进化论是如何作为复杂的"设计"问题的解决方案的呢?进化论又是如何为一种现象做解释的呢?帕列夫认为，这种现象证明存在"非凡的钟表匠"。这些是本书主要论述的问题。这也是我一直以来关注眼睛和回声定位的缘故。然而，也存在另一些事物，那就是进化理论在此所阐述的、各种多姿多彩的现象：遍布世界各地的不同种类动物各异的姿态和形态、各种植物的千姿百态以及它们身上各具特色的特征。尽管我主要关注的是眼睛和其他复杂的布局，但我也不会忽视这一点：进化的其他方面在帮助我们理解自然的过程中起到了不可轻视的作用。在此，本章主要是关于分类学的研究。
分类学是关于如何归类的科学。对于某些人来说，这门学科有着枯燥乏味的狼藉声名，提起它，下意识里会与布满灰尘的博物馆和臭气烘烘的防腐液联系起来，几乎仿佛把它与动物标本制作混淆了。事实上，这门科学一点也不枯燥。我出于一种不能理解的原因认为，在生物的所有领域中，这门科学是充满最尖锐的冲突之一l的学科，它引起了哲学家和历史学家的兴趣，并将在任何有关进化的讨论中起重要作用。从分类学家中间产生了一些最为直言不讳的现代生物学家，他们假装为反达尔文派。
尽管分类学家主要研究动物或者植物以及其他任何可以分类的东西：像岩石、图书馆的书、恒星以及语言。有序的归类常常可以用便捷的方式、适合实际需要来描述，当然，这只是事实的一部分而已。摆在一个诺大的图书馆内的图书，只有当它们被管理员摆放整齐有序时才是有用的，只有这样，当你需要一本特殊主题的图书时才能寻到它。图书馆馆长的科学或者说是艺术就是一种运用分类学的实际操作。本着同样的原因，生物学家发现，如果他们能把动物和植物按照既定的种类命名分类的话，他们的工作就变得容易多了。但是若是说这是给动植物分类的惟一的原因的话，那就丢掉了重点。进化的生物学家发现活的有机体的归类十分特别，它们有着其他物体分类所不具备东西。遵循进化论的思想，所有生物都有一幅惟一正确且有分支的家谱，在此基础上，我建立了我们的分类思想。除了它的独特之处，这种分类还有着单一的品质，我称之为"完美的嵌套"。它的意思以及它为何这么重要是这一章的主题。
让我们举图书馆作为一个非生物的例子。关于如何把图书馆或是书店内的书归类，没有一套单一的、独特的而又正确方法。某一个图书管理员可能会把藏书分为以下几大类：自然科学类、历史类、文学类、其他艺术类以及外国作品等等。每一个大类再往下细分，馆内的自然科学类可能还细分为：生物学、地质学、化学、物理学等；自然科学类生物学部分的图书可能又被细分到生理学、解剖学、生物化学、昆虫等的书架。最后，在每个书架内，图书按照字母顺序摆放。馆内其他藏书的主要大类，像历史类，文学类，外国语言类等也按照类似的方式往下细分。因此，图书馆就是这样以一种方式分级分类，使得读者能够顺利找到他(她)所需要的图书。分级分类的方式十分方便，因为这种方式能让借阅者在茫茫书海中迅速找到他需要的图书。出于同样的原因，字典里的单词按照字母顺序编排。
但是，图书馆内的藏书不必按照惟一的层级分类法去排列。不同的图书馆管理员可能会对同一藏书采用不同的、然而也是按照层级分类的方法去组织排列。例如，他可能没有单独的"外国语言"这个类别，在每个合适的主题下他不论语言区别收藏图书：德语生物图书摆放在生物类书架上，德语历史图书摆放在历史类书架上等等。而第三个图书馆管理员可能采用更为极端的收藏图书的方法，不论何种主题的图书一律按照出版的年代顺序排列，读者则只能根据卡片索引(或者电脑设备)查找相应需求主题的图书。
这三个图书馆的排列计划各不相同，但它们可能都运行良好而且被很多读者所接受。顺便提及一下，尽管偶尔也可能不被脾气暴躁、年长的伦敦俱乐部会员接受，我曾在广播上听到他们严厉指责他们的俱乐部委员会聘用了一个图书管理员，那个图书馆保持那种无次序状态已经运行了近乎l00年，他们不明白为什么现在却需要管理了。当采访者微笑着询问他们图书馆应该如何管理时，他们毫不犹豫地吼道："最长的书排到最左边，最短的书排到最右边。"流行书店将图书分成主要的几大块儿，主要反映的是流行畅销需求，代替传统的自然科学、历史、文学、地理等类的分类方法，他们主要分为园艺类、烹饪类、电视预告、神秘类，我曾经看到一个架子上醒目地标着"宗教与不明飞行物"。
