然而莱斯特伯爵并未在宫中待太久。他与女王之间依然冷淡，传闻甚至指出，女王打算免去他骑士统领之职责。到了四月底，女王让莱斯特伯爵前往诺福克郡的庄园，但莱斯特伯爵这次的离开，并未获得女王的善意对待，女王写了一些尖酸刻薄的责难，但相关证据至今已荡然无存。震惊不已的莱斯特伯爵转而告诉瑟洛摩顿爵士：
我收到了你（的信件）和另一封向来能带给我极大安慰的信，但现在我也不知道该如何区分这些音讯。若能在我身上找到任何起因，便是我活该，我愿面对更糟的惩罚，然而没有任何人能坚持像我一样离错误如此遥远，我非常清楚，自己绝无犯错：我从未刻意冒犯。人总会犯错；我只希望那唯一最重要的人能原谅——是的，遗忘——我。若长久以来的服侍与多年的表现，仍不能证明坚定不移的忠诚，我又该如何相信过去的这些宠信，一时的错误就毁去了过去建立的一切吗？
他实在太过沮丧，甚至表示：“我现在只想蜷缩在一个被遗忘的洞穴角落，或可以长眠的坟墓中。”
女王再一次将他召回宫中，他不耐烦地回去，但女王想与他和解，不久后，他又再度回到最受宠的位置。
五月份，伊丽莎白女王总算同意，派遣塞西尔的妻舅汤玛士·丹奈特（Thomas Dannett）前去奥格斯堡与哈布斯堡王朝君主斡旋，女王表示若哈布斯堡王朝君主同意让查尔斯大公访英，他与女王之间的婚姻协商，就再也没有任何阻挠。然而马克西米连二世依然执著于宗教问题，于是原本计划赠予其嘉德勋章的伊丽莎白女王，决定在对方态度软化前延后赠予计划。
丹奈特特使也在维也纳见到查尔斯大公本人，并向女王回报大公本人殷勤有礼、友善可亲、变通不守旧、博学多闻、十分得人心，也非常喜欢户外运动；曾得过天花而幸存，但天花并未减损他的帅气。“身为一个男人”，他显得“十分俊俏，长相好看，体格健美，腰围小，胸围宽阔；尽管穿着全副服装，依然看得出大腿与小腿比例完美”。尽管“有一点伛偻”，他骑马时依然挺拔。唯一的缺点是对宗教信仰虔诚，可能永远也不会改变自己的信仰。丹奈特特使希望女王对查尔斯大公私下参与弥撒仪式“睁一只眼闭一只眼”，但女王却固执地拒绝了。丹奈特特使一直在奥地利待到八月，徒劳地等待女王改变心意，但他却只等到女王要一张画像的要求。
* * *
六月十九日，在戒备森严的爱丁堡城堡中，苏格兰女王玛丽·斯图亚特经过漫长又痛苦的生产过程，终于产下一个健康的男婴詹姆士，也大幅增加了她继承英国王位的可能性。从此她对英国王位的企图，不再只是为了自己，还为了她的儿子。
数十年后，詹姆士·梅尔维尔爵士的回忆录引用了一个来源不明的故事，指出伊丽莎白女王对詹姆士出世的反应。对于当时的她，梅尔维尔爵士表示：“展现出极大的欢乐之情，在晚膳后开心跳舞。”六月二十三日，当塞西尔悄悄地告诉她这个消息，“听闻消息后，她悲怆地跌坐，猛然对着侍女们大喊，苏格兰女王已经是个男孩的妈了，而她却只是个不会下蛋的母鸡”。但梅尔维尔爵士并未亲眼见证此事，仅表示自己是听闻宫廷中的朋友转述，但当时他却未记录下来，现代也未有当时留存下来的相关证据以资证明。而梅尔维尔爵士向玛丽·斯图亚特转述伊丽莎白女王的反应时，仅表示王子的诞生“让女王陛下感激不已”。事实上，在梅尔维尔爵士抵达之前，塞西尔便已先行告知女王此消息，而唐迪亚哥大使则称：“女王对于新生儿的诞生显得相当高兴。”
伊丽莎白女王确定告诉梅尔维尔爵士的，是她“已经决定要（在王储问题上）满足苏格兰女王，于此，她相信是她这个好姐妹应得的，因此她打从心底，希望这个问题能以此方法决定”。詹姆士王子的诞生，伊丽莎白女王强调，一定可以“刺激议员们”在下次的议会开议时解决这个问题。玛丽·斯图亚特闻此自然欢欣不已，信心满满地期待正式被立为伊丽莎白女王的王储。根据梅尔维尔爵士的记载，莱斯特伯爵、潘布鲁克伯爵、诺福克公爵和许多朝臣，都支持由玛丽·斯图亚特继承伊丽莎白女王的王位。
塞西尔知道玛丽·斯图亚特正利用她的权力，使尽绝招要让伊丽莎白女王言听计从。他派出的一名间谍，在那年夏天时回报，透露玛丽·斯图亚特曾向宫廷顾问表示，她想要得到英国天主教贵族的支持，在英国诸郡建立权力基础，尤其是旧宗教信仰根深蒂固的英国北部。“她计划要在爱尔兰兴战，让英国因此忙得不可开交；然后她要备一支精兵，由她挥师英国；进入英国的那一天，就是她准备登基为女王的一天。”塞西尔对这一类报告的真实性，一向抱持着质疑的态度，他老早知道玛丽·斯图亚特与英国天主教徒间的联系，而且他派出的密探也表示，这些人都听任她的差遣。只是他认定玛丽·斯图亚特主要的目标是继位，而非篡位。听闻此消息，伊丽莎白女王迅即派遣亨利·奇里格鲁爵士（Sir Henry Killigrew）前去警告玛丽·斯图亚特，千万不要为了强行取得继位资格，煽动支持她的英国臣民。
