除了多头指挥外，更让李鸿章头疼的是碰上了左宗棠这个老冤家，处处与他作对。他提出“圈制”，以守待变，左宗棠偏不同意，力主强力追剿，两人互相牴牾，争执不休。
左宗棠为人一贯强势，不甘人下。早在湖南巡抚骆秉章手下做师爷时，他就十分霸道。师爷并非正式官员，但由于骆秉章的器重，他大权独揽，甚至比巡抚还巡抚，整个湖南官场提到左季高没有不害怕的。有一天，永州镇总兵樊燮前来汇报工作，骆秉章便让他去找左宗棠。樊燮来到左宗棠那里，由于没请安，不禁惹恼了左师爷。
左宗棠说：“武官见我，无论大小，都要请安，你为何不请安？”
樊燮说：“朝廷体制，哪有规定武官见师爷要请安的？武官地位虽轻，我好歹也是朝廷二三品官。”言外之意，你左某连个品级都没有，还在我面前摆什么谱啊！
左宗棠一听这话，立时大怒，起身就踢樊燮，嘴里还骂道：“王八蛋！你给我滚出去！”搞得樊燮狼狈不堪。
这事发生不久，便有人上书把左宗棠告下了，朝廷令湖广总督官文查处。官文早想整治左宗棠了（有人说，樊燮之事其实就是官文暗中指使），于是便要严办。幸亏胡林翼、曾国藩出面说情，南书房行走潘祖荫也上疏力保。疏中有“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”。此句流传一时，使左宗棠名声大噪。后来，此案大事化小，小事化了，左宗棠不仅没有受到查处，反而得到了提升。再之后，他入了曾国藩幕府，从此开始青云直上。《异辞录》中说：“左文襄（左宗棠谥号文襄）勋业，以幕客时为始。”此言不虚。
左宗棠入曾幕，与李鸿章一样，都受到曾国藩的器重。曾国藩待他们，官分上下，情同兄弟。早年在湘军，左宗棠驻地与曾国藩大营相距数十里，每次来，曾国藩总要设宴招待，并戏称：“大烹以养圣贤。”左宗棠能吃而善谈，每次来也不把自己当外人。入座则盘杯狼藉，遇到大块肉食，便动手撕扯，大吃大嚼，恣意笑乐，旁若无人。
左宗棠是出名的“杠子头”。凡事爱抬杠，每抬则必争上风。有时，较真起来，怒目而视，仿佛要打架一般。他与曾九、李鸿章等经常抬杠，彼此较起劲来，互不相让，言语冲撞，难免伤及和气。早在曾幕时，李、左之间就不融洽，除了湘皖地域之见外，左宗棠行事张扬，为人刻薄，这也不为李鸿章所喜，但李、左真正不和却始于同治三年（1864年）。
晚清中兴名将，号称曾、胡、左、李。无论年资，还是其他，左宗棠似乎都在李鸿章之上，但到了同治三年（1864年），淮军后来居上，李鸿章的地位已有超越左宗棠之势，这让老左心里很不舒服。
金陵会攻，朝廷屡诏李鸿章往援，可李鸿章碍于曾氏兄弟的关系，一边按兵不动，一边南下图浙。这一来，等于把手伸进了左宗棠的地盘，老左岂能容忍？他告李鸿章“越境掠功”，李鸿章当然不承认。两下打起嘴仗，你来我往，怨恨的种子从此便埋下了。
刘秉璋说过，李文忠与左文襄皆当世之英，两强相遇，各不相让，久之遂生意见。此话颇有道理。
有笔记载，一日，某公请客，李鸿章和左宗棠都来了。席间，李鸿章说：“非翰林不入相。左公伟业盖世，封侯封公，我不敢望，惟有大学士一位，恐怕要让我一筹。” 清制，大学士必由翰林提拔。李是翰林出身，而左只是举人。李鸿章知道左宗棠不服自己，故有此言，意在挖苦老左。
另有笔记称，洪杨之乱后，李鸿章与左宗棠闲谈论功。李说：“你别尽自夸张了，死后谥号不能得一‘文’字。”
谥号，乃死后封号。按定例，非进士翰林出身，不得谥“文”字。这句话同样是在刺挠左宗棠。左闻之默然，半晌无语。
左宗棠一生最大的缺憾就是没能考中进士。他二十岁中举，偏偏此后接连三次会试（考进士）都铩羽而回，不禁心灰意懒。他曾有诗云：“蚕已过眠应做茧。”句中流露了无法排解的郁闷之情。此后，他一见到进士就不舒服。后来，他做了陕甘总督，便重科榜（举人）而轻甲榜（进士）。有进士翰林来见，他大多没有好脸色，言辞中也多有揶揄。
俗话说，打人不打脸，骂人不揭短。李鸿章的话无疑是在揭短，触到左宗棠的痛处。尽管李鸿章的话后来并未应验，左宗棠死后破格得谥号“文襄”，但在当时李鸿章的话还是让他大受刺激。
左宗棠是个心高气傲之人。他刚明果断，勇于任事，这是他的优点；但他性格要强，为人处世，一味霸蛮，很难与人相处，这又是他的缺点。
西捻军进逼直隶后，李鸿章受到朝廷严责。出现这样的局面，李鸿章认为这都是左宗棠惹的事，他在陕西剿贼不力，结果放贼出山，殃及鄙人。不过，鉴于丁宝桢的教训，他决定忍让，主动求和。在给曾国藩的信中，他写道：“鸿章此行迫于大义，吃苦受气是分内事。拟再与左公议和，但勿相犯，决不失敬。”
