西班牙朝廷针对哥伦布的阴谋——阿瓜多奉命前往调查伊斯帕尼奥拉岛事务（1495）
正当哥伦布竭力弥补马加利特的不端行为所造成的恶果之时，那个怯懦的指挥官和他的政治帮手、修士博伊尔正忙着在卡斯蒂利亚朝廷破坏他的名声。他们指控他欺骗两个君王和公众，对自己发现的地区夸大其词；声称伊斯帕尼奥拉岛是耗损之源，不能产生利润，他们描绘了一幅殖民地苦难的凄惨景象，如他们所言，这一切皆源于哥伦布及其兄弟的压迫。他们指控哥伦布兄弟在殖民地疾病横行、众人皆虚弱的情况下，还强迫大家过度劳动，并以最微不足道的借口停止个人配额供应，极大地损害了大家的健康；他们对普通人大肆实施严重体罚，对有地位的西班牙绅士大加侮辱。但是，他们闭口不谈迫切需要非常劳动力的紧急情况，也绝口不提惩罚懒惰和挥霍的强制需要，更不言及西班牙骑士扰乱治安的阴谋叛乱，以及他们的行为得到的是纵容而不是严惩等情况。除了这些指控，他们还描述了岛上的混乱局面，并将此归结于舰队司令的离开以及他生死未卜所引发的后果，暗示他有可能消失在去探索未知海域，去发现无利可图的陆地等莽撞的尝试途中。
马加利特和修士博伊尔的职位让这些偏执己见和夸张描述举足轻重。许多与他们一起返回西班牙的愤懑之人和结党营私的游手好闲者也提供了证词。这些人当中有的与位高权重者有关系，后者带着西班牙人的傲慢不逊，乐意对他们所认定的妄自尊大的卑贱外国人愤愤不平。因此，哥伦布的名声受到致命打击，并立即开始跌落。君王们对他的信心受到损害，并立刻采取了具有强烈的斐迪南式谨慎、多疑政策风格的预防措施。于是决定派遣某位可靠、可信之人，此人在舰队司令持久缺席的情况下，能够承担管理海岛事务的职责；即使他返回岛上，此人也能够调查他被指控的罪行和虐待，而且一旦查证属实，能够采取补救措施。提议担任此艰巨要职的是迭戈·卡里约，一位军事修士会的指挥官，但他并没有准备立即随着载满物资的轻快帆船航行，而船队行将离开。
于是，两个君王便写信给印第安事务主管丰塞卡，让他派遣值得信赖的人随船远航，负责船上装载的物资。他将在舰队司令的监督下负责在殖民者当中分配这些物资，如果舰队司令不在，那么就要在岛上其他管理者在场的情况下进行分配。他还需要收集有关该岛治理事务方面的信息、在位人员的行为、目前岛上存在不满的原因及其始作俑者，以及他们拟采取的补救措施。一旦收集到这些信息之后，他将返回西班牙向君王报告情况，但是倘若在岛上找到了舰队司令，一切事务都务必交由他处置。
与此同时，君王还采取了另一项措施，此举同样表明哥伦布的失宠。1495年4月10日颁发了一条公告，广泛允许西班牙本土出生的子民定居伊斯帕尼奥拉岛，去新世界从事个人发现和贸易航海。在满足特定条件的情况下，这些行为都将得到批准。
所有船舶只能从加的斯港起航，而且必须由王国指定的官员监管。那些奔赴伊斯帕尼奥拉岛无薪酬、一切费用自理的人员，会分配到土地，获得一年的给养，他们有权保留这些土地以及在上面修建的所有房屋。对于他们有可能收集到的所有黄金，他们自己可以保留三分之一，其余三分之二将交给王国。对于其他商品、岛上的物产等，他们仅需要向国家交付十分之一赋税即可，他们进行买卖时应该有君王任命的官员在场，并将皇家的税收交到国王的收款员手中。
所有自营远航的船舶都必须在加的斯港携带皇家军官任命的一到两个人。每艘船十分之一的吨位都要供给皇家免费使用。任何此类船舶在新发现国家所获得财物的十分之一在返回时都应缴纳给王国。这些规定包括带着给养前往伊斯帕尼奥拉岛进行贸易的私人船舶。
考虑到哥伦布拥有八分之一吨位的特权，每艘准备私营冒险的船都可以运载自己名下的货物。
航海发现通用许可证的颁发源于维森特·亚涅斯·平松和其他有为、勇敢的航海家执着申请的结果，其中大部分曾经参与了哥伦布的航行。他们提出自费航行、自己承担风险。该提议有吸引力、很合时宜。政府很穷，而哥伦布探险费用高昂，然而其目标非常重要，不可小觑。现在可是一个可以达成所有预期目标的机会，不仅分文不花，而且可以保证只赚不亏。因此，在未征求舰队司令的意见或意愿之前，这些申请就得到了批准。哥伦布高声抱怨此举侵犯了他的特权，而且，这种不计后果的冒险所带来的没有约束、有时甚至是掠夺性的行为，扰乱了规范的、组织良好的发现事业。毫无疑问，与西班牙在新世界的发现如影相随的多数憎恶的起因，都是贪得无厌的个人贪欲所致。
