自派薛岩投书以来，纵观这一时期的整个战场，对燕军并不有利。朝廷的运筹帷幄也可谓深思熟虑、布置周全。你看，朱棣带师远离北平，吴杰、平安、盛庸等遮其饷道，继而平安乘虚直捣北平，与此同时，房昭从大同入紫荆关，扰保定、易州，杨文自辽东经昌黎同时向北平推进。战场以外与之配合者则有张安行离间之计。弄得朱棣在内几乎误杀世子，在外也只能穷于应付。然而似乎稳操胜算之局竟似与朱棣打成个平手。官军所以不能得胜，固然由于朱棣不敢贪功冒进而断然撤军，维护根本，但究其根本，则因官军诸路未能及时配合，早已错过了取胜的机会。如果在盛庸与朱棣大战未决之时，派房昭出紫荆关、杨文出山海关，直捣北平，以盛庸牵制朱棣主力，使之不得还救北平，则北平未必不能攻克。然而，官军在德州、真定相继失败之后，辽东、大同才先后来会师，而杨文、房昭未能很好地配合，真定之兵又未能尽力阻挡朱棣北还，盛庸在德州又无所作为，最后终被朱棣个个击破。官军的调动运转不灵，朱棣的机变善战，于此一目了然。
朱棣善战，固矣，然彻底打败强大的官军，又谈何容易！
淝河之役
朱棣已经起兵三年，众将士冒霜露，犯矢石，浴血奋战，虽然常乘胜逐北，但也屡频于危，所克城邑，兵去旋复为朝廷守。三年所得止永平、大宁、保定三府，许多骁将勇士战死沙场。朱棣的部下乐意跟随他南征北战，倒并不全然由于朱棣善于驾驭。在他们看来，朱棣是个龙种，他早晚会当皇帝。一旦他做到皇帝，拥戴他的人便都会成为功臣而平步青云。他们实在是为了自己而战。转战三年，风霜雨雪、剑影刀光使众将士厌倦了。他们迫不急待地要把朱棣抬上皇帝的宝座，自己也好鸡犬升天。现在不是除了北平之外又得了三府吗？就做这几府的皇帝也好！
北平都指挥使张信、右布政使郭资、按察副使墨鳞等联名上表，请朱棣就此即皇帝位，表说：
臣闻天生非常之君，必赋以非常之德，必受以非常之任，所以能平祸乱，定天下于一，而安生民，纳之于仁寿之域也。昔者夏商之季，桀滔淫而成汤放之，纣沉缅而武王代之。故《易》曰：“汤武革命，顺乎天而应乎人。”夫征伐岂汤武能得已哉！所遇之时然耳。然汤武俱不失为圣人者，以其拨乱兴治，措天下于袵席之安也。
比者，幼主昏弱，狎匿小人，荒迷酒色。即位未几，悉更太祖高皇帝成宪，拆坏后宫。烧毁太祖高皇帝孝慈高皇后圣容，丧服未逾一月，即遣阉官四出选美女。其所为不道，遂致奸恶擅权，扇殃逞祸，戕害宗亲，图危社稷，汩乱天下。殿下谨守藩封，小心寅畏，而幼主听谗，兴难构兵，四起围逼。殿下不得已起兵救须臾之祸，祗奉祖训，诛讨奸宄，清君侧之恶，保全亲亲，奠安宗社，冀其改悔，救骨肉之义。
岂期幼冲心志蛊惑，牢不可回，必欲加害於殿下然后已。殿下应之以仁义之师，不嗜杀人，堂堂之阵，正正之旗，节制明而号令肃，故百战百胜，此虽殿下神谋睿算之所致，实以天命人心之所归也。况殿下为太祖高皇帝孝慈高皇后嫡子，太祖高皇帝常欲建立为储贰，以承宗社之重。又况生而神明，灵应图谶，文武仁孝，德冠百王，天之所生以为社稷生灵主，正在于今日。
臣闻之，圣人动惟厥时，不违天命，使汤武有其时而不为，则桀纣之暴益甚，而苍生之祸曷已，是终违乎天命也。汤武岂忍斯民之涂炭而不解其倒悬哉？臣等伏望殿下遵太祖之心，循汤武之义，履登宸极之尊，慰悦万方之望，则社稷幸甚，天下幸甚。臣等不胜■■之至。
在北平做个小皇帝，画疆自守，也不是不可以，然而朱棣拒绝了这一具有诱惑力的建议。他对群臣说：“我之举兵，所以诛奸恶，保社稷，救患难，全骨肉，岂有他哉！夫天位惟囏，焉可必得？此事焉敢以闻？待奸恶伏辜，吾行周公之事，以辅孺子，此吾之志，尔等自今甚勿复言。”
其实朱棣比诸将士更想尽快地当皇帝，然而他也比诸将士眼光更远大，胸怀更雄野。他绝不会偏据北方一隅的，他要做个堂堂正正的大明皇帝。然而这个心事，如今还不能宣布。就此当小皇帝，或明言将来要就大位，岂不自乱了阵脚？他每日高喊的“靖难”岂不一下就戳穿了西洋镜？再者，现在虽有北平、永平、大宁、保定诸府，而天下之大，朝廷之势力未消，真的较量下去，胜负之数并不清楚。当然，朱棣期在必胜，也确有获胜的胆魄。现在权且仍称为保社稷，大不了不过行周公辅成王之事，藏起锋芒，收揽民心，朱棣确是个玩弄权术的高手。遥想乃父朱元璋起事之时，朱升建议他“高筑墙、广积粮、缓称王”，二人一拍即合，收起锋芒，积蓄力量，静观群雄相斗，待其非败即伤时，出而收拾残局，稳稳当当地登了大位。朱棣此举虽然并非出自乃父亲授，但他抓住了权力之学的精髓，也难怪有人称他酷类先帝了。然而朱棣与众将士的这一讨论，毕竟暴露了他们有当皇帝的打算，而朱棣更声称“天位惟囏，焉可必得”，有不得已的难言之隐，此事张扬下去对他们的形象极为不利，特别是不能让后世史臣知道，因此后朱的实录将此事删除得一干二净了。
