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这一年的春天，决心打压西班牙的海军实力到底，确保菲利普国王再也无法派遣无敌舰队来威胁英国，伊丽莎白女王决定派出德瑞克爵士、约翰·诺利斯爵士与莱礼爵士，带着一百五十艘船与两万名士兵，前往葡萄牙摧毁敌军残余的势力，同时英方忧心葡萄牙爱国分子可能会群起反抗，因此准备由非法觊觎葡萄牙王位的唐·安东尼奥登基。
小艾赛克斯伯爵盼能从中获利清偿债务，积极想要争取出征的机会，但四月初，女王有感他的轻率鲁莽，因而禁止他前往，小艾赛克斯伯爵公然抗命，在女王未允诺的状况下擅自离宫，不顾一切地奔赴法尔茅斯，在四十八小时内奔驰了二百二十英里。当伊丽莎白女王得知他抗命的消息时，小艾赛克斯伯爵已经成功说服罗杰·威廉斯爵士（Sir Roger Williams）让他加入，并出航到海上了。伊丽莎白女王非常生气，派遣佛朗西斯·诺利斯爵士与亨斯顿勋爵搭上轻艇，在英吉利海峡逡巡缉拿小艾赛克斯伯爵，当此举毫无所获，女王便在给德瑞克爵士的一封信中，大大地谴责威廉斯爵士的行径：
他的罪过如此沉重，甚至得宣判死刑。我只要你们不择手段将他押回，严密地看守他，直到我给予新的命令，若你们不从，将可能招致灾祸，因为国家有尊严，希望你们遵从。我要直截了当地命令你们，立即以安全的方式遣送（小艾赛克斯伯爵）。若你们不从，就该接受应得的痛苦，这绝不是儿戏。
女王也写信给小艾赛克斯伯爵，抱怨他“突兀又毫无责任感地离开宫廷、擅离职守；此举对我们的冒犯，理应不难想象。我给予你太多的善意与恩惠，信任你不会擅离职守，却反而使你忽略、遗忘了自己的责任”。
女王的信件花了两个月才送达，当船舰抵达里斯本时，小艾赛克斯伯爵依然在船上，德瑞克爵士发动了一场突袭，但因为葡萄牙方面无法如实起义对抗，因而失败。接着，他们无视于伊丽莎白女王的命令，推进亚速尔群岛，盼能拦截西班牙宝物舰，却在六月底时遭遇海上强风，因而被迫退回英国。历史上有各种不同推测，显示有四千到一万一千人因而死于疾患，伊丽莎白女王也大大损失了四万九千英镑：这次的出航完全是场灾难。
伊丽莎白女王将怒气发泄在德瑞克爵士身上，她有好一段时间，不愿再让他主掌规模如此大的探险任务，当然还有诺利斯爵士，而小艾赛克斯伯爵反而成了返国英雄，但伊丽莎白女王注意到莱礼爵士出色的表现，于是赐予他一枚奖章。她甚至原谅了小艾赛克斯伯爵与威廉斯爵士的抗命，无视小艾赛克斯伯爵刚愎自用的行为，指其为“年轻人的冲动”，因此维持了一段时间的和平。宫廷大开宴席、打猎与马上长枪比武，而小艾赛克斯伯爵“则在女王陛下的好评之中，日复一日地壮大声势”。
然而伊丽莎白女王对他的好意，只是更加深了他的不满，让他开始秘密与詹姆士六世通信。而他的姐姐潘妮洛普·瑞奇（Penelope Rich）则向苏格兰王表示，小艾赛克斯伯爵“感到非常厌烦，认为自己仿佛过着奴隶般的生活”，希望能看见王权轮替，但詹姆士六世却不为所动。
七月份时传来消息，为了报复他杀了吉斯公爵，一位疯狂的修道士暗杀了法王亨利三世。因为亨利三世膝下无子，又是瓦洛王朝的最后一个传人，因此便由他那信仰新教的妹夫纳瓦拉的亨利（Henry of Navarre）继位，成了法王亨利四世（Henry IV），也开启了波旁王朝的历史。
西班牙的菲利普国王马上巧立一位天主教的继位者，企图夺取法国王位，但伊丽莎白女王嗅到此举背后的危机，坚决支持新王亨利四世。她于十月份派遣一支由魏勒比勋爵（Lord Willoughby）带领的精兵前往诺曼底，并连续五年金援这支部队，破坏西班牙的反对力量，并协助亨利四世稳坐王位。
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在不堪长期过劳之下，弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士于一五九零年四月六日逝世，死时为了服侍女王几乎濒临破产，只得瞒过债主在一个夜里下葬，以免他们扣押他的棺材。他对伊丽莎白女王一向忠心，传闻中，他在欧洲各地部署了五十五位探子，保护女王不受天主教敌人恶意侵犯。英国多数人对他的离去感到相当哀伤，但“对我们来说是好消息”，西班牙菲利普国王曾这么说。
伊丽莎白女王并未指定任何人与沃尔辛厄姆爵士共同管理英国情报网，也没有马上找人替代他。接下来六年的时间，国务大臣一职就由罗伯特·塞西尔一肩挑起，而女王也相当信任他的能力。伯利男爵培养他的儿子做接班人，对于儿子进步快速也感到相当满意。
