两国联姻协商成功唯一的绊脚石就是宗教问题了，就算是为了取悦伊丽莎白女王，查尔斯大公也不愿改信。只是哈布斯堡王朝君主已经准备让步：只要伊丽莎白女王的态度软化，让他弟弟除了公开陪伴她参加圣公会礼拜外，可以私下参与弥撒仪式，如此一来，查尔斯大公就绝不会做出任何破坏英国国教的事情，同时也愿意马上迎娶伊丽莎白女王。到了十月，萨赛克斯伯爵写信给伊丽莎白女王，呼吁她接受这个条件，同时私下寄给塞西尔一个纸条：“各界的看法是，若女王陛下在他的宗教争议上不愿满足他，那就代表她绝对不想接受这件事。”
因为此事的高度争议性，伊丽莎白女王转向枢密院寻求意见。塞西尔与诺福克公爵都倾向接受对方的妥协，但莱斯特伯爵认为女王成婚将毁了他的一切，而北安普敦侯爵、潘布鲁克伯爵与佛朗西斯·诺利斯爵士均反对。尽管知道不能再拖太久，必须给查尔斯大公一个答案，但伊丽莎白女王依然无法下定决心，几周来，枢密院中的反对派一直抗争，想让女王接受他们的观点。至于在维也纳方面，让萨赛克斯伯爵感到愤怒不已的，就是莱斯特伯爵用尽心机——“完全不讨人喜欢”——破坏联姻计划，包括策动积极派的新教神职人员强烈反对，不让信仰天主教的查尔斯大公接近圣坛。
最终莱斯特伯爵获得了胜利。十二月十四日这天，伊丽莎白女王亲自结束了长达八年的联姻协商，写信给萨赛克斯伯爵，表示让查尔斯大公私下进行他的宗教仪式，完全违背了她的道德观及宗教统一的政策。就算她个人答应了，英国国会也不一定会愿意，在没有国会的背书下，她绝不会一意孤行。塞西尔、诺福克公爵与萨赛克斯伯爵的希望也到此告终，而他们将令人失望的结果全都怪罪到莱斯特伯爵身上，同时也预见“伊丽莎白女王终身不婚可能带来的损害”。哈布斯堡王朝君主也感到“震惊不已”，同时拒绝伊丽莎白女王对查尔斯大公访英讨论宗教事宜的要求——她也已经料到他会拒绝——沮丧的萨赛克斯伯爵则交出嘉德勋章，展开了返家的长途旅程。
做出了这样的决定，可说是伊丽莎白女王十分睿智的举动，这一决定让英国不致陷入宗教纷争，降低了造反的可能性与内战。她绝对没有忘记，当她的姐姐要嫁给西班牙的菲利普国王时，英国民众是如何群情激愤地反对，同时她也非常清楚，过去十年来，民众对宗教的态度变得更坚定。她希望臣子们能清楚知道，她绝对不会做出任何违反他们的爱与忠诚的事，也绝不会让国家法律遭到破坏，就算是她的丈夫也不行。
与哈布斯堡王朝联姻协商破局，恰好碰上英国与西班牙间关系降至低点，起因是直言不讳的格洛斯特主教约翰·曼（John Man，Bishop of Gloucester）说出了不恰当的话；当时伊丽莎白女王派他担任西班牙大使，他抵达西班牙后便公开诋毁天主教信仰与罗马教皇，同时警告女主公伊丽莎白女王“避开黑暗的力量”。伊丽莎白女王紧急将他召回后，在菲利普国王的坚持下，一五六八年春天后，她便没有再派使者前往西班牙宫廷了。唐迪亚哥大使也在同一时间被召回，由仇视英国的德·斯佩斯（Don Guerau de Spes）取而代之。
尼德兰方面也发生严重的冲突，过去数十年来，菲利普国王的许多臣子，尤其在北部地区几省，纷纷改信宗教改革后的新信仰，对独裁专横的统治者菲利普国王的不满情绪逐渐上升。天主教会遭到亵渎，哈布斯堡王朝的许多官员纷纷受到攻击。在受到法治与秩序崩解的威胁之下，菲利普国王派出所向披靡的亚尔瓦公爵（Duke of Alva）领着五万精兵，前往镇压反叛军。但任务执行的效率极差，西班牙军队就这样驻扎在布鲁塞尔不动，几乎就在伊丽莎白女王管辖区的大门口，为英国带来极大的威胁。
伊丽莎白女王自然是倾向新教反叛军那一边，其领袖奥兰治亲王“沉默者威廉”（William the Silent，Prince of Orange）逃亡到德意志，但因为西班牙驻军离英国实在太近，伊丽莎白女王始终不敢响应他们的求助。英国国内出现恐慌情绪，许多人认为亚尔瓦公爵很快就会接获命令入侵英国，然而菲利普国王依然盼望伊丽莎白女王改信天主教的希冀并不是秘密，若他决定强行逼迫，也不是不可能。伊丽莎白女王因此紧急下令加强英国海军边防——这是她面对西班牙大军唯一的保护。
* * *
一五六八年三月，在莫雷伯爵与塞西尔定期通信之下，英国与苏格兰之间的关系缓和不少，伊丽莎白女王于是向莫雷伯爵建议，由她出面向囚禁了玻斯威尔侯爵的丹麦王请求，将囚犯释回苏格兰，接受达恩里勋爵谋杀案的审判。
