单位主要负责人，连同一些资源的负责人，决定企业价值观及经营原则，制定重大经营政策，以形成单位内部控制的基础，如制定目标、制定政策、决定组织结构、决定沟通方式、决定规划与报告制度等。单位主要负责人应与重要职能的负责人沟通，复核他们责任的履行情况。由上可见，单位主要负责人在内部控制中应负领导和复核两大责任。
2.部门负责人责任
组织内部部门负责人对内部控制的责任，与其部门目标有关。一是负责制定和执行有利于部门目标实现的有关政策及程序，并确保部门目标与单位整体目标的一致性；二是对他人所负的责任还应负相关的责任。
由于单位财务（会计）主管及有关人员，在内部控制中处于至关重要的地位，所以除负有一般部门的责任外，其主管应经常参与单位预算及计划的制定；记录营运绩效，并从营运、遵循法令及财务的观点分析这些绩效；预防及监察不实财务报告。
（二）董事会的责任
企业董事会提供支配、引导及监督的功能。董事会经由选择管理层而说明它对操守、价值观的期望，并经由监督活动而确认其期望实现状况，董事会还通过保留某些关键决策及提供监督等，大幅度地涉入内部控制。许多企业董事会主要通过其所属委员会履行其责任。
1.监督委员会的责任
监督委员会的责任包括就财务报告的责任质疑最高管理层，确保最高管理阶层所采取的行动正确，辨识与纠正最高管理阶层逾越内部控制的行为。
2.薪给委员会的责任
检视薪给的约定是否有利于单位目标的实现，是否过分强调短期的绩效而伤及长期的绩效等。
3.财务委员会的责任
控制对资金的重大承诺，以及保证资本支出预算系与营运计划相一致。
4.提名委员会的责任
控制董事人选的选择，或许也控制最高管理阶层人选的选择。
5.福利委员会的责任
监督员工福利办法是否与企业的目标相一致，以及受托的责任是否已适当解除。
（三）内部审计人员的责任
内部审计人员对内部控制负有直接检查和提出建议的责任。内部审计的工作范围应检查与评价包括内部控制的适当性与有效性，也包括检查与评价员工在履行其指派责任的执行质量。其内容是：
（1）复核财务及业务资讯的可靠性及完整性；复核用以辨认、衡量、分类及报告这种资讯的方法。
（2）复核企业所制定的制度，决定企业是否遵循这些制度。
（3）复核保障资产安全的方法。
（4）评估资源使用的经济效益。
（5）复核营运执行状况，确定其结果与既定目的是否相一致。
（四）其他员工的责任
单位其他员工对内部控制均负有程度不同的责任。每位员工在促进内部控制产生效果方面，应负有提供相关资讯和采取正确行动的责任；当营运出现问题时，每位员工应对自己行为越轨或采取非法行为负责。
五、制度基础审计涵义
审计人员的审计工作建立在对内部控制制度评价的基础上，即为制度基础审计方法，或叫系统基础审计方法。具体地说，审计人员通过内部控制制度实际存在的强点和弱点，来确定进一步实施实质性测试的范围、重点、方法与数量。
制度基础审计是审计风险模式应用于审计过程而形成的一种审计程式，从20世纪80年代以来风行于世界各国。
随着股份有限公司的出现，股票上市，以财务报表为主要对象的信用审计应运而生。如果审计人员还按照账目基础审计，采用账目基础审计方法，已不能满足社会公众的需要。同时，由于现代管理的需要，股份公司普遍加强了内部控制工作，审计人员也没有必要采用原有错弊审计的方法。为此，审计人员在实施账目审查以前，首先检查内部控制制度（或系统）的完善程度，确定审计目标、审计技术和进程，借以取得足以支持审计意见的审计证据。由此产生了制度基础审计的方法。由于制度基础审计采用了科学的统计抽样方法，不仅有利于减少审计工作量，同时也有利于提高审计质量。制度基础审计的主要缺陷是使审计人员对内部控制制度过分依赖而忽视了审计风险产生的其他环节。
制度基础审计与账目基础审计相比较，在审计基础、审计程序、抽样技术、审计重点等方面均有不同之处。制度基础审计以内部控制制度调查、评价为基础；以适当性测试、符合性测试、有效性评价和实质性测试为其审计程序；重点采用统计抽样技术，并结合使用判断抽样技术；以内部控制系统各关键控制点薄弱环节为其审计的重点。制度基础审计方法的出现，使审计工作从单个数据的验证发展到对整个内部控制制度的系统评价，促进了系统审计思想的形成。制度基础审计能广泛地采用统计抽样技术，不仅有利于节约审计资源，也有利于提高审计效率；制度基础审计能发现业务处理程序上的错误和控制系统上不合理现象，不仅有利于避免重复差错的出现，而且有利于促进被审计单位不断完善内部控制机制，提高管理水平；制度基础审计能从薄弱环节入手，科学地掌握审计的重点和方向既能保证审计工作质量，又能减少审计风险。制度基础审计能否普遍运用并能否取得良好的效果，一要看被审计单位是否具有良好的内部控制制度；二要看审计人员是否具有较高的业务素质，以及是否能运用内部控制的测试技术；同时还要充分考虑到内部控制制度本身的局限性。内部控制制度本身的局限性，制约着制度基础审计方法不是万能的。
