此后，李敖在公开场合多次抨击王作荣在大是大非问题上头脑不清，不该支持、护卫分裂国家的台独分子李登辉。
王作荣看到李敖的批评、指责，对李敖很有气，认为李敖对他太过份了。
后来，王作荣患了胃癌。他住院开刀时，李敖知道了。他想，在原则问题上，他与王作荣之间有分岐，有斗争；在个人关系上，两人系师生。老师做大手术，学生应该去医院看看。这样做，才真正叫恩怨分明。
李敖买了一些食品、水果，然后直奔医院。他走进王作荣的病房时，王作荣一惊，但未开口讲话。李敖也感到很不自然，也未说什么，留给他一张名片就出来了。在场人看到这一幕，无不惊异。
事后，李敖在《李敖快意恩仇录》中提到这件事时说："他出院后，对我敬而远之，礼数也不见了，信也不写了，饭也不吃了。师生之谊，竟为一个杂碎的李登辉而绝。"
90年代后期，李登辉分裂中国的台独嘴脸暴露无遗，并受到全球华人的一致声讨、谴责，再加上王作荣在许多问题上与李登辉发生分岐，王、李之间的关系渐渐破裂。
直到这时，王作荣才佩服他的高足李敖非凡的洞察力，勇于捍卫真理，维护国家、民族统一的智慧和精神。
他多次对人说，他桃李满天下，只有李敖才是他眼中惟一的天才。
尽管王作荣后来识破了李登辉，因面子等方面的原因，他不愿公开揭露李登辉，也不向人提及自己过去支持、护卫李登辉的错误。
对此，李敖很失望，
他认为，王作荣对李登辉的认识虽然晚了一些，还是应该公开站出来揭发并狠批李登辉，甚至用自己下台来逼李登辉下台，这才是大丈夫所为，才是英雄壮举。如果王作荣这样做了，台湾人民，包括全世界的华人，一定会原谅他的过去，还会称他为"英雄"、"伟大的爱国者"。
他决定找一个机会，为他过去的这位老师指点迷津，并将王作荣向前猛推一把，使他在台湾演一幕精采无比的好戏。
这样的机会终于来了。
1998年6月底，台湾《商业周刊》记者打电话给李敖，提出要专访他。李敖当即答应了。《商业周刊》记者问他谈什么好，他马上说："就谈我的老师、'监察院长'王作荣吧。"
李敖谈的这个话题，《商业周刊》很感兴趣。
他们到李敖家访谈了半天。
1998年7月6日，《商业周刊》刊出了专访李敖的文章《李敖谈王作荣--王作荣晚节要保就得大义灭友》。
此文基本上根据李敖的谈话整理而成，对王作荣谈得极其深刻，文中说：
40年前，曾经是王作荣学生的李敖对他的老师做了一番深入的剖析，他强调：
"王作荣应该为过去支持李登辉而赎罪，以自己下台逼李登辉下台！"
……
虽然李登辉与王作荣渊源深厚，但是李敖却以王安石的诗勉励自己的老师：
"公自平生怀直气，谁能晚节负初心。"政坛也曾流传一则笑话，保险公司对王作
荣有三不保："天灾不保，人祸不保，晚节不保。"
为了晚节，李敖说："起来吧，王作荣，现在你不是真正的王作荣，王作荣有
王作荣干法。"他以一个历史上的例子说，12世纪时，有一位英国主教名叫贝凯特，
他与国王年轻时就是酒肉朋友，也曾当过储君的家庭老师。后来国王登基，将贝凯
纳为心腹，并封为坎特伯利大主教，等于是一言九鼎的宗教头子。但是为了维护主
教的权力，竟与国王闹翻了，国王干脆派人杀了他，不料却引起公愤，最后只好罚
杀贝凯特的武士在他的坟前看坟，以平息众怒。李敖认为，王作荣应该要有贝凯特
的骨气，为了"国家"，请弹劾李登辉下台。
……
李敖要求王作荣要"大义灭友"，敢打老虎，成为"中华民国"开国以来第一
位弹劾"总统"的"监察院长"，以留名青史，效法凯撒被刺时，他最要好的朋友，
刺下最后一剑的布鲁达斯所言："不是我爱凯少，而是我爱罗马多。"
……
整体而言，李敖认为王作荣炮轰李登辉有4大原因。首先，是王作荣自己
老了，再加上健康不佳，想在最后留名青史；其次是知识分子的良知在发酵，使王
作荣一直处于无人交战中，深恐一世英名毁于旦夕；再则是湖北人的风派性格发酵；
最后则是外省人给他的莫大压力。
有知识分子的风骨，但也有湖北人的滑头性格，这是李敖对王作荣性格的定
论，在心态上，李敖以过去对老师的尊敬，仍不忘期盼王作荣："要以高风亮节，
给李登辉难看！绝不可能又要做好官，又要做好人！"
《商业周刊》这篇专访李敖的文章，在台湾引起不小的轰动。
李敖说，他接受《商业周刊》记者的采访专谈王作荣，是对还在台上的老师的最后"诤言"，以后再不讲这些话了。如果王作荣有良知的话，会有惊人之举；如果没有良知，这些话就是对牛弹琴。
《商业周刊》上专访李敖的文章一发表，王作荣就看到了。据说，王作荣看了此文后，连叹几口气，而且心情相当沉重。那天晚上，他还失了眠。很显然，李敖的言论对他触动很大。
那一段时间，他曾冷静地思考了自己与李登辉相识到共事的前前后后，感到自己确实有过。如果不是他一再劝李登辉加入国民党，李登辉进入不了国民党；如果不是他带着李登辉四处拜访政坛大老，李也难进入高层；如果不是他将李登辉介绍给蒋经国，李也接不了蒋的班。李登辉对中华民族的危害，不至于这么严重，海峡两岸的关系也不会恶化到这种程度。
经过激烈的思想斗争，他决定与李登辉保持距离，现在不能揭发李登辉，以后再揭发。
至于李敖建议他用自己下台逼李登辉下台，王作荣细细一想，感到难以做到。他还想：自己和李登辉的任期都快到了，下不下台，无关紧要。
1999年1月1日，王作荣任期届满，正式卸下"监察院长"的职务。
王作荣一下台，开始做抨击李登辉的准备工作，并多次在公开场合抨击民族败类李登辉。
