鲍曼越来越被希特勒视为犹太人问题的专家了，或者至少被看成是这条残酷无情的路线的忠实可靠的捍卫者。在一个由一位部长率领的匈牙利代表团访问德国期间，他受托向他们传授纳粹党的反犹经验，就是证明。盟友匈牙利在这方面总是马马虎虎，而且找他们那里大量存在的犹太人的麻烦，当然是在柏林大哥能够容许的限度内。但是，如果欧洲真的应该成为没有一个犹太人的欧洲的话，那就不能容忍布达佩斯例外。1943 年3 月7 日晚，鲍曼离开“狼穴”，经柏林去上萨尔茨山。在慕尼黑党总部，他还收到一份电传打字电报，这是负责接待来宾的外交部长作为“在这类会谈中供参考的资料”推荐给他的。
冯·里宾特洛甫这个被所有老党员公认为爱虚荣的傻瓜和暴发户，现在居然也想插手意识形态工作。鲍曼只会把这视为狂妄。因此，冯·里宾特洛甫关于“在德国或它的某个盟国内如果有十万犹太人..那就几乎等于让英、美情报机构的十万名间谍潜入德国或它的盟国”的论点，在他看来并不是什么新鲜玩意儿。犹太人是英、美消息和失败主义的传播者。因此，从主观和客观全面考虑，必须对他们采取“特别措施”。迄今为止生活在德国境内的匈牙利藉犹太人只有在他们没有返回祖国的情况下才被遣送到东方，这种作法必须改变。
鲍曼的任务是向匈牙利来宾说明，他们现在应该“效法德国对犹太人采取的措施”，也应开始迫害犹太人。鲍曼具体要求把犹太人从文化生活和经济领域中排挤出去，立即没收犹太人的财产，让犹太人在公开场合佩戴犹太人的标志六芒星，以及开始向东方转移这些人太危险，他们必须立即行动起来。
客人们于上午来到上萨尔茨山，受到鲍曼的款待，而且还被带到各处参观。在萨尔茨堡，他们还观看了轻歌剧《蝙幅》，鲍曼深感到自己是东方和大德意志帝国的代表。第二天他派出一队豪华的供国宾乘坐的马车经过高速公路把他们送往慕尼黑。在党总部建筑群兜了一圈之后，他们在鲍曼的普拉赫寓所受到了盛情款待。在其参观活动结束这后，晚上他们又开始在鲍曼家里饮酒作乐。第三天，他们一起参观纽伦堡党代会会址和兵工厂，然而收效甚微。匈牙利人装出受到鼓舞和异常诚恳的样子，但是两个月以后，即1943年5 月，希特勒却在大区领袖柏林会议上抱怨“匈牙利人”在对待犹太人的问题上“处理得糟糕透顶”，“匈牙利这个国浸透了犹太习气”。
这几个月，他们针对还居住在德国的犹太人准备了一项法律。这项法律要剥夺犹太人的最后一点权利，使他们任人宰割、蹂躏。希特勒1942 年4月底在国会的演讲是制定这项法律的间接原因。他在这次演讲中把法律专家们骂得狗血喷头，因为法院始终拒绝充当国家恐怖暴行的执行者。于是，当时的司法部国务秘书罗兰德·弗赖斯便极力用实际行动来证明自己的忠诚。弗赖斯勒从提拔他而且一直以来也很想让他在新任内政部长蒂拉克手下继续担任国务秘书的鲍曼那里领会了怎样才能受希特勒赏识的主意，那就是制定反犹法律。这不是没有先例的。如前所述，鲍曼曾经同大区领袖格赖泽尔一
起为瓦尔特兰大区制定过一项法令。这项法令剥夺了仍居住在那里的波兰人的一切法律保护权，并将他们置于希姆莱的警察的蹂躏之下。
受到这一启示，弗赖斯勒于1942 年8 月初向政府有关各部发出一封信，当然这封信也寄给了纳粹党办公厅。这封信里有一份“关于限制犹太人利用刑事法律手段的法令草案”。这个草案出自谁的手笔，附件里并未说明。但弗赖斯勒至少不能一人垄断草案的“创始权”。因为他强调指出，“他”（弗赖斯勒在“他”字下面加了着重号）“肯定了这项法令对于战争的重要性，因为它对国防有间接的作用”。许多德国人心情不舒畅是因为犹太人还有权对警察局作出的处罚决定向法官起诉，对判决提出上诉等等。犹太人的这些权力应该通过这项新法令予以禁止。
