大量对她不利的证据，压垮了她华丽雄辩的答辩，使她难以狡赖。伯利男爵因此论断，她毫无疑问地犯下了重罪。审查委员会非常清楚自己的责任，女王的信差抵达时，他们已经准备要宣布玛丽·斯图亚特有罪。这天深夜，女王难以入眠，因而下令休会，十天后到伦敦重新召开侦查庭。
十月十六日，大法官正式宣布休会，审查委员们则回到南方。当玛丽·斯图亚特被留在法瑟林盖思考自己未来命运的同时，委员们正在西敏寺的皇室法庭上重新检视证据，并且耐心地承受女王不断的干扰，“但愿女王陛下能够像各国君主一样，将审判的任务，交给能以最理性的态度判断的人！”沃尔辛厄姆爵士为此恼怒不已。重审过后，法官们的结论依然不变，只有一人反对，审判委员会宣布，玛丽·斯图亚特是计划刺杀女王的叛国同谋。在一五八五年关联法的规范下，她难逃死罪，同时也失去了王位继承权。
法院并未宣判刑责；批准法院的判决是女王与国会的权力。
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一开始，英国在荷兰的战事表现得相当好，甚至连帕尔玛公爵都相当佩服。九月份时，英军在阿纳姆一带的聚特芬之战中大获全胜。在这场战役中，小艾赛克斯伯爵表现得骁勇善战，并由莱斯特伯爵册封为骑士，而菲利普·西得尼爵士则因为将腿部的护甲借给一位毫无防备的朋友，导致大腿受了重伤。因为失血过多而显得相当虚弱，菲利普·西得尼爵士骑马狂奔了一英里才返回营区，“不断地谈起女王，表示就算自己受伤或死亡，只要能带给女王荣耀便罢”。但自从菲利普·西得尼爵士黯然返回宫廷后，女王陛下就开始“针对他的一言一行不断找碴”，认为他的伤势可以预防，他将英勇的行径用在错误的地方。但宫廷人士对他却相当赞赏，他们最欣赏的部分，就是菲利普·西得尼爵士即使在干渴之中，仍拒绝其他人给予的一杯水，坚持要他们先将那杯水给了旁边某位垂死的士兵。“汝比我还更为重要。”他这样说。
一开始，许多人以为西得尼爵士会痊愈，伊丽莎白女王会亲笔写一封感谢信给他。但他的伤口却化脓溃烂，让他痛苦了二十六天才死去，年仅三十一岁的他，已然成为英国的一个传奇人物。这一年对西得尼家族来说，是十分痛苦的一年：夏天时，亨利·西得尼爵士逝世，没多久，伊丽莎白女王的老朋友玛莉·西得尼小姐也不幸去世。
英国宫廷为这个死去的英雄哀悼，陷入一片哀凄之中，菲利普·西得尼爵士一向十分受欢迎，且一直被视为是骑士精神的最佳代表。他的遗体由一艘打着黑旗的船运回家乡，并在圣保罗大教堂举办了国葬。而女王则因“痛失一位忠仆感到太过悲伤”，因此没有参与国葬。
在聚特芬之战后，莱斯特伯爵率领的军队运气急转直下，这一切不是因为西班牙的报复，而是因为莱斯特伯爵是个无能的指挥官，精于惹恼盟友与手下之道。莱斯特伯爵的许多手下因而背弃了他，这场战争显然就要以最耻辱的失败方式作结。对于莱斯特伯爵办事不力，伊丽莎白女王写信教训他，他灰心丧志地回信表示：“我一直相信，神不会让我在陛下的心中失去地位。”事实上，经过一年的分离，伊丽莎白女王对莱斯特伯爵思念得紧，且十分忧心若再经过一个冬天的战役，莱斯特伯爵的健康可能就会有问题。因此当他表示想要离开荷兰返回英国时，伊丽莎白女王随即准奏。
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十月二十九日再度召开了国会，将其他事务摆在一边，以决定苏格兰女王命运为优先，“这是一个沉重、极度有破坏力且后果严重的问题”。女王陛下毅然决然地不再插手审判事宜，待在里奇蒙德宫中，拒绝一如往常地待在怀特霍尔宫中。她向宫廷人士表示，“她不想知道即将被拆穿的那些下流又悲惨的事情，待在怀特霍尔宫中，她快乐不起来。”
英国上下两院纷纷怒吼着要玛丽·斯图亚特交出项上人头，并一致通过审查委员会对“这个麻烦人物”的判决，同时上书女王，表示“最公平的判决就是处死她”。上下两院派出二十位士绅与四十位国会议员作代表团，于十一月十二日前往里奇蒙德宫上呈这份请愿书，让女王陷入左右为难的痛苦深渊。
女王不断地向代表团强调，在她过去二十八年来的统治中，对于玛丽·斯图亚特一向宽大为怀。“在这世界上，我见过许多大风大浪，”她提醒着代表团，“我知道何为臣，何为君，何为盟邦，也见过邪恶之人。我曾在信任中体验背叛，在小处得到大利益。”接着她又表示，对于与她同样性别、有血缘关系的亲人竟不断密谋杀害她，让她感到十分哀伤，她也秘密写信给玛丽·斯图亚特，允诺倘若玛丽·斯图亚特和盘托出，她绝不会让她受到屈辱，也会保她不受指摘，但这个表侄女仍否认罪行。就算到了这一步，若她真心悔悟，伊丽莎白女王都愿意赦免她的罪。
