长荣依靠日本资本迅速崛起，日本政客也利用长荣负责人染指台湾，拉拢李登辉及其同伙，从事分裂中国，大搞两个中国的活动。
李敖说，李登辉是台湾金权政治的大龙头，官商勾结的大龙头。日本人看到了这一点，便通过长荣，一步步地影响、拉拢李登辉，李登辉也通过长荣，与日本套近乎，使李登辉成为分裂中国的总代表。
80年代，张荣发的长荣集团投入7000万台币，成立了一个"国家政策研究中心"，用高薪将台湾的一批有台独倾向或背景的所谓专家、教授，网络进这个中心，专门研究台湾如何走向独立的问题。这个中心成立后，所需经费，仍全由张荣发的长荣集团支付，研究出的"成果"，直接送给李登辉参考。因此，长荣集团的"国家政策研究中心"，成为李登辉搞台独的"智囊团"。
李敖说，张荣发的"国家政策研究中心"成立后，因从未张扬、报道，成为一个十分秘密的研究机构，而且运作多年外界还不知道，更不清楚李登辉身边，竟有一个搞"台独"的智囊团随侍在侧。直到90年代初，此事才被揭露出来。
此事被曝光后，台湾"总统府"、"国策研究中心"和那些台独分子非常紧张，纷纷向外说明：李登辉所获的研究报告，并不全部来自"国策研究中心"，"国策研究中心"研究的问题也相当广泛，与意识形态无甚关联，"国策研究中心"是纯民间组织，并未将李"总统"导向台独，也没有搞省籍斗争。
1991年6月25日，台湾《中国时报》以《好好珍惜民间的智库--从"国策研究中心"面临的困扰谈起》，为张荣发和"国策研究中心"开脱，说"国策研究中心"这个研究机构纯由研究人员组成，赞助经费的长荣集团完全不过问其研究方向与政策主张，该中心亦未与任何政治团体和政治人物结合，可说是一个独立自主的研究机构，其政策主张虽有特定的偏向，但全然出自研究人员的价值判断，不可归因政治意识形态指导的结果。如果这样一个纯洁而认真的研究机构也无法逃脱政治的干扰，被无情地卷入政争的乱流中，终而被迫关门，则可见政治对其他领域的支配力是如何的强大，更显示政争的恶性影响，已经严重侵害其他领域的自主性功能。……"国策研究中心"提出的某些政治主张，容或有仁智之见，但被指为有"台独倾向"，并强指李登辉"总统"受这个倾向的影响很大，则无疑是以统独为政争工具而发的不负责言论，这种言论伤害了"国策研究中心"，也伤害了李"总统"，实为智者所不取。如果"国策研究中心"不幸夭折，将对怀抱理想和热忱的知识分子造成心理的打击。从某种角度而言，"国策研究中心"的存废，代表着学术研究和政治干扰之间的拔河，希望在这场拔河赛中，学术的正义将是胜利的一方。
《中国时报》的这篇专论，显然不是出自一般人之手，不是李登辉授意人弄的，就是长荣集团或民进党的人写的。
李敖看到了这篇文章，非常气愤。他心想：明明是长荣集团与李登辉相互勾结，联手搞"台独"活动，还作什么掩饰？还否认什么？
他不服气，立即写了《财阀伸手捞"国策"，"总统"幕后搞台独》一文，将张荣发与李登辉相互勾结，从事台独活动的内幕彻底拆穿，彻底指破。
在文中，李敖除将台湾《世界论坛报》上一篇批评张荣发的文字摘要附在文中外，还一针见血地指出："我们忍不住要问，研究人员的聘请，是谁主持的？是什么标准入选的？为什么聘请来的人研究方向总是那么清一色？'价值判断'总是那么众口一声？如果是真正的研究机构，一定是博采众议，实是求是的。但是，在进'国策研究中心'做'研究人员'前，就先以'非我族类，其心必异'的设了限，这种研究成果，还没问题吗？……一旦研究人员'独立自主'地研究，发现长荣集团受日本人资助，祸国殃民，而做出这种结论的时候，又怎么办？事实上，张荣发系一无知有钱的土蛋耳，他懂什么'智库'（thinktank）的设计？这种花样的授意人，背后乃李登辉耳！李登辉并不是置身事外的人，又何能脱身事外？"
长荣集团还直接插手政坛，支持政界中有台独倾向的政客。
李敖说，张荣发以其庞大的资金，支持台湾"立法院"中的国民党籍的"集思会"中的40名"立委"，同时又支持民进党"立委"10人，增额"立委"总数不过百人，而受长荣集团庞大资金支持的就高过50人，已超过总额半数。"集思会"中的"立委"走的是台独路线，与民进党的台独路线如出一辙，相互唱和。他们的幕后老板，就是张荣发。
除此之外，张荣发还以民营企业家的名义，积极配合李登辉的"金钱外交"活动，在国际上制造"两个中国"。他在台湾的所谓"邦交国"巴拿马等地大举投资，大量捐款，帮助李登辉稳固、收买"邦交国"。为鼓励、支持李登辉更加卖力地从事分裂中国的活动，1997年9月7日，张荣发还出资在巴拿马搞了一个"世界李登辉之友联合总会"，将美国、日本等国的亲台分子、台独分子紧紧地扭在一起，从事分裂中国的活动。
据1997年9月9日台湾《中央日报》报道，这个不伦不类的"世界李登辉之友联合总会"的宗旨有如下几项：一是在侨居地宣传李登辉的执政理念、政治措施与政绩；二是作李登辉与海外侨胞之间勾通、联络的桥梁；三是提升台湾当局的形象及"国际地位"；四是澄清海外对李登辉的"误解"，驳斥对李登辉的"污蔑"；五是向李登辉提供建言。
细细一看，以上几项宗旨归纳起来实际只有一个：宣传李登辉的台独主张，将台湾从中国分裂出去。
为了达到上述目的，"世界李登辉之友联合总会"还下设了"资料所"、"文宣队"，总会要求这两个机构要"主动出击"。
直到至今，所谓的"世界李登辉之友联合总会"，还在从事分裂中国的活动。只不过，长荣集团考虑到在大陆的投资太大，害怕失去大陆市场，故与李登辉的关系不如以往密切，张荣发个人与李登辉的交往，似乎也比过去少多了。
李登辉后来的所作所为，也完全被李敖言中。仅凭这一点，我们不得不佩服李敖敏锐的洞察力，不得不佩服李敖的勇气和胆量。
