除其他事项外，新的民主政权必须决定如何处置威权体制的象征、信条、组织、法律、文官和领袖。在这些问题之下，常常隐含着一些根本性的问题，如国家的认同和政治合法性。有关前政权的官员所犯下的罪行是一个十分普遍的问题。交替上台的民主政府常常利用机会来揭发或惩罚其前任政府的官员的不称职、腐败或欺诈行为。取代威权政府的民主政府面临着一个更为严重的、更容易被情绪化的，而且政治上更为敏感的问题，即民主政府如何处理对普遍违反人权的指控，如暗杀、绑架、虐待、强奸或不加审判的监禁等由前威权政权官员所犯下的罪行？是法办与惩治合适，还是宽恕与遗忘妥当？
七十年代和八十年代的威权政权为这一问题的出现提供了充足的理由。在军人统治的岁月里，即约有9，000名阿根廷人失踪了，大概被安全部队所暗杀，以及许多其他人被绑架、折磨。在乌拉圭的军人统治岁月里，根据一项估计，其政治犯的比例雄居世界各国之首。大约每50个乌拉圭人就有一人因为某种原因而被拘禁，许多人受到虐待。大约有200人失踪，或是在拘禁中遇害。在希腊，那些受到折磨或虐待的人数显然达数百名之多。在智利，大约有800名平民在1973年的政变期间或稍后被杀，另外有1，200人在以后的岁月里被杀。当1979年宣布大赦时，大约有7，000名政治犯被释放出狱。齐奥塞斯库政权也侵犯了数以千计的罗马尼亚人的基本人权。中美洲左翼和右翼的独裁者都以同样极其残忍的方式来对待他们的人民，特别是少数民族。即使在巴西，从1966年到1975年之间，大约有81名平民遇害，大约有45人在与城市游击队的战争中失踪。反对特定个人的行动也不时地被当作对示威者采取大规模暴力行动的补充，诸如在韩国的光州和希腊的理工学院的屠杀事件。
二十世纪末威权政权的这些行动迥异于以前的威权政权。它们的行为之所以在其社会中成为一个中心问题，很大程度上是因为在七十年代末对人权问题的关注在全球范围内日益受到重视。这表现在美国国会的人权立法中和许多人权组织的出现，诸如大赦国际、自由之家、美洲观察、与欧安会相关的组织和国际人权组织更为积极的角色，以及卡特政府有效地把人权推到了世界的议事日程上来。因此，一旦民主政府掌权，它们就不可能避免面对前政权所犯下的违反人权的行为，即使在他们社会中这种惩办的努力或许是史无前例的，通常也的确如此。
人权的极端重要性反映在所提出之指控的性质当中。这些指控通常是针对以前的威权政府的官员的。希腊军政权的领袖们被指控发动政变，并被判犯有严重的叛国罪。不过，几乎在其他的每一个国家，这些指责与控告都涉及到谋杀、绑架、虐待个人等。在许多其他国家，威权体制的建立曾受到过民众广泛的拥护，因此，要起诉那些建立这一体制的人在政治上颇为令人难堪，而且难度很大。对人权的全球性关注把义愤不是集中在该政权的非法性上，而是集中在其官员的非法行为上。威权政治的官员们受到指控，不是因为他们扼杀了宪政民主，而是因为他们杀害了个别的民众。
在那些发生过严重违反人权的国家，就民主政权应该采取的行动发生了重大的争议。有人认为，这些罪行的始作俑者必须受到法办和惩罚，因为：
1．真理和正义要求这样做，继任的政权有道德义务来惩罚违反人道的万恶罪行。
2. 法办是对受害者及其家庭所应尽的一项道德义务。
3．民主建立在法律基础之上，其核心之一就是，不论是高级官员，或是军官，或是警官，都不得超越法律之上。正如一位乌拉圭法官在批评该国民主政府的大赦建议时说到，“民主不仅仅是言论自由，也不仅仅是举行选举的权利等，它是法治。没有法律的平等运用，民主就死亡了。现政府的举止就像一位被妻子欺骗了的丈夫，他知道真相，每个人都知道真相，但是他坚持认为万事如常，并每天祷告他不必被强迫去面对真相，因为他必须对这件事采取某种措施。”
4．法办对阻止保安官员未来侵犯人权的行为。
5．法办是建立民主体制生存能力的中心环节。如果军方和警察体制能够通过其政治影响或政变的威胁来阻止法办，民主事实上在这个国家就已经不存在了，这样建立民主的斗争就必须继续进行下去。
