除了人类之外，科学家将生物多样性划分为三个层次。第一层次是生态系统，包括草地、湖泊、珊瑚礁等；第二层次是构成每个生态系统的物种；最后一个层次则是构成每个物种的独特性状的基因。
一个用来衡量生物多样性的简便测量工具是物种数量。当1758年卡尔·林奈（Carl Linnaeus）开始使用沿用至今的正式的分类学方法进行分类时，他在全世界鉴别出了大约20 000个不同的物种。当时他认为，这个数量可能已经囊括了世界上大多数甚至是全部的动物种群和植物种群。截至2009年，根据澳大利亚生物资源研究，全世界动物种群和植物种群的数目已经增长到190万种。到2013年，这一数目可能增长至200万种。然而，这仍然仅仅是应用林奈分类学的早期阶段。即使是在最近的数量级上，自然界物种的具体数目也是未知的。如果加上那些仍未发现的无脊椎动物、菌类和微生物，对自然界物种数目的估计将发生很大的变化：估值将由500万上升到1亿。
简单来说，地球仍然是一个几乎不被人们了解的星球。绘制生物多样性图谱的进展仍然十分缓慢。新的物种不断在实验室和博物馆中涌现出来，但是它们仅仅在以每年20万种的速度被发现和命名。到目前为止，我已经发现和命名了世界各地的大约450种新的蚂蚁物种。照这样下去，我保守估计地球上仍然有500万新的物种等待我们分类鉴别，直到23世纪中叶，我们才能完成所有的鉴别工作。这样蜗牛般的速度可以说是生物科学领域的耻辱。这一现象的出现建立在这样一种错误的认知基础上：分类学是生物学中已经完成且已过时的部分，这导致这一非常重要的学科已经被大幅度排挤出了学术界，并降低到了自然历史博物馆的层次。这一学科在受排挤中变得边缘化，不得不因缺少资金缩减相关的研究项目。
对生物多样性的探索在企业界和医疗界很少有支持者，这是一个严重的错误，最终将导致科学事业的重大损失。事实上，分类学家所做的远远多于给物种命名，他们也是生物特征方面的专家，是最基本的研究者。对他们来说，我们必须转向自己生活中未知的部分，包括主宰世界的群体，如线虫、螨虫、昆虫、蜘蛛、桡足、藻类、草类和其他有机物，而这些也是我们生活中赖以为生的东西。
一个生态系统中的动物种群和植物种群并不仅仅是物种的集合，同时也是一个充满了交互作用的复杂系统。特定条件下，任何物种的消失都可能对整体生态系统产生深远的影响。环境科学中有一个难以忽视的真相是，一个生态系统通常是由数千种物种构成的，如果人类在不了解这些物种的情况下，以人为的方式加以干预，就会使得这个系统无法持续下去。因此，对于生态学来说，来自分类学和生物学研究的认识是不可或缺的，正如解剖学和生理学对于医学而言的重要性一样。
另外，科学家很容易在判断哪些物种可能会成为“关键”物种，也就是整个生态系统依赖的那些物种上发生失误。现存的最有说服力的关键物种可能是海獭，居住在阿拉斯加至南加利福尼亚海岸的一种体型与猫相当的黄鼠狼的近亲物种。由于海獭奢华的皮毛在人类看来十分珍贵，19世纪末期，海獭因被过度捕猎近乎灭绝，这一变化带来了灾难性的生态后果。
海獭以海胆为食，而这些带刺的无脊椎动物会大量食用海藻。当海獭被从这一生态系统中移除的时候，海胆数目出现了爆炸式增长，大片大片的海底生态系统退化，呈现出被称为“海胆荒漠”的荒漠化外表。海藻林几乎消失殆尽，原本生存在海底的黑压压的藻类植物上浮到海水表面，而海水表面是大量浅水海洋生物的栖息地，也是很多其他深水生物的托儿所。当海獭得到保护，族群恢复之后，海胆数目大量减少，海藻林又重现了往日生机盎然的景象。
在不了解地球上大部分物种的情况下，我们又如何关心它们呢？生物保护学家认为，大部分物种在被发现之前就会消亡。哪怕仅就经济角度考虑，物种灭绝带来的机会成本也非常巨大。仅仅是对一小部分野生物种的研究已经在改善人类的生活质量上产生了重大进展，比如充足的药物、新的生物技术以及农业方面的进展。如果不是某些种类的真菌，就不会有抗生素的诞生；如果没有可供农业选择育种技术使用的拥有可食用茎、果实和种子的野生植物，就不会有城市，也就不会产生文明；没有狼就没有狗；没有野生禽类就没有小鸡；如果没有马或者骆驼，就不会出现除了人力交通工具和人力背包之外的陆路旅行；如果没有森林来净化水源并且持续不断地提供洁净的水源，就不会有除了低产旱地作物之外的农业；没有野生植物和浮游生物，就没有足够的可供呼吸的空气。最终我们可以得出结论，没有自然界，就没有人类。