不久，李鸿章进驻山东德州，主动与左宗棠寻求和解，朝廷也令恭亲王协调李、左关系，而此时的左宗棠由于追剿不力，也开始反思自己的战法。6月间，漳、卫上游，陡发山洪，运河水位猛涨。西捻军三面遭水，行动困难，被迫徘徊于直鲁边境。左宗棠看到战机有利，开始接受李鸿章“圈制”之策。6月14日，李鸿章与左宗棠在德州桑园会晤，这就是著名的桑园会议。李、左两巨头的携手，带来了直东战场的重要转折。
西捻军的噩运开始降临了。从6月至8月间，湘、淮军利用运河、黄河和大海的长墙工事，对西捻军实施全面围剿。7月14日，在商河之战中，张宗禹中弹负伤。据李鸿章的奏折称，“商河之战，逆首张宗禹自带黑旗队冲阵，被我军枪伤落马，枪子自背后穿小腹而出，贼数十骑扛之而逃，群贼立即纷溃”。
在报告中，李鸿章还写道，他亲自审讯了张宗禹亲兵毛牛儿等人，证实“小阎王”张宗禹“腹受枪伤甚重”。最后，他的结论是：“张宗禹受伤情形甚为确实，既系子穿小腹，似亦万无生理。”
然而，他的话音未落，几天后，张宗禹又出现在济阳*家渡、龙王庙一带，这让李鸿章很没面子。
8月4日，西捻军在商河、乐陵一带遭遇淮军追击，张宗禹率部试图摆脱，但淮军诸将次第追击，并逐步形成合围。战斗从19日一直持续到28日，西捻军突至山东茌平附近的南镇，陷入了刘铭传、潘鼎新、郭松林等几路大军的联手合击。西捻军顽强抗击，直至数千将士伤亡殆尽。最后，张宗禹仅带数十骑突出重围，在高粱地里不知所终。
茌平一战，是西捻军的最后悲歌。此战，他们全军覆没。张宗禹之兄张宗道、其弟张宗先、其侄张正江等全部阵亡，就连他的儿子张葵儿也未能幸免，被官军抓获，只有张宗禹去向不明，众说纷纭。
官方宣称，张宗禹投水而死，其依据是李鸿章的报告。李鸿章在报告中称，民间纷传张宗禹投水淹毙，后来抓获了张的亲随王双孜。李鸿章与袁保恒等亲自提讯。王犯供认，他跟随张宗禹九年，战败当日，张带八人逃至徒骇河边，自知难逃一死，不肯受刑戮之辱，遂令随从七人各自逃命，自己则下马脱衣投水而死。
据此，李鸿章在报告中作出认定，张逆“投水伏诛毫无疑义”。至于尸体没找到，李鸿章的解释是：“惟刻下黄水盛涨，灌入徒骇，深不见底，事隔多日，该逆尸身随水漂流，必已腐烂无从寻认。”
这份报告写于8月25日，即战后十多天。9月6日，李鸿章再次上报，确认张宗禹之死“毫无疑义”。报告称，前审王双孜，王犯供称“逆首张宗禹投水淹毙”。此后又对降贼王结巴亲加研讯，“所供与王双孜相符”。因此他再次认定：“是日(捻匪)全股歼除，张逆亦毙，嗣经各处搜捕并无实在匪踪。”
但是，对于这种说法有人表示质疑。尤其是左宗棠，一直不相信张宗禹投水自杀之说，认为这是李鸿章弄虚作假，贪功求赏。他上疏称，张逆未死，必伏后患。为了抓住李鸿章的把柄，他“多方搜剔”，并派兵四处搜寻证据，这让李鸿章大为恼火。两人关系进一步恶化。李鸿章觉得左之所为，完全是出于嫉妒。在给曾国藩的信中，他愤愤不平地指责左宗棠，称他是“阿瞒本色，于此毕露”。然而，尽管存在争议，张宗禹的下落始终不明，最后朝廷只能接受李鸿章的说法。《清史稿》等史书也都如是记载。
那么，张宗禹究竟是否死了呢？
学界看法不一，直到如今仍然未有定论。不过，在如今的河北沧州孔家庄却有一座张宗禹的墓碑。据说，张宗禹跳河后并没有死，而是逃到了孔家庄，隐姓埋名活了下来，直到二十年后病死。临死前，他才道出自己的真实身份。民国版的《沧县志》有如下记述：
张酋败后，逃至邑治东北之孔家庄，变姓名为童子师，后二十余年病死，即葬于其庄，至今抔土尚存焉。其临殁时告人曰：“吾张宗禹也。”
事过一百多年后，有人去孔家庄追访，并发表了《捻军领袖张宗禹下落考察记》一文，载于《齐鲁晚报》。文中记述了张宗禹逃至孔家庄后的生活情形，并配发了张宗禹墓碑的照片。照片上的墓碑孤零零地竖在荒草丛中，显出了几分凄冷。看着照片，不禁让人心生感慨：轰轰烈烈终归平静，尘埃落定，日月依旧。
另据《张宗禹传略》记，张宗禹尚存一子，其后裔如今都生活在皖北故里。
五、刘铭传的无奈
刘铭传最后一次辞官是在公元1891年5月5日，光绪十七年三月二十七日。从他光绪十年（1884年）抵台督办军务始，至光绪十七年（1891年）被革职离任，前后六年多时间，这是他一生中最重要，也是最辉煌的六年。这六年里，他抗法保台，在台湾全面推行自强新政，开启了台湾的近代化进程。他原计划用十年时间来实现他的宏伟蓝图，可是不到六年，他便不得不辞官离开这块他曾寄以希望、付出极大心血的土地。
