后来总算集合了四五十个学生。每人都拿了枪，但有的拿了枪却没有拿子弹。接着，徐锡麟手提洋枪在前督队，马宗汉居中，陈伯平断后，一路向抚署进发。但走到中途，听说抚署已有防范，便决定先去军械所，获取弹药，然后再攻抚署。一路上，有的学生开始弃枪而逃，到达军械所时只剩下三十余人。
军械所的护勇事先毫无防备，猛见有人来攻，顿时慌了手脚。军械所提调、候补道周家煜见势不好，忙将库房钥匙扔进沟中，转身逃匿。徐锡麟带人冲入了军械所，对抵抗的护勇一律打死，然后令陈伯平守前门，马宗汉守后门，并令学生们拿取所内枪炮使用。然而，拿到的枪炮却不合用。由于军械库平常枪弹分放，一时有枪无弹，或有弹无枪，枪型款式亦不配套，而库房的钥匙找不到，库门也无法打开。后来，好不容易找到5门大炮，但没有炮栓，无法施放。
此时，恩铭已死。他被背上轿时，神志尚清，虽伤情甚重，但仍连声大叫：“务将锡麟拿获，收禁司监。”
到了署中，他还召长子咸麟、幕僚张次山等至床前，口授命令，但不久便呼吸急促，陷入昏迷。部属们赶紧从同仁医院请来英籍西医戴璜（一作戴世璜）救治。检查结果是，恩铭身中七枪（一说是八至九枪），一枪中唇，一枪穿左手掌心，一枪中腰际，余则中左右腿。医生施以手术，将子弹一一钳出，只有腰际一枪，从肾脏处穿过心脏，非开腹不能取出。在恩铭家人签字后，手术开始进行。但由于恩铭年事已高，加之失血过多，手术进行不久便一命呜呼。时年六十二岁。
恩铭死后，布政使冯煦代理巡抚主持工作。他和按察使毓朗立即调集军队对起义进行弹压。弹压的过程虽然有过激烈交战，而军械库库房坚固，不易攻破，也为起义者坚守带来了便利，但抵抗的时间并没持续太久。因为徐锡麟等人的子弹很快打光。由于清军封锁了城门，徐锡麟派出的信使出不去，而城外的新军也进不来。眼看无法坚持，马宗汉提议点燃军械库，与敌同归于尽。但徐锡麟考虑到周围都是民居，一旦军械库爆炸，必然伤及无辜，危害甚巨，没有采纳。与此同时，为了尽快平息叛乱，捉拿凶犯，官府下令悬赏，赏金从三千两而至七千两，最后涨到一万两。冯煦还派道员黄润九、县令劳文琦亲临阵前督战。在重赏之下，兵士们“各告奋勇”，不断向军械所发起猛攻。
下午1时左右，后门首先失守。据马宗汉供词称，占领军械局后，徐锡麟让陈伯平带几个有子弹的学生守住大门，因他胆小，徐锡麟令他带几个无子弹的学生守后门。打了一阵之后，守后门的学生开始慌乱，纷纷越墙而走。他这时只身一人，也感到害怕，遂翻墙而去。按他的说法，后门失守时间“约在（下午）1点多钟的时候”。
不过，另有记载称，徐锡麟等人从中午12时一直坚守到下午4时左右，军械所才被攻破。此时陈伯平已经战死。据说是死于乱枪之下，死亡时间不详。徐锡麟在弹尽之后脱去警服，翻墙跳入附近民舍躲藏，最后被官兵拿获。与他一起被俘的还有马宗汉和一些未能逃脱的学生。
徐锡麟被俘后遭受了严刑拷打。据有关史料记载，负责审讯的有冯煦、毓朗，以及安徽候补道许鼎霖、恩铭的幕僚张次山等。地点一说是在抚署西花厅，一说在督练公所。毓朗令徐锡麟跪下，徐锡麟怒道：“你还洋洋得意，若慢走一刻，即被我杀！”
冯煦首先发问：“恩抚是你恩师，对你亲如手足，提携有加，你为何这样无心肝，干出这等事来？”
徐答：“恩抚待我，我知之，是私恩也；我之刺他，乃天下之公愤也。”
冯问：“你是孙党吗？”
徐答：“孙不足以指挥我，此事仅我与我友光复子、宗汉子所为。其他跟着我的学生，实不知情，系我以枪逼迫，不得不如此。我之罪，我一人当之。那几十个学生之罪，也由我一人承当，哪怕碎尸万段，希望不要连累他人。”
在审讯中，徐锡麟一直凛然不屈，拒不交代同党。不过，他对恩铭是否已死，心里尚不清楚。曾问道：“新甫（恩铭字）死了吗？”
毓朗说：“未死，仅受小伤耳。当经西医诊治，已痊愈。明日当亲自讯你。”
徐锡麟闻听此言，显然受到了打击。因为此役的目的，就是要杀掉恩铭，如果恩铭未死那就意味着目的未达，难免让人失望。之后，他低下头去，半晌无语。
毓朗见此以为他害怕了，接着又说：“你知罪吗？明天就将剖你心肝，你知道吗？”
徐锡麟一听这话，便省悟过来，知道毓朗刚才说的是假话。因为只有恩铭死了，才会对他处以极刑。徐锡麟于是仰头大笑：“这么说，新甫死了！新甫死，我志偿。我志既尝，即戮我身为千万片，亦我不惜。区区心肝，何屑顾及？”
冯煦问道：“你日常谒见抚台，为何不在房间里击之，直到今天这个场合才动手，这是为何？”
徐答：“抚台房间乃私室，学堂是公地，大丈夫做事须众目昭彰！”
