最后，例如米罗斯和西欧尼的被攻占，这二地只是筑有堡垒的小岛，只能叫人感到占领者可耻，而不致引起全希腊人的巨大震动。
可是底比斯这次灾难却大不相同。底比斯人起事之仓促，合理政策之缺乏，被攻占之突然；马其顿人取胜之轻易，如同近缘部族之间报千年仇雪万年恨那样的大屠杀，全城邦幸存者一律沦为奴隶；而当时在全希腊，底比斯城邦之富强、军事威望之高，都是数一数二的，等等等等。这一切如此异乎寻常，很自然地使人们把它看作神谴天罚。人们说，底比斯终于偿还了千年的老债：在希腊和波斯之间历次战争中，底比斯一再背叛全希腊的神圣事业；在休战期间，他们还乘机侵占了普拉大，把普拉太人全部贬为奴隶，对归顺斯巴达而不归顺底比斯的人实行大屠杀——这是底比斯人干的，不能说是希腊人干的；还在普拉太农村大肆烧杀，而正是在这一带农村中，全希腊各族曾并肩抗击波斯侵略者，打退了全希腊共同的敌人；最后一件事，是当斯巴达的盟友们讨论把雅典全市公民都贬为奴隶的提案时，底比斯曾投票赞成把雅典毁灭。人们说在底比斯这次大祸到来之前早就有征兆，有神明的许多预示，只是当时人们没有注意而已。事后回想当初那些现象，使人们不得不承认先兆确实早已有了，现在才算被事件本身所证实。
亚历山大把底比斯问题的最后解决交给参加攻城的盟军决定。大家决议在底比斯卫城驻军；但把全城夷为平地；底比斯的领土，除圣地外，由各盟邦瓜分；所有妇孺和幸存的男子一律贬为奴隶。只有过去和腓力或亚历山大友好的或赞助马其顿的人除外。据说因为亚历山大尊重大诗人品达，因而他的家宅和后代幸免于难。此外，盟军还决定重建并加固奥科米纳斯和普拉太二城。
（十）
底比斯的结局通告希腊各地之后，阿卡地亚那些离开家乡去支援底比斯的人就把原先教唆他们干这件事的人都判了死刑。埃利亚人接回了他们的逃亡者，这些人原先是因为和亚历山大要好才逃亡的。伊托利亚各部族陆续派使者来乞求饶恕，申述他们造反只是因为听信了从底比斯传来的消息。雅典人在底比斯出事的时候正在举行大规模的宗教庆祝仪式，突然有难民从底比斯战地飞驰而回。他们在惊惶中急忙中止了庆祝活动，立即把各种物品从郊外搬进城里。他们召开了大会，并根据德马狄斯的建议，在全体市民中选派了十个著名的、跟亚历山大关系最好的人当使者去见他，庆贺他从伊利瑞亚和特利巴利安全归来和对底比斯叛乱镇压的成功。不过这件事办得有些不合时宜。亚历山大向使者致的答词大部分还是友好的。但他还给雅典城邦写了一封信，要求他们交出狄莫西尼斯和莱克伽斯的追随者，以及希坡瑞狄斯、坡留克塔斯、卡瑞斯、卡瑞狄马斯、埃菲亚提斯、狄欧提马斯、毛罗克利斯等人。他认为这些人应该对凯罗尼亚流血事件负责，也应对在腓力逝世时反对腓力和亚历山大本人的罪行负责。他还说明，在底比斯暴乱中，这些人应负的罪责并不亚于底比斯叛乱分子。雅典人未把这些人交出来，而是另派一个使团到亚历山大那里，乞求他对这些人息怒。亚历山大同意这样做了——或是出于他对雅典的尊重，或是因为他急于远征亚洲，不愿意在希腊树敌过多留下后患。不过，在他要求交出而未能得到的那些人当中，倒有卡瑞狄马斯这一个人，他下令放逐。后来这个人就逃到亚洲，在大流士国王的宫廷避难。
（十一）
这些事情都安排就绪之后，亚历山大就回到马其顿。举行了起初由阿克雷亚斯创始的传统的祭典，祭祀奥林匹斯山主神宙斯；并在埃盖举行了奥林匹亚运动会。
还有人说，为了向掌管音乐、绘画、文艺的诸女神致敬，也举行了文艺竞赛大会。
这时，消息传来，说色雷斯人欧菲亚斯（欧阿格拉斯之子）在庇瑞亚的雕像不停地出汗。占卜者各有解释。只有太米萨斯人阿瑞斯坦德要亚历山大高兴。他说这个现象预示：史诗、合唱诗、颂歌等作者将为歌颂亚历山大和他的功绩而辛劳流汗。
初春，亚历山大把马其顿和希腊事务交给安提培特总揽，自己率领部队进抵赫勒斯滂海峡。他带去的步兵有轻装部队和弓箭手，总共三万多；还有骑兵五千多。
行军路线是经过朝安菲坡利斯方向的色新奈提斯湖和斯特莱蒙河三角洲；渡过斯特莱蒙河，越过潘加伊安山，向希腊沿海城市阿布德拉和马罗尼亚前进；从那里再到赫布拉斯河，很容易地就渡了过去；又穿越培太克抵达黑河，渡河后到达塞斯塔斯。
从本国出发行军至此共计二十天。到达埃雷昂时，在普罗太西劳斯的坟墓上向死者献祭，因为死者据说是跟随阿格门农去特洛伊打仗的希腊人里第一个登上亚洲土地的。亚历山大向他献祭的目的是：他自己这次在亚洲土地上登陆，前途会比普罗大西劳斯那次更为顺遂。