女王想要满足人民的要求，但臣民们都知道，她可能永远无法下定决心这么做。“我只能告诉你们，最近的这个国会法案中，你们让我相当为难，要我决定她（玛丽·斯图亚特）的死活，这是非常严重又令人厌烦的负担。身为君主，我们一直在明处，全世界的眼光注视着我们。因此我们必须当心，任何的决定都必须公正可敬。”对于玛丽·斯图亚特的去留，她只表示会祈祷与思考，恳求上帝让她能有更澄澈的思考，因为她明白拖延决定可能带来的危险；但她也以神圣不可侵犯的态度矢言做出最正确而公平的决定。根据伯利男爵的说法，她的这番演说，“让许多人感动得热泪盈眶”。
两天后，伊丽莎白女王派遣海登爵士递送口信到国会，询问他们能否找到处置玛丽·斯图亚特的“其他方法”。但唯一的办法就是终生单独监禁玛丽·斯图亚特，让她继续成为天主教反叛的乱源，此外就是死刑，别无他法。
而此时的玛丽·斯图亚特，“丝毫未表现出害怕死亡的样子”，就连在十一月十六日，伊丽莎白女王向她表示她的判决是死刑，国会上书请求她下令行刑，要她有心理准备时，她也是一样的态度。十一月十九日，玛丽·斯图亚特正式收到死刑定谳的消息，闻此消息，她表现得相当镇定勇敢，并未表现出忧惧或忏悔。
“我什么也不会说，因为没什么好说。”她依然坚称。她反而写信给外国的友人，包括罗马教皇与吉斯公爵，表示自己绝对清白无辜，并宣称自己将为天主教殉教捐躯。当伯勒特爵士拆除她专属的顶篷，并宣布依据法令规定，她已经是个待死的女人了，因此不配享受君主级的对待时，玛丽·斯图亚特只是将一具十字架与耶稣基督肖像挂在顶篷原本的位置上。
同一天，她写信感谢伊丽莎白女王“给予关心的问候，而我漫长又乏味的朝圣之行已然告终”。她只要求死刑执行时，她的仆人们要在身边，并将她的遗体埋葬在法国。她希望能在所有人面前有尊严地死去，“在即将离开这个世界，到更美好的地方去之际，我想要提醒你，有一天你也需在最终审判中面对自己的罪，在你毁灭的这么多人之中，我只盼你能记得我的牺牲，直到那一刻。”
伯勒特爵士看了这封信，因担心信件内容可能对伊丽莎白女王造成影响，因而决定延后递送时间。他非常希望可以在圣诞节前处决玛丽·斯图亚特。
十一月二十三日，莱斯特伯爵在小艾赛克斯伯爵的陪伴下回到英国。“从我出生以来，从未感受过如此诚挚的欢迎。”事后他曾这样写道。除了女王外，沃尔辛厄姆爵士与伯利男爵见到他都感到欢欣不已，因为此刻他们非常需要他的协助。虽然在他离开的这一年中，他对枢密院的影响力不再，海登爵士与其他人则继而成为英国政治圈中的显要，但伊丽莎白女王依然十分重视莱斯特伯爵的意见，此时也非常需要他的支持。
这天晚上，在与莱斯特伯爵私下晚餐过后，伊丽莎白女王写信给大法官，表示她愿意公开宣布苏格兰女王的刑罚。但这件事让她当晚几乎不能成眠。
此时，法国大使抵达英国，请求英国豁免玛丽·斯图亚特的罪。伊丽莎白女王向法国大使表示，这件事情已经超出她能阻止的范围了。“这是一个由一群罪恶的男性保护的女罪人应该面对的刑罚。”她严厉地向大使表示，若她要顺遂地活下去，玛丽·斯图亚特就不得不死。
伊丽莎白女王向国会提起处置玛丽·斯图亚特的“其他方法”，在国会中完全无人回应。会中上议院询问是否应执行死刑，而其中所有的贵族“皆表示为了女王与英国的安危，他们已别无他法”。国会一致附议玛丽·斯图亚特处决案，十一月二十四日，英国国会再度派遣代表前往里奇蒙德宫请求女王陛下，并以“各种难以辩驳的事由”说服女王下令执行死刑，以保护英国新教、大英联邦与她宝贵的性命。而女王陛下的回复则一如往常地苦恼又犹豫。
现在可以确定的是，若某位君主的头不落地，便无法确保我的安危。而让我最苦恼的是，在我执政多年来，我赦免过许多反叛人士，对许多谋反行动视而不见，现在却被迫要如此对付一个人。我的敌人们难道不会说，这个童贞女王为了维护自己的安危，就连眼见自己的亲人溅血也不顾吗？我可能因此被人说成是个残酷的人，但我是如此无辜。不，我非常不赞成这个处理方法，若只是为了我的性命，我绝不愿杀害她。若在这世界上能找到其他的解决办法，我必定会（以更快乐的态度）接受。
她的声明中，依然是模糊不明的口吻：
