西班牙人称之为“悲惨的夜晚”，但他们的逃逸仍可称为奇迹。墨西哥人没能乘胜追击，一举消灭他们，主要是因为西班牙人还有一个最微妙和秘密的武器使得墨西哥人损伤惨重，这是入侵者自己所未曾意识到的。这就是他们从欧洲带来的病原体，不知不觉将死亡带给那些对这些疾病一无所知的人们。它们已经肆虐过加勒比海岸，给那里带去惨重的损失。现在，它们又使数以百计的阿兹特克武士在胜利到来之际惨然倒下。
科尔特斯得到了喘息的机会。几个月过去，新舰队到来，带来了新力量。他的印第安盟友帮助修建船只，带领他们穿过群山进入墨西哥谷地，他们就在那里聚结，对阿兹特克首都这座湖中岛城发动攻击。这一次，战争局势完全扭转了：阿兹特克帝国被打败，他们的庙宇被摧毁，偶像被推翻在地。这并不令人惊奇：阿兹特克人对被征服城市的标志就是一座燃烧着的庙宇。胜利者的神主宰了一切。
征服印加帝国的过程与这极其相似：它同样是一个庞大的多部落帝国，实行中央集权制，依靠才智管理国家：帝国内部同样存在着纷争与宿怨，印加人不仅与附属部落相敌对，而且相互之间也有冲突；况且，欧洲的疾病再一次成为欧洲征服者无声的帮手。当弗朗西斯科·皮萨罗带领战斗小分队抵达时，印加内战已经进行了7年(印加人显然死于天花)，因而元气大伤。
在这里，最初的接触同样是诱人的：海边的小小村落似乎满地黄金。同样，印加人的错误的意向导致西班牙人的冒险。印加人并没有把西班牙人错认为神灵，但完全低估了这只小分队的能量，他们对海岸边生活的人们的蔑视，自古有之。这些人如何能战胜来自高原的更勇敢的武士呢?西班牙人得知他们的内部纷争，再一次得到当地人的帮助。他们到达高原城镇卡哈马卡，与印加皇帝相会，皮萨罗极力向他郑重地保证，将像朋友和兄弟那样对待他。然后，他们大多躲藏起来，等待时机。印加人把这些当做他们害怕的表示。确实，不夸张地说，许多西班牙人尿湿了裤子。
成千上万的印加士兵到达这里，站满了广场。他们衣着华丽，但并无武器在手。印加皇帝阿塔瓦尔帕乘着轿到来，帝国最显赫的贵族充当着轿夫。一位西班牙神父走向前，将圣经献给印加皇帝。阿塔瓦尔帕打开圣经，看了看，将它扔在地上。这就足够了。神父往回跑向皮萨罗，喊到：“出来吧!出来吧，基督徒!出来惩治这些拒绝上帝圣物的怀有敌意的狗!”杀戮使约7000印加人当场倒在血泊中，伤者无以数计。西班牙骑士乘胜追击，随意斩杀，那些衣着显赫的人或许是领导者，更成为追杀对象。“如果不是黑夜降临，40000名印第安军人将不会有几个可以活着。”
阿塔瓦尔帕沦为阶下囚，全身裸露但未受到伤害。西班牙人要求并且得到的赎金是任何欧洲君主所承担不起的——黄金足可以装满一间大房子，从地面到屋顶无一空隙。印第安人付足了赎金，西班牙人不得不释放人质，交易就是交易，不能丧失信誉。但他们很快以背叛西班牙王室的名义又逮捕了他(竟然如此!)；作了最后的仪式(首先超度)，然后形象生动、名副其实地将印加帝国皇帝斩首。他们说服阿塔瓦尔帕皈依基督教。他们告诉阿塔瓦尔帕，如果死时是一个基督徒，他的尸体不会被烧化，那么按照印加人的信仰，他还能回来领导他的臣民。这是一个血腥的故事，充满了残忍与欺诈、屈尊与伪善；但是人们不能用善、恶、丑的标准评判这些事件，他们双方是彼此彼此。皮萨罗到来之前，印加皇帝——阿塔瓦尔帕的父亲瓦伊纳·卡帕克已经确立了对待战败者的惩罚标准：他将造反部落的人斩首，并将他们的尸体扔到湖里，“现在，你们不过是一群小孩儿!”⑧据记载，牺牲者有2000多，“这也许是西班牙征服新大陆之前历史上最血腥的屠杀”。⑨该地今天被称为“血湖”。⑩生物学家兼历史学家贾里德·戴蒙德曾作过透彻的分析，他问道，为什么印加人表现得如此天真——按照我们的标准，如此愚蠢。他的解释是：开化民族与未开化民族之间在奸诈与经验方面存在着区别。西班牙人是“人类行为和历史的丰富知识的继承者”；而印加人则“没有对付海外入侵者的实际经验……以前从未听说(或阅读)过其他人、其他地方、任何时候遭受的类似的威胁。”