但在当下，玛丽·斯图亚特还有更重要的事情要处理，其中最重要的，就是在苏格兰建立稳定的政府。她的丈夫也是一大问题。玛丽·斯图亚特与达恩里勋爵间的关系已降到冰点。他们极少一同进餐，也不再同床共枕，尽可能地避免两人共处。八月时，贝福德伯爵向枢密院回报，“根据回报，有关女王对他的批评，实在不符合女性的端庄与女王的尊贵。”
达恩里勋爵出言恐吓，表示自己要搬到国外定居，这对玛丽·斯图亚特来说，是非常不堪的责难，她十分恐惧这件事。到了十月份，梅特兰大使已经发现，玛丽·斯图亚特对于与他共度一生的想法已然绝望。
* * *
八月，丹奈特特使沮丧地自维也纳返英，哈布斯堡王朝联姻协商似乎已然走入死棋状态，伊丽莎白女王则大费周章地向哈布斯堡王朝君主表示，这一切都与莱斯特伯爵毫无关系，“因为英国宫廷上下，没有任何一个人像他一样，对这个联姻计划如此倾心着迷，也没有任何一个人像他一样，努力要我们也有一致的目标”。
到了秋天，伊丽莎白女王决定派萨赛克斯伯爵前去维也纳，表面上将嘉德勋章献给哈布斯堡王朝君主，事实上却是要说服对方答应她的要求。此时，她已开始抱怨“查尔斯大公的聘金”太少，相关议题与其他事项的争议，让萨赛克斯伯爵延后好几个月才离开英国。马克西米连二世则提醒伊丽莎白女王，“应该是未来的太太要送给丈夫嫁妆及结婚礼物才对”。伊丽莎白女王的行为，证实了他的疑虑，使他认定伊丽莎白女王“认为只要在某方面和某些角度上使出拖延政策，便可以得到好处”。
伊丽莎白女王于八月份离开格林尼治开始了一年一度的出巡，途经北安普敦郡，前往曾为灰衣修士兄弟会的斯坦福时，女王并没有到在附近的塞西尔家做客，因为他的女儿正患天花。接着女王抵达牛津郡，住在古老的伍德斯托克宫中，也就是在玛丽女王在位期间她曾被软禁的地方。在这里她走出随从队伍与许多学者见面，他们出城来护送女王进入牛津城，市长、市府参事与各级学者也表达诚挚的欢迎，甚至还有人大喊：“女王万岁！”
她以拉丁文向他们致谢，接着以希腊文发表皇室演说，接着在《感恩赞》的乐声中参加了基督教会礼拜式。然后热热闹闹地在大学城中进行巡视，公开演说，参与辩论，聆听布道、课堂授课与戏剧等活动。伊丽莎白女王最喜欢的，是由理查德·爱德华兹（Richard Edwards）撰写，现已失传的骑士的故事《派拉蒙和阿色提》（Palamon and Arcite），但这次演出发生了舞台倒塌的悲剧，导致三人丧生，超过五人受伤。伊丽莎白女王赶紧派出她的御医前往救治伤者，并且下令接下来的表演都延后到隔日，她还于是日亲自感谢理查德·爱德华兹带来的愉快体验。
在圣约翰学院，日后以天主教的烈士而闻名的艾蒙·坎庇恩院长（Master Edmund Campion）告诉女王：“无论您做什么，想些什么，女王陛下的身边总如有神助。”伊丽莎白女王笑了起来，并转向莱斯特伯爵，表示这指的就是他。莱斯特伯爵身为学校校长，为女王此行做东，而走访剑桥大学之行，则是另一位校长塞西尔做东。
在她离开前最后一次露面时，伊丽莎白女王用拉丁文演说了自己撰写的讲稿，同时疾呼她希望学习风气滋长，这个说法广受好评。当女王离开牛津时，学生与学校人员跟着她的队伍走到城外两英里处。其中一人安东尼·伍德忆道：“她那和蔼、友善又高贵的举止，在学者们的心中留下深刻印象，让他们争相效法。”
伊丽莎白女王此次出巡，原计划前往莱斯特伯爵的凯尼尔沃思城堡一访，但宫廷流言却称两人即将宣布订婚，伊丽莎白女王因而警觉气氛不对，于是决定取消访问行程。然而莱斯特伯爵仍要说服她改变心意，她便真的前往凯尼尔沃思城堡了，莱斯特伯爵费心改造的全新城堡也让她印象十分深刻。
* * *
这一年秋天，因皇室经费短缺，伊丽莎白女王不得不召开国会，但让她恼火的是，此时的国会开议只让议员们对继位问题旧事重提，而到了这个节骨眼，继位问题已然成为女王与大众之间的敏感议题。近来英国国内突然出现许多书册，为凯瑟琳与玛莉·格雷姐妹继位背书，而一名国会议员莫利纽克斯先生（Mr. Molyneux）竟大胆建议，再度采用之前上书女王的请愿书。在场的枢密院成员匆忙阻止他，但下议院坚持马上解决这件事情，并着手准备召集上下议院再度向女王请愿。
