审的官员，因为在监局内他们只负责天算部分的工作，从不过问吉日的选择。然而，这样的辩解根本无人愿意去听。
康熙四年（1665年）三月，最终的判决下达了：汤若望和钦天监七人凌迟，五人斩首；在京传教士充军，各省传教士押送广州，驱逐出境。现在，只待最后一道手续，即呈奏皇帝批准便可执行了。传教士们的命运似乎已经注定，所有人都认为在劫难逃。他们在狱中互相鼓励，抱着为信仰而死的信念，并视殉教为一种无上的光荣。然而，就在这时，意外的事发生了——北京城和京师附近连续发生了天象异变。
据《清史稿.灾异志》记载：“三月初二日，京师地震”；“初四日，锦州地震”；“四月十五日，滦州、东安、昌平、顺义，地震两次，房垣皆倾。”地震带来了极大的恐慌。另据《汤若望传》描述：就在判处汤若望死刑的文件呈送皇上与太皇太后时，是日11时，“北京便起了一阵地动，摇撼全城之建筑。由地内隆隆发出雷鸣之声。城内房屋之倒塌者不计其数，甚至城墙亦有百处之塌陷。连汤若望牢狱之墙壁，亦皆倒塌。城内多处地面裂成隙口，东堂房顶之十字，亦被震落于地。同时陡起劲风一阵，吹扫城市。地上吹起之灰尘，遮天蔽日，使北京顿成黑暗世界。人们俱由屋内窜至街上，看守传教士们之狱卒，亦皆惊窜逃亡。而宫殿中之纷乱则为最烈，皇上及太皇太后，所有宫中之妇女，宦竖太监，以及其他之大人物，俱皆逃至屋外，露宿于帐篷之中。这一次地动之后，同日还又继续发生三次，在以下三日中，每日皆发生一次”。
除此之外，早在康熙三年（1664年）冬，正当礼部和吏部会审汤案时，彗星便开始出现，而且持续两个多月才熄灭。利类思在《不得已辩》中有“星变者再，地震者五”之语，可见那段时间星变和地震之频繁。面对天象示警，朝廷宣布大赦天下，但汤若望等传教士并不在赦免之列。太皇太后这时发话了，认为对汤若望等人处分过重，并说先帝在时对汤若望恩宠有加，你们难道非要置他于死地吗？这位太皇太后就是一直把汤若望视为义父的孝庄皇太后，她是顺治的母亲，康熙的祖母。后宫的干预使辅政大臣们不得不对此案进行改判。
第一批获得赦免的有利类思、安文思、南怀仁和许保禄，他们被释放出狱；汤若望从轻处置，由凌迟改为斩首。看来，辅政大臣们仍然不想放过汤若望。可是，四天后，在太皇太后的干预下，此案再次改判，刑部宣布汤若望对荣亲王葬期并不知晓，情有可原，死罪可免，决定取消死刑，释放出狱。至此，西方传教士全部得到了赦免，但是，钦天监的汉人官员就没那么幸运了。李祖白等五名汉人官员仍被斩首。不过，许青屿（那个为《天学传概》作序的）由于不是教民，仅作削籍处置。据陈占山《杨光先评传》说，审判结束后，政府对传教士做如下处置：仍准汤若望等四位原来在京的传教士留居北京（原判为充军），但禁止传教；其他由全国各地押解至京受审的二十多位耶稣会士、多明我会士和方济各会士等，均押赴澳门。“以杨光先为代表的中国落后保守势力的排教活动，至此基本上达到了预期的目的”。
康熙历案后，西方传教士从钦天监中被尽数清除，朝廷任命杨光先管理钦天监，先是任他为右监副，杨光先一再推辞，五次叩阍辞疏。朝廷皆不准。在辞疏中，杨光先提出种种理由，所谓“六不敢受职之畏”“二不敢受职之羞”，概而言之，即自己学识不够，难以胜任。他在奏疏中说，官以“钦天”名，必精于历数历理者，而他是“止知历理，不知历数”，“但知推步之理，不知推步之法”。这一点，他倒是有自知之明。的确，仅凭他对历法的那点皮毛知识，捣乱尚可，办正事万万不能。因此，接到任命，他吓得“汗流浃背”，无论如何不敢接受。但是，朝廷以为他是谦辞，五次驳回他的奏疏，不仅如此，还把授予他的监副改授为监正。