因此，如何给图书分类没有惟一的方法。一个图书馆管理员可能与另一个管理员在归类方法上有完全不同的意见，但是谁赢谁输并不能证明持这种标准的归类方法与另一种相比较而言是正确的。更确切地说，在舆论中随处可见的标准应该是"对于图书馆的使用者的方便程度"、"找到图书的速度"等等。从这个意义上说，图书馆藏书的分类方法可以说是武断的。这并不是说设计一套合适的归类系统不重要，这里所说的意思是在信息如此丰富的当今世界，没有一种归类系统能成为一种被普遍接收的、惟一正确的归类方法。但是，对生物分类有着对图书分类所缺少的特征，如果我们以进化论的观点来看的话至少是这样的。
我们可能设计出无数种给生物分类的系统，但是我不再说明任何像图书馆管理员一样武断的分类。如果单纯为了方便的话，博物馆的管理员可能根据尺寸和保存条件给他的标本分类：大型标本填充放置型的、干枯的标本穿在软木板上后盛放在托盘上；腌泡过的物体置于玻璃瓶中；用显微镜可见的物体制成幻灯片保存；等等不一而足。这些方便的归类方法在动物园内随处可见。在伦敦动物园，犀牛被关在"大象馆"，就因为没有比它们需要与大象同样加固的笼子更好的理由了。一位应用生物学家可能把动物分为有害动物(往下分为医学害虫、农业害虫、有直接危险的咬人或者叮人的动物)、有益动物(往下细分的方法与以上类似)和中性动物。一位营养学家可能根据它们的肉质对人类的食用价值将动物分类，同样有着细致的细分种类。我的祖母曾经为孩子们绣了一本布制的有关动物的书，其中的动物是根据它们的腿的数目分的类。人类学家已经记录了根据遍布世界各地的动物的族做的无数种细致的动物分类系统。
在所有这些能够凭空臆造出来的分类系统中，有一种独特的系统，它的独特之处在于在某种意义上说像"正确"和"错误"以及"真的"和"假的"这样的词都适用于它。这个独特的系统是建立在进化论的关联关系的基础上的。为了避免混乱，我将给出这个系统生物学家所给出的最严格的界定，那就是进化枝分类系统。在进化枝分类中，给有机物分类的最后标准是近亲关系，或者换言之是共同的祖先的相关的近因性。例如鸟类区别于非鸟类就在于鸟类起源于共同的祖先，这个祖先又是区别于非鸟类的祖先的。哺乳动物起源于同一个祖先，这个祖先也不是非哺乳动物的祖先。鸟类和哺乳动物有一个遥远的共同的祖先，与其他动物如蛇、蜥蜴和大蜥蜴所拥有的是一个共同的祖先。这个共同的祖先就是脊椎动物。所以，鸟类和哺乳动物都是脊椎动物。"爬行动物"不是真的分类术语，根据遗传分类学家的观点，因为这是个排除定义的名词：除了鸟类和哺乳动物的所有脊椎动物。换句话说，所有爬行动物的较近期的共同祖先(如蛇和海龟等)与非爬行动物的祖先有关，也即是与鸟类和哺乳动物的祖先有关。
在哺乳动物中，家鼠和鼠科动物有一个共同的祖先，豹和狮子有共同的祖先，黑猩猩和人类也是。紧密相关的动物就是有一个近期的共同的祖先的动物；相关性较远的动物则有一个较远期的共同祖先；远期相关的动物，如人类和蛞蝓有一个较早期的祖先。有机物不可能完全与另一种有机物没有关系，因为不能确定生命是否像我们知道的那样只在地球上起源过一次。
真正意义上的进化枝分类是严格的分级的。我将用这个表达法表示这样的意思：一棵有分权的树的支杈永远不会汇聚。在我看来(某些分类学派可能会有异议，这些学派在后面章节中我会叙述到)，它是严格意义上的分级分类而不是因为分级分类方便简洁，就像图书馆管理员的分类；也不是因为世界上的每一种东西自然而然地符合分级的样式，而是完全因为进化的遗传是分级的。一旦生命之树的分权超出了一定最小距离的极限(基本上是品种的极限)，这些枝干就不再汇拢到一起(可能几乎不会有例外情况，就像在第七章中提到的在真核状态下的起点)。鸟类和哺乳动物起源于共同的祖先，但是现在从一棵进化树上分开了枝干而且永远不会再会汇聚：永远不会有鸟类和哺乳动物的杂交物种。一组有机物有这样的特性：起源于同一个祖先，这个祖先不是"其他"组的祖先，这被称为进化枝。
另外一种表示这种严格意义上分级思想的是术语"完美的嵌套"。我们在一张大纸上写出任意一组动物的名称，然后给相关的动物画上圆圈。例如家鼠和鼠科动物用一个小圆圈联系起来，表示它们是近亲、有一个近期的共同祖先；豚鼠和水豚也用另外一个小圆圈联系起来。家鼠和鼠科动物与豚鼠和水豚圆圈(而且海狸和豪猪和松鼠以及其他许多动物)则相应地用一个稍大的圆圈连接起来，给这个圈标上"啮齿动物"。在大圆圈内部的小圆圈就叫做嵌套在大圆圈的内部。在纸的另外部分，狮子和老虎用一个小圆圈圈起来，这个圆圈和其他动物一起被一个名称为"猫科动物"的大圆圈圈起来。猫、狗、黄鼠狼等在一系列的圆圈中，然后被一个名称为"食肉动物"的大圆圈囊括在内。"啮齿动物"和"食肉动物"的圆圈被圈在一系列更多的圈中圈里，最大的圆圈被称为"哺乳动物"。