若要我告诉你们，我并不愿同意你们的请求，依据我的信念，我该直接表达我的意图。若要我告诉你们，我愿同意你们的请求，我就必须告诉你们无权知道的许多事情。我并非昏庸到不知道自身危险的君主，面对日夜威胁我的安危问题，我也并不草率。但有如此多的人透过书写与口语表达来反对我，我只期望你们能接受我的感谢，谅解我的疑虑，以正面的态度接受我无以回答的回答。
伯利男爵刻薄地表示，这一届国会肯定在历史上被称为“坐而言的国会”，因为他们无法起而行。
这天晚上，伊丽莎白女王在疑惧之中，为玛丽·斯图亚特的审判宣布撰写草稿，下令要大法官对国会大声宣读。她的字迹潦草难以辨认，伯利男爵还得不断为布隆尼大法官解释，但在大法官宣读之前，就接到伊丽莎白女王的口信，下令要他暂缓宣读，并将国会延期一周。
隔天，闭门会议再度召开了审判委员会，正式宣判玛丽·斯图亚特之死。在那之后，莱斯特伯爵、伯利男爵与其他人，纷纷运用自己的游说力量，迫使伊丽莎白女王循着人民的期待走。若她不愿意，他们指出，她可能就会失信于民，男性也会认为性别上的弱点让她失了判断力。
十二月二日，当国会重新开议时，伊丽莎白女王与伯利男爵已经重新撰写了宣判书。十二月四日，当宣判书正式宣读时，英国上下陷入一片狂喜，伦敦各地燃起了火把与营火，钟声与赞美诗声不绝于耳。同一天沃尔辛厄姆爵士起草死刑执行令，但女王仍未正式签署，甚至让国会休会到二月十五日，给她十周的时间为此做准备。在这段时间，枢密院参事们将尽可能地迫使犹豫不决的女王面对这必然的结果，并签署执行令。
伊丽莎白女王陷入了左右为难的境地，法国与苏格兰大使们不断地说服伊丽莎白女王怜悯玛丽·斯图亚特，伊丽莎白女王也相当焦虑，不愿冒犯这些友善的盟国。詹姆士六世则写信提醒她，“英王亨利八世的声誉，因处决了枕边人受到极大影响”，提及了安·波林，让身为她女儿的伊丽莎白女王相当恼怒。但苏格兰王詹姆士六世更关心的是自己未来继承王位的利益，而不是想要拯救母亲的性命；他听说玛丽·斯图亚特自愿将英王权位让给西班牙的菲利普国王，因此决心防止这样的情形发生。就他而言，他的母亲“除了镇日祈祷、服侍神以外，没有资格管闲事”，但他仍向莱斯特伯爵表示：“为了我的信誉，我还是得坚持保她的命。”
玛丽·斯图亚特将面对死刑执行一事，大大地影响了苏格兰的公众意见，此时苏格兰激起一阵爱国情操，将她视为女英雄；部分贵族甚至语出威胁，表示若玛丽·斯图亚特遭到处决，将对英国宣战，尽管詹姆士六世并不想为了母亲，使出如此激烈的手段，但这一席宣言依然让他无法忽视——毕竟两国开战要冒很大的险。因此他表面上说说，但事实上要求特使罗伯特·梅维尔爵士（Sir Robert Melville）私底下向伊丽莎白女王表示：“玛丽·斯图亚特之死绝不会刺激苏格兰。”
伊丽莎白女王陷入执政以来最困难的决定。若她签署了执行令，就等于是为神圣的君主判刑开了先例，也等于是杀害了自己的亲人。她将因此遭到全世界的咒骂，甚至刺激天主教强权国家以此为借口展开报复行动。但若她对玛丽·斯图亚特表现出怜悯，未来毕生将成为天主教策划谋反的焦点。伊丽莎白女王知道她身负重责大任，但她并不想背负玛丽·斯图亚特之死之责。
几周以来，伊丽莎白女王活在极大的压力之中，影响了她的判断力，让她濒临崩溃边缘。她的顾忌让她被参事们孤立，她对枢密院说了一个又一个借口，运用自己极佳的拖延技巧，不愿正式做出决定。
伯勒特爵士无法无限期地延迟将玛丽·斯图亚特的诀别信送到伊丽莎白女王手上，历史上可知，女王于十二月二十三日收到此信，忧心忡忡的莱斯特伯爵向海登爵士透露：“女王因此而流泪，但我认为应该不会有太大的影响。”此后，伯勒特爵士禁止玛丽·斯图亚特再与伊丽莎白女王沟通。
圣诞节时，宫廷正式移驾格林尼治，女王同意由伯利男爵将沃尔辛厄姆爵士撰写的草稿，制成正式的执行令。执行令准备妥当后，再交由近来擢升，与沃尔辛厄姆爵士一同担任国务大臣的威廉·戴维森爵士妥善保管。
一月六日，罗伯特·梅维尔爵士向伊丽莎白女王建议，若玛丽·斯图亚特正式将继位权转让给她的儿子，就可免她一死，身为新教徒的詹姆士六世，一定不会偕同天主教人士谋反对抗伊丽莎白女王。然而伊丽莎白女王随即看出这个说词背后的瑕疵，因而大发雷霆。
“以神之名，这根本就是要割断我的喉咙！”伊丽莎白女王怒吼着。“我绝不容忍比他母亲更糟的对象来继位。不，以神之名！你的主公永远没有这个机会。”这样的说法让梅维尔爵士气愤不已，他并未注意到伊丽莎白女王并不愿意指定继承人一事，但他强压着怒气，要求女王延后死刑执行，就算一周也好。