6．法办是确保民主价值和规范至上性，以及鼓舞公众信赖这些价值和规范的必要步骤。“除非重大罪行受到调查和惩罚，否则，不会出现真正的信任，也不可能在一个社会中‘移植进’民主的规范；因此，民主也不会真正得到‘巩固’。”
7．即使威权政权的多数罪行没有受到法办，至少有必要把这些罪行的程度和那些责任者的身份公之于众，并建立一个完备的和权威的公共档案。责任原则是民主政治的核心，责任性要求“说明真相”，并坚持“人民不必为更大的善作出牺牲；他们的苦难应该昭诸天下，而且国家及其官员造成这些苦难的责任必须得到澄清。”
那些反对惩治的人提出了以下的反论：
1．民主必须建立在和解基础之上，建立在社会中的主要团体把过去的分歧放在一边的基础之上。
2．民主化的进程涉及到在各社会团体之间达成公开的或私下的谅解，即这种谅解不宣泄过去的私愤。
3．在许多情况下，不论是反对派还是政府的军队都严重地违反过人权。对所有人进行大赦，为民主提供了一个远比试图去惩治一方、另一方或双方的努力而更为强大的基础。
4．威权官吏的罪行在那时有其正当性，因为绝对有必要去镇压恐怖主义，打败游击队，为社会恢复法律和秩序，他们的行动在那时受到了公众的广泛支持。
5．社会中的许多人或团体都参与了威权政权所犯下的罪行。哈维尔争辩道，“我们所有人都变得习惯于极权体制，把它当作一个永恒不变的事实，这样就有助于使极权体制永久化。换句话说，尽管程度各有不同，我们大家都为创立一个极权机器负有责任。我们中没有一个人只是其受害者；我们大家都应对此负责。”
6．大赦是把民主建立在牢固基础之上的一个必要步骤。即使我们有充分的法律或道德理由去惩治那些人，这种理由也会在建立一个稳定民主这一道德律令面前瓦解。民主的巩固应该优先于对个人的惩罚。正如乌拉圭的桑格内蒂所说的：“若是一个国家的人权在今天已经得到保障，我们是去巩固这个国家国内的和平，还是去追求会危及这种和平的既往的正义，究竟哪一样更公正？”
总之，上面就是第三波民主化国家中赞成和反对惩治威权罪行的论点。在现实中所发生的一切很少受到道德或法律方面考虑的影响。而实际的做法几乎完全是由民主化进程的性质以及是由在转型期间或转型以后的政治权力分配所决定的。最后，在第三波国家中，政治的运作瓦解了惩治、起诉或惩罚威权罪犯的努力。在少数几个国家，对个别人进行了即决判决（summny justice）；几乎在所有的国家，并没有发生有效的惩治事件。在那些1990年前已经民主化的国家，只有在希腊有一大批威权政权的官员受到了实质性的审判和处罚。
若是考虑到对这一问题曾有过激烈的政治辩论和强烈的情感因素，那么，对这一结果应如何加以解释呢？
首先，在1990年前实现民主化的国家中约有一半是在现行的威权政权的倡议和引导下进行变革的。这些领袖通常是民主改革派，他们在大多数情况下取代了以前的保守派领袖，而保守派领袖则显然不愿意因为他们可能犯的罪行而受到惩治。改革派需要获得保守派对民主化进程的默认，并向他们保证他们不会被未来的民主政权惩罚，这也是建立民主政权的必要条件。此外，改革者能够取代掌权的保守派的那种威权政权违反人权的行为没有那些保守派执掌权力、顽抗到底的政权违反人权的行为那么多，那么恶劣。因此，几乎主动进行向民主变革的威权政权都颁布大赦法令作为民主化进程的一部分。这些大赦通常适用于在特定的一段时期内，由政权的代理人，或反对派的成员所犯下的任何罪行。巴西和智利政权在1979年就实行了这样的赦免。危地马拉在1986年也进行了赦免。土耳其的将军们保证在允许1983年由选举产生的民主政府之前要确保他们不会遭到起诉。
在变革过程中的这些或那些案例中，威权政权不仅根据他们自己的利益来实行赦免，他们还有能力使得赦免进退两难。因此，可以得出这样的结论，继任的民主政权不是真正的民主政权，因为他们没有权力来依法处分那些在威权政权中犯有罪行的人。而且，有人已经得出了这样一个结论。例如，在危地马拉，军方在1986年1月把政府移交给由民主选举产生的文职总统塞雷佐的前4天宣布对自身实行赦免。塞雷佐认可了这一赦免，并扩大了赦免范围，并毫不犹豫地坦言，若是他试图惩治任何在军政权统治期间参与违背人权事件的危地马拉士兵，他就不会继续当这个总统。因此，有人认为，塞雷佐政府不是“一个民主选举产生的政府，甚至不是一个向民主转型的政府。”
