西班牙军队在岛内的行动部署——准备前往古巴的航行（1494）
伊莎贝拉城里人员混杂的人口不满情绪日益增长，剩余的少量库存物资也迅速减少，这些情况引起哥伦布极大的焦虑。他渴望继续进行另外一次发现之旅，但是在启程之前，处理好岛上的事务、确保其处于安宁的状态是他责无旁贷的职责。因此，他决定将伊莎贝拉城里所有多余的人都派往内地，命令他们去拜访不同的大酋长的领土，探索该岛。通过这种方式，他们将振作起来、激发出生机，逐渐习惯当地的气候和他们的饮食，而且，这样一股力量对卡奥纳沃的阴谋诡计或其他任何怀有敌意的酋长都将起到威慑的作用。为了实施该计划，除了管理城市或看护病人绝对需要的人，每一个健康者都武装起来，组成了一支小型军队。这支队伍由250名弩手、110个火绳枪手、16个骑兵和20个军官组成。他委托佩德罗·马加利特作为总指挥，此人作为一位高尚的加泰罗尼亚人以及圣地亚哥级别的骑士，哥伦布对他寄予极大的信任。阿隆索·德·奥赫达将率领这支军队前往圣托马斯要塞，到那里之后他将接替马加利特任要塞指挥，而后者则率领主力部队继续军事之旅，途中他要特别探索锡瓦奥省，之后继续探索该岛的其余地区。
哥伦布给马加利特写了一封内容较长、言辞恳切的指令信函，希望借此管好他自己，因为这项任务需要极为谨慎细心。他要求马加利特但凡涉及印第安人事务时，最重要的是要遵循最公正和最慎重的原则；要保护他们，不要让他们遭受任何委屈和伤害，要以保护他们的信任和友谊的态度来对待他们。同时，必须要让他们尊重白人的财产，所有偷窃都要受到严厉的惩罚。军队需要维持生活的任何给养，只能由舰队司令指定的专人公平购买，购买时需要总管的代理人在场。假如印第安人拒绝出售必要的给养，马加利特应该介入并迫使他们出售，但是，要尽可能温柔，要以善意与爱护去安抚他们。严厉禁止任何个人与当地人之间的交易，这样的行为将使两个君王不悦，并损害该事业。此点务必时常谨记于心，与攫取当地人的财富相比，他们的陛下更渴望让当地人皈依基督教。军中务必保持纪律严明，所有违抗命令的行为都将受到严惩，所有人要随时在一起，任何人，不管是独自一人还是小队人，都不能离开大部队单独行动，免得被当地人各个砍掉。虽然那些人胆怯懦弱，但是再也没有人比懦夫更容易背信弃义和残酷无情。
如果这些明智的指令能够得以贯彻落实，就有可能与当地人保持友好往来。特别值得注意的是，正是因为马加利特忽视了所有这些指令，正因为他的抗命，才给殖民地带来了麻烦，让国家受到公开抨击，给印第安人带去毁灭，让哥伦布受到不当的谴责。
除了上述的命令，还有针对卡奥纳沃及其兄弟等人出其不意的攻击和防卫的特别指示。那个首领及其兄弟的好战性格，他那狡猾的政策、广泛的权力、难以和解的敌意，使他成为一个危险的敌人。尽管哥伦布提出的措施不算光明正大，但是他认为自己是在用其人之道来对付一个精明而残暴之敌人的诡计，因而自己的行为是正义的。
4月9日，阿隆索·德·奥赫达率领近400人离开伊莎贝拉。在到达皇家大平原的奥罗河时，他得知来自圣托马斯要塞的三个西班牙人被五个印第安人抢劫了财物，他们是邻近一位酋长派去协助西班牙人涉水过河的，而那位酋长呢，不仅不惩罚小偷，反倒纵容他们，分享他们的战利品。奥赫达是一个急躁、鲁莽的军人，他的司法观念都是军事那一套。抓住其中一个盗贼之后，便命令在那个村的公共广场割了他的耳朵。然后，他抓住大酋长及其儿子和侄子，将他们用锁链套着送往舰队司令所在地，之后他继续前往要塞。
与此同时，囚犯们极其沮丧地抵达了伊莎贝拉。与他们相邻的一位酋长一路陪同，他曾经向西班牙人表示了各种善意，仗着这点功绩，他前来恳求宽恕他们。他的说情似乎无济于事。哥伦布意识到在当地人心中建立对白人财产敬畏之心的重要性。因此，他下令将囚犯双手绑在身后带到公共广场，在那里由传唤者宣告他们的罪行与惩罚，拟将他们砍头。这样的惩罚，即使对于印第安人自身的公正观念也不算是出格，因为我们得知，盗窃罪行即使在当地人中间也让人深恶痛绝，虽然在他们自己的律法中并非没有其他的血腥惩罚，他们也会用穿刺刑惩罚盗贼。但是，哥伦布可能真是不想让判决生效。在行刑地点，那个友好大酋长的恳求和眼泪倍加急迫，他自己承诺再也不会重复这样的罪行。舰队司令最后决定看在他面子上做出一点让步，并释放囚犯。就在这个节骨眼上，从要塞回来的一个骑手到了，他在经过被俘的大酋长村子时，发现印第安人控制了五个西班牙人。看见他的马，虽然对方有400余人，大多数人还是逃走了。他穷追猛打，用长矛刺伤了几个印第安人，并胜利地救出了自己的同胞。
由于深信只要执行他的命令，那么这些胆小之人的敌意就没有什么可担忧的，而且，由于对自己先前为了殖民地和海岛的安宁所做的兵力调遣充满自信，哥伦布为下一步的发现之旅开始了准备工作。为了在他离开期间处理岛上事务，他组建了一个执政团，他的弟弟唐·迭戈在其中担任主席，博伊尔神父、佩德罗·费尔南德斯·科罗内尔、阿隆索·桑切斯·卡瓦哈尔和胡安·德·卢克桑等人为委员。他将最大的两艘船留在海港，因为船体太大、吃水太深，不宜用于探索未知的海岸河流。他率领了三艘轻快帆船同行，“尼娜号”或“圣克拉拉号”、“圣胡安号”和“科德拉号”。
卷七
向着古巴东端航行；发现牙买加；返回古巴——在被封为女王花园的群岛中航行；在古巴南面贴岸航行；哥伦布沿着古巴南部海岸线返回；沿着牙买加南侧海岸航行；沿着伊斯帕尼奥拉岛南岸航行，回到伊莎贝拉