有关于这种圈内有圈系统的重要之处在于它是"完美的嵌套。"如果不在一种单一的惟一的情况下，我们画的圆圈决不会有相交的可能。拿出任意两个搭叠的圆圈出来，永远都是其中一个完全在另一个内部，内部那个圆圈所占据的部分永远都属于外部的圆圈，永远都不会有部分交叠。这种完美的分类嵌套的特性不能由图书、语言、油的型号或者哲学思想的派别来表示。如果一个图书馆管理员将生物类图书的圆圈和神学类图书的圆圈圈起来的话，他将会发现这两个圆圈有交叠。在交叠部分是有着类似"生物学和基督教信仰"标题的书。
从字面意思上看，我们可能期待着语言的分类能够表示这种"完美的嵌套"特性。语言，如我们在第八章看到的，呈现的是一种与动物十分类似的方式。近期从同一祖先分离出去的语言，像瑞典语、挪威语和丹麦语比起早期分离出去的语言，像冰岛语言，它们之间的差别要小得多。但是语言不仅分化而且汇聚。现代英语是德语和罗马语的杂交混合，而这两种语言很早就分化了，因此英语不完全符合任何分级嵌套图表。圈进了英语的圆圈可能会部分交叉和重叠。生物学上的分类圈是永远不会像这样交叉的，因为生物的进化在物种的较高等级上总是分歧的。
回到图书馆的例子，没有图书管理员能够完全避免中．-体或者说重叠的问题。把生物类图书和神学类图书紧紧相邻摆放然后把中间体摆在中间的过道里是没有用的。如何处理处在生物学和化学之间、物理学和神学之间、历史学和神学之间、历史学和生物学之间的中间体呢?我想我这样说是正确的：中间体是不可避免的，是所有分类系统中固有的一部分，而不是源于进化论的生物学。依个人观点看来，在我的职业生涯中，每当我打算适当地整理文件时，我感到这总是令我头痛万分工作：如何把我的书、学院寄给我的再版的科技论文(有中间物)和旧信件等归架。无论你采用哪一种归档方法，总有那么些烦人的几样不能归入其中，令人难受的犹豫不决总是导致我将多余的文件留在桌子上，常常是放了很多年直到能够安心把它们扔掉。我们可能常常不得不求助于一个不太令人满意的混杂类，这类一旦建立起来了，就有产生威胁的趋势。我常常想是否除了生物博物馆外的图书馆管理员和所有博物馆看守员都特别容易患溃疡。
在生物的分类上，这些归档就不会出现问题。也没有"能产生威胁，，的动物。只要我们处在物种的高级阶段，只要我们只研究现代动物(或者说任何给定时间段的动物)，就不会有令人尴尬的中间体。如果某种动物刚好就是一种笨拙的中间体，比如说就像是介于哺乳动物和鸟类之间的中间体，进化论者就能有把握地说它肯定是非此即彼。中间体的模样一定是一种幻想。不幸的图书管理员就不能如此放心地这么想。因为一本书完全有可能同时属于历史类又属于生物类。倾向于进化枝理论的生物学家从不沉溺于任何图书馆管理员是否用简单便捷的观点将鲸鱼归入哺乳动物或者鱼类，或者是介于哺乳动物和鱼类之间的中间体。我们所拥有的惟一的观点是事实。在这个例子中，就像它发生的那样，事实引导很多生物学家得出了相同的结论。鲸鱼是哺乳动物，而不是鱼类动物，而且即使有很小可能，也不可能是中间体。因为它们接近鱼类的程度，不比人类或者说像鸭的鸭嘴兽或任何其他哺乳动物接近鱼类的程度高。
确实理解所有的哺乳动物--人类、鲸鱼、像鸭的鸭嘴兽以及其他动物与鱼类同样程度地接近，因为所有的哺乳动物通过相同的祖先和鱼类相联系。神秘的是，例如哺乳动物，形成了一个梯子形状或者"等级"，其中较低级的部分比较高级的部分更接近于鱼类，这是一种与进化论无关的势力行为。这是一种旧的进化论之前的观点，有时候被称作"伟大的生物链"。这种观点早就被进化论所推翻，神奇的是它却成为很多人用来理解接受进化论的手段。我不能不把注意力转移到一场挑战中极具讽刺意味的事上，宇宙创造说的坚持者对于猛烈抨击进化论学者乐此不疲："创造出你的中间体。如果进化论是正确的，那么就应该有介于猫和狗之问或者青蛙和大象之间的中间体。但是有人见过蛙象吗?"宇宙创造说的坚持者曾经寄给我一个创造论的小册子，目的是为了用画有例如奇形怪状的怪物马而后面则移植了一只倒置的狗的图画来嘲讽进化论。这个册子的作者似乎想像进化论学者在期盼着这样一种中间产物的动物出现。这不仅仅偏离了主题，而且与主题正好相反。进化论所能给我们的最强烈的期盼之一是这种中间体是不存在的。这也是我将动物和图书馆的图书作比较的重点所在。