有人事先告知了伊丽莎白女王，于是她下令要塞西尔向国会表示：“只要有贵族愿意，她便点头嫁。”但此时“触碰继位问题的底线，对女王来说是非常危险的事情，此时仍不宜作相关讨论”。然而上下议院仍坚持到底，尤其是下议院大胆地拒绝通过王室特别津贴，除非女王先解决王位继承相关问题。
王室的女主人对此感到愤怒异常，并且告诉唐迪亚哥大使，她绝不会让国会插手此事。为了人民的福祉，她一定要得到王室特别津贴，国会应以慷慨殷勤的态度投下赞成票。唐迪亚哥大使则认为，若伊丽莎白女王真想结婚，一定不会出现这些恼怒情绪。女王却回答，她非常清楚这回事，一周内便会写信给哈布斯堡王朝君主，“明示自己倾向接受这段联姻”。唐迪亚哥大使知道伊丽莎白女王又在虚张声势，毕竟马克西米连二世并未放松他的条件，而数月来，两国间的协商也早已步入僵局，但他一句话也没说。
十月二十一日，上议院一名代表在谒见室等待女王，盼能提醒她重视王朝的未来，同时也要求她尽快决定继位人选。伊丽莎白女王原本不想接见他们，但却遭到莱斯特伯爵劝服，女王对于上议院被下议院说动支持下议院的危险举动，感到怒不可遏，并且提醒他们，在她父亲在位的年代，下议院可不敢如此造反。至于上议院若想恣意而为，那她也一样。
三天后，上议院果然照着女王的指示去做，与下议院站在同一阵线。女王暴怒不已，对诺福克公爵用了非常强烈的字眼，对着他咆哮，指他简直没比叛国贼好到哪去。潘布鲁克伯爵试图为诺福克公爵开脱，她却说他听起来像个爱吹牛的士兵。莱斯特伯爵是下一个遭殃的。她哭着表示，就算全世界背弃她，她依然认为他不会这么做。
“我愿死在你的手上。”他许下誓言。
“那和这件事有什么关系？”她大声反驳。
然后轮到了北安普敦侯爵。
“在你来兜着圈子跟我谈婚姻大事前，”她警告他，“你最好先想好，你那令人愤慨的离婚事件与新婚妻子有什么好理由！”说完后，女王拂袖离开了会议室去找唐迪亚哥大使，现在他已经是她最好的朋友了。根据他的记载，伊丽莎白女王最气的是莱斯特伯爵，并且针对这忘恩负义的家伙，征询唐迪亚哥大使的意见，毕竟她过去对莱斯特伯爵如此宠信，这一刻她感到自尊受伤。于是她下定决心抛弃他，让查尔斯大公能顺利访英。随后莱斯特伯爵与潘布鲁克伯爵则因发现自己被排除在谒见室之外，感到十分气愤。女王则不断抱怨，所有的贵族“都在与她作对”。
她对顽固强硬的下议院议员，应也说了类似的话，下议院团结一气，决心在女王同意他们的要求前，拒绝参加任何政府运作相关事宜。伊丽莎白女王气愤难平地向唐迪亚哥大使表示：“不知道这些恶魔想怎样！”
“妥协让步有损女王陛下的尊严。”他如此提议。
但这件事无法如以往般善了，伊丽莎白女王心知肚明。因此她将上下两院的三十位代表召进怀特霍尔宫，但她想要亲自透过这个场合说明，因而拒绝两院议长陪同。她几乎完全没控制脾气，开宗明义直指“下议院这些放肆的人”根本是在“策划谋反”，并将她反对公布继位人选的所有理由再度演述一遍，同时因为上议院在如此愚蠢的议题上支持下议院，女王也出言大加讽刺。
难道我并非生于这个王国内吗？难道我的父母不是吗？我的家国不就在这里吗？我招惹了谁？我又让谁吃了亏？自从上任后，我统治的功绩如何？只有妒忌折磨我。我不需要说太多，我的所作所为不证自明。我早已允诺会结婚，为了个人的名誉，我也绝不会破坏君主公开许下的承诺。因此我再度重申，只要时机适当，我一定会尽快成婚，当然我也希望自己能有孩子，不然我绝不结婚。
对于继位问题，她继续阐述：
在你们之中，从未有过任何一人与我一样，尝过身为备位君主的滋味，或是被自己的姐妹仇视的滋味——我始终感谢上苍让我活到现在！在今日的下议院中，有许多人在我姐姐在位时，曾恶意将我纳入他们谋反计划的一部分。若非我高贵的情操，他们无赖的行为早该公之于世。我绝不容许继位者再面临那样的压力。
继位问题并不简单，“对英国与我都充满了危险。统治者总尊崇达观的人，但我要的是如天使般虔诚的人，就算成为备位君主，也绝不想篡位”。
她坚定地责备议员们的莽撞：应将继位问题，留待她——国家的统治者、“诸位的统治者与领袖”来决定，“以下犯上是极端荒谬的事情”。她只想要说，当她确定不会危及自己时，便是确立王储的最佳时机。
至于这些反抗她的臣子们，她希望这次事件的煽动者能及时悔悟，并公开承认自己的错误。
至于我自己，我重视的并非生死问题，毕竟人都会死，尽管我是个女人，但我与我的父亲有一样的勇气，承担起王者的责任。我是你们最神圣的女王。我绝不会因为任何暴力胁迫而做任何事情。感谢上苍赋予我这些能力，就算我离开了这个王国，也能在任何基督教国家生存下来。