亚历山大指定帕曼纽负责照管把大部分步兵和骑兵从塞斯塔斯渡过海峡到阿布达斯。这些部队是用一百六十艘战船和一大批货船渡过海峡的。多数史家说亚历山大是从埃雷昂乘船到阿卡安港，曾亲自在旗舰上掌舵，经过海峡时，还宰了一头牛向普塞顿献祭；还用一只金碗把酒洒到海里献给海神娘娘。此外，还有传说讲，他是全军第一个登上亚洲大陆，当时他全身披挂，并下今在他从欧洲出发的地点和在亚洲登陆的地点同时都筑起祭坛，向保佑他安全登陆的宙斯以及雅典娜、赫丘力士献祭。后来他又登上伊利亚城，向伊利亚的雅典娜献祭，把自己的全副盔甲奉献，放在庙里；把过去在特洛伊战争中有些人奉献的、但仍放在庙里的武器从原处取走。
据说后来他打仗的时候，就叫他的卫士在他前边捧着这些武器走上战场。然后，据传他又在圈地之神宙斯的祭坛上向普瑞亚献祭，乞求普瑞亚不要对纽多利马斯的后裔震怒降灾，因为亚历山大就是他的后裔之一。
（十二）
亚历山大到达伊利亚时，领航员迈诺卡斯给他戴上一个金色的花冠；雅典人卡瑞斯也给他戴上一个。这个人是从塞吉亚跟别的希腊人或本地人一起来的。后来，据说赫菲斯提昂在帕特卢克拉斯的坟墓上献了一个花圈，亚历山大在阿基利斯的坟墓上也献了一个。据说亚历山大认为阿基利斯是幸运的，因为他死后有荷马替他传名，从而使他留芳百世。亚历山大确实可以认为阿基利斯在这方面是幸运的。因为，亚历山大在其他方面运气虽都不错，但在这方面却有很大缺陷。他的功绩一直也没有根象样地传诵四方。无人用散文记述，也无人用韵文歌颂。甚至象海柔、杰罗、西柔等人以及其他许多比亚历山大渺小得多的人物都有人写合唱抒情诗歌颂，而亚历山大却没有。因此，亚历山大的功绩反而远远不如历代较渺小的事迹流传得广泛。
不是吗，关于居鲁士率领一万人远征阿太薛西斯的事，克立卡斯以及跟他同时被俘的战友们所受的痛苦，他们怎样由塞诺芬带领着下到海里等等这些情况，多谢塞诺芬有书记载，因而都比亚历山大和他的功绩有名得多了。但是，亚历山大却不只是跟着别人上战场，没有在大王面前逃跑，也不只是战胜了那些企图阻止他向海岸进军的人。不论在希腊还是在东方，还没有一个人有过这么多、这么惊人的业绩，在数量方面和伟大方面都是如此。我向读者声明，这就是我为什么动笔写这部历史的原因。我并不认为我不配把亚历山大的业绩在全人类面前加以表彰。不管我是个什么样的人，至少下边这一点我知道是对我有利的：我用不着把我的姓名全写出来，因为人们并不是不知道；我也用不着把我的家乡、家庭以及我在我的同胞们当中曾经担任过什么职务都一一写明。但下边这一点裁还是要写在纸上：这部历史过去和现在都和我的童年、我的家乡、我的家庭和我的职务密切相连。这就是为什么当有必要把我自己和希腊语文大师们并列在一起时，我并不畏缩不前，因为我这部书的主人公是许多希腊战争大师中为首的人。
亚历山大从伊利亚来到阿瑞斯比。他率领全军渡过赫勒斯滂海峡之后，就在这里宿营。第二天到达坡考特；再一天，通过兰普萨卡斯，在普拉克提亚斯河边宿营。
这条河发源于伊达山，在赫勒斯滂海峡和攸克塞因海之间入海。从那里出发经过科罗内到达赫摩托斯。他派侦察队在大部队之前先行，领队是阿明塔斯（阿拉巴亚斯之子），配以阿波罗尼亚地方武装一中队，队长是苏格拉底（萨松之子），还有四个中队的所谓先头侦察兵。在路过普瑞帕斯城时，市民向亚历山大表示献城归顺。
他派帕瑞高拉斯（利卡高拉斯之子）率领一支地方部队去接管。
波斯方面的指挥官有阿萨米斯、罗米色瑞斯、拍提尼斯、尼发提斯，还有利地亚和爱奥尼亚二地的督办斯皮色瑞达提斯以及赫勒斯滂地区的福瑞古亚的总督阿西提斯。他们率领的波斯骑兵和希腊籍雇佣兵已在泽雷亚城外扎营。获悉亚历山大已渡过海峡之后，他们就召开了作战会议。罗德岛人迈农在会议上劝他们不要冒险跟马其顿人打仗，因为他们的步兵比波斯的强得多：特别是有亚历山大御驾亲征，而波斯王大流士则远在后方。因此，波斯方面最好把部队转移；用骑兵践踏粮草，全部毁掉；放火焚烧地里庄稼，甚至连城市也别留下。这样，到处没粮没草，亚历山大就无法在这一带立足。但是，据说在这次波斯将领会议上，阿西提斯发言说，他决不允许自己人的房子有一间被烧。出席会议的人支持阿西提斯，因为他们怀疑迈农是为了保住国玉封给他的官位才有意地拖延战争。
（十三）