朱棣的一番话，并未让群臣死心，他们认为朱棣可能是故作谦逊之辞。这可能也是周公定下的规矩，帝王即位，要有臣民三次劝进，一示帝王谦谦有礼，二示其事顺乎民心，如此弄虚作假的演戏，真可说是中国礼制、民情的最丑陋之处。张信等劝进之后，都督顾成与五军总兵官丘福等来再劝，朱棣仍不允，接着宁王朱权又来三劝，朱棣仍然坚辞。三劝而后，朱棣仍然不允，看来这回是真的了，不可再劝了。
朱棣虽不同意马上即皇帝位，但对众将士的忠心是颇为嘉许的，他心中自然十分高兴。他不能让众将士就此一无所得。他下令大享将士，给有功之臣加官进爵：都指挥丘福、张信、刘才、郑亨、李远、张武、火真、陈圭升为中军都督府都督佥事；李彬、王忠、陈贤为右军都督府都督佥事；徐忠、陈文为前军都督府都督佥事；房宽为后军都督府都督佥事。后军都督府陈亨之子陈恭袭其父职，纪善金忠升为右长史。
其余将校，提升不等。
朱棣大享将士，又将投降的顾成升授为后军都督府右都督 ，决心再次南伐。
燕王被迫还北平，朝廷上下不免沾沾自喜，廷议都说燕师出没劳苦，军力薄弱，用不着担心。他们爱听前线的捷报，并不认为形势会有什么危险，他们甚至故意扣压坏消息而假装听不见。而有时官军确也能打一些胜仗。如就在本月，平安便在杨村打败了燕将李彬 。然而形势正在潜伏着危机，一些明眼人已经看得清清楚楚。早在这一年六月，观海卫指挥张寿酒后不禁说了几句真话，认为国事危急实堪忧虑，不料这话犯了当政者的大忌，观海被以“妖言”罪处死。如此，谁还敢擅议国事！
建文君臣提倡以儒家学说治国，一向约束宦官甚严。尽管宦官奉命出使、监军等等是皇祖朱元璋留下的陋规，但自那时起，宦官便不得为所欲为。后来一些中官奉使四方，依势侵暴吏民，各处多有告诉。朱允炆下诏所在有司逮治，绝不留情。这一严厉措施，颇招致了宦官们的不满，其时河北、山东战事方殷，这些宦官都希望燕军能够得胜。如此不仅可以报仇，而且由于拥戴之功将来肯定不会吃亏。于是一些被黜的不法中官，先后北上投奔了朱棣。就是那些仍留在南京的，也无不怀有二心。如今朝廷倾全力阻击燕军，致使燕军迟滞河北，不得南进。而相对之下，南京的防卫却显得空虚。这些宦官们便悄悄将南京空虚之状密报燕王，意在诱其避开大军，直捣南京。
宦官们所提供的消息使得企图摆脱不进不退的困境的朱棣豁然开朗。他慨然叹曰：“频年用兵，何时已乎？要当临江一决，不复返顾矣！”
他决心直下南京。
这时官军主力全在河北山东一带，把守南京门户的是驸马都尉梅殷，这年十二月朝廷派他为总兵官镇守淮安，防止燕军南下。
梅殷，字伯殷，是河南侯梅思祖的从子。据说他天性恭谨，有谋略，尤长于弓马。洪武十一年，成了朱元璋的乘龙快婿。其所尚之宁国公主便是朱元璋的第二个女儿。朱元璋的大女婿李祺，是韩国公李善长之子。洪武二十三年，李善长牵连到胡惟庸案中被杀，这时李祺早已死了。梅殷在诸女婿中便为长了。在十六个女婿中朱元璋最喜爱梅殷。那时，曹国公李文忠典国学，梅殷受命巡视山东学政，因为事情办得出色，朱元璋曾经赐敕褒美，夸赞他精通经史，堪为儒宗，当世无不以为荣耀。
朱元璋晚年，诸王势力强势。朱元璋颇为之忧虑。他曾把梅殷秘密召到身边，嘱咐他将来辅佐皇太孙 。如今燕王发难已经三年，日渐南逼，正是梅殷出力之时。他召募淮南民兵，号称四十万之众 ，严阵以待。朝廷还派左军都督佥事徐真，右军都督佥事马傅率偏师北进御敌 。
朱棣出师之前亲撰祭文，祭奠天下阵亡将士。被祭奠者不仅有燕军中之阵亡者，也还包括官军中之战死者。不管朱棣如何公开宣传，他心里很清楚，这场战争实际是他发动的。驱天下之兵马于刀兵之阵，陷南北之人民于祸乱之中，即使上天不谴责，民心也是不会嘉许的。朱棣惯于争取民心的手法，他的祭奠，不过是想让更多的人为他去死，杀了人，还想让人称颂他的仁义之心。与此同时，朱棣还将在永平擒获的辽东指挥王雄等七十一人释放，令其归还本卫。王雄等临行前，朱棣向他们进行了一番说教。当然仍是“奸臣浊乱朝纲，废成法屠我诸王昆弟以危社稷”，因此不得已而起兵的一番话。但这时朱棣不仅以释放战俘故意示恩，而且又常把天下生民挂在嘴边。他说：“每战擒获将士，思其皆我皇考旧人，为奸臣驱迫战斗，盖出于不得已，实非本心，念其皆有父母妻子朝夕盼望，悉放遣之。故今亦释尔等。”据说，杨文军队在蓟州、遵化一带纪律不佳，给无辜百姓带来不少祸患。朱棣抓住这一点，指斥杨文暴虐，这不仅更显己之高致，而且意在离间其上下之心：“归语杨文，所敌者在予一人，百姓男女，老弱婴儿何罪？淫刑惨酷，使人痛心，不忍闻也。夫善恶报应，捷于影响，杨文不有人祸，将必有天殃。”恩莫大于活命，看来朱棣此举收到了效果。王雄等无不被感动得痛哭流涕，对于杨文则颇生怨愤之心。王雄说道：“杨文诚得罪于天，无所逃其责。臣等愚昧，为其所诱，罪宜万死。今蒙陛下再生之恩，当陨首为报。”朱棣此时释俘，更有深意。他每当南征，总不免后顾之忧，辽东一翼之官军如同他心腹之患。如果王雄等回到辽东能对杨文有所掣肘，那么他的南征便可大大放心了。