简单来说，人类对生物多样性的影响也是对我们自身的攻击。这是人类摧毁的那些生物总量带来的盲目力量的反击。造成威胁的主要因素可以被概括为首字母缩略词HIPPO，从左到右的相关性依次递减。不仅在这个缩略词中是这样，在世界上的大多数地方也是这样。
栖息地丧失（H, Habitat loss），这是至今为止对生物多样性威胁最大的因素。栖息地丧失指的是由于采伐森林、开垦草地，以及从我们所有过激行为和气候变化中所导致的动植物栖息地缩减的现象。
物种入侵（I, Invasive species），对人或环境甚至对二者都造成损害的外来物种会引起全球范围内的大灾害。在统计过的多个国家中，入侵物种的种类和数量都在呈指数级增长。尽管隔离检疫水平在不断提高，但“移民”物种的涌入速度仍越来越快。南佛罗里达州如今拥有以前从未存在的不同种的鹦鹉（除了现在已经灭绝的卡莱罗纳长尾鹦鹉），还有两种分别来自亚洲和非洲的蟒蛇，这两种蟒蛇与美洲鳄鱼存在食物链顶端的竞争。
夏威夷是美国物种灭绝的中心。与其他州相比，夏威夷有更多的地方性植物、鸟类和昆虫已经消失，消失的速度也更快。这些已消失的物种和亚种在世界其他地方都无法找到。地方性的鸟类已经从1 000多年前波利尼西亚人抵达时的约71种锐减至现在的42种。这些鸟类在两个层面上受到了威胁。一方面，19世纪蚊子的意外引入使禽痘的传播成为可能。另一方面，当野猪在山地森林中拱来拱去时，将地面搅成了腐烂的淤泥，这些淤泥有利于水塘的形成，这些水塘正是蚊子幼虫的理想栖息地。
在全球范围内，同样带来致命威胁的是一种依靠人类辅助运输的壶菌门真菌蛙壶菌。这是一种蛙类身体上的寄生物，生活在美国热带地区以及非洲地区。有证据表明，这种寄生物会通过放有被感染动物的水族箱传播。蛙壶菌会在皮肤表面扩散，由于蛙类是通过皮肤呼吸的，所以蛙壶菌会导致寄主窒息。据统计，该蛙类物种已经灭绝或者说面临着灭绝的威胁。
如果以上案例还不充分，这里还有一种能够毁灭一整个生态系统的侵入性植物天鹅绒树，学名米氏野牡丹。这是一种美丽的小树，作为装饰树木正在从美国热带地区逐渐向全球蔓延。在波利尼西亚海岛上，米氏野牡丹被证明在未受控制的条件下可以生长到很大的尺寸，并且分布十分密集，以至于将其他所有植物物种和大部分动物从生存空间中挤了出来。
污染（HIPPO中的第一个P, Pollution）对鱼类和其他淡水生物造成了很大的伤害。同时，污染也是形成超过400个海水缺氧“死亡地带”的元凶，其成因正是因为有从上游农业地区产生的污染水源流入。
人口增长（HIPPO中的第二个P, Population growth）实际上是所有其他因素的催化剂。预期21世纪末达到峰值的单纯的人口增长并不会带来如此大的破坏力，而来自经济改善时世界人均消费迅速且不可阻挡的上升，最终会给生态系统带来巨大的破坏。
过度捕杀（O, Overharvesting），从19世纪50年代中期到现在，渔民在远洋捕捞各种鱼类（例如金枪鱼和剑鱼）的渔获量在全球下降的百分比就是过度捕杀最好的说明，下降比例高达96%～99%。不仅是这些物种变得稀少了，就连捕获的鱼类的体型也变小了。
当然，全球范围内当前确实存在绘制生物多样性地图，以及保护生物多样性的热切努力。海洋生物普查和“生命百科全书计划”已经在互联网上提供了我们目前已知的大部分地球生物物种的信息。新的技术正在以更高的速度和精确性帮助我们发现新的物种，以及鉴定识别那些已经被命名的物种。在这些技术中最值得我们注意的是计算机编码，即通过读取具有高变异性的DNA片段来鉴定物种。全球性的保护组织正在尽其所能来降低生物多样性的损失，这些组织包括保护国际基金会、世界野生动物基金会（美国）和国际自然保护联盟，以及大批政府机构和私人组织。
迄今为止，这些努力的效果怎么样呢？2010年，来自世界各地155个研究小组的专家组成的团队共同对25 780种脊椎动物物种（哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物和鱼类）的生存状态进行了评估。评估里对物种现状进行了从安全到极度濒危的等级分类。有1/5的物种被发现受到威胁，平均每年有52个物种在评级上从濒危下降到灭绝。灭绝率仍然是人类在全球范围内扩张之前的100～1 000倍。据估计，在2010年之前做出的保护性努力至少将恶化率降低了1/5。这是一个巨大的进步，但并不足以稳定地球的生态环境。就如同在致命的流行疾病爆发期间，医学界人士告诉我们，虽然资金不足，但他们已经尽了自己最大的努力，所以只有80%的病人会死去，我们会作何感想？