刘铭传一生多次撂挑子，史料称他“凡五进，而辞退十有八焉”。这其中大多是托病泄愤，以此表达心中的不满。而这最后一次辞官，却是真正伤了他的心。
刘铭传是合肥西乡刘老圩人，办团练起家，后加入淮军。他家境贫寒，兄弟六人，其排行老六，小时因出天花，脸上留下麻点，故有“六麻子”的绰号。这个绰号听上去很不雅观，但刘铭传并不忌讳。民间相传，有一天，他的夫人陈氏正在作画，刘铭传在一边看得高兴，便提笔助兴，在上面画了一些梅花，并随手题下一首诗。诗云：
圈圈点点又叉叉，
顷刻开成一树花。
若问此花何人画，
大潜山下刘六麻。
俗话说得好，人如其名。刘六麻子生性粗犷，桀骜不驯。年轻时贩过私盐，十八岁时就杀过人。从一些记载看，他长相短小精悍，面色刚毅，声若洪钟。与人相处，从不迁就，稍有不合，便拂袖而去，每逢争执，更是面红耳赤，毫不相让。即便在高官权贵面前，也不失本色，依然故我。李鸿章是他的老上司，对他恩重如山，但他从不巴结，遇到不如意的事，一言不合，照样顶撞。有一次，李鸿章做寿，别人纷纷送上重礼，唯恐落在他人之后，只有刘六麻子按合肥乡俗送上两斤寿面、两条方片糕，并附诗一首：
时人个个好呵泡，
鸡鱼肉蛋整担挑。
惟有省三情太薄，
二斤挂面两条糕。
李鸿章看了，不以为忤，反倒深爱其才，对他多方呵护和提携。据说，曾国藩第一次见他后对他评价甚高。那是淮军刚建军时，领导接见，于是众人在李鸿章的率领下早早来到大帐恭候。可是，左等右等，过了半天，领导始终没露面。在场的人，包括李鸿章在内，都静候于客厅，默默等待。这是官场的规矩，可刘六麻子却耐不住性子，心里的火气直往上蹿。最后按捺不住，终于跳起脚来嚷道：“要见就见，不见便罢，再不来老子就走啦!”
此时，曾国藩正在屏风后偷偷观察。事后，他对李鸿章说：“脸上有麻子者，帅才也!”曾国藩没有走眼，刘六麻子后来果然成了淮军的一员猛将。他勇武剽悍，充满血性，所部之铭军，更是淮军之劲旅。
然而，清代重文轻武，提拔封疆大吏，更是讲究功名。可刘铭传不是科班正途出身，只读过几年私塾，尽管靠战功一路升迁，年未三十而提督畿疆，但在“右文左武”、文人治世的环境下，提督虽然也是一品大员，地位却远不如文官，而且武将当到提督也就当到头了，要由武转文，位列封疆，简直难上加难。虽然李鸿章有心提携他，屡次举荐，均未能如愿。为此，刘铭传意见很大，曾做诗发泄心中不满：“盛朝修文不用武”“文章两字误苍生”“官场贱武夫，公事多掣肘”“武夫如犬马，驱使总由人”……如此种种，可见怨气极大。当然，要说刘铭传迟迟得不到提拔，全怪客观因素那也不对，就其自身而言，责任也不小。
刘铭传作战勇猛，且谋勇兼备，这是他的优点；可他桀骜不驯，粗犷率性，又是他的缺点。这种性格很不适宜官场。官场讲究的是“忍”字，凡事不能由着性子，可刘铭传偏偏是火爆性子，受不得半点委屈。遇事稍不如意，说炸就炸，说崩就崩，还动不动就撂挑子。用李鸿章的话说叫“性不耐官”。李鸿章的幕僚吴汝纶也评价他是“淮军杰出人才”，但“龙性难驯”。
事实也确实如此。同治六年（1867年）底，东捻军被镇压下去，刘铭传作为淮军主力，立了大功，可朝廷功大赏轻，只封他一个三等轻车都尉世职(三品)，很多人都替他抱不平，就连曾国藩也认为功赏“相去万倍”。为此，刘铭传极为不满，常在酒后发牢骚。这年冬天，淮军在山东济宁休整，刘铭传便带头撂起挑子，公开上书“乞退”。朝廷令他率部北上，镇压西捻军，他也拒不应命，屡屡以“伤疾并发”为由，请求回乡养病。李鸿章知道他是心气不顺，多次劝他，让他先忍忍，可他就是不听。李鸿章无奈只得答应他的请求，后报经朝廷同意，准其回乡养病。
刘铭传回乡不久，剿捻战局一度陷入被动。由于战事吃紧，朝廷旋即下令取消刘铭传的假期，令其回任。哪知东捻军被平定后，朝廷的封赏依然吝啬，只给了刘铭传一个一等男爵，尽管他立下了赫赫战功。刘铭传气不打一处来，立马上书请求开缺，再次撂起挑子。
不久，天津教案发生。七国军舰云集大沽、烟台一带，扬言要武装报复。鉴于局势危殆，朝廷不得不再次催促刘铭传回任，令其带兵备战。
一年后，天津教案平息，朝廷任命刘铭传督办陕西军务，并授以“专折奏事”特权。这一安排自然是李鸿章保荐的结果。李的用意是以此作铺垫，为他下一步出任陕西巡抚打下基础。可是，刘铭传到了陕西之后，却不听李鸿章的劝告，与当时的陕甘总督左宗棠闹起了不和。眼看矛盾越闹越大，清廷便耍起了惯用手法，各打五十大板，这让刘铭传咽不下这口气。不久，便以“脑痛欲裂，坐卧难安”为由，“自解兵柄，养疴田园”。这已是刘铭传第三次辞官，时在同治十一年(1872年)二月。