“一个小时也不可能！”伊丽莎白女王怒气冲冲地大吼大叫，接着离开了谒见室。法王亨利三世派人送来的口信也让女王气愤难平，他警告伊丽莎白女王，若她处决了玛丽·斯图亚特，他一定会将它视为公开污辱。女王因此勃然大怒，表示：“那才是让我把这个祸根处理掉最快的途径。”
但许多人都明显地感觉到她犹豫不决，迟迟无法签署执行令。尽管她的参事们“相当努力地运作”，依然未能说服她。他们甚至翻出古希腊的先例，盼能说服她处决一个不断密谋杀她的人乃天经地义，伯利男爵表示：“若没有更多时间让我们除掉这个眼中钉呢？”戴维森则担心：“伊丽莎白女王会与当年对待诺福克公爵相同，若非遭受极大恐惧的催逼，否则不愿取她性命。”
一月份，此案悬而未决已达到难以忍受的地步；枢密院甚至刻意散布许多令人忧心的谣言，盼能敦促女王做出决议，包括指称西班牙已然出兵，伦敦全城陷入火海，苏格兰女王逃逸无踪，导致全国上下陷入恐慌，许多人甚至打算拿起武器开战，主要干道上甚至不得不派人看守。此时，枢密院才通知伊丽莎白女王，因疑似涉入谋刺伊丽莎白女王的阴谋中，他们逮捕并讯问了法国大使。这可能是枢密院方面精心策划，要操弄她的恐惧，逼她签署执行令的一个计谋——当然，枢密院根本没有逮捕法国大使——但无论如何，这个计谋成功地扫除伊丽莎白女王担心刺激法国的顾忌，下令诛杀玛丽·斯图亚特。
“不主动出击就屈服吧！”伊丽莎白女王以拉丁文宣誓，在她的房里来回踱步。“为了不遭人痛击，我们主动出手吧！”
二月一日，伊丽莎白女王突然派人召来效率极高、颇受尊崇的威廉·戴维森爵士，当时他正代理执行身体不适的沃尔辛厄姆爵士的工作。关于接下来发生的事情，历史上存在着两个完全矛盾的描述。根据戴维森爵士后来的宣言，伊丽莎白女王向他表示，意图释放玛丽·斯图亚特的报告让她心神纷乱，因此她决定签署玛丽·斯图亚特的死亡执行令刻不容缓。戴维森爵士将执行令放在女王面前，女王仔细阅读后便签下了名字，并表示希望死刑尽快于法瑟林盖城堡大厅举行，不要在庭院中。女王指示他询问代理大法官克里斯多福·海登爵士在执行令上盖上英国国玺，接着拿给沃尔辛厄姆爵士看。
“他一定会当场悲痛不已。”女王冷酷地嘲弄着。
女王最后的指示，就是以最快的速度将执行令送达法瑟林盖，接下来“一直到死刑执行完成前，她都不想再听到这件事”。
戴维森爵士随即将执行令让伯利男爵过目，伯利男爵因而松了一口气，接着才呈到海登爵士面前，让他盖上国玺印，执行令就此生效，并可正式执行。隔天，伊丽莎白女王派人传话给戴维森爵士，表示在他与女王进一步沟通之前，绝不可将执行令交给大法官；但当戴维森爵士向女王表示，执行令已然封缄时，女王以相当紧绷的语气问他为什么执行得如此迅速。戴维森爵士忧心女王可能会改变心意，于是向海登爵士寻求建议。二月三日，两人相偕去找伯利男爵，并紧急召开枢密院会，会中参事们不断辩论，在正式派发执行令前，究竟是否该先行知会女王。最后，伯利男爵一肩扛下责任，决定在玛丽·斯图亚特死亡之前，任何参事都不得再与女王谈论此事，以免女王“想到新的方法干涉，阻止公平正义的伸张”。
为了避免戴维森爵士一肩扛下所有的责任，十位枢密院院士皆同意，分担接下来他们所作所为的责任。伯利男爵因此草拟了死刑执行命令，戴维森爵士接着复制了命令内容，在二月四日将命令书送往法瑟林盖。他的信差是枢密院的一位雇员罗伯·比勒（Robert Beale）。
伊丽莎白女王对此事件的看法则与他们大相径庭。她坚持自己在签署了执行令后，下令要戴维森爵士保密，当她知道执行令盖上国玺印后，便要求戴维森爵士发誓，在她正式下令执行前绝不可让执行令外流。
戴维森爵士可能误会了女王的意思，但其实不太可能。当时与近代历史现象都显示，伯利男爵知道女王需要有人来帮她承担处决玛丽·斯图亚特的罪，因而选择戴维森爵士为代罪羔羊，但却没有直接证据。不过伯利男爵对戴维森爵士的能力，一直有很高的评价，认为他有能力担任英国政府中的任何职务；因此他并不认为戴维森爵士在策略上是可牺牲的消耗品。比较具有可信度的解释，应该是伊丽莎白女王选择让戴维森爵士来背黑锅——成为万夫所指的对象——承担玛丽·斯图亚特之死之责。她认为在关联法的规范下，此举能合理化英方的做法。
毫无疑问的是，在戴维森爵士收集了所有文件离开谒见室时，女王扣留了他。在她经常采用的莱斯特伯爵、约翰·惠特吉夫与其他人的建议下，女王要戴维森爵士询问签署了关联法的伯勒特爵士，是否能直接处理玛丽·斯图亚特以减轻女王的负担，好让伊丽莎白女王宣布玛丽·斯图亚特是自然因素死亡，这样女王就不需为她的死负责。戴维森爵士吓坏了，坚持表示伯勒特爵士绝不会同意如此卑劣的手法，但伊丽莎白女王向他表示，这是比他还要聪明的人提出的建议，他只好勉强同意写信给伯勒特爵士。