这时，亚历山大率领全军正向格拉尼卡斯河挺进，作好了战斗准备：已把骑兵部署在两翼，还把步兵方阵加强了；前面有赫格罗卡斯指挥的侦察队和一些搜索班、骑兵和五百轻装部队；后边跟着运输队。亚历山大率部推进至距离格拉尼卡斯河不远处，就接到飞马驰回的侦察兵的报告，说波斯部队已在河对岸摆好了阵势。于是亚历山大就把部队调动成战斗队形。这时帕曼纽走向前来对他说：
“陛下，我的意见是，我军马上就在河这边扎营。我相信，由于敌军步兵比我军少，必然不敢在我军附近露营。因此，我军等拂晓时再渡河必无困难。在敌军还未部置就绪时，我军就可渡河完毕。根据目前情况，我觉得，如果我军立即采取行动必然会冒极大危险。因为我军不能在这样宽广的正面一齐渡河。可以看得出来，河道有不少地方水很深；而且，您看得见，河岸也很高，有些地方简直象悬崖一般。
如果我军以最易受攻击的疏开队形无秩序地在敌前出现，敌军骑兵必将以较好的密集队形向我冲击。出师首战失利，对目前来说，后果将很严重，对战争全局来说，将更为有害。”
可是，亚历山大却回答说：“这我知道，帕曼纽。可是，在我们这样轻易地渡过了赫勒斯滂海峡之后，如果让这条小河沟子（他就是这样看不起这条格拉尼卡斯河）就在目前情况下挡住咱们的去路，我觉得这是可耻的。不论就马其顿人的威望，还是就我自己迅速对付危险的能力来讲，我认为都不妥。我相信，波斯人以为他们自己是和马其顿人一样的好战士，因而可能会鼓足勇气，但这不过是因为他们到现在为止还没有经受过使他们吃惊的事情罢了。”
（十四）
亚历山大说完之后，立即派帕曼纽去指挥左翼，他自己则到右翼去了。他早已指派菲罗塔斯（帕曼纽之子）为右翼司令，部下有地方骑兵、弓箭手、以及阿格瑞安部队和标枪手等。配屬给菲罗塔斯的，还有阿明塔斯（阿拉巴亚斯之子）所部标枪手、培欧尼亚部队和苏格拉底中队；挨着他们部署的是尼卡诺（帕曼纽之子）所率地方部队。他们一旁还有坡狄卡斯（欧戎提斯之子）的方阵、科那斯（坡莱摩克拉提斯之子）、克拉特拉斯（亚历山大之子）和阿明塔斯（安德罗米尼斯之子）所率各方阵以及菲利普（阿明塔斯之子）所部。在左翼，为首的是卡利斯（哈帕拉斯之子）指挥的塞萨利骑兵，挨下去是菲利普（迈尼劳斯之子）指挥的联合骑兵队，然后是阿格索率领的色雷斯部队；他们右边是步兵，即克拉特拉斯、迈立杰和菲利普等人指挥的诸方阵，直到全军中央。
波斯方面约有骑兵二万以及稍小于此数的步兵和外籍雇佣兵。他们的部署是：
骑兵沿河列队，形成一个拉长了的方阵；步兵在后。河岸以上的地很高，形成居高临下之势。在他们左翼的对岸，他们发现了亚历山大本人——由于他的盔甲光耀夺目，随从人员对他的奉承姿态，一眼就看出是他，于是他们就在河岸这一段集中了大批骑兵中队。
在一段时间内，两军隔河对峙，一动不动，鸦雀无声，都不敢猛然挑起大战。
波斯方面是在等待，如果马其顿人企图强渡、在河面上一露头，就向他们冲杀。这时，亚历山大一跃上马，招唤随从跟上，要他们表现自己的忠勇，命令第一线由阿明塔斯（阿拉巴亚斯之子）指挥的侦察兵、培欧尼亚部队和一纵列步兵向前推进，直扑河中。在这些部队之前，还派了由托勒密（菲利普之子）指挥的苏格拉底中队——按当天的战勤次序，由这个骑兵中队担任前锋。然后他亲自率领右翼各部，吹起号角，向战神高呼响彻云霄的战斗口号，奋勇冲入河中，部队与水流方向成斜角前进，使波斯人不能在拉长了的战线上一齐向他的部队冲击；而他的部队却可以用尽可能密集的队形攻击波斯人。
（十五）
在阿明塔斯和苏格拉底率领的先锋部队把守河防的地方，波军从高高的对岸往下射排箭，有的在稍靠后一些的高地上往下投标枪，有些在较低的地方，有些甚至冲到水边来了。于是河岸上展开了一场骑兵大混战。希腊人拚命要登上彼岸，波斯人则千方百计阻拦。波军标枪如滂沱大雨，铺天盖地；马其顿人的长矛似万道金蛇，左刺右扎。但马其顿人终因寡不敌众，首战失利。这也是因为敌人阵地坚强，居高临下；马其顿部队则地势不利，位于低处。此外，波斯骑兵的精华就部署在强渡地点。而且，迈农指挥部队厮杀时还亲自带着他的儿子们首当其冲。首批和波军交锋的马其顿部队，在表现了他们那种非凡的忠勇之后，几乎全部牺牲。只有少数在亚历山大到来时撤到他跟前去了。这时亚历山大已率领右翼部队逼来，冲击波军。就在双方骑兵绞作一团，也就是波军首领所在之地，亚历山大身先士卒，头一个杀入敌阵。于是在他周围立即展开了猛烈的厮杀。这时，马其顿部队一队接一队陆续过河，现在过河已不困难。战斗虽然是在步兵战线上进行的，但却是一场骑兵大战。