长久以来，伊丽莎白女王一直垂涎着玛丽·斯图亚特的珠宝，尤其是其中有一条以六条项圈串成的大珍珠项链。于是在接下来的一个月中，伊丽莎白女王委托莫雷伯爵出面，并以超出法国王太后凯瑟琳·梅迪奇所开的价钱，用一万两千埃居[1]购得这一批珠宝收藏。五月一日，珍珠项链抵达英国，伊丽莎白女王掩饰不住兴奋之情，向莱斯特伯爵与潘布鲁克伯爵炫耀。这串珍珠项链后来于许多伊丽莎白女王的宫廷画像中都可见到。
五月二日，玛丽·斯图亚特逃离了利文湖。苏格兰地主的弟弟乔治·道格拉斯（George Douglas），“幻想与玛丽·斯图亚特坠入爱河”，在五月节庆典的掩护下，安排一位仆人偷取了地主的钥匙，并为囚犯玛丽·斯图亚特伪装，仓促地送上在岸边等候的船只。接着道格拉斯护送玛丽·斯图亚特前往汉弥尔顿宫，与几名苏格兰贵族及六千名反叛军会合。当伊丽莎白女王听闻此事，亲手写了一封信恭喜玛丽·斯图亚特，并提供协助与支持。
但事情并不顺利，五月十三日，玛丽·斯图亚特的反叛军，在雷克塞德遭到莫雷伯爵的精兵击退，仓皇中，她知道什么都没了，只好从战场上逃离。她花了三天三夜的时间轻骑往南逃，甚至剪掉头发避免被认出来，仅靠着牛奶与燕麦过活。五月十六日，她终于穿越索尔韦湾逃出苏格兰，来到卡门伯兰沃京顿，希望能得到英国的庇护，并宣布由伊丽莎白女王来保护她的安危。怀着苦涩的报复情绪，她急需一支军队驰援，让她永远战胜敌人。
英国政府方面却不知道该如何处置她，面对这个不受欢迎的访客，他们只好先将她软禁在卡莱尔，等待伦敦方面的指示。她的到来，为英国政府未来二十年的运作，造成了进退两难的僵局。
伊丽莎白女王坚持，玛丽·斯图亚特应随即重新登基为王。但塞西尔认为协助一个多年来遭到臣子算计反叛的女王，是一件愚蠢的事情。无论如何，玛丽·斯图亚特都是英国的敌人，政治上也并非无害，应随即将玛丽·斯图亚特送回苏格兰。但伊丽莎白女王反驳，表示这样做等于是将玛丽·斯图亚特推入绝境——她绝对做不出这样的事情。
到底要怎么处置玛丽·斯图亚特，是一个棘手的问题，伊丽莎白女王能做的每一个选择背后都有危机。她最不想做的事情，就是以玛丽·斯图亚特之名与苏格兰开战，她觉得最有利的状况，就是协助玛丽·斯图亚特与苏格兰贵族之间和解，这样对英国最有利。若将玛丽·斯图亚特送往法国或西班牙，更是一件愚蠢至极的事情，但若伊丽莎白女王让她在英国自由活动，她将可能成为英国境内天主教反抗势力的灵魂人物。伊丽莎白女王非常清楚，无论在英国境内或国外，有一批信仰旧宗教的人认为玛丽·斯图亚特比她还要适合统治英国，尤其是在倾向天主教信仰的英国北部，玛丽·斯图亚特在这里深耕多年，得到不少支持，这些人因为她逃到英国来而不禁欢欣鼓舞。见过她的人都为她的美貌与魅力痴迷，当然还有她那说服人心的力量。因此，英国方面不需要太多想象，也知道她早已成为复仇与篡位的原动力，而英国方面始终忧心，菲利普国王可能从尼德兰调兵遣将来到英国支持玛丽·斯图亚特。
最终伊丽莎白女王决定，不将玛丽·斯图亚特关入大牢，但以“上宾”之名将她有尊严地软禁，并严加看守。“我们的女王陷入进退维谷的境地”，马修·帕克大主教如此表示。伊丽莎白女王派遣佛朗西斯·诺利斯爵士前往卡莱尔迎接玛丽·斯图亚特，并设法控制她。他表示还不能把玛丽·斯图亚特带到女王跟前，“因为有关她犯下谋杀罪的传闻尚未澄清”：在玛丽·斯图亚特未正式摆脱谋杀达恩里勋爵的污名前，未婚身份的伊丽莎白女王不能见她，也不能在宫廷里迎接她。听闻此事，玛丽·斯图亚特不禁哭了。
伊丽莎白女王曾提出承认玛丽·斯图亚特为苏格兰女王的意见，同时以君主的对等地位迎接她的看法，但这样的说法很快就被枢密院推翻，枢密院方面无法理解她为什么考虑要以一个从未放弃谋夺英国王位的天主教女王来作为邻国君主，取代对英国友好的新教领袖。伊丽莎白女王写信给玛丽·斯图亚特，向她解释这个决定：“若你觉得无法见我是一件奇怪的事，请你记得，在你恢复清白以前，接见你对我来说是一件不合适的事情。但只要你能够恢复尊严与清白，我以神之名向你发誓，我要做的第一件事（见你），绝对能让我感到欣喜不已。”法国使者冷淡地看着这一切，认为只要让这两个女王见面，两人一定会在一周内因妒忌而作对。他认为伊丽莎白女王根本不希望玛丽·斯图亚特接近她。
听闻玛丽·斯图亚特连更换的衣裳都没有，伊丽莎白女王表示要提供一些生活必需品给她，于是要诺利斯爵士顺便带上一箱衣物。但诺利斯爵士却觉得很没面子，因为里面装着的是“两件破损的直筒连衣裙，两条黑色天鹅绒裙衫，两双鞋子，此外什么也没有了”。为了掩饰自己的尴尬，他只好告诉玛丽·斯图亚特，“女王陛下的侍女搞错了，送成给侍女用的东西”。事实上，伊丽莎白女王亲自挑选了这些东西，故意暗示玛丽·斯图亚特，她现在只能仰赖英国的救济；随后诺利斯爵士并未回信表达玛丽·斯图亚特的感激之意，而伊丽莎白女王甚至还写信给表侄女，问她喜不喜欢她帮她选的衣服。
