近代的生物学家从古代继承了关于有机世界的两个相当矛盾的观点，这两个观点都曾经为亚里士多德加以发展过。一个观点是把物种看成是不同等级的生物，在等级之间存在着比较大的不连续性，例如亚里士多德的动物等级只分十一类或者纲。另一个观点则是把各种动植物看作是一大串生物链条中的许多个环节，它们之间的层次不易察觉而且连续无间。在哲学上，这两种不同概念可以通过假定一个纲里面的最高动物，直接衔接着上面那个纲里面的最低动物而加以调和。但是在生物分类的实践中，这两个概念却是不能调和的，从而产生了两种不同的分类方法，即所谓“人为的”和“自然的”分类法。
人为的分类法采用少数几个、甚至仅仅一个特征，例如对生殖器官的性质，来进行分类，把有机体的物种分为不连续的和界限分明的类群。在另一方面，自然的分类法则着眼于把不同的生物种分为各个自然的科，生物之间存在着连续性，尽量地对一切可以找到的许多特征进行研究，以便确定某一个科之内物种的亲缘关系。这样的分类方法在对待已经发现的日益增多的动植物种时，是十分必要的。古代的狄奥弗拉斯图知道大约五百种植物，稍后的底奥斯可里底斯举出了六百种。提出双名植物命名法的瑞士植物学家卡斯巴？鲍兴（Casper Bauhin，公元1560－1634）公元1623年描述了他自己知道的大约六千种植物。在下一世纪，瑞典人林耐自己分类的植物约有一万八千种，而在十九世纪初，居维叶在法国宣称当时已知的植物有五万个不同的种类在十六、十七世纪，强调有机界物种不连续性和等级次序的人为分类法，在天主教国家里较为流行，例如意大利的契沙尔比诺和马尔比基，而强调物种连续性和亲缘关系的自然分类法，则在新教的国家里较为流行，著名的有荷兰的洛比留斯（Lobelius，公元1538－1616），瑞士的鲍兴和英国的约翰？雷（John Ray，公元1627－1705）。在十八世纪这些倾向却倒了过来，瑞典的路德教徒林耐采取了人为的分类法，而法国博物学家们特别是布丰则采用了自然分类法。这样一种变化可能和下面的事实有关系，即路德教派的思想逐渐吸收了较早神学的一些成分，包括等级性概念，而十八世纪的法国哲学家则采纳了机械论哲学，把所有现象全都降到同一机械一致性的水平。
安得烈？契沙尔比诺（Andrea Cesalpino，公元1524－1603），是比萨大学的医学教授，后来成为教皇克莱门特八世的御医，他在公元1583年出版的一本《论植物》的著作里提出了第一个重要的人为分类法。契沙尔比诺采取了亚里士多德的观点，认为植物的最重要特点在于只有一个生殖灵魂。生殖灵魂起的作用是有机体的营养和繁殖，营养通过植物的根吸收，繁殖则通过果实器官。所以契沙尔比诺论证说根和果实器官应当在植物分类中视为主要特征，因为它们表明植物所具有的生殖灵魂的性质，这个灵魂把植物放在有机体等级的正确类别上。他认为，苔藓和菌类没有生殖器官只有根；因此它们具有最低下的生殖灵魂，应当放在植物等级的最下层，是植物与矿物之间的一个环节。
马尔切洛？马尔比基在意大利的许多大学里当过医学教授，后来担任教皇英诺森特第十二世的御医，他在十七世纪时试图找出一个把一切有生物都纳入垂直尺度的分类方法。马尔比基对于哈维的血液循环学说以及由血液循环引起的呼吸作用问题感到很大的兴趣。他利用显微镜于公元1660年第一个看到蛙肺内连接静脉与动脉的毛细血管。然后他又对其他有机体的呼吸系统进行观察，发现丝蚕布满着许多管子，蚕就是通过这些管子吸进空气。他发现植物充满了螺旋状的空气小管，认为这些就是植物呼吸器官的一部分。根据这些发现，他认为生物呼吸器官的大小，同这个生物在有机自然界阶梯上的完善程度成反比。他把植物放在阶梯的最下层，因为植物遍身都是空气小管；其次是具有许多空气通道的昆虫；然后是具有较小的但仍然复杂的鳃系统的鱼类，最后是人和高等动物，居于阶梯的最上层，因为他们只具有一对比其他器官体积较小的肺。马尔比基的分类法并不怎样通行，关于动物的第一个重要分类是由约翰？雷于公元1693年按照亚里士多德的路线而完成的。