此后，他提笔写下供词。在供词中，他慷慨激昂，历数满清罪行，重申排满革命宗旨。他承认在军械所死难的就是光复子陈伯平，被抓获者乃宗汉子马宗汉。供出他们来，是不想让他们光荣壮举受到埋没，用徐锡麟的原话即：“将来（他们）不能与我大名并垂不朽，未免可惜。”至于其他革命同志，他则守口如瓶，并一再强调众学生“均不知情”，“尔等杀我，剁我两手两足，将我全身砍碎均可，不要冤杀学生，彼等皆为我诱逼使然。革命党虽多，在安庆者实我一人”。
这份供词洋洋数百余言。此时的徐锡麟已抱定慷慨赴死之心，其铁骨铮然的豪迈之情一览无余，跃然纸上。正如他在《出塞》诗中所云：
军歌应唱大刀环，
誓灭胡奴出玉关。
只解沙场为国死，
何须马革裹尸还。
据章炳麟回忆说，徐锡麟早就抱定为革命抛弃一切的决心。他带妻儿去日本，回来时，有人劝他把家属留在海外，好歹留一点血脉，但徐慨然说：“人都有妻子，难道别人也都移送海外吗？以自己安全，让别人危险，我感到可耻！”毅然率妻儿归国。因此，章炳麟大为感叹，称锡麟有项王风，抱必死精神，而伯平、宗汉“临难不挠，可谓死士矣”！
徐锡麟最后死得很悲壮，他被处以剖心凌迟极刑。当晚审讯结束后，各司道聚议，商讨如何处置此案。众人皆主张援引张文祥刺马新贻案例，将徐锡麟剖心致祭恩铭（有文章称，这个要求是恩铭的妻子提出的），只有冯煦力持不可，认为斩首国法也，挖心私刑也，不能以私废公。
冯煦，原名冯熙，字梦华，号蒿庵，江苏金坛五叶人。少好辞赋，有江南才子之称。光绪十二年（1886年）进士，授翰林院编修。历官安徽凤阳府知府、四川按察使、安徽布政使。恩铭死后接任安徽巡抚。
冯煦为何要帮徐锡麟说话？据说是因徐对他有不杀之恩。据凌孔彰回忆说，恩铭被救走后，现场一片混乱。冯煦吓傻了，呆若木鸡地立于礼堂之上。这时，徐锡麟推了他一把说：“冯大人快走，这不关你的事!”直到这时，冯煦才回过神来，匆忙逃离。徐锡麟之所以不杀冯煦可能与他一贯的种族革命思想有关。他的革命宗旨便是推翻满族，光复汉族。在起义纪律中也明文规定，只杀满人，不杀汉官，因而手下留情，放过冯煦。或许正是这个原因，冯煦对他心生感激。既然死罪难逃，但活罪可免，于是便有了袒护之意。
但是，这个意见并没有被接受，最后决定还是挖心凌迟。在冯煦致清廷的电文中有“徐锡麟未便久稽显戮，立即在辕门前正法，援张文祥刺马新贻办法，剖心致祭”等语。
7月6日，即徐锡麟被抓获的当天夜里，便被带到抚署东辕门外刑场杀害。他被杀害的过程极为残忍。刽子手将其头颅割下，尔后再将其心挖出，盛放于碟中祭供于恩铭尸前。卫队中有人取其肝烹而食之，“谓味极美”。不过，据陶成章回忆，三司衙门的师爷均为绍兴人，与锡麟是同乡，听有剖心一说，便使人先将徐睾丸砸碎，等到剖心时，他早已归天。
徐锡麟被害后，马宗汉也英勇就义。他在牢里关了五十多天，备受毒刑拷打，但咬紧牙关，坚不吐实。牺牲时年仅二十四岁。
巡警学堂举事失败后，浙江也岌岌可危。7月13日，秋瑾在大通被捕。两天后就义于绍兴轩亭口。
徐锡麟起义从组织发动上看存在诸多不足。由于事先缺乏周密的计划和组织发动，仅靠少数人冒险，没有充分发动群众，而且由于时间一变再变，以至于仓促发动，最后孤军奋战而陷入失败。但是，他们的英雄壮举却极大地震慑了清廷，鼓舞了广大的革命者。两江总督端方在致陆军部尚书铁良的电报中惊呼：“吾等自此以后，无安枕之日。”而一般高官显贵更是感到“革命军不足畏，惟暗杀实可怕”。安徽巡抚同两江总督、军机处之间来往电函如雪片乱飞。仅徐锡麟起义两个月内，有档可查的电报就有一百六十份之多。
然而，革命的火焰已无法扑灭。宣统三年（1911年），辛亥革命爆发，清王朝的丧钟终于敲响了。
九、1911年的谋杀案
公元1911年，旧历辛亥。这一年10月10日，武昌起义爆发。消息传来，清廷大为震骇。内阁集议，一致主剿，并调集水陆大军南下平叛。然而，就在武昌激战正酣之时，从石家庄传来了一桩震惊全国的谋杀案。此案发生得极为蹊跷，而且被谋杀者是一位陆军高级军官，因而他的死引起了极大的轰动。一时间，报章喧腾，沸沸扬扬。
被谋杀者名叫吴禄贞。他是陆军中将，新军第六镇统制。谋杀发生在11月7日晚上。此时距武昌起义爆发还不到一个月。据曾在吴禄贞司令部任参谋的何遂回忆，当时已是夜间，他在睡梦中被枪声惊醒，只听见外边枪声四起，人声嘈杂。混乱中有人在喊：
“兵变！兵变！”
