在不同时期，不同的人对达尔文理论中的不同成分有着不同的兴趣。对于一个神学家，一个拉马克主义者，一个孟德尔主义者，或者进化论综合之后的进化生物学家来说，达尔文主义这个词有不同的含义；在英国、德国、俄国和法国，达尔文主义一词有不同的含义；在不同历史阶段，人们对达尔文主义又有不同的理解……就连达尔文本人似乎对这个概念也比较模糊。事实上，达尔文主义并不是一个单一的理论，而应是一个复杂的整体。
对达尔文主义有许多驳杂的理解，但人们普遍接受两个含义。在第一次达尔文革命时期，对于几乎所有人来说，达尔文主义意味着利用自然过程来解释生命世界；在进化论的综合期间及以后，人们认为达尔文主义是在自然选择影响下的适应性进化变化和用差异进化来取代转型进化。这两个观点分别在19世纪和20世纪影响广泛。
围绕达尔文主义所展开的哲学斗争，一直延续至今。马克思、恩格斯高度评价达尔文的进化论，并把它引为自己学说的自然史基础。唯心主义者则试图利用达尔文主义宣扬他们的哲学思想和社会政治观点，产生了社会达尔文主义、庸俗进化论等流派。纳粹德国还以"弱肉强食，物竞天择，适者生存"作为"理论依据"，自认为日耳曼民族是世界上"最优秀的民族"，对其他国家和民族实行疯狂蹂躏和屠杀。
遗传密码
尽管他（孟德尔）终身挂着神职，但却扎扎实实地进行着创造性的科学研究。他奠定了遗传学的基础，为进化论的发展做出了划时代的贡献——
当代古生物学家舒德干
达尔文去世后几十年，科学家终于发现了表述遗传信息的遗传密码。人们惊讶地发现，所有的生命体，无论它高级还是低级，都拥有相同的遗传密码。这使达尔文在《物种起源》一书附录中那句结论得到了最意想不到、最完美的论证："所有的动植物也许都是从单一的原始种类遗传下来的。"
现代遗传学告诉我们，基因是遗传的基础，它由脱氧核糖核酸（DNA）组成，决定人体的各种性状，正是基因的复制和突变完成了生物体的遗传和变异。基因正好从生物内部解释了自然界是如何对物种进行选择的。
这一重大发现应首先归功于达尔文和他的《物种起源》。当自然界对物种的选择作用这一生物进化的外部原因在达尔文手中被完美地揭示之后，达尔文就将人类对于生物的研究引向了生物的内部。正如达尔文在去世前一直坚信的那样：物种的进化现象有着自己确凿无疑的内部原因，这也是达尔文遗留给后人的重大课题。
现代遗传学之父孟德尔开始进行豌豆实验时，达尔文进化论刚刚问世。他仔细研读了达尔文的著作，从中吸收丰富的营养。保存至今的孟德尔遗物之中，就有好几本达尔文的著作，上面还留着孟德尔的手批。
起初，孟德尔豌豆实验并不是有意为探索遗传规律而进行的。他的初衷是希望获得优良品种，只是在试验的过程中，逐步把重点转向了探索遗传规律。除了豌豆以外，孟德尔还对其他植物做了大量的类似研究，其中包括玉米、紫罗兰和紫茉莉等，以期证明他发现的遗传规律对大多数植物都是适用的。
孟德尔经过八个寒暑的辛勤劳作，于1865年在豌豆实验中发现了生物遗传的基本规律，并得到了相应的数学关系式。人们分别称他的发现为"孟德尔第一定律"和"孟德尔第二定律"，它们揭示了生物遗传奥秘的基本规律。可是，直到孟德尔逝世16年后的1900年，孟德尔的研究成果才受到广泛重视，并为现代遗传学研究奠定了基础，为进化论的发展做出了划时代的贡献。
新达尔文主义
自从人们接受哥白尼的日心说之后，没有什么理论可以像达尔文的理论那样对人的理解力带来这么大的影响——
德国胚胎学家魏斯曼
在达尔文时代,细胞学说刚刚建立,遗传学尚未成为科学，因而达尔文主义没有也不可能揭示生物遗传、变异的机制。19世纪末以来，出现了把达尔文的自然选择学说与遗传学相结合的趋势，各门生物科学的新成就使达尔文主义发展到一个新的阶段——新达尔文主义。