另一方面，契沙尔比诺的人为植物分类法的影响却非常之大。它所以吸引人，不但因为把物种看成是一个分为等级的生物阶梯在形而上学上有其正当的根据，而且也因为采用起来简单有效。契沙尔比诺的分类法只需要考察植物的一两个器官即根和果实。自然分类法的合理性在于它更多地反映了植物的客观亲缘关系，但是这些关系并不那么简单，需要考察和比较一切器官和特征──茎、叶和花以及根与果实器官。人为的方法因此更加广泛地得到采用；在公元1692年以后，当一个伦敦医生纳希米阿？格鲁（Nehemiah Grew，公元1641－1712）发现植物进行有性繁殖的时候，契沙尔比诺的分类法便被普遍地采用了。继纳希米阿？格鲁的发现之后，一个图宾根大学的植物学教授卡默拉留斯（Camerarius，公元1665－1721）于公元1694年指出，植物的雄蕊是雄性器官，而雌蕊则是雌性器官。因此，从植物雄蕊和雌蕊的性质和数目，就使得契沙尔比诺根据植物生殖器官分类的方法应用得更加地细致了。
这样一个分类方法被十八世纪最伟大的植物分类学家卡尔？林耐最广泛地加以应用。他是一个路德教派牧师的儿子，从公元1741年起在瑞典乌普萨拉大学担任植物学教授。林耐的自然观一个原始基督教虔信派信徒的自然观，而且他大部分时间都处于机械论科学思潮主流之外。他的主要著作《自然系统》于公元1735年出版，并在他的一生中重版了十二次。第一版几乎完全没有机械论概念，不过在最后的一版里他终于认为动物在原则上都是机器。林耐以毕生的精力从事当时被人们发现并从全世界各地带到欧洲来的大量新植物的分类。他把他所知道的植物分为纲、目、属、种，并用鲍兴所建议的双名制加以命名，以一个名称代表属，而以另一个名称代表种。雌蕊的数目决定一株植物应归入的目，而雄蕊的数目则决定它的纲，林耐就用这个方法把已知的植物分为二十四个纲。虽则林耐主要是根据植物生殖器官这一个特征进行人为的分类，他对以许多特征为依据的自然分类法也感到兴趣。公元1738年他发表了关于这种自然分类的一个片断，不过他的主要影响是在物种的人为分类方面。
林耐对分类有一种热爱。他的自然系统不仅包括不仅包括动物与植物的各种序列，而且也包括不同的矿物和疾病。他甚至把过去的和当代的科学家按照军级进行分类，而由他自己任总司令。他按照十七世纪约翰？雷以及在他之前的亚里士多德的主张把动物分为六类，即四足类、鸟类、两栖类、鱼类、昆虫类和蠕虫类。在他的著作的早期版本里，他把鲸列入鱼类，但是无论是约翰？雷或是亚里士多德都意识到鲸属哺乳类。他设想矿物是生长在地下的活物体。在《自然系统》的最后一版中，他用这样的话来概括他认为是有机界等级性层次的实质：“矿物生长、植物生长和生活，动物生长、生活和感觉。”
林耐是一个有影响的人物。他吸引了许多学生，他同他的学生到处旅行，探索一些偏僻地方的植物区系和动物区系。当时每一个勘探远征队通常都有它自己的博物学家。科克船长在他公元1768－1771年第一次航行时带着曾经跟林耐学习过的索兰德同行。在公元1783年林耐丧子以后，林耐的图书和搜集品都卖给一个伦敦医生史密斯，史密斯同两个朋友于公元1788年成立了目的在于研究自然史的林耐学会，而林耐的图书和搜集品终于归这个学会所有。
