在泗州使朱棣浮想联翩的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州■城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一抔黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。到洪武四年，又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。洪武十九年，朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服 ，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗！
朱棣带领部下拜谒祖陵，不禁涕泣沾襟。他说道：“横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇祜，以清奸憝。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。
这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也络绎来到军门。这时朱棣的王号早被废除，论身份，不过是庶人，但他毕竟是龙种而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手还不一定呢。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣很高兴地接见了各位乡亲父老，赐给他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。
淮河是进入京师(今南京)的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震动。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。
当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳，二是走淮安，三是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。
但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。孙岳为防备燕军，早就大修战守器械，甚至将朱元璋所修的寺庙拆毁，用其木材制造战舰，并加紧操练，使楼橹戈甲都合阵法 。知府徐安亦带人拆毁浮桥，断绝舟揖以遏止燕兵 。再看淮安方面，当时镇守淮安的是附马都尉梅殷，梅殷是朱元璋之女宁国公主的丈夫，于皇族是至亲，与朱棣称兄弟。梅殷以总兵官身份镇守淮安。梅殷悉心防御，号令严明。朱棣攻破何福后，便想从淮安南下。他派人送信给附马都尉梅殷，说是要到南京进香，请求梅殷借路。梅殷自然知道朱棣不过是找个借口，义正辞严地说：“进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣得知梅殷此言，大怒，又一次写信给梅殷，说：“今兴兵除君侧之恶，天命有归，非人所能阻。”但梅殷绝不示弱，他命人将使者的耳鼻割掉，并对他说：“留汝口为殿下言君臣大义。”这是朱棣的一根最不能触动的神经。兴兵发难，本是乱臣贼子，有何君臣大义，燕王为之气沮 。
这样，燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说：“凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州，遂举苏松及江浙，西下太平，抚定池州、安庆”。到那时，“江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘一幅顺利夺取南京的美妙图画。但实际上，选取从中路突破的方案也是客观形势决定的。
方案既定，朱棣便摆出一副要渡河的架式。他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时摸不清头脑，一时营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。
五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城投降的一个。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。王礼的弟弟王宗为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。可以看出，当时朱棣的势力早已暗中伸延到南方，王礼等的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州卫指挥佥事李政、扬州卫舍人柳琮、扬州卫副千户王仪等都是拱手而降的。