十二月十二日，朱棣誓师南征。他要争取民心竭力把燕军打扮成义师。但古来兵匪一家，少有行军不祸及无辜者。朱棣虽然指斥了辽东官军的残暴，但他同时感到也不能不对自己的部下加以约束。他说：“靖祸难者，必在于安生民。诛乱贼者，必先在于行仁义。生民有弗安，仁义有弗举，恶在其能靖祸难哉！今予众之出，为诛奸恶，扶社稷，安生民而已。予每观贼军初至，辄肆杀掠，噍类无遗，心甚悯之。思天下之人皆我皇考赤子，奸恶驱迫，使之夫不得耕，妇不得织，日夜不息，而又恣其凶暴，非为致毒于予，且复招怨于天下。”
“今我有众，明听予言，当念百姓无罪，慎毋扰之。苟有弗遵，一毫侵害于良民者，杀无敌，其慎之。”
半个月后，这时已迫近除夕，大军驻营蠡县汊河。燕军的目的是避开真定和德州的守军，从二者之隙直插山东进入淮北。但德州与真定之间也不一定会毫无阻挡，时刻都可能遇到官军的游骑。朱棣首先派李远带八百骑兵侦察官军动静，扫清道路。
官军也并未因为新年而放松戒备，大年初一，李远来到藁城，便遇上驻守德州的都指挥葛进领马步官军万余人渡河北上。李远兵少，不能硬拼，他抓住战机，乘官军渡河未毕，出兵击之。官军见到燕兵冲来，稍稍退却进入林间，意在邀李远来战。这时双方都下了马徒步交战。官军见李远兵少，不免有些轻视。李远一退，官军便追，殊不知这是李远诱敌之计。李远乘机分兵潜入敌后，把官军的马匹全部放跑。李远突然反攻，官军退却，发现马匹已经不见了，军心大乱，李远带兵乘势冲杀，官军大败。这一仗官军被斩首四千余级。许多军士溺水而死，不少马匹落入燕军手中，葛进仅以身免。
燕军首战得胜，朱棣极为高兴，赐玺书慰劳李远，称赞他的轻骑八百，出奇应变，破敌万人，其功壮伟，即与古代名将相比也不为过分。特别是这一天是新年的第一天，本来寒冷凄穆的军旅之中顿时充满了喜庆气氛。朱棣下令对能奋忠效力的李远所部将士加以褒奖，前锋交战都指挥以下以至于军校，皆升一级。
与燕军南下的同时，官军则在北上。他们想在朱棣退回北平时候乘势出击。平安带领数万兵马从真定出发，打算收复通州，朝廷正月初一下令魏国公徐辉祖率京军往援山东。李远在藁城击败的葛进，即是官军北上之先锋。朱棣锐意南进，又派朱能带一千轻骑往衡水哨探，正与平安北进之兵相遇。不幸的是平安的兵一战而败，损兵七百余，失马五百余，指挥贾荣也被生擒。
朱棣挫败了东西两翼之敌，便带兵从馆陶渡卫河下东阿，拔东平，陷汶上，所至克捷。再向前去就是孔子的老家曲阜了。但他并未进曲阜之境。既然是自称仁义之师，那么在圣人面前便不能不装得是通达情理的一般。他对诸将说：
孔子之道，如天之高，如地之厚，如日月之明，参赞化育，师表万世。天下非孔子之道无以致治，生民非孔子之道无以得安。今曲阜阙里在焉，毋入境，有犯及一草一木之微者，杀无宥。邹县孟子之乡，犯者罪如之。
这场战争，不仅是军事上的较量，也是道义上的抗衡。朱棣越来越强烈地意识到争取军心民心的重要性。燕军经过馆陶时，朱棣见一士兵因病卧倒在道旁。他立即命身边的人牵过自己的从马，让病员骑上，未想身边的人都说，大王的从马士卒不宜乘。朱棣说：“人命至重，马岂贵于人乎？今病卒不能行，不以马载之，则遂弃之耳。战用其力，病而弗顾，是爱人不如爱马也，宁辍马以乘之。卒既获济，马复何损！”传统哲学中，从来就有一种思想，认为天地之间人为贵。一次，马厩失火，孔子得知消息，首先便问是否伤人。朱棣借题发挥；无非是说自己得了孔孟的真传。
然而与之对垒的一方，同样也举着孔孟之道的旗帜。他们为维护朝廷，用血肉写出了一个忠字。杀身成仁，舍生取义，绝不是一句空话。