在法国有一股强烈反对人为分类的倾向；这种倾向特别表现在巴黎皇家植物园园长乔治？布丰（Georges Buffon，公元1707－1788）和特里亚农皇家植物园园长贝尔纳德？德？朱西厄（Bernard de Jussieu，公元1699－1777）的工作上。朱西厄把他管理下园内的植物按照一种自然系统排列，这种自然系统是他从林耐发表的断片发展起来的。他本人没有发表什么东西，但是他的侄子安东尼？劳伦特？德？朱西厄（Antione Laurent de Jussieu，公元1748－1836）继续了他的叔父的工作，在公元1789年发表了这种分类法的详细内容，表示怎样将较小的植物类群分为自然的科，如草类、棕榈、百合等等。朱西厄叔侄的工作在十九世纪由一位日内瓦胡格诺教徒的植物学家奥古斯特？德？堪多（August de Candolle，公元1778－1841）同他的儿子阿尔方斯？德？堪多继承了下去。
当朱西厄叔侄在研究植物的自然种族时，布丰和他的助手道本顿（Daubenton，公元1716－1800）也在用比较解剖结构的方法研究动物的亲缘关系。布丰认为一切人为的分类都是“形而上学的一个错误”。他写道：“错误在于不了解自然的过程，这种过程总是循序渐进的……我们能够使人无法觉察地逐渐从最完善的生物逐渐下降到最不具备形状的东西……我们将发现许多中间物种以及一半属于这一类，一半属于那一类的物种。这种不可能指定一个地位的东西，必然使得建立一个普遍体系的企图成为徒劳。”
他把这些话写在他的主要著作《自然史》的导言里，这部书的头三册于公元1749年出版，陈述了他的总论点。从公元1753年至公元1767年他发表了关于四足类动物的部分共十二册，而从公元1781至1786年又出版了关于鸟类和矿物的部分共十册。最后他的学生贝尔纳德？拉塞佩得（Bernard Lacepede，公元1756－1825在由布丰逝世后于公元1788年至公元1804年间又出版以另外八册关于蛇类和鱼类的部分布丰认为在自然界没有不连续的纲、目、属、种，这些都是人的思想创造而且完全是人为的。自然界只有个别的物种，而且相互之间只显出极其微细和连续的层次。但是他发现把号称不同的物种进行杂交一般是不育的，所以他接受了一个物种是一群可以相互受胎的个体的见解。在研究动物物种之间存在的类似性和亲缘性时，布丰逐渐地看出现在的不同物种可能是从一个共同的祖先传下来的。在讨论他所知道的两百种不同的四足兽时，他提出这样的意见，既然它们之间有许多非常相似，可能它们全部是从大约四十种原始类型传下来的。后来他认为它们可能全都起源于一对亲体。他论述道：“在动植物里面，且不说有好几个物种，即使只有一个物种，是通过直接遗传过程从别的物种产生出来的，只有这个论点一旦成立，……那末自然的力量便不再能加以限制了，而且只要有足够的时间，大自然就能够多一个原始的类型发展出一切其他的生物种类来，这样设想应当是没有错了。”
布丰并不是一个现代意义上的进化论者；他并不认为比较复杂和完善的动物是从简单和原始的种类逐渐发展起来的。相反，他相信各个不同的生物物种大都是一种或几种较为完善的原始类型退化的结果。驴子是退化的马，猿猴是退化的人。猪腿上有它并不使用的侧蹄，布丰认为这表示猪是从一个曾经使用过的这种侧蹄的较为完善的类型退化来的。