对于伊丽莎白女王的“冷处理”，玛丽·斯图亚特在六月十三日生气地回信：
女士，若你认定我为了保命才来到这里，请将心中这样的念头抹去，我来到这里是为了证明我的清白，也希望你能助我一臂之力，以惩戒那些中伤我的人；我不会与他们平起平坐，我是来到你的面前指控这些人。感谢上帝，我非常确定自己的清白无辜，你将我监禁于此，简直是大错特错，而这不也正是鼓励我那些背信弃义的敌人，继续坚决地走在错误的道路上吗？我不会也不愿承认他们的污蔑，然而在你面前，以朋友的身份，我非常乐意证明自己的清白，但我绝不要透过我的臣子们进行辩驳。
* * *
除非伊丽莎白女王愿意接见她，否则她当然也无法自我辩护，于是在挫折的情绪之中，她从暴怒转为偶然爆发的哭泣，在哭泣中，她则不断抱怨自己受到“邪恶的对待”。枢密院对此并不感到意外，六月二十日，枢密院方面支持伊丽莎白女王拒绝接见玛丽·斯图亚特的决定，表示女王不能“让玛丽·斯图亚特在未受审的情形下离开”。当然，英国法院没有审判他国君主的制度，因此伊丽莎白女王下令进行政治调查——“以证明玛丽·斯图亚特的清白”，事实上这就如同刑事法庭一般，只是不以刑事法庭为名。主要的目的，是为了厘清在达恩里勋爵谋杀案中，玛丽·斯图亚特是否涉案，同时也要了解她是否够格恢复女王地位。六位英国侯爵被钦点为调查小组组员以检视相关证据。女王宣布亲自担任玛丽·斯图亚特与苏格兰臣子之间的仲裁。
在一封致玛丽·斯图亚特要求她声明自己清白的信件中，伊丽莎白女王写上：“噢，女士！这世上再也没有人比我想知道调查结果，或比我更加渴望听到调查结果还你清白与尊严。”只要能确定玛丽·斯图亚特的清白，她一定会——她允诺——随即在宫廷中接见她。
但目前为止，玛丽·斯图亚特总算顿悟，充其量她也不过是表姑的阶下囚。当他人告知她调查结果悬而未决时，她气愤地表示，身为一国之君，只有神能审判她：“我已经知道这一切是如何陷害我。在我与我的女王好姐妹之间，有太多敌人，他们协助那些叛乱分子，设法将我与我的好姐妹分开。”在这里面其实有相当程度的事实，但玛丽·斯图亚特坚信，展开调查是伊丽莎白女王帮助她重回王座的方法；更重要的是，因为伊丽莎白女王告诉玛丽·斯图亚特，调查工作是为了了解莫雷伯爵对王权的行事与态度，同时承诺，若调查结果并非对莫雷伯爵与他的同党不利，绝不会轻易进行审判。
六月二十日，英国枢密院明确地建议伊丽莎白女王反对任何有助于玛丽·斯图亚特东山再起的举措。她却不愿听从：她已经答应过玛丽·斯图亚特，也会信守承诺。臣子不能恣意反对王权。但她背负着沉重的压力，于是在一封信中，她向玛丽·斯图亚特请求：“请站在我的立场想一想，不要总是以你自己为中心。”
七月份，玛丽·斯图亚特被送往约克郡的博尔顿城堡，这也将是她未来的居所。博尔顿城堡距离苏格兰与伦敦距离都够远，不会引起太大的安全疑虑。玛丽·斯图亚特在博尔顿城堡中过着女王般的生活，甚至还能享受打猎的乐趣，但她身边依然有重兵看守，佛朗西斯·诺利斯爵士就是“东道主”。失去自由让她暴怒，随之而来的眼泪与脾气则让诺利斯爵士难以招架。
此时，苏格兰出现团结的“女王党”，其中两名成员，哈里斯勋爵（Lord Herries）与罗斯郡主教（Bishop of Ross）干脆直接前往英国，为玛丽·斯图亚特的案子辩护。“若玛丽·斯图亚特在我这个亲爱的表姑与好友的审理之下得到赦免，”伊丽莎白女王告诉哈里斯勋爵，“我会派人联络反叛她的人士，了解他们推翻女王的原因。看看他们是否说得出充分理由，但我想不可能，这样一来，我就能协助玛丽·斯图亚特重新登基，但条件是她必须放弃对英国王位的觊觎，断绝与法国结盟，取消苏格兰的弥撒仪式。”这些条件非常严苛，然而伊丽莎白女王承诺的一切十分明确，玛丽·斯图亚特则身在绝境中。七月二十八日，她同意“以感谢的心情向伊丽莎白女王陛下和盘托出”。但她并不知道，各界都认为她为了自己不该随便发言。而且她也不知道，九月二十日时，伊丽莎白女王再三向莫雷伯爵保证，她并非要助玛丽·斯图亚特东山再起，尽管相关报告显示了相反的迹象。在这样的大前提之下，她同意参加了。
十月四日，此案正式在约克开庭审理。伊丽莎白女王向调查小组专员下达指令，若条件对英国有利，就要助玛丽·斯图亚特复位。但让她最感心烦的，就是除了了解莫雷伯爵主要的企图就是不让玛丽·斯图亚特返回苏格兰外，漫天无尽的阴谋论与延期，却一事无成。因为莫雷伯爵无法如他最初所保证的，可以证明玛丽·斯图亚特秘密参与了谋杀案来制造“严厉的指控”，因此在伊丽莎白女王的怒气与女王再三保证“若证据够有说服力，将不会再就玛丽·斯图亚特复位一事施压”的刺激下，他终于拿出了“首饰盒密函”存在的秘密。他的目的，在这个紧要关头，就是要用首饰盒密函来对付玛丽·斯图亚特——事实上，这就是玛丽·斯图亚特案中，指控她最主要的证物了。但接下来就出现一个问题，而这个问题至今已被问过无数遍：这些证据是假造的吗？
