最能体现王作荣与李登辉关系发生变化的，是王作荣与台湾"国安会"咨询委员戴国辉于2001年2月合作出版了一本揭露李登辉的书《爱憎李登辉--戴国辉与王作荣的对话》。此书由资深新闻工作者夏珍记录而成。此书一面世，在台湾引起轰动，而且十分畅销。
王作荣谈到李登辉时说："我心目中的李登辉，严格的说，智商不是很高，要我给他打分，大概只有给B+，他书念得很普通，甚至偶失肤浅。书教得也平常，甚至失败。他在政大东亚所教书，也是一样。因为很少学生选课，农经系就不开他的课。"
他还说："1970年初我回台后，就拉着他到处跑，向蒋经国先生推荐他，年底农复会成立新的农业发展处，王友钊出任处长，农经组长空缺，轮也该轮到李登辉，结果还是没有给他，让王友钊兼做两个位子，就是因为他的台独因素。也因此，同事多半不敢搭理他。……其实，不给李登辉担任组长，不为省籍，为的是台独疑虑。"
王作荣的这两段自白，过去是不敢说出来的。
此事说明，早在上世纪70年代，台湾科技界就有不少人怀疑李登辉有"台独"背景。遗憾的是，王作荣很清楚此事内幕，却又把这样一个思想和政治背景复杂的人介绍给蒋经国，并让他统治台湾达12年之久，而且至今还在危害台湾，危害国家的统一大业。
2000年3月，台湾举行大选，因李登辉的暗中捣鬼、破坏，国民党遭到彻底失败，李登辉也因此被愤怒到极点的国民党党员赶下了台。王作荣想到国民党落得如此下场，十分痛心地说："我最后悔的就是介绍李登辉加入国民党，让他把国民党搞垮了。"
王作荣的又一次自白，告诉人们和他的学生李敖：他对李登辉的快速上升确有责任，也很后悔。
最能体现王作荣与李登辉的决裂，并揭发李登辉的又一例子，是2001年春，李登辉为勾结日本右翼势力从事分裂中国的活动，以治病为由申请去日本。此事在中日两国之间闹出不小的风波。4月15日，王作荣在台北接受记者采访时表示，李登辉赴日，是早有预谋的。他赴日绝不是看病，百分之百是为了政治目的。
他的言论，台湾、香港、大陆报刊马上作了报道。
李敖看到王作荣的这些变化，心里很高兴，但他又认为，王作荣虽然有进步，但做得还远不够，对李登辉揭露得还不彻底。他希望，知道李登辉很多内幕的老师王作荣，能在揭露李登辉方面有更大的动作，更佳的表现。
后来，王作荣虽然在揭发李登辉方面没有什么大动作，但写了不少抨击李登辉、陈水扁搞台独的文章，如2002年9月1日发表在台湾《联合报》上的《谁能使中国富强现代化就支持谁》、2004年1月28日发表在台湾《中央日报》上的《台湾人民祸福在此一选》等文，在台湾产生了相当大的影响。
王在《台湾人民祸福在此一选》中批评、揭露李登辉、陈水扁说："李、扁搞台独并不是盲目从事，对当前的情势与台湾前途当然有所盘算，李、扁的盘算基于两点：（一）要想台湾完全脱离中国大陆，必须经过一场'中'美战争，中共战败，订城下之盟，让台湾永远独立，亦即第二次甲午战争。（二）尽量刺激挑战中共攻台，美国基于台湾对围堵中共的战略地位及当前军事密切合作的关系，必不愿放弃此一基地而出兵支援，于是'中'美战争成为事实，而台湾坐收渔人之利。此一盘算，凡围绕在李登辉身边的人，定都听说过。事实上，他还公开说过'战争并不可怕'。他说这些话的语气都显示出其基本教义派台独的共识，当然包括陈水扁的人马在内。至于陈水扁则在这4年来，几乎天天都在挑动激起中共攻台，引发'中'美战争。因此美国官员才公开警告陈水扁不可挑动战争，但似乎并未发生遏阻效果，挑战仍在继续中。"
王作荣在文中还说："李登辉说'战争并不可怕'是骗人的，到时他会'到国外逃命'，老百姓往哪里跑呢？末了，我引用台塑董事长王永庆先生的话作结：'我们是台湾人，也是中国人；台湾是我们的，中国也是我们的。我们与大陆有什么深仇大恨？'凡到过中国大陆的台胞，都亲身看过5000年文明的积累，千万里锦绣河山，祖宗给我们的遗产不可谓不丰厚，做台湾人，也是中国人有什么不好？！"
王作荣此文，写得相当有力，引起台湾许多人的共鸣。
从王作荣的上述文章看，李敖的这位老师与"台独教父"李登辉在思想上基本划清了界线。