鞍上人斗人，脚绊拳击；鞍下马战马，冲撞奔腾，酣战如狂，难解难分。希腊人要一股劲把波斯人从河岸推开，赶到平地；波斯人则千方百计阻挡他们登陆，拚命把他们赶回河里。不过，亚历山大这时已率领卫队步步得手。这不只是因为他们英勇顽强、纪律严格，也是因为他们用的武器较好，是用坚固的山茱萸木制成的长矛，而波斯人使用的则是短标枪。
在混战中，亚历山大的长矛折断了。他招呼他的御侍武官阿瑞提斯另给他一杆。
可是阿瑞提斯自己那杆也折断了，正在用剩下的那半截儿奋勇招架向他紧紧逼来的敌人。他把手里这半截武器举起来给亚历山大看，向他大声喊叫，要他另找一个侍从要武器。正在这时，亚历山大的一个扈从科林斯人德马拉塔斯把自己的长矛给了他。亚历山大接过长矛，一眼发现大流士的女婿米色瑞达提斯骑在马上带着呈楔形的一些骑兵冲了过来，已远远离开了他们的战线，他自己冲在最前头。亚历山大直挺长矛一下子就扎到他脸上，把他甩在地上。这时罗萨西斯拍马朝亚历山大冲来，举起大刀劈在他头上，把他的盔砍掉一块，但这顶盔总算挡住了这一刀。亚历山大随即把他也甩倒地上，用长矛刺透他的胸甲扎人心窝。这时，斯皮色瑞达提斯已经举起他的短弯刀向亚历山大劈来。说时迟那时快，克雷塔斯（德罗皮第斯之子）忽然乘机闪入，大刀起处，斯皮色瑞达提斯的肩膀早已削掉。这时骑兵不断从河岸飞驰而来，加入了亚历山大周围那一伙。
（十六）
现在，波斯人四面八方都在受折磨了。人脸马面都吃上长矛。他们被追赶时，走在骑兵前面，轻装部队碍手碍脚，骑兵又跟轻装部队纠缠一起，搞得全军乱作一团。因此，他们开始撤退，最先撤走的是混战时亚历山大首当其冲的那个地方。当他们阵线中央开始后陷时，两翼的骑兵也被突破，于是急切的逃命开始了。只有一千多波斯骑兵被消灭，这是因为亚历山大对骑兵并未穷追猛打，而是他转而进攻外籍雇佣部队。这群雇佣兵坚守阵地，好象生了根似的。不过，与其说他们真有防守决心，倒不如说他们被这个突如其来的大祸吓呆了。亚历山大率领方阵向他们冲击，还命令骑兵从四面八方扑去，很快就把他们包围起来，砍杀净尽，没有一个逃掉——也许有个别从死尸堆里溜走，生俘约两千。在波斯将领中，死掉的有尼发提斯、拍提尼斯、利地亚督办斯皮色瑞达提斯、卡坡多西亚部队指挥官米西罗布赞、大流士的女婿米色瑞达提斯、大流士的儿子阿布帕利斯、阿太薛西斯的儿子大流士的小舅子发那西斯、以及外籍雇佣军司令欧马瑞斯。阿西提斯从战场上逃到福瑞吉亚，据说在那里自杀了。因为波斯的失败似乎要归咎于他。
马其顿方面，在第一次冲锋中，地方部队有二十五名阵亡。亚历山大命令在地亚穆给他们铸铜像。这件事是叫莱西帕斯承办的（他曾和许多人竞相承铸亚历山大的铜像，最后是由他承铸的）。此外还有骑兵六十人、步乒三十人阵亡。第二天，亚历山大把所有这些人，连同他们的武器和其他装备一起埋葬了。他下令国内对他们的父母子女一律豁免地方税、财产税和一切劳役。他对伤员也表示了极大的关怀，亲自看望每一个人，查看伤情，询问他们受到的照顾好不好，还鼓励每个人详细叙述甚至夸耀自己的功劳。他还埋葬了所有战死的波斯将领以及死在敌人行列里的那些希腊籍雇佣兵。那些被俘的希腊人，都带上手铐送回马其顿去做苦工，因为他们违背了希腊的公众舆论，和东方的敌人一起扛自己人。他还把三百套波斯盔甲送到雅典向雅典娜献礼，并附有如下献词：“谨献上从亚洲波斯人手中俘获的这些战利品。腓力和全希腊人（拉斯地蒙人除外）之子亚历山大敬献。”
（十七）
后来亚历山大任命卡拉斯为原来由阿西提斯管辖的那个州的督办。命令当地居民交纳和过去交给大流士同样数量的捐税。从山区下来投诚的那些人，他又叫他们回家乡去。对则雷亚城，他免予追究，因为他知道他们是被迫帮助波斯打仗的。他还派帕曼纽去接管达塞利昂，因为驻在那里的卫戍部队已撤走。帕曼纽遵命去办了。
然后亚历山大率部向萨地斯挺进。当他距城还有七十斯台地时，驻守该市卫城的部队指挥宫米色瑞尼斯带着该城的主要人物来向亚历山大献城，还献出堡垒和财宝。亚历山大本人率部在距城约二十斯台地的赫马斯河岸宿营，派阿明塔斯（安德罗米尼斯之子）到萨地斯去接管堡垒。把米色瑞尼斯带在身边，保留他原职和荣誉。