何遂一摸身边的手枪，没有找到，便随手抓起一把短剑冲出门去。深秋的午夜，寒风飒飒，月光很亮，令人奇怪的是站台上的卫兵均不知去向，连个人影也没有。忽然，一队黑影从车站票房里窜出来。那里正是吴禄贞的司令部。何遂大叫：“站住！站住！”
那些人并不搭理，慌慌张张，急速而去，很快就不见影儿。何遂心里顿觉不妙，连忙向前跑去，奔跑中忽听地上有人痛苦呻吟，低头一看，原来是参谋长张世膺倒在那里。何遂叫道：“华飞（张世膺的字），华飞，你怎么啦？”
张世膺已不能说话。他的头被刀劈开了，眼珠突出，脑浆流了一地，即将断气。何遂赶紧向司令部里跑，在卧室门口被绊了一下，借着月光一看，地上躺着一个人，身着军大衣，胸前闪烁着一颗双龙宝星，浑身上下全是血污，双手冰凉，脑袋也被残忍地割去了。他就是第六镇统制、陆军中将吴禄贞。
吴禄贞死得很惨。《辛亥六镇兵变纪实》对现场有如下描述：“禄贞失头，胸洞二孔，肋腿均受刃，肠出矣。” 与吴一起被杀的，除了联军参谋长张世膺，还有书记官周惟桢。许多年过去后，何遂回忆起这些仍然感到震惊不已。
吴禄贞是晚清著名人物。在当时的军界，他与二十镇统制张绍曾、第二混成协协统蓝天蔚并称“士官三杰”。他曾在湖北和北京练兵处担任要职，并出任过延吉边务大臣。就在遇刺前不久，他还被朝廷任为山西巡抚。如此一个重要人物，突然遇害，自然引来了各方关注。据何遂回忆，当天晚上，吴禄祯刚去山西与阎锡山会晤，商量成立燕晋联军，以吴禄祯为大都督兼总司令，阎锡山为副都督兼副总司令，并决定于近日发动反清起义。没想到他刚从山西返回便惨遭谋杀了。他的死显然不是一个简单的事件。事实也正是如此。在随后的调查中，更是迷雾重重，错综复杂，直到如今仍然众说纷纭，真相成谜。
吴禄贞，字绶卿，湖北云梦县人。其曾祖是道光进士，做过常州知府；祖父为贡生，当过黄陂县学官；父亲乃县学生，累世以儒学传家。但由于父亲早逝，家道中落，家中的生活只有靠母亲做针线活维持。年幼的吴禄贞曾入织布局做童工，十七岁投身营伍。其后，他考入湖北武备学堂，并被保送日本陆军士官学校，从此逐步在军界崭露头角。据胡贽（曾任湖北夏口厅厅长）回忆，吴禄贞之所以青云直上，获得成功，与张之洞的提携有很大关系。张之洞是晚清重臣，时任湖广总督。有一年，他为女儿物色针线娘，教习针黹，有人向他推荐了吴禄贞的母亲。张之洞经过考察，发现吴母工女红，兼通翰墨，而且吴家还是读书人家，禄贞的父亲还与张之洞的哥哥张之万为县考同年，张之洞很满意，此后便对禄贞母子关照有加。后来吴禄贞进入湖北武备学堂，以及被保送日本士官学校，都是张之洞悉意栽培的结果。
然而，吴禄贞并不是一个热心做官的人。他自幼受岳飞、文天祥等民族英雄的影响，痛恨异族统治，素抱种族革命思想。在日本留学期间，他认识了孙中山先生，并加入了兴中会。1900年，庚子事变发生，八国联军打入北京，国内形势发生重大变化。不久，由孙中山策划指导的唐才常大通起义爆发了。吴禄贞受中山先生委托回国参加了这次起义。起义失败后，吴禄贞带人劫了大通厘局，并用劫来的资金疏散同志，自己再次东渡日本。
对于吴禄贞的这些表现，张之洞当然有所耳闻，十分恼火。当他留学回来被召见时，张之洞便很不高兴地训斥他：“你干的好事！你在日本究竟学了什么？说来听听。”
没想到，吴禄贞不慌不忙，侃侃而谈，从政治谈到军事，从国际谈到国内，对列强野心、官场腐败，以及瓜分之祸，迫在眉睫，更是忧心如焚，痛心疾首。他还恳请张之洞以其声望，改革图存，救国救民于倒悬。张之洞听后，内心颇受触动，更为吴的才华所吸引。一番谈话之后，他的气不仅消了，而且对吴禄贞更加器重，先后委任他为湖北军务处会办、武备学堂会办、将弁学堂总教习、湖北陆军总教习等要职。
吴禄贞在湖北期间，利用自己的职务和影响，秘密从事革命活动。后来许多在湖北乃至全国叱咤风云的人物，如刘静庵、孙武、蓝天蔚、李书城、万声扬等等，都是在他的引导下走上革命道路的。因此，对于湖北革命来说，“追根溯源，禄贞都功莫大矣”。有文章记，吴禄贞在武昌陆军中学任监修时，后来成为中国共产党领导人之一的董必武也曾来投考，并受到吴的赏识。
公元1903年冬，清光绪二十九年，华兴会成立大会在长沙举行。应黄兴之邀，吴禄贞前往参会。就在这时，北京来电，要他速去报到。原来朝廷决定设立练兵处，从各地广调士官学生。此举的目的是为了对付北洋派军人，集军权于皇族。吴禄贞本不愿去，但黄兴和一些同志都劝他说：“殷之兴，伊挚在夏；周之兴，吕牙在殷。不入虎穴，焉得虎子？如果乘此机会，抓住北方兵权，为我所用，伺机而动，岂非好事？”在他们的鼓动下，吴禄贞欣然前往。到了北京，被委以练兵处骑兵监督，这为他日后在军界担任要职打下了基础。