进化的生物分类有以下独特的优点：在丰富的信息世界条件下表现出完美的协调性。这也就是我说像"真"和"假"一类的词汇能够应用于进化枝分类的主张中的意思所在，尽管不能运用于图书管理员分类的任何主张中。但是，在此我要给出两点限制条件：
(1)在现实世界里，我们没有充足的信息。生物学家可能在祖先的证据上彼此不同意对方的观点，而且争论很难解决，因为证据不充足，即使说没有足够的化石留存下来。
(2)如果我们有太多的化石的话，不同的问题又会出现。如果我们努力去包括所有曾经存活过的动物而不仅仅限于现代的动物的话，分类的简洁有条理以及轮廓分明的目标鉴别能力就肯定会消失。这是因为不论多么遥远，两个现代动物--比如说一只鸟和一个哺乳动物，它们的确曾经在一段时期内有一个共同的祖先。如果我们面临着把祖先也归入现代分类系统的话，我们就要面临问题了。
一旦我们开始考虑灭绝的动物，没有中间体的命题就不再正确了。相反地，我们不得不满足于潜在的一系列连续的中间体。现代鸟类和现代非鸟类，如哺乳动物的区别是轮廓鲜明的，因为回溯到过去汇聚的中间体--共同的祖先已经死了。为了让观点论证得更有力一些，再想一想假设自然条件"温和"，给我们留下了一块完整的化石记录，其中有着每一种在地球上生活过的动物。当我在前面的章节介绍这种幻想时，我提到过，根据一种观点，自然条件实际上是很恶劣的。我开始考虑研究和描述所有化石的大量辛勤工作，但是我现在进入到那种自相矛盾的恶劣条件的另外一个方面。一块完整的化石记录将使得把动物归入不连续的、有名称的组的工作变得尤其困难。如果我们有完整的化石记录，我们就应该放弃不连续的命名，而求助于数学的或者图表的变化的尺度符号。而人类思想永远倾向于不连续的命名，因此，从某种意义上说，化石记录不全也没有什么大碍。
如果我们考虑所有曾经在地球上生活过而不只是现代的动物的话，像"人类"、"鸟类"的词汇将会变得和像在边缘地带的"高"与"矮"之类的词汇一样虚幻和不清楚。动物学家可能会为一块化石是否是一只鸟争论不休。确实，他们常常围绕著名的化石始祖鸟就这个问题发生争论。如果说"鸟／3鸟"比"高／矮"区别大得多的话，那只是因为在鸟月E鸟的例子中，令人棘手的中间体都死了。如果一场不寻常的选择性的灾难席卷了人类、杀死了所有人类中中等高度的人，"高"和"矮"将会成为像"鸟类"和"哺乳动物"一样意思明确。
这不只是动物学上的分类，这种分类仅仅是通过绝大多数中间体己经灭绝的传统事实，从一种模棱两可的尴尬中解脱出来的。人类的种族和法律同样是这样的。我们的法律和道德体系深受物种的限制。动物园的园长在法律上被赋予了杀死一只超出容纳范围的黑猩猩的权利，与此同时，任何他可能解雇一名多余的看守员或者卖票员的表示都可能会招致一场令人难以置信的暴风雨般的怒火。黑猩猩是动物园的所有物。人类在当今不是任何其他人的所有物，以这种方式区别黑猩猩的根本原因很难讲清楚，我在想，是否还有站得住脚的根本原因。这就是我们信仰基督教的惊人的物种歧视，一个受精卵的流产(它们大多数注定是要自动流产掉的)比解剖任意一只发育良好的成年黑猩猩的活体更能够引起人们在道德上的关注和正义上的愤慨!我曾经听到体面而又自由的科学家说，他们没有切碎活的黑猩猩的打算，如果可以选择的话，至少情感上也不愿意行使这项权利，但法律不干预他们那么做。这些人总是在人权遭到一丁点儿"干预"时第一个发怒的人。我们能够与这种双重的标准相安无事的惟一原因是人类和黑猩猩的中间体都已经死亡了。
人类与黑猩猩最后的共同祖先大约生活在距今500万年前，比黑猩猩和猩猩的共同祖先出现得晚，可能比黑猩猩和猴子的共同祖先晚3000万年。黑猩猩和我们人类99％的基因是相同的。如果在世界上某些被人遗忘的荒岛上发现存活下来的、能回溯到黑猩猩和人类的共同祖先的中间体，谁会怀疑我们的法律和道德传统将会深受影响，尤其是生物演化中产生很多可能的杂交物种?或者整个生命谱系将被赋予全部人权(支持黑猩猩)?或者将会产生有明文细则的类似种族隔离的种族歧视的法律体系，通过法庭决定某个物种是合法的"黑猩猩"或者"合法的人类"，而人类将会为自己的女儿想嫁给其他种族的物种而烦恼不堪?我想，这个世界已经发展得太富足，以至于我们希望这种惩戒性的幻想最终会实现。任何认为人类的"权利"是明显的、不言而喻的人应该反思那些令人尴尬的中间体碰巧没有幸存下来纯粹是一种运气。另一方面如果黑猩猩现在才被发现，它们是不是有可能被看成一种尴尬的中间体?