五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。燕军不费一刀一兵，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通、泰相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。
燕军控制了江北郡县，朝中君臣忧心如焚。二十日，建文帝下罪已诏，并派御史大夫练子宁、右侍中黄观、翰林修撰王叔英、刑部侍郎金有声、国子祭酒张显宗等四出征兵，号召天下勤王，同时将被放逐的齐泰、黄子澄召还共同策划防守大计。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、松江同知周继瑜、乐平知县张彦方、前永清典史周缙等先后起兵入卫。建文帝命姚善兼督苏州、松江、常州、镇江、嘉兴五府之兵。建文帝向四方发下的诏书写道：
奉天承运皇帝诏曰：朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神祗，燕人不道，擅动干戈，虐害百姓，屡兴大兵致讨，近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司布政司按察使及诸卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士，壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼，朕不德而致寇，固不足言，然我臣子岂肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀。
当时燕军往来于江上，沿江南北郡县纷纷秘密投降了朱棣。京师内外臣民读了建文帝的语书，惟有恸哭而已。
这时方孝孺向建文帝献策说：“事急矣，宜以计缓之，可遣人许以割地，稽延数日，东南募兵当至，北兵不习舟楫，我借长江天堑，与之决战于江上，胜负未可知也？”建文帝乃请得皇太后之命，派遣庆城郡主前往燕军议和。
庆城郡主是朱元璋从兄蒙城王朱重的四女，辈分上应是朱棣的从姐。亲叔侄之间的纠纷现在要由这位堂姐来调解了。作为女人本不得参预国事，但此次燕兵南下，实是宗亲之内自相残杀，既是国事，又是家事。战场上不得解决的问题，能否用骨肉亲情感化呢？五月二十五日，她渡过浩浩江水，登上北岸，又经过层层防守来到这纯粹是男人的世界。自从朱棣于洪武十三年就藩北平后，他们就没见过面。她想不到会在此时在战场上相见。朱棣离座迎接老姐姐的到来，他们都已显得老了，特别是朱棣，几年中风餐露宿，有时几天身不解甲，看得出脸上的劳碌风霜，但比过去显得更雄健英武了。朱棣见了郡主不禁流泪痛哭，说道：“我父陵土未干，我兄弟频见残灭，害人之忍心，有如此乎？且一入谗臣之言，即如胶漆不可解，至亲之言，纵倾吐肝心，如水洒石。今我之来，岂得已哉！”说罢又哭。郡主听此言也泪下沾襟，朱棣先声夺人，这位长于深宫的郡主当然不是对手，竟说不出话来。朱棣问道：“周、齐二王安在？”郡主说：“周王召还，未复爵，齐王仍被拘之。”朱棣听罢更悲不自胜。郡主想起了来此的使命，请朱棣允许割地讲和。朱棣老谋深算，哪里听得进去这话呢？他心里早知“此奸臣欲缓我以俟外兵耳”。朱棣振振有辞地说：“吾受皇考封土且不能保，割地何用，且吾来，欲得奸臣耳，在清朝廷、奠安宗社，不在土地，吾分地自有皇考所命者，富贵足矣，不愿赢余。但得奸臣之后，竭孝陵，朝天子，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此奸臣欲姑缓我，以俟远方之兵耳。我岂为所欺哉！”面对朱棣滔滔不绝的申辩，郡主无以作答，沉默良久，只得辞还。朱棣送郡主走出营门，又对郡主说：“为我谢皇上，我与皇上互亲相爱，无他意也。幸不终为奸臣所惑耳！为我语诸弟妹，吾几不免矣，赖宗庙之灵垂佑，相见有日也。”朱棣的话中，不难感到一种得意的神采：第一，我不吃你们那一套，第二，我就要进京了！
朝中上下，期盼郡主此行可稍缓燕军，及郡主还京，说朱棣无意停止南下，无不大惊。建文帝再以此事问方孝孺。方孝孺说：“长江可当十万兵，江北船只遣人尽烧之矣，北兵岂能飞渡？况天气蒸热，易以染疾，不十日，彼自退。若遽渡江，祗送死耳。何足以当吾师！”
按方孝孺的判断，北兵不至于立即可以渡江，这样，四方援兵便可赶到。但他没有想到的一个因素是沿江卫所有不少将士早已暗中投降了朱棣。
