另一种更流行的说法是达尔文乘贝格尔号环球航行时在南美感染上寄生虫锥体虫引起的。达尔文曾经记载他在南美被一种虫子咬过，而这种虫子现在已知是锥体虫的宿主。达尔文也记载他在贝格尔号船上曾经多日发烧，似乎表明是寄生虫感染。他的发病进程、出现的一些症状也与慢性锥体虫病类似。不过，从记载看，达尔文在开始贝格尔之航时，就已出现过一些症状，说明他的病未必都与锥体虫有关，即使他真的感染锥体虫。
最新的研究表明达尔文得的其实是一种当时不知道的疾病——全身性乳糖不耐症。哺乳动物的乳汁中都含有乳糖，小孩喝了奶以后，乳糖在小肠中被乳糖酶分解成葡萄糖和半乳糖，然后被吸收。断奶以后，人体就渐渐丧失了乳糖酶，这时候如果再吃含有乳糖的食品，大约两三个小时后就可能出现过敏。
人体失去乳糖酶的程度和速度与人群有关。大部分中国人和日本人在断奶三四年后都失去了80％～90％的乳糖酶，因此乳糖不耐症在中国人和日本人中最常见，但是由于他们的饮食中很少含有乳糖，所以不容易表现出来。其他地区的亚洲人和犹太人则还能保留20％～30％的乳糖酶，而北欧人、阿拉伯游牧民族和非洲一些养牛部落，则大部分人都一直保留有比较高的乳糖酶，不会出现乳糖不耐症。只有大约10％的北欧人由于遗传等因素会患乳糖不耐症，有的要在断奶10～20年后才出现严重症状。
达尔文很可能正是属于这少数欧洲人。英国卡的夫大学医学院的两位研究者仔细研究了达尔文的病情记录，发现其症状与全身性乳糖过敏一一吻合。达尔文通常是在饭后两个小时开始发病，发病时间也与乳糖过敏相符。他们还发现，在达尔文的日常饮食中都含有牛奶、奶油等富含乳糖的食品，而达尔文病情好转的时期则恰好是他碰巧没有吃这些食品。另外，达尔文的亲属中也有几个人有类似的病情，这也与乳糖不耐症通常是遗传的这一点相符。
现在已经可以通过基因鉴定来确诊乳糖不耐症了，这只需要有一点组织样本（例如头发）就可以做到。是否有必要为了确认达尔文的确是乳糖不耐症患者，而打开威斯特敏斯特大教堂中的达尔文坟墓呢？
疾病使达尔文大多数时间只能呆在家中过隐居的生活，这让他可以专心地思考、实验、著述，留下了大量的著作，为生物学做出了多方面的开拓性贡献。也因为体弱多病，他主要靠通信与外界联系，留下了大约1500封通信，成为后人研究达尔文思想、生平的宝贵资料。达尔文给后人留下的文字材料之多，研究他的思想、生平的著作之多，在大科学家当中罕有其匹。他个人的不幸，却是后人的幸运。