在21世纪剩余的时间里，我们必须降低人类对环境所造成的冲击，并减缓生物多样性的下降速度。我们肩负着全部的责任，要帮助人类自己和尽可能多的其他生物物种打破僵局，渡过难关，从而达到永恒而幸福的生存目标。我们的选择将完全成为一个道德上的选择。而可持续存在的实现依赖于目前仍然短缺的知识和还没有被共识化的得体做法。在所有的物种中，只有人类已经把握了生活的现实世界，看到了大自然的美丽，并给个人赋予了价值。人类已经对自己的生活质量有了一定程度的了解，也许现在就是人类给予我们出生并生活于其中的世界同样关注的时候了。
第四部分 心灵的幻像
12 本能
法
国作家让·布勒（Jean Bruller，笔名韦科尔）在1952年发表的小说《你应该认识他们》（You Shall Know Them ）中宣称：“人类的烦恼皆源于我们不知道自己是什么和我们想要成为什么。”在这部分的旅程中，我将回到原地，尝试从普通生物学的角度解释人类为什么如此神秘，然后再扩展这种神秘被揭开的可能性。
人类的心智是逐渐进化而来的，并没有受到迫使它朝着理性或感性发展的外力的作用，而是保持了它固有的样子，即一个依靠理性和感性生存的工具。从某种意义上来说，人类的心智是在数百万种可能性中，经过诸多错综复杂、或慢或快的步骤，才进化成了现在的样子。进化过程中的每一步都是意外，是基因突变和自然选择共同作用的结果。在此前提下，大脑和感觉系统中决定某种性状与功能的基因被保留了下来。慢慢的，人类的基因组合就固定了下来，形成了今天的样子。在进化过程中的每一个阶段，我们的基因都有很大的可能朝别的方向发展，从而进化出一种截然不同的感觉系统。可以说，只要这种过程中有一个步骤出现偏差，我们就不会成为今天的样子。
人类作为感性和理性的结合体，只是我们可以想象到的诸多结果之一。这个过程是自发的，原本的形式也可能非常多样化，而且也都可以发展出与人类相当的大脑和感觉系统，只不过现在这种人类形式率先发展了出来。
人类的自我形象一直受到各种根深蒂固的偏见和误解的歪曲。这些歪曲正是由400年前伟大的哲学家弗朗西斯·培根所指出的：由偏见和误解所造就的“幻象”。人类之所以会产生这些“幻象”，并非是偶然因素作用的结果，而是人类心智发展的普遍性的必然结果。
人类的心智概念多年来一直模糊不清。比如，直到20世纪70年代，社会科学家的研究仍然集中在人文科学领域。当时盛行的观点是，人类行为主要是受到文化的影响，而与生物特性无关。极端主义者甚至声称，根本不存在本能和人性。到20世纪末，科学家们开始用生物学来解释人类的行为。到了今天，人们则普遍相信人类行为很大程度上是由基因决定的，他们也相信本能和人性是真实存在的，只是这两个因素各自的影响有多深、力量有多大，目前还没有定论。
事实证明，以上每种观点都是对错参半的，至少就那些极端言论而言是这样。而这种经常被称之为先天与教养之争的困局可以运用人类本能的现代概念得以解决，这个概念在下文中有具体论述。
人类的本能和动物基本相同。但是人类的行为并不像动物那样，单纯受到基因的控制，从而保持着千篇一律的模式。动物行为的一个经典的教科书式案例是雄性三刺鱼（three-spined stickleback）捍卫领地的行为。三刺鱼主要生活在北半球淡水水域以及海洋中。在繁殖季节，每条雄性三刺鱼都会占据一块地盘，对其他雄鱼展开防御。处于繁殖期的雄性三刺鱼的下腹部会变为亮红色，因此，每块地盘上的雄性三刺鱼都会攻击其他任何进入它的领地且有红色腹部的鱼。事实上，这种反应的促发对象甚至比“其他鱼类”的意味更加简单。就算雄性三刺鱼看到的不是真的鱼，防御反应也会被激活。它相对较小的大脑就像是被设定为直接对红色腹部起反应。当研究人员把木头雕成一个类似圆形的物体或者其他形状，且把它们涂成红色时，这些模型也被雄性三刺鱼攻击了。
我曾经从西印度群岛的多个岛上带回了一些变色蜥蜴在实验室养着，用于研究它们捍卫领地的表现。这种拇指大的变色蜥蜴主要生活在乔木和灌木上，岛上几乎随处可见，以昆虫、蜘蛛以及其他小型无脊椎动物为食。这种变色蜥蜴的颈部有一块垂下来的皮肤，又叫“垂肉”。雄性蜥蜴想要威胁敌人时，就会张开这块垂肉。每种蜥蜴的垂肉的颜色都不尽相同，通常会是红色、黄色或白色。同种雄性蜥蜴只对特定颜色产生反应。在研究过程中我发现，只需要一只雄性变色蜥蜴就可以观察它们展开领地防御时的垂肉的变化反应。我只需要用一个镜子对着玻璃饲养器，里面的雄性蜥蜴自然就会将自己的镜像当作敌人展开攻击。当然，战局只能是每次都会打成平局。