燕军面对长江天险，确实是遇到了困难，北岸的船只多已被焚毁，用什么渡江，这要靠众将士齐心协力了。于是有人出主意，挑选了一些老家在南方善于泅水的士兵，用猪皮囊充气环系在腰间，泅水偷渡进入南岸，对南方的船只能夺的夺，不能夺的予以焚毁。几天中，燕军夺了不少船，也毁掉了官军的许多船。
燕军中有一个士兵叫作钮阿卜，本是燕山卫的一名士卒。但他的老家在江苏。长期离乡在寒冷的地方当兵，早就厌倦了。燕兵进到江北，又勾动了他的思乡之情，他决定一走了之。于是悄悄离开军营，凭着年轻时练就的好水性浮水过江，逃回老家。没有想到，阿卜在靠近南岸时却遇上了官军的运粮船。官军健卒都抽调到作战部队中去了，运粮的都是老弱士兵，他们对突然出现在眼前的燕军士兵惊骇不已。这真是麻杆打狼两头害怕，阿卜在官军运粮船前也担心被捉。于是他故作声势，壮起胆来向运粮官军大声恫喝说：“燕兵即将大举过江，你等要想不死，就赶快随我投降，否则将会被杀得一个不剩！”阿卜本想将运粮■吓走，自己好逃脱；没想到这些运粮老弱军士竟真的跟着他投奔了燕军。阿卜逃跑回家没成却立了功，后来得了奖赏并被提拔。
六月初一，朱棣命都指挥吴庸集合高邮、通州、泰州的船于瓜州，命内官狗儿、领都指挥华聚为前哨，进至浦子口 。浦子口与京城隔江相对，是离亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一试探，看能否在这里渡江。官军在这里设防严密，燕兵遭到激烈的抵抗。大将盛庸在浦子口迎战燕军，将其打得大败。一仗下来，燕王感到虽然京师近在咫尺，可是并不容易攻克，况且长江天险在前，渡江也是个大问题。难道就此罢手，议和北还吗？朱棣绝不甘心于功败垂成。方在迟回之间，朱高煦带领蒙古骑兵赶来。朱棣心头的一缕浮云一扫而光，立刻振起了精神。他一手仗剑，一手抚着朱高煦的背说：“勉之！世子多疾。”的确，每到征战的关键时刻，都赖朱高煦的缓急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。远在北平担任留守的世子朱高炽，怎能与这个跟随左右驰骋疆场的儿子相比呢？朱高煦也自恃勇武，又多有战功，希望能得到更多的宠幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是说他将来有可能代替世子吗？可惜朱棣英鸷洞彻，目前，这场与侄儿之间的拼杀尚未了局，又种下将来诸子兄弟之间拼杀的祸根。朱高煦听了父亲的话，大受鼓舞，带众与官军拼死战斗，很快扭转了战局。盛庸兵退屯高资港。
高资港在长江南岸，与江北瓜洲渡相对。朱棣大兵集中在瓜洲。此前派狗儿等到浦子口不过是去探一下虚实，盛庸判断燕兵可能会在瓜洲渡江，因此在高资港严阵待敌。朝廷感到大战在即，恐盛庸独立难支，便派遣都督佥事陈瑄率领舟师前往援助，但陈瑄却降了燕军。这时官军担任监军的是兵部侍郎陈植。陈植亲临江上，慷慨誓师，决心遏燕军于长江以北。但官军中有个都督名叫金甲，却倡言燕兵不可抗，不如缴械迎降。金甲遭到陈植的严厉斥责，被指为不知逆顺，不懂君臣大义。他恼羞成怒，竟将陈植杀死，投降了燕军 。临阵之际官军将领的纷纷叛变使官军力量大遭破坏，盛庸已成孤军。
而此时朝廷中暗中与朱棣勾结的大臣也不断派人前来向朱棣献渡江及入京城之策，江南的防守已从内部垮了下来。朱棣决定抓住战机，强渡长江，向帝座发起最后的冲击。
六月初二，朱棣带领部属来到江边，面临江南已经设好香案牺牲。旌旗肃穆，幡带当风，将士们列队而立。在渡江之前朱棣要亲祭大江之神。几年的征战，能否成功就在渡江一举了。他希望江神能够保他们顺利渡江。朱棣带头向江神恭敬地礼拜，众将也随之行礼。礼毕之后朱棣从侍者手中接过祝文，高声朗读道：“予为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓欲清君侧之恶，以安宗社，予有厌于神者，使不得渡此江。神鉴孔迩，昭格予言。”读毕再次施礼。
第二天，六月初三，朱棣又集合部众举行誓师。誓词说：
群奸构乱，祸乱邦家，扇毒逞凶，肆兵无已。予用兵御难，以安宗社，尔有众克协一心，奋忠鼓勇，摧坚陷阵，斩将搴旗，身当矢石，万死一生，于今数年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸恶，惟虑尔众，罔畏厥终，偾厥成功耳。
夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，顺承天体，惟在安辑，渡江入京，秋毫无犯，违予言者，以军法从事。
呜呼，惟命无常，克敬惟常，尔惟懋敬，乃永无咎。
朱棣对大家说：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑！”
