尽管如此，这本书还是给了在失败中走投无路的洪秀全以极大的精神抚慰。他开始“大彻大悟”，决定皈依“上帝”。当然，他的上帝就是六年前在梦中与他相遇的那个穿黑龙袍的老头儿。
找到了精神支柱，洪秀全开始为自己神圣的目标而奋斗了。他著书立说，传教布道。这期间，他写了一系列的书。其中最著名的有“三道”，即《原道救世歌》《原道醒世训》和《原道觉世训》。这是洪氏宗教理论的核心所在。在这套理论中，洪秀全自称是天父耶和华之子，基督耶稣之弟。他的使命是救苦救难，并宣称清帝是“阎罗妖”，在诛杀之列，而世人均为上帝的子女，平等的兄弟。他还仿照摩西十诫，订立天款十条，入会者必须遵守。洪秀全的好友冯云山和族弟洪仁玕等人最早入会，成了该会的骨干分子。
1847年，洪秀全前往广州，拜见了美国传教士罗孝全，希望得到他的施洗。但罗孝全发现洪秀全对基督教的理解完全是一知半解，有些地方甚至错误百出，与基督教义风马牛不相及。其实，这一点也不难理解。洪秀全是自学成才，他的理论是在《劝世良言》基础上创立的。而《劝世良言》本身就先天不足。
基督教认为，天父上帝只有一个儿子耶稣，可洪秀全却创造性地发明上帝有六个儿子。老大是耶稣，老二是他本人，以下类推，他的结拜兄弟冯云山、杨秀清、韦昌辉、石达开为三、四、五、六子。不仅如此，他还别出心裁，声称上帝还有一个女婿，这人就是他的妹夫萧朝贵。
对于这套无中生有，违反教义的篡改，西方传教士当然不能接受。可洪秀全却不以为然。他认为这些传教士未免孤陋寡闻，只知其一，不知其二。他还振振有词地说，我和上帝在梦中见过面的，你们谁又见过呢？
西方传教士们无言以对了，认为这未免太滑稽了！在基督教的经典和教义中，这是不可能的事，因为上帝是灵体，是无形的，不可能被人看见。
但洪秀全始终坚持自己的看法。实际上，他并非不知道自己的错误。在罗孝全处，他有机会完整地读到了中译本《圣经》，并得到了罗孝全的辅导和讲道。但此时，他已无法更改自己的理论，因为这样会使自己的信徒们产生混乱，不利于他的革命事业，同时为了维护自己的权威，他也不愿放弃自己是上帝之子、耶稣之弟的神圣地位。
在广州度过三个月之后，洪秀全带着遗憾和固执回到家乡。他没有得到受洗，但这并不影响他的事业发展。拜上帝会迅速壮大。
曾经见过洪秀全的外国人这样描述说：“洪秀全号称太平王，身材颇高，被太阳晒成紫铜色的脸上，带着勇敢和自信的神情。他的年纪大约四十多岁，胡须和头发已经斑白。据说他有极大的勇气，虽然他的声调带着广州口音，却没有人知道他的真实姓名，也不知道他生在何处。”
当时围绕在他身边的不乏各种人才。除了杨秀清、萧朝贵、冯云山、韦昌辉外，还有“相貌奇丑，极瘦，肤黑如炭”的石达开。虽然石氏是一个文人，太平天国早期的文告大多出自其手，可在军事方面，他的才能一点也不比他的文采逊色。
这是一个优秀的团队。朝气蓬勃，充满生机，气吞山河，摧枯拉朽。他们喊出了“成者为王”的口号。“天下者人人之天下，非一人之天下。万世不易，世所未闻。”
然而，自打建都天京后，洪秀全像是变了一个人。他似乎忘掉了自己的理想，当年的锐气也荡然无存，一头扎进深宫再也不出来了。他曾经宣布要建立的美好国家，要实行的改革政策，也都置诸脑后。他所提出的《天朝田亩制度》曾受到多少史学家热烈追捧，可近年来人们才不得不承认它只是停留在文字上，说说而已，从来没有实行过。相反，他沉浸于极度的奢华和享乐之中。在他身边的女人不计其数。据他的儿子被俘后供称，他有八十八个母后，这已超过了“三宫六院七十二妃”的标准。他在宫中的雕花大床尺寸惊人，横直八尺，而妻妾由于太多不得不采取编号管理。
据李秀成回忆，天京事变后，洪秀全变得更加多疑，除了洪姓诸王，他谁也不信。早在1859年，他驻守浦口，由于军情紧急，天王就曾将他的母亲和妻子押为人质。这一次，他主动将家眷送至天京，也是为了解除天王的猜疑。可是，即便如此，洪秀全仍然对他不放心。不仅如此，他还变得越发固执和不可理喻。李秀成后来在自述中写道：“主不修德政，尽我人生一世之愚忠对天。”是啊，除了“愚忠对天”，他还能怎么办呢？
1864年，战局已经变得无法收拾。由于太平军大队北上造成了苏南兵力空虚，这就给了淮军可乘之机。从1862年10月开始，淮军便大举北上，连克青浦、嘉定、常熟、昆山、江阴、苏州和无锡等地。短短不到一年时间，苏南战场便全线崩溃。
到了7月间，天京已被清军团团围住，失败的情绪四处蔓延。早在苏锡常相继失陷之后，李秀成退守丹阳时，他的堂弟李世贤便派人前来，劝他另做打算，千万不要回京。李世贤乃太平天国侍王，李秀成的忠实部下。此时，他正屯兵溧阳。在他看来，国势崩坏，天王昏庸，而京中朝政已为洪姓诸王所把持，此时回京无异于殉葬。他恳求李秀成前往溧阳，主持大计，共谋出路，但李秀成没有接受。