出生于一五六三年的罗伯特·塞西尔，据传在婴儿时期被一位粗心的保姆摔到地上，因此让背部畸形、身材矮小、发育不良。罗柏·侬顿就形容：“针对他个人的部分，老天爷待他相当苛刻，但若要说到脸庞，那可是他最值得骄傲的部分。”伊丽莎白女王昵称他为她的“小矮人”或她的“小精灵”。“因为是女王起的小名，因此我并不讨厌。”罗伯特·塞西尔表示，事实上他对于自己身体的残缺非常敏感，因此痛恨这个名字，但他的对手常残酷地以此来开玩笑。
因为学习力敏锐，他在前往剑桥就学前便已接受导师的调教，之后更前往法国与尼德兰进行外交任务，一五八四年被选为英国国会议员。他反应很快，也有极佳的专注力。他除了是一个十分机灵的政治人物外，也拥有相当的行政才能，且面对吃重的工作也有无限的能力，许多人总是说常常看见他“满手拿着文件，满脑想着事情”。“打从娘胎就是个宫廷奇才”，他拥有绝佳的演说才能、讨人喜欢的举止与诙谐的幽默感。他并不缺乏狡猾与机灵，但与伯利男爵相较之下，更缺乏原则。尽管女王对待他，并不如对他父亲那般亲近，但女王仍是全然地信任他。
此时的情势来看，伊丽莎白女王透过拔擢伯利男爵的儿子与莱斯特伯爵的继子，仿佛想要让宫廷的气氛回到她年少之时，然而尽管罗伯特·塞西尔非常愿意与小艾赛克斯伯爵分享荣耀，但后者知道自己缺乏与宫廷人士的亲近互动，因此非常嫉妒罗伯特·塞西尔的政治地位，并决心破坏他的声望。他并不认为自己无法获得宫廷人士青睐并且成为主要的政治参事；也不明白伊丽莎白女王为何从不将“国内事务的权威”加诸同一人身上。
小艾赛克斯伯爵坚持将塞西尔视为敌人，在宫廷中形成派系之争，成为伊丽莎白女王执政晚期的重大现象，因此也制造许多纠纷、贿赂与机会主义者。小艾赛克斯伯爵与许多宫廷中的追随者都渴求军事上的荣耀，更希望持续与西班牙对战到底，至于以罗伯特·塞西尔与伯利男爵为中心的派系，则以和平与稳定为主要诉求。从一五九〇年以后，小艾赛克斯伯爵开始在宫廷与国内各处推行贵族统治的概念。只要在宫廷中不受罗伯特·塞西尔青睐，或是赞成与西班牙持续对战的人，纷纷走向这条道路，积极地拥戴他。他也得到伦敦清教徒的支持。罗伯特·塞西尔则紧紧地抓住了宫廷官职与政治机会。在国会方面，他的父亲主宰上议院，而他则成为上议院领袖。
伊丽莎白女王面对她那一代的友人与参事们纷纷离世，也只能调整心态，适应当前较为年轻、较不协调的一代，这些年轻人的思想与品味与她差异甚大，对于长者的态度也越来越轻蔑。女王也得忙于维持宫廷的平和，维持初出茅庐的新派系间的平衡，对一位垂垂老矣的女性来说，这可是相当吃重的工作。
这一年的夏天，在英国所有的城市中，伊丽莎白女王出巡来到了毕乡修道院，由罗素小姐的女儿们负责接待女王，再前往米契汉、萨里等地，负责招待女王一行人的则是朱力斯·西萨爵士（Sir Julius Caesar），他献给女王“一件银丝织成的华服，上面用刺绣装饰得极其华丽，一件镶着纯金的黑色网状披风，一顶白色塔夫绸制的帽子，上面缀有许多花朵，以及镶有红宝石与钻石的全副黄金珠宝。女王陛下于九月十三日晚膳过后才心满意足地离开”。
事实上，这段时间对伊丽莎白女王来说相当哀伤。一五九〇年，死神带走了华威伯爵安布洛斯·达德利、过去曾负责看守玛丽·斯图亚特的狱卒士鲁斯柏立伯爵与时年已八十二岁的布兰琪·派瑞小姐（Blanche Parry，她是女王寝宫的首席女仆，打从伊丽莎白出生之日起便服侍着伊丽莎白）。
秋天时，伊丽莎白女王发现，小艾赛克斯伯爵于四月份秘密与沃尔辛厄姆爵士的女儿兼继承人法兰丝（Frances）结婚，她同时也是菲利普·西得尼爵士的遗孀。伊丽莎白女王认为法兰丝身无嫁妆，也毫无美丽可言，根本配不上小艾赛克斯伯爵，因此大发雷霆，整整生气了两周，才在他人的劝说下，接受小艾赛克斯伯爵只是做了他这个身份地位的男人应该做的事，那就是结婚生子。小艾赛克斯伯爵自己则使尽浑身解数，希望能获得女王的谅解，时间一久，女王紧绷的情绪也渐渐放松。
到了十一月十七日的女王登基纪念日，穿着一身黑的小艾赛克斯伯爵以葬礼的步伐走进怀特霍尔宫的骑士比武场，象征自己的耻辱；但在场观看的人很快就发现，女王早就原谅他了。尽管如此，女王却始终不同意将法兰丝视为他的妻子。两天后，他表现杰出，在参赛者之中脱颖而出。
英女王加冕典礼护卫官亨利·李爵士最后一次在幕后指导登基日马上比武大会，为了纪念这一天，他安排了一场护火贞女的盛装游行，音乐则由约翰·道兰德负责。纪念日过后，亨利·李爵士便与妻子——臭名远播的安妮·伐瓦梭尔退休，回到牛津郡的迪奇里公园。
