巴尔的摩的麻烦并没有结束。巴尔的摩已于前一年的7月离开麻省理工学院，到纽约的洛克菲勒大学当校长。他是在一片反对声中走马上任的。根据民意调查，该校有三分之二教授反对让巴尔的摩当校长，其中有半数签署了请愿书。他们不希望让一个由于涉及造假丑闻引起争议、名声不佳的人来当校长。但是董事会坚持聘用巴尔的摩。
巴尔的摩在《自然》的论战进一步激怒了他在洛克菲勒大学的反对者。该大学一些著名教授纷纷宣布不愿再受巴尔的摩领导，将另谋出路，其中包括诺贝尔奖获得者杰拉尔德?埃德尔曼（Gerald Edelman），他在1991年10月份宣布把实验室搬到加州的斯克里普斯研究所（Scripps Research Institute）。埃德尔曼激烈地批评巴尔的摩，认为其所作所为表明他不是一个科学家，因为一个科学家如果受到挑战，就会通过重复实验来证明自己，自己做不了实验就请别人来做，而不是靠争辩、雇律师、骂人和把证明的责任推给其他科学家。11月，巴尔的摩宣布他辞去洛克菲勒大学校长职务，并于1994年回到麻省理工学院。
丁格尔议员对OSI的工作并不满意，仍然认为NIH没有能力调查学术不端行为。在他的要求下，OSI在1992年被解散，另外成立了“研究诚信办公室”（ORI），由卫生与人类服务部直接管辖。ORI继续调查伊马尼希－卡里案件，一直到1994年11月，OSI正式发布正文长达231页的调查报告，指控伊马尼希－卡里犯有19项不端行为，建议在10年内禁止她申请联邦政府的科研基金。随后，塔夫茨大学撤掉伊马尼希－卡里的助理教授职务，把她降为研究助理。
伊马尼希－卡里向美国卫生与人类服务部提起上诉。卫生与人类服务部组成一个三人委员会来听取上诉，其中两人是该部的律师塞西莉亚?福特（Cecilia Sparks Ford，任主席）和朱迪思?巴拉德（Judith Ballard），一位是从外面请来的科学家、匹兹堡大学医学院退休教授朱利叶斯?扬格纳（Julius Youngner）。这两名律师此前也在另一个学术造假案上诉委员会任职，推翻了ORI的调查结论，曾被批评为不懂科学。扬格纳当时已75岁，是微生物学家，而不是免疫学家。由这三个人来听取伊马尼希－卡里的上诉，让人怀疑是否能够胜任。
按美国司法系统，上诉法庭并不对案件重新进行调查，而是根据已有的证据做出判决。但是该上诉委员会却不顾OSI、ORI长达5年多的调查结果，重新启动调查，举行听证。他们不允许ORI在听证时出示其调查报告，也不允许出示以前的调查报告和在国会听证会上的证词。1996年6月21日，上诉委员会发布长达192页的决定，认为ORI没能以充分的证据证明伊马尼希－卡里有不端行为，推翻了ORI的调查结论，解除了对伊马尼希－卡里的处罚。塔夫茨大学恢复了伊马尼希－卡里的助理教授职务。目前伊马尼希－卡里是该校的副教授。
人们可能会觉得奇怪，难道刑侦鉴定结果还不够确凿吗？上诉委员会认为这些证据没有意义，不能证明伊马尼希－卡里造假，可以有别的解释。例如，上诉委员会是这么解释我们前面提到的那两处涉嫌造假的证据的：关于纸带上的字体、颜色、墨水不符的问题，上诉委员会认为也有可能是有人换了打印机、更换了打印机色带等等；而两条据称是隔天做的实验的纸带上的序列号相距很远的问题，上诉委员会认为可能是伊马尼希－卡里写错了日期，无视伊马尼希－卡里是把这两条很不连续的纸带当成一个实验的结果来用的，根本不是日期是否正确的问题。
