科学时代的基本精神是证据精神，而证据是从客观存在的现象中得到。法国哲学家奥古斯特·孔德（AugusteComte，1798～1857）所创立的"实证主义"（positivism）给科学树立这样的基本原则：科学的定律是通过也只有通过对所观察到的现象的归纳方能得出。事实必须是透过观察或感觉经验，去认识每个人身处的客观环境和外在事物。我们要留意，孔德在这里隐含了一个重要的观点：那就是拒斥通过理性对感觉材料的把握。（参见孔德《实证哲学教程》）。
但单靠实证主义并不能证实真理。早在孔德以前，英国怀疑主义哲学家休谟（DavidHume，1711～1776）就提出了科学中证据的有限性以及有限的证据不可能排除将来有一天可能会出现的"例外"情形。在怀疑主义者看来，再多的证据都是有限的。在一千个红苹果中，只要出现一个"例外"的绿苹果，我们就不能作出"苹果是红的"这样的断言。这个观念，后来由奥地利哲学家卡尔·波普尔（KarlPopper，1902～1994）以"可错性"原理（falsifiability）做了进一步的发挥。在波普尔看来，在真实和错误之间存在着不对称性，没有理论可以被证明是对的，但有些理论可以被证明是错的。因此，任何科学理论就只能说是还没有被证明为错误的理论。（参见Popper:TheLogicofScienceDiscovery）
从这个道理出发，在人类的起源这个问题上，证据本身并不能说明全部问题，一万个证据从逻辑上并不能排除第一万零一个反证。只需要一个反证，整个理论就被"证伪"，理论的大厦就会倒塌。这是人所具备的思辨的心灵所必然要带来的结果。人除非不存在思辨的心灵--可是思辨的心灵正是人类的根本--我们就不能全盘接受达尔文的学说而彻底拒斥上帝造人的说法。
还有一个事实让人类思辨的心灵迷惑不已：人的身体实在太完美了。只要想一想人类温润光滑的肌肤，曲折可爱的皱褶，柔软的毛发，凸凹有致的曲线，各个部位绝佳的比例，还有那光洁的牙齿，温柔的嘴唇，熠熠生光的双眼，修长的四肢，更不要说精密的内部结构--消化系统、呼吸系统、运动系统、循环系统、内分泌系统、神经系统、生殖系统……法国哲学家弗朗西斯·费內隆（FrancoisdeFénelon1651-～1715）惊叹道：这样的人体，除了理解为上帝的杰作而外，我们还能想象出什么呢？（参见费內隆《上帝的存在》）我相信：任何美学的专家，包括理论家和艺术家，都会告诉我们，人是世界上最美的一个存在。尽管我并不相信神学，尽管我接受过严格的科学训练，尽管达尔文的进化论在我的脑子里早已根深蒂固，但我非常同情费內隆--也许还有更多的人--的想法。
但达尔文自有达尔文的道理，他用了大量比较生物学的证据向我们表明，非要我们相信人类和动物是一脉相承而来不可的。他说，"人在构造上是和其他哺乳动物按照同样的模式或样板的。人身骨骼系统中所有的骨头可以拿来一根根的和猴子、蝙蝠或海豹上相应的骨头相比。就他的肌肉、神经、血管和内脏来说，情况也是一样。"（达尔文《人类的由来》，商务印书馆，1986年，8页）在此，我的理智和感情发生了分裂：我的理智或许会相信，但我的感情绝不能接受--这样完美的人居然是从那个丑陋的猴子进化而来。