这一次，刘铭传辞官时间最长，前后近十年。这期间，他开始大兴土木，寄情山水。每日与人饮酒、赋诗、下棋，消遣时光。据地方文献记载，刘铭传的出生地原在离刘老圩西北约六华里的四方郢子，后迁至旱庄。这里是刘铭传创办团练扎寨之处。刘铭传辞官回乡后，由于家中妻妾多，人丁猛增，难以安置，便在旱庄西北角建起新居刘老圩，又在六安九公山建了一处别墅——刘新圩。刘老圩依山傍水，面对大潜山，金河水穿流而过，圩基包括水面占地近百亩。四周深濠高墙，设有碉堡、炮台和吊桥，内有亭院楼阁、花园假山、小桥长廊、池塘花木，以及仓库、米房和马库等，规模浩大，盛极一时。圩内还修有一座六角亭，该亭四面环水，石桥相通，专门用来放置西周著名青铜器——虢季子白盘。这是刘麻子打下常州后，从太平天国护王府中缴获的战利品。这件宝物后来成了刘家的传家宝。
刘铭传解甲后，曾撰过两副庙联。一联是：
十载河东，十载河西，眼前色相皆成幻；
一时向上，一时向下，身外功名总是空。
一联是：
万户侯，何足道哉！听钟鼓数声，唤醒四方名利客；
三生约，信非虚也！借蒲团一块，寄将七尺水云身。
从这些诗联中透露出的信息以及他大兴土木、寄情田园的情况看，刘铭传好像已经看破红尘，不再把功名放在心上，实则不然。刘铭传向来是一个干大事的人，他心雄万夫，志存高远，虽出身布衣，起于行伍，与科举无缘，但书读得并不少。史料说他“少读书，喜奇略”，诸如“医药、壬奇、占候、堪舆、五行之书”，无不涉猎，“尤好兵家言”，可见其所学甚博。他还长于诗文，著有《大潜山房诗钞》，曾国藩为之作序，称其诗有小杜、苏、黄豪侠之风，如同其用兵“横厉捷出，不主故常”。因此，刘铭传虽不是一个传统的读书人，但同样深受儒家思想影响，报国之志，家国情怀，深入骨髓，渗于血脉。他曾叹曰：“生不爵，死不谥，非夫也!”意思是说，生不封爵，死不加谥，不能算是大丈夫。因此，像他这样胸怀远大抱负之人又岂会看破红尘，把国事置之度外呢？
事实上，在赋闲期间，刘铭传一点也未闲着。他购置了许多西方报刊、译作，同时认真阅读中国史籍，“静研中外得失”，密切关注着国家安危。他的座上宾多是一些思想开明、心怀忧患的高蹈之士，如吴汝纶、马其昶、薛福成、陈宝琛、徐润等。这些在中国近代史上都是大名鼎鼎的人物。那段时间，边疆危机纷至沓来，国家并不安宁。每每谈起敌国外患，刘铭传便感到匹夫有责，大志难伸，于酒酣耳热之际，更是按捺不住，情绪激奋昂扬。有一次宴会，他拍案而起说：“公等识之，中国不变西法，罢科举，火六部例案，速开学校，译西书，以励人才，不出十年，事不可为矣！”
光绪六年(1880年)，伊犁事变发生，西北边陲告急，朝廷用人之际，李鸿章觉得机会来了，便向朝廷保荐刘铭传出山。可刘铭传一到北京，便放了一炮——上了一道《筹造铁路以图自强折》，立时捅了马蜂窝，引起轩然大波。最后，他的奏折被否定，刘铭传心里窝了一肚子火，既失望又气愤，于是屁股一拍，再次打道回府，过起了隐居生活。
这一过，又是将近四年。直到中法战争爆发，他才又重新出山。
1882年5月30日，法军入侵越南东京（今河内）。越南是中国的西南邻邦，且“久列藩封”，已二百余年。法国的行动不仅是对宗主国的挑衅，而且对中国西南边陲的稳定直接造成了威胁。6月初，清政府出兵越南，中法对抗，一触即发。
此后两年多时间里，中法两国打打谈谈，谈谈打打，直到观音桥事变发生后，战争才全面升级。
观音桥事变发生在1884年6月23日。原先两国交战只在越南境内，观音桥事变后，法军决定开辟第二战场，把战火烧向中国本土。随着局势危迫，朝廷“需材孔亟”，而宿将元勋凋零已稀。在这种情况下，朝廷又一次想到了刘铭传。
其实，早在一年前的5月，中法交涉相持不下时，李鸿章就提出起用刘铭传，打算令其调募数营，统带前往粤西，作为后路援军。可朝廷没有马上采纳李的意见。9月间，朝廷指示李鸿章，如法人肆意要挟，和局难保，必须做好开战的准备。
于是，李鸿章再次提出起用刘铭传，称刘主动请缨，表示愿率旧部万人赴越作战。并说当时驻扎在天津的刘盛休，驻防江阴、吴淞的唐定奎、吴宏洛各营，均为刘之旧部，堪称“久经大敌，素称劲旅”。
朝廷闻奏，指示李鸿章“悉心酌度”，并未立即下达任命。转过年来，局势越发紧张。就在观音桥之战发生前两个月，即1884年4月11日，朝廷终于下达了起用刘铭传的谕旨。谕旨云：
前直隶提督刘铭传，统兵有年，威望素著。前患目疾，谅已就痊。现值时事艰难，需材孔亟。着李鸿章传知该提督即行来京陛见，以资任使，毋稍迟延。