看到李秀成不听劝说，李世贤真有些急了。他知道忠王回京必无好结果。急切之下，他甚至打算出兵，强逼李秀成前往溧阳。但李秀成得知消息后，却轻车简从，提前赶回了京城。
李秀成后来回忆说：“那时，我弟李世贤兵屯溧扬（阳），劝我前去，别作他谋，不准我回京。我不肯从。其（指李世贤）欲出兵前来，逼我前去，不欲我回京。后见势不得已，见我母亲在京，难离难舍，骨血之亲，故而轻奇（骑）连夜赶回京。”
李秀成赶回天京后，还抱着一线希望，试图说服洪秀全，放弃死守天京的愚蠢做法。在太平天国生死存亡的关头，这不失为一个明智的选择，也是一个保存实力，徐图再展的正确方针。到京的第二天，他便上殿启奏，陈述局势严重，必须采取果断措施。
李秀成说：“京城不能保，曾国藩兵困甚严，濠深垒固，内无粮草，外救不来，只有让城别走。”
洪秀全一听大怒，他指责李秀成贪生怕死，心怀二心。李秀成连忙跪下，再次陈奏，晓以利害。他向天王分析说，如今湘军占雨花台，南门之道绝；占江东桥，西门之道绝；占七壅桥，东门之道绝；下关失，粮道亦绝。而城中，文者多、老者多、小者多、妇女者多、食饭者多、费粮饷者多，能战之兵却少，总之已无法再守。
他大声疾呼：“我主若不依从，合城性命定不能保了！”
洪秀全一听更加生气。他怒斥道：“朕奉上帝圣旨，天兄耶稣圣旨下凡，做天下万国独一真主，何惧之有？”
他还赌气说：“不用你奏，政事也不用你管。你想走就走，想留就留，一切由你。朕铁桶江山，你不扶，自有人扶。你说无兵，朕之天兵，多过于水，何惧曾妖者乎？你怕死，便是会死。政事不与你相干，朝政由我次兄勇王执掌，幼西天王出令。有不遵者，合朝诛之！”
话说到这个份上，李秀成知道再说什么已无用了。天王执迷不悟，已是油盐难进。于是，他仆地哀求，只求一死。
李秀成说：“请吾主一刀杀我，免我日后被俘受刑。为主臣子，未闲半刻，今将国之事启奏，主却如此责我，我愿死在殿前，尽心报答我主！”
洪秀全不予理睬，宣布退朝。李秀成回忆说：“如此启奏，主万不从。（我）含泪而出朝门，合朝众臣前来善劝。次日天王其知自过，赐下龙袍，以安我心。”
尽管洪天王事后表示了歉意，并赐下龙袍，但此时的他，昏庸固执，已无药可救。不仅听不进任何意见，而且不论何事，都鬼迷心窍，声称“有天所定”。除了天父、天兄、天王之外，军称天军，民称天民，国称天国，营称天营。好像他的一切都有天护佑，不可战胜。至于什么“万国独一真主”“铁桶江山”“朕之天兵，多过于水”之类，已近于胡话。
由于长期围困，城中缺粮已达极点，死者甚众。李秀成奏报天王，请求降旨，妥筹办法。洪秀全的回答竟十分可笑。他降旨说，没有粮食吃，那就吃甜露吧，此物可以养生。
所谓甜露，出自基督教神话。据《旧约》载，以色列人出埃及，一天晚上，旷野中有鹌鹑飞来，遮满了营。早晨，在营的四周地上出现露水。当露水上升之后，留下了有如白霜的小圆物。以色列人不知道是什么，便互相询问。这时，摩西便说：“这就是耶和华给你们吃的食物。”
此时，洪秀全搬出所谓的基督教甜露，不禁让人目瞪口呆。众臣无人相信，都说：“此食物不能食得。”
天王说：“取来做好，朕先食之。”
众人面面相觑，无言以对。李秀成被捕后，曾在《自述》中抱怨说：“（天王）入南京之时，称号皇都，自己不肯失志，靠实于天，不肯信人，万事具（俱）是有天。”
然而，天并不能拯救天国，包括洪秀全自己。6月1日，天王病故。据说，天王患病是食甜露所致，时间约在“三月将尾，四月将初”，当时病状已重，可他仍然信天，不肯吃药，结果病情加重，一命呜呼。用李秀成的话说，“此人（指天王）之病，不食药方，任病任好，不好亦不服药也”。洪秀全信了一辈子天，最后还是被天害了。
洪秀全死后，其长子洪天福登基，朝政更加败坏，洪姓诸王把持朝纲，胡作非为，并对李秀成极尽排挤之能事，天京局势愈加危殆。
天作孽，犹可违；人作孽，不可逭。正所谓灭六国者六国也，非秦也；族秦者秦也，非天下也。梁启超有云，假如让李秀成与洪秀全换一地位，则今日之域中，安知为谁家之天下耶！但这种假设毫无意义。后来，李秀成在牢中回顾天国得失成败时，曾悲叹曰：“自乱于己，内外慌张，为将为臣，无法挽就(救)。”
7月19日，在洪秀全死后一个多月，太平天国终于走到尽头。就在这一天，天京陷落了。据说，是日午时，湘军挖地道至城下用火药轰塌城墙，从东门至北门，出现多处缺口。“隧道内所装火药爆裂，万雷轰击，天地为动，城壁崩坏廿余丈。”湘军呼啸奋登，前仆后继。李秀成扑救不及，眼看大势已去，众人泪流满面。李秀成心念幼主，直奔朝门。此时，幼天王已经失魂落魄，从宫内奔出。跟他一起跑的还有他的两个弟弟，分别为三弟光王、四弟明王。由于情况紧急，李秀全无法兼顾，只得丢下光王、明王，独护幼天王一人。出城前，他先带着幼主回家辞别母亲和家人，众人流涕不舍，但李秀成这时已顾不得他们了。危难时刻，李秀成再次表现了他无愧于“忠王”的称号。为了保护幼主突围，他还将自己的战马让给了幼天王，自己则换了他的“不力之骑”，这也是后来造成他被俘的重要原因之一。