女王这番激烈的发言也许暂且让上议院的态度和缓下来，然下议院却不为所动。当塞西尔在下议院宣读经由他修改的女王演说时，只得到一片静默。三天后，有更多人要求向女王请愿。到了此时，伊丽莎白女王已经受够了下议院的反抗，在十一月九日这天，在女王的命令下，佛朗西斯·诺利斯爵士“宣布女王陛下向议会下达命令，禁止各级议员再兴争议，并接受女王陛下对婚姻的承诺”。
此举引发骚动：国会议员们对伊丽莎白女王高压的态度感到不满，并将女王的行径视为“对议员惯常的法理自由”的侵害，对于议员们试图侵犯她的特权，女王则感到愤怒不已。是年十一月十一日，伊丽莎白女王召见下议院议长，并要求他对下议院议员施压，“他收到女王陛下的特别命令，禁止再针对此事进行相关讨论”。
然而下议院议员们铁了心肠不愿服从。是月底，伊丽莎白女王便知道自己被议员们控制了，他们依然未通过她急需的款项，既然她依然不愿配合，显然议员们也不会听话。她可以选择放弃她非常需要的款项，进而解散国会，也可以选择妥协。这场纷争从原本的继位问题争议，已然转变为王权与国会之间的特权之争，而女王并不想针对这敏感议题与国会一决高下。于是她聪明地停止反抗，勉强让国会成员自由讨论继位问题，才终于获得她急需的款项三分之一。下议院对此感到狂喜又欣慰，甚至因而同意在不讨论继位问题的基础上，马上通过皇室特别补助款法案。然而国会议员却在法案前言，试图加上女王体现结婚的承诺，女王寒着脸看着呈在她面前等待批准的草案，在周围潦草地涂写：“我不知道为什么个人对王国的未来走向，会成为补助款项草案的前言；我也不能理解，在我未许可的状况下，为何有人敢如此大胆无畏，无视我的话！”
随后前言中的条款被慎重地移除了，留在草案中的，只剩下一段简短的话，提及国会诚心希望未来继位问题能尽快解决。此事当然也使玛丽·斯图亚特的希望破灭，她一直期待英国国会能批准她的继承权。
一五六七年一月二日，伊丽莎白女王解散了早已学乖的国会，讽刺地告诉国会议员们：“小心将领导者的耐心消耗殆尽，因为我已经耐心尽失！请将我的惩戒谨记在心，避免更痛苦的打击，也请让我安慰你们沮丧的灵魂。至少我对你们是史上罕见的和善领导者。”
伊丽莎白女王表现得仿佛自己赢了一城，但塞西尔却指出她根本是个输家，他给了女王一份备忘录，上面列举出女王身为领导者并未达成的所有责任：“继位问题悬而不决，婚姻问题无解，危机接踵而来，整个王朝世代迷失方向。”
* * *
一五六六年十一月，玛丽·斯图亚特与许多宫廷顾问讨论摆脱达恩里勋爵的方法，但却成效不彰。两人的婚姻无法宣告无效，因为那会导致儿子詹姆士的合法性堪虑。部分贵族则希望她以叛国罪之名逮捕达恩里勋爵，但她对此却十分犹豫，因为各国使节已抵达苏格兰，准备参加詹姆士王子的受洗大典。如此奢华的天主教圣典，也是苏格兰的最后一次，十二月十七日在史特林城堡正式举办。伊丽莎白女王成为詹姆士王子的教母，并派出贝福德伯爵代表参加，他带来伊丽莎白女王的礼物，一枚纯金的洗礼盘，上面有精致的雕刻再涂上精美的涂瓷釉。但这个洗礼盘做得太小了，伊丽莎白女王觉得应该道歉，于是解释自己不知道小詹姆士竟然长得这么大。至于怒气腾腾的达恩里勋爵，出于怨恨，并未参加儿子的受洗大典。
受洗大典之后，贝福德伯爵带上女主公的另一个口信，那是个令人欢喜的消息，伊丽莎白女王已然允诺扫除任何阻挡玛丽·斯图亚特继位的法令，希望换得玛丽·斯图亚特许下在伊丽莎白在世期间绝不图谋篡位的承诺。
玛丽·斯图亚特此时则开始仰赖玻斯威尔侯爵詹姆士·赫本（James Hepburn，Earl of Bothwell），他在敦巴的城堡是玛丽·斯图亚特在里奇欧秘书遭谋杀时的避难所。他也在敦巴城堡召集了自己的支持者与女王的支持者，一同返回爱丁堡取得胜利。曾有当时人形容玻斯威尔侯爵为“鲁莽危险的年轻小伙子”，但他在短暂旅居法国时学得有教养的态度，则掩饰了他那无情无耻的性格。他是个新教徒，最近刚与善良正直的珍·高登小姐结婚。但珍·高登小姐无法助他登上王位，从此称王的妄想，就成了他追求苏格兰女王背后最大的动力。
玻斯威尔侯爵如此受到女王青睐，自然也招致同侪妒忌，贝福德伯爵则记述道：“他的影响力之大，就连戴维·里奇欧都未受到如此深的厌恶。”
十二月二十四日，达恩里勋爵离开了苏格兰宫廷，去格拉斯哥找他的父亲莱诺克斯伯爵马修·史都华，而玛丽·斯图亚特则正式原谅了杀害里奇欧的嫌犯。显然她正在努力寻求摆脱丈夫的方法，是月，她也在克雷格米勒城堡一次贵族会议中，向梅特兰大使如此透露。