消息一传出，《申报》立即刊文赞扬。声称刘铭传“统兵垂二十年，洵称‘百战宿将’，朝野咸相倚重”，对他出山寄予厚望。
这时候，清政府也显得有些迫不及待了。4月30日，朝廷再度下谕，声称“近来越事益急”，“迭谕沿海疆臣妥筹战守”，并特召刘铭传等“来京听候调派”。
1884年6月26日，观音桥事变发生第三天，法国政府迅速采取行动，批准建立中国海域舰队，将原来东京分舰队和中国与日本海分舰队合而为一，组建中国海域舰队，由原东京分舰队司令孤拔将军为总司令。法国海军及殖民地部部长裴龙在当日致电孤拔，令其立即率部开赴中国海域。
就在同一天，清政府也发表了对刘铭传的正式任命。谕旨云：
前直隶提督刘铭传着赏巡抚衔，督办台湾事务。所有台湾镇、道以下各官均为节制。钦此刘铭传终于再次出山了。这是一次历史的选择。在国家和民族的危急关头，沉寂十余年的刘铭传临危受命，肩负起了时代的重任。
1884年7月16日，刘铭传渡台赴任，这已是他第五次被起用了。然而，他不负重望。在前后八个月的时间里，率领台湾军民，抵抗住了法国的进攻，创下了不朽的功绩。而这一切都是在极端困难的条件下取得的。
众所周知，清政府对台湾的重要性历来认识不足。康熙皇帝甚至一度认为“台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损”，加上台湾孤悬大海，远隔重洋，交通隔阻，管理不便，与大陆各省相比一直处于落后蛮荒状态。同治十三年（1874年），日本侵台事件发生后，随着对台湾的重要性认识不断加深，清廷在对台兵力增加和防务投入上也逐年有所增加，但这些投入与增加，与台湾的实际防务需求相比仍差之甚远。及至中法战争发生，清廷方感切肤之痛，“两宫宵旰忧劳，其时内外臣工，无不以台湾无备为恨”。
刘铭传初到台湾，大战在即，而台湾的装备落后与防卫薄弱让他惊诧莫名。“海防以船为命，无师船即无海防。”可台湾四边环海，澎湖隔海相望，除了四艘年久失修的运煤船外，连条像样的轮船都没有。
基隆乃台湾三大海口之一，如此要塞，仅四座炮台，而真正管用的新炮只有五门，而且无法旋转，仅当一面。此外，其炮台和工事修筑也粗制滥造，不合法度，根本无法作战。法国舰队副司令利士比在派人侦察后，曾致函法国海军及殖民地部部长裴龙，声称占领基隆并不困难，因为它们装备不良，守卫薄弱，仅有五门克虏伯大炮。实际情况也是如此。据基隆之战后《申报》报道，基隆四座炮台中只有第三座炮台上的五门克虏伯大炮进行了反击，并“将法船击成数洞，坏其烟囱”，其他几座基本没有发挥作用。
除了海防薄弱，台湾守军的素质和训练也较为低下。用刘铭传的话说，即兵滑将贪，营务废弛；装备落后，武器杂乱；训练形同虚设，“虚名空额”，随处可见。更为严重的是，台湾烟瘴之地，染烟勇丁几达半数以上，致使战斗力明显下降。
面对如此险境，刘铭传因地制宜，一边整军备战，修筑炮台、工事，一边激励民众，凝聚人心，动员各方力量。他呼吁全岛各界，有钱的出钱，有力的出力。考虑到台湾兵力不足，他还发动民众，在全岛组织乡勇团练，以配合守军作战。为了凝聚人心，提高战斗力，他还设法消弭湘军、淮军之间的矛盾，调动一切积极性，打退了法军多次进攻。尤其沪尾大捷，清军高奏凯歌，大获全胜。时人有诗赞曰：“黑海涛雄一剑寒，北风吹断鼓帆干”；“一战功成收沪尾，三军血涌饮楼兰。”就连在场观战的英、美驻淡水领事也给予高度评价，认为“只有在台湾的中国军队才能够一比一地坚持与法国人交战，这大部分应归功于刘铭传精明的准备和几位淮军军官的指挥才干”。
沪尾之战的胜利，对刘铭传来说意义重大。此战不仅粉碎了法军的进攻，而且迫使法军彻底打消了进犯沪尾的图谋。更为重要的是，此战过后，法军的攻势被遏制，中法军队开始进入了一种长期的相持和拉锯状态。这种消耗战对于法军来说，显然不利。因此，有人评价沪尾大捷是具有转折性的决定一战，它彻底扭转了台湾的战局。
10月28日，即沪尾大捷之后二十天，朝廷下达谕旨，正式任命刘铭传为福建巡抚。消息传出后，《申报》立即发表评论表示祝贺，认为这是“国家之福，天下苍生之福”；甚至认为朝廷如能早一点下发任命，马尾惨剧亦可避免，“则闽江军备不至糜烂，而今日全台即可通他省之接济，而不绝本省之救援矣”。评价之高、期许之厚都达到了空前高度。
中法战争结束后，台湾的重要性日益凸显。战后，朝中大员一致认为台湾建省，势在必行。公元1885年10月12日，醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆郡王奕劻和北洋大臣李鸿章等十六人联名上奏，提出以福建巡抚改为台湾巡抚，“以责专成，似属相宜”。这一奏请当天便得到批准。
