一个提倡宗教宽容的新教徒，能指望从当时主张不宽容的人那里得到什么呢？卡斯特利奥从他的朋友伯纳迪诺·奥基诺的下场想必该知道了——虽则后者直到卡斯特利奥去世，他的罪还没有受够。奥基诺一度是从意大利到苏黎世避难的牧师。他被苏黎世驱逐出境，当局甚至不同意他延期的恳求。他已七十六岁，贫困，新近丧妻，但没有人怜悯他的不幸。虔诚的神学家们乐意让他携带着他无辜的孩子们重新流亡。时值隆冬，山路积雪。他的敌手们认为情况越坏越好。如果那不幸的老人死于路边，他们会感到高兴。喔，他总得在世界的什么角落找一个栖身之所。那些放逐他的狂徒们决定在路上设置种种困难，免得好心人过份向他和他的孩子们供应温暖和庇护所。他们赶在他前头写信，警告那些好心的基督教徒，要将这样一个不幸的人拒之门外。他一定要受到象麻疯病患者那样的待遇。年老的学者象一个乞丐似的离开瑞士。在雪中挣扎上路。夜宿厩棚。他掉头向北，横穿德国到纽伦堡。那里的新教徒们也对他进行了警告，但允许他住一段时间。他最后的希望是能在波兰找到一些好心人，能给他和他的孩子们以生计和庇护所。但即在波兰，不宽容分子对他也太过份了。他逃到摩拉维亚，在一五六四和一五六五年之交，在赤贫中死去。他象乞丐一样被埋葬在一个被遗忘的坟地里。
卡斯特利奥开始知道他的朋友奥基诺所遭受的长期苦难中的较早一段，他知道自己也可能会有同样的下场。他将作为异端而被审讯。他本人唯一的罪行是太仁慈。在如此普遍不人道的时代里，他不能期望人道，又不能期待同情。塞维特斯的保护人也有可能遭到塞维特斯同样的命运。十六世纪的不宽容已把扼杀者的手卡在最危险的人——主张宽容的使徒的喉咙上了。
但是，很幸运，那些狂徒们所盼望的至高无上的胜利——亲眼看到塞巴斯蒂安·卡斯特利奥在监狱里，在流放中或在火刑柱上毁灭，却未偿所愿。死亡把卡斯特利奥从残酷的敌人手中拯救了出来。由于长期过劳他强健的体格被损坏了。他已无力去抵抗那么多的忧患，那么大的激动了。一直到最后，他勇敢地，虽然是徒劳地作战着——在大学里，在书斋里，他一直继续斗争。最后他被迫卧床。他得了不能控制的呕吐症，直到他负荷过重的心脏停止跳动为止。一五六三年十二月二十九日，塞巴斯蒂安·卡斯特利奥逝世，卒年四十八岁。诚如一个同情他的朋友在一切都过去以后所说的那样：“靠上帝赐助，把他侥幸地从敌人的魔爪下夺了回来。”
他的死结束了那场诽谤的战役。他的同胞们最后终于认识到，在保卫巴塞尔市最高尚的人方面，他们是何等的不热情，但一切都为时已晚了。他财产之少说明了这伟大的学者是何等的贫穷，屋子里没有留下一小块银器碎片。他的朋友们得提供丧葬费，代他还清零星债务，扶养他的孩子们。就象作为无耻的异端控告一事的补偿那样，卡斯特利奥的葬礼是道德的胜利。在他被控告为异端以后，那些胆怯地避之唯恐不迭的人，现在急于要表明他们是何等爱他和尊敬他。葬礼中灵车后面紧跟着大学里所有的成员，灵枢由学生们扛到教堂，葬在地下室。三百个学生捐款立了一块墓碑，上面镌了这样的铭词：
“献给我们著名的导师，感谢他渊博的知识和纪念他纯洁的一生。”