弗赖斯勒很快就收到一些个性意见。官员们认为，可以利用这次机会同时剥夺犹太人在行政管理事务方面的一切公民权。粮食部提出要求说，必须禁示犹太人对整理耕地和兴修水利等措施提出抗议。另外，还有人发现，必须否认犹太人的宣誓权力。这样一来，当然又会引起麻烦，因为未经宣誓和不真实的证词就不能被当作伪誓而予以惩罚。希姆莱要求说，死亡的犹太人的遗产必须宣布收归国有。此外，他还指责法律机器运转太慢，必须共同就这个问题进行商讨，以加快它的运转速度。
1942 年年底进行了磋商，原来计划只有一项条文的法令增加到九项。此后该法令一直搁在内政部。弗兰克“考虑到犹太人问题的发展”，认为这项法令“已无必要了”。任何人——他可能这么说过——也不可能再剥夺死者的权利。然而，保安警察头子卡尔滕布龙纳却于1943 年3 月出来纠正他的错误观点：没有一个总的规章，围绕犹太人的遗产问题展开的争论就会没完没了。继承人当中还有未彼遣送出境的、同德国人结了婚的犹太人。在协调人鲍曼发表了权威性意见之后，该法令才于1943 年7 月1 日趋于完善。该法律明显地带有鲍曼的观点。它规定，犹太人的哪些行为应受到惩罚只能由警察局来断定，而且也只能由警察局来执行。这样一来，犹太人在没有法院判决的情况下——就像波兰人法令中的规定一样——便落入了希姆菜的恐怖机构的魔掌。此外，它还规定，犹太人死后，或者说确切遭到杀害后，非犹太血统的家庭成员未提出要求，其财产一律收归国有。这项法令基本上只是承认了早已普遍存在的事实。早在一年多以前，即1942 年5 月12 日，就已有一千五百名犹太男人、妇女和儿童在奥斯威辛集中营被赶进了瓦斯室——这是第一起有案可查的大屠杀。1943 年4 月，希姆莱已对“欧洲犹太人问题的最终解决”做了一个统计。为了能够把这个给希特勒看，鲍曼要求在行文中避免使用“消灭”和“特别处理”这类字眼儿。希姆莱唯命是从地作了一番修改。自这份报告公布以来，已有一百四十五万犹太人被送往东方，其中有一百二十七万人在集中营里“通过了闸门”——这是希特勒的“脆弱的情感”所能接受的屠杀一词的代用词。
然而，这只是中期统计。杀人机器在继续运转。三个月以后，鲍曼“受元首委托”向党的高级人士——全国领袖，大区领袖，团体领袖——发出一项秘密指令，指示他们应该向那些对于犹太人的消失越来越感到怀疑的德国人说些什么。下面就是它的简短内容：“在公开讨论犹太人问题的时候，对将来的总解决计划绝不允许作任何解释。但可能谈到犹太人无一例外地被投入了有用的运动。”在党的办事部门的事务登记卡中，这项指令应该归入“犹太人的处理”这个条目里。
上面提到的那份希姆莱的报告，希特勒很可能根本就没有看到。更确切些说，是不想看这种报告。鲍曼在四月份取回了那份报告，以便重新呈报。到了六月份，他不得不把用于希特勒阅读的大号字体打字机打印的十六页报告原封不动地从希特勒的办公室拿走。后来当鲍曼于1943 年10 月3 日来到希姆莱的野战司令部时，形势已经发生了变化。根据一份谈话纪要的记载，“党办主任..认为，元首现在大概不愿意接受这份报告”，这两位先生一致认为，“因此，这件事必须先放一放”。一年以后再重新呈报。然而按照官场惯例，再加上一些事情的影响，放一放也就意味着无限期拖延。反正希特勒对死去的犹太人不感兴趣，管他死多少！但大区领袖们现在终于想知道东方的那些犹太人的命运究竟如何了。民间流传的种种谣言使他们感到不安。他们至少想得到一种党的统一的正式说法，以便能够用它来对付“恐怖的煽动”。
