审计机关必须按照法律规定的程序，进行审计监督。法律规定的审计程序，是审计工作的操作规程。审计机关严格按规定的程序，有利于客观、公正、准确地查明事实真相，有利于及时、有效地完成审计任务，有利于取得被审计单位的支持和配合，同时也有利于维护被审计单位的合法权益。审计机关必须遵循的审计程序的主要内容有：确立审计事项，事先送达审计通知书，对资料和实物检查以及向单位和个人调查，审计组向审计机关提出审计报告，报告提出前应征求被审计单位的意见，审计机关出具审计报告、出具审计决定书或出具审计移送处理书。
（二）独立审计
《审计法》第5条规定：“审计机关依照法律规定独立行使监督权，不受其他行政机关、社会团体或个人的干涉。”审计监督权是国家的一项经济监督权，由审计机关依法独立行使。确立独立审计的原则，对于保障审计机关依法实施审计监督权，客观公正、实事求是地评价、揭露和处理问题，维护社会主义法制是十分必要的。
独立审计的原则是宪法确立的。为确保这一原则的贯彻执行，审计法进一步对审计机关的组织、审计人员、审计经费等做了明确规定。《审计法》按照宪法规定，国务院设立的审计机关由国务院总理领导，县级以上的地方各级人民政府的审计机关受本级政府行政首长和上一级审计机关的领导。为了保护审计人员，《审计法》第15条规定，审计机关负责人依照法定程序任免；审计机关负责人没有违法失职或者其他不符合任职条件的情况的，不得随意撤换。《审计法》
第15条和有关条文规定了不得打击报复审计人员及相应的制裁措施。为了保障审计机关的经费，《审计法》第11条规定：审计机关履行职责所必需的经费，应当列入财政预算，由本级人民政府予以保证。
审计机关是国家的经济监督的专门机构，担负了特殊的职能，如果不具有必要的独立地位，依附于其他的组织，势必会受到这些组织的控制和影响，难以独立地行使审计监督权；如果所依附的组织本身就属于审计机关审计监督的对象，那么对其审计完全是流于形式。如果审计机关不能依法独立行使职权，就会受到其他组织和个人的干涉，审计机关对审计事项就无法做出实事求是的评价，无法客观、公正地提出审计报告和出具审计决定书。因此，许多国家都在宪法和审计法律中，对审计机关组织的独立性、审计长和其他审计人员的独立性、审计机关经费的独立性做出了明确的规定。
最高审计机关国际组织1997年第九届代表大会通过的《审计规则指南》（利马宣言）中也提出，审计机关“必须独立于受审计单位之外，并不受任何外来影响，才能客观而有效地完成其工作任务”；审计机关“必须具有完成其任务所需的职能和组织上的独立性”。该指南还指出，国家审计机关“是国家机构整体的一部分，因此，它不可能是绝对的独立”。由此可见，审计机关的独立性不是绝对的，而是相对的，例如我国审计机关设在政府内部，是政府中的一个独立部门，但是受政府主要负责人的领导。我国审计机关依法独立行使审计监督职能权，主要体现在以下几个方面：
（1）在领导关系上，审计署直接接受国务院总理领导，对总理负责；地方各级审计机关受本级政府“一把手”和上一级审计机关的双重领导，在审计业务上以上级审计机关领导为主，政府的其他领导人不应干涉审计机关独立行使审计监督职权。
（2）审计机关可以自行安排审计工作计划，部署审计监督工作。
（3）审计机关可以自行安排执行各项审计任务的人员，并严格执行回避的规定；任何单位和个人不得干涉对审计人员的安排，审计人员只服从所在的审计机关的领导，对所在审计机关负责并报告工作。
（4）审计机关根据审计结果，独立地进行审计事项评价和以自己的名义出具审计报告，向本级政府和上一级审计机关提出审计结果报告。
（5）在属于审计机关处理、处罚的范围，审计机关对查出的违反国家规定的财政、财务收支的行为，可依照法律、法规的规定，自行做出处理、处罚的决定，出具审计决定书。
其他行政机关、社会团体的个人，不得利用本部门的特殊地位、条件或个人的职权，干涉审计机关依法履行审计监督职权，应当支持配合审计机关工作。审计机关和审计人员，也应敢于坚持原则，依法独立行使审计监督职权。