“女王陛下，请让我们来解决此事，如此一来您的恩典必不受辱，并受国会支持。”他真诚地表示。
“没有什么事能污染我的名誉与良知。”女王坚持着。然而在那次会议中，玻斯威尔侯爵与其他贵族，首度试图谋杀达恩里勋爵，但历史上并未留下证据证明玛丽·斯图亚特知情，或同意此事。
冬日来临，达恩里勋爵生病了。皇室消息指出他得了天花，但历史证据看来比较像是梅毒。无论他生了什么病，那都让他衰弱不已，不得不卧床。
但玛丽·斯图亚特与伊丽莎白女王之间的关系，正在走上坡。“我们总希望能以理想的公正性，来带给您好印象，因此得到您珍贵的友谊。”一月份，苏格兰女王写了这样一句话给她的表姑。但两国间脆弱的友好关系，很快便陷入无法挽回的崩毁中。
* * *
一月二十日，因为担心丈夫在苏格兰西部造反，玛丽·斯图亚特无奈地前往格拉斯哥找她的丈夫，说服他一同返回爱丁堡。她的态度是如此热切，并且允诺只要他身体好起来，她将以妻子的身份待在他身边。在苏格兰首都，玻斯威尔侯爵正等着迎接王室男女主人，并带领他们前往玛丽·斯图亚特的行宫柯克欧菲尔德，达恩里勋爵决定在此住下，不愿前往玛丽·斯图亚特提议的克雷格米勒城堡。柯克欧菲尔德最著名的就是清新的空气，位于城墙外一处山丘上，可远眺牛门街，周围则是美丽的花园。现今的爱丁堡大学评议会厅就是达恩里勋爵当年居住的受禄牧师之屋。楼下则有一个女王的房间，女王常前往探望，甚至在他生病痛苦时会在屋里陪他。
这一年一月，玻斯威尔侯爵与摩顿伯爵见面，再度着手策划谋杀达恩里勋爵计划，但这两位爵爷随后都否认涉入此案。玻斯威尔侯爵詹姆士·赫本也与亲人讨论谋刺达恩里勋爵的事。尽管没有证据显示玛丽·斯图亚特知情，然而当时的许多人都认定，当初她就是在玻斯威尔侯爵的建议下，将达恩里勋爵接回爱丁堡。
在达恩里勋爵返回爱丁堡的第一夜，玛丽·斯图亚特与他促膝长谈、玩牌，装作一个乖巧的好太太。达恩里勋爵的父亲莱诺克斯伯爵马修·史都华后来表示，当他前往爱丁堡拜访儿子时，发现儿子变得十分悲惨，急需他人的陪伴与安慰，且仅能从赞美诗中得到慰藉。
二月八日，玛丽·斯图亚特终于宣布愿意核准《爱丁堡条约》，隔天苏格兰特使便出访英格兰。当晚，玛丽·斯图亚特原想在柯克欧菲尔德陪伴达恩里勋爵，但随后又想起，自己答应要参加在荷里路德宫的一场结婚化装舞会。她温柔地与丈夫道再见，在他手里放了一枚戒指作为爱的证明，借着在火把的照明与随从浩浩荡荡地离开了柯克欧菲尔德。
11 危险人物
一五六七年二月十日凌晨两点，爱丁堡市区传出了猛烈的爆炸声响，许多人仓皇来到柯克欧菲尔德宫，却只看到无情的火焰将柯克欧菲尔德宫烧成灰烬，而在果园中则找到身上仅着睡袍的达恩里勋爵与他的随从泰勒的尸体。两人颈上的痕迹显示皆系被勒死：两人显然并非因爆炸而死，爆炸可能只是为了摧毁谋杀的相关证据。许多人认为，达恩里勋爵可能感到不对劲，与仆人一同离家察看，结果在外头遭到攻击。一名年老的邻人曾听到他呼喊：“兄弟，可怜我吧！以怜悯所有人的神之名！”在爆炸声响过后，第一个跑到街上的人是威廉·布雷艾德队长，他是玻斯威尔侯爵的人，随后他遭到逮捕，但他发誓自己只是在附近与朋友把酒言欢。
苏格兰女王当晚也被爆炸声惊醒，当她听闻达恩里勋爵死亡的消息，表示感到震惊与恐惧，并矢言以最快的速度揪出杀夫凶手加以严惩。她同时也认定这个凶手的目的，也是杀害她：若她未前往荷里路德宫参加婚礼，便可能惨遭不测，于是她一点时间也不浪费，随即着手撰写信件给各国皇室，宣布自己“奇迹般”死里逃生。
达恩里勋爵毫无疑问是遭到谋杀：许多人都有陷害他的动机，他的死也让许多人有机可乘。其中最主要的就是女王，她早已不爱达恩里勋爵，而且想方设法要亲自除掉他。她也认为达恩里勋爵有不良企图，最近她甚至向詹姆斯·毕腾大主教（Archbishop James Beaton）抱怨，丈夫企图绑架儿子统治国家。
玻斯威尔侯爵也想害死达恩里勋爵，这样他才有机会迎娶女王，统治苏格兰。他是一个“夸大自负的人，有着难以想象的骄傲、凶恶与虚荣，为了自己的野心，什么事都做得出来”。这是当时的一位人士对他的形容。
还有其他苏格兰贵族，也都十分厌恶达恩里勋爵，在里奇欧死后，这些贵族人士总认定达恩里勋爵背叛了他们。对疑犯的推论，甚至衍生到对苏格兰有非分之想的外国贵族：包括天主教领导者菲利普二世、查理九世与罗马教皇，他们都不希望看到达恩里勋爵的丑闻糟蹋了天主教的风气。相反，伊丽莎白女王则急切地想要在苏格兰扩展新教优势，尽管有莫雷伯爵主导，但达恩里勋爵依然是个障碍。