然而，鲍曼禁止他们向希特勒谈起“最终解决”，或者跑到希特勒那里去为某些犹太人说情——冯·希拉赫在纽伦堡法庭上供认说。
鲍曼用不着再关心希姆莱的消灭犹太人的工作了。他给自己找到了一项新任务，即所谓的混血儿问题，这些人的父母或者祖父母中有一方出身于犹太家庭。鲍曼知道，他的元首经常在考虑这个问题，1942 年12 月的一天，希特勒在饭后大肆吹嘘他的种族生态学长达数小时之久。其间也谈到了这些混血儿。他说，在这些人身上，犹太人的气质是根深蒂固的，以至到他们的第二代或者第三代时又同犹太人结婚，即使是一个作为配偶的雅利安人，在他的第九代后裔的血液里也免不了还有犹太人的成份；在这以后才能“按照孟德尔遗传定律失去犹太成分”。1942 年7 月1 日，希特勒在进午餐的时候又一次就这个问题发表了冗长的谈话，而且还以所谓的犹太混血儿、美国总统罗斯福为例，来说明“异族血统完全融为一个民族是不可能的”。因此，——希特勒已宣布过，——混血儿不准服兵役，否则就会把他们与德意志血统的人同等看待。“不能承担使我们的血统进一步增加异族成分的责任”。鲍曼的下属亨利·皮克尔受鲍曼之托记录希特勒的席间谈话。当这次谈话正在进行时，他接到一个传令兵悄悄塞给他的一张纸条，这是他的上司写的：“皮克尔博士，请特别准确、详细地记下元首关于如何对待我们的犹太混血儿，他们的危险性，以及为什么这些混血儿不应加入武装部队和不应受到同等待遇的谈话。鲍。”两天以后，——在这里可以清楚地看到鲍曼的工作方式，——他便用通函提醒大区领袖们，不要对那些不能用纽伦堡种族法来对付的犹太混血儿持“完全不能理解的宽容态度”。
从海德里希在丧命前几个月受纳粹党办公厅的委托拟定的一个调查报告中也可以看出，鲍曼在执行这项任务中所起的作用是多么顽固。海德里希必须考察，对大约七万名有一半或四分之一犹太血统的人强迫施行绝育手术的可能性有多大。海德里希得出结论说，每位动手术的人需要住院十天，而这笔开销在战争时期是不允许的。于是鲍曼接着提出一项建议，让纳粹种族研究人员对所有混血儿进行检查，从而把德国人同犹太人严格区分开来——对后一种人将如何处置就不言自明了。这笔开支在希特勒看来太大了，因此这个问题始终没有得到解决。
现在，称得上朋友的希姆莱表示愿意帮忙。他的种族和移民总局局长、党卫队一级突击队中队长布鲁诺·K·舒尔茨必须制定一项如何加速种族检查工作的计划。希姆莱1943 年5 月底致函“亲爱的马丁”，认为这种检查绝对
必要：“我们必须在这方面——当然只是在私下这样讲——采取一种类似种庄稼和养牲口那样的措施。对于..这类混血儿的后裔必须从种族上至少往上查几代，如发现劣等种族则施以绝育手术，使其丧失继续繁殖的能力。”但这一计划也证明是行不通的。
1944 年2 月，希特勒已经明白过来，除了鲍曼之外，恐怕任何人也处理不了棘手的混血儿问题。因此，这项委任以命令的形式下达了两次：一次是给政府部门，另一次是给党组织。这样一来，这位党办主任当时又负责处理那些“血液中有犹太人成分或者异族成分的人要求颁发特许证的申请”了。像平常一样，这两个文件都是由鲍曼主管的部门草拟好并报请签署的。鲍曼还获得了重新研究迄今已由其他部门处理并决定了的全部案件的权力。那些偶尔被鲍曼整过的部门大概对鲍曼的权务的急剧膨胀提出了抗议，因为希特勒1944 年4 月1 日又颁布了第三道命令。该命令稍微削弱了鲍曼的管辖权：只要涉及政府官员和军人，拉默斯或者凯特尔亦可在豁免许可问题上发表意见。但是，未经鲍曼同意，他们就不能颁发雅利安人身份证。戈林在纳粹政权的早期曾大吹大擂地宣布过：“谁是犹太人，得我说了算！”而现在则是鲍曼“说了算”。