他允许萨地斯人和其他利地亚人保持他们原有的风俗习惯，并把他们都放走。亚历山大亲自登上堡垒——即原来波军驻守之地，对这个要塞的强固相当赞赏，地势高而陡峭，还围以三重卫墙加固防御。有人提醒亚历山大应当在高地上给奥林匹斯山主神宙斯修一座庙，附近再设一祭坛。但正当他在高地上视察，打算找一个最好的庙址时，突然狂风暴雨席卷而来——当时正值炎夏——就在利地亚国王的宫殿上空，雷电交加，大雨如注。亚历山大认为这一定是神明暗示给他应当把宙斯的庙修在何处，于是他就按神的旨意下了命令。他把地方部队一军官鲍散尼亚斯留下当堡垒司令，尼西亚斯当税务、捐献和贡品督察，阿散德拉斯（菲罗塔斯之子）任利地亚和斯皮色瑞达提斯原辖地区其余部分的总督，并拨给他当时需要的一部分骑兵和轻装部队。派卡拉斯和亚历山大（埃罗帕斯之子）带着伯罗奔尼撒部队和盟军大部到迈农的家乡一带，把阿高斯人留在萨地斯守卫堡垒。
与此同时，当骑兵大战的消息传开之后，守卫埃菲萨斯的雇佣军带着该城的两只战船逃跑了。原来为了躲避亚历山大，从马其顿逃到达里来的阿明塔斯（安求卡斯之子）也跟他们一起逃跑。这并不是因为亚历山大办过什么有损于他的事，而是因为他不喜欢亚历山大，不愿在他手下办事而招致不快。第四天亚历山大到达埃菲萨斯，把所有为了他而被放逐的人都找回来，取消了寡头政治，恢复了民主。命令居民为阿提米斯庙捐款，数目跟他们过去捐给波斯人的一样。埃菲萨斯人由于解除了对寡头政治的恐惧，马上就把招来迈农的有关人等全部处决；把所有参加洗劫阿提米斯庙的人、把庙里腓力的雕像推倒的人，以及把市场附近该城的原解放者希罗派提斯的坟墓挖了的人，通通部处以极刑。他们还从庙里把塞尔发克斯、他儿子波拉贡和他的弟兄们的孩子一起都拉出来用石头砸死。但亚历山大禁止他们进一步追究和惩办，知道此戒一开，他们就会把某些无罪的人跟有罪的一起处死，有些人就会发生公报私仇、谋财害命之事。亚历山大对埃菲萨斯人这样处理极得人心，这在过去还是不多见的。
（十八）
大概就在这时，马格尼西亚和特拉利斯两地也派代表来向亚历山大献城。他派帕曼纽带领联军步乒和马其顿部队各二千五百人以及地方骑兵二百前往接管。又派阿基马卡斯（阿伽素克利斯之子）率领同样大的一支部队去伊欧利亚各城镇以及爱奥尼亚地区仍臣服波斯的各城镇。命令他们把各地的寡头政权摧毁，建立民主政权；各地可以制订自己的法律，并继续交纳和过去交给波斯的同样数目的捐税。亚历山大留在埃菲萨斯向阿提米斯献祭，并率领全军以全副武装的战斗队形进行大规模的祝捷游行。
第二天，他率领剩下的步兵、弓箭手、阿格瑞安部队、色雷斯骑兵、皇家地方骑兵中队，外加三个中队，向米莱塔斯挺进。在进军中一举占领了他们所谓的外城——驻军已撤走——，并就地扎营，决定围困内城。原来，米莱塔斯驻军司令、大流士的部下赫格西斯特拉塔斯早有预见，事先即曾派人给亚历山大送信献城；但后来因为波军尚未撤远，他又鼓起勇气，想替波斯保住城市。但这时尼卡诺已把希腊舰队开过来了，比波斯舰队早三天到达米莱塔斯，把一百六十只战船停泊在该城对面的雷德岛。波斯舰队姗姗来迟。当他们的指挥官获悉尼卡诺已经到达雷德岛时，他们就在迈卡尔山下抛锚了。这是因为亚历山大不但用他的舰队抢先占领了雷德岛，而且还把色雷斯部队和其他雇佣军四千人运过去了。波斯舰队共有船只四百艘。
双方海军兵力尽管这样悬殊，帕曼纽还是劝亚历山大发动进攻。这不只是因为他估计希腊必胜，也是因为有一个预兆：人们看见有一只鹰落在亚历山大的船尾后边的海岸上。帕曼纽说，如果这一仗打胜了，对整个远征将有很大的好处；万一打败了，影响也不太大，因为反正波斯海军本来就掌握着制海权。他说他准备亲自登船和海军共命运。可是，亚历山大说帕曼纽的判断是错误的：他对那个预兆的解释也不一样。用一支小舰队去碰一支大得多的舰队，用他那些连海上训练都还没完成的水兵去对付久经训练的由塞浦路斯和腓尼基水手组成的海军，那简直是发疯。在毫无把握战胜波斯海军的情况下，他不想拿马其顿人的武艺和勇气去冒险。如果打败了，那对他们过去的作战威望将是极大的打击。而且，有些希腊人早就准备好了，一旦有海军失利的风声，马上就要搞暴乱。他讲了这些道理就弄清楚了那时还不该动手。他还说他对那个预兆也有不同的解释：不错，那只鹰确实是站在他这一边。
不过，人们看见它的时候，它既是落在陆地上的，他认为那就意味着他将从陆地上打败波斯海军。
（十九）
这时，米莱塔斯市民和雇佣军（守城主力）派了一位重要人物名叫格劳西帕斯的来见亚历山大，声明全市已准备把城市和海港同时向亚历山大和波斯人开放；还提出要求说，在上述条件下，亚历山大应该解除对该城的包围。亚历山大听完他的话，便叫他赶快回去告诉市民们准备好明天拂晓打仗。亚历山大亲自指挥把擂石器安装好准备攻城，一部分从近距离轰击，另一部分从远距离攻打。他还把部队调来，准备从轰塌或震裂的城墙处冲入城内。驻在迈卡尔的波斯部队离这里不远，几乎可以看到他们的友军和盟军被围攻的情景。
