2.确立了手法的分类与适应证以及推拿施术先后次序
古无“推拿”之说，明代以前称为“按”“摩”等，明代杨继洲在《针灸大成》中仍称“按摩”。而本书首次将按摩的手法解析为“推法”与“拿法”，并将书冠以“小儿推拿”。书中对推法与拿法有较为明确的界定。“推者……直其指而推……拿者，医人以两手指(或大指或各指)于病者应拿穴处或捏或掐或揉，皆谓之拿也。”(《小儿推拿秘诀?字解法》)为后世的手法解析树立了榜样。
疾病之基本病机是阴阳失调，推拿要调平阴阳。具体分阴阳时以阳边为多或阴边为多，视疾病的性质而定。一般情況，阳证则多分阴边，阴证则多分阳边。在此基础上，再进行“分经取治”。《字解法》：“凡推法俱有次序，每病必先用面上取汗，喉中取呕法。次于手上分阴阳，次推三关，次六腑，次各应先推之指，如饮食先脾土，泄泻先大肠，伤风先肺经，而后次及八卦、横门、清天河之类，其应推之穴，尤要多推，不妨数百。”
3.总结了小儿推拿取穴的特点及操作方法
本书将小儿推拿穴位分为两种：一种与针灸的穴位相同，如十四经穴、经外奇穴等；另一种为小儿推拿疗法的特有穴位：线状穴和面状穴。线状穴有手臂的三关穴、六腑穴、天河水穴等；头面的天门穴、坎宫穴和腰背的脊柱穴、七节骨穴。面状穴有手五指的心肝脾肺肾经穴、板门穴、内八卦穴、腹穴等。
小儿推拿手法有推、揉、按、摩、掐、捏、运等七种。其中揉、按、摩、掐与成人推拿同样操作，而推、捏、运则名同实异。小儿推拿手法要做到“轻快柔和、平稳着实”，与成人推拿操作要求“持久、有力、均匀、柔和”、刺激重、感应强的特点显著不同。
4.提出了推拿应掌握渐进适应的原则
本书“拿法”曰：“凡医人，入门见病者，如骤感而轻，可不必拿，若久感而沉重者，必须一拿以试之，然后便于用功。”推拿沉疴久疾，需要时间长，应让患儿有一个适应的过程。该原则的提出，对后世小儿推拿的操作及消除推拿可能带来的负面效应有着重要的意义。
5.提出推拿的其他作用及与时辰的关系，发现了部分特定穴位及其治疗作用
周氏认为推拿具有汗、吐、下三法的作用。周氏对很多穴位的解释，不同于传统经络学说的观点，如“肩井穴，属胃经，能出汗”等。并且还注意到时辰与推拿治疗的关系。而有些特定穴位，首见于该书，如耳后、肚角、皮罢、合骨、鱼肚等。
二、《小儿推拿秘诀》的学术源流及地位
《小儿推拿秘诀》首次将明代流行于民间的推拿手法进行了整理和总结，主要记述了小儿推拿按摩的方法要领。小儿推拿手法得以光大、流传，周于蕃做出了不可磨灭的贡献。
《小儿推拿秘诀》在推拿专科发展史上影响较为深远，后世的小儿推拿著作，许多内容均摘自于本书。如以周氏所著为蓝本扩充的著作主要有《秘传推拿秘诀》《厘正按摩要术》等。《厘正按摩要术》为清代张振鋆著，其在《小儿推拿秘决》一书的基础上增补了新的内容。全书共分四卷，卷一辨证，卷二立法，卷三取穴，卷四列证。书中介绍小儿按摩八法、儿科推拿的取穴手法图，还介绍了胸腹按诊法，这是其他医书所少见的。可见，《小儿推拿秘决》为后世小儿推拿的延续和发展提供了先决条件，奠定了辨证施法的学术基础，具有较高的学术价值。
三、版本源流，底本和校本的选择
参照《中国中医古籍总目》记载，本书的版本一共有六个：
1.明万历四十年壬子(1612)刻本，藏于天津中医药大学图书馆。
2.清乾隆五十三年戊申(1788)漱芳斋刻本，藏于解放军医学图书馆。
3.清同治光绪间刻本藏于上海图书馆。
4.清文奎堂刻本，藏于上海图书馆和江西省图书馆。
5.清味经堂刻本，藏于中国中医科学院图书馆。
6.清抄本，藏于中国科学院国家科学图书馆、苏州市图书馆、浙江图书馆、中国中医科学院图书馆和上海图书馆。
经考察调研，藏于天津中医药大学的明万历四十年壬子刻本，实为清代味经堂刻本；清乾隆漱芳斋刻本，已严重破损，无法阅读或拍照。清同治光绪间刻本和清文奎堂刻本已不复存在；故本书整理者仅获得清味经堂刻本和清抄本。
经考证，味经堂刻本是清朝康熙年间铅州张应泰从朋友王大卿那里获得明代的《小儿推拿秘诀》，并亲自参与编订，于清康熙二十四年(1685)刊行于世。故此次以藏于中国中医科学院图书馆味经堂刻本为底本；上海图书馆清抄本，经核对其内容与味经堂刻本基本一致，且保存完好，并且有目录，方便校对，绘图清晰，形象鲜明，因此将其作为主校本。
