2005年5月，黄禹锡宣称他的克隆结果又有了重大改进，成功率高得惊人，仅仅用了185个卵子就克隆出了11个胚胎干细胞系，而且是用9个不同年龄、性别和患有不同疾病的患者的体细胞做供体克隆出来的，为实现治疗性克隆又迈进了一步。这个成果随后又发表在《科学》上。8月，黄禹锡宣布克隆出了世界上第一只克隆狗，并在英国《自然》发表了论文。
短短一年多时间内接二连三做出领先世界的成果，一下子让黄禹锡也成了国际科学明星。黄禹锡被政府封为韩国“最高科学家”，获得了创纪录的科研经费：自1998年以来黄禹锡从韩国政府获得的科研资助一共是658亿韩元，再加上企业的资助，超过700亿韩元（约等于7000万美元）。
但是他的麻烦也已经开始了。给他带来麻烦的是曾经参与在2004年《科学》上发表的论文工作的一名姓柳的同事，他由于不满黄禹锡的做法而离开了研究小组。6月1日，柳某给韩国MBC电视台新闻调查节目“PD手册”的网络举报箱发去一封电子邮件。几天后，节目编导对柳某做了匿名录音采访。在采访中，柳某称黄禹锡实验存在伦理问题，所用的卵子是逼迫研究小组中女成员捐献的，而且黄禹锡实验室并没有技术能力能够获得2005年《科学》论文的结果，可能造假。
“PD手册”节目组随后进行了一系列调查。他们以拍摄介绍韩国生物技术的专题片为幌子，对2005年论文的一些共同作者做了采访，获悉11个干细胞系中只有两个（2号和3号）做过证明是干细胞的实验，而且是从汉城MizMedi妇女医院那里得来的。10月，节目组又到美国对论文的另一作者金善钟做了暗访。金善钟此时在黄禹锡的合作者、匹兹堡大学教授杰拉尔德?夏腾（Gerald Schatten）实验室工作。节目组编导告诉金善钟，他们已掌握了黄禹锡造假的证据，并欺骗他说，韩国检察机关已经开始调查此事。金善钟承认他对两个细胞系的照片进行复制，用来代表11个细胞系，但是是在黄禹锡的指示下这么做的。节目组用暗藏的摄像机录下了对金善钟的采访。
可能是听到了什么风声，夏腾在11月11日突然宣布中断与黄禹锡的合作关系，他们已合作了两年，一起发表了《科学》论文。夏腾说是由于他发觉黄禹锡所用的卵子的来源有问题。11月21日，论文作者之一、负责向黄禹锡提供卵子的汉城MizMedi妇女医院理事长卢圣一举行新闻发布会，承认他给每位卵子提供者支付了1400美元。第二天，“PD手册”播出了调查的第一部分“黄教授卵子出处疑问”，指控黄禹锡在论文中对卵子的来源说谎。
此时对黄禹锡的指控还只限于他对卵子的采集有违生命伦理。黄禹锡痛快地承担了责任，他在24日举行的新闻发布会上承认有两名助手自愿捐赠卵子，其他妇女则因为提供卵子而获得报酬。他声称他事先并不知情，但愿意为此道歉，将辞去研究中心主任的职务。
新闻发布会后，大多数政府官员、媒体、公众都表示支持黄禹锡。数百名韩国妇女宣称她们乐于捐赠卵子给黄禹锡做实验。“PD手册”则成了众矢之的。MBC电视台的网站论坛上贴满了观众指责“PD手册”的帖子。“PD手册”节目所有的赞助商都撤销了广告。12月7日，MBC暂停了“PD手册”节目，决定不播出指控黄禹锡论文造假的后续节目。
但是在2天前，韩国生物研究信息中心的网站上出现了一个匿名帖子，标题是：“这个节目必须继续……”指出黄禹锡2005年《科学》论文所用的一组干细胞照片明显是用两张照片重复“克隆”出来的。第二天，另一个匿名帖子指出该论文还存在重复使用DNA指纹图的问题。这些指控在网上激起了热烈讨论，随后又在韩国传统媒体上获得报道。12月12日，首尔大学宣布启动对黄禹锡的调查。MBC也播出了指控黄禹锡论文造假的后续节目。