对智利的后皮诺切特政权可以作出同样的指责，而且，的确有人作出了这样的指责。在1989年选举中，支持埃尔文竞选总统的多党联盟通过了一项纲领，敦促用立法形式推翻1979年的大赦法，并把为期十年的对谋杀或其他暴力罪行进行法办的法律搁置一年。智利的军方领导人警告，若是试图沿着这条路线走下去，那将后果严重。在1989年10月，当时还担任总统的皮诺切特将军宣布：“他们碰一碰我的手下任何一名军人之日，就是国法终结之时。”智利的空军司令，马特海将军十年以来一直与皮诺切特总统抗争，并敦促加快民主化的进程。不过，他在1989年警告道，废除大赦法的努力会威胁到这一进程。武装部队“不会接受”任何起诉他们的行为：“如果他们要试图把我们戴上枷锁，那就像在阿根廷那样，会产生极其严重的后果。”左翼的反对派继续坚持尽可能加以惩治；但温和的民主领袖们则强调调查的可取性。在埃尔文担任总统的前几天，他特意向军方保证到：“我心中还没有要去进行审判的念头，我也无意促进审判……（我不打算）为难或是得罪皮诺切特将军或其他任何人。”为了不偏离他的全国和解的思想，埃尔文总统在就职后立即释放了被皮诺切特政权所监禁的那些没有犯有暴力罪行的政治犯。
民主体制的创立总是需要在政治上有权势的团体之间就政府能够做什么、或不能做什么达成妥协。在五十年代末期，委内瑞拉民主的确立就要求各方作出承诺，尊重教会的特权，尊重私有财产，并进行土地改革。建立在这种妥协基础之上的政治体制会因为这些约束就算不上民主政权吗？一种政体会因为政府缺少权力或意志来惩治在前任威权政权中犯下的罪犯就算不上民主政权吗？如果是这样，那么，通过变革所确立的民主体制没有一个是民主的，因为显然没有一个威权政权会让它们的体制变得民主，如果他们期望他们自己或助手因此受到起诉并受到惩罚的话。只有强大到足以实行变革的政府，也必然强大到定下一个实行民主的价码。如果这些政府没有这么强大，那么，1990年前的第三波转型中有一半是不可能发生的。拒绝在这些国家实行大赦也就是把最流行的民主化形式排除在外。
但是，对于那些无力自行退出政权、因为软弱而被取代的威权政权，情形就完全不同了。通常这样的政权没有料想到他们的末日，因此也不试图通过实行赦免保护他们的成员。最显著的例外是阿根廷，在这个国家，比格农将军领导了一个从执政党的垮台到选举民主政府之间为期六个月的临时军政权。他的政府作出了一个又一个的努力来保护军方和警察免受惩治，但是，所有这些努力都失败了。该政权首先试图同文职政府领导人进行谈判，就不惩治问题达成一个协议；但是，这一努力受到了“广泛的嘲笑”。接着，该政权又播出了一个电视报道，来反映它同左翼恐怖主义者所进行的战争，以期使其行动合法化；但是，这一做法的结果“适得其反”。他下一步又试图与庇隆主义运动中保守的工会领导人通过谈判达成一个秘密协定，但是，这一举动被其他的反对派领导人所披露，结果不得不半途而废。最后，在选举的数周之前，比格农政府颁布了《国家和平法》（Law of National Pacification）。这项法律保证对军方或警察官员的几乎任何行动都不得予以起诉或调查。这些行动包括在反恐怖主义战争期间所发生的“一般罪行和相关的军事罪行”。这项赦免也适用于少数恐怖主义者，大约有十多个，他们中包括一些没有被捕的和没有定罪的人以及一些也没去流亡的人。这项法令立即遭到了所有反对派政治领袖的谴责。民主政府在1983年12月就职之后的两周就废除了赦免法。