吴禄贞是个才华横溢之人，自幼聪颖，读书过目成诵，在湖北武备学堂和日本士官学校学习期间，就显出了过人才华。他不仅军学深厚，而且文武全才，诗也做得好，出口成章，文采华丽。但吴禄贞的毛病是，性格太张扬，说话做事率性而为，兴头上来，完全不计后果。王照（曾任礼部主事）谈到一件事：1904年我在京师与吴禄贞等人一起喝酒。喝到畅快时，禄贞环顾在座者，大声说：“诸公还记得庚子夏，大通厘局被劫的事吗？知道这是谁干的吗？”他的声音很大，语惊四座，在座者都感到愕然，无人接话。禄贞右手举酒满杯，左手指着自己的鼻尖，说：“不敢骗大家，此人就是在下我啊！”说完举杯一吸而空。当时良弼（时任练兵处军学司监督）、姚锡光（陆军部侍郎）等均在座，听了这话脸都变色了。是的，像这样谋反杀头的大罪，如此公开张扬，毫无顾忌，除了吴禄贞，恐怕再也找不出第二人了。
东北革命党人宁武评价吴禄贞说：“有革命勇气，也有才能，但骄矜自恃，常以中国华盛顿自居，主观性强，不易接受同志们的意见。”这些评价从一个侧面反映了吴禄贞的性格特点，而这样的性格当然很难见容于官场。因此他到练兵处后，日子并不好过。当时掌管练兵处的是陆军部尚书铁良，尽管他对吴禄贞的才华很赏识，但鉴于吴平日之言行常露异志，且满汉畛隙，本已有之，便对他很不放心，处处戒备。吴禄贞本想利用自己任骑兵监督的机会，训练出一支铁骑精旅，为将来革命所用。可由于铁良的猜忌，使吴的抱负无法施展。这期间，吴禄贞视察内蒙古、陕甘等地，放言无忌，直击时弊，又把陕甘总督升允给得罪了。升允一状告到北京，差点整倒了吴禄贞。多亏良弼从中转圜，才化解了一场风波。
良弼与吴禄贞是日本士官学校的先后同学，虽不同期，但彼此意气相投，关系密切。当时在练兵处看好吴禄贞，并对他真心支持的人并不多，而良弼是其中之一。吴每至北京，必住良弼家，无话不谈。两人的共同点是，都对现状不满，且年轻有为，雄心勃勃，想成就一番大的事业；可各自的出发点却截然不同。良弼想的是革新图存，中兴清廷，而禄贞想的是种族革命，推翻满清。两人为此常发生争执，以至于面红耳赤，但这并没有妨碍他们之间的友谊。吴禄贞来练兵处，正是良弼所推荐。他希望能与吴禄贞同心协力，共创大业。有一次，良弼很真诚地对吴禄贞说：“我们两人亲如兄弟，如果携手练兵，抵御外侮，左提右挈，天下大事可为。届时，尊主庇民，何必非要革命？”吴禄贞表面上未加反驳，但革命决心早已铁定。良弼对此并非毫无觉察，只是还想感化他，争取他，因此对他的支持一以贯之。不过，良弼当时只是一个军学司监督，权力有限，特别是他与庆王父子不和，所以不能完全左右局面。
吴禄贞在练兵处郁郁不得志，便有去意。这期间，徐世昌出任东三省总督，因为在这之前，延吉驻军哗饷兵变，吴禄贞只身前往，很快平定，加之他多次视察边地，对东北的情况也比较熟悉，所以徐世昌便邀他去东北工作。
徐世昌赴东北是1906年。这一年，图谋不轨的日本开始纠缠所谓的“间岛问题”。延吉长白山一带自古就是中国领土，日本政府见此地朝鲜人甚多，便企图将此地变为间岛，并纳入日本领土。一时间，朝廷上下，束手无策。吴禄贞奉命前往交涉，勘定国界。日本人胡搅蛮缠，十分霸道，声称此地原属高丽，理应由他们接管。吴禄贞则列举事实，用中国人在当地生产、经商的一系列证据，予以驳斥。吴的日语很好，口才也是一流，日本人理屈词穷，无言以对，眼看说不过他，便动起硬来，派人强行插上木桩，作为国界，并遍张布告，试图造成既定事实。吴禄贞也不示弱。你不以理来，我亦不以理往。他联络民间武装，江湖豪杰，把日本人插的木桩一一拔去，布告也统统撕掉。日本人一看这架势，知道吴禄贞不好惹，只好忍下这口气。后来，经徐世昌举荐，吴禄贞被提拔为延吉边务大臣。在边三年，勤政务实，颇有政声。可没几年，机构改革，延吉督办公署被撤销，吴禄贞又被调回北京，表面上授予镶黄旗蒙古副都统，但有职无权，抱负依然无法施展，内心十分苦闷。
宣统立朝以后，袁世凯被罢，北洋派军官受到排挤，一些高级军职开始纷纷更换人选。不久，段祺瑞明升暗降，调往清江，第六镇统制的位置空了出来。于是，良弼便极力举荐吴禄贞接任。时任军谘府大臣的载涛回忆说，良弼向我大力称誉吴禄贞，说吴在日本士官学校毕业学生中，不但是个学科术科兼优的后起之秀，而且是当今堪能独当一面的军事人才，因举荐他任第六镇的统制。我当时虽然也有任人不需专靠资格的意思，但以为吴尽管是个相当的人才，一下子任为统制，未免有资格过嫩之嫌，遂没有同意良弼的力荐。