首饰盒密函于一五八四年失踪，现已不存在，但却有九件复制品出现在不同的数据库中。原始的信函有八封，据传是玛丽·斯图亚特与玻斯威尔侯爵两人鱼雁往返的信件、十二首法文十四行诗翻译，以及没有日期却答应嫁给玻斯威尔侯爵的承诺。这些信件都放置在一个约长三十厘米的银盒中，上面还篆刻着“F”字样，代表法国国王弗朗西斯二世，可能就是现在于苏格兰莱诺克斯罗浮宅邸展出的那个银盒。摩顿伯爵表示，这个首饰盒在爱丁堡佩特罗一处宅邸中被人发现，此后有关这些信件的真伪，引发无数冲突与矛盾。有些人认为，尽管这些信件为真，但苏格兰贵族却刻意在其中增添了罪恶的一面。也有人表示，这是其他侍女写给玻斯威尔侯爵的情书。但这些推论都并未用来为玛丽·斯图亚特辩护。当莫雷伯爵在庭上提出这些充满争议的文件时，他坚持这些信件是玛丽·斯图亚特的亲笔字迹。尽管玛丽·斯图亚特对此否认，而她想要亲眼看看信件的要求也不被允许。许多现代的历史学家因此认定，首饰盒密函是假造的，背后的目的就是要将她定罪。但若这些信件为真，那就是玛丽·斯图亚特谋杀达恩里勋爵的铁证。
诺福克公爵亲眼看过这些信件，他毫不怀疑背后执笔的人是谁；事实上，信件内容实在让他太过惊愕，他还因而写信给伊丽莎白女王，表示“玛丽·斯图亚特与玻斯威尔侯爵之间的爱情十分放纵，她非常厌恶与痛恨那被她谋杀的丈夫，痛恨的程度，到了连对神最虔诚的好人也会憎恶的地步”。鳏居已久的诺福克公爵在一次打猎出游时，对于威廉·梅丹德建议他可考虑娶玛丽·斯图亚特，也甚感震惊，尤其是因为他身为委员会主席的关系，必须宁死不屈。诺利斯爵士则认为结婚可能是控制玛丽·斯图亚特的好方法，但在法国大使与塞西尔的密探警告下，伊丽莎白女王却不这么认为，同时责令诺福克公爵提起这个话题。
“我怎么会想娶一个这么奇怪的女人，这样一个恶名昭彰的荡妇与杀夫凶手？”他反驳。
我喜欢睡得安稳。在女王陛下的恩惠下，我认为自己就和她一样，是自己的地盘上英国诺里奇的好贵族，只是她是在苏格兰。我知道她总是觊觎女王陛下的王冠，我知道自己若与她成婚，女王陛下肯定会指控我图谋您的王冠与项上人头。
至此，伊丽莎白女王的态度显得和缓许多，再也没有人提到有关婚姻的问题。然而在诺福克公爵的心中，却已悄悄种下一颗野心的种子。
当伊丽莎白女王拿到首饰盒密函副本时，她表示自己坚信这些信件是真的，并表示“信件内容提到许多不堪入耳，且非常容易便能将玛丽·斯图亚特定罪的事证”。然而调查委员会缺乏进度，加上诺福克公爵忠诚度堪虑，伊丽莎白女王一怒之下终止调查，移往西敏区由莱斯特伯爵、塞西尔与其他枢密院成员进行——这些人多数与玛丽·斯图亚特没有私交——作为新的调查委员。在此同时，塞西尔呼吁将玛丽·斯图亚特移往位于以新教为主的英国中部地区戒备更森严的特伯利城堡，但伊丽莎白女王却犹豫不决，她希望保有玛丽·斯图亚特依然是英国皇室上宾而非得以重兵戒备的囚犯的形象。尽管塞西尔说得有道理，但就连莱斯特伯爵也无法说服她。
虽然接受了英文祈祷经，但玛丽·斯图亚特依然维持虔诚天主教徒的身份，而且——为了驱散她近来的不幸——她甚至告诉菲利普国王，愿意为宗教舍身。新任西班牙大使德·斯佩斯与他的主公都十分担心玛丽·斯图亚特的安危，于是在十一月九日决定采取行动，联络了玛丽·斯图亚特在英国的支持者。然而他们却高估了她的支持者。在未来几年内，许多天主教强权国家也不断犯下同样的错误，德·斯佩斯意图推翻伊丽莎白女王好让玛丽·斯图亚特坐上英国王位，他相信安排玛丽·斯图亚特逃亡或起义反抗伊丽莎白女王将是易如反掌的事。
显然从踏上英国国土的那一刻起，玛丽·斯图亚特便已在盘算如何打倒伊丽莎白女王。她向诺利斯爵士表示自己并不想惹更多麻烦，但通过审查与检察她的通信，枢密院与莫雷伯爵都怀疑她并未说实话。九月份时，她曾向西班牙王后表示，只要有菲利普国王的协助，她一定可以将英国“变成我们的王权势力范围”；但当时菲利普国王对她的行为过于震惊，无法仔细考虑介入。大约是在此时，了解玛丽·斯图亚特反抗她绝不会手软后，伊丽莎白女王才确定地向莫雷伯爵保证，审判结果将会以首饰盒密函的内容为主，以作为宣布玛丽·斯图亚特是否有罪的基准。