天京破城后，战况极为惨烈。城中军民十余万奋起抵抗，“无一降者”。火光冲天，刀光剑影，喊声震耳，血流成河。李秀成在乱军中护送幼天王冲出城去，遇湘军追杀，被迫分兵两路，一路护送幼天王逃离，一路由他殿后掩护。
混战持续了整整一天，人饥马乏，兵士失散。李秀成由于把战马让给了幼天王，自己换坐的劣马此时已“不能行走”。他只好弃马，徒步逃上一座荒山，在一座破庙内暂避。天亮后，一个打柴人发现他，厄运由此降临。
这个打柴人名叫王小二。当地村民回忆说：“他（王小二）是个不成户的东西，在丁村做田。”他发现忠王后，便去报告了陶大来。陶大来是八村的村董，他胆子大，很会来事。太平天国来了，他挂太平天国的旗子；官兵来了，他挂大清朝的旗帜。见风使舵，左右逢源。听了王小二的报告，陶大来便领人赶来。他从李秀成随身携带的物品上得出结论，此人定为太平天国大官，于是将他骗下山送交清营。
据史料记载，李秀成被俘地点就在今天的南京东南方山，其藏身的破庙名为海会寺。中华人民共和国成立后，南京文史机构曾对此展开调查，据一个名叫陶明才的当地老人回忆说，陶大来是他祖父辈，他捉了忠王送交湘军大营，受到曾九帅奖赏，“曾九(曾国荃)大人与他平坐吃茶，赏他功牌札子”，给足了面子。然而，一代名将李秀成就这样毁在了他的手中。
同治三年，公元1864年7月22日，李秀成在被捕后的第三天，被曾国藩杀害，终年四十一岁。
李秀成被俘后的表现历来存在争议。不可否认的是，他在大牢中一度有过“乞活”之念，当曾国藩从安庆赶来，以礼相见，他亦为之所动。特别是在其匆忙写下的《自述》中不乏软弱谄媚之言，一直为世人所诟病。对此，贬之者骂他是叛徒，而挺之者却挖空心思为其辩解，认为李秀成这样做只是为了争取时间，与敌斗智而已。
对此，笔者不予置评。不过，对于历史人物，我们无须拔高，亦无须贬低，只需实事求是，还其本来面目即可。诚然，按今天的标准，李之行为确实存在污点；不过，从他被俘后的整体表现看，仍不失男儿本色，令人敬服。下边仅摘录赵烈文日记(赵乃曾国藩的亲信幕僚，他的日记系亲身经历，其真实性自不待言)几条，读者不难做出判断。
其一，听说抓住了伪忠王（指李秀成），中丞（指曾国荃）亲自讯问，我(赵自称)急忙赶至中丞那里，只见兵勇割其臂上的肉，“鲜血直流，忠王不为所动”。
其二，当晚，我与周朗山至伪忠王处，与他谈了良久。问他为何不早投降？李秀成答：“朋友之义尚不可谕，何况受了天王的爵位！”我问：“你现在打算怎么办？”李秀成答：“死耳……”
其三，“傍晚，李秀成被绑赴法场，谈笑自若，作绝命词十句，词句无韵而俚鄙可笑，交给监斩者庞省三，叙其尽忠之意，然后就诛。”
四、捻军的最后一击
“小阎王”是张宗禹的绰号，他是西捻军的最高统帅。关于他的背景材料大致如下：一、他是安徽蒙城雉河集(今涡阳)人；二、生卒年龄不详，约生于清嘉庆、道光年间；三、成分地主，家有良田千亩。
如果从“阶级论”出发，他完全不应该走上反抗的道路。但性格即命运，张宗禹从小就是一个不安分的人，单从外号“小阎王”便可见一斑。他的父亲是个恪守礼教之人，平日对他管束甚严，可结果适得其反。张宗禹自幼不爱读书，并厌恶科举，年稍长便与捻众交往。不久因为一件小事，他离家出走，投奔族叔张乐行，并跟随其转战南北。
张乐行是捻军早期著名的领袖，别号老乐，安徽涡阳人。早在太平天国起义之前，他已是淮北十八股捻首之一。
咸丰三年（1853年），太平天国建都南京后，各地捻军纷纷起义响应，并在安徽北部雉河集会盟，公推张乐行为盟主。四年后，张乐行正式接受太平天国领导，被封为“沃王”。从此，捻军与太平军遥相呼应，并肩战斗。
捻军，又称捻子，或捻党。该组织最初起于安徽、河南一带，后逐渐发展至山东、江苏地区。他们“结则为捻，散则为民”，经常一股一股地活动，故被称作“捻子”。所谓捻，即拧成一股，结为一体之意。
同治三年(1864年)，由于叛徒出卖，张乐行遇害。此后，张宗禹继续坚持战斗。天京陷落后，南方的太平军基本肃清，但北方捻军却开始了新的联合。由于皖北根据地大量丧失，加之清政府的严厉剿杀，新的局势使分散的捻军又重新聚集到了一起。11月下旬，西北太平军的首领，遵王赖文光、淮王邱远才率两部太平军数千人，在皖北与捻军主力二万多人会合，一些太平军、捻军残部也闻讯赶来投奔，从而组成了一支以赖文光为首的统一的新捻军。据赖文光在《自述》中说，当时江北剩下来的捻军有数万，皆为蒙(城)亳(州)之众，其头目有任化邦、牛宏升、张宗禹、李蕴泰等，众人共推他为首，决心“誓同生死，万苦不辞”，“披霜蹈雪，以期复国于指日”。