但对苏格兰与欧洲各地的贵族来说，多数人都认为证据指向玻斯威尔侯爵，而且很快就牵连到玛丽·斯图亚特。
二月二十四日，伊丽莎白女王即将收到来自苏格兰卧底的回报，指出达恩里勋爵之死的背后，比起官方公布的说法有更邪恶的动机，于是伊丽莎白女王从怀特霍尔宫非常紧急地写信给玛丽·斯图亚特。取代以往信件“亲爱的姐妹”的开头，她写道：
女士：
听闻你的前夫遭到令人毛骨悚然又恶劣的手段残杀，让我连耳朵都竖直了，我的心也在颤抖，他是我们共同的表亲，让我难过得几乎无法提笔写下此信；但我仍无法隐藏，自己对你的怜悯多于他的事实。我希望能协助我那信仰虔诚的表侄女与挚友，因此我得叮咛你保持你的傲气，千万不要如多数人说的一样，动手报复那些对你坏的人。我必须规劝你，给你忠告，我请求你将我的话放在心上，未来碰上了任何困境，你便将不致恐惧。我热切地写下此信，并非质疑你，而是出于情感所趋。
法国王太后凯瑟琳·梅迪奇则向她周遭的人表示，玛丽·斯图亚特能摆脱那傻子，简直就是天降的福气，但同时提醒她的前儿媳，若她不尽快找出凶手并加以严惩，法方将视它为污点，并成为她的敌人。
玛丽·斯图亚特积极想要摆脱与此案的关联，下令展开调查，但目击证人具结书都在可疑的情形下节录，甚至有人受到刑求。若同父异母的妹妹遭到推翻，莫雷伯爵便有可能坐上苏格兰王位，他负责统筹这些文件，因此这些证据全都不足采信。玛丽·斯图亚特可能是因为当时健康情形不佳因而变得优柔寡断，在达恩里勋爵死后几周内，也不愿主动对抗那个出现在爱丁堡的匿名公告中被指控为杀人凶主嫌的玻斯威尔侯爵。
达恩里勋爵的父母则陷入极度的痛苦中，不只因为儿子之死，还因为女王对于将罪犯绳之以法，似乎兴致缺缺。伊丽莎白女王将忧郁的莱诺克斯伯爵夫人从伦敦塔中释放出来，并将她交由理查德·萨克维尔爵士（Sir Richard Sackville）照料。唐迪亚哥大使则透露，莱诺克斯伯爵夫人一口咬定，玛丽·斯图亚特“某种程度上一定插手此事”，这都是为了“替她那个意大利秘书报仇”。莱诺克斯伯爵则成功地对玛丽·斯图亚特施压，私下起诉玻斯威尔侯爵谋杀达恩里勋爵，但在一次开庭中证人们因受到恐惧都不愿出席，最后玻斯威尔侯爵在四月十二日遭到无罪释放。
四月二十四日，再度从病中康复的玛丽·斯图亚特，前往史特林探望儿子后返回爱丁堡。玻斯威尔侯爵莽撞又不顾两人的声誉地——但也有可能是在玛丽·斯图亚特同意与事前知情的状态下，因为她拒绝其他人的援救——绑架了她，并将她带往敦巴，并“蹂躏”了她，以此确保玛丽·斯图亚特无法拒绝与他结婚的请求。
在绑架案过后不久，英国的格雷男爵（Lord Grey）带着口讯来访，要告诉苏格兰女王，对于她无法将杀夫凶手正法，反而展现出支持的意味，伊丽莎白女王感到“十分困惑”，“仿佛就如坊间传言般涉入此般罪行”。玛丽·斯图亚特当时被软禁，自然没有接到这个口信。当伊丽莎白女王听闻玛丽·斯图亚特委身于玻斯威尔侯爵时，感到惊愕万分。
六月三日，苏格兰教会因玻斯威尔侯爵与妻子的一名侍女通奸，因而将他逐出教会，同时也宣布他的妻子可合理离婚。此举也让玻斯威尔侯爵得以迎娶玛丽·斯图亚特。五月十五日，两人在荷里路德宫以新教仪式成婚。在那之后，玛丽·斯图亚特曾声称自己别无选择，但许多人认为她行为堕落，因而断定她与玻斯威尔侯爵联手谋害了达恩里勋爵。
伊丽莎白女王对玛丽·斯图亚特的举止深感遗憾，这次与她在艾咪·达德利疑遭谋害时的处理态度大相径庭，在一封写给玛丽·斯图亚特的信件中，她劝道：“女士，我们的友情以成功来维系，但逆境乃真正友谊之试金石，因此我必须说这些话。”她知道玛丽斯图亚特再婚的消息，于是说：
坦白告诉你，我们感到非常遗憾：你怎么会做出如此错误的选择，在如此仓促之下嫁给一个臣子，他除了各种恶名昭彰的缺点外，公众也将你前夫之死怪罪于他，尽管我们知道他侵犯了你，但我们都知道这是他的错。而且你嫁给他是件危险的事，毕竟他还有个合法的妻子，但你们两人却没有合法的子嗣！
你可以无视我们的看法，但我们深感抱歉，无法抱着更好的想法。我们将诚挚地致力于运用各种力量，将任何与贵国臣子为敌的凶手绳之以法，无论你与他之间有多亲密，接下来你都应该小心你的儿子詹姆士王子，保护他就是保护你自己与你的王国。