当西敏厅于十一月二十五日进行审判时，伊丽莎白女王本人正在汉普顿宫中。隔天，莫雷伯爵以谋杀达恩里勋爵之名起诉了玻斯威尔侯爵，而玛丽·斯图亚特则是因事先知情而有罪。而支持玛丽·斯图亚特的委员会成员则要求，针对此控诉让她亲自答辩。十二月四日，伊丽莎白女王同意此举合理，但同时表示“为了让她更称心”，莫雷伯爵应先提出他手上的证据。接着尽管玛丽·斯图亚特一直强烈地坚持首饰盒密函为假造的，同时宣称要模仿她的字迹非常容易，但伊丽莎白女王拒绝玛丽·斯图亚特提出任何证据为自己辩护。而且也不同意让玛丽·斯图亚特看这些信件。伊丽莎白女王宣称，若要玛丽·斯图亚特提供证据，简直就是亵渎了她，但事实上，她是不希望她那美丽有吸引力的表侄女有机会公开宣称自己无辜，借以赢得人心，否则就难以将首饰盒密函当作有利证据。
十二月六日，代表玛丽·斯图亚特的委员们退出调查委员会。看来就连他们都无法完全确定女主公是无辜的。到了十二月七日，莫雷伯爵再度指控玛丽·斯图亚特为杀人犯，也是首饰盒密函的作者，为了达到轰动的效果，委员会成员接下来几天都在用玛丽·斯图亚特的真迹，进行笔迹比对。玛丽·斯图亚特则不断哀求要看这些首饰盒密函，但她的请求一直被拒。伊丽莎白女王多次表示，她得以正式以信件方式，为那些针对她而来的指控答辩，但她始终拒绝，并要求伊丽莎白女王先承诺，调查结果无论如何都要以无罪作结。这件事，毫无疑问，当然不可能。
英国方面的调查委员会与枢密院，无条件一致认定首饰盒密函是真迹，主要的论点，在于内容包含许多“除了玛丽·斯图亚特本人外，鲜少有人能杜撰出来的重要信息，且信件中讨论到除了她与玻斯威尔侯爵之外，别人都不知道的谈话内容”。至于要如何处置玛丽·斯图亚特，委员会成员意见便陷入分歧。伊丽莎白女王最不希望的就是让她的表亲沦为杀人凶手，但她认为玛丽·斯图亚特有必要面对遭废位的事实，在英国隐姓埋名安静度过余生，于是要求诺利斯爵士去说服玛丽·斯图亚特。另一个选择，就是让玛丽·斯图亚特与詹姆士六世一起共同统治苏格兰，而莫雷伯爵则担任摄政王。这样一来，玛丽·斯图亚特依然是苏格兰名义上的女王，只是必须永远住在英国，而莫雷伯爵则以她之名行统治之实。
十二月十四日，伊丽莎白女王召集了枢密院与各级贵族到汉普顿宫，聆听调查委员会宣读公报，同时一同检视首饰盒密函。对于能了解调查行动的详细情况，贵族们纷纷向伊丽莎白女王表达感激之意，“他们认为这起案件十分重大，他们打从内心认为只有女王陛下的地位能够仲裁”。玛丽·斯图亚特犯罪的事实如此显而易见，伊丽莎白女王绝不能在宫中接见她。但若她没有提出反驳，也不能直接宣判她有罪，更何况除了在伊丽莎白女王面前外，她坚持拒绝辩护——当然也一样不可能。
一周后，伊丽莎白女王依然因首饰盒密函带来的冲击感到心烦不已，除此之外，她以前的导师罗杰·阿谢姆也去世了，随后她派出委员会成员，向玛丽·斯图亚特详细报告调查结果，并带上一封伊丽莎白女王的信，通知她：“身为一个国家的统治者，也是你最亲近的表亲，对于发现你的罪行，我们感到由衷的抱歉与沮丧。”同时给予玛丽·斯图亚特最后一个答辩的机会，但玛丽·斯图亚特却没有回应。
由于英国民众对玛丽·斯图亚特的反弹实在太强烈，以致伊丽莎白女王无法宣布她无罪，当然她也不希望曾为一国女王的玛丽·斯图亚特面对审判的公断，于是在一五六九年一月，调查委员会公布了唯一可能的判决结果——那就是没有任何事证对玛丽·斯图亚特不利。但玛丽·斯图亚特则拒绝承认任何司法调查判决结果。
然而伊丽莎白女王依然不敢还她自由：她的威胁性实在太大，就算被俘下狱，伊丽莎白女王都能隐约感觉到，英国境内的天主教徒已然开始将玛丽·斯图亚特当作他们的意见领袖。至于对玛丽·斯图亚特本人来说，此刻她对英国女王头衔的兴趣，俨然胜过了恢复苏格兰女王地位。
“苏格兰女王，”塞西尔提醒伊丽莎白女王，“现在是，而且也一直都是，威胁您的地位最危险的人物。”
[1] 埃居（法文：écu）是法国古货币的一种。五法郎的银币称为一埃居。——编者注
12 徒然的叫嚣
在一五六八与一五六九年间的冬天，诺福克公爵叛意越来越浓，尤其在萨赛克斯伯爵离开后，他似乎再也没有阻碍，萨赛克斯伯爵被指派为英国北郡议会主席，不得不听命于曾追求伊丽莎白女王的阿伦德尔伯爵亨利·菲查伦。加上几位英国北部的天主教贵族人士，包括诺森伯兰伯爵与德比伯爵，都希望包括塞西尔与莱斯特伯爵等这一群强硬派的异教徒能够被逐出枢密院，这些人近来已逐渐走向极端新教主义，成为俗称的清教徒。