这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多、以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众，表面上，官军从高资港上下、沿江二百里都设有防军，但不幸的是，将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。
朱棣率师渡江，舳舻相街，旌旗蔽空，戈矛曜日，金鼓之声震天动地。这一天天晴气朗，微风飘扬，长江不波。千万艘战船横穿江面，如履平地。燕军一路南下节节获胜，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但是士兵却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只黑鸦鸦一片从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟着也冲了上来。盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的勇猛，迅速崩溃。官军士兵纷纷抛掉武器向山上散去，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的纷纷解甲投降。为了南京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都投降了燕军。
拒绝割地讲和
燕军几乎是在没有遇到什么抵抗的情况下顺利地渡过了长江。高资港西距京师一百余里。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，两地紧邻。朱棣说：“镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。”
朱棣命投降官军的海船上都悬挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜都改变了颜色，知道他们都已投降了，在惊愕之余，都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，此时见时机已到，便率众投降了燕军。
在京师周围，镇江处于要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。黄■说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撤垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。” 他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降证实了他的判断。
六月初八，燕军进驻龙潭。在这里已可以遥望钟山了。朱棣一望钟山，不禁怆然泣下。诸将对朱棣流泪不解，问道：“今祸难垂定，何以悲为？”朱棣说：“往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在？瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣是越说越伤心，弄得诸将也跟着掉了不少眼泪。
燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加紧张。靖江卫王府长史萧用道、衡王王府纪善 上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣 竟盛气诟骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横极为不满，起而说道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧，停止了诟骂。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，莫衷一是。前线的恶噩一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。照例文官要从东华门进宫入朝，他老远地在东华门外就下了马。他缓步走进东华门，进入文华殿。天气已经很热了，他本来身体就欠佳，此时又将朝服冠带裹得严严的，身上早就是大汗淋漓了。他想在文华殿略作喘息，落落身上的汗，等待皇帝接见，但刚一落座喘息未定，内臣便宣皇帝召见。他缓步走上奉天殿的台阶，一下就感到了宫中紧张的气氛。皇帝并没像以往一样端坐在御座上，而是在殿中走来走去。皇帝开始似乎并未注意他的到来，他看到本来就文弱的建文帝，此时更增加了几分疲惫和憔悴。在国家危机存亡之秋，正是需要为天子分忧的时候。