就在这个时期，女王的教子约翰·哈林顿爵士愚蠢地在女王的侍女之间，流传他下流的翻译之作，亚力奥斯托（Ariosto）的第二十八本诗作《愤怒奥兰多》（Orlando Furioso），伊丽莎白女王下令清查是什么样的书引起这么大的欢笑声，但当她亲自阅读时却陷入震惊之中，并宣布这本书的内容不适合年轻女孩阅读。这位“淫秽的诗人”遭到严重的谴责，女王也规定他在翻译完亚力奥斯托的所有作品之前，不准踏入宫廷一步——这么巨大的工作量，几乎占据了他一整年中最美好的时光。
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到了一五九一年，小艾赛克斯伯爵受到已故国玺大臣尼可拉斯·贝肯爵士之子弗朗西斯·贝肯（Francis Bacon）越来越多的影响，他的哥哥安东尼（Anthony Bacon）过去十年来一直担任沃尔辛厄姆爵士在法国的探子，因此与亨利四世结为至交。他们的母亲则是伯利男爵的姐妹，但身为财务大臣的伯利男爵没什么时间照顾外甥，且认为这两个外甥蓄意要破坏他儿子的政治前途，因此一直拒绝将这两个孩子纳入门下。这件事严重地撕裂了家族情感，弗朗西斯·贝肯因而寻求外人支持，当然也就不令人意外了。
弗朗西斯·贝肯当时是个三十岁的律师，也是个博学多闻的国会议员，当时他就已经发行了历史、哲学与法律论述著作。“他的身材普通，未老脸上就已烙上岁月的痕迹；但风度翩翩恰如其分。”这是十七世纪历史学家阿瑟·魏尔森（Arthur Wilson）对他的形容。这位后来晋身成为大法官的弗朗西斯·贝肯，资质远胜罗伯特·塞西尔与小艾赛克斯伯爵，但女王始终不欣赏他，也从不赋予他应得的重责大任。事实上，弗朗西斯·贝肯与哥哥安东尼都是同性恋，这也有可能是造成女王对他们反感的原因之一。
弗朗西斯·贝肯很快便建立与小艾赛克斯伯爵的情谊，他很快就发现，只要获得这个新朋友的青睐，他就可以对抗罗伯特·塞西尔。高傲又工于心计的弗朗西斯·贝肯接着便看出可以利用小艾赛克斯伯爵“杰出的完美与美德”，以此来达成政治上的声望，同时挫挫罗伯特·塞西尔的锐气。但宫廷人士很快就注意到，尽管伊丽莎白女王愿意在合理范围内，给予小艾赛克斯伯爵任何想要的东西，却不乐见他过度扩张自己的派系，因此来到他身边盼能得到些许利益的人，总是败兴而归。人人都知道，女王害怕他会招来一大群追随者。
诡计多端的弗朗西斯·贝肯，很快就看出了端倪，于是写信给小艾赛克斯伯爵，献上诚挚的建议，试图让他了解自己在女王眼中的地位：“天生不愿被管束的人；享有非以崇高作为得来的地位；却十分受到爱戴；倾向军事行动——我想对世界上任何君主来说，再没有什么比这种形象的人更加危险，更不要说对女性，甚至女王陛下带来的忧虑。”于是他呼吁小艾赛克斯伯爵放弃军事上的野心，才能让女王放心，并透过和平的手段达成目的。这样的建议相当明智合礼，但刚愎自用的小艾赛克斯伯爵拒绝了。
对于自身日见增长的人气，他也并未做任何事情来平息伊丽莎白女王的妒意。女王不仅嫉妒他与其他人交好，更见不得他注意其他的女性。一次女王抓到他正在调戏女王的两位侍女，凯瑟琳·布里姬（Katherine Bridges）与伊丽莎白·罗素（Elizabeth Russell），便以相当厌恶的态度对他大吼大叫，甚至赏了情妇布里姬（她后来真的变成小艾赛克斯伯爵的情妇）一巴掌，并将这两个女孩赶出宫整整三天。但小艾赛克斯伯爵个性也同样善妒：只要女王对他在宫廷中的对手微笑，他就会发怒、生气很久。
五月份，伊丽莎白女王来到特欧伯兹，接受伯利男爵一家的招待长达十天，塞西尔家族筹划了一出戏，暗示女王应正式赐予在此行中接受女王册封为骑士的罗伯特·塞西尔国务大臣之职。女王并未看出他们的暗示，但三个月后便招揽罗伯特·塞西尔进入寝宫中服务。约在这段时间，已经长期受到痛风困扰，且年已七十岁的伯利男爵，请求女王准他退休。伊丽莎白女王只是开玩笑地问他，是否想成为隐士，接着以他是“英国福祉的栋梁”为理由拒绝他离开。
夏季中，皇家卫队队长莱礼爵士宣誓保护女王旗下的侍女，并获得进入的一把钥匙，他秘密地诱惑（但也有可能是被其诱惑）年纪最长的首席侍女伊丽莎白·贝丝·瑟洛克摩顿（Elizabeth Bess Throckmorton），她是尼可拉斯·瑟洛摩顿爵士的女儿。七月份她便与莱礼爵士珠胎暗结，但她与莱礼爵士的其他情妇不一样：她开始坚持要与莱礼爵士结婚，但任谁都看得出来，女王一定会认为她配不上他。这一年秋天，莱礼爵士与贝丝·瑟洛克摩顿秘密地结婚了。贝丝继续待在宫中，照样执行每天的工作，尽可能地隐瞒自己有了身孕的事实。