第一道命令颁布后的头几周，鲍曼给人的印象是，他是非常认真地看待自己作为种族法官的职责的。他通知各大区党部，德意志血统的人与二亲等混血儿（即祖父母当中有一个犹太人）通婚的事虽然不被禁止，但不能提倡。绝不吸收那些出身于这种婚姻所组成的家庭的人入党，他们也不能选择并从事某些职业，即使他们的德意志血统的父亲是在战争中表现得非常勇敢的战士。
鉴于这些铁一般的原则，鲍曼于1944 年一月禁止所有党内要员继续同作曲家里夏德·施特劳斯保持“私人来往”也就是不言而喻的事情了。虽然这位音乐大师在政治上从未持过反对意见，而且有一段时间甚至心甘情愿地充当文化招牌，但他却在他的艺术创作过程中让犹太人写过一些歌剧脚本。他的儿子也同一位犹太姑娘结了婚。顺便说一句，那作为音乐大师的儿媳没有遇到任何麻烦，而且在战争中幸存下来了。假如真的按鲍曼的指示办事的话，这位大师在过八十岁生日的时候就不会得到官方授予的荣誉了。那位总是喜欢把自己装扮成艺术保护者，在文化政策上有时偏离党的路线的冯·希拉赫，竟无视一切指示而到巴伐利去向施特劳斯表示祝贺，并到维也纳他的行政区长官官邪去参加庆典。鲍曼暴跳如雷地说：“他居然吻了一个犹太女人的手”。
这对鲍曼来说意味着什么，三个月后他的妻子写给他的一封信颇能说明问题。她写道，真可怕，犹太教多么强大。就连战争也削弱不了犹太种族，因为他们只是用钱而不是用血来打仗。“疾病和污秽消灭不了这种寄生虫，”格尔达悲叹道，“怎样才能把他们大批消灭掉呢？”他的丈夫知道怎样消灭。但她的提问表明，他没有告诉过她关于这方面的情况。即使在他写的信里，对此也讳莫如深。
1945 年，纽伦堡国际军事法庭缺席审判马丁·鲍曼。鲍曼系按起诉理由第一条、第二条和第四条被提出起诉。他于1925 年加入民社党。1928 年至1930 年他是冲锋队区分部领导成员，并管理党的基金。1933 年至1945 年为全国领袖。1933 年至1941 年他任副领袖办公室主任，在赫斯逃往英国以后，他于1941 年5 月12 日担任纳粹党总部主任。1943 年4 月12 日他成为领袖秘书。他是国民冲锋队政治领袖和组织者，并是党卫队将军。
鲍曼最初只是一个无足轻重的纳粹分子，以后他的权力逐渐增大，特别是在后期他对希特勒具有重大的影响。在纳粹党夺取政权的过程中，鲍曼很是活跃；而在巩固该党政权的过程中，他更为活跃。他把大部分时间用于迫害德国的教会和犹太人。
没有证据表明鲍曼曾得知希特勒策划、发动和进行侵略战争的计划。他没有参加过任何一次希特勒逐项披露其侵略计划的重要会议。从他所担任的官职来看，人们也无法确切推论他曾知悉这些计划。直到后来，当他在1941年担任党的总部主任时及1943 年成为领袖秘书时，他才出席了希特协的许多重要会议，上述职务使他相应地介入有关事件。考虑到法庭在其他部分对构成密谋进行侵略战争的罪状所发表的观点，现在证据不足以按起诉理由之一宣判鲍曼为有罪。
根据1941 年5 月29 日的命令，鲍曼接替了赫斯在此以前所担任的一切职务和全部权力。1942 年1 月24 日的命令又使他的职权进一步扩大，他对希特勒发布的所有命令和方针政策拥有监督权。因此他从此时起对希特勒所发布的法令和命令负有责任。从1942 年12 月1 日起，所有大区均成为德国的防御区，向鲍曼负责的纳粹党各大区领袖都被任命为德国国防全权代表。这使他们实际上成了进行全民战争的管理者。不仅在德国处于这种情况，而且那些已被被并入德国的合并区和占领区也是如此。