在执行令派发之后，不疑有他的女王再度召来戴维森爵士，表示自己做了有关玛丽·斯图亚特遭到处决的噩梦。于是他再度询问女王，是否希望死刑继续执行。“她说要，并以相当激烈的态度，说出了庄重的誓言。”但她强调：“也许可以有更好的方式。”女王问他是否收到伯勒特爵士的回音，但他表示没有。
当天稍晚来了一封信，但却不是女王等待的回音，尽管伯勒特爵士总是呼吁女王走法律既定的道路，但他也不愿自贬为杀人凶手。“我的生活与生命都任由女王处置，”他写下了这样的字眼，“但愿我不需要使出如此不正当的手段，在没有法律或执行令的支持下，毁灭我的道德良知，留下这么大一个人格污点给我的后代子孙。”
当女王隔天早上看到他的信时，抱怨这封信太过考究，并疑惑地说着为什么伯勒特爵士会支持关联法。女王“一直责怪特定宫廷人士的讲究，他们口口声声说会为了女王的安危付出全部，但事实上却什么也没做”。
两天后是二月七日，伊丽莎白女王下令要戴维森爵士写一封“措辞尖锐的信”给伯勒特爵士，抱怨为什么“事情还没办好”。戴维森爵士知道，女王依然希望以暗中运作的手段处理玛丽·斯图亚特，于是坚持伯勒特爵士需要执行令，“而不是由我写私人信件给他”以“指导他在这件事情上的执行方向”。这件事到此不了了之。
事实上当天执行令就抵达法瑟林盖，当天晚上，伯勒特爵士便提醒玛丽·斯图亚特准备隔天早上八点受死。她相当平静地接受这个消息，当天晚餐时间仍显得相当高兴。在那之后，她写了几封诀别信，分配了自己仅存的几件遗产。接着花了好几个小时祷告，才在凌晨两点左右入睡。
当她于晨间醒来时，太阳已高挂在天空；当天天气“相当风和日丽”，新教徒将这个现象解释为神赞同处决玛丽·斯图亚特的征兆。准备好了以后，在与仆人们诀别时，玛丽·斯图亚特哭得相当伤心，当她受到召唤准备前往大厅时，她已经整顿好自己的心情。
一五八七年二月八日星期三早上八点整，在北安普敦行政司法官与几位侍女、医生、药剂师与管家的陪同下，苏格兰女王玛丽·斯图亚特走进了法瑟林盖城堡大厅，眼前有三百人即将成为见证。对于传说中的美人，事实上是个瘸腿、肥胖的中年妇女，还有着双下巴，让许多人感到相当吃惊。但她依然保持着她的尊严与冷静，甚至为了这个场合精心打扮，这是她最后一次公开露面：“头上罩着边缘有薄蕾丝的细麻布、香盒链与羔羊颂；颈上挂着金质的十字架；手中握着一幅骨制的耶稣受难像与一个木头十字架；腰带上也系着念珠，念珠的尾端有一个牌子；细麻布做的纱罩系在她的后脑勺，上面绑着细绳，周围则装饰着细致的蕾丝。她身穿黑色缎面服装，上有印花，袖长垂地，上头缝着黑玉纽扣，还有珍珠装饰，短袖的部分也是缎面材质，还有紫色天鹅绒质的袖子装饰。”
当她走向铺满稻草的黑色行刑架时，她转向侍女们表示：“汝等理应欣喜莫哀伤，此后玛丽·斯图亚特所致之苦痛，得到久望的结果。”
彼得伯勒新教司祭长就在行刑架上等待准备安慰她，但她却拒绝了：“司祭长先生，请别为彼此烦心，汝等必知晓我潜心古天主教信仰，在神的恩典下，不便接受汝之祷告，我愿抛洒热血。”但司祭长坚持为她祝祷，她便以更大的音量用拉丁文念出自己的祷词，一边不住地哭泣着。
接着刽子手与他的助手上前，协助她脱去外衣，才不会影响斧头的动作。“我不习惯由这些侍从为我宽衣，也从未在如此多人面前脱去外衣。”她表示。在她脱掉黑色外衣，露出低胸的缎质紧身胸衣与鲜红色的天鹅绒衬裙时，旁观的民众一阵议论纷纷，她穿着天主教殉教的颜色；此外，加上她身上佩戴的宗教饰品，她显然自视为天主教信仰殉道者。
当刽子手跪在玛丽·斯图亚特面前，请求她原谅他接下来不得不做的事情时，玛丽·斯图亚特仿佛事先准备好般表示：“感激你结束了我充满灾祸的一生。”她以坚毅的态度跪下，将头放在断头台上，不断念着：“父啊！我把我的灵魂交托在你手中。”刽子手两次重击，才将她的脖子砍断，可能对她的脊神经造成极大刺激，在她死后，嘴唇还动了五分钟才停下来。
依照风俗，刽子手需抓住受刑者的头发，将头颅提起，并大喊：“天佑女王！”但这一次，当刽子手提起她的人头时，细麻布帽与红色假发瞬间掉落，露出了她灰白的头发，“剪得十分短”，只在两边耳上各留下一绺头发。她的脸也仿佛变了一个人，死后的样貌令人难以辨认。
上头有令，须将尸体的衣服剥除焚毁，千万不能留下任何遗迹作为天主教鬼子们崇拜的工具，但当刽子手弯下身