燕军攻破东平，守城的指挥詹璟被执 ，知州等长官都逃得无影无踪了。本州有一位吏目，名叫郑华。他本为临海人，在洪武年间任行人司行人。建文初年被贬为东平吏目。官位虽变，君臣之义不变，官职虽小君臣之义不小。他眼见即将城破地失，深感有愧君恩。他对妻子萧氏说：“吾义可死，奈亲老汝少何？”是啊，他一死方便，撇下年老的父母年少的妻子岂不要受罪。心有上下君臣之义，岂无父子夫妇之情！这萧氏也是个深明大义的，他对丈夫的壮举极为感动，她说：“君能为国，妾独不能为君乎？”萧氏痛哭泣下，大泪滂沱。这泪既为丈夫的壮举而流，也为夫妻的情义而流。无论如何，郑华感到十分满足，他能以身殉国，实践他最高的道德理想，同时又能如此为妻子所理解，即使在九泉之下，他们还会在一起的。郑华率吏民凭城固守，力不支，不食五日而死。
燕军继续向南进，正月十五日攻沛县。本城知县名颜环，字伯玮，庐陵人，是唐代大书法家鲁国公颜真卿之后，聪敏耿直，能文章，善事父母，友于兄弟，睦于族姻，乡党称其六行无异辞。建文元年，朝廷征求人才，伯玮以贤良应选，受命担任了沛县知县。燕王起兵之初，李景隆屯兵德州，淮北民终岁转饷。颜伯玮善为规划，调度有方，使民不告劳而使德州粮饷不困。建文三年六月，燕军掠济宁，游兵过沛县，沛人窜匿，伯玮设法招徕。后为阻止北军南下，朝廷命于此地设立丰沛军民指挥司。颜伯玮乃召集民兵五千人，筑为七堡，坚守待敌。但后来由于山东战事告急，三千人被调去充实前线。所存仅疲弱不堪战斗之兵。这时，燕军突然南下，伯玮知力所不敌，便派遣县丞胡先百夫长邵彦庄密至徐州告急。但援兵竟久而不至。伯玮知道败不可免，便命其弟颜珏、其子颜有为还家侍父，让他们告诉父亲：“子职弗克尽矣！”而自己下定决心与城共存亡。伯玮徘徊庭下，壮志满怀。来到察院，不禁题诗壁上：
太守诸公鉴此情，只因国难未能平。
丹心不改人臣节，青史谁书县令名！
一木岂能支大厦，三军空拟筑长城。
吾徒虽死终无憾，望采民艰达圣明。
他知道自己位卑人轻，其力难以挽回天下大势，虽不敢想望垂名青史，但既为人臣便当尽臣节，而临死犹不忘救生民于水火。二十二日夜二鼓，燕军攻破县城东门，守城指挥王显竟开门投降了。颜伯玮见自己尽节的时刻已到，便仔细服好冠带，登上公堂，向南礼拜，痛哭大呼：“臣无能报国矣！”自颈而死，时年五十岁。古语云：“谋人之军，师败则死之，谋人之邦，国危则亡之。”伯玮受百里之命，素志已定，视死如归，实有古君子之风。他的儿子走到半路，不忍离开父亲，又回到城中。在堂上见到父亲已为国尽忠，悲痛而又感佩，毅然自刎于父亲身边，成全了自己的忠臣孝子之志。
燕军进城，主簿廖子清、典史黄谦也都被执。燕将想释放廖子清，子清不愿偷生，表示：“愿随颜公地下。”慷慨就义，燕将又派黄谦往徐州招降，黄谦坚绝不从，也从容赴难。
燕军进逼徐州，支将王聪进攻萧县。知县郑恕率众拒守。城破，郑恕殉难。这郑恕，字本忠，乃浙江仙居人。其居乡时治尚书，攻苦食淡，虽鱼釜尘甑，未尝萌干求锱铢非所当得之心。一室萧然，学徒数十人，惟端坐讲授，皜皜乎高风劲节，无有半点亏缺。宁波知府闻其贤而贫，署为昌国县学训导。知府派人携书币来聘，郑恕不愿为官，偃蹇不欲接聘，朋友交相劝说，始就任 ，不久即升为萧县知县，因留心抚民，为民所爱敬 。
在关键时刻能识别大义，甘愿赴汤蹈火，没有平日的修养之功是不行的。他们人在孔孟之乡，心亦在孔孟之乡，他们的言行绝不是为了给人看的，他们虔诚地忠实于自己的信仰。我们如果看一看能赴义守节者均为熟读圣人之书的文臣，开城迎降或临阵叛逃的多是习于鞍马的武将，问题就更加清楚了。朱棣当然不能等同于一介武夫，但他口称的“孔孟之道”也不过是廉价的宣传品，是说给人听的，因为他发动的这一场驱人于白刃的战争，本身便直接违背了孔孟君臣父子的教诲。
朱棣此次南下，本在长驱直入。但以徐州当南北咽喉之地，又未必不想夺取。即使夺取后弃之而南进，也可使徐州的守军不敢摄其后方可。况且这时燕军已令各营军士四出筹集军粮，正是燕军虚弱易遭攻击之时。朱棣与诸将商议了一个破敌之计。
燕军伏兵于九里山下，且以百余骑藏于演武亭。朱棣命几个骑兵往来徐州城下，挑逗城中守军出城。官军虑有埋伏，坚守不出。燕军见状便在城外烧毁民房又向城中大喊大骂，有一个骑士还向城上射了一箭。直到傍晚，这些人才撤回。第二天，这批人又来到城下挑战。城中守军不胜气愤，便打开城门，派五千人渡河追击燕军。追兵刚渡过河，只听一声炮响，燕军伏兵冲出，官军仓促应战。这时朱棣本人带领几名骑兵绕出敌后 ，断其归路，使敌人腹背受敌。官军崩溃，众人争相夺桥入城。不料，桥突然断裂，士兵们纷纷落水。被杀死或溺水而死者，竟有三、四千人之多。守军吃了这一亏之后，再也不敢出城，哪怕是燕军单骑往来城下，也不为所动。燕军在徐州城外逗留近将一月，得以从容整修筹粮，竟不受城中守军干扰。