在自行崩溃或是被推翻的威权政府中的官员是惩罚的目标。贝纳德·科尔德和格林纳达共产党政权的13名其他领导人在被美国军队废除了权力之后被判犯有谋杀罪及其他罪行，并受到长期的监禁。如果诺列加不是被带往美国，因为毒品交易而受到起诉，他也会在他的国家中面临一系列的指控。齐奥塞斯库夫妇则受到了极其严厉的即决判决。科拉松·阿基诺在当选之前，曾威胁要对马科斯进行起诉，而马科斯则因为流亡到国外去而躲过了这一起诉。昂纳克和他的副手们当初因为年老患病而免受严厉的惩罚，但是，在1990年底，昂纳克还是因为命令射杀试图通过柏林墙逃亡的东德人而受到指控。
在希腊和阿根廷，人们曾作出最为广泛的和认真的努力来法办并惩治前威权政权的犯有罪行的人。这两个国家的情形在表面上似乎很相似，两国的军政权都显然犯有严重践踏人权的罪行。这两国的政府在军事上都遭到失败之后而垮台。在这两个国家，继任的民主政府都完全被一党所控制，而且其领导人都受到高度的尊敬和欢迎。此外，在这两个国家，当民主政府在选举产生之时，公众舆论都压倒性地支持法办那些犯有践踏人权罪的人。在希腊，正如一位观察家所形容的，这是“最敏感的和最富有爆炸性的普遍要求。”在阿根廷的情况也是如此。这两国的新政府都试图通过制定一个处理践踏人权问题的纲领来回应民众的普遍要求和道德义务。
这两国政府也在制定其政策方面面临了相同的问题。他们必须确定谁因为什么罪行、以何种方式、在什么时候以及在什么样的法庭上受到起诉。当个人独裁在哥伦比亚、委内瑞拉、菲律宾和罗马尼亚被推翻之后，起诉与惩罚很大程度上仅限于对独裁者、他的家庭和他的亲密助手。军政权的更替提供了一个更为困难的挑战。在阿根廷和希腊，这两个国家都显然有必要起诉军政府的最高领导人。但是，起诉应该适用到军人和警察队伍中的哪个级别？阿尔方辛政府试图通过把罪行划成三类来处理这一问题：
1．那些发布践踏人权命令的人；
2．那些执行这一命令的人；
3．那些超越命令所许可的行动范围之外的侵犯人权的人。
根据政府的政策，军官和警察官员被分成上述三类，第一类和第三类将受到起诉和审判；那些属于第二类的人只是在他们知道他们所接到的命令明显非法时才会受到审判。
阿尔方辛和卡拉曼里斯政府所面临的情形因此十分相似。这两个政府所取得的结果则截然不同。到1975年8月，在卡拉曼里斯被选为总理的9个月之后，军政府的18名高级官员受到了起诉、审判，并被判有重大叛国罪。在此后就虐待进行的第一次审判中，32名警察、14名官员和18名士兵受到了起诉，其中16人被判有罪。另外，在1975年举行了另外三起对陆军、海军和警察官员的审判，在1976年底进行了两起审判，以及对为理工学院屠杀事件负责的最高军政府领导人的审判，使得另一些人被判有罪，并投入监狱。总之，在希腊进行了约100至400起就虐待罪进行的审判。有一大批人在这些审判中被判有违反人权罪。到1976年底，在民主政府掌权两年之后，正义已基本得到伸张，起诉和惩罚问题在希腊政权中已暂告一段落。
在阿根廷，人权所受到的侵犯，不论是在总量上还是在程度上都远比希腊严重得多。由阿尔方辛所指定的调查委员会得出了这样的结论，保安部队大约使至少8960人“强行失踪”，他们建立了一个由340处秘密拘留与虐待中心构成的网，大约有200名官员已被发现直接介入了这些行动。而且，还有更多的人也参与了镇压活动。在阿尔方辛政府掌政的七年间，如何处理侵犯人权的问题使得全国上下沸沸扬扬，而且不时地震撼了阿根廷的政治，至少导致了三次军事政变企图。在这次审判中，总共有16名军官（包括前执政军人政变集团的成员）被交付审判，有10个人被判有侵犯人权罪。与希腊相比，在阿根廷，惩治的努力既没有伸张正义，也未有利于民主，相反却产生了道德和政治混乱。在1990年，这个问题仍然还是在阿根廷政治中造成不和的一个重要因素。这样，阿根廷就成了一个充满心灵创伤的国度，这种创伤是由惩治威权罪犯的努力所造成的，而这种记忆又抵消了由威权政权所犯下的可怖的罪行所造成的社会和心灵创伤。