针对英国王位继承问题，依然有许多抱怨的声音，这在女王面前是禁忌的话题，聪明人都会尽量避免。这时的伊丽莎白女王忧心宫廷中的派系将成为阴谋者。因此比起过往更加忌讳指定接班人。年纪渐长后，女王更加忧心臣子们会以年轻的男性来取代她成为统治者。事实上许多宫廷人士已经开始秘密与苏格兰王詹姆士六世来往，因为他是最有可能的继位人选。因此这一年八月，当一位精明的国会议员彼得·文特沃斯（Peter Wentworth）发表了一篇名称为《对女王陛下继位人选的短谏》的无礼短文时，他很快就被迫入狱。
这一个月，女王展开了历年来最大张旗鼓的一次出巡。她走访了法纳姆，接着到萨赛克斯的考德雷城堡，接受蒙塔格勋爵与勋爵夫人（Lord and Lady Montague）的招待，女主人对于能接待女王实在感到相当荣幸，激动得扑向女王的臂弯不住哭泣：“噢，多么快乐时光哪！多么光辉的一天！”在这里，女王享受了几乎可比拟十六年前在凯尼尔沃思城堡的露天历史剧演出与各种新奇的经验。在一次野餐中，甚至摆出了长达四十八码长餐桌的大阵仗。
之后女王前往佩特沃思、奇切斯特、蒂奇菲尔德、普兹茅斯与南安普敦，回程时则经过贝辛与奥迪厄姆，抵达汉普郡的艾维萨姆，赫特福德伯爵在这里准备好一切，希望继自己三十年前娶了凯瑟琳·格雷小姐而失去女王的宠信后，能以此夺回女王亲信的地位。他雇用了三百人来扩建、翻修他的房子，并在公园中架起临时建筑，以招待整个宫廷来访的人士。他甚至在草坪上特别挖出了一个新月形的人工湖，湖中有三座船型人工岛，并种上树木作为桅杆、堡垒与土丘，女王抵达时就从这里鸣枪迎接。就在这座湖边，女王得以坐在绿色缎质顶篷下，欣赏水上历史剧的演出，还有乐团在船上为她现场演奏。女王在这里待了四天，这四天则有宴席、舞会、排球比赛（女王甚至“屈尊俯就”，在场观赏了九十分钟）、烟火表演、歌唱与富含寓意的娱乐节目。女王离开时，天空正下着大雨，一名诗人不禁说着：“太阳不在，夏日又何以为夏日？”女王则从马车上告诉赫特福德伯爵，绝对不会忘记此行的精彩。当她的座车离开公园时，她看到许多音乐家无视于庞大的雨势正为她演奏着，“她喊着要马车停下”，脱掉旅途上她总是戴着的面罩，对音乐家们表示“深深地感谢”。
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好几个月来，法王亨利四世一直写信给伊丽莎白女王，要求她的紧急援助，此时西班牙正与法国天主教势力并肩作战，已经占领了布列塔尼与诺曼底。伊丽莎白女王一直按兵不动，因为她不想让英国陷入另一场耗费巨资的外国战争。但她也不想看到西班牙军队又一次出现在英吉利海峡的对岸，于是，这一年的夏天，尽管她并不想花费任何不必要的开支，仍不情不愿地同意派遣四千名士兵前往诺曼底。
在所有的臣子中，小艾赛克斯伯爵不断要求她展开行动，且热切地请求女王让他带兵打仗，但女王拒绝了他。他又一次请求，但女王依然不答应。一直到他第三次请求，跪着哀求了两个小时，还有伯利男爵在旁敲边鼓，女王依然不为所动：他实在“太过性急冲动，没有资格职掌兵符”。一直到法王亨利四世亲自介入，伊丽莎白女王才勉强改变心意，告诉他也许可以带兵出征，但同时女王也警告亨利四世，这个小伙子“要的可能是主控权，而非协防”。部分人士认为，伊丽莎白女王无法忍受他不在的日子，更不敢想象万一他战死沙场又会如何。
八月份，小艾赛克斯伯爵总算与英军一同抵达法国，随即快马加鞭去贡比涅见法王亨利四世，并接受高规格的款待。很明显，小艾赛克斯伯爵把战争视为一种较高级的娱乐活动，因为大可利用职权自肥，他十分沉醉于身为军队指挥官的身份。但抵达法国后的第一个月，他几乎什么事也没做，眼睁睁看着法王在努瓦永奋战。小艾赛克斯伯爵的任务，应是围困鲁昂，但若没有法军协助，就无法完成任务。因此他开始夜夜笙歌，举办游行，甚至到敌方阵营之中进行鹰猎，无意义地让自己涉险，引发英国枢密院的一片责难。他无端地浪费时间与金钱，加上并未深思熟虑，没有向女王通报他的计划，让伊丽莎白女王因困窘而气愤难平。
“不管他在哪里，做了什么，或是想做些什么，都与我们无关！”女王气得跳脚，对于派他出兵一事感到万分后悔。在恼火之中，女王下令要他回国。
“看来女王陛下是想要毁了我。”他回以相同的怨怒。伯利男爵认为，女王事实上是想要见小艾赛克斯伯爵，于是说：“但愿女王别让私人情绪掌控了公共事务。”而历史证据则显示，这次伊丽莎白女王的确让情感凌驾于理智之上。
在小艾赛克斯伯爵离开法国之前，他违反了女王的命令，将二十四位支持者册封为骑士。这个草率的举动让许多人感到不祥，害怕他正在为了私人的原因建立权力网络。从伊丽莎白女王的观点而言，君主本身就是权力之源，如此随意地册封骑士，是女王特有的权力。伯利男爵试图隐瞒他的所作所为，保护小艾赛克斯伯爵别受到女王暴怒以对，但女王还是发现了，意有所指地表示：“在他册封那群骑士之前，他的贵族身份就已经让他开了一间救济院了。”