生物物种可能通过退化过程而发生变化，这种思想一点也不新奇，柏拉图就提出过这种见解，而且在人类堕落的教义中得到神学的认可。但是，在十七世纪晚期和十八世纪初期，这种见解是不受欢迎的；还有，认为任何物种可能绝种的想法也是如此。人们相信，物种从创世以来必然就固定不变，因为任何进化、退化或绝种都会使生息在世界上的巨大生物链条中留下空隙或者重复的等级，从而破坏世界的完善性。约翰？雷于公元1703年说，假如化石是绝种动物的遗骸的话，“那就可以推论，有许多种类的介壳鱼类在世界上绝灭了。这是哲学家们至今都不愿意承认的事，认为任何物种的灭亡都会使宇宙残缺并成为不完善的，然而他们相信，和神圣的上帝对于保全和维护创造物是特别关注的。”莱布尼茨的流行格言，认为我们的世界是一切可能的世界中的最好的，同样意味着没有一个物种能够发生退化或者绝种。莱布尼茨自己并不否认化石是以往生物的遗骸，但是他设想地球上灭绝的物种在别的行星上或在别的行星系上仍然在繁殖，以此摆脱困境。
前面我们已经看到，十八世纪中叶的法国哲学家否定了世界是完善的任何想法。他们感到至少在社会范围内可以提出某些改进，而且人类的进步则是事实。有些法国哲学家还反对物种形成一个生物分级阶梯的想法，因为他们反对这里面包含着的等级概念。伏尔泰在公元1764年出版的他的《哲学辞典》中写道：“当我第一次阅读柏拉图的观点，读到存在着这种万物从最轻微的原子直到上帝的等级时，我感到十分钦佩。但当我更仔细地加以考察时，这个巨大的幽灵便幻灭了。……开头我看到从无生物到生物，从植物到植虫，从植虫到动物，从动物到妖怪，从这些赋有一种轻如空气的身体的妖怪到无形的物体，最后到天使，不知不觉地一步一步地过渡，我的想象是十分愉快的。这种等级性使那些善良的人们很喜欢，因为他们幻想从这里面看到教皇和他的红衣主教们，在看到红衣主教下的大主教，和主教看到再下面的教区长、牧师、副牧师、主祭、副主祭，然后是僧士，最后到托钵僧为止。”
伏尔泰认为宇宙间不可能有一个连续的生物链条，因为在天体之间不分等级。在中世纪的世界观里，天体及其天使推动者当然都是按等级排列的，但是早期的近代天文学以及加尔文主义者都各自推翻了天体的等级性，因此伏尔泰现在可以引用天体的一致性作为反对等级宇宙整个概念的论据。
那些怀疑亚里士多德把物种分为直线等级并主张进步思想的法国哲学家，为了找他们的进化论思想根源，越过了亚里士多德并追溯到苏格拉底以前的希腊人贝奴亚？ 德？马耶（Benoit de Maillet，公元1656－1738）。在公元1749年出版的一本遗著中提出了一个同阿那克西曼德相类似的学说，他设想一切陆地动物都由鱼类改变习惯和环境影响而来。鸟类来自飞鱼，狮子来自海狮，而人则是人鱼变的。莫泊丢于公元1751年恢复了原子论者的说法，认为各个不同的物种起源于生命单元或原子的不同的偶然结合。狄德罗接着在公元1754年提出了恩培多克勒学说的翻版；根据这个学说，各种不同的动物器官如头、四肢等等都是偶然地凑合在一起的，因而产生一些形怪状但不能长久生存下去的动物，以及今天显得更能生存的物种。但是，法国机械论学派哲学家的主要兴趣却不在生物学方面。他们没有能得出一个满意的机械理论来说明物种的发展，也没有对他们的进化学说作出任何详细的阐述。
