尽管张之洞和袁世凯之间嫌隙渐生，但张之洞在关键时刻还是救了袁世凯一命。
张之洞和袁世凯虽然在朝中地位相当，但由于张之洞城府很深，所以没有明显的政敌，处境比较平稳，而袁世凯则因曾出卖过光绪帝，被皇族所深恶痛绝。据说，光绪帝临死前留下遗诏：对袁世凯"时机一至，立予处斩"。光绪帝之弟载沣任摄政王后，声言为兄报仇，必诛袁世凯而后快；更重要的是，作为汉官的袁世凯占据军政外交要津，"权重震主"，为"亲贵集团"所不容。这样，光绪帝、慈禧死后，袁世凯立刻就处于岌岌可危的境地了。
张之洞非常明白唇亡齿寒、相辅相成的意义。他虽对袁世凯炙手可热的骄横颇觉不快，但他意识到，皇族们"除袁"的真实内蕴是排斥汉宫，所以就对袁世凯有同病相怜之慨。
有一次，隆裕太后召见诸位大臣，载沣在侧，太后宣布了袁世凯的罪状，说当初帝后不和，国政失调，都是袁世凯一人从中挑拨离间所致，所以应该对袁世凯处以极刑，以谢天下。当时诸王大臣都默不敢言，只有张之洞挺身而出，慷慨陈词，为袁世凯辩护，他说袁世凯没有能力离间帝后，而且袁世凯身负带兵重任，许多军事重地，也都是他的势力所在地，处置稍有不慎，就会导致灾难的发生。张之洞还说，当前皇帝年幼，而时局又很危急，这种情况下不能急着诛杀大臣，否则就会动摇国家的根基。只要罢了他的官，把他赶出北京就行了。听了张之洞的话，载沣没有说话，于是朝廷马上命令袁世凯回籍"疗养"。这种比较缓和的处置，避免了统治集团内部满汉势力的火并。
可以说，在阻止载沣杀袁世凯这件事上，张之洞起了重要的作用。张之洞谏阻杀袁世凯，是从维护清朝政局，缓和统治集团内部的汉满矛盾考虑，他事后曾对人说："如果杀了袁世凯，那么朝廷就等于是给杀官罢吏开了头，此头一开，就可能带来不小的祸患。我不是为袁世凯着想，而是替朝廷打算。"