燕王准备开赴宿州。宿州是朱棣外祖父徐王的老家。这徐王姓马，是高皇后马氏的父亲。元朝末年，马公以杀人亡命定远。在那里他结识了郭子兴，并把自己的三女儿托付给郭子兴。这三女儿后来被许配给朱元璋，就是后来的马皇后。朱元璋做皇帝的时候，马公及其妻郑氏都已经死了。他们并没赶上好日子。洪武二年，朱元璋追封马公为徐王，郑氏为王夫人，并在太庙之东建立祠堂供奉烟火。祠堂落成之日，马皇后亲自奉安神主，在祝文中自称“孝女皇后马氏谨奉皇帝命致祭”。洪武四年，朱元璋又命礼部尚书陶凯到宿州的坟前立庙，朱元璋亲自撰文致祭。马公夫妻在黄泉之下落得个身后之荣。
宿州就在眼前，朱棣告诫众将士说闵子乡是外祖徐王坟之所在，无得骚扰，违者不宥。既然朱棣一再标榜自己为高皇后嫡生，受到父母的钟爱，便不会放过这一可用以张扬的机会。他派都指挥李让前往徐王坟致祭，并颁钞锭赐给徐王亲族。因为在军旅之中，朱棣不愿拿也拿不出更多的东西去换取外祖之乡感戴。他想这一万锭纸币就够了。反正这时纸币还值些钱。不用说元朝近百年间是通行纸币的，就是洪武年间也仍然强制推行纸币，民间如有擅用金银贸易的是要问罪的。
燕军到宿州，仍担心徐州守军会从后面追赶上来。于是他派留都指挥金铭带领游骑到景山一带哨探。且告金铭以退敌之计。官军探得金铭孤军在后，便来追赶。但金铭并不惊慌，他们列队徐行，乍进乍退。官军见此状，怀疑金铭是朱棣所设的诱敌疑兵，因而不敢上前交战。金铭故意拖延时间，估计大军已经走远，便引军渡河南下。金铭来到河边，官军也已赶到。这时只听炮声大作。官军以为是中了埋伏，慌忙退却准备迎战。在官军尚未布阵完毕时，金铭已乘乱过了河。原来，朱棣事先在河对岸只布置了都指挥冀英等少数几名骑兵，约定金铭等来到河边时鸣炮，造成设伏的假象，以掩护其过河。官军列好阵，见到河对岸并无伏兵出现，倒是金铭已经逃之夭夭，赶赴与主力汇合。官军深悔失计 ，但眼看着放走敌军而无可奈何。
燕军继进蒙城，驻于涡河。这时官军主力已了解到燕军南进的意图。回师追击燕军，平安率马步军四万人为先锋已经赶到。
平安的行动已为燕军探得。朱棣命朱高煦守住大营，自己率精骑两万人带三日干粮到离开大营百余里的地方设下埋伏。朱棣设想滨河一带林木丛密，平安军必定怀疑有伏，而肥河一带地平少树，平安军一般不会怀疑燕军在这里设伏。他命令每个士兵都要准备一束火把，使列道相连。他还告诉留守大营负责警戒的士兵如见到举火，便是与敌人发生了大战，守营大军可以相机而行。一火既举而众火相应，敌人误以为遇到了燕军主力，必会惊慌溃散。如是小战，则不举火。
但是朱棣等在此接连埋伏了几天，粮食差不多吃完了，也没见官军的踪影。诸将沉不住气，纷纷请求回军，朱棣态度坚决，他断定明后天官军一定会来到。第二天，各位将领又纷纷请求回师，这时是马无刍藁，士无粮食，他们认为这是“未遇敌而先自困”。朱棣并不为诸将的请求所动摇，他心中自有成算。他说：“贼引众远来，锐竭求战。彼深知大军南行，必袭我后，若败其前锋，则众夺气。”他打了个比方，说这如同锐利的兵器锋芒一旦摧折，其刃自钝。朱棣仍劝众将按甲于此，再耐心等待一段时间。诸将拗不过朱棣，只得听从命令。
这天傍晚，朱棣命令胡骑指挥款台带领几名骑兵前去侦察情况。朱棣虽劝说诸将，其实他内心同样焦急。他辗转反侧，几不成寐。四鼓时分，只听营外一阵轻捷的马蹄声，他料定是款台侦察回营，便一跃而起。他急于了解到敌人的情况，以证自己的决策是否正确。款台向他报告说敌军已经在离淝河四十里的地方下营了，他们都听到了敌人的更鼓，根据情况判断，敌军将到我们这边来。朱棣听到此，仿佛一块石头落了地，几日来紧锁的心情顿时舒展。他脸上渐渐露出得意的神色，他料想这又是一招胜算而无疑，不禁说到：“贼入吾彀中矣！”
天刚亮，朱棣便命胡骑指挥白义、正真、都指挥刘江各领百骑出兵迎敌。他们仍然用诱敌入伏的老计策。他们将大部分人连续埋伏在沿路，而以十余骑掠过敌营并对敌人侮辱谩骂，挑其出战。他们商定，若敌来追，便不战而退，直到与伏兵相合。上次从徐州南下，都指挥金铭带兵诱敌，是以虚当实，官军唯恐有伏不敢追击，上了大当。而这次诱敌，是内实外虚。朱棣料定，敌人接受上次不追击金铭的教训，一定会再次上当。
白义、王真他们还按朱棣所说在行囊中装满了草，伪充束帛，用以诱敌。遇敌追，则弃之于地。