读完前一章的读者可能会评价说，假设进化以持续的速度前进而没有中断，如果我们不坚持现代的动物观，关于种类类别的整个论断都会混乱。我们进化的观点越趋于平缓顺利、持续地变化的极限，我们将鸟类或非鸟类、人类或非人类的词用于所有曾经在地球上生活过的动物身上的可能性越不乐观。因为极端突变论的科学家会相信真实地有第一个这样的人类存在：他突变后的头是他父亲的头大小的两倍，也是他像黑猩猩的兄弟的头的两倍大。
提倡"突变论"的学者就我们看来并不完全都是突变论者。至少对他们来说，从更持续的观点来看，看上去名称的模糊性肯定不比它将产生的问题严重。按照字面意思来看，如果每种在地球上生活过的动物都有化石保留下来的话，坚持突变论的科学家依然会遇到命名问题，因为如果我们深入细节的话，坚持突变论的科学家是真正的渐进主义者。既然他们假设我们决不可能找到记载了短时间内的巨变的化石，而同时可能找到记载了长时间的停滞的化石，那么，在坚持突变论的科学家眼里看来，命名问题没有坚持无突变论的科学家那么严重。就是因为这个原因，坚持突变论的科学家，特别是奈尔斯?埃尔瑞吉特别注意把"物种"当作真正的实体。对于一个坚持无突变论的科学家来说，只有在令人尴尬的中间体死亡了以后才可以确定物种的定义。极端的反对突变论的科学家从长远来看进化历史这个整体，他根本看不到物种是不连续的实体，他只能看到"污浊不堪"的连续统一体。在他看来，一个物种绝对没有界限分明的开始，只是有时会有明确的终止(灭亡)；有时又不会明确地结束，而是逐渐变成另外一种新的物种。与此正好相反，坚持有突变论的科学家认为，一种物种在一定的时问会灭绝(严格来说有一个数百万年的过渡的持续时期，但是依据地质学的标准，这个持续期很短)；更进一步，他认为物种有一个明确的至少是迅速完成的结束，而不是逐渐变成另外一种物种。根据坚持有突变论的科学家的观点看来，因为绝大多数物种的生命是消耗在没有变化的停滞阶段，既然物种有一个不连续的开始和结束，就可以得出这样的结论：对于坚持有突变论的科学家来说，一个物种应该有确定的、可以度量的"生命期"。坚持无突变论的科学家可能不把物种看做像有机生物个体那样有"生命期"；极端的坚持有突变论的科学家把"物种"看做确实不是徒有虚名的不连续的实体。而极端的反对坚持有突变论的科学家把"物种"看做任意的一段川流不息的河流，没有理由要划出确定的开始和结束的界限。
在一本坚持有突变论的关于一组动物的历史的书中，讲述了在过去的3000年前马的历史，剧中的主人翁都是物种而不是有机物的个体，由于坚持有突变论的科学家把物种看做真实的、本身有不连续特性的"东西"。物种会突然出现，也会随着它们的消失被战胜者取代。随着一个物种让位给另外一个物种，这将是一部胜者为王的历史。如果由一个反对坚持有突变论的科学家来写这同一部历史的话，他将会只是因为模糊方便而用物种的名称。当他纵观历史长河时，他看不到物种是一个不连续的实体。在他的剧中，真正的主角将是数量增减不定的有机物的个体；在他的书中，有机物的个体将会让位给下代的有机物个体，而不是物种让位给物种。那么并不惊奇，坚持有突变论的科学家相信在物种层面上的自然选择，他们认为这与达尔文在普通的个体层面上的选择相类似。而与此相反，坚持无突变论的科学家更愿意把自然选择看做是更高层次的选择而不是有机物个体层面上的选择，"物种选择"的思想对他们没有太大的吸引力，因为他们不把物种看做是经过地质年代的不连续的存在实体。
从某种意义上说，这是解决上一章遗留下来的物种选择这一猜想的最好时机。由于我已经在《扩展的显形》一书中阐述了我对进化论重要性的怀疑，在此我不再花过多时间叙述。大多数曾经在地球上生存过的物种已经灭亡，这是一个不争的事实。然而，新物种的出现是以一个至少与物种灭亡的速率相平衡的速率进行的，这也是一个事实，因此，存在着一种组成成员总是变化的"物种池"，随机地进入这个物种池和随机地离开这个物种池理论上可以形成一种高层次的自然选择，这是千真万确的。可能物种的某些特性倾向于走向灭亡或者产生新的物种，我们所见的世界上的物种可能倾向于无论吸收了什么就首先进入世界--形成物种，或者走向灭亡。尽管我怀疑比起累积的选择，这更接近单一步骤的选择，但是如果你愿意的话，可以管这叫做自然选择的一种形式。我所怀疑的是这种选择在解释进化论的时候能有什么重要性。