赖文光是广西客家人。据说他是洪秀全之妻赖皇后的族弟。天王在金田起义时，他就跟随麾下，时年尚幼，但已英姿勃发，崭露头角。东王掌权时，他曾遭到排斥，在天京闲居数年，及至东王死后，他才又恢复权力。天京陷落后，他撤往北方，手下仍有数千之众，并具有较高的威望。正因为如此，皖北会师时，他才理所当然地被推为领袖。
对于起义军来说，当时的局势极为严峻，新的会盟无疑给大家带来了希望。此后，捻军重新开始活跃起来。其中著名的将领有任化邦、张宗禹。任化邦号鲁王，张宗禹号梁王，他们的王爵究竟是太平天国所封，还是他们自称的，历来存在争议。不过，二人的重要性不言而喻，他们与赖文光一起并称为捻军后期的“三大巨头”。
新捻军组建后，仍然保持原有的五旗军制，即用黄、白、红、蓝、黑五色军旗加以区分，但战术却有了重大改变，即易步为骑，采用流动战术。所谓易步为骑，就是改步兵为骑兵，以两条腿变四条腿，这就极大提高了作战机动性。他们呼啸来去，神出鬼没，像旋风一样驰骋于豫、鲁、苏、皖的广大地区，使清剿的清军追不上，打不着，只能干瞪眼儿瞧着他们纵横来去。
当时在北方负责剿捻的清军统帅是大名鼎鼎的蒙古亲王僧格林沁。早在同治元年(1862年)，朝廷便授僧格林沁为钦差大臣，节制直、鲁、豫、鄂、皖五省兵马，目的就是要他迅速扑灭“捻患”。
僧格林沁的蒙古马队，号称天下无敌。在镇压太平天国北伐军时，占尽优势，令人生畏，捻军一开始也处处受制，损失惨重。然而，当捻军进行重组、改变战术之后，僧格林沁开始遇到了新问题。这个新问题就是：你有马，我也有马；你能跑，我也能跑。可跑与跑却不一样，一个是主动跑，一个是被动跑。捻军处处占据主动。他们想走就走，想打就打，忽东忽西，形踪飘忽，往来迅疾，而僧王爷只能跟在屁股后边，被他们牵着鼻子走，整天东奔西突，疲于奔命。
捻军的战术很明确，就是利用精骑善走的特点，“以走疲敌”。这一来，他们的目的完全达到了。可傲慢自大的僧王爷却不服这口气，他心里想，我堂堂蒙古马队能跑不过你们这些乱匪？我还不信了！于是，一根筋到底，穷追不舍，不达目的，誓不罢休。
有人劝他不能这么蛮干，部队会被拖垮的。僧格林沁大怒，抖着胡须骂：“你这是扰乱军心，长他人志气，再说一句，看本王爷宰了你不可!”说着，拔出马刀，劈倒了身边的一棵小树。众人一看这阵势，都吓得闭上嘴巴，不敢再劝了。
于是，猫捉老鼠的游戏继续进行下去。
可捻军并非老鼠。他们也不是吃素的，瞅准了机会便会反咬一口。他们常常在运动中寻找战机，利用有利地形，出其不意，突施冷拳。不打则已，一打便是正着。等到清军大部赶到时，他们又倏忽而去，再次不见踪影。如此一来，僧王爷疲于奔命，吃尽了苦头，一败邓州，再败南阳，三败鲁山，损兵折将，死伤无数。
朝廷非常失望。两宫有一次召见恭王爷，问起战事。
太后说：“听说僧王又吃败仗了？”
恭王答：“正是。”
太后说：“蒙古马队不是厉害吗？为什么灭不了捻匪？”
恭王答：“捻匪极其狡诈。”
太后叹了一口气，说：“僧王还有这个能耐吗？”
恭王无语。
于是，便有了调用曾国藩的打算。
其实，朝廷原先并不想调用曾国藩。同治元年（1862年）以后，湘、淮军渐成气候，曾国藩集军政大权于一身，朝廷隐约感到了不安。在这种情况下，他们非常希望培养满蒙亲贵的势力，以此达到与湘、淮军的平衡。和春、向荣先后死去，当时朝中有实力、有威望的满蒙将领所剩无几。其中最有名的一个是僧格林沁，一个是胜保。可这两人中，无论军功和地位，后者都无法望前者项背。因此，朝廷蓄意扶持僧格林沁。同治元年（1862年），命他以钦差大臣节制五省兵力（比曾国藩还要多一省），就是要拿他制约曾国藩。而一向傲慢自大的僧王爷也从没把曾国藩和他的湘军放在眼里。他曾放言说，若论战斗力强弱，“皖军为上，豫军次之，楚军(湘军)为下”。这明摆着是在贬低老曾。
同治三年（1864年），天京陷落后，对于清王朝来说，形势一片大好。尽管捻军还在扑腾，但在当权者看来不过是小鱼小虾，已不足为患，一鼓荡平，只是早晚之事。相反，倒是曾国藩的湘、淮军羽翼渐丰，成了一块心病。因此，天京一破，朝廷便开始了大规模裁军，其重点当然是要撤裁湘、淮军。然而，对于僧格林沁的部队不仅不裁，反倒不断补充增加，其用意不言自明。
可是，僧格林沁太不争气，北方捻军越闹越大，他却束手无策。朝廷打算派曾国藩前来，这让他深感脸面无光，而最气人的是，曾国藩的话还说得难听。他说，湖北已有僧格林沁和湖广总督官文两大钦差，再派他去，实无必要，且三个钦差“萃于一隅”，岂不要让“贼匪”轻视？言外之意，一是耻笑僧格林沁和官文无能，四百里内两大钦差，厚集重兵，却拿捻军毫无办法；二是真要我去也行，另两位得走人，否则三大钦差挤在一块，还不够丢人现眼的哩!