但当小艾赛克斯伯爵回到英国，施展他的魅力时，女王与他再度言归于好。几天后，在伯利男爵的影响之下，他竟然又得以回到鲁昂加入军队的行列。他在鲁昂写了这一封信给女王：
最美丽、最亲爱且最完美的君主：您寝宫的两扇窗户，就是我最重要的支柱，只要女王陛下信赖我，我也肯定坚心不移。女王陛下给了我一段假期，让我能表达我的爱意，我的命运就如同我的情感，无可比拟。若您不愿赐予我这样的自由，就请夺去我的生命，但请永远不要动摇我的坚定，因为面对如您这么伟大的女王，您没有权力命令我减少对您的爱意。
这次的军事行动以悲剧收场。小艾赛克斯伯爵夺下了高尔内——女王认定“这是个笑话，不是场胜利”——但就是这样了。他的部队受到疫病的袭击，士气低落，其中有三千人因生病而死或擅离职守，他的兄弟也在一场小冲突中丧命。当伊丽莎白女王抱怨他毫无进展时，因疟疾而生病的小艾赛克斯伯爵写了一封可怜兮兮的信给女王，抱怨她不够仁慈，“打碎了我的心与我的判断力”。他仅靠着与鲁昂总督一场温和的战斗，勉强保住了自己的颜面，但这也不过是个微不足道的慰藉。当女王下令要他辞去指挥官的职务回国时，他竟非常不公平地将这一切怪罪到伯利男爵与罗伯特·塞西尔头上，指控他们迷惑了伊丽莎白女王的心，女王才会因此不信任他。
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一五九一年十一月，女王走访了伊利寓所，探望忠心耿耿的海登爵士，当时他已经病重了，女王甚至“亲手为他服用汤药”。不久后他就因为肾衰竭而死，死时尚欠女王五万六千英镑。传闻指他心碎而死，因为伊丽莎白女王几乎追债追到坟墓里，一直要他还钱，但这根本不太可能。海登爵士之死，让女王再度陷入哀痛之中：眼见着曾与她亲近的所有人士，正一个一个离她远去。
有一段时间女王显得相当忧郁，笼罩在忧惧死亡的阴霾里，痛恨任何让她想起这个念头的话语。一次诺斯勋爵负责在餐桌上为她切肉，她问起未掀盖的餐点是什么。
“回女王陛下的话，那是个棺材派。”他答道。“棺材派”是当时的一种肉馅派，但这个字眼倏地点燃了女王的怒火。
“你怎么会蠢到给我一个这种名字的派呢？”女王怒吼着。她的反应等于是“警告许多宫廷人士，千万别在她面前提到任何与死亡有关的字眼”。
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小艾赛克斯伯爵于一五九二年一月返回英国。他一直希望的申请竞选牛津大学校长一事已经通过，但当他知道罗伯特·塞西尔提名的人选巴克赫斯特勋爵（Lord Buckhurst）雀屏中选后，整个人陷入暴怒之中。满脑子的妒意与抱怨，让他决定忽视弗朗西斯·贝肯要他寻求政治高位的建议，反而开始策划暗中破坏塞西尔家族的政治势力。
隔一个月，当安东尼·贝肯从法国返英时，小艾赛克斯伯爵随即寻求他的支持。安东尼是个难搞的人，原本就不稳定的脾气因为关节炎而更加严重，但他相当愿意将天分运用在辅佐小艾赛克斯伯爵上。他们决定由他来协助小艾赛克斯伯爵建立他专属的情报网，希望能因此打动女王，让女王觉得小艾赛克斯伯爵消息灵通，绝对有政治上的可信度，应认真对待他。小艾赛克斯伯爵也开始拉进与法国新教君主亨利四世之间的关系。
但这样还不够：他迫切地渴望他人的注意力与刺激感。到了三月份，他在宫廷中待得十分暴怒，“胸中充满做大事的渴望”，但弗朗西斯·贝肯却告诉他，他应该迈向“成为国家伟人”之路，别一直执著于他心心念念的战争带来的荣耀。女王身边多名参事都渐渐陨落，现在可是他的大好时机，他应该多加利用这一点。
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贝丝·瑟洛克摩顿凭空捏造了一段托词，顺利在二月份请假出宫，她跑到哥哥家，然后于三月份产下一子。这一段时间以来，她逐渐发福的体态，让宫廷中的传言甚嚣尘上，有些人甚至精准地猜出了孩子的父亲是谁。但莱礼爵士始终不承认，对外宣称：“这世界上没有什么女人值得我倾心。”
四月份，贝丝回到宫中，许多人都发现她瘦了一大圈。八卦流传得更为热烈，一直到五月份，莱礼爵士的“恶行”被女王知道了，一名宫廷人士记录下，女王“气愤异常，威胁着要让两人面对最残酷的刑罚。许多人认为，华德·莱礼爵士会失去在宫廷中的政治地位与晋升机会，以及女王的宠信；结束他迅速窜起的政治生命，现在，他飞得多高就会跌得多重，而许多人都在暗自欢喜”。
