治疗法时具体应用讲究的是子午流注的方法。
子午流注法既体现易医天时、地宜相应的观点，以能取得良好的疗效，倍受世人的青睐。如能以阴阳理论进行治疗则能因势利导，收到意想不到的效果。
如子、午二时辰，及冬、夏二时期，是阴阳气交的偏极点，也就是阴阳消长的过程，此时由于阴阳皆为盛极，故阴阳偏胜的疾病，如属阴虚阳亢或阴盛阳衰的疾病必然加重。进行有效地调整阴阳，则能收到事半功倍的疗效。如气血上逆或气虚下陷等疾患， 由于阴偏极，不能交通，势心导致气血不继，当升不升，当降不降的情况。
卯酉时刻，春秋二季这一时期为阴阳势均之际，正常人阴阳相对平衡。若阴阳失调严重者，此时阴阳难以维持平衡，故病情也容易显露。如子至卯时，由于阴渐消、阳渐长，此时对阳虚病人治疗可望好转；午至酉时又由于阳消阴长，阴虚病人渐趋平稳，而阳虚病人反趋加重。
基于同一道理，易医疾病诊治法提倡在治疗中讲究治疗法时，适时运用于施治中。在子后顺其阳而予壮阳，午后就其阴长而施予滋阴。如此，就能因势利导，事半功倍，适得其所。诸如，督脉为阳脉之首，自凌晨三时至下午三时，气血注入督脉，尤以中午十一时至十三时为最；任脉为阴脉之首，自下午三时至清晨三时，气血注入任脉 ，尤以晚上十一时至清晨一时为最。