方孝孺此时的心也如同火焚，他恨不得拼一腔热血拒敌于疆场，但他感到屯聚于城外的贼兵就如同这身被汗水湿透了的朝服一样，裹在身上解不掉，甩不开。建文帝觉察到他的到来，突然停下脚步，转过身来，也顾不得君臣礼仪，近头就问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上就想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆、茹尚书(茹瑺)、王都督(王佐)往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、茹瑺、王佐来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹瑺、都督王佐更不在话下了。燕王的封号早已在建文元年被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风煞气，一般人见了，都恨不能敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道：“勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，竟说不出话来，他再三叩头之后才说了要求割地请和的话。这下又惹出朱棣一大套话来。朱棣说：“公等今为说客耶？始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为！且今割地何名？皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。
李景隆空手而回，建文帝再问计：“不欲割地，计将安出？”李景隆说：“彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说：“有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。
李景隆与谷王朱穗、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟，二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱棣与朱穗等互道劳苦问候，朱棣说：“吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉！奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿■耳。”朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说：“诸弟试谓斯言当乎否乎？诚乎伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”谷王朱穗等现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道：“大兄所洞见是矣。诸弟何言？诸弟之来，岂得已哉！”朱棣再次表白说：“吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。
六月十二，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵竟无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。 即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等分道出御。
这时谷王朱橞、曹国公李景隆等把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。但守城诸将并不齐心，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀二志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不定的神态看出他要图谋不轨，打算做燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死 。可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。