母海龟从海里爬出来，是为了将可以孵化出幼海龟的海龟蛋埋在沙滩上的沙子中。每个幼海龟在破蛋而出之后会立即爬进海里，并在海里度过余生。在这一过程中，吸引这些新生海龟爬向大海的不是与众不同的视野以及水边散发的气味，而是从水面反射出的更亮的光线。当实验者在沙滩附近人为设置更亮的光源时，幼海龟就会追随这束光行动，哪怕这束光背离大海的方向。
人类和其他有丰富智力的哺乳动物也受到关键遗传刺激及本能的指引，但这种指引不是完全死板的，抑或像低等动物一样头脑简单。相反，人们尤其受到心理学家称为“预先学习”（Prepared Learning）的机制的支配。人们通过遗传获得的是学习一种或多种行为的可能性。无论在哪一种文化中，人们都会有一些偏颇行为，尽管这些行为看起来不太理性，而且当事人其实有很多机会做出其他选择。
我有蜘蛛恐惧症，几经尝试，还是不敢触摸那些挂在网上的大蜘蛛。尽管我知道它不会咬我，即使被它咬了也不会中毒。之所以怀有这种无理由的恐惧，源于我8岁时的一次体验，我被一只“鬼蛛属”的十字园蛛的动作吓坏了。当时那只蜘蛛正平静地挂在自己织的网上，我想办法靠了过去，想仔细查看一番，但它突然动了一下，吓了我一大跳。现在，虽然我已经知道了这种蜘蛛的学名以及它的很多生物学特性（我也应该知道，因为我已经在哈佛大学比较动物学博物馆担任昆虫馆馆长多年），但是仍然不敢去触摸那些挂在网上的蜘蛛。
这种强烈厌恶有时候会演变为恐惧症，具体症状表现为恐慌、恶心以及无法对恐惧对象进行理性思考。我对蜘蛛的恐惧还是轻微的，除此之外，我还有另外一种真正的恐惧症，那就是在任何情况下我都无法容忍自己的双手被缚住，以及脸部被遮盖。这种恐惧症也源自我8岁时的一次经历，也就是遇见蜘蛛的那一年。那时我做了一个可怕的眼部手术。当时的医生以19世纪的方式，让我仰卧在手术台上并给我注射了麻药，期间没有给我任何解释。我的双手被固定住，脸上被盖了一块布，那时我的内心深处一直有个声音在告诉我：“我再也不要经历这样的体验。”直到今天，我还是时不时会想，如果有一个抢劫者拿枪抵着我，还要把我的手捆起来，用头巾把我的脸盖上，我应该会对他说：“不，不要这样。你还是一枪打死我吧。”我宁可死也不愿意被绑起来还要被蒙上脸。
治愈恐惧症要花很长时间以及经历很多疗程。但是就像我一样，许多人只要有过一次恐惧的经历，就会产生这样的问题。正如很多人看到地板上出现蠕动的物体之后，就会对蛇十分恐惧。
这种习得的“过度学习”是怎么进化而来的呢？线索在引起人们的恐惧症的物体身上。人们大多都恐惧蜘蛛、蛇、狼、流水、封闭空间以及陌生人群等，这些都是古人类以及狩猎采集者千万年来所遇到的最原始的危险。他们在极其逼仄的峡谷中狩猎捕食时，不小心踩到毒蛇以及被敌方部落的突袭队绊倒的时候，就会受伤或死亡。所以，对他们来说，最安全的方法就是学会快速学习，长久并形象地记住这些可能引发受伤或死亡的重大事件，并且在不经过理性思考的前提下就采取行动。
相比之下，车祸、刀伤、枪伤以及过度食用食用盐和糖位列现今导致人类死亡的头号诱因，而人们还没有进化出可以规避这些危险的本能。这可能是因为进化的时间还不够久，不足以把它们写进人们的基因里。
恐惧症是一个极端的例子，所有通过预先学习获得的行为，都有助于人类祖先更好地适应当时的环境，也是人类本能的一部分。不过，很多行为也会通过文化代代相传。所有的人类社会行为都基于预先学习，但由于它们是通过自然选择进化的结果，所以每种行为的强度不同。举例来说，人类生来就喜欢八卦。我们都很喜欢别人的故事，并且对其中的细节津津乐道。八卦也是我们学习并构建自身社交网络的方式。我们会贪婪地阅读小说和戏剧，却对动物的生活所知甚少，除非它们以某种方式和人类故事产生了关联。于是在人类的故事中，小狗总是喜欢同伴并且向往回家，蝙蝠喜欢沉思，蛇总是鬼鬼祟祟，老鹰则热衷于在广袤的天空中自由飞翔。
爱好音乐也是人类的天性之一，小孩子几乎能立即感受到音乐带来的快感和狂喜，但他们对数学感兴趣总是要发生在长大很久以后。音乐作为一种整合社会和提升人类情绪体验的手段最早是服务于人文科学的，但数学并不是这样。早期人类的心智能力虽然足以用于分析、解释数学运算，但并不喜爱它。由此可知，只有与自然选择相关的事物才能成为人类的本能喜好。