不过，良弼的力荐不成，吴禄贞却另谋途径，不久便走通了庆亲王奕劻的路子。据吴禄贞的同乡、同学和密友李书城回忆说，吴禄贞调回北京后，有一次他从广西来，与他谈起眼下困境。李书城说：“你现在是副都统，与抚台职位相当，最好能设法出任湖南或山西巡抚，自己去打基础，这样手里有了实力，就比指望别人好多了。”吴禄贞说：“外放抚台不难，只要花银两万两，打通庆亲王，即可达到目的。”于是，李书城便去找黄元恺商量。黄元恺也是日本士官学校学生（五期，算是吴、李的小学弟）、同盟会员。他有一个哥哥是做棉纱生意的，很有钱，愿意赞助革命事业，便拿出两万两银子给了吴禄贞。吴将这笔巨资存入庆王管家开设的银号，换取存单一张，然后装入一个红封套，便去见王爷了。李书城描述说：“他（指吴禄贞）在向庆亲王请安的时候，从袖内取出红封套说：‘这点小礼奉上王爷，作为门生拜老师的贽敬。’这样，吴禄贞就成为庆亲王的门生了。没有几天，庆亲王告诉吴禄贞说：‘各省巡抚还未出缺，现在保定陆军第六镇统制正需人补缺，你可先去履任，再候机会调一省缺给你。’”
这样一来，吴禄贞如愿以偿。他本来就想谋取第六镇统制一职，没想到歪打正着，庆亲王主动送上门来。这实在是一个意外的收获。在吴禄贞看来，巡抚虽为封疆大吏，但革命要抓武装，作为一个手握兵权的统制，实比巡抚更好，且保定离北京不远，将来起事也更为有利。
然而，吴禄贞上任后，他一心抓军队的想法却遭到了种种挫折。
第六镇是北洋军的老六镇之一，系袁世凯一手编练，段祺瑞曾几度出任该镇统制。因此，镇内北洋势力盘根错节，吴禄贞到任后处处受制，这让他极为恼火。加上镇内风气腐败，军纪松弛，这也令他难以容忍。于是，到任不久，他便拟定了一个改造计划，并决定头一个便拿第十二协协统周符麟开刀。
周符麟是个老北洋，也是段祺瑞的老部下，在第六镇中势力很大。吴禄贞到任后，他阳奉阴违，暗中与吴作对。吴禄贞对其极为厌恶，不久查访到他抽大烟的证据，便毫不留情，并下令将其撤职。可周符麟不服跑去陆军部告状，陆军大臣荫昌居然和他一个鼻孔出气，认为吴禄贞未经呈批便将周撤职不符合规定，对此不予批准。这一来，吴禄贞气愤不已，随即前往陆军部大吵大闹，指责陆军大臣失职，有负国家云云。这一来把荫昌也给得罪了，于是处境更加艰难。后来，吴禄贞写信致内务部大臣、肃亲王善耆。信中称：“受事三月，镇中情况已知梗概。军纪之腐败，军备之窳陋，教育之不完全，官长之无学问，名为陆军，实与旧营相差无几，禄贞便历东西各国，所见各国之军队，比之今之情状，深为焦灼。禄贞薄负时名，不负责任为暂时计则可，为永久计则不可；为一身计则可，为国家计则不可。倘蒙垂念，使其为暂时不负责任之人，而拯之于进退维谷之地，实所默祷。”其抱怨、不满和焦虑的心情在信中一览无余。他希望善耆能够支持他，但在当时朝中错综复杂的政治格局中，善耆却做不到这一点。不久，周符麟虽然被陆军部批准撤换了，可继任者吴鸿章仍是北洋派的人，而吴禄贞举荐的人选到了陆军部便被否决了。这让吴禄贞大为失望，遂萌生退意。此后，他便常常住在北京家中，很少去保定，镇里的事也不大过问了。
滦州秋操举行时，第六镇也奉命参加。吴禄贞觉得机会来了，便暗中联络张绍曾、蓝天蔚，计划借秋操发动起义。就在这期间，武昌起义发生。清军大举南下，11月1日，北洋军攻陷汉口。同日，袁世凯被任命为内阁总理大臣。就在南方战事对革命党不利的情况下，10月29日，新军第二十镇统制张绍曾忽然屯兵滦州发动兵谏。滦州靠近北京，一旦有变将危及中枢。于是，朝中风声鹤唳，就连正在孝感督师的袁世凯也大吃一惊。为了化解危机，朝廷先后派了几拨人前往滦州劝说张绍曾改弦更张，均不见效，后来病急乱投医，竟把吴禄贞也派去宣慰了。
派吴禄贞去滦州，据说是良弼的主意。尽管当时陆军部对吴禄贞心存戒备，可良弼却对吴笃信无疑，且对他寄予厚望。然而良弼这一次找错人了，吴禄贞是比张绍曾更激进的革命者，派他去滦州只能适得其反，使事态进一步扩大。
果然，吴禄贞风风火火赶到滦州，一见面就鼓动张绍曾，放弃兵谏，直接起义。他对张绍曾说：“你若听从我的计划，联军进攻北京，此时早已推倒了清廷，偏要立宪有甚么用？现在虽然晚了一步，趁着袁世凯任职不久，部署未定，全部精力和兵力，都用在征讨武汉之际，机会还是有的。你和秀豪（蓝天蔚字）、卢永祥三军日内出发，合力进攻北京。京里仅有禁卫军不堪一击，其他军队都去南征，调不回来，北方可以不战而定。”
