教皇的分割诏书——哥伦布准备第二次航海（1493）
在欣喜之余，西班牙两个君王不失时机地采取一切必要措施，确保他们的新收获。虽然大家以为刚发现的地区是大可汗的部分领土，属于其文明状态已经相当先进的其他东方国君，但是，天主教国王和女王陛下丝毫也不怀疑自己将其占有的权利。十字军东征时期，基督教国君之间形成了一个非常有利于其雄心壮志意图的信条。根据这一信条，打着击败基督教敌人的幌子，他们有权入侵、掠夺、攫取所有异教徒国家的领土，以便让上帝教会的统治遍及全球。为了遵照这一信条，作为所有世俗事务最高权威的教皇，被认为有权处理所有异教徒的土地，将它们分配给参与减少异教徒，将其归纳为教会统治的君主，让他们在那些愚昧无知的居民中传播真正的信仰。凭借这种权力，教皇马丁五世和他的继任者已经认可，从博哈多尔海角到印度地区所有可能发现的土地都归属于葡萄牙王国，而西班牙天主教君王在1497年与葡萄牙国君签订了条约，约束自己尊重因此而取得的领土权。正是根据该条约，约翰二世在与哥伦布交谈中，暗示他拥有这些新发现地区的权利。
因此，在收到舰队司令大功告成的第一个情报之后，西班牙君王立刻采取了预防措施，以保证获得教皇的认可。亚历山大六世新近才坐上那把神圣的交椅，部分历史学家曾用尽可以羞辱人性的所有恶习和罪行诬蔑该教皇，但此人在其能力和政治方面均表现突出。他是瓦伦西亚本地人，生来就是阿拉贡子民。按照常理推断，他的处理将有利于斐迪南，但是在他之前，一些问题的处理已经表现出他并没有善待西班牙天主教君王。在所有事件中，斐迪南深知他的世俗和背信弃义的性格，努力让自己去迎合他。因此，他派遣大使前往罗马教廷，宣布新发现是信仰的非凡胜利，声明从这片广阔的异教徒土地上传播基督教所获得的伟大光荣和收益必定回报给教廷。他们还慎重地声明，目前的发现并没有干扰“圣座”割让给葡萄牙的属地，属于葡萄牙的一切都被刻意进行了规避。政治才能和宗教虔诚同样出色的斐迪南，同时暗示教皇，希望借此让他觉察到，自己无论如何都要决心维护自己的重要所得。他的大使还奉命指出，根据许多学者的看法，这些新发现的土地已经被西班牙天主教君王占领，他们的称号同样也没有要求教皇的许可，但是，作为诚敬的国君，他们服从圣座，恳求圣座颁发教皇诏书，给予他们特许，将这些新发现地区以及有可能发现的其他地区，赐予卡斯蒂利亚王国。
事实上，获得大发现的消息不仅让罗马教廷极为惊讶，而且同样喜悦。由于发动对抗西班牙领土上摩尔人的战争，西班牙君王在教会眼中已经上升到很高的地位，那件事无异于一次虔诚的十字军东征。虽然收获格拉纳达王国已经是富足的酬报，此举还让他们有权获得所有基督教国家的感激。目前这起发现的功绩更加伟大，它实现了教会崇高承诺中的一项，体现了“列国为业、地极为业”的教义。因此，鉴于功劳如此重大、恳求如此谦逊，授予其特许没什么难度，尽管很有可能是精明君王之暗示加快了追求名利的教皇之默许。
于是，一份签署日期为1493年5月2日的圣谕随之发布，该圣谕授予西班牙君王在新发现地区的所有权、特权和赦免等权力，与教廷赐给葡萄牙在非洲海岸发现地区的权力相同，同样以培养和传播天主教信仰为条件。但是，为了防止两个国家在其发现的大范围内发生任何冲突主张，教廷在第二天又颁发了另一份公告，里面包含那条著名的分界线。有了这条分界线，两国的疆界就被认为清楚地、永久地划定了。这是一条理想的界线，从北极到南极，在亚速尔群岛和佛得角群岛以西100里格的范围。西班牙航海家在这条线以西发现的所有土地，如果在前一个圣诞节前没有被任何基督教国家占领，属于西班牙王国；在反方向发现的所有土地属于葡萄牙。教宗似乎从来就没有想到，推动两国分别在相反方向去发现，某一天他们也许会再次发生碰撞，在对映体重申领土权问题。