这天中午，白义等果然与敌军相遇，这正是平安所率的官军主力。平安见到燕军不过几名散漫的骑兵，立刻下令追来。王真等佯败走，行囊纷纷堕地。一些追兵利于财货，竟相拾取。这一跑一追不觉已走了二十余里，突然燕军埋伏呼喊冲杀而出，王真率壮士直冲官军鏖战，官军死伤无算，王真在燕军中夙称骁将，猛虽猛，但后军不继，被平安军包围了数匝。王真受了重伤，仍杀敌数十人，他的力量渐渐不支了。王真知道自己不行了便说：“我死也不能死在敌手。”遂自刎而死 。王真是燕王的爱将，是咸宁人，洪武中，起于卒伍，积功至燕山右护卫百户，燕兵起攻九门，战永平、真定，下广昌，徇雁门，从破沧州，追南兵玉滑口，俘获七千余人，累迁都指挥使。燕王曾对臣下说：“诸将奋勇如王真，何事不成！”此时见到王真战死，真是痛如剜心。他气冲牛斗拍马上前亲自迎战。
这时平安带三千骑兵驻立北岸高坡，朱棣带亲随骑兵迎来。平安麾下有一位胡骑指挥火耳灰者，这人素号骁勇，他本在燕王帐下供职，后来因公务调往京师，现在竟在前线与燕王对阵。只见他手持矟直奔朱棣而来，眼看离燕王就差十余步了，十分危险。正在这时，只听一声弓弦弹响，飞出一箭，正中在火耳灰者的马上。那马倏然倒地，火耳灰者从马上滚下，燕军一拥而上把他生擒了。火耳灰者部下有一个哈三帖木儿也是个骁勇过人的骑士。他看到火耳灰者被擒，竟毫不犹豫地持矟冲突来救，没想到又有一箭射中其马，哈三帖木儿同样成了俘虏。燕军还想用同样的方法擒获平安，但平安早已逃得无影无踪了。这一仗，燕军还抓获了林帖木儿，所擒者都是青一色的胡骑，斩首数千余级，获战马八十余匹。
仗刚打完，诸将便向朱棣叩头祝贺。至此，他们方佩服主帅的料事如神。幸亏朱棣没有听他们的话，否则真可能丧失此破敌的机会，那可要犯大的错误了。朱棣对诸将的恭维十分得意。他毕竟有大将风度，善于收拾人心。他说：“卿等谋非不善，而事或有相乖。无苦自贬抑。但有所欲言则言之。勿惩偶不中而遂默。安危与卿等同之。”是啊，他们生死的命运已经系在一起了。诸将的忠勇是绝对可靠的。既要突出自己，又要让众将感到自己的感情无处不在，这是居人上者不可缺的一项艺术。
火耳灰者被释放后不但没离开，仍在燕营中效力，而且成了朱棣的带刀宿卫。朱棣身边的人都担心火耳灰者的忠诚，认为他虽然是燕军旧部下，又素称骁勇，但在官军中时间久了，其心难测，令其举刀在主帅身边是不适宜的。朱棣听罢哈哈大笑，说：“彼皆壮士，况有旧恩！今复生之，必知所报，毋用怀疑。”于是火耳灰者被命为指挥，哈三帖木儿为百户。诸将都叹服朱棣的坦荡胸怀和推诚任人的大度，心中更暗自确信自己在侍奉一位明主。然而他们根本想不到，在火耳灰者投奔燕邸之初，即已与朱棣以生死相许，这些憨直的蒙古人是不会轻易背其旧主的。他们在阵前接连被擒获，这其中难道没有一点奥秘吗？
第二天，朱棣派遣胡骑指挥薛脱欢领军前往宿州哨探，那里是敌人重兵所在，燕军南下可要闯过这一关。这时燕军已深入到官军牢牢控制的地区，不但远离藩邸，而且四面都是敌军，随时都可能遭到围击。燕军欲胜只速战一策。而敌军此时正驻宿州，广积军粮，做持久打算。朱棣知道与官军硬战是不划算的。他决定仍用釜底抽薪的办法，派兵骚扰粮道，切断其供给。他派都指挥刘江将兵三千往徐州阻截官军粮道。刘江竟然趑趄不前。朱棣大怒，欲将刘江处死，在诸将竭力乞请下才获免。朱棣又派都指挥谭清领兵百余再往徐州。他到徐州遇到运粮官军运粮船便进行袭击，颇取得了一些胜利。既而谭清又循河而南，至淮河五河口。这五河在凤阳府东北，东南有漴河，西北浍河、沱河，东北潼河并于此合流入淮，故称五河口，地之西北有上店巡检司 。位于涣水(浍水)和淮河的交界之处，是官军运粮车船的必经之地。谭清带兵沿水陆烧毁运粮车船不可胜计。谭清回军走到了大店，不料遇到了官军。谭清兵马少，受到官军包围。谭清且战且行。在危急之中，只见前面烟尘滚滚，杀出一标人马。谭清不免大惊，但定睛一看，那人马之中大旗上分明写着一个“燕”字，原来是朱棣亲自带兵赶来接应。随之冲杀的有火耳灰者，出入敌阵，手杀十余人。官军退却，谭清引众突围而出，反过来又与朱棣合兵向官军反击，官军大败，向南退去，宿州失守。
从小河到灵壁
官军向南退却，燕军随后缀之，前后相距十余里。朱棣派遣都督陈文、李远前往淮河哨探，击败了淮河守军，夺了他们的几百匹马还差点夺了他们的浮桥。
四月十四，官军在前，燕军在后，相继来到小河。小河又名睢水，西自河南永成县流入，东至睢口，注入黄河。 朱棣说：“贼势窘迫，必求一战，我据险以待之，使进则搤其吭，退则拊其背，不日之内可擒矣。”他命令都督陈文、内官狗儿去河北要冲之处断水为桥，令步兵辎重先渡过河，骑兵随之，然后派兵把守此桥，以困敌军。