这一来，杨光先骑虎难下了，只能走马上任。上任之初，他罢西洋新法，试图恢复大统历，由于得不到相关人员的支持，加上大统历本身错误百出，此举困难重重。此后，他不得不寄希望于回回历，奏请吴明炫（此时已改名为吴明烜）为钦天监监副，以为臂助。
转眼三年过去了。十四岁的康熙皇帝开始亲政，朝中风气大变。康熙是个勤政好学的皇帝，从幼年开始便不分寒暑，昼夜苦读。除了对中国传统学问手不释卷，精研深读外，他对西方科技也颇感兴趣，并对天文、地理、算学等进行过认真研究。康熙历案发生时，他尚年幼，当政后重新审理此案，凭借的正是自己对天算学的深入了解。他曾这样说过：“尔等惟知朕算术之精，却不知朕学算之故。朕幼时，钦天监汉官与洋人不睦，互相参劾，几至大辟。杨光先、汤若望于午门外九卿前，当面赌测日影，奈九卿中无一人知其法者。朕思，己不知焉能断人之是非，因自发愤而学焉。”
康熙对西方科技的虚心学习态度使杨光先的日子不好过了。在这之前，钦天监的工作屡屡出错。康熙五年（1666年）的两次日食都出现误差，引起非议。是年二月，杨光先奏请朝廷，请求采用北齐的候气之法，可这一千二百多年前的古法早已失传。杨光先四处延访，两年未果。与此同时，历法错误越来越多。
朝廷此时又想到了西洋新法，由于汤若望已病逝，决定起用他的学生南怀仁治理历法。康熙七年（1668年）七月，钦天监呈奏新制的康熙八年（1669年）七政民历。该历由吴明烜按回回历体系制作。结果其中出现两次春分、两次秋分，而且算错了闰月的时间。南怀仁发现后，具疏题参。可是，这份奏报起先遭到了辅政大臣的扣留。此时，四大辅臣中索尼、苏克萨哈已死，剩下鳌拜和遏必隆两人，同旗结党，把持朝政。尽管他们横加阻挠，但这份报告最终还是到了康熙皇帝的手中。
这是一个历史性的转折时刻。康熙皇帝下令调查此事。谕旨要求各派历法人员放下门户之见，本着谁对听谁的原则，“务须实心，将天文历法详定，以成至善之法”。根据康熙的谕旨，一次由各派历法人员参加的天算大会召开了。据《汤若望传》中记，这次大会召开的时间是康熙七年（1668年）圣诞节后的第二天。经过激烈的辩论，西洋新法完全占据上风，而杨光先和吴明烜所修的七政民历错误百出，受到极大的孤立。
在事实面前，杨光先仍然强词夺理，进行狡辩。会后觐见皇帝，南怀仁提出，应进行一次实地验证，以资证明各派方法的对错与优劣。对于这一提议，两名辅政大臣也无法反对。验证的结果很快出来了。在大学士图海等二十多位官员的监督下，“南怀仁所言悉应，吴明烜所言悉不应”。这是一次完美的胜利，西法的优越性和科学性也得到了充分的证明。
不久，杨光先被罢职，交刑部议罪，上命夺官免死。而南怀仁接替监正一职，继汤若望之后重新执掌钦天监。
康熙八年（1669年）五月，鳌拜案发下狱，遏必隆也被治罪。此后，南怀仁上疏，状告杨光先、吴明烜依附鳌拜，捏词陷人，诬告汤若望，致李祖白等无辜被戮，请求平反昭雪。下议政王等议，判杨光先斩刑，吴明烜杖流。后康熙念杨光先年老，免其死，遣返原籍(于返籍途中死于山东)，吴明烜则杖责四十释放。与此同时，在康熙历案中受到牵连的传教士和有关人员均予平反，官复原职，恢复名誉。礼部还以皇帝的名义对汤若望修墓立碑，举行隆重的公祭仪式。一场轰动一时、前后长达十年的大案终于尘埃落定，画了句号。
杨光先死了，但他的故事并没有结束。康熙四十五年（1706年），由于礼仪之争，康熙下令全面禁教，传教士在中国的好日子结束了。它标志着一个较为开放时代的结束，并宣告了闭关锁国的开始。随着这个时代的到来，杨光先的地位开始逐步提升。历朝历代都有儒学名家不吝溢美之词，对其大加赞赏。一时间，杨光先成了反教的楷模、时代的英雄。不过，对于这样的人，用今天的眼光来看，似乎不难做出判断，相信读者心里也自有一本清账。鲁迅先生早就说过：“他（指杨光先）大约以为好历法专属于西洋人，中夏人自己是学不得，也学不好的。”可悲的是，这样的人今天还大有人在。是的，作为一个旧时代的标本，杨光先虽然早已远去，人们甚至不再记得他的名字，但他的阴魂似乎并未散尽，仍在四处飘荡，一俟时机成熟，就会借尸还魂，跳出来折腾一番，这样的例子倒也并不少见。