十一月时，因为塞西尔的策划，英国成功地从西班牙船舰上偷取了八万五千英镑——这是菲利普国王向热那亚的银行家商借，用来支付亚尔瓦公爵麾下士兵的钱——以救助贫困的南安普敦，使得英国与西班牙间的关系更趋恶化。一五六九年一月，伊丽莎白女王不但没有将钱还给西班牙，在缺乏资金的状况下，她无礼地表示要将这笔钱没收充公，并表示她会将钱直接还给热那亚的银行家。有一段时间，各界都十分忧心，菲利普国王一气之下将以此意外作为借口向英国宣战，但诺福克公爵与阿伦德尔伯爵，则在西班牙大使德·斯佩斯的支持下，尽可能地让塞西尔背负英国与西班牙交恶的责任，希望能尽快打倒塞西尔，让他沦落成伦敦塔的囚犯。
几周内，因为得知塞西尔仍然想方设法要阻止他与女王结婚——虽然这么多年过去了，这个指望早已变成不实际的妄想——莱斯特伯爵就成了这项阴谋的共犯。尽管诺福克公爵与阿伦德尔伯爵十分厌恶他，但仍无法拒绝他的支持，因此有一段时间，这三个男人间的关系相当和平。
然而，菲利普国王不但没有向英国开战，反而只是下令要驻扎在尼德兰的军队羁押英国船只与财产。他认为在与英国正式开战前，让荷兰方面的臣子再度归顺才是主要任务。
一五六九年一月份，玛丽·斯图亚特终于移监特伯利城堡。这是一个位于英国斯塔福德郡一处残破不堪又阴森的城堡，玛丽·斯图亚特对此自然是非常不情愿。在接下来十五年间，这份工资过低又负荷过重的严密看守职务便都是交由第六代士鲁斯柏立侯爵乔治·塔伯特（George Talbot，Sixth Earl of Shrewsbury）来执行。他的夫人就是可怕的伊丽莎白·卡文蒂希，也就是历史上鼎鼎大名的“哈维克的贝丝小姐”。尽管贝丝小姐多次与伊丽莎白女王起冲突，伊丽莎白女王依然相信士鲁斯柏立侯爵。玛丽·斯图亚特与这两人相处愉快，甚至亲手制作礼物给贝丝小姐，并以她“那有说服力的语调、考虑周到的脑袋、不屈服的勇气与开阔的心胸”将恪守清规的士鲁斯柏立侯爵迷得神魂颠倒。英国枢密院于是警告他“千万别让她控制了他，甚至协助她逃亡”。塞西尔对玛丽·斯图亚特的诡计特别戒慎恐惧，他打从心底认定“就算这对夫妇在来到她身边前非常厌恶她，只要她靠着绝对的机智与甜言蜜语，就有可能扳回一城”。
伊丽莎白女王本人对玛丽·斯图亚特没有什么耐性，只能以女王身份面对她。她对玛丽·斯图亚特的人格评价极低，当女王发现法国大使认为“苏格兰女王的语调与外貌肯定有其非凡之处，才能让她的敌人都为她辩护”，她感到十分不悦。
而在士鲁斯柏立侯爵的照顾下，玛丽·斯图亚特得以在他于英国中部的各处居所轮流居住：特伯利、温菲德、查兹华斯与谢菲尔德城堡。一五六九年，士鲁斯柏立侯爵承认自己无法抵挡玛丽·斯图亚特的魅力，将他对玛丽·斯图亚特的印象留下给后世子孙：“她除了是一个好人外，事实上和我们的女王无法相比，两人同样都有十分诱人的优雅仪态，但她有悦耳的苏格兰口音，在温暖动人的特质下，包装着洞悉人心的智慧。也许有些人会在名望的驱使下为她解围，而一起获得荣耀的氛围可能会扰乱他的心，为她冒险。”他非常清楚，玛丽·斯图亚特“能如何影响人心。她留着一头黑发，但诺利斯爵士却说她的发色多变”。
受到英国与西班牙关系恶化的消息鼓舞，这一年的一月，玛丽·斯图亚特与德·斯佩斯大使联络，表示放弃苏格兰王位简直就是要她的命，同时允诺“若你的主公能助我一臂之力，三个月内我定能成为英国女王，全国各地都将响起弥撒曲。”德·斯佩斯大使一五一十地转述了玛丽·斯图亚特的话，同时请求菲利普国王在尼德兰海域下达英国船只禁运令，只是这个海域的贸易利益之大，此政策从推出之际便注定要失败。
紧接着，在瑟洛摩顿爵士的推动与莱斯特伯爵的支持下，让玛丽·斯图亚特与诺福克公爵结婚，婚后随即让玛丽·斯图亚特复辟为苏格兰女王的策略再度浮上台面。唯一的条件是，玛丽·斯图亚特必须同意保留苏格兰的新教信仰，并与英国交好。只要玛丽·斯图亚特与诺福克公爵成婚，也就能说服伊丽莎白女王将玛丽·斯图亚特预立为王储，继位问题就此解决；而玛丽·斯图亚特也将不再是天主教反抗军的焦点人物，同时英国与西班牙间的邦谊也可望恢复。但塞西尔是这个计划最大的绊脚石，这也是诺福克郡公爵与阿伦德尔伯爵组成的派系希望能逼他离开的原因。目前为止，他们对付塞西尔的阴谋计划，已经得到许多英国北郡贵族与西班牙大使德·斯佩斯的支持，但无论如何，德·斯佩斯大使一直都是个祸根。
显然，让玛丽·斯图亚特与诺福克公爵成婚的计划并未得到伊丽莎白女王的首肯，尽管此计划的细节曾透过贵族联署的一封信与玛丽·斯图亚特沟通过。另外还有莱斯特伯爵，他肯定知道自己正走在一条危险的不归路上。但历史证据显示，对诺福克公爵怀疑已久的伊丽莎白女王，显然猜到了他们的计谋，但她决定在表态支持或谴责之前先静观其变。
