一、 两大体系的研究对象不同
马克思主义经济学与西方经济学的冲突还表现在研究对象上的区别，马克思主义经济学的研究对象是被物掩盖下的生产关系。马克思对资本主义生产方式进行了批判，完成了近代经济学对于资本主义生产方式的发生和发展的全面分析；而且以完全不同的立场、观点、方法研究人类社会中支配物质生活资料生产和交换的规律，论证了人类历史发展趋势。它是经济学史上的革命转变；而西方主流经济学研究对象是研究资本主义经济的表面现象，诸如财富、资源配置等。
马克思还指出，生产关系的历史性表现为社会经济的发展是一个前进和上升的运动，是一个由旧形态到新形态，由简单到复杂，由低级到高级的过程。只有马克思才对不同的历史社会形态——原始公社制度、奴隶制度、封建制度、资本主义制度、社会主义制度等的真正历史地位提出了明确的概念。其中每一形态都比前一形态高级。从低级向高级发展的概念揭示了资本主义必然被社会主义所代替的规律。
马克思不但以从低级到高级发展的概念来考察社会经济的发展，并且指出这一发展怎样必然以对立斗争的形式进行，从而强调了阶级斗争在促进社会经济发展中的作用。人类以往的有文字记载的一切社会的历史都是阶级斗争的历史，阶级和阶级斗争是生产关系的产物，生产关系的发展必然表现为阶级斗争的发展，而阶级斗争的发展又必然表现为生产方式的改变和社会经济的发展。这个观点贯穿于马克思的全部经济学说之中。正是这个观点才是了解无产阶级必然用革命和专政的手段消灭旧的、过时的资本主义制度，建立新的社会主义制度的关键。
两大经济学体系都各自形成了自己独特的基本范畴，诸如资本、工资、利润、利息、地租等，这些范畴所反映的经济关系都各不相同。经济范畴是现实的社会生产关系在理论上的表现。马克思以前的经济学家把经济范畴看作“自然秩序”、“理性”、“人类本性”等等的表现。马克思则指出：由于社会生产关系的性质及其在历史过程中所发生的变化，经济范畴如同它所表现的生产关系一样，也不是永久存在的，而同样地具有历史性。例如，“分工”、“价值”、“资本”、“利润”、“地租”等等决不是什么“理性”或“人性”的表现，而只是某一生产方式的现实生产关系在理论上的表现。这就彻底摧毁了资产阶级经济学家把经济范畴看成为永恒观念的表现而得出资本主义制度永恒性的结论。
二、 两大体系代表不同的阶级利益
马克思主义经济学的创立，是欧洲十九世纪上半叶历史进程的表现。一方面，随着大工业的发展，资本主义生产方式在英法等国已达到完全成熟的阶段。另一方面，随着英法两国资产阶级在政治上完全统治的建立，无产阶级和资产阶级的阶级斗争上升到首要地位。科学地解释这一斗争的起源、本质和任务，指出无产阶级的使命和前途便成为当时历史的要求。马克思主义经济学的产生是和革命运动的需要直接联系着的，是符合由“自在阶级”成为“自为阶级”的无产阶级在政治上已经成熟的革命要求的。
在阶级社会里，社会意识是一种阶级意识。经济学说是这种阶级意识的一个组成部分。随着生产方式的发展和更替，在不同历史时期内，就有代表着不同阶级利益的经济学说。政治经济学总带有阶级性和党性。经济学本身也有着一个发展和更替的过程。在一定的历史时期内，统治阶级的思想总是当时的统治思想。但随着统治阶级从兴盛到衰退的发展，代表新起的、进步的阶级利益的经济学说就向代表旧的、退化的阶级的统治思想提出挑战。新旧学说之间的斗争反映着新旧阶级的斗争。在这场斗争中，新的、进步的阶级必然取得胜利，成为新的统治阶级；新的经济学说也必然更替旧的经济学说，成为新的统治思想。
在十九世纪初期，随着资本主义在西欧国家中的确立和巩固，古典政治经济学达到它的发展的顶峰。但古典经济学家却否认自己的学说的阶级性。固然李嘉图不讳言在地主、资本家和工人之间存在着利益的冲突。西斯蒙第更进一步承认资产阶级和无产阶级之间存在着剥削关系。但他们都否认他们的学说代表着任何阶级的利益。相反地，他们都以为他们是代表着全社会的利益立说的。在他们看来，如果他们的学说对于某一阶级有所偏袒，那只是由于这个阶级的利益和全社会的利益相一致。