太后懿旨云：“台湾为南洋门户，关系紧要，自应因时变通，以资控制。着将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎。福建巡抚事，即着闽浙总督兼管。所有一切改设事宜，该督抚详细筹议，奏明办理。”
这是一个历史性的决定。对台湾来说，意义重大。但是，刘铭传一开始对这一决定并不赞成。他认为，台湾建省的条件并不成熟，困难太多。首先，台湾一旦建省，将失去福建接济，于台湾发展不利。其次，台湾“番民”尚未归化，开发程度较低，这也是建省的一大难题。因此，接到建省谕旨后，他便上了一道《台湾暂难改省折》，建议台湾暂缓改省，“从容筹办”。尽管刘铭传的建议符合实际，具有一定的合理成分，然而，清廷并未采纳他的主张。光绪十一年（1885年）十二月十二日，朝廷驳回刘铭传的上疏。谕云：“刘铭传所请从缓改设巡抚，著毋庸议。”于是，台湾正式从福建划出，成为中国的第二十个行省，而刘铭传也成了台湾首任巡抚。
虽然刘铭传暂缓建省的主张并未得到批准，但台湾一旦建省之后，作为一省巡抚，他便全身心地投入。与此同时，台湾建省之初，清廷高度重视，表示全力支持，这也给了刘铭传很大的信心。早在1884年6月，刘铭传奉诏出山，进京觐见太后时，就上过一道奏折，提出海防十条，内容包括办防、募勇、练兵、改革、培养人才等内容。他当时就对台湾的建设有一个清晰的设想。建省之后，他在这十条的基础上拿出一个十六条建省方案。这一方案十分全面，包括军事、社会、经济、交通和教育等各个方面。这是一个庞大的计划。刘铭传雄心勃勃，计划用十年时间大干一场，彻底改变台湾的面貌。
台湾的军事落后，刘铭传有切肤之痛。早在刚到台湾不久，他便着手大力整顿军务。中法战争结束后，更是腾出手来，对部队进行全面改造。他接管了全部驻台部队，包括刘璈的湘军，对不合格的官兵进行精减、淘汰。在此基础上，编练精兵三十五营，练军三营。全部改换新式洋枪，聘请外国教官进行训练。为了补充兵员，他还不断从家乡合肥招募兵勇，加上他原先带来台湾的淮勇，淮军人数一度增至十几营。在他的编练之下，三年后全台总兵力达到四十三营，两万两千人。
在军事布防上，刘铭传一直认为日本是我国最大的威胁。因此，他将台湾的防务重点放在台北一带，部署了全台近半数以上兵力。他还在重要海口，如基隆、沪尾、澎湖、安平、旗后修筑十座炮台，购置西式的钢炮三十一门，并配备下沉水雷、碰雷等，与炮台相互呼应。他还设立机器局、军械所、火药局、水雷局，以及机器厂、汽炉房、打铁房等，自制枪支弹药。
在治理军务的同时，刘铭传还大力整顿吏治，打击贪官污吏和豪强劣绅。第一个被他拉下马的就是台湾兵备道刘璈。
台湾军政官员主要来自内地，多出于湘系和淮系。文官知县以上，非湘即淮。刘铭传主台前，台湾是刘璈一统天下；刘铭传上任后，淮系后来居上。从势力范围看，淮系控制着台北、台中一带，而台南则为湘系所把持。刘璈是湘系在台湾的头面人物，此人为官二十余载，其势力盘根错节，布满要津。应该说，刘璈主台多年，对台湾的防卫和建设亦有功劳。据《台湾通史》记，光绪十一年(1885年)春二月，孤拔欲攻台南，托英国领事约刘璈来船上谈判，左右都劝说不能去，但刘璈答曰：不去以为我怕他，咄，我岂是畏死之人？临行前，他指示炮台，如遇警即开炮，不要考虑我在敌船上边。孤拔置酒相迎，言谈中威胁说，台南城池小，兵力弱，将以何战？刘璈回答说：“然城，土也，兵，纸也，而民心，铁也。”孤拔默然，法舰亦去。
刘铭传抚台后，二刘一直不和。刘璈依仗左宗棠等湘系大员的支持，多次纠弹刘铭传和淮系官吏，刘铭传对此痛恨不已。中法战事一结束，他便腾出手来拿刘璈开刀了，先后查出他的问题共十八条。如，利用手中的职权常年吃空饷；虚支巨款、扣存冒银、任意冒销，可谓“贪污狡诈，劣迹多端”等等，奏请朝廷将其革职。不久，朝廷派员核查，基本属实。光绪十一年（1885年）十月间，清廷连续下旨，认定“该革道(刘璈)以监司大员总理营务，辄敢虚支巨款，任意冒销。律以监守自盗，罪无可辞”，决定处以斩监候(即死缓)，后改为流放黑龙江，并对其所有家产(包括任所、原籍) 一并查抄。
在办理此案中，对于刘璈的同伙和党羽，刘铭传也一并进行了清除。原提督高登玉被从重“发往军台效力赎罪”；原同知胡培滋被革职，驱除回籍，“永不叙用”；原副将张福胜、原知府刘济南等也“一并革职”。