六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱橞和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢冒然攻城。他还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因 ，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，他命人用箭向城中射入一封给弟妹的书信，想瓦解京师的防守，“不战而屈人之兵”。信中写道：
兄致书众兄弟亲王，众妹妹公主，相别数载，天伦之情，梦寐不忘。五月二十五日，有老姐姐公主到，说众兄弟妹妹每请老姐姐公主来相劝我，说这三四年动军马运粮的百姓、厮杀的军死的多了，事都是一家的事，军马不要过江回去，天下大平了却不好说。我与你众兄弟亲王众妹妹公主知道：我之兴兵别无他事，为报父皇之仇，诛讨奸恶，扶持宗社，以安天下军民，使父皇基业传子孙以永万世，我岂有他心哉，我自己卯年兴兵，今已四年，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未诛灭。我想周王无罪，被奸臣诬枉，破其家，灭其国；随即罪代王，拘囚大同，出其宫人，悉配于军；至于湘王无罪，逼令阖宫焚死；齐王无罪，降为庶人，囚系在京；及乎岷王，奸臣以金帛赏其左右，使其诬告岷王，流于漳州烟瘴地面；至于二十五弟，死则焚其躯，拾其骨沉于江。此等奸恶小人，皆我父皇杀不尽之余党，害我父皇子孙，图我父皇天下，报其私仇，快其心志，父皇能有几多子孙，受彼之害，能消几日而尽，兴言至此，痛心如裂。累年以来，奸臣矫诏，大发天下军马来北平杀我，我为保性命，不得已，亲帅将兵与贼兵交战，仰荷天地祖宗神明有灵，怜我忠孝之心，冥加祜护，诸将士效力，故能累战而累胜，今大兵渡江，众兄弟妹妹却来劝我回北平，况孝陵尚未曾祭祀，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未能获，以尔弟妹之心度之，孝子之心果安在哉？如朝廷知我忠孝之心，能行成王故事，我当如周公辅佐，以安天下苍生。如其不然，尔众兄弟亲王众妹妹公主及多亲戚，当速挈眷属移居守孝陵，城破之日，庶免惊恐。惟众兄弟亲王众妹妹公主审之详之。
周公辅成王是历史上的一段佳话。周公是周武王之弟，名旦，亦称叔旦。他曾帮助武王灭商，武王死后，其子成王即位，但年幼，便由周公摄政并带兵平定反叛。待成王成年，周公还政于成王，退居下位。朱棣以周公自居，是想表示自己不会伤害建文帝，让众弟妹吃个定心丸。当然，朱棣仍担心会遇到官军的激烈抵抗，担心京师城池完缮，勤王兵四集，便派遣先锋刘保、华聚等领骑兵千余，到朝阳门，探望虚实，得知城上无备，便下令整军前进。
金川门迎降
城中也在密切注意城外燕军的动静，当徐增寿得知燕军已进至金川门时，便欲举兵响应，但被人发现。建文帝大怒，下令将徐增寿带到宫中右顺门庑下，大声诘责，并亲手将其腰斩，尸体被抛出横于路旁 。
但一切都已来不及了。金川门上的谷王朱橞、曹国公李景隆，望见朱棣的麾盖，下令开门迎降。户科给中事龚泰此时也在城上督兵防守，拒不从命，从城上投下自杀而死 。门卒龚翊知大势已不可挽回，恸哭而去。兴高采烈的燕军欢呼鼓噪：一涌而入金川门。金川门内本用枪支顶住，垛满的枪支密无缝隙。门锁虽开而枪支未移，先冲进来的燕兵被后面的大队挤上前去，被枪扎死的不少 ；燕兵如潮水一般冲入京城，各处的官军都逃得差不多了。只有徐辉祖等还带兵与燕军展开了巷战。但很快就失败了。一些朝臣见大势已去，纷纷弃官逃跑，一夕缒城而去四十余人。 四年的战事已进入尾声，南京城里一片混乱。
朱棣除派兵占领皇宫和各要害之处，又分别派了一千余骑兵前往护卫周王、齐王。周王与燕王同母所生，与燕王最为亲近，因此他最担心在城破时他们遭害。周王见大兵来到，不知道是燕兵，以为死期临近，仓卒恐怖，等知道是燕军来护卫营救，顿时大喜，说：“我不死矣。”周王随燕兵来见朱棣。朱棣听说周王来到，迎出营外，二人相见大哭。周王说：“奸恶屠戮我兄弟，赖大兄救我，今日相见，真再生也。”说罢二人并辔来到金川门，下马，握手登上城楼。
懿文太子妃常氏在军中与朱棣说了一席话之后，便没人再理她了。燕军拔营攻城，她也悻悻返回了京城。但这时京师已是一派惨状，大街小巷满是燕军士兵，激战过的地方横尸流血，没打过仗的地方也是一片狼藉。更令她惊骇的是在她走近皇城时，就发现宫中火光冲天，浓烟滚滚，可叹往日一派繁盛而又肃穆的红墙黄瓦的宫殿已是一片火海 。
朱棣与周王在城楼上遥望宫中冲天大火，忙下令前往救人。宫中早已乱成一团。燕兵冲进金川门的消息一传来，太监宫女就躲的躲，逃的逃了。燕兵冲进宫来，高墙深院中竟看不见个人影。只见三个男孩子坐在宫门哭泣。虽然这三个孩子穿得很普通，衣服的颜色也不显眼，但却看得出不是民家子弟。而且宫中岂是一般人可随便来的？监督搜宫的命将这几个孩子带走 。