扯掉她脚上的袜子时，他在她的外套中发现了一只小狗，它一直待在那里，接着就跳到了玛丽·斯图亚特的遗体与头颅中间，身上沾满了女主人的血，必须送去与任何沾到血的东西一起清洁。刽子手收了钱后就走了，并没有带着任何属于她的东西离开。她的尸体与头颅被行政司法官送进了一个大房间中，由外科医师不断涂抹香料，直到入土埋葬。
这天下午，在沃尔辛厄姆爵士的命令下，玛丽·斯图亚特的遗体以铅封装，放置在沉重的棺材中。
* * *
处决玛丽·斯图亚特的消息传到伦敦后，民众欢声雷动。到处可听见庆祝的钟声、大鸣枪声致敬，人们点燃营火，每条街上几乎都有随性的宴会。庆祝的气氛维持了一周。
但伊丽莎白女王丝毫不显高兴：二月九日早上九点，当她知道玛丽·斯图亚特遭到处决的消息时，她几乎陷入一阵歇斯底里中。根据康登记载，“她的表情大变，说话颤抖，如此沉重的忧伤让她受到严重打击，仿佛陷入悲痛无法平复般，甚至穿上了哀悼的丧服，不断流泪”。她的情绪爆发，不只是连番哭泣，对于那些以她之名擅自行动，让她落入这般田地的人，她也感到相当气愤。参事们与臣子们早已预料到她会失控，但并未料到如此剧烈的程度，女王对他们严厉的指控，让他们怕得发抖。海登爵士因忧虑而感气馁；沃尔辛厄姆爵士逃回巴恩厄姆斯的家中装病；伯利男爵与莱斯特伯爵则被罚不能会见女王。吓坏了的伯利男爵多次写信给伊丽莎白女王，哀求女王让他“能跪在女王脚边”，感受“女王偶尔的施舍与怜悯，滋润我那悲痛的心灵”，并表示自己愿意下台，但他的信件上只写着“信件未达”。
尽管枢密院不断请求：“女王陛下需要更多食物与睡眠以维持健康。”但伊丽莎白女王几乎无力生活。尽管她的哀痛与痛悔千真万确，但这些情绪都是为了她自己，而非她的表侄女，因为她害怕神会因她处决了玛丽·斯图亚特而惩罚她，对于这么恐怖的消息传开后，她的国际声望又会变得如何，也是她非常担心的一件事。她的第一要务，就是让自己远离遭人谴责的命运。因此在她将悔恨的感受发泄完后，她刻意装出受到情绪与悔恨蹂躏后的惨状，希望这样她的敌人们，会认为她为苏格兰女王之死感到如此哀伤，一定不是她下令的。
当然还要找一个代罪羔羊，因为她必须说服欧洲各国君主，英国枢密院才是此事背后的主谋，而不是她。她坚持在她正式授权以前，绝不能将死刑执行令交给枢密院，接着暗示，是戴维森爵士模仿了她的笔迹。但为了说服詹姆士六世她并不需要为他母亲之死负责，伊丽莎白女王指控可怜的戴维森爵士举措失宜；女王拒绝听他的解释，在二月十四日时，他便遭到逮捕，在闭门会议中接受审判，接着被判一笔重大的罚金，并在伦敦塔中监禁到女王高兴为止。伊丽莎白女王本要吊死他，但伯利男爵说服女王，这种报复是暴君才有的行为：她不应该认为“她的权力大于法律”。负责递送执行令的比勒，则被贬为约克的低阶邮差。
就算这样也很难欺骗世人的眼光。“英国女王现在说这不是她的命令，显然是种权宜之计，事实显然与她所称的一切相反。”菲利普二世坚称，许多天主教圣徒则坚定地提醒他，为玛丽·斯图亚特报仇是他的责任。
一如伊丽莎白女王的担忧，她的所作所为，引发天主教欧洲的谩骂，他们强烈的反感，都收录在狠毒的宣传手册与传单中，谴责她是个异教徒，是个无耻邪恶的女人，甚至要神降罪于她。罗马教皇则希望对她发起新的圣战，因此呼吁西班牙的菲利普国王在刻意地追悼玛丽·斯图亚特之外，尽快抓住机会入侵英国。而各界也认定，玛丽·斯图亚特已将她继承英国王位之权让给了菲利普国王，他绝对有权这么做。尽管天主教势力不断表明这一点，但随后很快就发现，玛丽·斯图亚特从未正式指派菲利普国王作为她的接班人。然而英国境内的许多天主教徒，包括耶稣会神职人员，仍坚持菲利普国王的女儿伊莎贝拉·克拉拉·尤金妮亚是神圣合法的英国女王。玛丽·斯图亚特未立遗嘱一事，并未让菲利普国王感到烦恼，他认为玛丽·斯图亚特之死，成了他实现“对英国的企图”、夺取英国王位最好的借口。
伊丽莎白女王写了一封慰问信，给她“亲爱的兄弟”詹姆士六世，将他母亲遭到处决一事，形容成“悲惨的意外，完全违背我的心意。神与许多人都知道，在这件事之中，我非常无辜，我只能恳求你相信我，若我有不良企图，愿意承担任何后果。若此事真为我的意思，我绝不会推诿于他人”。
果不出其然，詹姆士六世刻意营造痛失母亲的儿子形象，但又无法失去伊丽莎白女王这个盟友，因此除了象征性的抗议之外，并未有额外的动作。三月三十一日，詹姆士六世向气愤难平的苏格兰贵族表示，他无法为了替母亲报仇而牺牲英格兰—苏格兰联盟，只能选择相信伊丽莎白女王所说的一切是真的。