尽管有些法国哲学家否定了生物种构成一串等级的生物链条，这种想法在天主教法国仍然是很顽强的，而且被结合到一些十八世纪的进化学说里面。进步的概念被嫁接到进化的概念上，使人们逐渐地把生物的链条终于不再看成是物种的一个静止等级，而是物种随时间进化的一个由下而上的阶梯。首先创立这个说法的是詹？巴帕梯斯特？罗比耐（Jean Baptiste Robinet，公元1735－1820），他一度是耶稣会教徒，后来转攻自然哲学并发表了一部关于自然哲学的五大册著作（公元1761－1768）。
罗比耐坚认生物物种形成一个充实和完整的生物直线阶梯，没有任何的空隙和级次上的重复。他写道：造物主“造出所有能生存的植物品种；动物界一切微细的级次，都尽量地塞满了动物。”但是这根链条并不是一个静止的垂直阶梯，一切生物，他断言道，都“依靠其内部力量所能够给予其自身的，或者由外物对于它们的作用，而有所增益。”他认为这种内在的自我分化力量是“生物最本质的和最普遍的属性……是一种变好的倾向。”这样一种内在的力量是精神之火，这种生命力在人类中间表现在统治世界的开明见解的进展上。罗比耐写道：“人的心灵必须受普遍法则的支配，我们看不出有什么东西能阻止它的知识进展，或者阻止它的发展，或者窒息这种精神活动，它一切都是火啊！”
同样，动物从外物所受到的增益，就如同人受他的环境影响一样；法国哲学家们的这种学说是根据他们的心理学学说来的。
象布丰一样，罗比耐没法不回过头来从下到上地看一下这个生物阶梯。他不象布丰那样认为生物的变化是从高级到低级的一种退化，但是他却在最低等生物里面寻找人的形态和属性。他写道：“鉴于个体的序列是生物朝着人类演化的若干阶段，我们将把这些阶段的每一个阶段同人作比较，首先是把人的高等能力即他的理性作比较。”罗比耐因此设想人的物性以种子的形式存在于整个的生物阶梯中，在最不具形态的物质里都有生命和灵魂。跟那些根据进化论思考问题的莫泊丢、狄德罗以及其他人一样，罗比耐认为甚至宇宙的基本原子都具有生命和灵魂。这样一个见解使他们的进化学说简化了。无机物既然是活的，便很容易产生出生物来。不同物种不过是这些活的原子的不同结合而已。
另外一个进化的学说是由查尔斯？邦尼特（Charles Bonnet，公元1720－1793）发展起来的，他是定居在日内瓦的一个胡格诺教徒家族的后裔。邦尼特在年青时代是一个活跃的博物学家，于公元1749年发现雌蚜虫或木虱能不经受精而生育活的后代。后来他的视力变坏了，就转向生物学理论的研究，于公元1770年发表《哲学上的新生论或关于生物过去和未来的一些想法》。他的雌蚜虫不经受精而生育幼蚜的发现，使他认为每一物种的雌性本身都含有这个物种未来一代的雏型。这样一种见解在当时流行得很广。它意味着物种永远是固定的。因为一切未来的动物早已在胚种里就存在了。但是，邦尼特认为世界是陷在周期性的大灾难中，而最后一次大灾难便是摩西的洪水。在这些大灾难中，所有生物的躯体都毁灭了，但是它们未来后代的胚种却继续存在，而在大灾难退去以后复活起来。不但如此，新的复活了的物种比大灾难以前的物种在生物阶梯上都要高等一点，在等级上就好象升了一级似的。为了支持他的学说，邦尼特指出那些化石骸骨和介壳为例，这些他相信都是过去灾难所杀死的动物遗骸。他预料世界还将发生另一次大灾难，而且在这次大灾难以后，石头将具有生命，植物将会自己走动，动物将发展理性能力，而人则将变为天使。这样，他写道：“在猴子或大象中间将发见一个莱布尼茨或牛顿，在海狸里面将发见一个培罗或一个沃邦。”