僧王简直气坏了!可气归气，现状却无法改变。就在朝廷欲调曾国藩时，捻军已离开湖北，一阵旋风似的刮向了河南。接着，他们又在河南接二连三地重创了僧格林沁所部。1865年3月间，捻军忽然北上，由黄河故道进入山东，数日之内便穿越曹县、菏泽、定陶、郓城、巨野、济宁等地，直逼直隶边境。朝廷下诏痛责僧格林沁无能，说他“玩寇纵敌”，任捻北来，僧王爷一肚子委屈，却有苦说不出。
为了挽回败局，他下令穷追不舍，一心要找到“捻匪”与之决战。从3月底到5月初，僧格林沁率部从河南追到山东，又从山东追到河南，之后再由河南追到江苏，再由江苏追至山东。短短一个多月，狂奔数千里，经常是一昼夜追赶一二百里。马队快，步队每追不及，疲困之极，累死者达数百人之多。
就这样，僧格林沁仍嫌速度太慢。他下达死令，马不停，人不歇，非得追上捻军不可。至于他自己也够以身作则，每日“寝食俱废”。有时累极了，便在道旁小憩片刻，“饮火酒两巨觥”，喝下后接着上马再追。有笔记称，僧王日夜追敌，常数十日不离马鞍，手累不能抓缰绳，便用布带将手捆于马上。其求胜心切，由此可见一斑。
可是，人毕竟不是铁打的，马也不是铁打的，时间长了谁也受不了。但僧王一意孤行，刚愎自用。从好的方面说，他是一不怕苦二不怕累，忠于职守，骁勇好战，可有勇无谋，跋扈鲁莽，尤其是缺乏科学态度，却是致命弱点。曾国藩早有预见：“此于兵法，必蹶上将军。”他的话不幸言中。
1865年5月17日，疲惫不堪的僧军追至山东曹州，在菏泽高楼寨一带遭到捻军伏击。数万捻军主力呼啸而起，三路掩杀。清军迅速溃败。当天夜里，僧格林沁率少数亲随，冒死突围，此后失联。第二天早上，人们才发现他的尸体躺在麦田里，“身受八伤”。据杭州将军国瑞报告称，僧王是在激战中被长矛刺中坐骑，坠马落地，被贼匪所害。其阵亡处在曹州府城西北十五里，地名吴家店。而指挥这场伏击战的就是鲁王任化邦和小阎王张宗禹。
高楼寨一战，不仅葬送了僧格林沁，而且也使他的王牌马队毁于一旦。捻军声势大张，兵锋迫近京畿。清廷闻报，异常震撼，紧急调整剿捻方略，谕令曾国藩前往督师。
曾国藩到任后，根据僧格林沁失败的教训，归纳总结出了捻军的活动特点，即“打圈圈之法”，然后有针对性地制定了一套作战方略。其要点为：以静制动。你捻军不是能跑吗？好，你跑我不跑。我重点设防，先把你围起来，然后再加以剿灭。用他的话说，这叫“以有定之兵，制无定之贼”。
具体做法是在捻军经常出没的豫北、皖北、苏北、鲁南四省十三府重点防守，然后将这些点连成一线，形成一个大口袋，将捻军装在袋中，逐一消灭。
这一想法固然是好，可实施起来难度却很大。首先它需要四省督抚驻军齐心合力，同心同德，否则一点突破则前功尽弃。
然而，各地督抚守将各怀私心，谁也不愿牺牲地方利益。于是，各自为政，任由捻军纵横自如。时间一长，久而无功。朝廷急了，便开始追究责任。可是，各地督抚又把责任推给曾国藩，说他消极畏敌，未尽职守。他们还拿他与僧格林沁相比，说什么僧王爷再不济，人家鞍马劳顿，没功劳还有苦劳，而今他曾大帅倒好，安居徐州，风不吹雨不淋的，倒是气定神闲，可捻匪却愈加猖獗了。
面对无端批责，曾国藩大呼冤枉，可他一张嘴说不过多张嘴。面对腾章四起，谤议盈路，不禁大感头疼。
为了改变局面，他不得不对原先的战略加以修订。即在重点设防之外，增设运河、沙河与贾鲁河防线。曾国藩认为，贾鲁河、沙河是捻军闯入山东、皖北必经之地，只要扼守住这道防线，捻军的行动就会受限，然后，“各分汛地，层层布置”，便可渐逼渐紧，最终把捻军驱逐至豫西山多田少贫瘠之处，加以歼除。
应该说，这一方案比先前的方案改进了不少，也更加完善。但是，你想得好不等于做得好。计划再好也得人来执行。就在曾国藩千辛万苦，好不容易将千里长堤修筑起来之后，一天夜里，捻军大队突然冲破开封以南防线，向东奔突而去。守护堤防的河南防军几乎是一击即溃。千里长堤，铁壁合围，转瞬化为泡影。
计划再次受挫，于是抨击之声又起。就连李鸿章也对这一做法的可行性表示了质疑，甚至讥讽这种“修墙筑堤”之法，说是“闻者皆笑其迂”。他还写信给刘秉璋说，古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇在千年之后，竟然遇见公等知音了。这话显具挖苦之意，虽是对刘秉璋说的（刘为河防之策的热心筹划者之一），实则却是暗讽曾国藩。