自然选择的驱动力引导了全世界范围内的社会文化融合。曾经有专家在整理1945年的《人类关系区域档案》（Human Relation Area Files ）的内容后，发表了一份报告，其中提出了全球各地的文化中具有普遍性的67个项目，包括竞技体育、装饰身体、礼仪规范、家庭聚会、民间传说、葬礼仪式、发型、乱伦禁忌、遗产继承、幽默以及对超自然存在的崇拜等。
我们称之为人性的其实是人类全部的情感以及由这些情感掌控的预先学习状态的总和。一些作者一直在尽力解构人性，并认为它不存在。但其实人性是存在的，它存在于我们的大脑结构中。数十年的研究已经发现，人性并不是决定我们的情感和预先学习状态的基因产物，也不是所有文化中都有的东西，文化只是人性的最终产物。人性是在人类的心智发展过程中，由遗传得来的一些规律性行为，而这些行为又促使了人类的文化朝特定的方向发展，因此，人性是人类基因与文化的结合体。
人们偏爱栖息地的选择，也是预先学习中的一种受到遗传影响的结果。成年人一般都会喜欢他们从小长大、对他们的性格塑造有所影响的环境，可能是山川、海岸、平原，也可能是沙漠，相同的是，这些地方都会让他们感到熟悉和安全。我就最喜欢临近墨西哥湾地区倾斜入海的平原地带，因为我从小在那里长大。
然而，有研究人员对还没完全适应居住地的孩子进行研究时，却得出了不同的结论。在这个研究中，研究人员让参与测试的孩子观看不同居住地的照片，包括茂密的森林、干燥的沙漠，以及其他各种介于这两者之间的多种环境，然后让他们选择想要住在哪里。结果是，这些孩子选择的居住地都具有三种特征：居高临下、可以俯视低处，可以看到下面散布的树木和灌木丛，并且都临近水源（溪流、池塘、湖泊和大海）。
这种环境组合的原型恰好和真实的古人类以及早期人类祖先数百万年前进化而来的非洲热带草原非常相似，使我们不得不怀疑，人类这种对环境的偏好是不是也是一种预先学习的残余？这种“非洲热带草原”的假设正如它的名字一样，完全不是凭空想象。所有能够走动的动物物种，从体型最小的昆虫到大象狮子，都会本能地选择所有它们最适应的栖息地居住。如果没有这样做，它们就不太可能找到配偶和赖以生存的食物，也不知道如何躲避陌生的寄生虫和捕食者。
如今，全球人口都在向城市聚集。运气好的话，他们的生活质量会因居住在超市、学校以及医疗中心附近而得到提高。他们也有更多的机会找到可以养活自己和家庭的工作。但是所有其他条件都均等的情况下，他们是否真的会偏好于选择城市和郊区作为栖息地？城市生态环境的紧张状况以及施加其上的人造环境，使得这个选择的答案很难有定论。所以，为了了解人们实际上的偏好并获取完全自由的答案，我们最好的方法是求助于那些更有钱的人。正如风景建筑师以及高端房地产经理人会告诉你的那样，有钱人更偏好住在居高临下、俯瞰公园绿地、临近水源的栖息地。这些条件都不具有实用价值，但那些有钱人都会不惜一切代价竞相购买。
几年前，我在一个很有名气且富有的朋友家里吃饭，他碰巧坚信人类的大脑是一块白板，并没有所谓的本能这回事儿。而他的家位于一栋豪华大楼的顶楼，可以俯瞰纽约中央公园。当走到阳台上时，我发现阳台外沿排列着一排小型盆栽。我们在那里眺望着远处公园中央的草地和两座人工湖中的其中一座时，都为这样美丽的景象发出了慨叹，那一刻，我特别想问他：“你有没有想过我们为什么会觉得这样的景色很美？”但又想到我是来做客，最终还是没问出口。
13 宗教
狂
喜，“一种过度且甜蜜的喜悦”，正如西班牙伟大的神秘主义者圣·特蕾莎（Saint Teresa）在她1563—1565的日记中描述的那样，可以通过各种各样的方式，如音乐、宗教或致幻剂（如亚马孙河流域用来促进宗教体验的死藤水）实现。神经生物学家已经追踪发现了一些导致音乐上的高峰体验的其中一个成因，即大脑纹状体中的神经递质分子多巴胺的释放。同样的生化奖赏系统，也存在于食物和性传递快乐的关系之中。音乐产生于旧石器时代，鸟骨及象牙长笛可以追溯到30 000多年前，因为音乐在全球狩猎采集社会中的普遍性，我们认为，对于音乐的爱好已经在进化过程中印刻进了人类的大脑中。
几乎在所有的现存社会中，从狩猎采集社会到文明化的城市，都存在一种音乐和宗教之间的亲密关系。基因在规定导致宗教虔诚的神经和生物化学调节物方面，是否与对音乐的作用相似？是的，这方面的证据来自相对年轻的宗教神经科学学科。研究者采用的调查方式包括测量双生子的基因差异在这方面的影响，以及致幻剂在造成与宗教类似的体验方面的影响。此外，研究者还研究了脑部损伤和疾病对个体病人的宗教信仰方面的影响。目前为止，这类研究都显示，宗教可能是人类的本能之一。