在滦期间，吴禄贞还制定了具体的进军部署：以滦州二十镇为第一军，奉天蓝天蔚部为第二军，新屯卢永祥为第三军，三军齐发，会师丰台以逼北京。
可是，张绍曾对这一计划迟疑不决，下不了决心，他对吴禄贞说：“这事我得和部下们商议一下，看他们的意思如何。”
吴禄贞与张绍曾虽系知己，且都倾向革命，但两人无论性格，还是思想都有差距。吴禄贞夙抱种族革命思想，性情急躁，恨不能一下子就推倒满清统治，而张绍曾为人谨慎持重，特别是受康梁学说影响很深，认为具有千年帝制历史的中国，一旦推翻皇帝，改为共和政体，恐与民情不甚适合，不如君主立宪更合国情。这种性格和思想上的分歧，表现在行动中便导致了不同的结果。
张绍曾后来把手下两个协统潘矩楹、伍祥桢找来商量，可两人都态度暧昧，会议开了半天，毫无结果。然而，消息却走漏了出去。有回忆称是潘矩楹悄悄向袁世凯告了密。于是，袁世凯紧急布置，先是将滦州铁路上所有车辆都调回北京，防止二十镇利用铁路向北京开拔，接着又设法将吴禄贞调离滦州，把他与张绍曾分隔开来。
11月3日，朝廷电令吴禄贞率第六镇留守石家庄部队开赴娘子关，平定山西起义。吴禄贞接到电令后，对张绍曾等人说：“朝廷要我打山西，我是不干的，我劝你们攻北京，自己怎么能去打山西呢？”不过，他认为，这个机会倒可以利用。此去娘子关，正好可以联络阎锡山，组织燕晋联军，从西边发动，而滦州部队从东边拔队，两边夹击，北京指日可下。临行前，他嘱咐张绍曾等待他的消息，切不可再有迟疑。
吴禄贞离滦后，立即奔赴石家庄，开始酝酿组织燕晋联军。第六镇原有兵力两协，即第十一协李纯部，第十二协吴鸿昌部。第十一协此时已随荫昌南下，只有第十二协留守保定。山西独立后，陆军部旋调吴禄贞前往弹压。在吴到达石家庄时，第六镇第十二协吴鸿章部已先期进驻。考虑到一协兵力单薄，不敷使用，良弼特调京旗第一镇第一协宫长贵部随同前往，以供吴禄贞调遣。早在滦州秋操时，吴禄贞策划反清起义时，就深感力量不足。他虽为第六镇统制，但镇内可以依靠的骨干并不多。由于长期不到镇里，与官兵们也日渐疏远。兵到用时，不能得心应手，这使吴禄贞颇感焦虑。为了控制部队，他急邀京津、奉天等地陆军同学速来保定，以为臂助。李书城回忆说，当时，吴禄贞也邀他前往襄助，可他刚到保定，载涛的电报就来了，要他速去南方。吴禄贞很是遗憾。临别前，他与李书城一边叙话，一边对着镜子感叹道：“我简直是一个倒霉的相！”
从这句话流露出的急切、惆怅的语气，不难看出他当时的心情。不过，堪差告慰的是，在他的邀请下，一些陆军同学先后赶来。其中有奉天陆军小学堂总办张世膺（被吴任命为联军参谋长）、禁卫军马队队官元柏香（被吴委以马队司令），此外还有广西军官何遂——他是恰好来京，也被吴禄贞留在司令部里担任参谋。
当时，朝廷对吴禄贞的态度十分微妙：一方面不信任，另一方面又想利用他。有一个传说，吴禄贞去山西前，摄政王载沣曾召见过他。陛辞时，载沣给他一个盒子，让他回家再看。吴禄贞到家一打开，发现盒内全是检举他为革命党的告密书信。载沣的意思一来对他敲打警告，二来也有示好拉拢之意。
山西宣布独立后，新军军官阎锡山被推举为山西都督。山西驻军原本只有一个混成协，起义后跑的跑，散的散，剩下不足三千人，兵力十分空虚，派到娘子关防守的部队更是十分有限。如果吴禄贞率部进攻，不难得手，但吴禄贞的部队在石家庄集结后，只是虚晃一枪，朝娘子关开进了一下，很快又退了回来。11月4日，一列满载军需辎重的火车开进石家庄车站。车内装载的是北京运往武汉前线的急需物品，参谋何遂得到报告，立即将车扣押下来。之后，向吴禄贞报告。吴禄贞说：“干得好！”
消息传出，北京大为震惊。荫昌扬言要对吴严厉追究，随后便有传言，说是吴禄贞已秘密布置要在荫昌回京时截获他的专车。一时间，搞得气氛非常紧张。陆军大臣行营秘书长恽宝惠回忆说，当时他们已向车站密令，只要荫大臣专车一到，立即扬旗放行，以防不测。
军谘府上下也是议论纷纷，就连一向支持吴禄贞的良弼也被搞得很被动，对此无法解释。后来，吴禄贞发来一个电报，说是他到山西后，派人向变兵宣布国家德意，敌军已有三十营完全就抚，良弼才转忧为喜。据时在军谘府任科长的李炳之回忆说，良弼接到吴禄贞的电报，很高兴，拿着这个电报说：“吴绶卿真了不起，山西巡抚不能不给他。”说着，立刻拿起电话（不知道是给载涛还是载沣）说：“山西的事请放心吧，吴绶卿来了电报。”他建议委派吴为山西巡抚。
