外科疾病的主要发病机理是邪正盛衰，气血凝滞，经络阻塞，脏腑失和四个方面。
一、邪正盛衰
外科疾病与其它任何疾病一样，自始至终都存在着邪正斗争的基本矛盾，它不但决定疾病证候“邪气盛则实” 、“精气夺则虚”的特性．而且还直接影响着疾病的预后与转归。正气旺盛，临床多为阳证、实证，发展顺利，预后良好。全身症状有高热、烦躁、便结、溲赤、苔黄、舌红、脉实有力等；局部症状因病而异，如邪实正盛的阳证疮疡，局部高肿根束，焮热灼痛，脓出稠厚，易溃易敛；正气不足则表现为阴证、虚证；正虚邪实，正虚邪恋，容易逆变，预后不良。全身症状见面黄神倦，或潮热盗汗，舌红或淡，脉虚无力等；局部多见患处色白、平塌或坚硬结肿，不红不热，不痛或微痛，溃后脓水清稀淋漓，久不收口，迁延难愈，或毒盛内陷脏腑而为败证。外科疾病过程中，邪正盛衰的变化受治疗用药的影响较大，如阳证疮疡初期，一味内服大剂量寒凉尅伐药物，常使正气内伤，气血凝滞而毒聚不散。又如疮疡脓成，无论阳证、阴证，不用托法，或溃后排泄不畅，不及时切开引流均可致毒留肌肤、筋骨，甚而内攻脏腑；重症或久病伤正之后，或热毒伤阴、或脓泄大伤气血，阳证实证可转为阴证虚证，从而导致正邪关系的本质发生动态变化。
二、气血凝滞
气血凝滞是指气血生化不及或运行障碍而致其功能失常的病理变化。疾病的发生和发展为动态的变化，因此病理过程也是不断地发展和变化。当致病因素造成了局部气血凝滞之后，可出现疼痛、肿胀、结节、肿块、出血、皮肤增厚、紫斑等。气血阻滞于人体，因部位不同，而各具临床特征。如阻于肺则咳喘咯血；阻于肝则胁痛；阻于脾胃则呕吐腹胀；阻于膀胱则淋浊、癃闭、血尿；阻于肌肤则刺痛、肿胀、瘀斑、血肿；阻于筋骨则酸胀疼痛；阻于经脉则肢体拘急活动不利，甚则麻木冷痛。气血凝滞，郁而化热，热胜肉腐，血肉腐败，则酝酿液化为脓。
外科疾病的发生与否，与人体的气血盛衰有着密切的关系。气血盛者，即使外感六淫邪毒，内伤七情也不一定发病；反之则易发病。此外，气血的盛衰直接关系着外科疮疡的起发、破溃、收口等，对整个病程的长短有着一定的影响。如气血充足，外科疮疡不仅易于起发、破溃，而且也易于生肌长肉而愈合；如气虚者则难于起发、破溃；血虚者则难以生肌收口。气虚下陷可致脱肛；血虚不润可致皮肤干燥、脱屑、瘙痒。 可见气血的盛衰，对外科疾病的预后和治疗都有着密切关系。
三、经络阻塞
局部经络阻塞是外科疾病总的发病机理之一，同时身体经络的局部虚弱，也能成为外科疾病发病的条件。如外伤瘀阻后形成瘀血流注，头皮外伤血肿后，常可导致油风的发生等，所谓“最虚之处，便是客邪之地”。此外，患处部位所属经络，与外科疾病的发生发展也有着重要的联系。如有头疽生于项的两侧者，为足太阳膀胱经所属，该经为寒水之经，也为多血少气之经，所以难以起发。臁疮本属难以愈合之病，而外臁与内臁相比，外臁较易于收口，因外臁为足三阳经所属，为多气多血之经；内臁为足三阴经所属，为多气少血之经。经络也是传导毒邪的通路，它具有运行气血，联络人体内外各组织器官的作用，故体表的毒邪，可由外传里，内攻脏腑；脏腑内在病变，可由里达表，均是通过经络的传导而形成的。由此可见，经络与外科疾病的发生、变化有着密切的联系。
四、脏腑失和
人体是一个完整统一的有机体，外科疾病虽然绝大多数发于体表的皮、肉、脉、筋、骨的某一部位，但与脏腑有着一定的联系。如脏腑功能失调，可以导致疮疡的发生，《素问·至真要大论》说：“诸痛痒疮，皆属于心。”《外科启玄》亦云：“凡疮疡，皆由五脏不和，六腑壅滞，则令经脉不通而生焉。”故有“诸内必形诸外”、“主外必本诸内”之说。因此，外科疾病的发生与脏腑功能失调有关。
脏腑内在的病变可以反映于体表，而体表的毒邪通过经络的传导也可以影响脏腑而发生病变。如有头疽、颜面疔疮、疫疔、毒蛇咬伤等可因热毒、疫毒、蛇毒的毒邪炽盛，或因体虚正不胜邪，而使毒邪走散，内攻脏腑。如毒邪攻心，蒙闭心包，扰乱神明，则出现神昏谵语；毒邪犯肺可见咳嗽、胸痛、血痰等形成走黄、内陷危证。故古代医家有“五善”、“七恶”的精辟论述。
总之，从外科疾病的发生、发展、变化的过程来看，它与气血、脏腑、经络、正气的关系是极其密切的。局部的气血凝滞，营气不从，经络阻塞，以致脏腑功能失和等，虽是总的发病机理，但概括而言，脱离不了阴阳的平衡失调或偏胜，因为阴阳平衡失调是疾病发生、发展的根本原因。气血、脏腑、经络均是寓于阴阳之中。气为阳，血为阴；腑属阳，脏属阴；经络之中有阳经、阴经之分，它们之间相互依存，相互制约和相互转化。由于各种致病因素破坏了这种关系，造成了阴阳的平衡失调，就能导致疾病的发生。因此，临床病象尽管千变万化，总是能以阴阳来分析疾病的基本性质，属阴证或阳证，为阴虚或阳虚。在“审证求因”过程中要抓住八纲辨证中的总纲，才不致有误。