与此同时，君王们并没有闲着等待罗马教廷的认可，他们不遗余力地准备第二次远征。为了保证与新世界相关的事务能够规范调配，他们委派塞维利亚副主教胡安·罗德里格斯·德·丰塞卡负责管理，他随后晋升为巴霍达斯（Bajadoz）、帕伦西亚和布尔戈斯教区的主教职位，最后被任命为西印度群岛的大主教。他是名门子弟，很有势力；他的兄弟阿隆索和安东尼奥是科卡和阿莱霍斯地区的长老或领主，后者更是卡斯蒂利亚王国的财务总长。拉斯·卡萨斯把胡安·罗德里格斯·德·丰塞卡描述为一个市侩之徒，相对于精神关切，他更热衷于俗事算计，能很好地适应装备和调配一支舰队的繁忙职位。尽管他在教会已经身居高位，他的世俗工作似乎从来没有被认为与他的神圣职务相冲突。虽然不配，却享有君王永远的宠爱，把持了印第安事务约30年。此人无疑拥有经商的天赋，能确保自己职位的永久性，但是他心怀恶意、报复心重，为了满足私人怨恨，他不仅让最杰出的早期发现者饱受冤屈和悲伤，而且常常阻碍他们事业的发展，极大地损害了王国的利益。他利用自己的职务之便，隐秘、安全地进行这些勾当。与其同时代那些有影响、有信誉的作家用审慎的语言，屡次提及他背信弃义的行为，譬如洛斯帕拉西奥斯的副牧师和拉斯·卡萨斯主教，但他们显然很害怕充分表达自己的情感。后来的西班牙历史学家，总是或多或少地受教会的监控，同样对这个品质恶劣之人过于美化。他值得被推举为那些在职的背信弃义众生之警示榜样，他们经常像蛀虫一样隐藏在一项光荣事业的根部，以他们无形的影响力，使光荣行动的果实枯萎，令国家的希望破灭。
为了协助丰塞卡履行职责，弗朗西斯科·皮奈罗作为财务主管，胡安·德·索里亚任管理员或审计员与他一起工作。他们的办公室设在塞维利亚，专门处理印第安事务；同时将其管辖权延伸至加的斯港，他们在那里为这一新航线设立了海关。这就是皇家印第安大厦的起源，后来发展成为非常强大的重要机构。在海军司令的指示下，伊斯帕尼奥拉岛奉命设立了代理商行办公室。这些办公室用于随船的会计人员交换登记随船货物、船员和每艘船上的军需品。所有雇员都由两个总管、皇家财政的高级大臣统管，因为殖民地的全部费用均由王国负责，当然也接受所有收益。
所有花销和收益都要求最细致和最严格的账目，凡是与新发现陆地相关的雇员都要经过最严谨的审慎观察。如果没有得到君王、哥伦布或丰塞卡的许可证，任何人都不得去那里，不管是去经商还是建立公司都不允许，否则将受到最严重的处罚。那个时代对于商业扩展原则的无知以及葡萄牙在其非洲属地的先例，均可作为此处所体现的意识狭隘、嫉妒精神之理由，但它总是或多或少地影响了西班牙在殖民法规方面的政策。
王国保持商业专制统治的另一个例子，是皇家颁发命令，让停泊在安达卢西亚港口的所有船舶及其船长、导航员和船员，随时待命为这次远征服务。哥伦布和丰塞卡被授权装载或购买他们认为可能合适的任何船只，如果遭到拒绝，他们可以动用武力强行夺取，即使船上已经装载了其他人的货物，可以支付他们认为合理的价格予以购买。他们还有权从任何地方或船上获取必要的食品、武器和弹药，只要他们找得到并付给物主公平的价格；只要他们认为对于这次任务有必要，就可以强迫，不仅水手，还包括任何级别和驻地的军官，以合理的酬金和薪水，让他们加入舰队。民间机构和无论属于何种地位、身份的人员，都必须提供一切必要的协助，以加快本次武装准备；所有人员都受到警告，不许制造任何障碍，否则将会受到撤职和没收财产的处罚。
