在欧洲历史上，神权曾经凌驾于世俗王权之上，但王权也从未彻底认输过，神权与王权之争，几乎贯穿了中世纪的一千年。到16世纪时，黑死病动摇了欧洲人的宗教信仰，文艺复兴冲击了教会的思想禁锢，对天主教会垄断一切的做法，越来越多的人开始敢于表达对它的不满。
天主教会最让当时的人不满的是什一税。所谓什一税，就是信徒需要把收入的十分之一上缴教会。但实际税额往往超过纳税人收入的十分之一，成为民众的一项沉重的负担。再加上普通民众时常因为十字军东征而一次又一次地被征税时，教会高层却通过征收什一税中饱私囊，过着穷奢极欲的生活。就这样，民众对教会越来越不满。
神职人员兜售罗马教会的赎罪券
罗马教廷在与法国王权的争斗中失败，被迫迁移到法国的阿维尼翁长达六十八年，史称“阿维尼翁之囚”（1309—1378年）。这导致向教廷和教皇的捐献急剧减少，教皇为弥补财政亏空，更加贪婪地向教区摊派赋税。每一个教士都需要向教廷交钱，哪怕新任地区主教，也必须缴纳昂贵的费用来购买上任仪式所用的圣带。每一位神职人员的遗产皆归教廷所有，教廷的荣誉和判决均可用金钱买到。一边是贪婪、富有的高级神职人员，一边是贫苦交加的底层天主教神父，这些底层神职人员对教廷的愤怒日甚一日，犹如地火在燃烧。
天主教对欧洲的影响并不均衡，在西班牙，天主教是统一国家的武器。但是法国在百年战争后的中央集权，让法王面对教皇时拥有充分的自信，在剿灭圣殿骑士团的时候，法王腓力四世甚至可以威胁教皇，阿维尼翁之囚便是法王对教皇的惩戒。欧洲大国中，只有神圣罗马帝国由于诸侯林立，各自为政，无力抵抗神权的侵蚀，受教皇的控制最深。哪里有压迫，哪里就有反抗，内心极度不满的世俗王侯们，在等待一个机会与教皇相抗争。
这个机会很快就到来了。16世纪初，教皇尤利乌斯二世决定重建毁于战乱的圣彼得大教堂，然而耗费巨大，教廷为了支付工程费用，开始在德意志兜售所谓的“赎罪券”。用现代人的眼光看，这东西与传销无异。当时，萨克森维滕贝格大学有位神学教授，名叫马丁·路德（1483—1546年），他痛斥了教廷出售赎罪券的行为。教会谴责了马丁·路德的说法，并且要求他更改观点。
教会低估了这位游历多国、见多识广、神学基础深厚的神学教授。马丁·路德很快把自己的一系列论文编辑成书，在书中他抨击了教廷出售赎罪券的行为，认为滥发和买卖赎罪券的行为，会让罪人在犯罪时更加理直气壮：既然罪行可以通过购买赎罪券来消除，那么为什么不多挣点钱来赎罪？他还认为，上帝的恩典是所有信徒都可以享受到的，即使没有教廷的赎罪券也可以。
1517年10月31日，马丁·路德把他的《九十五条论纲》张贴在维滕贝格教堂的大门上，并准备与所有前来者辩论。由于11月1日是这所教堂的年度聚会日，他的文章很快就传播开了。
马丁·路德并不想推翻教廷，只是想改变教廷那些令人不安的做法。为了让更多人看懂论文，他把《九十五条论纲》翻译成德文，送给了美因茨大主教，并将之印刷出来，广泛传播，宗教改革在不知不觉中开始了。
路德把《九十五条论纲》钉在维滕贝格教堂的大门上
很快，那些不满教会拼命敛财的人，都在有意无意地推动文章的传播，那些贩卖赎罪券的人则赶忙为自己的行为辩护。反对赎罪券的一方与维护赎罪券的一方展开了论战，这场论战从教会高层传到各国王室，最后传到了教皇那里。
教皇利奥十世（1475—1521年）正在为财政的事发愁，马丁·路德的文章正好击中了他的痛处。他很想让马丁·路德闭嘴，然而德意志的王侯们一直以来都为必须向教廷缴纳大笔金钱而恼火，王室和议会中的贵族很多都在暗中支持马丁·路德，比如马丁·路德所在的萨克森公国，就一直在暗中保护着他。
1520年，在争论中逐渐落于下风的教廷颁布教令斥责马丁·路德，要求他放弃自己的观点，在被拒绝后教廷又发出绝罚令，开除了马丁·路德的教籍。马丁·路德则针锋相对，连续用德文写作文章抨击教皇的三项特权：拯救灵魂的权力、教皇解释《圣经》的权力和教皇召开全体教士会议的权力。