面对这种局面，曾国藩一筹莫展，又气又恨。在给曾九弟的信中，他无奈地表示，数万大军“想与敌交一下手而不可得，可恨之至”!想当年，轰轰烈烈的太平军都被他打下去了，而如今面对擅长“打圈圈之法”的捻军，他却无能为力，难建寸功。随后不久，“匪氛更炽”。捻军分为东西两股，一股深入山西，一路挺进河阳。朝廷焦急万分，不得不对剿捻人事做出重大变动，即令李鸿章前往接任曾国藩。
同治六年(1867年)2月李鸿章走马上任了。自咸丰三年（1853年）以来，清廷为剿捻先后派遣了二十二个统帅，到李鸿章已是第二十三个。这其中有亲王、总督、巡抚、总兵不等，一个个你方唱罢我登场，结果都难竟其功。现在，轮到李鸿章登场了。
此时的李鸿章信心满满，志在必得。但是，让他没想到的是，就在他刚上任不久，捻军就当头给了他几棒。
1866年12月间，就在李鸿章督师前不久，捻军在杞县、河南一带分为东西两支：一支由赖文光、任化邦率领，继续周旋于山东和中原一带，称为东捻军；一支由张宗禹率领，前往陕甘，联络回众，称为西捻军。
捻军一分为二，这是战略上的重大调整，也是形势所迫。当时清军调集了大量军队，集中于苏、鲁、豫、皖地区，进行围追堵截。捻军虽然挫败了曾国藩的多次围堵，但局势并未改观，相反更加严峻。在此情况下，赖文光认为“独力难支，孤军难立”，特命梁王张宗禹等率部“前往甘、陕，连结回众，以为犄角之势”。
对于捻军的分兵之策，史学家历来有不同的评论。一种认为，这无疑是削弱自身的错误做法，从而给了清军逐个击破的条件；而另一种则认为，分兵陕甘，联络回众，扩大了捻军的基础，有利于进一步开展斗争。
究竟哪种说法正确，其实很难做出判断。不过，就在李鸿章督师不久，便从湖北传来消息，东捻军主力正在安陆臼口镇一带集结，李鸿章闻讯便立即调集各路大军开始向安陆进发，计划就地围歼。这是李鸿章上任后实施的第一个战役部署。各路大军包括刘铭传、张树珊、周盛波、鲍超以及郭松林的新湘军，总兵力达到七万之众。朝廷对此寄予厚望，认为“鄂省地势非平旷，马力不能施展，若各军四面夹击，齐心并力，必可痛挫其锋”。李鸿章也回奏称，“圣上英明，指授机宜，极其透彻”，“目下军势既集，网罗已张”，必将就地围剿，痛歼其匪。
然而，他的话音未落，接二连三的打击便接踵而至了。先是郭松林的新湘军在罗家集中了埋伏，之后张树珊部又在杨家河全军覆没，张树珊战死。事情到此还没完，不久，尹漋河之战爆发，号称“淮军第一名将”的刘铭传同样大败而归。紧接着，东捻军又在蕲水歼灭湘军彭毓橘部。仅仅半个月，湘、淮军便接连大败，损兵折将。这让李鸿章极为震惊，无地自容。这时，轮到曾国藩看笑话了。他在给九弟信中说：“人都说捻子善避兵，只怕打不着。我则说，不怕打不着，只怕打不胜。即便鲍超、刘铭传等与之相遇，胜负也很难说。”
出师不利，使李鸿章开始清醒下来，不得不认真研究对策，并调整作战方略。原先他对曾国藩的所谓“河防”不屑一顾，说是“闻者皆笑其迂”，并讥讽古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇在千年之后竟遇知音，但在接二连三地吃了败仗之后，他才真正领会到曾国藩的良苦用心。对付捻军，光从陆路围剿显然不够，而利用河防，限制其流动，则不失为有效之策。直到这时，李鸿章才认识到，还是老师的手段高明啊！此法虽笨，但笨法自有笨法的道理。于是，他决定仿效曾氏“筑墙之法”来对付捻军。万里长墙终遇知音!但知音者，已非曾氏，而是他李鸿章了。
1867年春，东捻军从湖北突围进入河南南阳一带。当时他们面临两个选择：一是北上陕西，二是西下四川。可是由于陕西就食困难，而四川路途遥远，赖文光与任化邦等人磋商之后，决定东上山东，进入富庶的胶莱一带。
战略专家认为，这一决定实际上存在重大失误。因为它给了李鸿章利用运河和胶莱河作防线围剿捻军的机会。
从1867年6月，李鸿章在认真研究和部署之后，决定实施“倒守运河”之策。所谓倒守运河，就是将原来的东岸设防转为西岸设防。为了保险起见，他设下了两道防线：一道是胶莱河防线。其战略目标是困敌于胶莱海隅，加以歼灭。第二道是运河防线。此防线的战略目标是，万一捻军突破胶莱防线，则利用运河防线，继续围歼。