到了二月，一位佛罗伦萨银行家罗伯特·理达费（Robert Ridolfi）来找德·斯佩斯大使。事实上是诺福克公爵与阿伦德尔伯爵派遣他前来当说客，盼望西班牙方面能支持这个计划。理达费告诉西班牙大使德·斯佩斯，他们希望在适当的时机下，重新建立英国的天主教政府。显然他们希望能得到亚尔瓦公爵军力的支持，但当他们发现这仅是奢望后，便渐渐了解赶走塞西尔的计划难以成功。
这个计划一片灰暗的前景，让他们陷入绝望之中。于是在圣灰日这一天，正当女王在晚餐时间于谒见室接见他们时，莱斯特伯爵大胆地告诉伊丽莎白女王，因为国务大臣的领导技巧不佳，因此多数的臣子都为国家事务感到忧心不已，再这样下去，若非英国面临危机，就是塞西尔可能得人头落地。对此，伊丽莎白女王爆发了一阵怒气，禁止莱斯特伯爵再说出任何反对塞西尔的话，同时明确表示，无论如何都无法改变塞西尔在她心中忠心耿耿的形象。
当时也在场的诺福克公爵跟着加入争论。他向女王表示，许多贵族对塞西尔都抱持着与莱斯特伯爵一样的看法。此刻，伊丽莎白女王的情绪坏到极点，大吼着要他闭嘴。但当诺福克公爵在女王面前向北安普敦侯爵表示：“当莱斯特伯爵支持并赞同国务大臣的意见时，女王多么宠信他呀；但现在他抱持着正确的信念，反对国务大臣的意见时，女王对他根本没好气，甚至还想把他打入大牢。不，不！他并不孤单！”伊丽莎白女王对此却保持缄默。
这件事使莱斯特伯爵感到焦躁异常，于是他威胁诺福克公爵，要将他反对塞西尔的阴谋告诉女王。但此时的塞西尔已经猜到这些人的密谋，也知道自己的未来与生命都将受到威胁，于是开始友善地对待诺福克公爵，小心翼翼地不要引发诺福克公爵与他同党的怒火。同时，塞西尔也开始着手进行拉拢莱斯特伯爵的计划，而莱斯特伯爵也很快地警告他要小心。国务大臣有伊丽莎白女王在背后撑腰，情势发展至此，这些密谋反对他的人也了解到，塞西尔所向披靡。
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到了四月，玛丽·斯图亚特发现，她在苏格兰的支持者，并未与莫雷伯爵达成和解，因而感到气愤难平。在重度忧郁之中，她完全没有食欲并常常哭泣。而伊丽莎白女王则十分盼望表侄女这个麻烦人物尽快离开她的国家；同时也一直抱着与苏格兰方面协商遣返玛丽·斯图亚特的希望，但得先确定她返回苏格兰后的安危，才能送她回去。莫雷伯爵强烈反对伊丽莎白女王对玛丽·斯图亚特的安排，这一点也并未让玛丽·斯图亚特感到好过。无论如何她依然不屈不挠。
然而，玛丽·斯图亚特发现了一个逃脱的方法。诺福克公爵一开始反对娶一个叛国贼的想法，随着时间的流逝，针对此事他开始更进一步地思考：对他来说，若她与玻斯威尔侯爵的婚姻无效，苏格兰女王与忠心耿耿的英国贵族结婚，是非常合理的安排；当玛丽·斯图亚特复位后，他便能在苏格兰捍卫伊丽莎白女王的利益。除此之外，当然，他自己也能得到加冕的机会。于是在一五六九年五月，玛丽·斯图亚特透过罗斯郡主教得知正式求婚的消息，让她感到喜不自胜，原本伊丽莎白女王理应反对这个计划，但到了六月份，玛丽·斯图亚特已经开始与诺福克公爵通信，这代表他已展开了追求。玛丽·斯图亚特在信末写上“对你充满信心的玛丽”，而且身为前苏格兰女王，玛丽·斯图亚特还送“我亲爱的诺福克”一个亲手缝制的坐垫，上面绣着一把亮晃晃的刀切断一个据说是代表伊丽莎白女王的绿葡萄藤。两人对于浪漫爱情都不感兴趣：这只是将两股野心势力结合的过程。
由于诺福克公爵知道伊丽莎白女王认为他觊觎苏格兰国王的地位，甚至会反噬图谋她的英国王位，因而可能会反对这桩婚事，诺福克公爵于六月份开始游说他的旧敌塞西尔，希望能得到他的支持。但塞西尔对玛丽·斯图亚特的怀疑甚深，不断提醒诺福克公爵，要摆脱这个泥沼唯一的方法，就是向伊丽莎白女王坦承错误。莱斯特伯爵则担心自己涉入此案，他向塞西尔表示——虽然塞西尔可能想起之前这群人反对他的阴谋——自己并未背叛他的信任。在确定他们能说服伊丽莎白女王这事对她有利之前，没有任何一位谋反同党愿意向女王透露这个婚姻计划。
诺福克公爵实在太畏惧伊丽莎白女王的怒气，因而不敢轻易听从塞西尔的建议，但依然有人向女王透露此事，因此到了七月底时，诺福克公爵向玛丽·斯图亚特求婚一事在宫廷中已人尽皆知。事实上，枢密院多数成员都支持这个计划。伊丽莎白女王则在侍女们的谈笑间，听闻了这桩计划，但她忧心两人将联手对付她，因而持反对意见。于是在八月一日，与诺福克公爵在里奇蒙德宫花园见面时，伊丽莎白女王给了他一个坦白从宽的机会。女王问刚从伦敦来的他，有没有什么特别的消息。诺福克公爵可能猜到女王意有所指，因而表示什么也没有。