三、太平天国悲歌
咸丰元年，1851年。这一年八月，一个二十六岁的青年农民在家乡参加了太平军。他一把火烧了自家的房屋，和他一起加入太平军的还有他的兄弟。据这位青年后来回忆说，由于家中贫寒，父母养他兄弟二人，十分艰难。“家中之苦，度日不能”，他很小便以“种山帮工为食”；八岁至十岁间，曾随舅父读书，后因家贫中辍，不得不随父母“寻食度日”。这种缺衣少食、毫无指望的生活注定了这个青年日后要走上一条反抗的道路。因此，当太平军路过他的家乡时，宣布大家有食同享，他便毫不犹豫地投入了造反的洪流。
这个青年名叫李以文。也许你会对这个名字感到陌生。是的，1851年的9月，当他加入太平军时，起初只是一个普通的圣兵，直到几年后他才逐步崭露头角，成为太平天国后期最著名的统帅之一。1859年12月，即李以文参加太平军八年后，他被封为忠王，天王洪秀全用黄缎子亲书“万古忠义”四字相赐。不过，此时的李以文已不叫李以文，而改名为李秀成了。
李秀成是个极具军事天赋的人。在他初登领导岗位时，就很少打败仗，几乎就是一个常胜将军。如果在唐太宗手下，他会成为郭子仪；倘若在朱元璋手下，他会成为徐达，或者常玉春。然而，生不逢时，他偏偏生在洪天王的手下，这就注定了他的悲剧下场。
一个人再有能力也无法摆脱命运的安排，但个人的才华有时会在历史进程中大放异彩。
李秀成就是如此。
1856年，天京发生内讧，太平军元气大伤。清军借此时机，卷土重来，任命和春接替兵败自杀的向荣，出掌江南大营。两年之后，和春调集八万重兵，联营一百三十余座，挖沟筑壕，与此同时又在江中用舢板构筑水营，星罗棋布，环环相扣，把江宁周围百余里围得水泄不通。
为解天京之围，太平天国实施“围魏救赵”之计，四处出击，先后在浙、闽、鄂、皖、赣等地攻城拔寨，多方袭扰，诱敌分兵。
其实，太平军的战略并不是什么新东西，不过是几年前太平军一破江南江北大营时的老套路。当时和春的前任向荣就中了太平军的分兵之策，最后被太平军一举击败。然而，奇怪的是，和春居然没有接受教训，他并没有意识到危险的到来。作为一个军事指挥官，意识不到危险，实际上就是最大的危险。
果然，和春开始迭出昏招，一步步走进了太平军设下的圈套。他先是派兵援浙，后又派兵援闽。但太平军并不恋战，打了就走。他们神出鬼没，多点开花，湖北、江西、安徽也先后闻警。和春就像一个消防队长，忙不迭地四处扑火，随着太平军的指挥棒团团乱转。
就在和春四处分兵之时，太平军英王陈玉成和忠王李秀成两大名将突然挥师南下，三克扬州，二破江北大营。和春闻报，急派江南提督张国梁率部驰援，但太平军并不恋战，很快撤出。直到这时，和春还没有真正识破太平军的意图，相反，局部的胜利倒使他忘乎所以，放松了警惕。
1860年春，正在皖境作战的李秀成突然率部斜刺里杀入浙江，并迅速向省城杭州发起猛攻。警报传来，和春急派主力张玉良部驰援杭州。可是，还没等张玉良部逼近杭州时，李秀成突然一个漂亮的回马枪，剑锋直指天京城下。
据史料记载，李秀成是3月19日进攻杭州的，24日——仅仅五天之后，便撤了出来。但他诱使江南大营分兵来援的目的却圆满达到了。
致命的打击终于降临了！
李秀成撤离杭州后，迅速北上，一路过关斩将，以迅雷不及掩耳之势，连下高淳、溧阳、句容、秣陵关，直逼天京。与此同时，太平天国的另一主将陈玉成也率部自安徽全椒挥师东进。两路大军，“十道并进”，猛扑天京外围的江南大营。