当时，在雷德岛的尼卡诺的舰队看见亚历山大攻城了，就驶入米莱塔斯海港，沿岸行驶，后来在港口最窄的地方，船头朝大海，把港口堵住，使波斯舰队不能驶入，从而割断了他们对米菜塔斯的支援。在这种情况下，米莱塔斯人和那些雇佣兵，由于四面都受到马其顿部队的压力，有的就跳进海里，用盾牌当小船，划到离城不远的一个无名小岛上去了。有些人乘小艇急急忙忙想窜到马其顿战船前边溜掉，在港口也被捉住。绝大多数在城里被消灭。
城市既已到手，亚历山大就乘船去攻打那些逃到小岛上的人，下令船头竖起梯子，以便攀登岛岸的峭壁，就和攀登城墙的方法一样。但当他看到岛上的人真地要进行殊死战时，他心里就很同情他们，觉得他们不愧是忠诚而高尚的战士。因而跟他们讲好条件，叫他们加入他的部队。这样加入的大约有三百名希腊雇佣兵。至于岛上那些米莱塔斯人，除了在最后一次冲锋中死去的以外，他都放了，给他们自由。
波斯海军以迈卡尔为基地，白天常常朝希腊海军驶来，打算挑起战斗。但一到晚上，他们在迈卡尔并不自在，因为还必须到相当远的米延德河口去取淡水。亚历山大用舰队把守米莱塔斯海港，使波斯海军不能冲入；又派菲罗塔斯带领骑兵和三个纵队步兵到迈卡尔去阻止波斯水兵上岸。因此，波斯海军既缺水又无其他供应，简直等于被围困在船中。于是他们就开到萨摩斯去，在那里取得供应之后，又朝米莱塔斯开来。大批船只在港口对面的海面停下来，摆开一字阵，企图把马其顿舰队从港内招惹出来，在开阔的海面上交战。另派五只舰艇从雷德岛和营地之间的空隙里溜进港内，企图俘获希腊舰队里那些无人管的舰艇。因为他们事先已探悉希腊舰艇上大部分官兵已经上岸，有的去找燃料，有的去供应站，有的被分派去搜集草料。
确实有一定数目的官兵离开了船。但亚历山大命令手头现有的人配备在十艘舰艇上，等那五只波斯船靠近时，立即下令这十只舰艇向他们全速冲去，迎头猛撞。那五艘波斯船上的水手们万没想到马其顿人突然向他们冲来，于是趁还在射程以外时，马上就掉头回驶，去跟舰队主力会合。其中只有一只由伊阿西亚人掌握的慢船，在撤退中连人带船都被俘了。其余四只都安全回到自己的舰队。结果，波斯海军就这样无所作为地离开了米莱塔斯。
（二十）
亚历山大现在决定解散他的海军。一方面因为当时财政困难，另一方面也是因为他发觉他的海军不能和波斯海军作战。即使是他的武装力量的一部分，他也不打算拿去冒险。而且，他还考虑到，他现在既然已经用陆军控制了亚洲，再也用不着海军了，只要把沿海波军基地都占领，也就等于打垮了他们的舰队。因为他们那些舰艇将无处招募补充兵员。而且事实上亚洲再也没有他们的海港了。他就是这样解释那只鹰的预兆：从陆地上征服波斯舰队。
把这个问题解决之后，亚历山大又向卡瑞亚进军，因为他获悉在哈利卡纳萨斯集中了大批波斯部队和雇佣军。他在进军中占领了米莱塔斯和哈利卡纳萨斯两地之间的城镇。最后在距哈利卡纳萨斯五斯台地处，面向该城安营扎寨，准备长期围困。
因为该城地势险要易守难攻。此外，所有能够进一步加强城防的办法，迈农早在大流士任命他为下亚细亚地区和整个舰队的总指挥时，就已经亲自办好了。城内驻有大批波斯部队和雇佣军。港口有战船驻守，这样，水兵对守城也可能起很大作用。
头一天，亚历山大逼近通向迈拉萨的城门附近的城墙时，城内曾派兵出击并射出排箭，但马其顿部队不在射程以内。后来亚历山大通过反击，未费多大气力就把他们顶住，随即赶回城里，牢牢围住。
几天之后，亚历山大率领他的卫队、地方骑兵，阿明塔斯、坡狄卡斯和迈立杰各步兵营、以及弓箭手和阿格瑞安部队，绕城到达朝向明达斯的那边。他是想看看也许那边的城墙更容易攻破，也想看看能否用突袭的办法占领明达斯。他认为占领明达斯对围攻哈利卡纳萨斯一定有很大好处。明达斯先曾派人来献城，条件是亚历山大必须在夜间到达。于是他就依约在半夜前后到达明达斯。
但发现一点投降的迹象都没有。擂石器和梯子又都留在后方未带来——当然，他本来就不是来攻城，而是接受这个城市的暗中投降的。不过，他还是把马其顿方阵带来叫他们挖墙脚。一座城上堡楼被挖倒了，但城墙并没有跟着倒塌，守军顽强抵抗。这时大批敌军已从哈利卡纳萨斯乘船到达，阻止了亚历山大对明达斯的奇袭。
亚历山大因为计划失败，只好撤走，再回去继续围困哈利卡纳萨斯。