宫中的火烧得很奇怪，有人说是建文帝命人点的火，建文帝及皇后妃嫔都投入火中自焚了。但为什么翻遍了瓦砾却找不到建文帝的尸体呢？军士们确实从灰烬中曳出一具尸体，已是体无完肤，面目全无了。有人说这就是建文帝的尸体，有人则说这是马后的尸体。谁也无法确认，只有不了了之。但是如果这尸体不是建文帝的尸体，那建文帝又到哪里去了呢？他可还是当今的天子啊！
搜宫的燕兵来向朱棣报告，说不见皇帝的踪影，只从灰烬中找出了一具不知是谁的尸体。朱棣叹说：“小子无知，果然若是痴■耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不亮而遽至此乎？”其实谁也没肯定那尸体就是建文帝之尸。但如果建文帝不死，朱棣又何以自处呢。自己竟如此与皇帝的宝座无缘吗？真的“周公辅成王”吗？
朱棣遣周王归第，分命诸将守京城及皇城，而自己则驻营龙江。他下令安抚臣民，严肃军纪。有士卒在市场上拿了鞋不给钱，立即被处斩。 关于建文帝，朱棣虽口说建文帝已死，但心中却放不下这段心事。他下令继续搜宫，并命搜捕奸臣齐泰、黄子澄，并开列“奸臣榜”。这一天公布的“燕王令旨”说：
洪武三十五年六月十三日，大明燕王令旨：谕在京军民人等知道。予昔者困守藩封，以左班奸臣窃弄威福，骨肉被其残害，起兵诛之，盖以扶持祖宗社稷，保安亲藩也。于六月十三日抚定京城，奸臣之有罪者予不敢赦，无罪者予不敢杀，惟顺乎天而已。或有无知小人乘时图报私仇，擅自绑缚劫掠财物，祸及无辜，非予本意。今后凡首恶有名者听人擒拿。余无名者不许擅自绑缚，惟恐有伤治道，谕尔众咸使闻知。
榜中开列的奸臣共二十九人，他们是；太常卿黄子澄，兵部尚书齐泰，礼部尚书陈迪，文学博士方孝孺，御史大夫练子宁，右侍中黄观，大理少卿胡闰，寺丞邹瑾，户部尚书王钝，户部侍郎郭任、卢迥，刑部尚书侯泰、暴昭，工部尚书郑赐，工部侍郎黄福，吏部尚书张■，吏部侍郎毛泰亨，给事中陈继之，御史董镛、曾凤韶、王度、高翔、魏冕、谢■，前御史尹昌隆，宋人府经历宋徵、卓敬，修撰王叔英，户部主事巨敬。朱棣设置了赏格：凡文武官员军民人等，绑缚奸臣，为首者升官三级，为从者升二级；绑缚官吏，为首者升二级，为从者升一级。奸臣榜贴出去之后，很多投机者纷纷以告密或擒获“奸臣”得官，一些人乘机报私仇、劫掠财物，虽禁而不止。
朱棣所驻之龙江北临长江，在京师外廓之内，内城之外。战斗已经停止，小皇帝或死或逃下落不明，但看来大局是定了。于是赶到龙江朱棣营门表示投降的越来越多。最先向朱棣叩头劝进的是兵部尚书茹瑺。茹瑺早就与太常卿黄子澄不协。在建文朝，刑部尚书暴昭与黄子澄相一致，极力排挤茹瑺，指其赃罪，致使茹瑺被罢黜为河南布政使。后来黄子澄罢官，茹瑺才又被召回任兵部尚书。 黄子澄既被朱棣列为奸党，自为茹瑺提供了一个进身机会。接着来投降的文臣有吏部右侍郎蹇义、户部右侍郎夏原吉，兵部侍中刘■、右侍郎古朴、刑部侍郎刘季■，大理少卿薛嵓，翰林学士董伦，侍讲王景，修撰胡广，编修吴溥、杨荣、杨溥，侍书黄淮、芮善，侍诏解缙，给事中金幼孜、胡■，兵部侍中方宾，文选郎中陈洽，刑部员外郎宋礼，国子助教王达、邹缉，吴府审理副杨士奇，桐城知县胡俨等。被列入奸臣榜的郑赐、王钝、黄福、尹昌隆也前来归附，自称被奸臣所累，请求宥罪。茹瑺、李景隆又为张■、毛泰亨请求宽免，都先后授官或仍任旧职。对那些仍然抗拒不降的，朱棣又开列了第二批名单指为奸臣，他们是；徐辉祖、葛成、周是修、铁铉、姚善、甘霖、郑公智、叶仲惠、王琏、黄希范、陈彦回、刘璟、程通、戴德彝、王艮、卢原质、茅大芳、胡子昭、韩永、叶希贤、林嘉猷、蔡运、卢振、牛景先、周■等，共五十余人。
迎附的官员已经迫不及待了。他们希望朱棣早即帝位，自己便成了开国元勋。十四日，诸王及文武官员们纷纷上书请求朱棣即位。本来，朱棣自起兵之日起，便已盯住了皇帝的宝座，但此时却要由群臣劝进。而朱棣又要故作谦让，说道：“予始逼于难，不得已以兵救祸，誓除奸以安宗社，为伊周之勋。不意孺子无知，自底亡灭。今奉承洪基，当择有才德者，顾予菲薄，岂堪负荷。”中国的氏族民主制已经湮灭数千年了，但在儒家经典中还是被奉为美政，称颂无加。而后世帝王为争夺帝位杀人盈野，谁也不愿实行那种民主的禅让制度，但他们却又都要用开明的贤君标榜自己。当年赵匡胤陈桥兵变，不也是“被迫”黄袍加身做了皇帝吗？朱棣的这番话何其动听，但大臣们都知道这是假的，这不过是一场把戏的开幕式。自然，接着是群臣的进一步劝进。诸王及文武群臣苦苦叩头，一定要请他做皇帝：“天生圣人，为社稷生民主，今天下太祖之天下，生民者太祖之生民，天位岂可一日而虚，生民岂可一日无主？况国有长君，社稷之福，殿下为太祖嫡嗣，德冠群伦，功施宇内，威被四海，宜居天位，使太祖万世之洪基，永有所托，天下生民，永有所赖。不宜固让，以孤天人之心？”这一番劝进辞哪里是说给朱棣，分明是给天下人听，是向天下人宣讲朱棣即位的合法性。劝进集中在几点：一，生民需要有圣人做主，朱棣就是圣人；二，朱棣是太祖嫡嗣，理当继统；三，“国有长君，社稷之福”，只有朱棣当国君最为合适。在现存朱元璋子孙中年最长莫过于朱棣了，但若要按建文帝的系统算，还有其子文奎，其弟允熥、允■、允■，这些小孩子执政对国是不利的，必须把他们排除，才轮得上朱棣。这次劝进只能算初劝，朱棣故作不允。