直到这时，和春才明白自己上当了，但悔之晚矣。5月6日，太平军二破江南大营。所谓为山九仞，功亏一篑。转瞬之间，和春苦心经营的数百里长围顿时土崩瓦解，化为乌有。
太平军乘胜扩大战果，发起著名的西征。忠王李秀成挥师南下，席卷江浙，势不可挡。两江总督何桂清、江南提督张国梁、钦差大臣和春、江苏巡抚徐有壬、浙江巡抚王有龄，以及杭州将军瑞昌等高官名将都先后败在他的手下，而且一个个都死得很惨。
应该说，这是李秀成最鼎盛的时期。他的战绩辉煌，威名远播，令清军闻风丧胆。然而，就在和春战死后，清廷任命曾国藩接掌江南军务。李秀成碰上了真正的对手。
曾国藩是晚清赫赫有名的人物。他是湖南人氏，同进士出身，曾在朝中任礼部侍郎兼兵部侍郎。不过，咸丰十年（1860年），在江南大营二次溃败之前，他的地位远没有后来那么显赫，他所领导的湘军也不过是一支民团性质的非正规部队。
然而，时势造英雄。由于江南大营一溃再溃，清廷对绿营兵的无能表现失望至极，为了挽救局面，不得不倚重湘军，而曾国藩的地位也迅速提升。1860年4月，朝廷赏加曾国藩兵部尚书衔，署理两江总督。6月，实授两江总督，以钦差大臣督办江南军务，江南水陆各军均归节制。此时，曾国藩已成为执掌东南半壁军政大权的最有权势的人物。
李秀成的劲敌出现了。与曾国藩相比，李秀成几乎没有任何优势可言。1851年，李秀成加入太平军时，曾国藩已官至礼部右侍郎兼兵部右侍郎。这一年，李秀成二十六岁，而曾国藩已年届不惑。要论学问，曾国藩是同进士出身，而李秀成只读过两年书。当然，年资、阅历和学识并不决定一切，问题是曾国藩不仅年资、阅历、学识在李秀成之上，而且眼界、能力和胸襟也远非李秀成所能比，这就是李秀成最终败在他手下的原因之一。
有史家认为，曾国藩的才干，太平天国诸将中无人能及，除了洪仁玕之外。洪仁玕是天王洪秀全的族弟，自幼喜读经史，兼及天文历数，涉猎甚广。后至香港，留心西学，眼界大开。1859年他辗转来到天京，受到洪秀全的重用，命其总理朝政，加封为“开朝精忠军机顶天扶朝纲干王”。在天朝各级官员将领中，洪仁玕无疑是最有学识和眼界的，他所编著的《资政新篇》令人耳目一新，其中许多超前的先进理念，直到今天，仍令史学家们赞不绝口。然而，从严格的意义来说，洪仁玕只是一个理论家，不是一个实干家。他的许多先进理念只是停留于纸面上，从未得以实施。而且，由于他一到南京，身无寸功，便得到累累加封，这也引起了以李秀成为首的太平军诸将不满，虽有天王宠信，但他的计划却常常受到牵制阻挠，根本无法实现。
曾经有人假设，如果李秀成能与洪仁玕联起手来，以李的带兵能力，加上洪的战略眼光，完全可与曾国藩相匹敌，并使咸同年间的战局发生重大改变。但这种假设几乎没有可能。李秀成与洪仁玕不和，这是众所周知的事实。他也看不起洪仁玕，甚至不屑看他写的书，认为不值一提。李秀成以战功起家，在天朝最困难的时候，他挺身而出，发挥了中流砥柱的作用，可他晋封忠王却迟于洪仁玕将近八个月。天王的亲疏远近让他颇感不快。后来他在供述中抱怨道，咸丰九年（1859年），军情紧急，他守浦口日久，“内无军饷，外又无救兵”，天王疑他有变，甚至将他母亲和妻子押为人质。后又传说他有投清之意，“恐我有变，封我忠王，乐我之心，防我之变”。言下之意，封他忠王并非天王心甘情愿，而是情势所迫。
咸丰十年（1860年）的局势，由于江南大营的崩溃而变得错综复杂。太平军横扫江浙，使南方岌岌可危，临危受命的曾国藩这时尽管困难重重，但他并不慌乱。当各方都认为应该迅速出兵江浙时，他却把目光紧紧地锁定了长江岸边的古城安庆。
在曾氏看来，扭转战局，重在上游。用他的话说，即“固上游以规下游，防三省以图吴会”。这是他对当时总体局势的一个最重要的判断。