法王亨利三世则公开谴责英国处决玛丽·斯图亚特的暴行，对伊丽莎白女王愤怒以对，“真是个杂种、无耻的贱人”。在巴黎，英国大使被拒于宫廷大门之外，同时也完全不敢上街，否则会引来大批奉玛丽·斯图亚特为圣徒的嘈杂人潮。但亨利三世要面对的国际问题太多，无力对英国宣战，最后他对伊丽莎白女王也是束手无策。
三月二十七日，伊丽莎白女王依然情绪不佳，下令要十位触法的枢密院参事到大法官面前报到，由最高法院首席法官与约翰·惠特吉夫大主教来审判他们的行为。伯利男爵代表所有人，指称戴维森爵士是依照他的命令行事，而他们最大的动力，就是担忧女王的安危。一周后，沃尔辛厄姆爵士发现：“我们那严苛的情势依然存在。财务大臣仍遭罢黜，女王陛下依然在我背后用十分冷酷的言辞对我。”伯利男爵失了宠，也因此让他的儿子罗伯特·塞西尔（Robert Cecil）有了证明实力的机会，他支持海登爵士，而海登爵士则认可他的政治技巧，让他在四月份正式走马上任成为大法官，而莱礼爵士则填补了他卫士长的位置。五月份，仍痛苦难耐的伊丽莎白女王向法国大使表示，玛丽·斯图亚特之死“是她毕生无法抹灭的记忆”。
到了五月份，伯利男爵终于获得恩准返回宫廷，但女王依然“以苛刻的言辞对付他”，“称他为叛国贼、伪君子、缺德的小人，要他不准出现在她面前——这一切都是因为苏格兰女王之死”。身为老臣的他只能等待时机，六月份时，伊丽莎白女王特地前往特欧伯兹拜访他，他的忍辱负重有了回报——这是女王在他家住得最久的一次，这段时间两人言归于好，女王的心情也恢复平静。
莱斯特伯爵也得到了女王的原谅，他与伊丽莎白女王再度快乐地争吵着英国该如何扭转在荷兰的劣势。这年春天，菲利普国王下令要帕尔玛公爵尽可能地征服所有的省，让荷兰成为西班牙入侵英国的跳板，其准备工作也已然在进行中，尤其是自从四月以来，在伊丽莎白女王的授权下，德瑞克爵士在卡第兹港焚烧了三十七艘西班牙籍船舰。在圣文森港挟持了一百多艘船，并在亚速尔群岛掠夺了大量的西班牙珍宝；因为他的行动，西班牙无敌舰队当年无法出航，但德瑞克爵士嚣张的举动，让菲利普国王更存心要一举侵略英国。莱斯特伯爵全力支持武力干涉荷兰事务，但伊丽莎白女王的态度相当难测。
在玛丽·斯图亚特处决之初引发的轩然大波过后，伊丽莎白女王指派伯勒特爵士为嘉德骑士事务大臣以兹奖赏。四月份，看来无论是人或神，都已经没有立即性的报复危机后，伊丽莎白女王开始改口，称玛丽·斯图亚特之死有其必要性与公正性；最重要的是，玛丽·斯图亚特死后，她便不再需要面对内部反抗的威胁，因为天主教反叛的势力失去了重心，也没有合法继承王位的人选，现在已经没有什么能阻挡由身为新教徒的詹姆士六世继位。境外的天主教徒认为他们在英国境内的教友，应将菲利普国王视为救赎，但他们却大大地低估了伊丽莎白女王麾下天主教臣民的忠诚与爱国心，菲利普国王对他们来说，等同于玛丽·都铎时代的恐怖统治，而他们对西班牙人统治英国的恐惧感也并不亚于效忠伊丽莎白女王的新教臣子。
七月三十日，在女王的命令下，玛丽·斯图亚特的棺木终于在法瑟林盖下葬；在夏日将至之际，她的遗体几乎成了影响健康的乱源，传出极度难闻的臭味，几乎没有人敢进入摆放她遗体的屋里。她的遗体被移往彼得伯勒大教堂（Peterborough Cathedral），以皇室礼仪与壮观的盛典风光下葬。一六一二年，詹姆士一世下令将母亲的棺木移灵西敏寺，放置在伊丽莎白女王下葬处对面的礼拜堂中。
22 胜利女神伊莉莎
莱斯特伯爵仿佛为所欲为般，再度带着全新的三千兵力与一队战舰，于一五八七年六月二十五日重返荷兰。帕尔玛公爵故意使出时间战术，一度提出和平诉求，花了几个月的时间，进行迂回曲折的协商。
七月二十九日，罗马教皇与西班牙签署了一项条约，同意由菲利普国王提名任何一位他认为适合担任英国统治者的人选，唯一的条件是，这个人必须在英国重建天主教信仰。九月份，菲利普国王下令要帕尔玛公爵组织一支舰队准备入侵英国。伊丽莎白女王注意到敌国准备入侵的气氛，将所有的希望都寄托在和平协商的结果上，因为她知道英国没有强而有力的军队，仅有一支小小的海军，根本没有应战的实力。
同时，英国与荷兰盟邦之间出现了严重的分歧，眼见尼德兰可能就要爆发内战了，而莱斯特伯爵的无能就是造成现况最主要的原因，于是这一年的秋天，他向伊丽莎白女王提出自己在荷兰毫无用处的说法。女王便在十一月十日将他召回英国。在他离开之前，还下令制造一个纪念章，上面镌刻着他的传奇：“我不愿离开的并非人们，而是那忘恩负义的一群”。