到了十五日，诸将又向朱棣上劝进表，表中说：“臣闻锄奸去恶，式扬神圣之谟，附翼攀鳞，早际风云之会，功光前烈，德冠中兴。恭惟殿下文明英武，宽裕仁孝，为太祖之嫡嗣，实国家之长君，天生不世之资，民仰太平之主。曩奸恶逞毒肆凶，祸既覃于宗藩，机欲倾于社稷，集天下之兵以相围逼，使国中之民不能聊生。乃赫怒而提一旅之师，遂呼吸而定九州之地，战必胜，攻必取，实由天命之有归、绥斯来，动斯和，爰见人心之所在。今内难已平之日，正万方欣戴之时，宜登宸极之尊，以慰臣民之望。臣等忝随行阵，仰仗威灵，素无远大之谋，窃效分毫之力，虽不敢冀云台之图象，实欲慕竹帛之垂名，谨奉表以闻。”这是二劝，朱棣仍然不允，因为他知道还会有三劝。这二劝是随征武将提出的，其中内容与一劝大体一样，不过其中透露了“你当皇帝，我们也可以跟着沾光”的意思。
十六日，诸王与文武群臣相继又向朱棣劝进。诸王上表说：“天眷圣明，宏开景运，群奸既去，宗社永安。恭维大兄殿下，龙凤之资，天日之表，祯祥昭应于图书，尧舜之德，汤武之仁，勋业夙彰于海宇。迩者险邪■祸，毒害宗亲，谋动干戈，几危社稷。乃遵承于祖训，聿奉行于天诛。一怒而安斯民，备文王礼义之勇，不四载而复帝业，超世祖中兴之功，武以剪戢；克全皇考之天下，文以经纬，聿明洪武之典章，实天命之所归，岂人力之能强，愿俯循于众志，庶永绍于洪基。惟我诸弟谊重天伦，情深手足，荷蒙拯溺，得遂生全，祗迓龙舆，蚤正天位，庶皇考之天下永有所讬，四海之赤子永有所归，幸鉴微忱，毋频谦让。无任激切之至，谨奉表以闻。”朱棣是如此谦让，诸王是如此急切！
在中国君主政治中，最虚假的莫过于这个“三推让”之礼了。上下人人心里明白是在演戏，但戏还要演得像。朱棣仍然“不允所请”。这天，群臣又来劝进，朱棣说了如下一番话：“昔天运衰微，四海鼎沸，强弱相噬，百姓无主，天命我皇考平定天下，以安生民，勤苦艰难，创造洪基，封建子孙，维持万世。岂意弃臣民之日，体犹未冷，而奸邪鞠凶，祸起不测，图灭诸王，以危社稷。予以病躯，志耗力疲，惟欲高枕，以终余年，奸邪一旦起兵见图，令人震惧，不知所为。群臣告予曰：‘太祖高皇帝创业艰难，陵土未干，而诸王见灭，宁能束手受戮，以弃社稷乎？”予彷徨无指，顾望求生，而天下之兵日集逼。形势之危，犹侧立于千仞崖之上，而推使其下也，可为悚惧。勤苦百战，出万死一生，志清奸恶，以匡幼冲，其乃殄灭于今，遂自焚陨。群臣劝予即位，予思天位惟艰，有如幼冲弗克负荷，几坠丕图。非虚为谦让，诚思皇考创业艰难，欲推择诸王有才德可以奉承宗庙者立之。主宰得人，天下之福，予虽北面，且无忧矣。”他批评建文帝以冲幼误国，必须有才德的人挽救太祖创建的基业。如果有合适的人主宰天下，即使不当皇帝，也无可忧虑了。当然群臣会说有才德的人非朱棣莫属。朱棣本人难道心里不是想的舍我其谁吗？群臣还要把这出戏唱到底，他们稽首固请，说道：“殿下德为圣人，位居嫡出，当承洪基，以安四海。虽谦德有光，复谁与让？且天命所钟，孰得而辞？殿下宜蚤践大位，使臣民有所依凭，毋逊硕肤，以虚天下之望。”
火候差不多了。朱棣打算起驾入城。第二天十七日，朱棣像以往一样早早就起了床，众将士也都整好鞍马，准备随朱棣一同进城。
朱棣骑在马上，手揽着缰绳，缓缓的马步将他的身体有节奏地轻轻地颠摇着，更显出他的几分自得。朱棣今年是四十三岁了。长期军旅生括练就了他强健的体魄，阳光晒成微紫色的皮肤，结实的肌肉紧裹在合体的戎装里。两绺略带虬曲的胡须分在左右，一绺长髯飘在胸前。当年袁拱不是推算他年过四十，髯长过胸便会登九五之位吗？这句话如今就要应验了。朱棣那一双眼角略为上挑的凤目极为有神，他抬眼向前望去，一边是郁郁葱葱的钟山，一边是雄伟的城关。如今他把这一切都抓在手中了，如同牵住缰绳，将马骑在胯下一样。旌旗在空中飘舞，发出呼呼啦啦的声音，身后是威武的将士大队人马，眼前路旁是匍匐拜倒的人群，朱棣真是得意极了。忽然，从路边的人群中突出一人，横在朱棣的马前，朱棣不禁一怔，他身边的武士向前刚要阻拦，只见那人施过礼后从容说道：“大王且留步，翰林编修杨荣有话要奏秉。”此人敢在路上拦马，定是有要事要说，朱棣命道：“请讲。”杨荣说：“殿下先入城耶？先谒孝陵耶？”朱棣心中一惊，为什么没先想到这一层呢？自己以奉太祖皇帝宝训而起兵，又以恢复祖制号召天下，怎能不谒陵便入城呢？再说当初起兵揭出的一条理由就是由于奸臣阻挡，太祖病时不能侍药，死时不能会葬。朱棣心想，要不是杨荣进言，几乎误了大事！但朱棣毕竟是玩弄权术的老手，脱口说出：“此行正为谒陵。”尽管有了三推让，朱棣还是太心急了一点，他决定马上谒陵，做个样子给天下臣民看。朱棣将马头一拨，浩荡人马便向孝陵开去。