他的文章中写道：教士和凡俗之人并无不同，每一位基督徒受洗过就是教士，信徒可以通过上帝的恩典和自己对上帝的信仰来拯救自己的灵魂。由于每一位基督徒都是教士，他们都有权自行解读《圣经》，无需一切听从教皇；圣徒是教义的最终权威，《圣经》上没有一句话表明教皇有权掌控所有教士并召集会议。
除此之外，他还抨击了教廷的奢侈生活。他说，基督教世界的主教们，居然比世俗王侯活得还要舒适，这种可怕的情形一定要得到纠正。马丁·路德用德文写作的论文使得德语世界的人们对教会愤怒不已，宗教改革进入深水期。
然而，天主教会的反击也随之而来。神圣罗马帝国皇帝查理五世是一位虔诚的天主教信徒，他对马丁·路德掀起的宗教改革浪潮恐惧不已，生怕帝国的诸侯们由此获得与他对抗的工具，因而极力抵制宗教改革运动。罗马教廷除了组织教士批判路德宗的教义，组建宗教裁判所迫害路德宗的信徒，还对自身进行了一定的改革，促进了修会的复兴，其中最具影响力的便是耶稣会。虽然路德宗教义的传播让天主教丧失了不小的领地，但在其统治的领地里，势力却更加巩固。
宗教改革虽然使德意志突破了天主教的禁锢，但也加深了德意志的分裂。
为了跟皇帝对抗，德意志地区的世俗诸侯于1531年成立了施马尔卡尔登联盟。联盟最初只有神圣罗马帝国的两大诸侯国参与，它们分别是已经接受马丁·路德教义的黑森和萨克森，联盟规定它们必须一致对抗侵犯的敌人。由于有经济上的好处，新的教义让诸侯们有理由不再向罗马教廷贡献，因此不断有新的诸侯加入这一联盟。实际上，在德意志的土地上，已经形成了两大集团，遵守罗马教廷规则的皇帝一方以及认可路德宗教义的另一方。
除了路德宗，其他不服从教皇的教派也在不断兴起，其中最有名的是加尔文宗。
约翰·加尔文
加尔文（1509—1564年）出生于法国，年轻时参加了轰轰烈烈的宗教改革运动。由于法国的天主教势力极其强大，他被视为异端而被迫逃到了瑞士的日内瓦。瑞士虽然离罗马不算远，但山多人稀，民风剽悍，天主教的控制力并不是非常强大，加尔文来到日内瓦以前，这里的宗教改革已经展开。他以其深厚的神学造诣获得了前所未有的权力，从而开始了他的宗教改革试验。
加尔文试图把日内瓦改造成尘世上第一个上帝的王国。这里是一个没有污染、腐化、动乱、堕落或罪恶的公社，日内瓦将成为新的耶路撒冷，成为一个中心，对世界的拯救也将从这里辐射开来。
这种思想已经融入加尔文的生命里，使他变得愈发坚定。他不只是一位富于理想的理论家，更是一位拥有钢铁般坚强、寒冬般严酷意志的领导者，以最严肃、最神圣的态度对待他崇高的乌托邦。在对日内瓦施行精神统治的四分之一个世纪里，加尔文从来没有动摇过，他因此而被天主教势力称为“新教教皇”。
日内瓦的信徒们需要用一种极度简朴的方式生活，他们没有娱乐，也杜绝一切声色犬马，所有的工作都为了一个目的：荣耀上帝。加尔文在日内瓦建立了一个比天主教还要专制得多的政权，他甚至主持了一次对西班牙教士塞尔维特的审判并把他送上了火刑架，这也是加尔文最受诟病的地方。
然而他也做出了巨大的贡献，首先他通过改革让人们恢复了对基督教的信心。在腐朽的天主教区，人们早已对心口不一的主教大人们厌烦至极。宗教改革发生后，德意志境内爆发多次农民起义，这些起义多半是冲着教会去的。更重要的是，加尔文宗对金钱的态度成为日后资本主义发展的一种催化剂。之前的任何宗教包括天主教在内，都在意识形态上鄙视富人，赞美穷人。加尔文宗的教义对富人的看法则是，信徒是为上帝工作、挣钱，挣钱之后反馈社会即可。加尔文宗教义所鼓励的自我克制、敬业勤俭、勇于进取的精神，很快从瑞士传到法国，又从法国传到英格兰和苏格兰，并在当地引起巨大反响。天主教被撕开了一道又一道裂缝。虽然加尔文本人极度专制，但他的理论给欧洲带来了自由的光芒，这真是一个让人意想不到的结果。
英国的加尔文宗信徒又被称为清教徒，他们未来将在新大陆创造开天辟地般的伟业，现在距离那个时间，大约还有二百五十年左右。
在欧洲，宗教分裂的种子已经埋下，未来将在神圣罗马帝国的大地上结出血色的果实。酝酿需要时间，就在欧洲大地上的宗教改革浪潮激荡时，一位英格兰君主以离婚为由掀起了一场影响深远的改革。
