如果说此时已退至塞外的蒙元势力对故都的格局还能施加什么影响，那就是蒙古骑兵不断南下骚扰，迫使明世祖朱厚熜采纳大臣建议，于嘉靖四十三年（公元一五六四年），决定在原有的外郭之外，再加筑一圈城墙。于是在南郊，修筑了永定门、左安门和右安门，因财才不济，南城墙修成后，便匆忙北折，形成了北京“凸”字型轮廓，并把位于中轴线南端的天坛和山川坛纳入外城墙以内。
清代以后，新的政权并未对北京的城市格局进行大的改动，只是规定了“内满外汉”、分区居住的等级制度。元明清三代的都城，在中轴线上建立了连线。有别于元代以前各个朝代的巨大颠覆，北京城处于继承性发展的稳定阶段。
然而，当笔者如大多数人一样，习惯于从时间的追溯中复原历史的时候，却遗忘了历代都城在空间上的暗示。显然，从茫漠的空间中搜寻历史的脚步将更加艰难。我们从此看到了精研历史的专家与普通人的区别。
他们发现了凤阳的奥秘，发现了一个遥远而偏僻，绝少被人提及的废都，在北京建都史上发生的重大作用。所有秘密都从这些发黄的地图上显现出来——从来没有一个古代都城，像凤阳这样最大限度地还原着《周礼?考工记》的建城设想，无论宫殿、衙署、千步廊的序次排列，还是左祖右社的位置，都纠正了所有朝代（包括元朝）的“偏差”。《周礼?考工记》是一部成稿于西周时期的著作，讲述了用礼制思想营建都城的设想，制定了“匠人营国，方九里，旁三门，国中九经九纬，经涂九轨，左祖右社，面朝后市”的基本法则。但这一法则在以后的朝代中并未得以准确的实现。
宋聂崇义《三礼图集注?王城图》被认为是对《周礼?考工记》的图景解析。这个王城图会给我们带来这样的疑问：为什么古人把方形认定为都城的理想格式，而不采用其他几何图形？比如圆形，或者三角形？——实际上，在周长相同的情况下，圆形的面积最大。
方形城池的出现也许与古人对大地的认识相同。他们用“天圆地方”来注解天地的形状，所以祭天的坛丘，一律使用圆形，而帝王的居所，要占据城市的中心，也必将使用“城中城”的模式，而方形城池，最有利于形成对称格局，形成庄严的礼制秩序。
凤阳和北京，如同朱元璋和他的儿子朱棣一样，保持着密切的血缘传承关系。区别仅在于当后者在华北平原的万千气象中一天天壮大，前者却如尸体般在时间深处腐烂和消失。
朱元璋称帝后，一度决定把自己的家乡安徽临濠（凤阳）定为国都，让自己的出生地成为世界的中心和时间的起点。不同于汉长安、曹魏邺城、隋大兴、唐长安等都城，他试图让自己的都城最大限度地贴近《周礼?考工记》的设计思想。可惜的是，这项从洪武二年开始的工程，仅持续了六年，就戛然而止。那个偏僻的一隅，显然不具备建都的条件。他只好暂时回到南京，以为京师。
成祖朱棣决心迁都北京。为此他做了周密的安排。他显然知道中都凤阳的地位。他在七八岁时目睹过营建中都的场景，依然历历在目。青年时代，他奉命与兄弟诸王在凤阳练兵，又亲历了改建皇陵的工程。决定迁都之后，他多次亲赴凤阳，实地堪察。这两座遥远的都城，又怎能不保持天然的联系？地理交通上的先天不足，毁灭了朱元璋的梦想。XX年后，他的儿子把凤阳搬到了更具王者气象的地方。
明永乐十七年年底，明成祖朱棣在新落成的紫禁城太和殿接见了来自西亚波斯帖木儿帝国哈烈的沙哈鲁使团，并不无炫耀地邀请他们参加了新宫落成的庆祝典礼和新年大赦令的颁布仪式。这一年的四月，也就是在新都建成之前，陈珪已经离开人世。