这或许只是反映了我对什么是重要的有一定的偏见。正如我在本章开头所说的，我主要想要进化论做的是用来解释复杂的、谚计精密的机体，如心脏、双手、眼睛和回声定位。没有人，即使是最最热情洋溢的物种选择论科学家也认为物种的选择不能做到这一点。一些人确实认为物种选择能够解释化石中长期的某些趋势，例如，随着年代的推移，相当常见的大体型的躯体的体型变化，如现代的马，比3000万年前的它们的祖先要高大得多。物种选择论科学家反对这是由于一直以来的个体优势形成的这个观点：他们认为，化石的这种趋势并不能表明高大的马的个体比此物种内的其他矮小的个体一直更有优势。他们认为发生的是以下事实：存在着很多物种，也就是有一个物种池。在某些物种中，平均体型都很高大；而在另外一些物种中，平均体型都很小(或许是因为在某些物种中，体型大的个体更合适；而在另外一些物种中，体型小的个体则更合适)。体型大的物种比起体型小的物种来说，其灭亡的可能性要小很多(或者说产生新的像它们本身的物种的可能性要大)。那么，究竟物种发生了什么变化呢?根据物种选择论的科学家的观点看来，对于化石记录的这种动物的体型变得高大的趋势是平均体型逐渐增大的物种的演替。甚至可能在大多数物种中，小的个体更利于生存，然而化石趋势可能只是有利于体型大的躯体。换句话说，物种的选择可能更有利于物种里的那些少数物种，而少数物种中，大型个体更利于生存。实际上，这个观点完全是一派胡言，是早在现代的物种选择论提出之前由新达尔文派理论家乔治C．威廉提出的。
可以这么说，在所有物种选择的例子中，我们观察到的不是演化趋势，而是事物发生的顺序，比如越来越大的植物作为一片荒芜的野草地接连地被小种子、大香草植物、灌木丛，甚至正值壮年高峰期的森林里的树木嫁接的趋势。当然，你也许称之为发生的顺序或者进化的趋势。物种选择论科学家可能充分相信这种趋势，像化石学家那样常常研究化石记录的一系列的岩层的那种趋势。然而，没有人想说物种的选择对解释进化论中复杂的适应性改变很重要。
复杂的适应性变化在大多数例子中不是物种的特性，而是个体的特性。物种并没有眼睛和心脏，而其中的个体则有这些。如果一个物种死亡是由于视力差的话，那么这个假设就意味着那个物种中的每个个体均死于视力差。视力的好坏程度是动物个体的特性，物种能有什么样的特性呢?答案应该是影响物种生存和繁殖的特性，也即是它们能对个体的生存和繁殖产生影响的最低限度的特性。在以上假设的马的例子中，我认为个体体型大的物种比起个体体型小的物种来说灭绝的可能性要小很多。但这一说法没有说服力，因为很难回答为什么物种的生存能力应该与物种存活的个体成员数目断裂开。
检验物种层次上的特性有一个更好的例子，见如下的假设：假设在某些物种中，所有的个体依靠同样的方式生存，例如所有的考拉熊靠桉树为生，而且只吃桉树叶子。像这样的物种就可以称为统一化物种。而另外一些物种则可能包含了多样化个体，这些个体靠不同的方式为生。每一个个体都可能是一个像考拉熊一样的专门化的个体，但是这个物种中的某些成员只吃桉树叶子，另外一'些则只吃小麦，还有一些只吃马铃薯，再有一'些只吃酸橙皮，等等不一而足。我们称第二类物种为多样化物种。考拉熊完全只依靠桉树生存，而一场类似于荷兰的榆树疾病的桉树瘟疫就可能结束它们。与此相反，多样化的物种中总有些成员能从一场植物类的疾病中幸免于难，从而物种能够继续下去。我们不难推断出多样化物种比统一化物种更可能繁衍出新的后代物种。这是一个物种层次上选择的真实案例。不过，像这样的物种层次上的特性的例子很少，简直就是很稀有。