一度是耶稣会教徒的罗比耐把进化看成是生物阶梯上的不断上升；而胡格诺教徒邦尼物则把生物界的变化看作是大灾难招致变化的结果，这两个人都表达了往后半个世纪里流行起来的两种进化论类型，并表明了这两种观点各自的宗教信仰根源。新教徒思想家倾向于灾难观，而自然神论者、怀疑论者、不可知论者以及无神论者，特别是那些原先是天主教出身的人，都倾向于不断进化说。邦尼特认为生物在完善程度上的升级，是通过灾难性的死亡和随后的复活而实现的，这种想法在很大程度上是宗教思想的世俗化。类似的见解也贯串在英国伊拉斯谟？达尔文的生物学推论里，不过对他说来，后代代替了复活的生物，胚胎则具有早先思想家归之于死去亲体灵魂中的那些改良品质。
罗比耐和邦尼特的学说及其分歧点，在十九世纪早期分别为拉马克和居维叶加以发展。詹？巴帕梯斯特？拉马克出身于皮卡迪的一个小贵族家庭。家庭希望他从事教会事业，他并且在亚眠耶稣会学院受过教育，但是他放弃了宗教事业，在陆军和商业界混了一个时期以后，于公元1782年获得巴黎皇家植物园的植物学家的职位。在法国大革命期间，皇家植物园于公元1790－1793年关闭，在此期间拉马克写了几本小册子，主张对皇家植物园的人员编制进行改革。他的建议大部分为国民议会所采纳，公元1794年国民议会重新开放皇家植物园，拉马克被任命主持无脊椎动物的工作。另一方面，乔治？居维叶（Georges Cuvier，公元1769－1832）则出身于定居在巴塞尔附近蒙贝利亚尔的一个胡格诺教徒的家庭。他当过诺曼底的一个新教徒的家庭教师，并在那里研究海洋生物。他的研究使他于公元1795年获得植物园（皇家植物园的改名）的比较解剖学职位。拉马克从罗比耐那里继承了生物不断进化的学说，而居维叶则采纳了邦尼特的大灾难学说，但是，两人的研究最后都归结到生物物种可以按直线系列排列的概念，这个概念无论是在罗比耐或是在邦尼特的臆测里都已经包括了。
拉马克从研究植物过渡到研究低等动物，他的研究工作所以说是从古老的生物级次开始着手的。他转到无脊椎动物学方面来时已经五十岁了，不过他在这个以前被人忽视的领域里的进展很快。从亚里士德的时代到林耐的时代，无脊椎动物或则被列在昆虫类，或则被列在蠕虫类。布丰在攻击林耐的体系时，曾指出当时通行的无脊椎动物分类很不恰当。他认为把虾同昆虫放在一类简直荒唐。拉马克研究了这个问题，在公元1800年左右把昆虫和蠕虫的两类无脊椎动物分为十个不同的纲，他的分类成了现代分类的基础。
拉马克看到他的无脊椎动物的十个纲表现了构造和组织上的级次，而在公元1802年他又按照一条直线次序把它们排列起来，接着脊椎动物的四个纲，即鱼类、爬虫类、鸟类和哺乳类，以表现动物界的级次阶梯。他然后把这个阶梯看作是动物从简单的单细胞机体过渡到人类的进化次序，并于公元1809年发表了他的《动物哲学》，在这部著作里他谈了自己是怎样认识到这种进化的由来的。今天人们纪念拉马克，主要是就他的获得性状遗传学说，即动物器官的构造和机能上由环境引起的变化可以传给后代。但是这种思想在拉马克的学说里只是个次要因素。跟罗比耐一样，他认为每一生物都有一种内在力量为物种的改进不断地起着作用。假如这种力量不碰到阻碍，它就会导致一个纯粹直线的生物系列，一个从简单的单细胞生物一直到人类的不断上升的生物链条。拉马克不愿承认在自然界看到的生物阶梯有什么不完善的地方。例如，他拒绝相信任何物种会变得灭绝，因为一个物种的灭绝会使地球上的生物巨大链条缺掉一环。他认为有些较大的动物诸如乳齿象可能会被人类消灭，一些较小的动物可以在生物的阶梯上似乎是缺少了，但存在于地球上某处而有待于人们的发现。但是拉马克从自己知道的大量动物学事实。不得不承认自然界的巨大生物链条并不是完全连续的，所以他提出获得性状遗传学说，以说明直线阶梯的偏离。拉马克写道：“构造上愈来愈复杂，表现了环境在动物的总系列中的一些异常影响。”