对阿根廷和希腊在后果上的差异又怎样才能加以解释呢？部分地看，可归结于这样一个事实，即在阿根廷存在着严重的内部安全威胁，以及在军人统治集团前执政的庇隆派政府指导军队去“根除”恐怖主义者，而阿根廷公众中的大部分人又悄悄地接受并在某种程度上同意军政府在成功地完成其这一使命中所运用的残忍的战略。在希腊，尽管军方违背人权的行为没有那么严重，其正当理由也就没有那么充分。此外，希腊的军政权是一个由一群上校领导的政权，因此，它受到了一些军衔更高的军官的反对。这样，军政府中的一些分子就支持政府采取惩治的措施，而阿根廷军方不管他们存在着什么差异，都一致反对这种举措。此外，这些因素也只部分地说明了在处理这一问题上希腊的成功和阿根廷的失败。更重要得多的是，两个政府所运用的政策和战略。
卡拉曼里斯做了两件事。首先，当民众的支持达到最高峰时，他趁机采取果断行动。他的政策是“迅速、果断、有信、有节、有制的惩治政策。”在1974年在选举中执政之后，卡拉曼里斯准备了惩治侵犯人权者的计划。支持这一行动的人由于在1975年2月反对他的一起严重的军事政变企图而得到了大大的增加。他利用人民对这一起事件的反应作为资本，果断行动，通过正常的普通法庭（而不通过军事法庭）进行了一系列的起诉和审判，结果这一过程在18个月之内就结束了。其次，卡拉曼里斯采取行动安抚军官阶层，说他不会在制度上向他们挑战。他的“军官阶层免受批评的政策以及他对这些人的职业要求的敏感性阻止了现役军官所可能采取的对抗性反应。对军人执政集团首要人物的有限清洗的政策也是在正规的法律程序之下和公众的激情有所冷却之后才进行的。”这就既减轻也缓解了军官阶层的许多焦虑，这样，虐待者的难题实际上在希腊政治中消失了近14年，只是在1990年12月当保守政府宣布它将宽恕在监狱中的8名军人集团成员中的7名之后才有所抬头。但是在看到公众的强烈反对和据报道，卡拉曼里斯总统拒绝签署这一法令之后希腊政府完全改变了自己的主张。
在阿根廷，惩治努力的失败及其为阿根廷民主所造成的严重危机很大程度上是由阿尔方辛政府的政策造成的。这些政策大大地延误了对侵犯人权者的审判和惩罚，而且鼓励了军方来抵制这一进程。随着时间的推延，公众的义愤和对惩治的支持也让位于冷漠，这样，军方就从他们1982至1983年所受的屈辱中重新恢复了影响和地位。
阿尔方辛在一就职之后就废弃了庇隆政府的大赦政策，指定一个由小说家萨巴托（Ernesto Sabato）领导的文官委员会来调查军方的罪行，并发起了对9名高级军官的起诉，同时也保证通过立法来为惩治军方和警察队伍中的侵犯人权者提供法律基础。这些行动在军方中挑起了恐惧、关心和反对。不过，与此同时，阿尔方辛也通过立法向那些受到侵犯人权罪指控的军官们保证，他们将只在军事法庭受到审判。这样，他就为军方提供了一个阻碍起诉的诱因，并随后又提供了手段。
一起涉及9名陆海军将官的侵犯人权案在1984年初提交到武装部队最高会议上。8个月之后，即9月，该会议报告说，他们发现军人统治集团成员的行动“没有过失”。这样，这起案件就被移交到联邦上诉法院。在那里的审判又持续了一年，并在1985年作出判决，判定军人统治集团的5名成员有罪，4名成员无罪。在1986年间，又有7名高级军官被指控，其中5名并最终被判有侵犯人权的罪行。与此同时，调查仍在进行，同时还在对许多其他军官提出起诉。
在1984年与1985年的民意测验表明，人们广泛支持惩治，特别是惩治高级军事指挥员。然而对这一问题的关心开始减弱。一年之后，阿尔方辛就职，据报道，“那时许多阿根廷人已经对失踪者（desaparecidos）失去了兴趣。”支持惩治的游行示威的规模也小得多了。一位活动家抱怨到，“总是只有我们这几个人在嚷嚷。”民意已经变了，军方的抵制增加了，1986年12月阿尔方辛建议通过一项“完全停止”（punto final）法案，这项法案禁止对新的案件进行起诉。人权团体谴责这一立法建议，而大多数阿根廷人却漠不关心，一项动员对该法案进行24小时抗议的努力也失败了。国会通过了这一法案，并在终止日期之前又对约200名军官提出了起诉，包括许多现役者。军方明确表示他们强烈反对审判这些现役者。与此同时，一些著名的主张惩治的团体，如梅尧广场母亲们（theMothers of the PIaza de Mayo）也分裂了，其每周一次的游行变得像“一场上年纪的亲戚或老朋友的聚会。许多人由她们的丈夫、孩子或孙子陪伴着。”