“没有？”女王装作非常惊讶地又问了一次。“你从伦敦来，结果连个婚礼的消息都不知道？”柯林·登小姐不经意地现身，还带着花束献给女王，却意外拯救了诺福克公爵，让他不用回答女王的问题。他抓住这个机会，赶紧溜到莱斯特伯爵的房间去。当莱斯特伯爵从金斯顿狩猎回来时，诺福克公爵赶紧问他认为自己该怎么做，莱斯特伯爵则答应，若时机许可，将为他在女王面前说情。
八月初，当莫雷伯爵向伊丽莎白女王清楚表明，他与其他苏格兰贵族，都不会接受玛丽·斯图亚特复辟时，支持这段婚姻的人都大感不满。这个消息也让伊丽莎白女王愤怒不已，于是她矢言继续为玛丽·斯图亚特复位一事努力。只是，看来唯一的方法就是诉诸武力，但莫雷伯爵知道，伊丽莎白女王一定尽可能地避免走到这一步。
八月五日，英国皇室每年夏天的例行出巡，来到了欧丹兹，到了八月十一日，则来到吉尔福德附近的洛斯黎公园，也是威廉·摩尔爵士的领地。现在，当年女王出巡时所住的房间，依然存在。隔天早上，伊丽莎白女王坐在前门的阶梯上，听着摩尔爵士的孩子们漫不经心地边演奏着鲁特琴边歌唱时，莱斯特伯爵跪在女王身边，谈起了诺福克公爵的事。伊丽莎白女王允诺，几天内将与公爵好好讨论。
两天后在法纳姆，伊丽莎白女王邀请诺福克公爵与她私下餐叙——这是难得的殊荣——但席间女王给了他多次机会坦白，他却依然没有勇气坦承自己已向玛丽·斯图亚特求婚一事。晚餐结束后，诺福克公爵忆道：“她故意刺了我一下，她说希望我每天晚上都能睡得安稳。”——故意引述他前一年夏天所说的话。“女王陛下的话让我感到不安，但我认为当时的时间与地点，不太适合麻烦她。”尽管如此，伊丽莎白女王依然给他许多机会坦白从宽，但他一直都没有抓住机会。他已决心朝向结婚之路前进，并向一名友人透露：“在失去这段婚姻之前，他可能会先失去性命。”
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六月，亚尔瓦公爵以菲利普国王之名清楚地向德·斯佩斯大使表示，西班牙不会与英国开战，要他不准涉入任何反叛伊丽莎白女王或其政府的阴谋中，尽量保持中立。
但德·斯佩斯大使是个无可救药的祸头。八月八日，亚尔瓦公爵便向菲利普国王抱怨，德·斯佩斯大使完全不听从其命令，他已与英国北郡的叛乱权贵连成一气，企图营救玛丽·斯图亚特并将她立为英国女王，同时也不断鼓励诺福克公爵与玛丽·斯图亚特结婚。
出巡中的英国皇室气氛陷入一片紧张。伊丽莎白女王闻到叛变的味道，怒气一触即发，玛丽·斯图亚特可能也有份，让她更加生气，于是向法国大使费奈隆抱怨，她在表侄女面前尽力扮演慈母的角色，玛丽·斯图亚特却以涉嫌策动叛变来回报她。“对待一个不想善待母亲的人，不如就配给她一个邪恶的后母吧！”然而法国大使却表示，不相信台面下有不祥的事情在运作着，但伊丽莎白女王只是摇摇头。
“我已经知道这些制造麻烦的人是谁，”她宣布，“而且有些人的项上人头要小心了。”
九月初，皇室出巡来到汉普郡南安普敦伯爵位于蒂奇菲尔德的领地，女王陛下已经陷入一种狂怒的情绪中，她怒气冲冲地对着塞西尔与莱斯特伯爵大声斥责，并指控他们随着玛丽·斯图亚特起舞，意图谋反。莱斯特伯爵逃上床假装生病。到了九月六日，他哀求女王来探望他，当女王坐在他的床边时，他将诺福克公爵依然妄想迎娶玛丽·斯图亚特一事据实以告。
伊丽莎白女王则说，若这两人真的结婚，婚后四个月内，她可能很快就要回到伦敦塔去蹲苦牢。莱斯特伯爵悲惨地哀求女王，原谅他之前涉入此项阴谋，解释当时他误以为自己这样做对女王最好。女王当真以为他病重，在忧心他的健康情形之下，便发自内心地原谅了他。
至于诺福克公爵，又是另一回事了。当天下午，伊丽莎白女王召见他到宫中的长廊，发了一顿脾气，对他的不忠诚加以训斥，同时要他为自己的忠贞发誓，“再也不与苏格兰人胡来”。诺福克公爵打着哆嗦，试图以轻松的态度解释自己的计划，他表示自己“并没有非常看重玛丽·斯图亚特”，而且并不非常重视与她结婚这件事。但伊丽莎白女王却不为所动，将她的厌恶表现得非常直接，而诺福克公爵也发现，宫中所有人都疏远他，包括莱斯特伯爵。九月十六日，诺福克公爵不告而别返回伦敦，并赌气似地继续追求玛丽·斯图亚特，他认为此刻已然无法在不失颜面的状态下抽身。伊丽莎白女王深感事有蹊跷，于是从桑迪斯勋爵位于贝辛斯托克拜恩一带的宅邸送出了召集令，命令诺福克公爵回宫。此时，塞西尔则安排人持续监视德·斯佩斯大使，他的信件往来也都必须受到检查；为了谨慎起见，他同时也命令全国各地忠诚的臣子们，为各种紧急状况做好准备。