他先把护城河（守城部队原先在城外挖的，大约有三十库比特宽，十五库比特深）填平，便于搬运擂石塔，打算从塔上发射大批石弹等物攻打守城敌军；同时用别的擂石器轰击城墙。不久，护城河很容易地填平了，擂石塔也竖起来。但是，哈利卡纳萨斯守军搞了一次夜袭，想把已竖起来的擂石塔和擂石器以及那些已就位即将竖起来的都烧掉。不过，这些突击手很容易地就被马其顿卫队赶回城里——另一些马其顿部队在打响后惊醒了，就飞快驰援。守城敌军损失一百七十人，其中包括纽普托利马斯，他是阿拉巴亚斯之子，阿明塔斯的弟弟。阿明塔斯是那些开小差投奔大流士的人当中的一个。亚历山大的部队死了十六人，但有三百人负伤，这是因为突袭发生在黑夜，他们当时防身之物较少，易于受伤的缘故。
（二十一）
未过多少天之后，坡狄卡斯那个营里有两个住在一起的马其顿士兵，俩人一块儿喝酒，各自吹嘘自己的本领和功劳，争持不下。再加上酒酣耳热，于是越争越烈，不可开交。最后俩人一起拿起武器跑到面对迈拉萨的高地旁边去攻打城墙。目的是要比试比试看谁棒，并没有想强迫敌人打一场生死的遭遇战。城里有人看见这一对鲁莽家伙走向城墙，等他们走近时，就冲出来把他们俩人砍死，然后又向较远处的马其顿部队射箭投石。他们很自信，认为自己人多、地势又好。哈利卡纳萨斯守军确实以居高临下之势，冲锋、射筋、投石都很有利。坡狄卡斯营更多的士兵紧急出击，其他一些敌人也从城里冲出来。于是一场激烈的战斗就在城根展开。马其顿部队又一次把出击者打回城里。实际上这座城差一点就陷落了。因为，当时城墙上的防守并不严，而且有两座堡楼和楼间的障壁都已倒塌。假如全军一起攻城，很容易接近城墙。而且第三座堡楼也已经摇摇欲坠，如挖其墙脚，也就很容易地把它撂倒。
不过，被围的敌军从里边很敏捷地在突破口外面筑起了一堵月牙形的砖墙。因为他们的泥瓦匠很多，轻易地就把这堵墙砌好了。
第二天亚历山大把擂石器竖起来轰击这道墙。守军立即发动了一次冲锋，企图把擂石器烧掉。城墙附近的部份掩蔽屏障和一座木制擂石塔被烧。其余的被负责保护它们的菲罗塔斯和赫拉尼卡斯的部队保住了。但当亚历山大本人也在攻城部队中出现时，敌人就把他们从城里带出来的火把扔掉，多数人连武器都抛弃，逃进城去。
不过在这次战斗开始时，守军曾以居高临下之势，颇为得手。不但从全线朝各擂石器的前卫射筋投石，而且从突破口两侧仍然残留的堡楼上向马其顿两翼射击，甚至连进抵新墙附近的部队的后卫几乎也都能射到。
（二十二）
几天以后，亚历山大又把他的擂石器朝着内城的砖墙安好，亲自指挥攻城。于是守军倾巢出击。一部分冲向突破口附近亚历山大所在地；另一部分冲到马其顿人最没估计到的三座门附近。有些人向攻城擂石器扔火把以及任何其他引火物，以便把火势尽量烧旺。但就近增援亚历山大的部队发动了猛烈反击，无数大卵石从塔上擂过去，弹丸如雨。敌军相当容易地就被击退，逃进城里。他们损失重大，跟他们出击的人数和胆量大小成正比例。有些是在跟马其顿人肉搏中丧命；有些则死在坍塌的城墙附近，因为城墙的缺口太窄，这么多人一下子通不过，而且在坍塌的城墙上走过去也非常困难。
至于从三座门冲出来的那些敌人，则是由亚历山大的卫队长托勒密把阿达亚斯和提曼德各营和一些轻装部队调来进行迎击。他们也是轻而易举地把出击者赶回去了。这些敌军在通过护城河上一座窄桥撤退时大吃苦头。桥上人太多，把桥压垮了，很多人掉进河里。有些被同伴踩死，有些被马其顿部队由上往下射死。最大的屠杀是在那三座门附近发生的。因为守门的人丧魂落魄，深怕追击溃兵的马其顿人也进入城内，过早地把城门关上，于是把不少友军关在城外，被迫兵在城墙外屠杀。如果不是亚历山大命令吹起收兵号，这个城市本来已是垂手可得。亚历山大之所以撤兵，是因为他在即使胜利在即的时刻，仍然希望哈利卡纳萨斯市民能不战而降，以便把全城保全下来。敌军死亡近千；亚历山大方面约有四十人阵亡。其中有卫队长托勒密、弓箭手指挥宫克利卡斯、千人队长阿达亚斯以及其他一些著名人物。
（二十三）
面对这个局势，波斯将领欧戎托巴提斯和迈农开会，认定他们在这个局势下，难以久守。因为他们看到城墙的一部分已不存在，另一部分也已百孔千疮；在几次出击中，兵员损失为数不少，大批伤员也已失去战斗力。鉴于这些情况，他们大约在当晚二更天，就烧毁了用以对付敌人擂石器的木塔和若干军械库；城墙附近的民房也都放火烧毁。由于木塔和各军械库猛烈燃烧，风又大，顺风头的其他民房也都着起火来。至于部队，一部分撤到岛上的堡垒里，一部分撤到名叫萨马基斯的高地上。席卷全城的火灾发生后，有人逃出，把消息告诉了亚历山大。亚历山大自己也亲眼看到蔓延的大火。虽然在深更半夜，他仍然把马其顿部队立即叫起来，命令他们去抓纵火犯。不管是谁，当场抓住，当场就杀。他还叫他们不论在屋里遇到任何老百姓都要抢救。