所谓上游，即指长江上游，其中包括武汉、九江和安庆。有人曾形象地比喻说，长江好比是一条长蛇，武汉为头，安庆为身，而天京则为尾。固上游，就是要先夺武汉、安庆，进而攻占天京；防三省，则指防住湖北、江西和安徽，之后江苏可图。
为了实现这一意图，湘军先是力克武昌，三进三出，最后得手。此后，又倾其主力杀向安庆。
安庆，又名宜城，是长江中游的一个重镇，地理位置十分优越。它东接皖南，北连皖东；南靠长江，与九江相连；西联湖北，与黄梅、蕲春、英山三县交界。自康熙六年（1667年）安徽设省后，安庆一直是省城所在地。太平天国建都南京后，安庆的战略地位变得极为重要。由于位于宁汉长江黄金水道之要津，它既是连接武汉和天京的纽带，又是天京的西大门。
因此，曾国藩认为，欲破金陵，必克安庆。按照他的计划，第一步克武汉，第二步夺九江，第三步便是占安庆。而其中最重要的一步就是拿下安庆。
安庆乃武汉、九江之门户，夺取安庆，就像扎下一根钉子，不仅切断了金陵的饷糈供给，而且也隔断了“江淮各贼”与天京的联络。因此，1860年春夏之交，在武汉、九江得手之后，曾国藩便指挥湘军主力全力包围安庆。应该说，这一部署立足全局，高屋建瓴，是解决时局的关键所在。
可是，江南大营溃败后，常州、苏州等地先后失守，朝廷急于挽救东南，连电湘军援吴，这就给曾国藩的部署带来了极大的困扰。当时，湘军主力只有万余人，另有各地勇营万余人，兵力十分有限。如果率兵援吴，就必须放弃安庆，这是曾国藩极不情愿的。
当然，对于曾国藩的想法，很多人感到不解，包括湘军内部。他们认为江苏远比安徽重要，无论从政治还是从经济角度来说都是如此。
胡林翼就劝说曾国藩，江浙不能不救，否则两省之民抱怨不说，“其毁誉，其悲悯之怀，与吴越人仰望之苦”，也令人不忍。但曾国藩认为，以现有兵力支援江苏，不仅于苏无补，而且会破坏整个战略。他一再强调说：“安庆一军，目前关系淮南之全局，将来即为克复金陵之张本。”说到底一句话，就是安庆太重要了，非拿下不可！
7月间，李秀成大军攻克松江，直逼上海，形势更加危迫。朝廷谕旨急如星火，一再催促，令曾国藩体察情形，进兵苏常。但曾国藩坚持既定方针，一边应付朝廷，一边继续全力攻打安庆。好在此时北方一片大乱。英法联军攻占天津，两宫西狩热河。朝廷忙于议和，一时间无法东顾，这就给了曾国藩回旋的余地。此后将近一年时间，曾国藩专注于上游，死死地咬住安庆。
这一来，太平军坐不住了。安庆的重要性，曾国藩知道，太平军同样知道。对于天京来说，安庆除了战略位置重要之外，它还是太平军兵源、饷源的重要供应基地。在江南、江北大营长围天京的那段日子里，要是没有来自安庆的供应，天京早就支撑不住了。
因此，太平军十分看重安庆。自1853年攻克安庆后，就一直牢牢死守。太平军惯于流动作战，许多城市前脚打下，后脚撤出，并不重视地方政权的建设。除了天京之外，很少在其他城市长久立足，但安庆是一个例外。太平天国干王洪仁玕就说过“安庆一日无恙，则天京一日无险”，实乃精辟之语。
面对湘军死磕安庆，天京高层极度不安。按照太平军原定计划，是先夺取长江下游苏杭沪地区，巩固后方，消除后顾之忧，然后再乘胜向上游进发，会攻武汉。这个计划是5月间在天京军事会议上制定的。但在执行中遇到了一系列问题。先是李秀成在攻克苏州之后，向上海进发，遭到洋人的干预，不得不改变计划，转而进攻浙江嘉兴等地。
此时，安庆在湘军的围困下已岌岌可危。9月25日，英王陈玉成赶到苏州与忠王会面，商讨下一步战略。会上，陈玉成重提救宜(安庆)计划，认为安庆万分危急，必须派兵驰援；但李秀成的看法是，进攻杭州，实比救援安庆更为迫切。用他的话说，苏杭好比鸟之两翼，光有一只翅膀是飞不起来的。