不知是因为良弼的建议，还是出于稳住吴禄贞的需要，这之后不久，任命吴禄贞为山西巡抚的电谕就下达了。其实，吴禄贞的电报完全是糊弄良弼的，为的是争取时间。与此同时，他与山西方面的联络却在暗中加紧进行。
11月7日，这是非常重要的一天。经过何遂等人的穿针引线，阎锡山同意与吴禄贞会晤，以便达成最后协议。会面地点定在娘子关正太铁路车站。当天下午1时左右，吴禄贞由石家庄赶到娘子关，随同他前往的有张世膺、何遂和孔庚等，均为吴的同志。阎锡山事先已乘火车抵达，亲自在车站恭候。接着，便召开了会议。参加会议的有山西的一些重要将领。何遂回忆说，会议开始后，阎锡山请吴禄贞训话。吴便登上讲台发表演说。他说：“兄弟们！现在山西的成败很要紧。山西的独立使京畿震动。我已经和二十镇统制张绍曾、协统蓝天蔚联系好了，山西的军队，张、蓝的军队加上我们第六镇的队伍，会师北京是一定可以成功的。”
接着他又分析了形势，作了鼓动。在场的人都屏息静气，认真地听着。会场鸦雀无声，人们的心情都显得很激动。吴禄贞最后说：“现在北京授命我做山西巡抚，我是革命党人，这对我真是笑话。阎都督是你们山西的主人，我是替他带兵的。”阎锡山这时从一旁站起来，振臂高呼：“我们拥护吴公禄贞做燕晋联军大都督！”台下立时欢声雷动。会议最后决定成立燕晋联军，由吴禄贞统一指挥。
当天晚上，吴禄贞返回石家庄。此时，他的心情是紧张而兴奋的。整个计划都在顺利进行。可谓箭在弦上，一触即发。然而，他万万没有想到的是，一场阴谋这时正在朝他悄悄逼近。
就在吴禄贞去山西时，一个危险的人物来到了石家庄。此人就是当年被吴禄贞查处的第六镇第十一协原协统周符麟。周符麟一到，便把自己过去的一些老部下召集到一起，鬼鬼祟祟地开起会来。这些情况，很快就反馈到了吴禄贞那里，但吴却没有认真对待。何遂回忆说，当晚，他随吴禄贞从山西回到石家庄，就听到风声，说是周符麟到石家庄来了，正暗地召集军官们开会。他赶忙把这情况报告吴禄贞，想引起他的警惕，可吴禄贞说：“不要紧的，骑兵营长马蕙田担任警戒，他是我的心腹，靠得住。”
吴禄贞说的马蕙田是江苏铜山人（一说是安徽人），保定速成学堂毕业，时任马队第六标第三营营长，人很年轻，长得也很英俊。吴禄贞对他颇为信任，特地指定他的营担任自己的卫队。然而，马蕙田却是一个不值得信任的人，他是周符麟的老部下，绰号赛吕布，心狠手辣。周符麟一到石家庄，首先就把他找了去。可吴禄贞却蒙在鼓里，居然把他视为心腹，丝毫没有警觉。
何遂为谨慎起见，提醒吴禄贞还是调换一下卫队，以防万一。他建议说：“山西的队伍就快到了，是否派一营人来做你的卫队？”但吴禄贞却没有同意。何遂事后分析说，吴禄贞没有采纳他的建议，并非他没有一点疑惑，只是他的性格太要强，也太自信，他不相信那些人胆敢向他动手，更不肯向他们示弱。
据时任马队司令的元柏香回忆说，吴禄贞被刺那天晚上，他在站台上遇见马蕙田手下的一个排长于文泰。于文泰过去与他曾在六镇共过事，系拜盟兄弟，他悄悄透露说，今晚马蕙田要刺杀吴统制，你们早作准备。元柏香听他这样说，赶紧去找司令部参谋瞿寿程，让他尽快转告吴禄贞。当晚，吴禄贞从山西回来，听说这事，旋即把马蕙田叫来，厉声问道：“听说你要杀我？要杀，你就杀吧！”
马蕙田连忙跪倒在地说：“统制待我甚厚，我天胆也不敢。”
吴禄贞哼了一声，说：“我量你也不敢！起来去吧。”
元柏香的回忆与何遂有相同之处，即吴禄贞事先已获知风声，只是他并未认真对待。这不能不说是一件非常令人遗憾的事。
事后据调查，谋杀吴禄贞的凶手就是马蕙田，参与谋杀的还有马手下的一些军官。关于刺杀的过程有许多版本，但有一点是肯定的，那就是马蕙田首先动的手。据说他是借请安为名，跪下后，乘吴禄贞不备，突然掏出手枪向吴射击，接着手下人一齐动手。吴禄贞身中数弹，在场的张世膺、周惟桢也未能幸免。谋杀发生的时间约在夜里1时左右。吴禄贞死时年仅三十二岁。
刺杀发生后，由于事发突然，枪声一响，石家庄驻军顿时惊慌失措，一下子炸了营。第六镇吴鸿昌部首先撤离，京旗第一镇宫长贵部和山西援军也胡乱地放了一阵枪，随后退走。石家庄很快成了一座空城。凶手也乘乱逃之夭夭。
吴案震惊了全国，朝野上下，全国各界无不反应强烈。这种公然暗杀高级官员的事件，在当时受到普遍的指责。良弼下令悬赏缉凶。朝廷迫于压力，也饬令袁世凯进行查办。11月8日，袁世凯委派段祺瑞查办此案。段祺瑞受命后，成立专门调查组，大张旗鼓，声势搞得很大，颇有不查清此案绝不罢休的架势。可查来查去，却毫无结果，最后连个下文也没有了。
