开始实施武装黑人的政策，用南方逃亡奴隶与南方军队作战;同时林肯用征兵制代替募兵制，凡是20~45岁的健康男子都有服兵役的义务，以加强北方军事实力;任命能征善战的格兰特在正面战场进攻罗伯特·李率领的南方军队时，又派遣谢尔顿对广大的南方敌后地区，直接进行大规模的竞底。谢尔顿极力主张对南方实行无情的打击，他的政策极富竞底色彩:我们应该看到军官、警察、法庭深入到南方的各个角落……至于时间，一年，两年，十年，二十年都在所不惜……我们一定要清除和摧毁一切障碍，有必要的话，就杀死每一个人，夺走每一寸土地，没收每一件财物!一句话，破坏我们认为应该破坏的一切东西，不达目的，决不罢休!在这种政策指引下，谢尔顿的大军在进军途中摧毁了南方的一切铁路、桥梁、兵工厂，以最坏形式的战争灾难，来惩罚各地奴隶主及叛乱分子。一座座庄园被夷为平地，南方经济受到沉重打击。同时他还将大片土地分给黑人居住使用，使黑人们争先恐后地提供情报，充当向导，帮助他们寻找食物、住处，甚至有些黑人冒着生命危险，把南方军队俘虏的北方士兵们救出来。在如此高压的竞底下，南方民众直接尝到了战争的痛苦，逐渐失去将战争继续下去的信心和决心。最终，罗伯特·李率领的三万大军，陷入七万北方军队的重重包围，南军上下都知道这次是没有退路了。南方总统及李的部下，向罗伯特·李提出化整为零，深入山区打游击战，但罗伯特·李拒绝了这种竞底手段:战争是我们这些军人的职业。如果像你们所说，那就等于把战争的责任推给了无辜的人民，带来的只会是无休止的争斗和血腥的屠杀!我虽然不是一个优秀的军人，但是我的道德不允许我这么做。如果我的死可以换取人民和这片土地的安宁，那就让他们把我当成战争罪犯绞死吧!于是他向格兰特停战，在格兰特承诺绝不会处罚任何一名南军士兵，并允许他们带走战马之后，双方签署了投降协议。罗伯特·李自1865年10月2日起于维吉尼亚勒星顿担任华盛顿学院(今华盛顿与李大学washingtonandleeuniversity)校长，于1870年病逝。