事后有分析认为，陈玉成主张救援安庆，本身并没错；李秀成主张先取杭州，同样也有道理。问题是陈玉成和李秀成都有私心。
对于陈玉成来说，安庆守将叶芸来是他的部下，他不能见死不救；而李秀成的小算盘是一心想在苏浙扩展地盘，发展势力，因而对救援安庆并不热心。
如此分析，听上去似乎都有道理，其正确与否，姑且不论。不过，二王的分歧却导致了太平军战略计划的重大改变。
据李秀成回忆说，八月(农历)中旬，“天王严旨颁到，命我赴上游”，领军扫北。这就是说，在忠王与英王的分歧中，天王站在了后者的一边。当然，天王的态度与干王洪仁玕有极大关系。干王原来是主张先夺取苏杭沪地区，巩固后方，然后再乘胜向上游进发，会攻武汉，但这时鉴于安庆局势危急，他改变了原先的想法，同意放弃下游转而进攻上游。这就使太平军5月间制定的战略计划完全发生改变。
李秀成对于这样的改变，内心是有抵触的，但在天王的严旨之下，他只能执行。太平军新的战略即远袭武汉，援救安庆。其要点是，乘湘军重兵云集安庆，武汉空虚之时，集中优势兵力奔袭武汉，迫使湘军回援，以解安庆之围。会议一结束，太平军立即行动，杀向湖北。这就是太平天国史上著名的第二次西征。
西征行动与太平军对付江南大营的办法如出一辙，几乎就是一个完整的翻版和拷贝。虽然仍是老套路，但却击中了湘军的要害。
太平军的西征战役打响后，陈玉成大军经由苏北、六安等地杀向湖北，李秀成大军则由皖南插入江西。太平军来势凶猛。从1860年12月至次年3月间，曾国藩的祁门大营几度遇险。12月底，李秀成、李世贤、杨辅青三路会攻祁门，身陷绝境的曾国藩甚至写下遗书，准备以死殉职。而在次年3月，李秀成第四次进攻祁门，距祁门仅二十余里地，使曾国藩文报不通，饷道断绝，再次陷入绝境。如果此时太平军全力会攻，后果不堪设想。然而，就在这关键时刻，李秀成竟撤围而去，全功尽弃。
李秀成开始犯错误了。这种错误只有在高手对决中才会出现，但对李秀成来说，失误的出现并非战术原因。有分析认为，李秀成是害怕湘军悍将鲍超。因为12月初，李秀成曾在休宁柏庄岭被鲍超击败，折损四千余人。还有分析认为，李秀成此次出兵的目的“并非欲争此处，实上湖北招兵”。但这些说法并非真正原因，真正的原因是他对“二次西征”始终不感兴趣，更多的是注意保存自身的实力，故而丧失大好战机，使曾国藩绝处逢生。
1861年3月，就在李秀成部转战皖赣之间时，陈玉成大军一路过关斩将，攻克湖北黄州，距汉口仅百里之遥。此时武昌的守军仅有三千余人，而湖北巡抚胡林翼则远在安徽作战。群龙无首，实力悬殊，武昌城内乱成一团。
消息传来，许多人都主张立即救援武汉，但曾国藩坚持不为所动。因为他早就看出了太平军的意图。如果分兵救援，正好中了太平军的计谋。事后，他在家书中写道：“此次贼救安庆，取势乃在千里之外……贼之善于用兵，更狡更悍。”
然而，让人不解的是，就在武昌空虚，势难再保之时，太平军突然顿兵不前了。一般认为，这是洋人干涉所致。确实，英国参赞巴夏礼赶到了黄州，当面要求太平军立即停止军事行动。他的理由是，太平军攻打武汉会损害列强的贸易，破坏他们的商业利益，因为事涉外交，陈玉成只得停止行动，并向天京请示。
其实，洋人干涉只是一方面原因。更重要的原因是李秀成行动迟缓，从而导致了计划被迫中止。按照原定的方案，太平军两路大军，一路由陈玉成统率，一路由李秀成指挥，两军会师湖北之后再向武汉发起进攻。然而，当陈玉成的大军兵临武汉城下时，李秀成的部队却迟迟不见踪影，按照预定计划发起的攻击亦无法进行。
李秀成进军迟缓，后来广受诟病。有人认为，他是阳奉阴违，有意对抗“中央”。当然，对此说法也有人表示反对，这里不予置评。