有机体因环境的影响而获得的特征有两类。第一类是由环境的直接作用而产生的残缺和类似残缺的情况，这是不能遗传的。第二类是由环境引起的动物习惯上的变化，特别是器官的较多或较少的使用，这是能够遗传的，并导致物种的永久性变化。长颈鹿就是这样为了吃到高树上的叶子而发展了长颈，鼹鼠则由于世世代代生活在地下而丧失了使用眼睛的能力。
认为物种形成一个生物阶梯的思想从两方面歪曲了早期的生物进化学说。第一，人类被放在阶梯的首位，从而使各种动物的系列看上去都是人类的一步步退化。其次，进化的系列被看作是一条直线阶梯而不是象后来生物学家所想象的那样一棵分支的系谱树。但是，认为动物种类是退化的产物的思想被进步的概念冲淡了，而经验事实的压力则导致生物学家把生物阶梯看作不是直线的。拉马克指出在他以前所作的动物分类都是递降式的，从人类和高等动物开始沿着阶梯逐渐下降。他自己则按照“自然的实际次序”将动物进行分类，从简单的生物开始逐渐上升到高等动物。但是拉马克在选择他的分类标准时，却不得不由上而下地看，把代表高等动物的特征作为整个动物界的分类标准。他认为神经系统是动物分类的最重要特征，因为“它产生动物最高的能力，而且是肌肉运动所少不了的。”作为分类的一个次要标准，拉马克选择了动物的呼吸与循环系统，但是在他的十个纲的最下面四个纲里，都不存在这些特征。如果他自下而上地选择他的分类标准，他可能会选中消化系统，因为这在他的无脊椎动物十个纲的上面九个纲内都存在。
认为生物的链条是一条直线系列的概念，也在拉马克的进化学说中留下痕迹，不过他比他的前辈与更能摆脱这个概念。邦尼特和罗比耐都认为矿石合成植物，植物合成动物，这样形成一个直线的上升阶梯。拉马克从一开始就否定了这个概念。拉马克写道：“一切已知的生物，根据动物与植物的主要差别，严格地分为两个特殊领域，而且尽管如上所述，我相信这两个领域实际上没有任何地方可以混淆起来。”
拉马克认为矿物、植物和动物都有一个共同的起源。他说最初是胶质和粘液的粒子，加上热和电的兴奋力量。这些力量使胶质粒子发展为动物，使粘液粒子发展为植物，同时又把动物和植物排除的废物变为矿物。起初，简单的有机体为维持其生命并转变为高等生物所需要的热和电，完全来自环境。但是愈沿着阶梯上升，有机体就愈加会自己发热发电，这样来维持自己的生命并且提供自身的进化力量。环境的热和电也促使有机废物的腐环，沿着退化的序列先化为血，然后化为胆汁、尿和骨头，继之成为介壳、大理石宝石、金属，最后成为岩盐。拉马克把岩盐看作是地球的基本物质。
拉马克最初把动物排成一个严格的直线系列，但是动物学的经验事实促使他愈来愈脱离他的进化直线而形成一个系谱树。在他的《动物哲学》一篇附录里，拉马克假定从原始胶质粒子开始，主要有两条进化线。一条线从单细胞原生动物导向具有辐射状对称性的动物如水螅和海盘车。另一条线导向一切左右两侧对称的动物，从蠕虫一方面分为昆虫、蜘蛛和甲壳类，另一方面分为环虫、蔓足动物和软体动物。脊椎动物是从软体动物分出来的，先是鱼类，然后是爬虫类。在这里，链条又分了出去，从爬虫分出了鸟类和两栖类。最后两栖类又发展为具有四肢和五趾的哺乳类，其侧支一方面通向鲸一类的动物，另一方面则通向有蹄类动物。在公元1816－1822年出版的拉马克的最后的主要著作中，他甚至更进一步打破他的分支链条，承认他不能在脊椎动物与无脊椎动物的系列之间发现任何进化的联系。在这些后来的分类表里，原来的生物直线阶梯大部分抛弃了。矿物、植物和动物不再形成一个衔接的系列。它们现在有了一个共同的起源，但是动物的阶梯分为一个系谱树，不过比起后来达尔文主义者的进化树来仍然比较僵硬和带有直线性质。