就在这个紧要关头，4月初，正当哥伦布的利益处于如此危急的时刻，托雷斯指挥的船队抵达西班牙。他们带来的消息说舰队司令已经从沿古巴南部海岸航行中安全返回伊斯帕尼奥拉岛，船队还带来了他所收集到的、可以证明那里是亚洲大陆末端的证据，说明他已经深入东方最富有国家的边界。同时还带来了他在远航途中获得的黄金标本和各种稀奇的动植物。船队此刻到达无疑是再及时不过了。关于他是否平安的所有疑虑立刻烟消云散，消除了即将采取的部分预防措施的必要性。对亚洲富饶海岸的假定发现给他的远征罩上了一层暂时的光彩，并再次唤醒了君王的感激之情。其效果在他们采取的措施中立即显现出来。他们没有将此事交给胡安·罗德里格斯·德·丰塞卡自行决定，让他指定自己满意的人组成即将出发的调查委员会；他们收回了该权力，并提名胡安·阿瓜多。
选择胡安·阿瓜多，是因为他从伊斯帕尼奥拉岛回来时，哥伦布曾向皇家强烈推荐重用此人。因此，此举意为采纳了后者举荐的一个标志。任命他颇为高看的一个人作为特派员，那么，按照常理假设，此人应该对他怀有一份感恩之情。
丰塞卡呢，凭借他作为印第安事务主管的官方职位，大概是为了发泄他对哥伦布日益增长的憎恶，扣留了舰队司令的弟弟唐·迭戈带回的大量属于私人账户的黄金。君王反复给他写信，命令他不要索求黄金，或者如果他已经拿了，要求他立即归还，并做出令人满意的解释。君王同时给哥伦布写信，言辞明确地安抚他可能被激起的任何愤怒情绪。君王还命令丰塞卡咨询最近从伊斯帕尼拉奥岛回来的人，他要怎么做才能让舰队司令满意，而且要立刻照办。丰塞卡因此遭受了一个傲慢之人所受到的最严重羞辱，即被迫为其傲慢赎罪。然而，此举却加深了他心中对舰队司令及其家人已有的怨恨。非常不幸的是，他的官职和他所享有的君王信任，使他后来有机会阴险狡诈、千方百计地发泄自己的恶意。
君王一方面设法避免做出引起哥伦布不快的任何行动，同时也采取了某些措施保障殖民地的安宁。他们在写给舰队司令的一封信中指示殖民地的人数应该控制在500人以内，再多的人于岛上事务无补，而且会成为王室沉重的负担。为了预防对物资供应产生更多的不满，他们下令每个人的定量每隔15天按照份数配发一次，所有限量供应或者停发口粮等惩罚方式都应停止，因为这些举动可能危害殖民者的健康，而他们需要一切有营养的食物支撑，才能抵御在陌生的气候环境中因为水土不服易发生的疾病。
一位名叫巴勃罗·贝尔维斯的冶金家，能干而经验丰富，被派去替换坚持错误的费尔明·塞多。他配置了贵重金属开采、化验、净化等步骤所需要的一切必要工具和材料，而且还拥有自由支付权力和特权。同时奉命前往的还有神职人员，他们是去接替修士博伊尔和其他希望离开该岛的兄弟会人员。本土人的教导和信仰转换引起了女王越来越大的焦虑。托雷斯的船队带来了大量的印第安人，他们是最近与大酋长战争中的俘虏。皇家下令将他们在安达卢西亚的市场上卖身为奴，此举在当时是一种习俗，用于处理从非洲海岸带来的黑人以及在格拉纳达战争中虏获的俘虏。然而，伊莎贝拉对他们深为关切，因为她所听到的描述是这些岛民性格文静、热情好客、极为温顺。原本这次发现是在她的直接主持之下才得以进行，她便将这些人视为自己的特殊责任，并怀着诚敬的热忱期待着引领他们从黑暗走向光明大道的那份荣耀。她的恻隐之心抗拒将这些人当作奴隶的想法，尽管按照当时的风俗这样做无可厚非。将他们贩卖为奴的御令下达还不到五天，两个君王便给丰塞卡主教写了一封信叫停那个指令，等候他们调查那些印第安人被俘的原因，他们还将征求一些博学而虔诚的神学家的意见，了解买卖印第安人在上帝的心目中是否属于正当行为。神职人员在这个重大问题上众说纷纭，女王最终决定遵从自己纯洁良心和慈悲情怀的旨意行事。她下令将印第安人送回他们的故土，并嘱咐要以最善意的方式抚慰岛民，不许严苛他们。不幸的是她的命令来得太迟，没有在岛上起到理想效果。殖民者的邪恶欲望和本土人的报复所引发的战争和暴力场面令人难以忘怀，彼此之间的不信任和怨恨敌意日益加深，任何事后努力都不能将其根除。