宗教作为人文科学的历史与人类历史同样悠久，哲学的主要研究方向之一就是对宗教进行解释。神学中最纯正的、最普遍的宗教形式，其核心问题就是在试图解释上帝的存在，以及上帝与人的关系。对有着虔诚宗教信仰的人来说，他们都会想借由某种形式抵达上帝。有人会依照天主教的化体仪式接近神，有人则会祈求神的指引与降福。大多数人也会期待死后重生，进入一个由已经过世的亲人组成的极乐世界，与他们相聚。神性，简而言之，就是人们希望在现实和超现实之间找到一个桥梁，让他们能够从现实生活进入极乐世界。
在信徒们每一秒有意识的生活中，宗教都扮演了以滋养心灵为主的多重角色。所有的信徒隶属于一个大家庭，他们情同手足，信服于同一个信仰，以换取永生。
对于教徒而言，他们所信的神祇是终极和永恒的领袖。同时，由于神拥有超自然的巨大力量，所以他可以制造出超越人类理解范围的奇迹。在史前以及历史上的大部分时间里，人们都需要借助宗教去解释他们身边出现的很多现象，比如暴雨、洪流、划过长空的闪电和夭折的婴儿，人们会认为是神制造了这些。由于人们倾向于用因果关系来解释事物之间的关系，并由此获得安慰，所以他们心中的神就成了一切事物的因。虽然神所做的事情对人类而言充满了意义，却是我们所不理解的。伴随着科学的起源及发展，越来越多的自然现象已经能够作为由其他可分析的事物造成的结果而被理解，所以人们就不再用各种超自然的力量来作为安慰。但在人们心灵深处的本能的驱使下，仍然会受到宗教和类似宗教的意识形态的影响。
现有的几大宗教教义中，都有一位或几位不朽的神（几位神相互交织形成一个大家族）。这些宗教所提供的各类服务，对于人类的文明而言意义重大。在传教士或祭司的主持下，人们从生到死都有一系列严肃而庄重的仪式需要举行。他们为基本的道德准则和法律赋予神圣的意味，给那些痛苦的人带去安慰，同时还会照顾那些一贫如洗的人。受到这些榜样的启发，信徒们会竭力在任何神的视界里坚持正义的操守。同时，他们主持的教堂也构成了社区生活的中心。人们在世间无所依凭的时候，这些神圣的上帝居所就成了人们对抗不公正和俗世悲剧的最终避难所。也许，正是因为有了宗教和神职人员的存在，人们对于暴政、战争、饥饿和最糟糕的自然灾害才有了一定的忍耐力。
悲剧的是，宗教有时也是无休止和不必要的苦难的源泉。其一，宗教在人们正确理解现实世界中大多数社会问题时造成了障碍；其二，宗教中包含一个源自人性的缺陷，即部落意识（tribalism）。人们之所以对宗教教义深信不疑，多是受到部落意识的驱动，其次才是对性灵的需求。部落的力量远比精神信仰的渴望更强大。人们对作为群体中的成员有着更强大的渴望，而与这个群体的性质是宗教的还是世俗的关系不大。从人生情绪体验的角度来看，人们需要和他们有一定亲缘关系，有共同的语言、道德信仰、地理位置、社会目标以及穿着打扮的同伴联结在一起。这些条件最好全部具备，或者至少有其中两到三种。这样人们才能感到快乐，甚至是维持生存。而恰恰也正是因为这样的部落意识的根基，才造成了好人办坏事，而不是基于宗教的道德准则和人道主义。
不幸的是，一个宗教群体最主要是通过它自己来创造历史，即解释人类如何存在的超自然叙事来定义它自身的。而这个故事也构成了部落制度的核心。不论多么温和或高尚，或者解释得多么微妙，每个宗教的核心信仰都保证上帝偏爱它的信徒胜过其他人。它会教导自己的教徒，说其他宗教信仰的都是错误的神、使用的是错误的礼制、追随的是错误的先知，以及相信的是由幻想编造的创世故事。这些说法从本质上来说都是对其他宗教的歧视，也许只有这样，他们才能满足自身灵魂的需求。
当一个人接受了某种创世论，相信一大堆由其赐予的奇迹，我们便认为他有了信仰。从生物学角度来看，信仰可以作为一种生物为了提升生存率和繁殖率所使用的手段，它是通过部落的成功而锻造的。部落是在与其他部落的竞争中联合起来的，对于部落成员来说，信仰是在部落竞争中获得胜利的关键。尤其是那些善于利用信仰赢得其他成员支持的人，可以借此在部落内取得地位。在旧石器时代，由于频发的部落冲突导致了宗教的出现，直至今日，世界范围内仍时有战乱。在没有浓重宗教色彩的社会里，信仰往往会与意识形态相统一，这时人们就会认为：“上帝赞同的是我所持的政治理念，而不是你的，所以我的理念是忠于上帝的。”
