孟德尔被时代所忽略的，恰恰是他的天才之处。以前研究生物遗传的学者，当他们比较子代和亲代的异同的时候，是把亲代做为一个整体，又把子代做为另一个整体进行比较的。他们相信的是，亲代存在一种“本质”，子代存在另一种“本质”，遗传就是这种本质的传递和变化。子代内部的变异被看做是可以也应该忽略不计的偏差，只有其平均的性质才有研究的价值。但是孟德尔在做豌豆试验时，却不抱这种本质论的思想，采用的是群体思维。在他看来，子代群体是由一个个不尽相同的个体变异组成的，每一个个体都是有价值，值得研究的，个体变异并不是偏差，而恰恰是遗传的表现。因此，别的植物学家在研究豌豆杂交试验时，只停留于对现象的概括描述：第一子代只出现一种性状，第二子代两种性状又都出现了，等等，而孟德尔却知道要挨个挨个去数豌豆种子，每一粒种子都是宝贵的，不可抛弃，从而能对它们做定量研究。
孟德尔的天才之处，恰恰也是达尔文的天才之处。达尔文之前的进化论先驱们，在研究进化问题时，抱着的也是本质论的观点，每个物种都存在着一种代表它的本质，进化就是从一种本质到另一种本质的变化，而物种内的个体变异是可以忽略不计的。而达尔文恰恰重视的是物种内的个体变异，这些变异提供了自然选择的材料，生物才得以进化。很难说哪一个变异更重要，现在看上去不起眼的变异，以后很可能成为适应变化了的环境的优势变异而传播开去。这种强调群体内部个体的重要性的群体思维，可以说是达尔文的首创。但是即使是达尔文本人，在研究遗传问题时，也没能突破传统思维。达尔文相信某些育种学家的错误说法，单个的花粉不能使植物授精，而必须有几个花粉才行。这使他误以为在遗传时雄性配子和雌性配子不存在一配一的关系，而无法进行定量的研究，尽管他自己在做金鱼草杂交实验时，也得到了子代的显性性状和隐性性状的比例为3：1这个“孟德尔比例”，却完全忽略了其中所隐含的定律。
《物种起源》德语版在1860年出版后不久，孟德尔就已仔细地阅读，并在书上做了批注。据说，孟德尔的论文在1868年发表后，他寄了一份给达尔文，但是达尔文从来没有阅读它——人们在达尔文藏书中发现它的时候，论文的连页没有割开（当时人们阅读一本新书时，必须自己把纸页割开）。在现存的达尔文藏书中，并无孟德尔的论文，这个说法是否可靠不得而知，孟德尔在给学术权威寄论文时，似乎不应漏掉达尔文。这两位生物学的创建者，如果在科学思想上曾经有过交流的话，也肯定是单向的。但无论如何，他们是殊途同归了。