但是，印加人本来应当有自知之明。
秘鲁印第安人的抵抗与墨西哥印第安人相比更为顽强，持续时间也长得多；实际上，有人认为他们的叛乱迄今从未停止过。1532年，皮萨罗活捉了阿塔瓦尔帕，但是直到1539年恰尔卡斯率领的印加军队才投降，曼科·印加到比尔卡班巴山避难，西班牙的控制才算稳固。即使那时，印加的流亡政府也曾在山区掀起起义的浪潮，直到1572年，弗兰朗斯科·德·托莱多总督才将起义镇压下去。印加的顽强不屈部分反映了欧洲人的疾病对秘鲁人没有太大的影响。原因尚不清楚，但墨西哥人口在西班牙人来到之后的一个世纪里锐减90%，从大约2500万人降到100至200万人；而秘鲁的人口只减少了1/5。
印加人尽管有暂时的成功，但他们企图将侵略者赶出国门的努力终归于失败。西班牙人有技术，受过训练，有组织，作战经验丰富，使得当地土著看起来就像业余军人。他们有当地同谋的帮助，其中有相当多的人皈依基督教，教会可以容忍这些人非嗜血性的异教徒习惯，但在忠于西班牙统治这一点上却毫无妥协的余地。西班牙人有自己远方强大帝国人力物力的支持，还有似乎源源不断来寻求财富的军人加入他们的队伍。他们明智地利用原有的印加帝国权力机构来为他们服务。印加统治者的继承者们成为世袭的、无所事事的贵族阶层，与西班牙要人通婚者逐渐增多，他们的后人构成现今秘鲁首都利马和厄瓜多尔首都基多的上流社会，其中有些人活跃于商界和政界。原先的部落头人(酋长)继续管理着地方事务。他们被赋予特殊的社会地位，免除了劳役和赋税；自1619年始，他们的子女在特设的耶稣会学校接受教育。有的孩子成为怀旧的编年史作者，通过悔恨和同情的泪水透视旧制度；有的孩子成为替被剥削大众说话的雄辩的代言人(关于已消失世界的回忆录，在欧洲人中引起的共鸣多于大部分不识字的土著人民)。
残存的抗议往往采取请愿的形式，适时地屈服于西班牙权势的统治和等级结构。印加帝国已成为历史。“他一览无余”：皮萨罗之前的印加人印加人未留下任何文字记录——他们不知道书写。我们只得依靠考古的遗迹(由于西班牙人疯狂挖掘金银，没有多少历史遗迹幸免)、笔录被征服者口述的或其后代撰写的传奇故事、或早年西班牙游客撰写的某些文字材料。总的来说，这些资料实质上是相吻合的。印加是新大陆历史上最大的帝国。它北起现在的哥伦比亚(北纬2度)，南至今天的智利圣地亚哥附近(南纬35度)，绵延4000多公里；西起大西洋海岸，东到安第斯山脉分水岭东侧和现在的玻利维亚高原。如同墨西哥的阿兹特克帝国一样，印加帝国所受到的限制，一部分来自大自然——印加人从来不适应茂密森林中的生活——一部分来自阿劳干人等倔强部落的顽抗。
阿劳干人也曾长期抵抗西班牙人，令西班牙人丢脸，直到19世纪才屈服于连发武器之下。从陆路旅行和交通的障碍来看，印加帝国规模愈发惊人。南美洲的一道道峡谷和丘陵从山脉一直延伸到海洋，截断了南北通道。由于缺少轮车(靠马和人力进行搬运)和发展沿海船运的失败印加帝国的人民知道如何用轻木造船和木筏，以及靠充气的皮囊等物漂浮并由游泳的人推进的轻舟和木排。但是，不管这些大木筏如何不沉于水，它们还是很小、不稳定、容易漏水，故而不适合公海运输。“对秘鲁水运来说，真正的限制不是缺乏智慧和技巧，而是缺乏适用的木材”，引自Rowe，“Inca Culture”，第240页。这引起了另一个问题：为什么不从山上砍伐木材?答案也许是，缺乏铁制或钢制的伐木工具，而且交通不便。，这些自然阻碍变得更难逾越。