客观事实是，李秀成比陈玉成晚了三个月，才率部进抵湖北鄂城。而此时安庆已危在旦夕，陈玉成不得不回师直接救援安庆。这就导致了太平军的作战计划再次发生改变。等到李秀成赶到湖北时，见陈玉成业已回师，便也退回江西，旋即返回浙江。至此，西征计划完全没有达到目的。
思想决定行动。西征的失败固然有外部因素，比如洋人干预等等，但最重要的还是太平军内部出了问题，特别是领军的陈玉成和李秀成思想不统一。李秀成想的是一鼓拿下江浙，包括上海，建立稳固的后方，但他的想法没有得到高层的支持。因此，他在行动上便表现得消极被动，一再出错。相比之下，曾国藩却是高手上阵，棋看三步。在武汉危急关头，很多人都劝他分兵武汉。可曾国藩丝毫不为所动，认为安庆得失关系全局之成败，除了胡林翼紧急调兵赴援外，围攻安庆的湘军主力丝毫未减。他指示其九弟曾国荃等围攻安庆的湘军将领，“勿弛安庆围，须坚守”，甚至说出了“吾但求力破安庆，其它得失，在所不惜”的话来。
曾国藩如此坚定，一方面是对安庆志在必得，另一方面是他识破了太平军的意图。自古成大事者,皆有一股狠劲，曾国藩就是如此。在长达一年多的战局中，他始终咬住安庆不放，以不变应万变。与曾国藩相比，太平军的计划却一变再变，最终导致了重大失利。
应该说，从这一刻起李秀成已经败在了曾国藩的手下，其严重的后果很快显露出来，但明眼人心里清楚，李秀成不是败在军事上，而是败在眼界和胸襟上。说到底曾国藩毕竟是一个以天下为己任的经国之才，而李秀成虽贵为忠王，但本质上和天王洪秀全一样，充其量都还是一个农民。
从5月开始，安庆大战进入了白热化。双方不断调兵遣将，投入了大量兵力。战斗极为惨烈，前后持续数月。直到9月5日，安庆在坚守一年后终于失守。太平军主将吴定彩及叶芸来等二万多将士全部阵亡。
安庆失守对太平天国来说是一场真正的灾难。它使西线太平军主力丧失殆尽，而天京也失去屏障，危在旦夕。有人认为，安庆之失是太平天国走向最后灭亡的重要转折。为此，李秀成受到多方批评。主持朝政的太平天国干王洪仁玕认为他消极参战，不顾大局，先是不能如约与英王陈玉成会师武汉，致使戎机一误再误；
此后，又不执行五路救皖战略，由湖北回师江西，竟不救皖而入浙，致使安庆不守。他在信中说，不要以为手握苏杭两省，便可高枕无忧。“夫长江者，古号为长蛇，湖北为头，安省为中，而江南为尾。今湖北未得，倘安徽有失，则蛇中既折，其尾虽生不久。”
但对干王的批评，李秀成并不接受。在他看来，敌势未消，与其决战，并非上策，而剑走偏锋，直取苏杭，倒可出奇制胜。
客观地说，李秀成的思路倒也不无合理成分，而且从客观效果看，苏杭失守也的确给曾国藩造成了极大的被动。特别是杭州失守后，李秀成十万大军，三路包围，七路并进，把上海团团围住。如果得手，东南半壁江山将尽归太平军之手，局面也将为之一改，足以抵消失去安庆的重大损失。但让曾国藩感到庆幸的是，李秀成的计划却在进攻上海时遭受重大挫折。
1862年夏季，苏南战局发生逆转。进入8月，在曾国藩的指挥下，湘军水陆并进，水师由彭玉麟督率，连续攻陷下关、江心洲、蒲包洲，直抵天京护城河口；陆路则由曾国荃统领，一路推进，逼近雨花台。天京为之震动，天王洪秀全一日连下三道诏书，急令李秀成火速回援。
此时，李秀成久攻上海不下，暂时退守苏州。他在苏州召开紧急会议，分析局势，认为湘军包围天京，淮军进逼苏南，太平军两面受敌。眼下当务之急，是要做好长期防御的准备，而不是与敌硬拼。只要大家团结一心，坚守两年，清军久顿坚城，必无斗志，尔后我军可实施反攻，一举将其击溃。出席会议的众王都对李秀成的见解表示赞同，但方案报到天京后，洪秀全龙颜震怒。他指责李秀成消极避战，下诏严厉斥责。诏云：“三诏追救京城，何不启队发行？尔意欲何为？尔身受重任，而知朕法否？若不遵诏，国法难容!”