1987年4月一项迫使军官在法庭出庭的努力导致了所谓的复活节叛乱（Easter Rebellion），在这场叛乱中，两个基地的军队发生兵变，并对政府提出了几项要求。阿尔方辛成功地促使叛乱者投降了，但是也勉强同意了他们的主要要求。他免去了军队的总参谋长，同时考虑到人权团体的强烈反对，却保证通过“正当服从”（dueobedience）法，这项法律有效地禁止对除少数退休军官外的人进行指控。在1988年1月和12月，又有几起军方叛乱被镇压了，但是，这给政府施加了越来越多的压力，以放弃惩治行为。1989年庇隆派候选人卡洛斯·梅内姆当选总统。那时，庇隆主义党已经与军方形成了密切的关系，梅内姆命令一位大赦的支持者担任国防部长，和叛变者的一位亲信担任军队的总参谋长。在1989年IO月，梅内姆赦免了60名游击队员和所有被指控或可能被指控犯有人权罪的军方和警察官员，但不包括仍在监狱中服刑的5名军人统治集团成员。在1990年12月29日，梅内姆又特赦了这5名军人统治集团成员和另一名在1988年从美国引渡回来，并等待就38起谋杀罪指控进行审判的一名将军和另外一名蒙特内罗（Montenero）游击队领袖。他的行动激发了剧烈的痛苦、对抗和义愤。大约有50，000人在布宜诺斯埃利斯进行了抗议。前总统阿尔方辛说，“这是阿根廷历史上最悲哀的一天。”
在希腊，民主政府与军方的对峙在政府当选三年之后的一起政变企图中达到了高潮。在阿根廷，这个高潮出现在政府当选之后三个半月的一起政变企图。在希腊，政变的企图为惩治提供了合法性和支持。在阿根廷，政变的企图却迫使政府放弃惩治努力。阿尔方辛未能在1984年采取迅速而果断的行动，那时民意支持采取这样的行动，后来却使得惩治侵犯人权罪行成为权力关系和公众态度变化的牺牲品。正如萨巴托所说的，结果是“一个偷了钱包的人被投入了监狱，而虐待他人的人却逍遥法外。”
与发生在变革和置换的国家相比，在移转型转型中，大赦的条件是通过政府与反对派之间或明或暗的谈判来达成的。例如，在尼加拉瓜，桑蒂诺派提出了一项大赦计划，但是为了满足民主反对派的反对意见，又对之进行了修改。在韩国，全斗焕总统无疑支持他的同僚卢泰愚竞选总统，前提和隐含的谅解是，他和他的助手不会因为他们在7年的威权统治期间所采取的任何行动而受到惩治。不过，一旦卢当选，就有人要求对全斗焕政府官员所犯的罪行作出解释。这些罪行中包括最著名的光州屠杀事件，但是此外，还有人提出许多指控，这些指控“有充分资料根据证明发生在拘禁期间的虐待、迫害和没有解释的死亡事件。”反对派议员要求惩罚全斗焕总统和5名与屠杀事件有关的其他负责人。但是，在1988年和1989年，这一问题在朝鲜引起了剧烈的辩论。在1988年11月，全斗焕作了公开的道歉，并退休到了一个偏僻的佛庙里养老。与此同时，在卢泰愚政府和反对派之间也进行了紧张的谈判，谈判的焦点是举行听证会、惩治问题和对光州事件受害者所可能作出的赔偿。最终，双方达成了一项“幕后的交易”。根据这项交易，全斗焕将在议会中举行的由电视转播的听证会中出席作证。这起吵吵闹闹的事件并没有满足反对派的要求，却有助于把卢泰愚与他的前任者的政府区分开来。
在尼加拉瓜和韩国，一旦由民主选举产生的政府当选之后，在政府和反对派之间就进行谈判。在其他例子中，威权政府与反对派之间在新政府当选之前就达成一项协议。例如，在乌拉圭，军方和一些政治领袖于1984年夏天在海军俱乐部就向民主转型的安排进行了谈判，而且在军方得到保障免受惩治的程度上存在着分歧。此后，梅蒂纳将军和桑格内蒂总统都说这个问题从未谈论过。一些文职人员说，军方得到了保证，政府不再起诉他们，尽管这没有阻止公民个人提出诉讼。还有一些人说，军方得到的保证是这些行动也将被制止，而反对派勃朗科党（Blancoparty）的领袖费雷拉（Wilson Ferreira）后来为他放弃对大赦的反对作了辩护，理由是军方已经在海军俱乐部的谈判中得到了不受起诉的保证（这次谈判，他没有参加，因为那时他还在监狱中）。