当时莱礼爵士正在海上服役，在巴拿马一带不断找西班牙船舰的麻烦，但他很快就接到“召回令，并随即返回英国”，陷入深深的耻辱之中，他因为欺君瞒上而犯下了不可饶恕的过错，勾引贵族贞女把贞操托付给他，还在女王未同意的情形下擅自成婚——后面两项都触犯了重罪。最糟糕的是，伊丽莎白女王觉得自己遭到背叛，因为多年来，莱礼爵士一直都是她非常宠信的爱将，而这场婚姻简直就让他过去信誓旦旦对女王的忠诚都成了笑柄。
到了六月，伊丽莎白女王将他与贝丝送入伦敦塔中，两人分开隔离在不同的牢房中。莱礼爵士受到的监管相对较松：他可以到花园中走走，甚至可能可以去探望太太，但他非常渴望重获自由，因此积极运用各种势力，盼能达成目的。
七月一日，听闻伊丽莎白女王即将离开伦敦，展开一年一度的出巡，莱礼爵士于是写信给罗伯特·塞西尔：
直至今日听闻女王即将远行为止，我从未体验过如此心碎的感觉，我以最大的爱与渴望，多年来跟随着女王多次出巡，现在却被她弃于黑暗的牢笼中。现在我离她很近，每两三天就能听到她的消息，不那么忧伤，但我的心仍堕入了深深的惨痛之中。我多么习惯看见她如亚历山大般奔驰、如猎神黛安娜般狩猎、如维纳斯般婀娜行走，当微风吹拂着她的头发，她那澄澈的脸庞就像个山林水边的仙女；有时坐在树影下的她，也像个女神，有时引吭高歌的她，就像个天使；有时弹奏着天籁的她，就像希腊神话中的俄耳甫斯。这世界多么残酷呀！一点小错便让我失去希望。她已不再是我信任的人，因为我得不到一丝怜悯。你诚挚的，不值得任何头衔与地位的W.R.
当天稍晚，听闻女王的驳船将通过伦敦塔，于是他恳求狱卒，也就是他的表亲乔治·凯鲁爵士（Sir George Carew）驾船送他到泰晤士河面上，让他可以亲眼看看女王，最好还能吸引女王的注意，但这位狱卒丝毫不敢放肆。凯鲁爵士后来向女王禀报，当时莱礼爵士竟企图自杀，但遭到另一位看守监狱的官员阻止，从他手上夺下了一把短刃，甚至在救援过程中割伤了手。凯鲁爵士也提醒伊丽莎白女王，若她不愿原谅，莱礼爵士可能会因此发疯，但女王完全不受威吓。
但莱礼爵士并未在伦敦塔中待太久。八月初，一艘西班牙宝藏船遭俘，带着价值达八十万英镑的宝物被拖进了达特茅斯。多数的宝藏都被英国籍船员与当地民众瓜分，当卡门伯兰伯爵（Earl of Cumberland）抵达，准备为女王取得她的持份时，引发了一场暴动。女王清楚知道，只有莱礼爵士能重建社会秩序并确保宝物平均分配，因此同意让他出狱。当他抵达达特茅斯时，受到海军将士们的拥戴，但此时所有的珠宝早已不见踪影。但他却成功取得女王的持份，只是其他的投资人，包括他自己，都被迫牺牲。
伊丽莎白女王同意恢复莱礼爵士的自由身，但禁止他入宫。她的怒气丝毫未稍停歇，他只能静默地生活着。接下来的五年，都住在前一年女王恩赐给他，位于德文郡的舍伯尔尼城堡中，“像只离水的鱼，苟延残喘”。随后贝丝正名为他的妻子，于十二月被释放后，也来到舍伯尔尼城堡与他住在一起。
在英国国家海事博物馆中，一幅小马库斯加拉德的神秘画作中，似乎就描绘出莱礼爵士遭罢黜一事。近来进行画作整理后，发现在这幅画中，有一名看来像莱礼爵士的男子被抹去，同时也发现背景中也有一位瘦小的女性，背靠着座椅。她的红发上带着贵族的小冠冕，脖子上则有象征官职的项链，手中握着一把羽毛扇，可想而知，这位就是女王，当时则因不满而避开莱礼爵士。对于莱礼爵士的陨落，小艾赛克斯伯爵因失去一个重要敌人而幸灾乐祸。
这一年的夏天，当女王出巡时，英国爆发了多年来最严重的黑死病疫情。为了远离伦敦，女王远赴西部格洛斯特郡的休德利城堡，接着前往巴斯。此时她已经原谅哈林顿爵士在《愤怒奥兰多》事件中的所作所为，因此前往巴斯附近的克尔斯登拜访他，他以诚敬的心，将装订精美的翻译著作奉上。
伊丽莎白女王此时感到大权在握。一名德国访客就发现，她“就像个十六岁的女孩”，无论是外表或体力都一样。九月份时，女王再度造访牛津郡，她即兴地以拉丁文响应不久前听到的演说，观看荣誉学位的颁赠，也参与辩论会、布道会、讲课、晚宴与三场乏味的喜剧表演。在她到访的最后一天，女王发表了临别感言，表示：“就算我能将一张嘴换成千张，也无法言谢。”接着她发现可怜的伯利男爵连站都站不稳，竟中断演说，下令仆人们准备担架。“若我能好好照顾你的身体，我能忽视你的心吗？”她做此结论：“但愿不会！”
当女王站在夏托瓦丘上，回望整个城市时，她说：“别了，别了，亲爱的牛津！愿神佑汝，世代交替源源不绝，尽享神圣与美德。”接着她便前往莱科特，住进老友诺利斯勋爵夫妇家中。