在吏治整顿中，对于那些为非作歹，拒不听命的官员，刘铭传也该革的革，该杀的杀，该撤的撤，该办的办。宜兰县令王家驹公然勒索富绅周家芳，为逼周家就范，还把周家芳的兄弟抓了起来。周家向刘铭传告状，刘令王家驹放人，可王拒不听命。刘铭传派人查清情况后，得知王家驹在办理捐款中收受贿赂，随意增减甚至免除数额，存在“诸多不公”。于是立即弹劾王家驹，将其革职查办。
据史料记载，刘铭传主台后，查办的官员不在少数。镇海前军记名提督方春发剋扣饷银，勾结知县陈海春贩运烟土，听任部下吸食，以致营务废弛；镇海前军右营总兵桂占彪“减发银两，扣发存饷”，紊乱营规，实属大干法纪；游击郑有勤、守备张安珍、候补知县徐石麒、县丞凌云等“侵冒饷银”“怂恿为奸”等等……对于这些违法违纪官员，不论何人，所任何职，刘铭传一律严惩不贷，绝不姑息。
刘铭传在台湾掀起的反腐风暴来势凶猛，一时间官场震慑，风气大变。但也有人指责刘铭传，说他借整顿吏治清除异己。特别是刘璈一案，众说纷纭。台湾史学家连横说过，刘璈有“经国之才”，如果刘铭传不将其治罪，而用他来辅佐自己，则刘铭传治北，刘璈驻南，以此经理台疆，南北俱举，必有可观。可惜的是，刘铭传不能容他。连横为此感叹道：“非才之难，而所以用之者实难，有以哉!”
然而，对于这样的批评也有不同的看法。或许，刘铭传对刘璈的处置掺杂了派系因素，但那种“辅佐”的假设也只是假设而已，或许只能是一厢情愿。
不过，有一点可以肯定，刘铭传治台数年，并非完全以“派系”画线，以“门户”取人。比如，他对陈鸣志的任用就很说明问题。陈鸣志系湘人，官居江苏候补道。刘璈革职后，刘铭传提议用他时，有人在他耳边嘀咕说：“湘人门户重，台南将吏皆湘人，陈亦湘人，恐对公不利。”但刘铭传看到了陈鸣志的能力，坚持使用，后来陈鸣志在任上果然干得不错，成绩显著，广受好评。光绪十三年（1887年）四月，刘铭传还专门打报告为陈请赏，称他“自署任以来，整顿营务吏治，不惮劳怨，于军务、洋务尤为熟悉，为道员中不可多得之员”。
刘铭传抚台六年，殚精竭虑，勇于任事，其公认的五大功绩有办防、抚番、清赋、新政和调整行政区域，而且每一项功绩都可载入史册。特别是他推行的新政，如电线、电报、电力、邮政、轮船、学堂等一系列新兴事业，都具有开创性，有目共睹。当时，大陆铁路还是禁区，但他却率先修了一条基隆至台北的铁路(这是中国人自己修建的最早的铁路)。此外，还有两条海底电缆，一条由沪尾海口至福州石川，全长二百一十七公里；一条由安平海口至澎湖妈宫港，全长九十八公里。
刘铭传的新政充满了创新精神，“于举国未为之日，独先为之”。在他的大力推动之下，台湾很快从一个半开化的府一跃成为“全清国最进步的一省”。曾任中国海关税务司的马士称刘是一个“伟大的巡抚”，并说无论在行政上的革新，还是在工业上的改革或改革尝试上，刘铭传都走在了全国前列。随着时间的推移，人们对他的评价也越来越高。有人把他称作“伟大的爱国者”“台湾的现代化之父”。连横先生称其功业，“足与台湾不朽矣”。
然而，这一切来之不易。几乎每一步都困难重重，而来自各方的阻力更是难以想象。
台湾经济落后，财政窘迫，最缺的就是钱。早在台湾建省时，刘铭传就打报告说，台湾一旦建省，筹办防务、确定省会、增设郡县、修筑衙署等，所需经费非百万以上不可，以台湾现有财力，实难自筹自办。他之所以不赞成马上建省，这也是主要原因之一，但他的意见没有被清廷采纳。
后来，刘铭传又打报告请示，说台湾“改设行省，经费浩繁”，请求户部支持。在一份报告中他大声疾呼：“台湾现在整顿海防，抚番招垦，百废待兴，经费支绌万分。从前闽省岁资台饷六十万，积欠至三百余万之多，自上年(光绪十一年)五月至今，毫无接济。台用亏竭，中外昭然。”
可户部尚书阎敬明是个大抠门。他的回复是各地都在向户部伸手要钱，比如河工、赈灾等等，哪一个不急、不重要？可部库经常告罄，寅吃卯粮。他还说，台湾不比新疆，物产较丰，部里的意见是“以本地之财，供本地之用”。刘铭传提出能否从粤海、江海、浙江、九江、江汉五关每年提取三十六万两，以五年为期支持台湾的建议也被驳回。
光绪十一年（1885年）底，阎敬明上调军机处后，他的接任者是翁同龢。刘铭传继续打报告争取经费支持，同样空言往返，未见分文。更要命的是，户部不给钱就算了，反而通过对台湾全年的财政审计，查出台湾有三大项收入没有上报。这三项收入是人丁税、额定征粮和海防捐银，计有六十多万两。他们对刘铭传说，你不是说没钱吗？这钱哪去了？如办防需要，这笔钱可以急用啊!