乌拉圭的将军们受到了国内和国际两个方面的巨大压力（包括来自美国、阿根廷和巴西民主化的压力）要他们结束他们的统治。不过，他们并没有被赶出权位。他们通过谈判找到了台阶，正如一位乌拉圭的政治专栏作家所说的，“将军们相信他们会趾高气扬地离开官职。”当然，当时人们普遍认为，在海军俱乐部一定就惩治问题达成了某些谅解。假如考虑到为侵犯人权的范围和严重性，将军们有可能交出他们的权力，这要么是因为他们得到了保证，要么是因为双方都认为进行重大的惩治是不可能的事情。
在民选政府于1985年3月就职后的一年半时间里，乌拉圭的公民们发起了38起针对150名官员的起诉，指控他们犯有谋杀、虐待、绑架、强奸和其他罪行。军方宣布他们不会允许他们的军人出庭。桑格内蒂总统由于希望避免重大的对峙（因为这种对峙就意味着他的政权的结束），提出了一揽子对军方实行的大赦计划，这项计划的正当性部分地来自于这样一个事实，即它已经赦免了恐怖主义和被军方监禁的其他政治犯。反对党在立法议会上击败了他的提议，并提交了一个部分地赦免计划，这项计划也受到挫败。第一次审判定于12月23日，其中预定有军官要出庭。在最后一刻，反对派政治领袖改变了其立场，立法机关在12月22日连夜开会通过了一项大赦法令，第一次审判就取消了，然后也不再进行进一步的审判。
不过，在乌拉圭的政治战役只是一个开始。在大赦法令尚处于辩论阶段，民意表明72％的公众支持惩治那些犯有侵犯人权罪行的人。两个月后法案通过，反对派政治家、人权活动家、受害者和他们的家庭、牧师、新闻记者、律师及其他人组成了一个联盟来开始一场运动，要求把大赦法提交公民公决。这要求在最后一次选举中投票的选民中，四分之一的人签名请愿，即在略超过3，000，000的总人口中征集555,701个签名。发起这些签名的运动左右了乌拉圭政治达两年之久。政府、选举法庭、军方和一些反对派的领袖都作出了艰苦的努力，用各种手段要阻止这些签名的征集和鉴别。最终在1988年12月，选举法庭认为，公民公决的支持者比所要求的多征集了187个有效签名，随后，国会定于在1989年4月16日举行公决。在经过艰苦的斗争，包括来自军方的几乎是赤裸裸的恫吓，说它不会默认废除大赦法，乌拉圭的公众以53％对40％赞成赦免。这一结果解决了问题，但却没有使任何一方满意。那些反对赦免的人输了；但是另一方面，正如桑格内蒂总统所说的，“没有谁会感到胜利。”自民主过程开始以后已有9个年头；而自民主选举产生的政府就职以后，这也近5个年头了。
在东欧，除了罗马尼亚和东德，最初的倾向就是宽恕与遗忘。惩罚的问题从没有在匈牙利真正产生过；捷克斯洛伐克的哈维尔、波兰的马位威基（Mazowiecki）和苏联的亚克列夫（Yakolev）都反对进行刑事起诉。不过，在好几个国家出现了就那些对最臭名昭著的罪行负责的人进行调查和起诉的要求。布拉格的前共产党领导人受到了审判，而且因为对示威者使用暴力而被判监禁四年。波兰秘密警察中的两名将军被逮捕，并被指控在1984年“策划和指挥”谋杀波皮鲁斯科神父（Father Jerzy Popieluszko）的罪行。保加利亚的日夫科夫也被拘留六个月，然后在1990年7月释放，而对他的指控还在调查之中。
民主政府在依法处置犯有罪行的威权政府官员方面的记录产生了一些不可争议的结论。伸张正义是政治权力的一项职能。自愿下台的强威权政权的官员通常没有受到惩治；自行垮台的弱威权政权的官员则受到惩罚，如果他们被新的民主政府迅速起诉的话。萨巴托曾经说，“正义只是以这种方式来伸张。它很慢。正义的捷径仅属于威权和专制国家。”他错了。民主的正义不可能是对齐奥塞斯库夫妇所实施的那种即决判决，但它也不能是慢慢腾腾的正义。对使得一项政治现实合法化的民众支持和愤慨会消退，与威权政权有牵连的声名狼藉的社会群体会重新确立他们的合法性和影响。在新的民主政权下，正义要么来得很快，要么根本就来不了。