吴禄贞的死，一般认为这是周符麟指使马蕙田等人所为。从表面看也确是如此。但是，如果说此案仅仅只是周符麟挟私报复的话，似乎难以让人信服。首先，周符麟报仇不早不晚偏偏发生在吴禄贞就任燕晋联军总司令，即将率部进攻北京的前一天，这难道仅仅是巧合吗？其次，是谁给了周符麟那么大的胆量？而且整个刺杀过程也是经过周密计划，刺杀行动也一路绿灯。特别是作为第十二协协统吴鸿昌，刺杀发生时枪一响居然不顾司令部安危，带头把部队撤了出去，这也有悖常理，令人生疑。甚至有一种传闻说，吴鸿昌也参与了此事。
种种迹象表明，吴禄贞被杀并不像单纯的仇杀那么简单，在其背后可能隐藏着更大的阴谋。那么，究竟谁是幕后黑手呢？
嫌疑最大的有两个：一是清政府，二是袁世凯。吴禄贞鼓动二十镇发难，截军火，劾荫昌，组织燕晋联军，合击北京，这对清政府构成极大威胁。清政府除掉吴禄贞，符合清政府的意愿，但载涛的回忆否认了这种可能。他说，吴禄贞被刺是朝廷干的并不可信。清朝当权各亲贵，在武昌起义的冲击下，早已慌作一团，形成朝不保夕的状态，连袁世凯的牢笼都不得不甘受，哪有处理吴禄贞的余裕。况且良弼又是吴禄贞的平生知己，如何能够公然下手买凶刺吴？
至于吴禄贞被刺的当天夜里，军谘府第三厅厅长陈其采刚好到了石家庄，似乎是个疑点。但载涛解释说，陈到石家庄并非政府指派，而是他个人行为。因他见到政局动荡，想去石家庄找吴禄贞为自己谋一条出路，恰巧刺杀发生了，这完全是一个巧合。而他事后又逃回向我报告，于是就产生杀吴与清朝当权者有关的谣传，甚至还有人说吴死后，周（符麟）以吴首级给我看过，我奖周以二十四万两白银等等，都是不足凭信的。
载涛身为军谘府大臣，又是摄政王载沣的亲弟弟，是当时清廷核心圈中的人物。清廷策划杀吴，他不可能不知道。如果他的话属实，清政府的嫌疑似乎可以排除。
时在军谘府任科长的李炳之也认为，杀吴绝非清廷所为。他撰文说，因为吴禄贞曾经扣留枪械，事情发生之后，就有人怀疑是清政府派人暗杀的。但据我了解，清室并没有这个计划。京旗镇（即指宫长贵部）仓皇撤退，便是证明。如果清政府已经掌握了吴禄贞响应革命与山西民军合流的情报，本可以将他拿问，或用京旗镇解决吴，无须采取暗杀手段。
如果排除了清廷所为，那么剩下的最大嫌疑就是袁世凯了。何遂回忆说，关于吴禄贞被刺，有说是清廷主使，也有说是袁世凯主谋。过了许多年以后，当1924年国民军占领北京的时候，段祺瑞又被捧出来执政。有一次我和段祺瑞的长子段宏业闲谈。他大赞马蕙田，说：“马蕙田是英雄，够朋友，他的行动省了不少不少的事。”他指的就是当年杀吴的事。何遂据此推测，这事可能是袁世凯干的。袁世凯杀了吴禄贞，也就破坏了北方军人起义的计划，使他的野心可以更顺利地实现了。
段祺瑞是袁世凯的亲信，又是北洋第六镇的老统制，周符麟和马蕙田都是他的部下，而吴被刺后，袁世凯又命段负责查办。在整个案件中，他是知情较多者。其子段宏业把马蕙田视为英雄，一语泄露天机，恐怕绝非是空穴来风。
另据任芝铭的回忆，他也曾听袁世凯的贴身随从唐天喜谈到这件事。任芝铭曾在唐天喜家中任教馆多年，与唐无话不谈。唐天喜曾亲口对他说，吴禄贞是袁世凯指使人杀的。袁世凯杀吴的动机由来已久。在新建陆军中，吴禄贞和良弼一直是与北洋派作对的。老头子（指袁世凯）不止一次说要除掉吴禄贞，有时不明说，用右手作砍头的手势。袁世凯复出后，吴禄贞又扣留了接济他的军火。袁世凯听了这个消息，急得吐了两口血。因此，他下决心要干掉吴禄贞。据任芝铭说，唐天喜当时还把袁世凯派什么人去贿通周符麟，给了多少万两银子，在哪一个银行拨的款，以及银行名称等都对他说了，可惜时间久了，他已经忘了。另有元柏香的回忆也提到这件事，他说马蕙田杀了吴禄贞，周符麟当面交给马五万酬金。马在保定妓院，买妓女“看蕊”就花了两万。
总之，在辛亥革命研究史中，袁世凯策划了这起血案几乎成了一种较为普遍的看法。但除了间接的线索和分析之外，并没有直接的证据能证明这事就是袁世凯干的，因此这件事一直扑朔迷离，难有定论。不过，可以肯定的是，吴禄贞被刺，袁世凯是最大的受益者，这是不争的事实。
袁世凯出山后，指挥北洋大军猛攻汉口，但作为权力中心的北京才是最重要的。二十镇兵谏，不啻是在后院里烧了一把野火。当消息传来，袁世凯着实吃惊不小。他令冯国璋、段祺瑞这些统兵大员写信、打电报，对张绍曾频频施加压力，迫使他不敢有进一步的过激之举。
