孟德尔并非完全不重视向学术界介绍自己的工作。他在收到论文的单行本后，分寄给世界各地著名的植物学家，试图引起科学界的注意。但是有谁会去理睬一个偏僻地方的修道士寄来的论文呢？自然是毫无回音。孟德尔希望通过与权威私下交流的方式引起他们对他的成果的重视，给耐格里写了许多封信，向他报告自己的试验成果，并愿意向他提供豌豆种子供检验。可惜他与耐格里的交往完全是一场灾难。这位当时首屈一指的专家完全不能理解孟德尔工作的意义，在1867年2月25日的一封回信中，傲慢地教训孟德尔说，他的实验“还远远没有完成，其实只是个开端”，建议孟德尔改用山柳菊（耐格里喜用的研究材料）重复这些试验。这是一个糟糕得不能再糟糕的建议。山柳菊完全不适于做杂交试验。它存在无数的难以观察的变异，花非常小，不容易操作，而且当时无人知道的是，它有时候进行有性繁殖，有时候进行无性繁殖，这样是根本不可能在其后代中发现数量关系的。孟德尔却认真对待这位权威的建议，花了几年时间用于研究山柳菊，一无所获。这时候想必连他自己也怀疑他发现的遗传规律并不是普适的，这无疑使他很沮丧。恰好在这个时候他被选为修道院的院长，便逐渐把精力转移到修道院的行政事务上，放弃了科学研究。
耐格里不仅给了孟德尔最糟糕的建议，而且也完全忽视了孟德尔豌豆试验的结果。他在1884年出版了一部有关遗传和进化的大部头学术著作，总结了他所知道的有关植物杂交的所有实验，唯独没有一个字提到孟德尔。耐格里对孟德尔的工作如此轻视，恐怕并非偶然。他相信的是融合遗传（认为后代是父母性状融合的结果），而孟德尔的结论却证明了颗粒性遗传的正确（父母的基因不是融合，而是分离的），这将使他的观念被彻底推翻，或许正是这种心态，使他想当然地做出了孟德尔肯定错了的结论，而不愿多加考虑。
在1900年以前，孟德尔的豌豆试验曾被引用了11次。最早的是霍夫曼（H. Hoffman），他在1869年的一篇论文中简单地提及孟德尔的试验，并将孟德尔的论文列为引文。这个引文引起了德国著名植物学家福克（W.O. Focke）的注意，他在1881年出版的《植物杂种》这一名著中简短地评价了孟德尔的工作，其语气颇为不屑：“孟德尔所做的许多杂交的结果，与奈特（A. Knight）的十分类似，但孟德尔却自以为发现了各种杂种类型之间稳定的数量关系。”福克虽然如此贬低孟德尔的贡献，但提及孟德尔，却无意中做了一件大好事，因为他的这本书后来成为从事植物杂交的工作者人人必备的参考书，孟德尔的工作才因此得以被记载下来，并最终在1900年被三位查阅这本书的生物学家同时发现。
显然，在1900年以前，孟德尔的工作被遗忘，不是因为权威们不知道它，而是因为他们不觉得他有什么了不起。这是为什么呢？因为孟德尔不幸处于巨人的阴影之下。达尔文《物种起源》一书在生物学界引发了一场革命，进化论的研究是当时最引人注目的一个领域。从事遗传研究的人，甚至包括孟德尔，都觉得自己也是在解决生物进化的问题——他在1866年的论文中提到，他从事豌豆试验的目的，是为了“解决一个问题，这个问题对有机体的进化史的重要性决不能低估”。在当时的研究者看来，对进化论而言，物种间的杂交要比物种内的杂交意义重大得多，因为这能说明新物种是怎么产生的。孟德尔本人也用菜豆和山柳菊从事过种间杂交，他的这些工作在1900年常被植物学家们提到（甚至包括耐格里！），而他的豌豆试验，看上去不过是个琐屑的小工作，不值一提。