这一来，刘铭传被狠狠将了一军。其实，这笔钱早被刘铭传花光了。台湾围困期间，他向当地士绅借了一笔钱，讲好了战后归还，包括补偿和奖励，约为三十多万两；还有战后台湾裁军四十营。这些官兵退伍后需要补发饷银、支放军米等，这笔钱也要三十多万两。可刘铭传当时手中没钱，只好把那六十多万挪用了。这也是无奈之举，没想到居然被户部查出来了。他一看瞒不过去了，只得据实禀报。可户部回复是，你说的这些支出凭据不足，且不合程序，不能作为抵消，默许你移作办防急用已是通融了。言外之意，不查你已算是给面子了。
刘铭传哭笑不得，面对这些户部的官僚们毫无办法。按说，他们按章办事倒也没错，可这一来却把刘铭传害苦了。台湾建省之初，刘铭传就计划在澎湖购炮筑台，预算为八十万。这项计划事先征得了闽浙总督杨昌浚同意，后来炮也买来了，眼看付款的时间到了，钱却迟迟没有落实。洋人催讨炮款，违约将引起外交纠纷。刘铭传真是急眼了。他连忙上奏朝廷，请求拨款，朝廷批示：“着户部速议。”可户部的司员们卡着不办，说是台湾那三项隐瞒未报的收入还没说清楚哩。
既然向上要钱的路子走不通，刘铭传只好自己想办法了。一方面，他鼓励兴办工商业，主张招商兴市，提出“欲自强，必先致富，必先经商”，同时设立全台招商总局，以各种优惠政策，向海内外招商引资。他还派遣相关人员赴新加坡设立招商局，向南洋等地招商。他还广开财源，开征了各种厘金税和商税。刘铭传认为，台湾物产丰富，如煤、盐、石油、茶、樟脑等，均为饷源所系，如果整顿厘税，裁汰陋规，可兴地方之利，以养全台之兵。当然，刘铭传开征厘税的做法，也遭到很多反对，包括在台的洋商们，因而推行的过程中阻力重重。
然而，最大的阻力还不在这里。由于种种清规戒律和保守势力的阻挠，刘铭传的一些计划和设想往往不得不半途而废。
基隆煤矿曾是台湾创办最早的一家新型企业。该矿开办于同治三年(1864年)，由于经营不善，亏损严重。中法开战后，为了避免资敌，刘铭传下令放水将煤矿淹没，使之成了一座废矿。中法战争结束后的第二年，台湾各业开始复苏，刘铭传便打起恢复基隆煤矿的念头。就在这时，天津商人张学熙找上门来了。
张学熙是天津大商人。多年前由于开办开平煤矿发了财，尝到了甜头。听说基隆煤矿要恢复生产便兴冲冲地跑来了。他对刘铭传说，他愿意承办基隆煤矿的开采。
刘铭传问他采取什么办法。
张说由我出资，无须你掏一两一钱。
当时，台湾刚刚建省，刘铭传愁的就是钱。张学熙一开口头一个条件就正中下怀。张又说，出了煤，我首先供台湾使用，价格也降低。
这又对上了刘铭传的想法。刘铭传当时正在大办新政，他的兵轮、铁路、电报、电线和机器局等等哪一样不要煤呢？如果基隆煤矿恢复生产，那真是求之不得。
张学熙看出了刘铭传的心思，接着又说，煤矿生产赢利了，你还可以抽取煤厘，这可是一举三得。
刘铭传对此十分满意，当即拍板同意。很快，双方签订了协议，张学熙便摩拳擦掌地干起来。可是，搞了几个月便搞不下去了。究其原因，是矿井积水太深，靠人力排水相当困难，而要购置新式抽水机又缺乏资金。这样一来，钱花了不少，却收效甚微。几个月下来，张学熙亏掉了好几千两银子，只得灰头土脸地又来找刘铭传，说他撑不下去了，请求退办。
张学熙走了，煤矿恢复便陷入了停顿。为了寻找出路，刘铭传便找到曾国荃和裴荫森商量能否三家合办。曾国荃时任两江总督，裴荫森时任福州船政大臣。当时国内洋务运动正搞得轰轰烈烈，江苏、福建等地都需要煤。三人一商量，决定一家掏两万，凑成六万两。在此基础上又招商股六万两，加在一起总计十二万两。光绪十三年(1887)一月，煤矿开始挂牌运营。刘铭传指定候补知府张士瑜为总办。张士瑜身为基隆煤矿矿务委员，对煤矿生产比较熟悉。他受到委派后，便决定聘用外国人进行管理，还雇用了洋技师。在设备上也投入重金，购置了新式机器用来抽水。刘铭传还专门派人修通了煤矿至码头的小铁路。
不久，煤矿开始出煤了，而且产量还不错，一度达到百吨左右。张士瑜忙不迭地向刘铭传报喜，曾国荃和裴荫森闻报也皆感欣然，大家都对煤矿的前景一致看好。可是，他们高兴得太早了。时间不长，新的问题又出现了。不错，煤是挖出来了，但运输却成了难题。首先在台湾岛内，辗转运输千余里，没有铁路，全靠脚力，成本太高。其次要往大陆运，海上风浪大，没有大船不行。但煤矿资金有限，要想修建铁路、购买大船，实在是力不从心。干了不到一年，亏空越来越大，每月亏银达到三四千两之多。这一来，商股首先不干了，要求退出。