第二天，何福率官军沿河布阵，绵亘十余里，张开左右两翼，缘河向东推进。朱棣常领骑兵应战，官军骑兵不是燕军的对手，败走。何福命步军蜂拥而上，争夺渡桥，又为陈文战败。何福率军上前应援，两军展开游战，斩陈文于阵中，官军趁势冲杀过桥，平安转战至北坂，挺枪向燕王刺来，眼看就要刺中，而平安的坐骑忽然马失前蹄，蹶地不前，燕军番将王骐见燕王危急，冲入阵中，拽起燕王便走。朱棣二子朱高煦率都督张武，内官狗儿率一批勇士突然从林间冲杀出来，与朱棣率领的骑兵合为一股，声势再起，官军不能阻挡，大败。
燕军越杀越勇。前后斩杀官军两万余人，不少人争河而南溺死水中，尸体堵塞，河中一时为之断流。官军将领丁良、朱彬也成了俘虏。这时，官军退回南岸，燕军也不能过河，两军隔河相持。
几天过去了，战事并无进展，只是天气越来越热。这时官军的粮食已使用尽了，士兵只能采野菜充饥。朱棣得知官军的情况，说到：“贼众饥甚，今与之相持，彼居南岸，便其馈饷。更一二日，运粮稍集，贼众得济，难以破之。”朱棣想乘官军粮饷不济之机，一举打败官军。于是他下令留下守桥士卒千余人不动，暗中亲自带大军辎重向东转移，在离官军三里的地方，趁半夜渡河到南岸，绕到官军之后。燕军调动完毕，官军竟然没有发觉，到了第二天早晨才发现。于是官军马上又将队伍调转，与燕军对阵。
二十二日，燕军与官军在齐眉山发生了一场激战。这座齐眉山不是在易川西南百里的齐眉山，当年平安引真定之军援救房昭，曾经败绩于易县齐眉山。这座齐眉山在安徽凤阳府灵壁县西南三十里。山八字开，如同两道眉毛并列，因此称为齐眉山。两军激战，自午时(11点—1点)至酉时(5点—7点)，互有伤亡，不分胜负 ，此时大雾弥漫，战阵中难辨敌我，于是双方各自收军还营。
第二天一早，官军趁大雾撤离营地。大雾虽然可以隐蔽军事行动，但也给行军带来不便。官军竟然在大雾中迷失方向，在山麓绕了很久而没能离开原地。到中午，雾气散尽，官军发现仍在原地，不禁大惊，而此时燕军已经追来，官军被迫拒守，挖壕堑以御燕军。官军所到之处，都要挖壕筑垒，有时，士兵通宵修筑好的壕垒即将完成，第二天一早又放弃撤离，为此士兵疲惫不堪，使战斗力大受影响。与此相对的是燕军行军。不挖堑壕，不筑营垒，只是分布队伍，列戟为门，因此将士可以得到充分休息。
但是，燕师长驱南下，深入朝廷统治的中心地区，所遇的阻力越来越大。官军在粮饷供给和后继援军方面都占有优势。另外，当时天气已经日渐炎热，主要是湿气薰蒸，使来自北方的士兵大为不适，他们体力困乏，甚至染上疾病。多日的相持使燕军产生厌战情绪。一些将领纷纷向燕王请求择地休息士马。二十三日这一天，诸将相继来到燕王帐下，又向燕主提起此事。他们说：“今我军深入，与敌相持。盛夏行师，兵法所忌。况淮土燕湿，暴雨连作。我军畏热，倘生疾疫，则非我之利。”他们七嘴八舌提出解决办法，有人说：“小河东平野多牛羊，且二麦将熟，粮食充足。若渡河西择地驻营，休息士马，观畔而动，万全之道也。”
面对众将的请求，朱棣不免心焦。他已经几天没有解甲了。他没想到诸将会如此畏难，他颇有愠怒，说道：“兵事有进无退！”接着，他又耐下心来对诸将解释说：“卿等所见，拘于常算，非知通变者也。夫两敌相持，贵进忌退，今贼众屡败，心胆俱丧。粮道匮乏，土有菜色，日夜待■，众志荡离，亡在旦夕。”长自己的志气，灭敌人的威风，是一个统帅必备的素质，朱棣也很善于此道。他又说：“我所以引其南来者，贼军多南士，久劳于外，孰不思家，若大败之后，各归故里，岂复能合？”朱棣很巧妙，他把本来是南军的优势反说成是弱点，若说思乡，燕兵远离故土，不是更要思归吗？朱棣可称得上是个诡辩家。接着他又说不能渡河的理由。他说：“一渡小河，懈我士心，且贼粮饷已达淮河，相去不远。如敌得到粮饷接济，军势复振，我军便难以与之久战了。今应乘彼饥疲，截断其粮道，可以坐困，不战而屈之。”最后，他又强调说：“我军深入，利已在我，不可少缓，容贼为计。”孤军深入为兵法大忌，朱棣硬说形势有利，诸将当然不满意，所以仍然七嘴八舌地提出反对。这时，只有朱能站出来，支持朱棣的意见。他说：“用兵未必常胜，岂可因小挫系自阻？项羽百战百胜，竟亡；汉高履败而终兴。自殿下举兵以来，克捷多矣，此小挫何足置意，但当以宗社为重，整兵前进耳。” 朱能说罢，朱棣大为赞赏，抚掌叹道：“尔言深合吾心。”