为了确保这一计划的实行，李鸿章亲自巡阅运河，沿途察勘，并督修长墙。“炎风烈日之中，弁勇昼夜兴作，劳苦异常”，“七月初间，运西长墙一律完整”。接着，李鸿章又调集数万重兵，其中包括淮军的全部主力，以及山东、河南、直隶等地的部队，层层设防，铁壁合围。
但是，尽管他周密部署，还是未能达到目的。原因是山东巡抚丁宝桢并不配合。就在他指挥各路军马层层合围时，东捻军却在胶莱防线的北端突破鲁军防线，渡过潍河。李鸿章几个月的精心筹划转瞬化为泡影，他又气又恼，指责丁宝桢“慢师轻敌”，玩忽职守，可丁宝桢并不买账，随即以牙还牙，攻击李鸿章调度不力，“纵贼误敌”。他还把责任推到淮军身上，认为潘鼎新部行动迟缓，救援不力，而李鸿章“徇私诿咎，倒置是非”，完全是推缷责任。
虽然李鸿章身为钦差大臣，专办剿匪事宜，但他管不了丁宝桢，后者作为一省大员也根本不听他的话。
说到底，这是个体制问题，或者说是中央与地方的矛盾。李鸿章早在督师伊始，就曾提出统一事权，明确地方权限，以防掣肘，可他的想法根本无法实现。曾国藩督师时就因地方掣肘，一事无成，现在轮到李鸿章吃苦头了。
丁宝桢是晚清名臣。他是咸丰三年（1853年）的进士，历任编修、知府、巡抚，后来官至四川总督。《清史稿》称他“严刚有威”。很多年后，他出任山东巡抚时，曾杀了慈禧身边宠宦安德海，为民除害。其铁面无私，刚正不阿，盛传一时。李鸿章碰上他，算是遇到硬茬儿了。两人腾章相诋，你来我往，朝廷不耐烦了，于是各打五十大板：下令李鸿章“交部议处”，丁宝桢摘去顶戴，革职留任。这是清廷惯用手法。不过这一顿板子，倒把李鸿章打醒了。是啊，这么闹来闹去，对谁都没有好处。眼下要紧的是尽快消灭捻军，建功立业。否则，曾国藩前车不远。
李鸿章脑子转过弯来后，便不再认死理了。他开始主动讲和，首先进行自我批评，认为大敌当前，应该一致对外。丁宝桢也是个吃软不吃硬的主儿，冷静下来之后，也以和解的姿态做出了回应。此后，双方达成共识，一致决定加固运防，共同对敌。
然而，就在这时，朝中有人对运防提出了质疑，认为这玩意儿曾国藩过去搞过，李鸿章现在又搞，但都没搞出什么名堂，所谓劳而无功，不如罢之。
李鸿章一听这话就急了。如果说，几个月前，他还是运防的嘲弄者和否定者的话，那么，现在已是坚定的捍卫者了。在他看来，灭捻者，非运防不可，除非另有更好的办法。至于运防眼下尚未奏效，问题不在运防，而是另有原因。他上书陈述理由，请求不罢运防，认为现在需要的是耐心，千万不能朝令夕改，否则前功尽弃，军心亦为之动摇。
李鸿章的请求最终得到了采纳。对于东捻军来说，这实在是一个不幸的决定。从9月初至11月下旬，短短的两个月间，淮军在加强运防的前提下，施展了猛烈攻势，以刘铭传为首的四支精锐的游击之师以骑制骑，以快制快，接连获得了胜利。尽管东捻军突破了胶莱防线，但仍被困于狭长的运河防线之内，无法摆脱淮军凶猛的追击，在连续不断的打击下，损失惨重。
9月间，李鸿章移师济宁，做进一步部署。此后不久，东捻军在山东境内频遭重创，被迫向江苏北部游走。刘铭传部紧追不舍，一路跟进。据报，11月17日，在日照的追击战中，铭军击中任化邦的右耳，尽管伤势并不严重，但李鸿章仍然很重视，并专门向朝廷报告了此事。
任化邦，小名任柱，安徽蒙城人，小捻子出身，自幼就跟随叔父舞枪弄棒，加入了捻军。他的哥哥、弟弟，包括妻子在内，都是清一色的捻军。任化邦勇猛善战，高楼寨打死僧格林沁、罗家集重伤郭松林、杨家河击毙张树珊、尹漋河大败刘铭传，这些战斗都是任化邦亲自指挥的。在捻军内部，他的名气甚至要超过赖文光。李鸿章把他看作死敌，认为他是“亳州积年巨捻，最为凶悍之首逆”。
日照之战中，任化邦被淮军枪弹所伤，但所幸未及要害。负伤后，他率部迅速退至苏北赣榆，然而刘铭传跟在后边紧咬不放。为了改变被动局面，任化邦决定利用淮军远道疲乏，对其实施伏击。11月19日下午1时左右，铭军与善庆马队来到了赣榆城下。他们找到了当地老百姓，打听捻军去向，得知捻军已向青口一带退去。
刘铭传下令继续追击。此时，天降大雾，四野昏暗，数步之外不见人影。铭军行进之中，突闻喧嚣四起，只见大队捻军黑压压地从四面围扑而来。一时间，杀声震天，地动山摇。