美国进化论科学家埃格博特?利提出了一个十分有意思的理论，尽管早在"物种选择"开始流行时他就提出了这个理论。这个理论可以解释为一个真实的、物种层次上可能的选择的候选案例。利对动物不断生长、进化论中个体无私心的行为这个问题很感兴趣。他正确地认识到，如果个体的利益与该物种的利益发生了冲突，个体的利益--短期的利益一定会获得胜利。似乎没有什么能阻止这种自私的基因的前进。但是利又做出了以下有意思的推断：一定有某些组织或物种，就像发生的那样，对个体最有益的恰好与对这个物种最有益的相吻合了。并且，还有另外一些物种，其中的个体利益碰巧与物种的利益大相径庭，如果外部条件相同的话，第二种类型的物种当然最有可能灭绝。那么，一种物种选择的方式可能对要求以个体牺牲为代价的物种不利，但对那些不要求个体牺牲利益的物种有利。我们看到了表面的无私个体行为的介入，因为物种选择更青睐这些物种，这些通过它们本身表面上的利他主义最大限度保全个体利益的物种。
或许最富戏剧性的一个有关物种层次特性的例子是涉及到繁殖方式的，即有性和无性。限于篇幅有限，我不能够再深入讲述性生殖的存在对达尔文理论是一个多么巨大的难题。很多年前，R．A．费歇尔总是对任何有关选择等级高于有机个体的思想充满敌意，而且总是随时准备以有性生殖这个特例来反驳。他认为，有性生殖能比无性生殖更快地繁殖物种。我同样不再深入讨论这个问题(们并不像人们想像的那样简单)。进化是物种的行为，而不是有机个体的行为：你不能说一个有机物进化。费歇尔认为物种层次的选择部分解释了现代动物中有性生殖十分常见的原因。如果是这样的话，我们研究的就是单一步骤的选择，不是累积的选择。
根据那个论断，发生无性繁殖时倾向于灭绝，因为它们不能迅速生长，与变化的环境保持步调一致；有性繁殖则不容易灭绝，因为它们能够迅速成长，赶上环境变化。因此，在我们周围所见的大部分都是有性繁殖。但是，这两个系统的"进化"比率不同在于普通的达尔文进化论是在个体层面上通过累积选择。物种的选择，正如它现在这样，是简单的单一步骤的选择，在两种特性：无性和有性、缓慢进化和快速进化之间选择。性特征、性器官、性行为和性细胞分裂的细胞组织被标准的、低层面上的达尔文累积选择聚拢到一起，而不是被物种的选择聚拢到一起的。无论如何，就如它现在那样，人们意见一致地反对旧理论，反对性能力是由某种组织或者物种层面上的选择保留下来的旧理论。
总结有关于物种选择的讨论，我们能够解释世界上任何时期的物种存在的形式了，也能解释随着化石记载反映的年代变迁物种改变形式的奥秘了。但这并不是复杂的生命机制在进化过程中的主要动力。它所能做的是在不同的复杂机制中做出选择，假设这些复杂机制已经被正确的达尔文选择整理出来了。正如我已经提出的那样，物种选择可能会发生，但是它似乎并不能产生什么影响!现在回到我们分类和分类方法的主题上去。
我曾经说过，根据进化枝分类有比图书馆管理员的分类方式强的优点，因为这是独特的、真正的、实质上分等级的嵌套形式，有待人们去发掘。我们必须做的就是找到发现它们的方法。不幸的是有很多实际的困难。分类学中最有意思的怪物是进化的趋同性。这是一个很重要的现象，我已经花了半章的篇幅来讨论它。在第四章中，我们曾看到一次又一次地有的动物竟然和世界上其他地方的没有关系的动物如此相似，因为它们有着类似的生活习性。新世纪的食肉蚂蚁与古世纪的行军蚁十分相似。惊人的相似还发生在毫无关系的美洲和南美洲的电鱼、真狼族和有袋的塔斯马尼亚狼身上。在所有这些例子中，我可以毫无理由地断定这些相似点是动物的趋同演进化：它们都是单独地从毫无关系的动物进化而来的。我们又如何知道它们没有关系呢?如果分类学家使用相似性来衡量同源关系的亲近性，为什么分类学家没有被这种惊人的、似乎能把这成对的动物统一起来的相似性所愚弄呢?或者把问题曲解了，使它变成了一个更令人担忧的形式?当分类学家告诉我们那两类动物真的紧密联系--例如说家兔和野兔--我们又如何知道分类学家没有被大量的趋同性所愚弄呢?
