在古书资料中,石林古长城被称为“鞑子城”。“鞑子城”为彝语,“鞑”意为“埂”,“子”意为“界”,“城”泛指夯土或垒石的墙,因此“鞑子城”就是界墙的意思。明代万历年间的《云南通志》写道:“鞑子城在州东三十里,夷语底伯卢。其城起自曲靖,抵于广西(今泸西),绵延三百里。昔酋长兄弟筑此,以分地界。”
这条被用来分地界的石林长城,修筑时间大概要追溯到9世纪左右。大约在两晋隋唐时期,滇东居住着大姓爨氏,他们是南中望族,于东汉末年来到云南,到晋代时势力逐渐强大。爨氏在鼎盛时期管辖的地区延绵2000余里,称雄一方。后来,爨部又分东爨乌蛮与西爨白蛮。乌蛮居住于昭通、泸西、弥勒、建水、会泽、嵩明、元江等林谷地带,白蛮居住于曲靖、澄江、滇池、宜良等地。到了隋代,由于爨氏不上贡赋,杨坚便派史万岁前往讨伐,爨氏割据一方的局面从此宣告结束,但爨部的势力依然很大。唐朝年间,玄宗李隆基指使剑南节度使挑起云南部族的斗争。后来,姚州都督李宓派两爨大鬼主爨崇道,杀掉南宁州都督爨归王和安宁城首领爨日进。这时,统一滇西大理的南诏首领阁罗凤在爨归王妻子阿姹的求救下,攻杀爨崇道及其兵马,从而迅速控制了滇东地区。
在此后的40余年里,乌蛮逐渐发展,产生了乌蛮七大部落。他们也逐渐迁入生存条件较好的西爨故地。南诏在与唐朝的争斗中,政权得到巩固,势力更为强大,疆域范围东接贵州,西抵伊洛瓦底江,南达西双版纳,北接大渡河,东南接越南边界,西部与吐蕃接壤。
南诏王朝末期,政治腐败,经济崩溃,权臣当道。公元897年,郑买嗣杀死南诏王隆舜。公元902年,他又杀死隆舜的儿子舜化员及南诏王室近千人,自立为王,号称“大长和国”。公元927年,剑川节度杨干贞杀掉郑隆亶,立赵善政为王,国号为“大天兴国”,此后他又自立为王,号称“大义宁国”。此时,乌蛮已发展成拥有白鹿部、夜苴部、华竹部、洪农碌劝部、纳垢部等三十七部的大势力,史称“东爨乌蛮三十七部”。公元937年,通海节度使段思平在三十七部的帮助下,占领大理,建立了大理国。段思平执政后,兑现起义前的承诺,实行减税免徭役的政策,分封给段氏和大臣很多领地,对支持自己起义的滇东三十七部首领也都加以分封。普摩部、落温部、落蒙部、弥鹿部的酋长都是夷人氏族部落酋长,他们得到段氏所封的领地后,就商量在新分封的部落领土之间建造一种分界的标志,于是开始修筑最初的“鞑子城”。
大理中后期,段氏政权逐渐变得腐败,加强了对三十七部落的控制并在其领土内建东都鄯阐(今昆明),还设置东川、阿阳、秀山、石城四郡,从而激化了双方的矛盾。公元1094—1096年,大理国内乱,大臣高氏专权,把自己的子孙封于八府四郡,并多次掠夺和侵吞三十七部土地,威胁到了滇东三十七部的生存。公元1100年,阿庐部落中的强大族系师宗、弥勒等部联合三十七部,在盘江流域建立了部落联盟王国——自杞国。自杞国建立后,发生了多次反抗大理国强占各部落土地的战争。公元1147年,自杞国攻破东都鄯阐,杀死高明清。在全盛时,自杞国的疆域北至曲靖,南至红河,西达昆明,东抵广西红水河。为了有效地抗击外来侵略,自杞国在西部的险要处建了很多石堡、战墙、战垒、烽火台,为三百里古长城的形成奠定了坚实的基础。