诸将听燕王与朱能都这样说，虽然不同意但也都不做声了。朱棣知诸将仍旧不服，但此时他已不能强行命令，他想试探一下有多少人愿意跟着他走，他估计多数人可能会支持他。于是他说：“有欲渡河者从左，不欲者右。”此话一出，多数纷纷站到了左边，只有少数几个人站到了右边，而王忠立于中间，不做可否。朱棣见众将的表现大出所料，不禁怒道：“欲渡河者，任其所之！”诸将见朱棣发怒，也都不敢再说了。这是一次决心与意志的较量。最后，燕王还是以其坚忍不拔，取得了决策的主导权。
战争胜负，往往在瞬息之间，而粮饷则是军队的命脉。朱棣决定派兵截断官军粮道，并以此分散官军兵力，他派遣朱荣、刘江等将领轻骑出击。他嘱咐说：“若贼众，尔等且战且行，以挠其力，慎勿与鏖战。引之渐近，可驰来报。”
当时官军何福欲移军就粮，朱棣亲自率大军紧随其后，白天命游骑扰乱官军的樵采，夜间派勇士偷袭官军营地，使官军不得休息。官军被迫分兵护粮。而朱棣为此又是几天不解甲了。
四月二十五日，何福带军移至灵壁，与平安合兵。并筑深堑高垒，想以持久战拖垮燕军。但朝中馈饷受阻。当时朝廷馈运粮五万石，平安率马步军六万人押饷。二十七日，朱棣率精锐万余人前来截断饷道，并派朱高煦带数万人伏于林间，以待官军战疲，突出击之。结果官军在燕军冲杀下被一截为二，行伍大乱。这时，何福动用在灵壁的全部兵马前来援救，斩杀燕军数千，燕军的攻势才稍被打退。而此时朱高煦在林中的伏兵又起，朱棣又带兵反击，形成对官军的夹击之势。官军渐渐不支，何福遂败走，退入营中，堵塞垒门，坚守不出。
因为军粮不济，何福军不能长久支持，这天晚上，何福与军士谋划突围。他下令要求军士到第二天一亮，听到三声炮响便开始突围，向淮河一带就粮。第二天一早，朱棣不给何福喘息之机，率大军向官军营垒发起进攻。朱高煦带众将士率先登上营壁，众人蚁附而上。这时燕军发出三声炮响，营中官军以为是自己突围的信号，纷纷向营门拥去，两军相遇，官军猝不及防，大乱。营门拥挤无法冲出，许多人从营壁上向外跳下，掉在堑壕，被燕军杀死。指挥使宋瑄力战而死，何福单骑逃去，平安遂败。左副总兵都督陈晖前来援救，也败。于是陈晖、平安以及右参将都督马溥、都督徐真、都指挥孙成等三十七人都成了燕军的俘虏。同时被俘的官员还有内官四人和监军副都御史陈性善、大理寺丞彭与明、钦天监副刘伯完、指挥王贵 等一百五十余人。燕军缴获马匹两万余。燕军攻破营垒，朱棣一再传令不许妄杀，军官因此投降的达十万人。这是官军空前的一次惨败。
平安久驻真定，屡次打败燕军，曾斩杀燕军骁将数人。燕将都对他惧怕三分，无人敢直接与他交锋。现在平安被俘，燕军欢声动地，说：“平安，平安，吾属自此获安矣！”燕军官兵无不想将平安处死，但朱棣深知平安的指挥才能，不忍将其处死。朱棣派都指挥费■等将陈晖、平安等人送往北平。平安感朱棣不杀之恩，终于投降了燕军。对于在军中被俘的文官，朱棣将他们一律放还。但陈性善自感监军兵败，有辱诏命，无颜再见皇上，便郑重地穿好朝服骑马跃入河中自杀了。其友黄墀、陈子方也同他一起投河自杀而死。彭与明撕裂冠裳，改换姓名与刘伯完等都不知去向。王贵因监护军饷而被俘，被朱棣释放后，走还凤阳，跟随知府徐安参与防守任务，仍与燕军作战。
直趋长江
在朱棣带兵南下，北方空虚之时，建文帝接纳了齐泰、黄子澄的建议，调都督杨文率领辽东兵十万前往济南，与铁铉合兵，以断绝燕军的后路。但这支军队行至直沽，便遇到了燕将宋贵等人的拦击而失败，竟无一人到达济南。这时已是五月初一日。
在南方，朱棣的军队继续向南挺进，五月初七到达泗州。泗州在凤阳府地界内，在府正东偏北二百一十里。南滨淮河，有汴水自城北向南流入 。凤阳府是朱元璋的老家。朱棣一进泗州境，便百感交集。他从就藩离开南京，就一直没有再到凤阳来，他又想起了当年与众兄弟一道回老家祭祖坟的情景，父亲太祖高皇帝希望他们个个成材，以支持大明江山，没想到高皇帝一闭眼大家便兵戈相向，但此时燕军大兵压境，泗州竟是一片和平景象，毫无战争的准备。难道他们对不久前近在咫尺的灵壁发生的战斗一无所知吗？
大军开到泗州城下，只见城门洞开，守城将领指挥周景初等早已率众等候在城外，原来他们是要献城而降的。周景初先命人通报了姓名，然后向朱棣施礼。朱棣说：“未攻城而先降，何也？”周景初说：“此处寺中有一僧伽神最为灵验，水旱疫疫必祷于神，有疑必卜问，吉凶悉响应。殿下兵未至，臣等斋诘祷于神，问：‘降与守孰吉？’是夜梦僧伽神告曰：‘兵临城，速降则吉，不降则凶。’是以即降。”朱棣说：“人心之灵，妙于万物，尔先觉，故神亦告。”朱棣大喜，下令为周景初等人升爵。周景初不战而降，并说托神的旨意，也许是一段附会的故事。有人怀疑周景初早已暗中通结燕军，上面一段话，不过是为了掩人耳目。看其投降后马上被升爵，便可知这种推断大致不错。