这确实是一件令人担忧的事情，因为分类的历史充满了后来的分类学家完全因为这个缘故宣布他们前辈的观点是错误的这类的例子。在第四章，我们看到了一位阿根廷分类学家宣称滑距兽祖先正是马，而如今它们被认为是动物的趋同性所致。非洲的豪猪很久以来一直被认为与美洲的豪猪紧密联系，但现在这两组动物被认为毫无关联地产生了它们自身带刺的外表。推测起来，可能刺对这两种生活在两块大陆的动物因为相似的原因十分有用吧。谁能说未来的分类学家不会再改变他们的思想?如果趋同性进化是带有欺骗性的相似性这样一个强有力的假象，在分类学上我们又有什么信心呢?我个人感到乐观的原因主要是因为建立在分子生物学基础上的强有力的新技术前景的到来。
总结一下前几章的要点，所有的动物、植物和细菌，无论它们看起来多么地彼此不同，当我们深入到分子基础上时，都是惊人地一致。最具戏剧性的还要数遗传编码本身。遗传字典里有64个含三位的DNA代码。其中的每一个代码能精确地翻译成蛋白质语言(或者是一种特殊的氨基酸，或者是一种标点符号)。这种语言和人类语言一样具有随机性(例如"房子"的发音没有任何固有的缘由在里面，也即是说，并不能马上让人们想到任何关于"房子"的特征来)。假设这是一个有巨大意义的事实，那就是每一种生物，无论它们外表有多么大的差异，在基因这点上它们几乎"语言"相通。基因编码是普遍存在的。我认为可以下这样的结论：所有的有机生物都起源于同一种简单的祖先。在同一个字典里，任意一个编码出现两种意义的可能性几乎很小。就如我们在第六章中看到的，可能曾经有其他使用不同基因语言的有机生物存在过，但是它们早就已经灭亡了。所有的有机生物起源于一种单细胞的祖先，并从它身上遗传了一种虽然随机性强但几乎可以识别的基因字典，其中的64个DNA编码中的每一个编码都可识别。
想一想这个事实带给分类学的影响吧。在分子生物学以前，动物学家只能确定在解剖学上有很多共同特征的动物为同源动物。分子生物学突然打开了一只"百宝箱"，扩展了由解剖学和胚胎学建构起来的贫瘠的清单。遗传基因字典中共同的这64个识别码(相类似是一个经不起推敲的字眼)只是掀起了一个开端，分类学由此被改变了，曾经看似模糊的、猜测的同源关系一下子变成统计性的确定了。
基因字典几乎完全是逐字逐字的解读性对分类学家太有帮助了。
生物学曾经告诉了我们所有的有机生物都是同源动物，但是它不能告诉我们哪两种生物比和别的生物的关系更亲近。但分子生物学提供的信息能告诉我们，因为它找到了不同的相似程度而不是总体的辨认特征。记住，基因译码器是蛋白质分子。每个蛋白质分子是一个句子，一个来自字典里的氨基链。我们可以按照翻译过的蛋白质形式、或者原来的DNA形式来解读这些句子。尽管生物有共同的字典，但是它们并不用共同的字典造相同的句子。这就给我们提供了解答同源动物差异性的机会。蛋白质句子尽管各不相同，但在总体形式上很相似。在任何两种有机物中，我们总是可以找到极为相似的句子，几乎是同一个遗传语句明显的"断章取义"。我们已经在母牛和豌豆组蛋白的细微差别上看到了这一点。
分类学家现在完全可以像对比头盖骨和腿骨一样对比分子语句了。蛋白质或者DNA的相似程度高的，被认为是关系相近的同源动物；相似程度低的，被认定为同源关系较远。这些语句都是由编码组成的，这些编码来自普遍公认的不超过64个编码的字典。现代分子生物学的优点在于我们能够准确地衡量两种动物之间的区别，这是由语句的准确编码数实现的，而编码数恰恰是它们之间的区别。在第三章中的遗传的多维空间，我们可以准确地测知需要多少步骤才能把一种动物同另外一种动物区分开，至少是关于某种蛋白质分子。
使用分子系列的另外一个优点是，根据一个有影响力的遗传学派，"中立主义者"(我们将在下一章中见到这个词)绝大多数在分子层面上的进化发生时是中立的。这意味着不是因为自然选择而是因为有效的随机性，所以除了偶尔的坏运气，动物趋同性这种吓人现象不会误导分类学家。一个与此有关的事实是，在广泛的不同动物群体中，任何一个分子都可能以一种持续不断的速度进化。这就意味着在两种动物的分子--比如说人类的细胞色素和疣猪的细胞色素--上的不同点是衡量从它们的共同祖先开始已经经过的时间的好办法。我们有一个很精确的"分子钟"，这个分子钟不仅可以让我们找寻与动物有关的祖先，而且可以让我们估计这些祖先大约生活在哪个年代。
在这一点上，读者可能会被表面的不连续性所迷惑。这本书把自然选择摆在高于一切的重要位置，我们又如何能把在分子层面上进化变化的随机性摆在重要位置昵?期待着第十一章能在论述关于进化的适应性方面没有争议，进化的适应性是本书的主题。即使最富有激情的中立主义者也不认为复杂的运动器官，像眼睛和手是随波逐流进化而来的。每个明智的生物学家都同意这些只可能由自然选择进化而来。在我看来，只有中立主义者正确认识到了这种适应性其实只是冰山的一角：很可能绝大多数进化的改变，当你在分子层面上看到时就已经没有功效了。
既然分子钟是一个事实--看起来似乎每种分子每一百万年以符合自身特点的变化速度在改变--我们可以给进化树定出每个分枝点的时间。如果大多数进化发生在分子层面上是中立的，而且它是事实的话，对分类学家来说，这是一个绝好的礼物，它意味着趋同性的问题被统计学一扫而光。每一种动物都有大量写在自身细胞中的遗传文本。根据中立主义学者的理论，大多数文本与适合奇特的生活方式无关，这些文本大多是自然选择涉及不到的，大多也和趋同性进化不相符--除非是一种纯粹的机遇。两种文本没经自然选择却能够彼此相似的几率是可以计算出来的，而这种几率当然很低。分子进化的持续率实际上可以让我们更好地确定出进化史上分权点的时间。