铭军立即展开反击。刘铭传与善庆分头迎敌。洋枪队连环施放，火光冲天，捻军正面的冲击虽然被抵挡住了，但很快又有大队捻军从铭军身后包抄过来。
在运动中伏击敌军，这是任化邦的拿手好戏。无论高楼寨，还是尹漋河，他都频频得手。这一次也如法炮制。
然而，就在双方激烈拼杀之际，捻军突然不战而退，队中有人惊呼：“鲁王中弹了！”随着喊声，只见一伙人护着一具尸体向后狂奔而去。
铭军乘机追杀，捻军大败。
事后据报，捻军败退是因为任化邦在战斗中不幸身亡。杀死任化邦的不是淮军，而是捻军内部出了叛徒。此人名叫潘贵升，系任化邦手下内五营头目，他在安邱之战后被刘铭传收买（刘许以三品花翎，并赏银二万两）。于是，潘某等人乘着激战之际实施了暗杀计划。马队哨官邓长安受命从背后开枪，任化邦中弹身亡。李鸿章后来在报告中称：“任逆被枪子洞穿腰肋，登时毙命。”
任化邦的牺牲是捻军的重大损失。在东捻军中，任化邦与赖文光可谓最佳搭档。一个善战，一个善谋。李鸿章曾评价说：“任柱马步贼为最善战，赖汶（文）洸(光)为最善谋，两逆狼狈相倚，固结不解。”任化邦战死后，赖文光顿失臂膀。此后，起义军开始一蹶不振，连遭败绩。12月间，淮军主力在寿光给予了起义军致命打击。这一仗，东捻军几乎被打光，残部仅剩数百骑跟随赖文光冲破六塘河，沿运河南下奔逃，最后在扬州瓦窑铺一带被围，赖文光不幸被俘。时间是1868年1月5日深夜。
赖文光被俘后，在扬州英勇就义。至此，东捻军全军覆灭。李鸿章甚为得意，他在给朝廷的奏折中称，东南五省全境肃清，所有捻逆全股扑灭。
然而，就在东南捷报频传之时，西捻军张宗禹部已在陕西越过黄河，进入山西，并将剑锋指向畿辅。
自1866年秋，出于战略需要，捻军分为东西两支，张宗禹便一直是西捻军的统帅。其部约有五万之众。他们入陕，一路所向披靡，11月便打到西安城下。陕西巡抚刘蓉的湘军接连大败，朝廷急调左宗棠督办陕甘军务，率部驰援。由于久攻西安不下，1867年2月，张宗禹率部进入渭北，与回民起义军联合作战，并继续采用流动作战方式，飘忽不定，来往闪击，搞得左宗棠焦头烂额，疲于奔命，却一无所获。
左宗棠乃湘军名帅，他才华出众，果断干练，但恃才傲物，目空一切，也是出了名的。他自比诸葛亮，并以“老亮”自号，但他这个诸葛亮遇上捻军却没了脾气，抓又抓不住，打又打不着，只得徒唤无奈，忧愤不已。李鸿章曾讥讽他说，张总愚（这是李鸿章对张宗禹的蔑称）、任柱，虽是天下无赖子，但老亮绝非敌手！
1867年11月，张宗禹转战陕北，连续攻占安塞、迁川、绥德等州县，就在这时传来了东捻军的告急文书。此时，任化邦在赣榆遇难，局势岌岌可危。为了援助东捻军，张宗禹本打算直接发兵苏、鲁，但考虑到那里清军云集，不易得手，于是决定施围魏救赵之计，率部直插京畿，以迫使清军回防。是年年底，西捻军从陕西渡过黄河，由晋南进入豫北，再由豫北转向直隶，并在冀南渡过滹沱河。到了次年的正月，进抵定州，威逼京畿。
清廷为之震动，急调各地勤王之兵十万之众，集结于直隶，实施围堵。当各地清军蜂拥而至之时，张宗禹才得知东捻军已全军覆没，他们的救援行动已失去意义。
于是，他召集众将商议，认为直隶为险境，不易久留，必须速回陕北，与回军会合，以免被清妖围困，重蹈东路军覆辙。
计议已定，西捻军开始迅速回撤。他们计划从河南退回山西，再由山西退往陕西。然而，由于清军围追堵截，西捻军的撤退并不顺利，只能被迫游走于直、豫、鲁三省平原，与敌周旋，再寻找机会退回陕西。
此时，李鸿章平定了东捻军，率淮军大队北上，这对西捻军如同雪上加霜。由于兵力相差悬殊，起义军的情势更加危殆。尽管如此，清军的战绩一开始却不明显，相反倒是一片混乱。究其原因，一是多头指挥，体系混乱。当时，应朝廷之令，北上宿卫之兵计有湘、鲁、豫、直、皖、吉等各军，由恭亲王奕出面节制。于是，直东战场几百里之内，竟然出现了三个钦差大臣、一个总督、三个巡抚、两个侍郎和一个将军。而且，在这些大员之上还有一个总指挥恭亲王。俗话说得好，一个和尚挑水吃，两个和尚担水吃，三个和尚没水吃。现在，一下子来了这么多和尚，结果可想而知。李鸿章对此大为不满。他说，这样下去，将一事无成，“其免于九节度使之溃者几希”。