天方破晓，亚历山大观察了波斯部队和雇佣军所占高地，决定不去围攻了。他考虑，由于地形不好，把这些高地围起来要耽误很多时间；而且全城既已到手，再围攻那些高地已无多大好处。于是，他把在夜战中阵亡的人都埋了，命令被分派运走擂石器的部队把攻城用的擂石器撤到特拉利斯去，然后把全城夷平。留下一些部队驻守残城和全卡瑞亚地区。派托勒密率领三千雇佣步兵和二百骑兵到福瑞吉亚去。
任命阿达为全卡瑞亚督办。阿达是海卡托诺斯的女儿，希德利亚斯的妻子。按卡瑞亚风俗，希德利亚斯既是她哥哥又是她丈夫。他临死时曾把政务交给她掌管。从塞米拉米斯往前，亚洲人一向习惯于女人统治。后来皮克索达拉斯曾把她赶走，自己登上了宝座。他死后，他的内弟欧戎托巴提斯以波斯王使者的身分继位。当时阿达只占有阿林达一地，这地方倒是卡瑞亚境内一个强固的要塞。亚历山大进入卡瑞亚境内时，她就曾前往拜会，献出阿林达，并认亚历山大为干儿子。后来亚历山大就把阿林达交还阿达治理，也并不拒绝当她的干儿子。占领哈利卡纳萨斯和卡瑞亚境内其余地区之后，就任命她统辖全境。
（二十四）
亚历山大部下的一些马其顿人曾在出征前不久结了婚。他考虑他应当关心这些人。于是就叫他们从卡瑞亚回到马其顿和他们的妻子团聚，度过冬天。派皇家警卫队员托勒密（塞留卡斯之子）领队，并指定其中两个军官科那斯（坡利摩克拉提斯之子）和迈立杰（纽普托利马斯之子）辅佐。这几个人也都是新郎。亚历山大指示他们，当他们带着运输队回来时，沿路在乡间招收骑兵和步兵，越多越好。亚历山大办的这件事在马其顿人当中深得人心，不亚于他办的任何其他好事。他还派克连德（坡利摩克拉提斯之子）到伯罗奔尼撒去招兵。
他把帕曼纽派到萨地斯去，给他一个地方骑兵中队，塞萨利骑兵队以及共他盟军和战车等。命令他到萨地斯后再向福瑞吉亚进军。他本人则向利夏和潘菲利亚推进。目的是占领沿海地带，使敌人的海军起不了作用。在大进军途中，他首先一举占领了海帕纳，这个城池坚固，原由雇佣军驻守。他们接受条件后，就从城堡里开走了。进入利夏境内以后，他降服了太米萨斯人。波过赞萨斯河，沿途接管了前来归顺的品纳拉、赞萨斯城和帕塔拉以及三十个较小的城堡。
这些事都办完之后，正值严冬。他进攻一个叫米利亚的地方。该地本属大福瑞吉亚范围，但当时按波斯王的规定，算是利夏的一部分。这时，有从发西利斯来的使者说他们愿意跟亚历山大修好，还献给他一顶金王冠。在他们的带动下，下利夏大部地区也都派代表来了。亚历山大命令发西利斯和利夏两地的代表把他们的城市交给他派去的人接管，后来他们都照办了。不久之后，他就来到发西利斯。在占领这些地方的同时，还占领了一个强固的前哨据点。这个据点原来是皮西地亚人为了威胁这个地区而修建的。当地人常从这个据点去骚扰在田间耕作的发西利斯人。
（二十五）
正当亚历山大忙于发西利斯的事务时，有消息传来说埃罗帕斯之子、也叫亚历山大的那个人正阴谋造反。他是亚历山大的“伙友”之一，当时担任色雷斯骑兵司令。这个亚历山大是跟谋杀腓力案件有牵连的赫罗米尼斯和阿拉巴亚斯的弟兄。当时他自己虽然也受到谴责，但亚历山大暂时未予处分。因为腓力死后，他是亚历山大的朋友当中，头一批团结在他周围的人，他还曾披上胸甲陪亚历山大进入宫中。
后来亚历山大甚至还曾给他一个近身的荣誉职位，并派他到色雷斯去当指挥官。当色雷斯骑兵司令卡拉斯被调走去当督办时，亚历山大就派他接任骑兵司令。关于他谋叛的情节据说是这样：
阿明塔斯逃到大流士那里去的时候，带去了这位渺小的亚历山大向大流士表示的好意和一封信。大流士接信后就从他的随从中派了一个亲信叫西西尼斯的波斯人到海岸去，伪称他要到福瑞吉亚去拜访督办阿提组斯，实际上是要会见这位亚历山大，准备向他提出保证，假如他杀死国王亚历山大，波斯国王就封他为马其顿王，另外还给他一千金塔仑。西西尼斯后来落人帕曼纽手中，向他坦白了他的使命。后来帕曼纽派人把他押解到亚历山大处，亚历山大又听到他供出的同样情节。于是他就召集他的朋友们开会，研究应该怎样处置这个卖国贼。他的伙友们认为亚历山大当时把最好的骑兵交给一个不可靠的军官指挥是不智的。现在只有趁他还未跟色雷斯人搞得太火热并带领他们造反以前，尽快把他除掉。还有一个兆头使他们不安。