宗教信仰给它的信徒提供了一种巨大的心理裨益，给了一种关于他们存在的解释，让他们可以感到被爱、被保护，从而免受其他部落群体成员的伤害，但这些信徒也需要付出一定的代价。在更加原始的社会中，上帝以及他的传教士会要求信徒必须全心服从、信服于本宗教，不能心有疑虑。可以说，这是一场关于灵魂的交易。在进化历史中，这是唯一一种可以使部落成员团结的方式。无论是在战时还是平常都是如此。可以说，宗教给予它的信徒的是一个引以自豪的身份，也赋予了他们行为的正当性，给了他们一个关于生存和死亡的神秘轮回的解释。
在过去的很长时间内，没有一个部落能够在不提供创世论解释其存在的意义的情况下幸存下来。信仰缺失的代价就是部落成员不会尽心尽力为部落服务，并逐渐丧失共同目标。在每个部落的早期历史中，比如犹太基督教的铁器时代，伊斯兰教的7世纪，他们的创世论神话都是在很早就确立下来并发挥作用的。创世论一旦确立好，其中的任何部分就都不能扬弃，任何人都不能质疑。如果教义出现偏差，唯一的解决办法就是灵活巧妙地回避或遗忘它，又或者用新的更具竞争性的教义取代它。
很明显，世界上不可能有两个创世论同时为真的情况。所以，已经出现的数千个宗教和教派分支的创世论，实际上都是错误的。很多受过教育的公民都发觉他们自己的信仰实际上是错误的，或者至少在细节上站不住脚。但他们也理解一个道理，据说是由罗马斯多葛学派的哲学家小塞内卡提出的说法，即宗教在凡夫俗子眼中是真实的，在智者的眼中是错误的，在统治者眼里则是有用的。
科学家天生倾向于在发表与宗教有关的任何言论时保持谨慎，即使是在表达质疑的时候。著名的生理学家安东·卡尔森（Anton Carlson）在被问到，他怎么看待1950年由皮乌斯七世宣告的关于圣母玛利亚肉体升天的公告时，卡尔森回答说，因为他不在那里，所以并不能确认，但他可以确定的是，她上升到3万英尺高的时候肯定就昏过去了。
关于宗教的问题既然如此棘手，那么我们是否应该把它忘掉？毕竟世界上大多数人对这些问题都不会深究。事实上，这种忽视是危险的，不管是在短期还是在长期看来都是如此。当前国家间的战事在逐渐减少，这显然源于双方对两败俱伤的毁灭性后果的恐惧，但暴动、叛乱、内战和恐怖主义活动仍十分猖獗，时有大规模杀伤性事件爆发，原因就在于部落意识。部落意识又是通过宗教冲突表现出来的，尤其是那些信仰不同创世论的人之间的冲突。
宗教战争不是异常现象，把信仰特定宗教、教条及信仰类似意识形态的信徒划分为温和派和极端派是错误的。仇恨和暴力的真正成因是信仰与信仰的对抗，即部落制度原始本性的外在表现。信仰正是让好人做出坏事的一个原因。人们不能容忍别人对他们自己、家人、国家或者他们信仰的创世论本身的攻击。比如，在美国大多数地方，人们都可以对宗教议题，如上帝的本质或上帝是否存在等发表看法，但这种讨论仅局限于神学和哲学领域。如果对个人或团体的宗教信仰发表看法，无关其内容荒谬与否，都会遭到禁止。贬低他人信仰的神圣的创世论属于“宗教偏见”，被视为与威胁个人等价。
除此之外，人们的宗教情怀也一直受到信仰的绑架。各个宗教的先知和领袖一直在有意无意地利用人们的宗教情怀，让人们为他们所属的教派服务。人们需要为神衹举行各种典礼、仪式、礼制和祭祀，以换取现世的安稳和永生。作为交换的一部分，神也必须做出正确的道德选择。
美国的开国之父们深刻理解部落宗教冲突的危险。乔治·华盛顿发现，“在人类所有的仇恨中，那些由宗教态度不同导致的冲突似乎是最根深蒂固、最悲惨，并且最应该被反对的”。詹姆斯·麦迪逊也同意这种看法，他注意到的是，宗教战争会导致“血流成河”。约翰·亚当斯则坚持称：“从任何角度来说，美国都不是建立在基督教教义上的。”但美国后来并没有坚持这样的主张。现在的政治家都会向选民表明自己信仰某种宗教，拥有信仰对于政治领导人来说几乎成为必备条件，哪怕他们信仰的是对大多数人来说都很荒谬的宗教，比如米特·罗姆尼（Mitt Romney）信仰的摩门教。此外，美国历任总统也经常听取基督教人士的意见。“上帝之下”（under God）的说法也被引进1954年的效忠誓言。直至今天也没有哪个重要的政治候选人敢提议把它剔除。
大多数宗教方面的严肃作家都把人们超越现世、追求生命终极奥义与宗教本身捍卫自己的创世神话的做法混为一谈。他们接受，或者说害怕否认个体神灵的存在，还认为创世论代表了人类在追求救赎和永生时与神明沟通的一种努力。作为知识分子，他们在这个问题上都采取了某种妥协的态度，其中就包括尼布尔学派（Niebuhr）的神学家、论调含糊不清的哲学家、崇拜刘易斯（C.S.Lewis）的文学界人士以及其他在深思熟虑之后还认为世上仍另有他处的人。他们往往对史前历史和人类本能的生物进化缺乏了解，因而也就无法对这个重要的问题有清楚的认识。