回到英国宫廷中，他气愤地发现，虽然女王表面上亲切地欢迎他，但私下对于他无法与盟友间更进一步地团结并阻挡西班牙的推进感到相当不满。无法面对女王的斥责，他只好退到温斯特去，并放弃担任了将近三十年的骑士统领头衔，并说服女王将这个荣耀赐予他的继子小艾赛克斯伯爵。
在莱斯特伯爵二度离开英国前往荷兰后，年纪轻轻的小艾赛克斯伯爵与女王变得更加亲近，再透过他新建立的势力为继父赢得优势，毕竟继父对他的栽培，就是为了挽回自己政治上的颓势。也因为两人之间的情感，因此他们从未互相敌对。伊丽莎白女王为年轻的小艾赛克斯伯爵着迷不已，总是将他带在身边，认为有他在身边的生活相当有趣。他拥有伊丽莎白女王喜欢的各种男性特质，但女王相当清楚，他完全没有政治敏锐度。整个夏天，宫廷人士都看他忙着陪女王散步、骑马，晚上则常见两人一起玩牌或听音乐，直到“清晨的鸟鸣声声唤”。
小艾赛克斯伯爵拥有贵族血统：他的身上流着金雀花王朝的血液，同时从小也接受了莱斯特伯爵那严格的新教信仰。他具有骑士精神、自信满满且十分大方。他会写十四行诗，执笔的信件相当时髦、掷地有声，他在宫廷的化装舞会中总是表现良好。他身材看来“十分修长”，拥有红褐色的头发与胡髭，还有高雅的双手。
女性难以抵挡他的魅力、他的男子气概与他健壮的体格，伊丽莎白女王也不例外，尽管她比他年长了三十三岁。但这个年轻人也免不了要花言巧语地称赞女王，或假装被女王的魅力深深吸引，伊丽莎白女王就需要这样的注意力。传言中，她有永生不摧的美丽，她也刻意助长这样的传闻，但到了这个年纪，要维持传言中的姿态越来越困难，她只好使用假发与化妆品来协助。但在小艾赛克斯伯爵的陪伴下，她似乎恢复了逝去的青春。但女王似乎总把他当成自己无缘拥有的儿子，而非爱人或追求者。历史上从未有任何证据显示女王对他有任何非分之想，但曾有人推断，就外貌与体格而言，小艾赛克斯伯爵都让她想起了托马斯·西摩，在她青春正好的时期，唤醒她的性欲的那个男人。
但小艾赛克斯伯爵也有黑暗的一面。他有时相当情绪化、傲慢跋扈、莽撞无礼、难以相处，当他的脾气上来时总是冲动不已。他不懂自律，更不懂得“隐藏情绪。总是喜怒形于色”，也总是“非常容易被激怒，又难以平复情绪”。他是一个复杂的男人，生活过得仓促，但有时又仿佛活在自己的世界般爱做白日梦，做起梦来，连自己吃饭时吃了什么都不知道，也不在意自己的衣着是否搭配得宜。他总是迈开大步向前走，头部则总是向前倾。他的性格与其他的宫廷人士一样令人费神疑猜，但偶尔与人有了亲密接触后，他总会赶紧前往教堂，在神面前告解好几个小时。尽管他喜欢宫廷华丽炫目的生活，他也喜欢在查特里家中的安静生活。自小，他就有神经衰弱的问题，病情严重时，他甚至必须卧床多日，浑身发热、颤抖、重度忧郁，无法理性地说话或思考。
总是以自我为本位的小艾赛克斯伯爵拥有极大野心；总是想成为剑客中的佼佼者、宫廷中威风凛凛的年轻豪侠，但为了享受豪奢的生活，他需要很多钱，但在这方面却总是匮乏。因此他的生活总是寅吃卯粮，他的财务状况总是在破产边缘，也因此包括女王等人在财务状况许可下总是尽可能地帮他渡过难关。
年纪轻轻的小艾赛克斯伯爵，仿佛有用之不竭的精力，也想要在军事领域上有所作为。菲利普·西得尼死前将剑传给了他，因此他自视为菲利普·西得尼的传人，同时他对自己也相当有信心，认为自己有领导才能，能激发人们奉献的精神。他在这方面的确有相当程度的天分，但他有时行事太过轻率，也过于自负。“没有任何人比他还要更渴望荣耀，”康登记录下这些现象，“也没有人比他更不在乎荣耀以外的一切。”
有一个人相当妒忌小艾赛克斯伯爵的崛起，这个人就是莱礼爵士。他原认为自己能取代莱斯特伯爵，成为女王跟前的第一大红人，但江山代有才人出，他的光芒早已相形失色。莱礼爵士仿佛着了魔般地妒忌着，更暗自决心要颠覆小艾赛克斯伯爵显赫的地位。但当小艾赛克斯伯爵获得进入女王寝室，与女王交谈的殊荣时，负责在门外过滤访客的莱礼爵士，只能将愤怒与怨恨埋在心里。
只要可以，他绝不会放过痛击对手的机会。小艾赛克斯伯爵的姐姐桃乐丝小姐在与人私奔之后，就被禁止入宫了。但这年的七月份，伊丽莎白女王出巡，走访华威伯爵的豪宅诺斯堂时，华威小姐认为伊丽莎白女王的怒气已灭，便邀请桃乐丝小姐与小艾赛克斯伯爵为宾客。莱礼爵士含沙射影地向女王告状，表示小艾赛克斯伯爵将姐姐带进诺斯堂，因为他认为自己对女王不敬也没有关系。伊丽莎白女王大为光火，因此下令要桃乐丝小姐待在房里，一直到女王离开后才得露面。