鲍曼通过这些机构肆无忌惮地剥削压榨被征服的人民。1942 年8 月12日，他命令所有党的机构推行希姆莱的计划，即对被占领区的居民进行强迫迁移并剥夺他们的国籍。入侵苏联三个星期之后，他于1941 年7 月16 日与戈林、罗森堡和凯特尔一道出席了一次在希特勒大本营举行的会议。鲍曼的报告表明，他们对奴役和消灭该地区居民的全盘计划进行了讨论并作了补充。1942 年5 月8 日，他与希特勒和罗森堡讨论了强迫荷兰人移居拉脱维亚的问题、在苏联进行大屠杀的计划和对东部地区实行经济剥削的问题。他对没收东部地区艺术品和其他贵重财物颇感兴趣。他在1944 年1 月11 日的信件中要求建立一个庞大的机构，以向因遭受轰炸而无家可归的德国居民提供从占领区掠取的日用必需品。
鲍曼不仅在德国，而且在被吞并的和被占领的国家大肆迫害犹太人。他曾参加过许多会议，讨论如何与党卫队和秘密警察相配合，把六万名犹太人从维也纳遣送波兰。他曾签署了1941 年5 月31 日的命令，该命令宣布纽伦堡法律扩大适用于被合并的东部地区。他在1942 年10 月9 目的一项命令中宣称，在大德意志领土上继续清除犹太人的办法将不再是放逐，而只有在东部地区的特别营中使用“无情的暴力”才能奏效。1943 年7 月1 日他签署了一项命令，宣布犹太人不受法律保护，而把他们置于希姆莱秘密警察的独一无二的裁决之下。
鲍曼明显地参加制定强制劳动计划。当时，强制劳动的有关事宜，包括职业、劳动条件、伙食和住宿均由党的领袖负责监督。1943 年5 月5 日，鲍曼给包括地方分部领袖在内的政治领袖集团发出一份通知，颁布了处理外籍劳工事务的若干规定。他强调指出，在安全问题方面，外籍劳工接受党卫队监督，他命令应该停止在此以前的虐待。1942 年9 月4 日的一份关于将五十万名从事家务劳动的妇女劳力从东方运往德国的报告说明该行动是在绍克尔、希姆莱和鲍曼监督下进行的。在9 月8 日命令中，绍克尔指示各县政治领袖负责监督这些妇女劳力的分配和安排。
鲍曼还向党的各级领袖下达过一系列关于处置战俘的命令。1941 年11月5 日，他禁止以适当方式埋葬苏联战俘。1943 年11 月25 日，他命令各大区领袖报从宽处理战俘的事例。1944 年9 月13 日，他命令各县的政治领袖就使用战俘参加强制劳动的问题同战俘营长官取得联系。1943 年1 月29 日，他向他所属的各级政治领袖转达国防军最高统帅部的命令，该命令公然违背陆战法规，允许对进行抵抗的战俘使用武器，并实行体罚。他在1944 年9月30 日签署的命令取消了国防军最高统帅部对战俘的裁决，而将此移交给了希姆莱和党卫队。
鲍曼负有对盟军飞行员施行私刑的责任。1944 年5 月30 日，他禁止警察干涉对盟军飞行员施行私刑的人员，也不准对他们提出刑事诉讼。戈培尔大造舆论予以配合，煽动德国人民采取类似的行动。也正是在这种情况下召开了1944 年6 月6 日的会议，讨论使用私刑的规定。鲍曼的辩护律师在困难的条件下展开了工作，但未能驳回这些证据。面对这些有鲍曼签字的文件，即使被告本人出庭，也难以看到有可能驳回这些证据。他的律师辩护说，鲍曼业已死亡，法庭不得行使条例第十二条规定的对进行缺席审判的审判权。但是，关于鲍曼的死亡并无任何确凿证据。因此法庭决定对他进行业已宣布的缺席审判。倘若鲍曼并未死亡而于日后被捕，仍可根据条例第二十九条，授权德国管制委员会，考虑能予减刑的任何事实状况，相应地对他改变或减法庭根据起诉理由之一判决鲍曼无罪，但根据起诉理由之三和之四判他有罪，他被判处绞刑。