伊丽莎白女王向伦道夫表示，她“非常不欣赏苏格兰女王的作为，因为实在是太厌恶，因而为她感到羞耻”。而且伊丽莎白女王不支持这段婚姻，还有其他的原因。伦道夫一直以来总不断提醒伊丽莎白女王，“相较起任何人，玻斯威尔侯爵绝对是英国永恒的敌人”。伊丽莎白女王忧心，若满足了他的野心，他可能会煽动玛丽·斯图亚特与英国作对。贝福德伯爵也因此下达指示，“安抚”所有“痛恨玻斯威尔侯爵坐大”的苏格兰贵族。
婚礼两天后，玛丽·斯图亚特已经开始后悔自己的愚蠢，而事实也证明，玻斯威尔侯爵是个不良丈夫，对一些无聊的琐事常感不满，并对其他贵族的势力表现出嫉妒之意。法国大使看出她的忧伤，也听到她寻死的念头；她甚至有一度还想拿刀自残。但是他发现除了心理上的忧伤之外，玛丽·斯图亚特其实抵挡不了玻斯威尔侯爵身体上的诱惑。
苏格兰贵族们无法容忍这段婚姻。好不容易才摆脱了里奇欧秘书与达恩里勋爵，他们根本无法忍受野心勃勃又莽撞无礼的玻斯威尔侯爵来做苏格兰王，于是他们很快便准备要以武力对抗他。冲突于六月十五日发生在卡伯里山。这次起义鲜有溅血，那一天的冲突过后，玛丽·斯图亚特遭到贵族软禁，而玻斯威尔侯爵则逃回敦巴，随后再由奥克尼岛出境逃往丹麦。贵族们向女王保证，他们并不想伤害她，但她随即便发现，自己如同被囚困的重刑犯。
因此她在受到轻视的状况下，哭着回到爱丁堡，而她的臣子们对她的看法则是毫无保留。当她进入拥挤的街道时，人们辱骂她为淫妇、杀夫凶手，甚至有人大喊：“烧了这个贱货！杀了她！淹死她！”
“我要吊死这些人！折磨这些人！”她哭着说，但她的羞辱如此直接。街头更张贴了公告，将人鱼的形象——象征着妓女——加诸她身上，只要有机会便挑衅她。而她的王朝显然已经告终。
在遭到革除王权的两天后，玛丽·斯图亚特被关入位于金罗斯利文湖中岛上的一个城堡中。除了身上的衣服，她一无所有，在她被囚禁后几周内，她便流产失去了一对双胞胎，而且大失血，使得她不得不卧床休息很长一段时间。同时，玛丽·斯图亚特底下的贵族们，正用尽心机激起民众对她的反对声浪，并想方设法要处置她。
伊丽莎白女王听闻此事，对于臣子囚禁女王背后象征的意义感到忧心不已。无论玛丽·斯图亚特做了些什么——伊丽莎白女王对她的行为也深感遗憾，但她个人一点也不怜悯玛丽·斯图亚特——但玛丽·斯图亚特依然是神圣的君主，无论是“本质上或法律上”，人们都必须对她忠诚、服从，而苏格兰贵族们对她的态度，已经开了一个危险的先例。一个女王遭到迫害而放弃王权，这是完全无法想象的事情。更令人警醒的是，在英国也出现了许多为推翻玛丽·斯图亚特喝彩的歌谣。因此让伊丽莎白女王下定决心，要尽可能地努力救援玛丽·斯图亚特。
* * *
六月二十日，玻斯威尔侯爵的一位随从遭到逮捕，并被迫将后来被称为“首饰盒密函”的信件交给了摩顿伯爵。“首饰盒密函”是玛丽·斯图亚特与玻斯威尔侯爵两人鱼雁往返的数封密函，若能鉴定真伪，便能指控女王为杀人帮凶。贵族们则向玛丽·斯图亚特表示，她只能选择接受审判，且“首饰盒密函”定会成为重点证物，或是选择退位，要不然就是与玻斯威尔侯爵离婚。她拒绝接受这些选择，根据她的政敌们转述，她只希望能够搭上小船，与玻斯威尔侯爵一起出行，看看命运将他们带往何处。此时罗马教皇听闻她近来的行为，也在七月二日拒绝未来与她的任何关联。
七月初，伊丽莎白女王再度派遣瑟洛摩顿爵士前往苏格兰，希望能协助玛丽·斯图亚特与贵族达成协定，英方坚持由玛丽·斯图亚特复位。在完成任务后，他同时要求苏格兰方面找出谋杀达恩里勋爵的真凶，并将其绳之以法。最重要的是，他也确定了詹姆士王子的安危，毕竟他对伊丽莎白女王来说，也有王权上的重要性；若有必要，瑟洛摩顿爵士可以将詹姆士王子带回英国，由伊丽莎白女王保护他。瑟洛摩顿爵士曾告诉莱斯特伯爵“这是我政治生涯中最危险的一次出使任务”，他慢慢地朝北走，但随后却被皇室贵族赶上，以女王之名下令要他尽快赶路。
苏格兰的民众受到约翰·诺克斯的煽动，出现反玛丽·斯图亚特情结，同时苏格兰国内对于瑟洛摩顿爵士的干预也十分反感。他们禁止瑟洛摩顿爵士接近玛丽·斯图亚特，苏格兰贵族们甚至表示，若伊丽莎白女王不愿相助，便要处决玛丽·斯图亚特，并与英国断交向法国示好。瑟洛摩顿爵士唯一能做的，就是写一封信给玛丽·斯图亚特，建议她与玻斯威尔侯爵离婚。事情已经到了如此绝境，玛丽·斯图亚特依然拒绝。