拉马克在写《动物哲学》时，怀有两个主要目的：第一，他想要表明动物种类形成一个近乎直线的进化系列；第二，他希望解决法国哲学家的两个对立学说所造成的矛盾，其最通俗的表达形式就是“见解支配世界”和“世界支配见解”。拉马克把这个问题表达为一种比较专门的和心理学的形式。他问，在多大程度上心灵是受物质环境控制的，而心灵又在多大程度上转过来支配物质环境。拉马克写道：“（心理学家们）早已认识到物质对精神的影响，但是据我看来，精神对物质的影响则似乎未给予足够的注意。”
在拉马克看来，毛病在于过去的心理学家和生物学家研究人类的肉体和精神是和别的动物隔绝的，缺乏一个历史的、进化的观点，因此不能发现意识的生物学起源，并且把精神活动仅仅归因于从物质环境受到的刺激。拉马克写道：“在人体的组织结构被很好地研究之后，而且确是研究得很好，但是为了探讨生命的、肉体和精神感觉的起源而考察人的组织结构则是一个错误。……应当对最简单的动物到组织结构最复杂、最完善的人体所提示的组织逐渐复杂化的情况加以考察。应当从动物逐步获得不同的专门器官，并从而获得与器官数目相同的新功能中看出这种进展情况……我还可以附带说，假如采用这个方法的话，……人们就决不会说生命是靠各种不同器官或其他方式得到的感觉而作出运动的结果；也决不会说一切生命的运动都是由于身体的有感觉部分受到印象而产生的。”
认为动物和人的活动是受环境给予的印象和刺激所支配，这种见解来自把生物看作是机器的思想。拉马克认为这种想法只有在说明生物机器的推动力量上是站得住的。例如最低等的动物，它的热和电的推动力就是来自环境，因此这些动物完全受外界因素的支配。但是沿着进化阶梯上升时，生物就在愈来愈大的程度上自己发出推动力量，从而获得愈来愈多的自主性，这到了人类就得到最充分的表现。环境是有机体的一个经常的外来决定因素，因此心理学家认为人类受他的周围世界支配在某种程度上是正确的。但是那些认为人通过自己的理智控制环境的理论家们也许在一个更重要的意义上也是正确的，因为生物的自我决定能力在进化的阶梯上是一个演进的因素。拉马克写道：“假使大自然只限于使用她原来的方法，也就是说，限于使用一种对动物说来纯粹是外来的和异已的力量，她的工作将始终是很不完善的；动物将只是被动的机器，而大自然将永远不会在这些生物身上造出感受性、生存的亲切感、行动能力，最后还有观念这种种奇异现象，尤其是观念，大自然靠了它创造出最惊人的现象──思想或智慧。”
拉马克就是以这样的方式表达并研究了在十八世纪晚期占首要地位的许多问题，并把进步的概念以及关于人与其环境的关系等难题带进了生物学领域。人们把他描绘为十八世纪最后的法国哲学家、法国的思辨家之一，因为他关心的问题就是他们讨论的问题，并以同样思辩的方式思考这些问题。与拿破仑时代的新倾向相配合，拉马克的研究比起那些哲学家来，经验主义要略为多一点，他的关于无脊椎动物的实际分类法在动物学系统里占有永久位置。他的进化学说从他立说时候起也有其支持者，不过拉马克主义在科学界永远属于少数人的意见。
[英]梅森