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新年时，宫廷里因假面剧与其他新奇的事物而充满开心的欢笑。一五九三年二月时，小艾赛克斯伯爵的情报网已经健全，女王对此感到相当惊奇，最后终于任命他为枢密院一员，他时年二十七岁。现在他终于有了政治家的身份，他总是孜孜不倦，只要有枢密院会必到，也会为了国家利益与对手合作。“此刻对他的贵族地位来说最重要的就是洗心革面。”一位枢密院成员描写了这件事，“洗清年轻时犯下的过错，培养荣誉又严肃的态度，他的演说与判断力格外受到欣赏。”尤其针对外交事务上的相关知识，很少有人能与之匹敌。但小艾赛克斯伯爵决定要善用自己的地位，就算散尽家财来扩大势力也不足惜。
总检察长这个职位相当于女王的礼物。四月份，当这个职务空下来时，他特别运用自己的影响力，为弗朗西斯·贝肯得到这个机会。只是那段时间，弗朗西斯·贝肯在国会中针对女王专属预算问题提出质疑，因此伊丽莎白女王对他并不高兴。当小艾赛克斯伯爵提出这个人选时，女王爆发一阵狂怒，并禁止贝肯觐见。
几个月来，小艾赛克斯伯爵运用他的势力，试图赢得女王的赞同，认为“想要拉拢女王，没有什么比诚挚的恳求更有效”。只是，尽管他不断争辩与哀求，女王总是坚持认为脾气暴躁的爱德华·柯克爵士（Sir Edward Coke）——也就是当时的检察长——是个比贝肯更称职的律师，除了“坚持己见”外，她也时常过于忙碌或“反复无常”，以致无法讨论相关问题。她向缠人的小艾赛克斯伯爵表示，“她会接受更有资格评断此事的人的意见”，小艾赛克斯伯爵于是在一次争吵中向贝肯表示：“女王跟我说，没什么别的说，就可以早早上床了。我怀着盛怒离开了。明天我还要去找她。周四我更要写封劝诫信给她。”
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西班牙的菲利普国王并未放弃打着天主教旗帜征服英国的野心，近来他几乎重建了西班牙海军，“脑中除了复仇，没有别的想法”。英国再度陷入遭侵略的危机之中，但信心满满的伊丽莎白女王向国会表示：
对于他的威胁，我一点也不害怕。他完善的准备与强大的军事威胁吓不倒我。尽管他挟着比以往更强势的威力前来，我毫不疑惧，我知道神会助我，定能打得他落花流水。正义在我这一方，我有稳固的立基——绝不会失败，在争论之中，神会站在正确的一方。
英国国会非常具有政治正确性地投票通过给予女王三倍的特别津贴，对此，伊丽莎白女王“以君主对臣子们最大的爱，致上她的谢意”。这一年夏天，又来了一阵风，让西班牙船队无法如期出航，伊丽莎白女王再度表示，这是老天垂怜她，她将这样的奇迹视为神的恩赐。
七月份，发生了一件令伊丽莎白女王震惊不已的事情，她的盟友法王亨利四世，为了让自己更能稳坐王位而改信罗马天主教，并宣布：“巴黎可以举行弥撒。”女王写信给他：“听闻这个消息，可知道我的灵魂感受到多大的悲痛，多大的遗憾与多大的压力！做了亏心事却希望能有好的结果，这样的想法十分危险，但我仍盼望你能更加理智。”但当亨利四世再度发布宗教容忍的官方命令时，伊丽莎白女王的担忧顿时缓解，于是她并未停止支持法国对抗西班牙，毕竟若能赢得这场战争，对英国也有好处。
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这一年的夏天，英国爆发了比前一年更严重的黑死病疫情。伦敦的剧院被迫歇业，除了短暂前往萨里的萨顿寓所、帕尔汉公园与萨赛克斯的考德雷公园外，女王在圣诞节以前，主要都只能待在温莎。她在此欢庆六十岁生日，多数时间都用来翻译波爱修斯的作品，她几乎都是亲手提笔翻译，且十二天内就完成了。经过英国国务大臣的提醒，她从十月十日到十一月五日这二十五天，
首先要扣掉四个星期日、三个其他假日，六天女王陛下外出骑马、呼吸新鲜空气，只能忍住翻译的渴望，这样的日子加起来一共有十三天。因此只剩下大约十二天的时间。以每天花两小时翻译来计算，女王陛下从开始翻译到结束，可以说只花了二十四小时的时间。
她的手稿至今依然存在，看起来却是相当杂乱的涂鸦，拼字随意，且随处都有女王更改涂写的痕迹。
冬日来临，对于指派一位新任总检察长，女王依然支吾拖延。小艾赛克斯伯爵也依然纠缠着女王，希望她能选择贝肯，但女王心意已决，只想做出自己的选择；若她无法坚定地反制小艾赛克斯伯爵，人们就会认为年纪增长影响了她的判断力。因此她坚决无视于他挫折的眼泪，当他擅自离宫，以为能动摇女王的心意时，女王也努力忍住情绪。但这些冲突都让宫廷气氛不佳，当他终于回宫时，女王长篇大论地严厉斥责并诅咒他擅自离开她。接着两人又感性地和解，一直到下次提起这个议题前，两人都维持着良好的关系。