随着威权政权的终结，不仅要求伸张正义，而且也要求查明真相。在阿根廷，这一要求被萨巴托委员会在1984年9月的报告所满足，该委员会是由阿尔方辛总统在前一年12月所任命的。该委员会从受害者、他们的家庭、官员和其他人那里听取了广泛的证词，详细地查阅了官方的档案、走访了拘留与虐待中心。其400页的总结报告后面附有50，000页的文献资料。该报告中所泄露的真相及证据增加了实现报告题目的许诺的可能性：“绝不重演”。在菲律宾，阿基诺总统任命了一个总统人权委员会（Presidential Committee on Human Rights）来调查警察而不是军方虐待、滥用权力的行径，因为军方毕竟帮助她取得了权力。委员会的主席上任不久就去世，该委员会在不到一年的时间就解散了，没有产生重大的影响。在巴西，变革过程和低度的刑事暴力排除了继任的民主政府进行像阿根廷那样的调查的可能性。不过，圣保罗教区的大主教的确起草了一份基于官方记录的报告，该报告与萨巴托报告十分相似，而且也用了同一个标题：“绝不重演”。在智利，埃尔文反对惩治，但是决定应该把事情的真相揭露出来。政府任命了一个“真相与和解委员会”（Commissionfor Truth and Reconciliation），其任务是充当“国家的道德良心”，并全面地调查和报告在军人统治期间发生的政治杀害和失踪事件。其前提是那些对这一罪行负责的人不会受到起诉，但是其受害者和家庭将得到补偿。
在乌拉圭，“真相”和“正义”的可取性一直是辩论的话题。支持大赦的人也反对对威权的罪行进行调查和揭露。遗忘和宽恕都是必不可少的。参议员巴特尔争辩道，“大赦并不意味着罪行没有发生；它意味着遗忘这些罪行。”桑格内蒂说，“现在的出发点是我们向前看，也向后看……如果法国人还仍然在想着巴托罗缀之夜（the Nightof St．Bartholomew），他们一直会相互屠杀到今日。”在乌拉圭和其他地方的另外一些人则认为真相比正义更重要；他们认为揭露所有事实的真相是必不可少的，这样，可以为受害者及其家庭提供一些安慰，可以揭露和羞辱虐待者并养成一种确保这种行径永远不再发生的公共良心和决心。奈尔（Aryeh Neier）简明地说明了这一情形：“通过知道所发生的事情，一个国家能够就一些可怖的罪行如何发生的原因和方式进行诚实的辩论。找出那些负有责任的人，展现他们所做的行为，就是给他们打上一个公开的烙印。这本身也是一种惩罚，找出受害者，回顾一下他们是如何受到虐待和屠杀的，也是承认其价值和尊严的一种方式。”
对惩治和揭露真相的主要阻碍在东欧国家主要是前政权的渗透性以及如此之多的人认可它，并与它合作的程度和对惩治和调查所暴露的真相的恐惧。日夫科夫原定在保加利亚议会出会作证的日期一再被推迟，因为有人害怕他会提到自己的名字。一些最严重的问题是由秘密警察的大量档案所造成的。这些档案应该开放吗？可供起诉者查阅吗？还是锁起来销毁？据报道，东德的档案中有600，000人的名字，而且在1990年在继任政权中的好几名议员和部长被发现与警察合作。许多人担心不加选择地开放档案会毒害在新的民主国家的公共生活，在东德，全面开放这些档案也会对西德产生影响。在罗马尼亚，保安军的大量档案一直被置放在一个秘密的地方，并由军方守卫。一位政府官员观察到，如果我们像一些人建议的那样公开这些档案，这样做几乎比打一场内战还要糟糕。因为人们一旦发现他们包含在里面，朋友与朋友之间就会为敌。”在某些方面，真相同正义一样，对民主都是威胁。
民主派准则之四：处理威权政权的罪行
1．如果变革和移转过程出现，不要试图因为其侵犯人权罪而惩治威权政府的官员。这种努力的政治代价将会超过道德上的收获。
2．如果置换发生，而且你感到道德上和政治上都可取，那就迅速地惩治威权政权的领导人（在掌权之后的一年内），同时表明你将不去惩罚中低级官员。
3．找出一种方法来对所犯罪行的原因和方式作全面的、冷静的公开解释。
4．承认在“法办与惩治、宽宥与遗忘”的问题上，每一种作法都会产生严重的后果，应该认识到，最满意的情形也许是：不法办、不惩罚、不宽恕，不遗忘。