据李秀成回忆说，主逼如此，不得不执行，只得调抽兵马，回师天京，无心顾及苏杭之事。他还把母亲及家眷送至天京为质，以“表我愚忠”。
8月中旬，李秀成大军启程回援，并按天王之令，向围攻天京的湘军发起反攻。9月初，太平军在雨花台一带与湘军展开鏖战。战斗持续了一个多月，一直打到1 0月中旬。毫无疑问，这是一场愚蠢的消耗战，太平军投入主要兵力，损失巨大，却毫无建树。
10月间，由于伤亡过大，加之断粮，李秀成被迫撤军。这让洪秀全大为不满，下诏严斥，并将李秀成革去王爵。
李秀成颇感冤屈，但也无可奈何。此时的洪秀全早已不是当年金田起义时的洪秀全了。他专制多疑，昏庸堕落，已经听不进任何不同意见。他的荒唐和固执甚至到了不可理喻的程度。有人惊诧道，此洪秀全乃彼洪秀全乎？因为前后相比，简直判若两人。这对太平天国来说，显然是一个最大的危机。
1847年，洪秀全创立了拜上帝会，开始了他的伟大事业。那时的他，胆略过人，振臂一呼，地动山摇。一位伟人说过，哪里有压迫哪里就有反抗，而且压迫得愈狠，反抗得愈烈。洪秀全的压迫来自于三次科考落榜。就在十年前，他第三次科考落榜后便一病不起，连续高烧四十多天。在昏迷中，他做了一个奇怪的梦。梦见自己升了天，还梦见了一个奇怪的老者。
这个老者长得何样？洪秀全在《太平天日》中告诉信徒们，此人头戴高边帽，身穿黑龙袍，满口金须，垂于腹上，相貌魁梧，身材高大，双手放在膝上，坐姿甚为严肃——他就是后来洪秀全心目中的“天父上主皇上帝”。
六年后，洪秀全再次参加了科考。这是他第四次，也是最后一次参加科考，但等待他的仍然是失败的结果。西方心理学家阿德勒（精神分析三巨头之一，新弗洛伊德主义代表人物）有一个著名的学说，人在极度自卑的情况下，往往会产生超越。这是所谓的“补偿心理”在起作用。洪秀全的情况似乎也吻合了这一理论。
在连续遭受落第的挫败之后，洪秀全找到了新的补偿途径，他开始热心地研读起宗教著作。其实，要说著作，严格讲还谈不上。那只是一套九本的小册子。这是洪秀全第三次参加科考时，在广州大街上无意中得到的。当时，有人在免费散发这套书，洪秀全也拿了一套。这套书的书名叫《劝世良言》。
《劝世良言》是一本宣传基督教教义的通俗读物，作者叫梁发。此人是一位华人牧师。他的文化程度不高，英文水平也有限，因此，这本书编得很成问题。它对基督教的解释并不准确，不仅存在不少误读，而且还想当然地加入了许多中国本土文化的内容。对此，传教士马礼逊就说过，此书虽是根据他的《圣经》译本编著而成，但书中用语“不免染有彼国固有之异教色彩”。