为了筹集此次远征费用，皇家将教会什一税的三分之二收益交与皮奈罗支配，其他经费的来源则很不光彩——犹太人的珠宝和其他贵重物品；根据一年前的偏执法令，不幸的犹太人被没收财产、逐出王国。由于这些资金仍然不足，皮奈罗获得了贷款补缺的权利。征用物品除了各种给养，还包括火炮、火药、火枪、长矛、盔甲、弩等武器。尽管引进了枪炮，与火绳枪相比，最后一种武器还是许多人的首选，他们认为弩更强大、更具有杀伤力；火绳枪需要火绳，而且由于需要铁支架支撑而显得笨重。在与格拉纳达的摩尔人进行战争期间所积累起来的军火，很大一部分在此派上了用场。前面所有命令的颁发日期几乎都在5月23日之前，那时哥伦布还在巴塞罗那。根据西班牙一贯拖拉的行事作风，这样的行动场面极为罕见。
由于自称改变异教徒的信仰是这些发现的宏伟目标，他们挑选了12位热心并且能干的牧师担当此任，陪同远征。其中就有贝尔纳多·拜尔或博伊尔，一个本笃会修士，很有才干，而且以其圣洁著称。但是，此人是那些来自修道院的精明政客之一，他们在那些时候逐渐沉沦于凡尘俗世的事务。他在近期与法国就归还鲁西荣的谈判中，成功地证明了自己的能力。舰队起航之前，教皇任命他作为自己在新世界的使徒牧师，并安排他担任自己教会兄弟的上级。为了庄严地履行这项虔诚的使命，他们准备了一切必需物品。女王从她自己的小教堂里拿出了装饰品和法衣，以便在所有隆重仪式中使用。从一开始，伊莎贝拉就对印第安人的福祉怀有最热诚和最同情的兴趣。哥伦布关于他们温柔而单纯品性的叙述让其赢得了伊莎贝拉的心，她把印第安人看作是天国交付于她、让其给予特殊照顾的人，她的心中充满了对他们的贫困和愚昧状况的关心。她下令要务必小心地对他们进行宗教指引，要以最大的仁慈对待他们，并嘱咐哥伦布，任何对他们犯下暴行或者不公正地对待他们的西班牙人，都要严加惩处。
据说，作为向天国敬献这些异教地区的首批皈依成果，哥伦布带去巴塞罗那的六个印第安人在极其盛大的仪式中行洗礼，国王、女王和王子胡安作为主办者主持了该仪式。他们对此抱有很大的希望，希望这些印第安人返回自己的祖国之后，能够在自己的同胞中促进基督教的推介。在王子胡安的请求之下，其中一位印第安人留在王子的家里，但不久之后就死了。有位西班牙历史学家就此发表了评论：根据我们应该持有的虔诚信仰，他是本族人中第一个进入天堂的人。
哥伦布离开巴塞罗那之前，在圣菲签订的临时协议得到了确认，他被正式授予舰队司令和所有他已经发现和有可能发现地区的副王和总督称号、薪酬和特权。他还承接了皇家印章，并获授权在他管辖的范围内，以陛下的名义授予专利特许证和委派任务，并且，在他离开的情况下，有权任命一个人顶替他的位置，让其在他离开期间享有与他同等的权力。
该协议曾假定，就所有岛屿和大陆政府机构的空缺位置，哥伦布应提名三位候选人，君王在其中选择一个任命。但是现在，为了节省时间，并表示他们对哥伦布的信任，他们授权他可以即刻任命他认为合适的人选，只要王室满意，他们可以一直在位。他同样被授予即将起航的这支武装舰队的统帅头衔和指挥权，在船员管理、在新世界设立机构和开展未来发现等方面拥有不受限制的权力。
这是王室恩宠的蜜月期，在此期间，哥伦布享受到自己的君王给予他受之无愧的无限信任，此时，那些嫉妒之人还未敢旁敲侧击地质疑他的正直。在享尽了所有公开的荣誉和民间的称颂之后，他于5月28日向两个君王告别。整个宫廷的人一路陪同他从皇宫走到他的住处，并且在他离开巴塞罗那前往塞维利亚之时，前来送行，表示礼节。