一五九四年初，伯利男爵请求女王决定由谁出任总检察长一职。小艾赛克斯伯爵因而出言挑衅，直言：“我会用尽我的权力、势力、职权与友好关系，拼命也要捍卫贝肯达成理想的权力。”这件事因而继续拖延下去。
这一年，伊丽莎白女王在怀特霍尔宫度过新年，她高坐在豪华的王座上，观赏戏剧与舞蹈表演，一直到凌晨一点，身边则有她的“野马”小艾赛克斯伯爵守候着。一位年纪较长的宫廷人士安东尼·史丹顿（Anthony Standen），眼见女王不断与小艾赛克斯伯爵说话，并以“甜蜜又宠爱的态度”抚摸着他，于是豪气地表示：“在我的老眼之中，女王依然与过去一样美丽。”但那其实是压力相当大的一天，因为小艾赛克斯伯爵发现了一桩对抗女王的密谋，背后的主谋其实与女王相当亲近，而这个人当天才被逮捕。
罗德里戈·洛佩兹（Roderigo Lopez）是个葡萄牙犹太人，一五五九年时，为了逃离异端裁判所的迫害而逃至英国，接着改信基督教，并在伦敦行医，自此平步青云。很快，他就成了圣巴托罗缪医院的资深大夫，包括莱斯特伯爵、沃尔辛厄姆爵士与小艾赛克斯伯爵都是他的病人。一五八六年，他成为女王的首席御医。
身为犹太人的洛佩兹一直不受欢迎：传言中，就是他提供了毒药给莱斯特伯爵，妒忌他的对手则诋毁他那令人信服的精湛医术。他树敌无数，其中一位就是小艾赛克斯伯爵，因为他拒绝成为小艾赛克斯伯爵旗下的探子，且小艾赛克斯伯爵将他当作医生，透漏自己的隐疾，却遭到他无情的泄露。伊丽莎白女王无视于此，因为她的宠信与他逐渐累积的财富，洛佩兹得以无视这些纷扰。
小艾赛克斯伯爵此刻成了反西班牙集团的领袖，也是宫廷中引战派成员。他与当时住在英国，非法觊觎葡萄牙王位的唐·安东尼奥（Don Antonio）建立友谊，希望能透过他来挑衅西班牙。小艾赛克斯伯爵知道，菲利普国王希望能暗杀唐·安东尼奥，小艾赛克斯伯爵于是派遣安东尼·贝肯去保护他。贝肯也因此发现，一位曾因唐·安东尼奥而失去一切，心怀不轨的葡萄牙支持者埃斯特班·斐列拉（Esteban Ferreira），当时正住在洛佩兹医师位于霍尔本的家中，同时也秘密接受西班牙的金援，密谋对觊觎王位的唐·安东尼奥不利。
小艾赛克斯伯爵向女王通报此事，女王于是下令逮捕斐列拉。洛佩兹医师请求女王释放他，表示唐·安东尼奥对他并不好，而斐列拉只是在为英国与西班牙的和平努力，但女王对此说法却表现出“不悦与不同意”，结束了这次的谈话。
两周后，另一位与洛佩兹医师有关联的葡萄牙人高美兹·狄亚维拉（Gomez d’Avila）也因疑似在桑德维奇涉入间谍工作，而遭到逮捕。斐列拉警告洛佩兹医师，若高美兹落网，就有可能将他们和盘托出，洛佩兹医师则表示自己已三度阻挡高美兹来到英国。而这些信件则遭到小艾赛克斯伯爵安排的探子拦截。
斐列拉获知洛佩兹医师背叛了他，于是从实招来，表示洛佩兹医师多年来都接受西班牙金援。高美兹则在肢刑架的威胁下，招出他们全都在暗中密谋对付唐·安东尼奥。另一位葡萄牙人提诺可（Tinoco）则在审讯中向小艾赛克斯伯爵承认，他是西班牙耶稣会派来英国的奸细，目的是要协助斐列拉说服洛佩兹医师倒戈，协助菲利普国王。只要提到西班牙的名称，便能挑动小艾赛克斯伯爵的敏感神经，他认定这些人的证词背后隐含的意义，就是密谋要取女王的性命。
因此，一月一日洛佩兹医师遭到逮捕。他被囚禁在艾赛克斯宅邸（也就是过去的莱斯特宅邸），同时他的住所也遭搜索，但却始终未能找到任何可疑物品。当他接受伯利男爵、罗伯特·塞西尔与小艾赛克斯伯爵的侦讯时，便提出了相当可靠的证据。伯利男爵与罗伯特·塞西尔于是前往汉普顿宫，告诉女王他们确定这个多年来对她忠心耿耿的男子绝对是无辜的，整件事情是因为小艾赛克斯伯爵企图获得众人支持，才能对西班牙展开新一轮的攻击，导致策划多年的谋略失败。
小艾赛克斯伯爵仍坚持己见，但他到了女王面前时，女王却指控他心怀不轨，说他是“轻率鲁莽的年轻人，为了一己之私对付可怜的人，尽管他无法证明自己，但她知道他是清白的”。女王挥挥手要他噤口，接着让他退下。接下来两天，又羞又怒的他感到疲惫不堪，随后又振作了起来，决心找回自己的荣耀，证明自己是对的，并能成功对抗塞西尔家族，再下一城。他将洛佩兹医师移监伦敦塔，几乎不吃不睡地二度审讯其他疑犯。因不堪折磨，或在刑求的威胁下，他们只好说洛佩兹医师涉入阴谋中，同意以五万克朗[1]的代价毒害女王。这正是小艾赛克斯伯爵想要的证据，因此一月二十八日时，他便写信给安东尼·贝肯：“我发现了最危险、最极端的叛国阴谋。这场因谋最终的目的，就是要取女王陛下的性命。刽子手是洛佩兹医师；谋杀的方式则是下毒。”