印加帝国的诀窍在于用长跑信差和役夫维持通信联络。在印加帝国的所有道路上，每隔15西班牙里格(约为45英里)，在道路两旁各有一座为信差搭起的临时营房。每一个信差只关注一个方向，将任何时间接到的信息和包裹传递到下一站营房。 信差从小就训练做这种工作，可以昼夜跑步前进，平均每天跑50里格(大约150英里)。编年史作者贝纳伯·科沃告诉我们，从利马到库斯科(秘鲁一城市名)约140里格，路况不佳，而信差们约用3天的时间。一个世纪之后，西班牙骑马的邮差要用12到13天。的确，这些信差不会仅依靠他们自己的体液，还有古柯叶刺激和吸引着他们。实际上，他们常用需要多少古柯叶来衡量任务的轻重，就像中国人惯用需要吃几碗饭来衡量任务的轻重一样。
18世纪时，从纽约到波士顿约200英里的平地，乘马车需要一周的时间(当然，马车比驮兽和搬运工运载的东西要多得多)。这样，印加皇帝可以与帝国最遥远的地方保持紧密而迅捷的联系，对高度多样化的社会实施独裁统治。他被视为神。原则上讲，所有的土地都属于他，他慷慨地把土地租借给社区民众，这些民众以实物和劳务，也即“赋税和劳役”向皇帝纳贡。这些强制性的劳役有修路和修水利，在军队和信差队服役，搬运货物，修建官方建筑(从皇宫到仓库)，收租和分发恩赐物。所有的服装都是印加当局发放的。普通百姓在结婚时，可获得一套日常穿的衣服、一套节日穿的衣服和严冬天气工作时用的披肩一条。当衣服穿破之后，他可以去更换。除去服劳役外，人们还有自己的工作要做。印加社会像一座蚁冢：每个人都要工作，孩子从5岁开始就要干活。妇女在走路的时候还要捻线，传说印加道路修建得这样平整是为了防止她们跌倒；她们太忙了，根本无暇顾及脚下。除当地易货交易之外，贸易为官府所控制。
有的学者称这种制度为“社会主义”，因为这么多社会产品呈交中央政府进行最后的重新分配，这也许是一个恰当的称呼；但是该制度在形式和实质上与那些流行的贵族专制并无区别，贵族专制的“主要的划分”在于将小范围的精英阶层与庞大的、相对无甚差别的普通大众区别开来。印加社会也有与此性质相同的方面：民众生活都艰苦而卑微，每个人在吃饭和等待时都弯腰哈背。统治者在衣着、起居和饮食上均与众不同，此外还有“享受”咀嚼古柯叶的权利。显然，普通百姓也能够得到这种作物，因为没有古柯，他们就无法完成辛劳的工作。然而，单纯的享受是不存在的。告密者和侦探密布全国，无论白天黑夜，随时探测各家各户、甚至人家的瓶瓶罐罐，强行维护那种特权的排他性。如果每个人都能享受，那还叫什么特权呢?
印加帝王的眼线无处不在。总督一词被称为图克里库克(Tukrikuk)，意为“他一览无余”。印加帝国在它存在的短短世纪里将各民族统一在它的领导之下，并创立了一种通用语言，即盖丘亚语(Guechua)，现仍为安第斯山脉的居民使用着——格瓦拉在用西班牙语动员他们从事革命事业时，曾学过这种语言。然而，在这种印加“和平”的幌子之下，并不存在秩序与和谐。印第安人似乎容忍和顺从，但求助于酒和毒品的现象是一种不好的征兆。有人甚至斥责他们在哺育儿童方面毫无爱心：孩子从未被抱过，更不用说养育了。不论怎样，这种文化都剥夺了普通民众的创造性、自治和个性。