苏格兰贵族不同意让詹姆士王子前往英国，现在他们决定要让玛丽·斯图亚特退位，由她的儿子继位。因为小产而使身体羸弱，她根本无力抵抗；然而在七月二十四日，当她被要求签署放弃王位的同意书时，她拒绝了，并要求召开苏格兰国会。林赛男爵（Lord Lindsay）威胁她若不从将割开她的颈项，她才屈从。五天后，她那还在襁褓中的儿子，便在新教仪式中，于史特林加冕成为詹姆士六世。加冕日那一天，利文湖也有疯狂庆祝的活动，而负责看守玛丽·斯图亚特的守卫们，则极尽所能地侮辱她。
七月二十七日，怒不可遏的伊丽莎白女王对瑟洛摩顿爵士下达指令，要他向苏格兰方面表达：“他们在《圣经》中找到什么样的正当理由，可以推翻自己的君主？在基督教王权中，他们又找到什么样的法律，记载臣子可以逮捕自己的君主，软禁君主，甚至还想审判君主？在任何法规中都找不到这样的规定。”若玛丽·斯图亚特是遭到胁迫下位，伊丽莎白女王威胁道：“我们一定会直接采取行动，对付他们，向他们的王权展开报复，为后世子孙立下典范。”
瑟洛摩顿爵士认为（他也曾向莱斯特伯爵表示），若有人试图营救玛丽·斯图亚特，都只会造成她惨遭杀害的命运，但同时也不会有人怀疑，若伊丽莎白女王并未以如此激烈的话语响应苏格兰贵族们对待玛丽·斯图亚特的方式，苏格兰贵族们可能早已将玛丽·斯图亚特处斩。能让玛丽·斯图亚特知道伊丽莎白女王积极为了她的安危着想，瑟洛摩顿爵士感到十分感激，“我想那可怜的女士一定知道”。然而对那些原为英国新教同盟的人士来说，因为伊丽莎白女王的干涉，现在双方关系降至冰点，大战一触即发。
尽管有引发战争的危险，伊丽莎白女王在只有莱斯特伯爵的支持下，依然决定要在此事件上取得胜利，因而无视瑟洛摩顿爵士与塞西尔的请求与警告，这两人希望能与莫雷伯爵保持友善关系，同时对于伊丽莎白女王仿佛着魔般想要使苏格兰顺从的想法，感到警觉不已。对于要求释放玛丽·斯图亚特一事感到不满，伊丽莎白女王决心尽可能地破坏莫雷伯爵建立稳定政府的努力。为了冷落莫雷伯爵，伊丽莎白女王故意召回瑟洛摩顿爵士，以展现自己不认同莫雷伯爵王权的态度。这不仅仅是个策略，但瑟洛摩顿爵士一直努力向伊丽莎白女王解释，莫雷伯爵其实早已手握大权，而大多数的苏格兰人都不希望令王权蒙羞的玛丽·斯图亚特复辟。莫雷伯爵对伊丽莎白女王很反感，也不把她当回事，他如此告诉塞西尔：“尽管贵国女王陛下、你的女主公似乎公开地表达对现况的不满，但我一点也不怀疑，在她心里其实很喜欢现在的状况。”
然而在八月十一日时，伊丽莎白女王因“颈部扭伤造成的疼痛”而大感脾气暴躁，向塞西尔说了“十分具有攻击性的话语”，严厉地斥责他与其他议员们，竟然想不到任何方法，可以协助她为苏格兰女王遭到囚禁一事进行报复，更无法将她救出。塞西尔说了些模棱两可的话后，伊丽莎白女王便开始大吼大叫，表示要对苏格兰宣战，要塞西尔去警告莫雷伯爵，若他与其他苏格兰贵族们继续囚禁玛丽·斯图亚特，或胆敢威胁她的生命与安危，伊丽莎白女王将以身为统治者之名，用最强烈的手段进行报复。当塞西尔试图为莫雷伯爵辩护时，伊丽莎白女王勃然大怒地表示，若有人能包容邻国统治者遭到非法手段推翻，显然对于自己国家的在位者也不抱着尽忠职守的心意。然而塞西尔不为所动，只提醒她若向苏格兰方面威胁宣战，对方可能会故意处决玛丽·斯图亚特。
一周后，英国国务大臣塞西尔十分确定女主公并不真想与邻国开战，阴郁地表示女王的所作所为，有损他过去七八年来好不容易与苏格兰建立的邦谊。尽管她不再表示要兴战，却仍不断谴责莫雷伯爵。塞西尔对她的想法了然于心，他知道女王并不希望让人们认为她对表亲玛丽·斯图亚特抱持着偏见，而且她也为自己担心，害怕臣子胆大妄为以苏格兰事件为师来反抗她。到了八月二十二日，当莫雷伯爵被选为摄政议会议长时，伊丽莎白女王拒绝承认他的正当地位，也不愿承认詹姆士六世为新任苏格兰王。一直到十月份她才冷静下来，直面苏格兰情势已无法挽回的事实。
* * *
六月份，伊丽莎白女王派遣萨赛克斯伯爵前往维也纳的哈布斯堡王朝，将嘉德勋章的殊荣献给马克西米连二世，并一探查尔斯大公的真面目。他送回的报告十分有帮助：查尔斯大公身材修长，留着红棕色的头发与胡髭，“脸部比例均匀，和蔼可亲，肤色也非常健康；他的表情与言语都使人感到愉快，谦恭有礼却仍保有其应有的尊贵；身材比例好，没有畸形或瑕疵；双脚都很干净，比例极佳，有着能和身高匹配的粗细程度”。而且“整个人没有什么让人感到不悦之处”。他能流利地使用四种语言，德文则是他的母语，他在哈布斯堡王朝非常受人崇敬，据说非常聪颖、心胸宽阔又勇敢。深谙打猎之道、骑术、纵鹰猎捕与各种户外活动，萨赛克斯伯爵甚至大赞他的马术。他非常聪明，教育程度极高，而且非常富有，生活在“尊荣与尊贵之中”。