这些人都面临一个无法解决的问题，即伟大而矛盾的19世纪丹麦哲学家索伦·克尔凯郭尔称之为“绝对困境”（Absolute Paradox）的问题。他说，基督教施加在信徒身上的教义不仅是不可能的、无法理解的，而且也是荒谬的。荒谬之处在于真理的存在，上帝出现，神的诞生、长大并且变得和人一样都是由教义说明的。尽管基督教宣称这是真的，但我们还是难以理解上帝为什么要以基督的身份在人间经受苦难。
这种绝对困境在每个寻求肉体和灵魂的答案的宗教人士身上都会产生撕裂。他们无法理解一个能够创造出整个世界的神，为什么会拥有和人类一样的情感体验，包括喜悦、爱、慷慨、恶毒等，并且有时会对世人遭遇的苦难漠不关心。对此有人说，“这是上帝在检验我们的信仰”，或者“上帝在以一种神秘的方式运作”，但这些说法都不足为信。
正如卡尔·荣格曾经说过，有些问题永远不能解决，只会越变越大。绝对困境就是这样，没有解决方法，因为没有什么要解决。问题不在于自然界或者是上帝的存在，而在于人类存在的生物学源头和人类思想的本质，以及使我们成为生物圈进化巅峰的原因。生活在这个真实世界的最好的办法，是把我们从魔鬼和部落神灵的阴影中解放出来。
14 自由意志
从
事人类大脑研究的神经科学家很少会提到“自由意志”。而对哲学家来说，他们大多认为它是一个最好被放到一边，至少可以暂时放到一边的课题。他们大概会说：“我们会在准备充分、时间充裕的时候处理它。”与此同时，他们的目光却落在了前景更光明、设想更现实的科学领域，即意识的生理基础。事实上，自由意志也是其中的一部分。没有一个科学探索对人类来说，比把关于意识思维的幻影看穿更重要。每个人，包括科学家、哲学家和宗教信徒，都会同意神经生物学家吉拉德·艾德曼（Gerald Edelman）所说的，“意识是我们展现人类所有宝贵特质的基础。永久地丧失意识就等同于死亡，哪怕身体依旧存在着生命迹象”。
意识的生理基础不是一个容易理解的问题。人脑由数十亿个神经细胞构成，是宇宙中已知最复杂的系统，无论是在有机物中还是无机物中，每一个神经细胞都会形成突触，并与其他平均一万个神经元相互传递信息，方式是每一个神经元都使用独特膜放电模式形成数字编码，并沿着它自己的轴突路径发射。大脑被编组成了几个功能相异的区域、核心，以及负责不同部位功能的运作中心。这些部分会对激素和脑外产生的感觉刺激以不同方式起反应，而全身的感觉和运动神经元与大脑的信息交流也十分密切，以至于它们几乎可以被视为大脑的一部分。
人类全部遗传基因密码中有2万～2.5万个基因，其中有一半都以某种方式参与到了大脑思维系统的指令发布中。这是人类大脑在进化过程中快速发展的结果，人脑也是进化速度最快的高等生物器官之一。在长达300万年的进化过程中，人脑容量从南方古猿的600cc或低于600cc，到能人的680cc，又到现代智人的1 400cc，足足增长了一倍之多。
2 000多年来，一众哲学家一直在尝试解释意识的概念。当然，这也是他们的工作。然而，由于他们对生物学一无所知，所以并没有取得什么进展。事实上，我认为哲学的历史就是由大多失败的大脑模型组成的，这一说法并不苛刻。现代的一些神经哲学家，诸如帕特丽夏·丘奇兰德（Patricia Churchland）和丹尼尔·丹尼特（Daniel Dennett） (6) ，在解释已经获得的神经科学发现上取得了相当的成就，例如他们让别人了解到，人类的道德意识和理性思考其实只具有次要的地位。而那些具有后结构主义倾向的人则更加保守，他们认为这些脑科学家的研究把问题简单化了，过分强调客观化，从而无法真的解释清楚意识的核心。这些人认为，在意识具有物质基础的前提下，意识的主观性也无法通过科学方法获取。为了证明这些观点，这些又被称为神秘主义者（mysterian）的哲学家谈到了“质感”（qualia），即我们在受到感官刺激时所体验到的微妙的、无法用语言表达的感觉。例如，我们能够从物理特性上辨认出“红色”，但什么才是关于“红”的更深层的感知呢？这种感受也无法通过科学的探究获知。在颜色方面尚且如此，如此抽象不可捉摸的意识或灵魂，又怎么能通过科学方法认识呢？
这些持怀疑态度的哲学家采用的做法是从总体到部分，向内自省。他们会先探讨人们如何思考，然后提出解释，抑或找到无法解释的原因。他们也会描述现象，提供发人深省的例子。他们得出的结论是，我们的意识中有某种东西与一般现实存在根本性的不同。无论这种不同是什么，都最好留给哲学家和诗人讨论。
