伊马尼希－卡里也在这次听证会上作证。她承认自己对待实验记录很马虎，但是认为自己不至于傻到去造假。对此她有一番煽情的表白：“如果我伪造数据，那将会误导科学家，浪费他们宝贵的资源，妨碍他们去努力征服导致我的姐姐死亡并威胁着我的疾病。”然而，煽情表演只会给许多科学家留下更糟糕的印象。哈佛大学教授、诺贝尔医学奖获得者瓦尔特?吉尔伯特（Walter Gilbert）本是巴尔的摩的朋友，但是正是在听了伊马尼希－卡里的这番表白后，改变立场，怀疑她很可能造假。另一个哈佛大学著名教授、拉斯克医学研究奖获得者马克?普塔什尼（Mark Ptashne）原先一直在为巴尔的摩辩护，现在也认为巴尔的摩在掩盖真相。他们和几名哈佛大学分子生物学家、生物化学家组成一个小组，与欧图尔面谈，分析《细胞》论文，认定伊马尼希－卡里造假。但更让他们不满的是巴尔的摩的所作所为。虽然巴尔的摩本人没有造假，但是他试图利用其地位和影响力来阻挠对案件的调查的做法，让这些地位和影响力并不亚于他的著名科学家们无法容忍。用吉尔伯特的话说，“这个案件更多地是关于正确行为的观念，而不只是造假。”此后吉尔伯特通过写公开信、作证、接受采访，公开地谴责巴尔的摩，如此持续了好几年。
（下）
1989年秋，美国国家卫生院（NIH）新成立的“科学诚信办公室”（OSI）组成委员会，重新启动对伊马尼希－卡里案件的调查。新的委员会除了保留第一次调查委员会原有的三名委员，另外增加了两名委员，仍由戴维担任主席。该委员会在1991年3月14日完成了调查，写成调查报告草案。与第一次调查结果不同，这一次的调查主要根据特勤处对伊马尼希－卡里实验记录本进行刑侦鉴定的结果，认定伊马尼希－卡里“反复出具虚假和误导性的信息”，犯下了“严重的科学不端行为”，并表扬欧图尔追求真理的勇气，同时批评巴尔的摩没有认真对待造假的指控。
根据程序，调查报告草案送给一些人进行审阅，委员会再根据审阅意见写成报告定稿公布。审阅者按要求必须对报告草案保密，但是这完全取决于审阅者的自觉。事实上，报告草案一交到审阅者手里，马上就被人泄露给了媒体记者，迅速传开了。《纽约时报》在3月21日头版报道调查结果，并报道说巴尔的摩将会撤销《细胞》论文。美国司法部则宣布计划起诉伊马尼希－卡里骗用联邦资金（后来放弃）。
巴尔的摩与其律师、同事商量了一个月后，给NIH寄去一份声明。在声明中巴尔的摩做了自我批评，赞扬欧图尔，并对自己一开始没有重视欧图尔的举报而向她道歉。《自然》杂志在5月9日刊登了巴尔的摩的声明，一周后又刊登欧图尔的回应。欧图尔对巴尔的摩的声明并不满意，认为他还有些问题没有说清楚。第二天出版的《细胞》刊登了巴尔的摩等人的撤稿声明（伊马尼希－卡里和里斯布拒绝签署该声明）。
随后，以哈佛大学教授们为主的巴尔的摩的反对者和巴尔的摩、伊马尼希－卡里及其支持者在《自然》上进行了持续几个月的论战。伊马尼希－卡里宣称OSI委员会委员们没有看懂其血清学实验，尽管这些委员们都是资深的免疫学家。巴尔的摩的态度则再度变得强硬，对欧图尔的指责一一做了回应，并坚持其《细胞》论文基本上还是成立的，有后来发表的6篇文献为证。而其反对者则认为这6篇文献并不能用以证明《细胞》论文的结果，而且即便《细胞》论文的结果被别人证实，也不能说明就没有造假，科研人员应该自己确保实验数据的有效性，而不是让别人来为自己证明。10月10日，《自然》用一篇严厉批评巴尔的摩的社论终止了这场论战。