马克思主义经济学产生于十九世纪的四十年代，马克思主义经济学是对以往一切资产阶级经济学的彻底否定。但正如恩格斯所说的，否定并不是简单说个“不”字，否定的本身包括有继承性，就是吸收人类思想历史上已达到的所有一切前进和进步的东西，加以批判的改造，并统一为更高的综合。经济学阶级性和党性的确认，是批判改造的一个主要方面。阶级性的党性，就是“要求在对事变做任何估计时都必须直率而公开地站到一定社会集团的立场上”。 马克思揭示了经济学的阶级性；在经济学各派学说之间，看出了阶级斗争的特殊形式。同时，他又公开而鲜明地宣告他所建立的经济学是具有无产阶级的阶级性和党性的科学。马克思从一开始就树立起无产阶级的旗帜，站在无产阶级的立场上，对资本主义生产方式和代表资产阶级利益的经济学进行批判，论证资本主义必然为社会主义所更替的历史必然性，为无产阶级在阶级斗争中锻造了锐利的理论武器。
三、 两大体系提出不同的价值理论
马克思主义经济学与西方经济学的冲突突出表现在价值理论上的尖锐对立。马克思主义经济学是建立在劳动价值论基础上的，这一理论认为价值的惟一源泉是活劳动，一切非劳动收入均来自对雇佣工人剩余劳动所创造的剩余价值的无偿占有，由此得出雇佣劳动与资本相互对立的结论；而西方主流经济学是以要素价值论为基础的，这一理论认为价值是由包括劳动在内的各种生产要素共同创造的，各种收入(包括劳动收入和非劳动收入)来自各种要素在价值创造中所做的贡献，因此，资本和劳动之间并非存在剥削与被剥削的关系。
不仅如此，西方经济学还以效用价值论、供求价值论、资料价值论来取代马克思主义经济学的劳动价值论。马克思主义经济学对这些非劳动价值论进行了毫不妥协的批判。
四、 两大体系不同的社会发展观
(一) 马克思主义经济学揭示了社会发展规律
马克思主义经济学建立在历史唯物主义基础上，历史唯物主义认为，人类社会的历史首先是生产发展史，是若干世纪以来彼此更替的生产方式史。因此，人们生存所必需的生活资料的谋得方法，即物质资料生产方式，是社会物质生活许多条件中的主要力量。这个力量决定社会制度的性质，决定社会制度的变革发展。古典经济学把资本主义生产方式当作自然的、永恒的生产方式。这种非历史的观点必然不能发现资本主义生产方式的特殊性，不能揭示这种生产方式的运动和发展的规律。因此，他们只能停留在他们所发现而不能解决的矛盾前面，停留在对资本主义时期经济的不全面理解上。马克思坚决地批判了资产阶级经济学的体系，研究了不同时期的社会形态，着重地指出了资本主义生产方式的历史暂时性，把经济学变成为一门历史的科学。马克思从不断发展的生产力和其制约的不同生产关系两者的关系出发，对于生产关系一定要适合生产力性质的规律做出经典式的说明，并由此指出在社会发展的每一个历史阶段，人类的生产只能在一定的生产关系下实现，从而第一次确认生产关系对于经济学的全部意义。
(二) 资产阶级经济学的唯心史观
在进行物质生产的人们的社会关系中，马克思突出了取决于生产力发展情况的生产关系的作用。古典经济学者的论述也涉及生产关系。但由于他们有着把资本主义生产关系当作一般的生产关系的非历史观点，他们不能从中发现资本主义生产方式的特殊性，而认为经济学作为一门“新的科学不是他们那个时代的关系和需要的表现，而是永恒的理性的表现”。 这表明，包括古典经济学在内的资产阶级经济学在其学说研究中，本能地陷入历史唯心主义历史观。
资产阶级经济学家历来认为资本主义经济制度是符合“自然秩序”的永恒的社会制度。小资产阶级经济学说的批判的出发点和归宿不是把资本主义社会推进到更高级的生产方式中去，而是把它拉回到资本主义以前的小生产方式。正如《共产党宣言》中指出的，小资产阶级经济学家“不是力谋恢复旧的生产和交换资料，从而恢复旧的所有制关系和旧的社会，就是力谋重新把现代的生产和交换资料硬塞进已被这些资料突破而且必然要突破的那种旧的所有制关系的框子里去。”。 在16世纪，英国的空想社会主义者托马斯?莫尔发表了《乌托邦》。到了17世纪和18世纪，空想社会主义在欧洲得以流行。只有马克思主义经济学体系对于人类社会经济制度提出了历史唯物主义的设定，即人类必将进入共产主义社会。
